취득세 감면율이 축소된 이후인 20.1.16. 이 건 건축물을 취득하였다고 하더라도 종전 규정 시행기간 내에 취득을 위한 원인행위(착공)을 하였는바, 일반적 경과규정에 따라 취득세를 면제하는 것이 타당함

이유 1. 처분개요 가. 청구법인은 2020.1.16. 경기도 용인시 기흥구 OOO 외 13필지(이하 “이 건 토지”라 한다) 지상에 건축물(111,633㎥, 의과대학 부속병원, 근린생활시설, 장례식장, 이하 “이 건 건축물”이라 한다)을 신축하여 취득한 후, 2020.3.11. 처분청으로부터 의과대학 부속병원에 사용하는 부분(102,200.21㎡, 이하 “쟁점건축물”이라 한다)에 대하여 「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것, 이하 “개정 「지방세특례제한법」”이라 한다) 제41조 제7항(이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따른 의과대학 부속병원이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세의 100분의 50을 경감받고, 나머지 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 처분청에 신고ㆍ납부하였다. 나. 청구법인은 2024.6.4. 쟁점건축물은「지방세특례제한법」(2014. 12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 된 것, 이하 “종전 「지방세특례제한법」”이라 한다) 시행 당시 건축허가를 득하고 착공하였으므로 종전 「지방세특례제한법」 쟁점규정에 따른 취득세 면제대상에 해당한다고 보아 이 건 취득세 등의 일부가 환급되어야 한다는 사유로 하여 경정청구를 하였으나, 처분청은 2024.7.23. 이를 거부하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.8.28. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 개정「지방세특례제한법」개정 당시 그 부칙에 일반적 경과조치 규정이 있고, 그 규정이 있을 경우에는 종전 법령 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아갔다면 그 신뢰를 보호하기 위하여 종전 법령에 따라 감면될 수 있다. 조세법령의 개정이 있는 경우 개정 전후 법령 중 납세의무 성립 당시의 법령을 적용하는 것이 원칙이나, 법원에서는 개정 법령 부칙에 있는 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하여야 할 세금에 대해서는 종전의 예에 의한다.”라는 일반적 경과규정은 개정 세법이 납세의무자에게 불리하게 적용되어 납세의무자의 기득권 및 신뢰를 침해하는 것을 방지하기 위함이므로, 위와 같은 일반적인 경과규정이 있는 경우 예외적으로 납세자에게 유리한 구법을 적용하도록 하고 있다(대법원 1994.5.24. 선고 93누5666 전원합의체 판결 등 다수). 또한, 일반적인 경과조치에 규정된 “종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 세금”에는 “개정 전 법령의 시행 당시 이미 과세요건이 모두 충족되어 납세의무가 성립한 조세뿐만 아니라 비록 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야할 정도에 이른 경우에도 이를 적용해야 할 것”이다(대법원 2015.9.24. 선고 2015두42152 판결). 그리고, 법원에서는 종전 법령에 대한 신뢰를 바탕으로 매매계약 및 착공 행위를 한 경우 “개정 전 법령에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 과세요건의 충족과 밀접한 원인행위”를 한 것으로 신뢰보호의 대상에 해당한다고 판단하였다(대법원 1998.11.13. 선고 97누201 판결). 이러한 법원의 판단에 기초하여 조세심판원은 의과대학 부속병원 감면규정의 적용과 관련하여 일반적인 경과규정에 따라 개정 전 법령에 따라 취득세를 감면할 수 있는지가 문제가 된 사안에 대해, 개정 전 법령에 대한 신뢰에 기반한 착공 행위로써 과세요건의 충족과 밀접한 원인행위로 나아간 경우, 그 신뢰를 마땅히 보호해야 한다고 수차례 판단하였다(조심 2020지1217, 2021.11.30. 등 다수, 같은 뜻임) (2) 조세심판원에서는 의과대학 부속병원 감면규정을 비롯하여 장기간 조세 특례가 유지되어 온 경우에 일몰 기한이 연장될 것이라는 납세의무자의 신뢰를 보호하도록 하였다. 처분청의 주장과 달리 착공 당시(2012.5.17.) 의과대학 부속병원 감면규정은 일몰규정을 두어 장래 일정한 기한까지 취득세 납세의무가 성립하는 경우 취득세를 면제하도록 하고 있었고, 조세심판원에서는 장기간 조세특례가 동일하게 유지되어 온 경우에, 일몰 기한이 연장될 것이라는 납세의무자의 신뢰도 보호대상에 해당한다고 수차례 판단하였다(조심 2021지2795, 2022.5.24. 등 다수, 같은 뜻임) 특히, 조세심판원은 본 건 사례에 적용되는 의과대학 부속병원 감면규정의 적용과 관련하여, 해당 취득세 면제 규정이 1954년부터 계속하여 그 형식만 바꾸어 비과세 또는 면제대상으로 유지되어 왔기에 신뢰할만한 사정이 있다고 보이는바, 종전「지방세특례제한법」시행 당시에 착공 등 취득과 밀접하게 관련된 원인행위를 한 경우에는 종전「지방세특례제한법」쟁점규정에 따라 취득세가 면제될 수 있다고 판단하였다(조심 2021지405, 2021.10.8. 등 다수, 같은 뜻임) 청구법인은 이 건 심판청구와 관련된 의과대학 부속병원 감면규정은 50년 이상의 오랜 기간 지속적으로 유지되었던 점을 신뢰하여 향후 준공 시점에서도 동 감면 규정에 따라 취득세를 면제받을 수 있다고 판단하였기에 2012.5.17. 막대한 공사비가 소요되는 쟁점건축물 공사에 착공하였다. 이처럼 청구법인은 의과대학 부속병원 감면규정의 개정 연혁 및 일몰기한 등을 근거로 형성된 신뢰를 바탕으로 과세요건의 충족과 밀접하게 연관된 원인행위로 나아간바, 일반적인 경과 규정에 따른 신뢰 보호 대상에 해당한다. (3) 이 건 취득세 등 납세의무 성립과 밀접하게 관련된 행위가 이루어졌던 이 건 건축물 착공일(2012.5.17.)에 청구법인은 쟁점규정의 향후 개정 여부에 대해 전혀 예상할 수 없었다. 처분청의 주장과 달리, 법원은 납세의무자가 종전 법령에 대해 형성한 신뢰가 기득권에 준하여 보호받아야 하는지를 판단하면서, 법령 개정을 납세의무자가 예측할 수 있었는지를 중요한 판단 요소로 보았다(대법원 1998.11.13. 선고 97누201 판결 등). 의과대학 부속병원 감면규정은 법률로 50년 이상의 기간 동안 변함없이 규정되어 왔으며, 이 건 건축물 공사 착공 당시(2012.5.17.) 청구법인은 오랫동안 유지되던 취득세 면제 규정이 개정될 것이라고 전혀 예상하지 못하였다. 처분청에서는 개정「지방세특례제한법」관련 입법예고(2013.7.26.)를 통하여 감면율이 축소될 것이라는 점을 충분히 예측할 수 있었다고 주장하나, 처분청에서 언급한 입법예고에서는 국립대병원, 의료법인, 지방의료원에 대한 감면조항인 「지방세특례제한법」 제37조, 제38조, 제38조의2에 대한 입법 예고만 포함되어 있으며, 이 건 심판청구 관련 적용규정인 쟁점규정에 대한 내용은 존재하지 않는 것으로 확인된다. 설령 해당 입법 예고가 의과대학 부속병원에 대한 감면 조항인 쟁점규정에 대한 개정까지도 예고한 것이라고 보더라도, 이 건 건축물 착공시점(2012.5.17.)에는 처분청에서 언급한 입법예고(2013.7.26.) 조차도 공표되지 않았던 상황이었다. 게다가 개정「지방세특례제한법」과 관련된 국회회의록에 따르면 행정자치부차관은 개정「지방세특례제한법」개정 시 일몰이 도래한 100% 감면을 축소하려는 취지에 대해 지방 재정의 어려움을 타개하기 위함이라고 설명하였는데, 청구법인 입장에서 오랫동안 지방 재정의 성쇠에도 불구하고 취득세 비과세 및 면제 조항으로 유지되어 오던 학교법인 감면 규정이 일시적인 재정 부족을 이유로 개정될 것임을 예측하기란 불가능에 가깝다. 이처럼 청구법인은 착공 시점(2012.5.17.)에 취득세 면제 조항으로서 오랜 기간 유지되어 온 의과대학 부속병원 감면규정의 감면율이 축소될 것임을 전혀 예상하지 못하였으므로, 청구법인이 착공 당시 시행중인 법령에 대해 가졌던 신뢰는 기득권에 갈음하는 것으로서 보호되어야 한다. (4) 처분청에서 제시한 최신 판례(서울고등법원 2023.5.18. 선고 2022누55103, 이하 “최신 판례”라 한다)에 비해 이 건 심판청구는 종전「지방세특례제한법」쟁점규정에 대한 납세자가 가졌던 신뢰가 상대적으로 확고히 형성되었을 뿐만 아니라, 해당 신뢰를 보호함으로써 감면 규정이 추구하는 공익적 목적도 충분히 달성되는바, 최신 판례와 달리 판단되어야 한다. (가) 최신 판례의 요지 처분청 답변서에서 인용한 최신 판례에서 원고는 쟁점 공동주택의 착공 당시(2015년경)에 시행중인 법령을 근거로 「지방세특례제한법」 제47조의2 제2항에 규정된 감면(이하 “친환경 주택 감면규정”이라 한다)을 적용받을 수 있다고 믿었으며, 이러한 신뢰를 바탕으로 착공 등 과세요건의 충족과 밀접한 원인행위로 나아간 것이므로, 부칙상 일반적 경과 규정에 따라 착공 당시 시행중인 시행령에 따라 쟁점 공동주택에 대한 취득세가 감면되어야 한다고 주장하였다. 하지만, 법원은 동 사안에 대해 종전 법령에 따른 일몰기한이 경과한 후에 법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 것이며, 쟁점 법령에서 일몰기한 전에 발생한 원인행위에 기초하여 과세요건을 충족할 시에도 취득세를 경감한다고 언급한 바도 없으므로 원고가 취득한 공동주택에 대한 취득세를 개정 전 시행령에 따라 경감할 수 없다고 판단하였다. 또한 법원은 원고의 주장을 받아들여 일몰기한 이전에 원인행위가 있었다는 사실만으로 종전 법령에 따라 감면할 수 있다고 한다면, 에너지 절감률 기준을 단계적으로 강화하여 에너지효율개선을 촉진할 목적으로 법령을 개정해 온 취지가 몰각될 수 있다는 점도 지적하였다. < 친환경 주택 감면 규정의 개정 연혁 > 관련 법령 개정일 감면 대상 감면율 지방세법 시행령§229의2④ 2010.7.6. 에너지 절감률 등 25% 이상 5% ~ 15% 지방세특례제한법 시행령§24④⑤ 2010.12.30. 에너지 절감률 등 25% 이상 5% ~ 15% 2014.12.31. 에너지 절감률 등 25% 이상 5% ~ 15% 지방세특례제한법 시행령§24④⑤ 2016.12.30. 에너지 절감률 등 45% 이상 5% ~ 15% 지방세특례제한법 시행령§24④ 2017.12.29. 제로에너지 인증 건축물 15% (나) 신뢰 형성 정도에 따른 차이 앞서 설명한 바와 같이, 기존에 법원에서는 일반적인 경과조치에 규정된 “종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 조세”에 “비록 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야할 정도에 이른 경우”도 포함된다고 수차례 판단하였다(대법원 2015.10.15. 선고 2015두42763 판결 등). 이러한 법원의 판단에 비추어 볼 때, 본 건 사례도 부칙상 일반적인 경과 조치에 따라 종전 법령에 따라 감면할 법적 근거가 충분하다고 판단되며, 다음과 같은 이유로 본 건 사례는 최신 판례의 판단 대상에 비하여 종전 법령에 따라 감면될 것이라는 신뢰의 정도가 상당히 높으므로 최신 판례와 달리 판단할 필요가 있다. < 이 건 심판청구와 최신 판례 간 비교 > ○○○ 1) 신뢰 형성 기간 먼저, 의과대학 부속병원 감면규정은 최신 판례의 친환경 주택 감면규정에 비하여 종전 법령에 따라 취득세가 면제된 기간이 현저히 길기 때문에, 취득세 면제가 유지될 것이라는 신뢰가 상대적으로 확고히 형성된 상태였다. 의과대학 부속병원 감면규정은 1954년 「지방세법」제정 이후 2015.1.1. 이후 감면율이 축소되기 전까지 법명만 변경되었을 뿐 그 내용은 50년 이상 비과세 및 면제로 유지되어 왔다. 조세심판원에서도 의과대학 부속병원 감면규정이 장기간 유지된 점을 주요 논거로 하여 착공 등 취득과 밀접하게 관련된 원인행위를 한 경우에 한해 부칙상 일반적 경과규정의 적용 대상이 될 수 있다고 수차례 판단하였다(조심 2021지405, 2021.10.8. 등 다수). 반면에 최신 판례의 친환경주택 감면 규정은 「지방세법」에서 2010.6.4. 최초로 제정된바, 최신 판례의 착공 시점인 2015년경에는 제정된 지 약 5년 정도 경과된 상황이었으므로, 50년 이상 유지된 의과대학 부속병원 감면규정에 비해 납세자가 가지는 신뢰의 정도가 낮을 수밖에 없다. 2) 법령 개정에 대한 예측가능성 다음으로, 최신 판례의 친환경주택 감면 규정은 2010.6.4. 최초로 제정되어, 시행령으로 에너지 절감률 등이 25% 이상인 건축물을 감면 대상으로 규정하다가, 2016.12.30. 관련 시행령 개정으로 감면 대상이 에너지 절감률 등이 45% 이상인 건축물로 축소되었다. 친환경주택 감면 대상 및 감면율을 규정한 「지방세특례제한법 시행령」 제24조 제4항은 법률에서 구체적인 범위를 정하여 위임한 사항을 규정하기 위한 위임명령으로서, 그 보충적 성격이나 명령권자 등을 고려해 본다면 향후 정책 기조에 따라 언제든지 변경될 수 있다고 예상하는 것이 합리적이다. 반면에, 의과대학 부속병원 감면규정은 법률로 50년 이상 변함없이 규정되어 왔을 뿐 아니라, 청구법인이 본 건 공사를 착공할 당시(2012.5.17.)에는 쟁점 감면 규정의 개정에 대해 예고된 바가 전혀 없었기 때문에 청구법인은 오랫동안 유지되던 취득세 면제 규정이 개정될 것이라고 예상하지 못하였다. 또한 최신 판례에서 이미 지적하였듯이, 국토해양부 등이 2009.11.5. 발표한 녹색도시ㆍ건축물 활성화 방안에서 국가 온실가스 감축 목표의 설정ㆍ이행을 위하여 건축물의 연간 에너지소비량 기준을 단계적으로 강화 내지 의무화할 것이 예정되어 있었던바, 최신 판례의 원고는 친환경 주택 감면의 적용 범위가 축소될 가능성을 충분히 염두에 둘 수 있었다고 판단된다. 반면에 의과대학 부속병원 감면규정은 감면율을 축소하려는 취지가 단순히 지방 재정의 어려움을 타개하는 것에 있었던바, 청구법인이 지방 재정의 성쇠에도 불구하고 오랫동안 유지되어 감면 규정이 본 건 공사 기간 중에 개정될 것이라는 것을 예측할 수는 없었다. 따라서 본 건의 경우 친환경 정책 기조 등을 기초로 법령 개정을 충분히 예측할 수 있었던 최신 판례와 이 건 심판청구를 달리 보아야 한다. 3) 쟁점규정 취지에 대한 고려 마지막으로 최신 판례에서 쟁점이 된 친환경 주택 감면 규정의 개정 취지는 에너지 절감률 기준을 단계적으로 강화하여 에너지 효율 개선을 촉진하는 데에 있다. 만약 최신 판례의 원고가 주장하는 바에 따라 종전 법령을 적용한다면, 에너지 효율을 충분히 달성하지 못한 주택에 대해서도 취득세 감면이 적용되어 에너지 절감률 기준을 단계적으로 강화함으로써 친환경 정책에 기여하고자 하는 법령 개정 취지가 훼손될 수 있다. 반면에 학교 등에 대한 취득세 감면 규정은 교육 환경 개선에 그 제정 취지가 있으며, 청구법인은 이 건 건축물을 성공적으로 준공하여 지방자치단체의 교육환경 및 의료환경 개선에 기여하였기에 종전「지방세특례제한법」쟁점규정의 제정 취지를 충분히 달성하였다고 판단된다. 이처럼 감면 제도가 추구하는 공익적인 목적을 고려하더라도 청구법인이 종전「지방세특례제한법」 쟁점규정에 대해 가졌던 신뢰는 충분히 보호할 가치가 있다. 나. 처분청 의견 청구법인은 이 건 건축물을 착공할 당시에는 의과대학 부속병원 부동산에 대한 취득세는 종전 「지방세특례제한법」 쟁점규정에 따라 면제되고 있었으므로, 청구법인으로서는 향후 이 건 건축물이 완공되더라도 종전 「지방세특례제한법」 쟁점규정에 따라 취득세가 면제될 것으로 신뢰할 만한 사정이 있는바, 개정 「지방세특례제한법」 부칙의 일반적 경과조치와 납세자의 신뢰보호의 원칙에 따라 종전 「지방세특례제한법」쟁점규정을 적용하여 취득세 등을 면제하여야 한다고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴보면, 조세법률주의의 원칙상 조세의무는 각 세법이 정한 과세요건이 완성된 때에 성립하고, 세금의 부과는 납세의무 성립시, 즉 과세요건 완성 당시에 유효한 법령의 규정에 의하여야 하며, 세법의 개정이 있을 경우에도 특별한 사정이 없는 한 개정 전후의 법령 중에서 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하여야 한다(대법원 2009.3.12. 선고 2006두11781 판결) 할 것이고, 신뢰보호의 원칙은 헌법상 법치국가의 원칙으로부터 파생되는 것으로서, 법률의 제정이나 개정시 구법질서에 대한 당사자의 신뢰가 합리적이고도 정당하며 법률의 제정이나 개정으로 야기되는 당사자의 손해가 극심하여 새로운 입법으로 달성하고자 하는 공익적 목적이 그러한 당사자의 신뢰의 파괴를 정당화할 수 없다면 그러한 새 입법은 신뢰보호의 원칙상 허용될 수 없다. 그러나 국민이 가지는 모든 기대 내지 신뢰가 헌법상 권리로서 보호될 것은 아니고, 신뢰의 근거 및 종류, 상실된 이익의 중요성, 침해의 방법 등에 의하여 개정된 법규ㆍ제도의 존속에 대한 개인의 신뢰가 합리적이어서 권리로서 보호할 필요성이 인정되어야 하고, 특히 조세법의 영역에 있어서는 국가가 조세ㆍ재정정책을 탄력적ㆍ합리적으로 운용할 필요성이 매우 큰 만큼, 조세에 관한 법규ㆍ제도는 신축적으로 변할 수밖에 없다는 점에서 납세의무자로서는 구법질서에 의거한 신뢰를 바탕으로 적극적으로 새로운 법률관계를 형성하였다든지 하는 특별한 사정이 없는 한 원칙적으로 현재의 세법이 변함없이 유지되리라고 기대하거나 신뢰할 수는 없다(헌법재판소 2008.9.25. 선고 2007헌바74 결정 참조) 할 것이며, 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 있어서 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다”와 같은 개정된 세법 부칙조항을 근거로 하여 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용할 경우가 있다고 하더라도, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한 설사 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다(대법원 2001.5.29. 선고 98두13713 판결 등) 할 것이고, 경감제도와 관련하여 ‘취득을 위한 원인행위’가 일몰기한 내에 있으면 일몰기한 후에 건축물을 취득하더라도 취득세를 경감한다는 취지의 경과규정이 마련되어있지 아니하고, 나아가 일반적으로 취득세 경감요건의 충족 여부는 취득세 납세의무의 성립 시점을 기준으로 판단하여야 하는데, ‘과세요건에 밀접한 원인행위’만으로는 건축물에 대한 취득세 납세의무가 일몰기한인 2016.12.31. 이전에 성립하였다고 전혀 볼 수 없고, 그 일몰기한을 넘겨 사용승인을 받은 이상 과연 ‘밀접한 원인행위’가 있었다고 볼 수 있을지도 의문이며, 결국 일몰기한까지 ‘취득’이 아닌 ‘취득을 위한 원인행위’만 하여도 경감제도에 따른 취득세 경감의 특례가 적용될 것이라는 원고의 신뢰는 문언을 벗어나 이를 자의적으로 확대해석한 것이거나 별다른 법적 근거가 없는 것이다(2023.5.18. 선고 서울고등법원 2022누55103 같은 뜻임) 할 것인바, 청구법인은 이 건 건축물을 2020.1.16. 임시사용승인을 받아 취득한 것인 점, 이 건 건축물 취득일 당시에는 의과대학 부속병원 감면율이 이미 두 차례 축소되었고, 청구법인은 종전 「지방세특례제한법」 입법 예고 당시(2013.7.26.)부터 감면율이 축소될 것이라는 것을 충분히 예측할 수 있었다고 보이는 점, 부칙의 일반적 경과조치 외에 의과대학 부속병원에 대한 적용례를 별도로 규정하고 있지 않은 점, 나아가, 의과대학 부속병원 감면 규정의 경우 처음으로 시행된 이후 여러 차례 개정되면서 그 적용 대상이 변경(쟁점규정에서 의과대학의 부속병원을 별도의 감면율 적용)되고, 감면율이 축소된 것은 사실이나 이는 입법자의 고유 권한으로서 납세자가 그 개정 사항을 예측할 수 없었다고 하여 그 적용 여부가 달라지는 것은 아닌 것인 점, 최신 판결(서울고등법원 2023.5.18. 선고 2022누55103)에 의하면 청구법인이 종전 「지방세특례제한법」 쟁점규정을 신뢰하여 과세요건에 밀접한 원인행위에 나아감으로써 보호 가치가 있는 신뢰를 형성하였다고 하더라도, 문언상 ‘취득을 위한 원인행위가 종전 감면규정 일몰기한 내에 있으면 된다’고 규정하고 있지 않고, 청구법인이 일몰기한 이전에 원인행위가 있었다는 사실만 있다면 법령 개정 이후 언제든지 개정 「지방세특례제한법」을 적용할 수 있다고 해석 할 수 있는 것은 아닌 점, 결국, 원인행위에 기초한 과세요건을 충족하였고, 일몰기한을 연정하는 법률 개정이 이루어질 것으로 신뢰하였다고 하더라도 마땅히 보호받아야 할 신뢰에 이른 것으로 볼 수 없으며, 이러한 청구법인의 기대를 보호할 가치가 개정 후 감면제도가 추구하는 공익적 목적을 종합적으로 비교ㆍ형량하여 판단하여도 현저히 크다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 처분청에서 청구법인의 경정청구에 대하여 거부처분 한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점건축물 취득에 대하여 일반적 경과규정에 따라 종전「지방세특례제한법」쟁점규정을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법률 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 청구법인은 1964.4.14. OOO을 주사무소 소재지로 하여, 진리와 자유정신을 체득한 기독교적 지도자의 양성을 통해 기독교 교회에 조화하고 대한민국 교육이념에 기하여 고등교육을 실시함으로써, 전도의 목적을 달성하기 위해 AAA와 기타 교육기관 및 필요한 부대사업을 유지 경영하는 것을 목적으로 하여 설립된 것으로 확인된다. (나) 청구법인이 2014.4.16. 작성한 BBB병원 건립사항 주요 추진사항은 아래와 같다. ○○○ (다) 청구법인은 CCC 주식회사(이하 ”CCC“이라 한다)와 이 건 건축물 신축과 관련하여 2012.5.3. 토목공사 계약을 OOO원에, 2013.12.6. 골조공사 계약을 OOO원에 체결한 계약서와 CCC이 청구법인에게 공사대금을 수령한 것과 관련하여 2012.8.14.부터 2014.10.2.까지 발급한 전자세금계산서 10건을 제출하였고, 그 계산서상 수령액은 약 OOO원인 것으로 확인된다. (라) 청구법인은 이 건 토지 지상에 이 건 건축물을 신축하기 위하여 처분청으로부터 2012.5.10. 건축허가를, 2012.5.17. 아래와 같이 착공신고 수리통지를, 2020.1.16. 임시사용승인을 받은 것으로 확인된다. ○○○ (마) 청구법인은 이 건 토지 지상에 종전「지방세특례제한법」시행 당시 이 건 건축물을 착공하였다고 주장하며 항공사진 등을 제출하였고, 그 사진을 현황을 보면 종전「지방세특례제한법」시행 당시인 2014년 5월 당시 이미 이 건 건축물을 신축하기 위하여 사실상 착공한 것으로 확인된다. (바) 의과대학 부속병원용 부동산 취득에 대한 특례 규정은 1954년 「지방세법」에 신설된 이후 2014.12.31.까지 지속적으로 「지방세법」또는 「지방세특례제한법」에서 비과세 및 면제 등으로 유지된 것으로 확인되고, 이 건 건축물 허가, 착공, 사용승인 등 당시 「지방세특례제한법」쟁점규정의 주요 개정연혁은 아래와 같다. ○○○ (2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. (가) 종전「지방세특례제한법」쟁점규정에서「고등교육법」제4조에 따라 설립된 의과대학(한의과대학, 치과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 부속병원에 대한 제1항부터 제6항까지의 규정에 따른 면제는 2014년 12월 31까지로 한정한다고 규정하고 있고, 개정「지방세특례제한법」쟁점규정에서 「고등교육법」 제4조에 따라 설립된 의과대학(한의과대학, 치과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 부속병원에 대해서는 다음 각 호에 따라 취득세를 경감한다고 하면서 그 제1호 가목 등에서 2016년 12월 31일까지는 100분의 75를, 2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지는 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있으며, 그 부칙 제14조에서 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있다. (나) 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 개정된 법령의 부칙에서 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 조세에 대하여는 종전의 예에 의한다’는 취지의 규정을 두고 있다면 이는 납세의무자의 기득권이나 신뢰를 보호하기 위한 것이므로, 여기서 ‘종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 조세’에 해당하여 개정 전 법령이 적용되기 위하여는 개정 전 법령의 시행 당시 과세요건이 모두 충족되어 납세의무가 성립하였거나, 비록 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우여야 하고, 이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 개정 전 법령이 아니라 납세의무 성립 당시의 법령이 적용된다고 할 것(대법원 1994.5.24. 선고 93누5666 전원합의체 판결, 같은 뜻임)이다. (다) 처분청은 쟁점건축물 취득에 대하여 취득할 당시 개정「지방세특례제한법」쟁점규정을 적용하여야 한다는 의견이나, 청구법인이 이 건 건축물의 건축허가를 받아 그 공사를 착공할 당시에는 종전「지방세특례제한법」쟁점규정에서 의과대학 부속병원 부동산에 대한 취득세를 면제하는 것으로 규정하고 있다가, 청구법인이 해당 공사를 완공할 당시에 취득세 감면범위가 축소되었으나, 개정「지방세특례제한법」 부칙에서 일반적 경과조치 규정을 두어 ‘종전 규정에 따라 감면될 취득세’에 대하여는 종전규정에 따르도록 함으로써 종전 규정에 따른 감면을 신뢰한 납세자를 보호하도록 하고 있는 점, 청구법인이 이 건 건축물에 대한 건축허가를 받아 그 공사를 착공할 당시에는 의과대학 부속병원 부동산에 대한 취득세는 종전 규정에 따라 면제되고 있었으므로 청구법인으로서는 향후 해당 건축물이 완공되더라도 종전 규정에 따라 취득세가 면제될 것으로 신뢰하였을 것으로 보이고, 이러한 의과대학 부속병원에 대한 취득세 면제규정은 1954년 「지방세법」 제정시 규정된 이후 2014.12.31.까지 「지방세법」 또는 종전「지방세특례제한법」에서 계속하여 그 형식만 바꾸어 비과세 또는 면제대상으로 유지되어 왔으므로 그와 같이 신뢰할 만한 사정이 있었던 것으로 보이는 점, 실제로 청구법인은 종전「지방세특례제한법」쟁점규정 시행당시 이 건 건축물에 대한 건축허가, 착공 등 취득과 밀접하게 관련된 원인행위를 한 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 개정「지방세특례제한법」이 시행되어, 의과대학 부속병원 부동산에 대한 취득세 감면율이 축소된 이후인 2020.1.16. 이 건 건축물을 취득하였다 하더라도 종전「지방세특례제한법」 시행기간 내에 취득을 위한 원인행위를 하였는바, 일반적 경과규정에 따라 종전「지방세특례제한법」쟁점규정을 적용하여 취득세를 면제하는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라고 판단된다(조심 2021지2299, 2022.8.22., 등 다수, 같은 뜻임. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법률 (1) 지방세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11138호로 개정된 것) 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 2. “수익사업”이란 「법인세법」 제3조제3항에 따른 수익사업을 말한다. 다만, 「고등교육법」 제4조에 따라 설립된 의과대학 등의 부속병원이 경영하는 의료업과 「사회복지사업법」에 따라 설립된 사회복지법인이 경영하는 의료업은 수익사업으로 보지 아니한다. 제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ① 「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교, 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법」 또는 「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자(이하 이 조에서 “학교등”이라 한다)가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 2012년 12월 31일까지 면제한다. (2) 지방세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11618호로 개정된 것) 제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ① 「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교, 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법」 또는 「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자(이하 이 조에서 “학교등”이라 한다)가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다. 1. 수익사업에 사용하는 경우 2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 ⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에도 불구하고 「고등교육법」 제4조에 따라 설립된 의과대학(한의과대학, 치과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 부속병원에 대한 제1항부터 제6항까지의 규정에 따른 면제는 2013년 12월 31일까지로 한정한다. 부칙 제6조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다. (3) 지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12175호로 개정된 것) 제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에도 불구하고 「고등교육법」 제4조에 따라 설립된 의과대학(한의과대학, 치과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 부속병원에 대한 제1항부터 제6항까지의 규정에 따른 면제는 2014년 12월 31까지로 한정한다. 부칙 제6조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다. (4) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955로 개정된 것) 제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에도 불구하고 「고등교육법」 제4조에 따라 설립된 의과대학(한의과대학, 치과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 부속병원에 대해서는 다음 각 호에 따라 취득세 및 재산세를 각각 경감한다. 1. 다음 각 목의 기간에 따라 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 취득세 가. 2016년 12월 31일까지: 100분의 75 나. 2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지: 100분의 50 부칙 제14조(일반적 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.