청구법인은 민간투자법이 아닌 공유재산법에 근거하여 쟁점건물을 기부채납하였으므로 쟁점건물의 공급에 대하여 조특법 제105조 및 제106조의 영세율 또는 면세가 적용된다고 보기 어려우나, 쟁점건물의 기부채납은 부가가치세 과세대상 거래에 해당하고, 그에 따라 과세표준과 세액을 경정하게 되면 건물의 건설 관련 매입세액이 공제대상이 될 뿐만 아니라 건물의 기부채납 공급가액 또한 매출세액 과세대상이 됨으로써 결과적으로 납부세액이 늘어나게 되어 청구법인에게 불리하게 되는바, 불이익변경금지 원칙에 반한다 할 것이므로 이 건 처분은 그대로 유지하는 것이 타당

이유 1. 처분개요 가. 청구법인은 OOO 경상남도 OOO에서 OOO, 여가시설 등을 운영할 목적으로 설립되어 사업을 개시하였다. 나. 청구법인은 OOO 건축 및 운영에 관하여 경상남도 OOO과 “A 건립 실시 협약”을 체결하였다가, OOO 일부 내용을 수정한 변경 협약을 체결(이하 당초협약 및 변경협약을 합하여 “쟁점협약”이라 한다)하여, 경상남도 OOO 일원에 OOO(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 건설한 후, OOO에 쟁점건물을 기부채납하는 조건으로 OOO로부터 쟁점건물을 20년간 사용ㆍ수익하는 허가를 받았다. 다. 청구법인은 OOO에 쟁점건물을 기부채납하면서 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제105조 제1항 제3호의2를 근거로 부가가치세 영세율 세금계산서 OOO원(이하 “쟁점영세율세금계산서”라 한다)을 발급하였다. 라. 처분청은 2024.5.16.～2024.7.31. 기간 동안 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 기부채납한 쟁점건물이 과ㆍ면세 사업에 공통으로 사용되는 것으로 보아 조특법 제105조 및 제106조 등에 따라 쟁점건물의 공급가액을 과세(영세율)매출과 면세매출로 안분하여 경정하고, 쟁점건물의 신축 관련 매입세액에 대하여 「부가가치세법」 제40조 및 같은 법 시행령 제81조 제1항 등에 따라 과ㆍ면세에 사용되는 면적에 따라 정산한 후 면세사업 관련 매입세액을 불공제하여, 2024.9.7. 청구법인에게 2021년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다. 마. 청구법인은 이에 불복하여 2024.10.11. 이의신청을 거쳐 2025.1.17. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인이 OOO에 기부채납한 쟁점건물은 「사회기반시설에 대한 민간투자법」(이하 “민간투자법”이라 한다)이 아닌 「공유재산 및 물품 관리법」(이하 “공유재산법”이라 한다)에 따른 것으로서 조특법상 부가가치세 면제 조항이 적용되지 아니한다. (가) 청구법인과 OOO가 체결한 실시 협약은 공유재산법에 규정되어 있지 않은 실시계획의 승인(제15조), 준공확인(제22조), 감독명령(제45조), 공익을 위한 처분(제47조) 등 절차적인 부분에 대하여 민간투자법의 일부 규정을 준용한 것일 뿐, 기부채납 자체는 민간투자법에 따른 건축물의 공급이 아니다. (나) 청구법인은 당초 OOO와 민간투자법에 따른 사업시행을 추진하려 하였으나, 민간투자법에 따른 사업시행자로 지정받는 것은 절차적인 어려움이 있고, 사업추진을 조속히 진행하기 위해 공유재산법에 따라 사업을 추진하게 되었다. 본 사업이 공유재산법에 따른 사업추진이라는 근거는 공모 및 실시협약서 등에 다수 명시되어 있다. OOO가 청구법인과 실시협약을 체결하기 전 단계에 실시한 공모에는 공유재산법 규정에 의거 기부채납 방식의 민간투자사업으로 사업을 추진하기 위한 공모라는 사실이 명시되어 있고, 실시협약서에도 공유재산법에 따른 사업시행임을 확인할 수 있는 조항들이 다수 있다. (다) 청구법인은 쟁점건물을 준공하여 소유권보존 등기를 하였다가 OOO의 기부채납 요구로 공유재산법 제7조 및 같은 법 시행령 제5조의 규정에 따른 기부채납 서류를 제출하였고, 이에 OOO는 공유재산법 제20조와 제21조 규정에 따른 조건을 부여하여 사용ㆍ허가를 하였다. (라) 민간투자법과 공유재산법은 기부채납 자산의 사용ㆍ허가상 명확한 차이점이 있다. 민간투자법에서는 관리운영권을 물권(민간투자법 제27조 제1항)으로 보며, 사회기반시설의 관리ㆍ운영에 대하여 같은 법 제26조에서 주무관청에서 준공 확인을 받은 경우에는 사업시행자에게 관리운영권을 설정할 수 있고, 민간투자법에 의한 사업시행자 지위를 가지고 실시협약에서 정한 바에 따라 관리ㆍ운영되어야 하는 원칙상 실시 협약에 사업시행 조건과 권리의무관계가 규율되어 있어 시설물 이용에 있어 별도의 사용ㆍ허가가 필요치 않다. 그러나 공유재산법은 ‘국유재산 등의 관리청이 하는 행정재산의 사용ㆍ수익에 대한 허가는 관리청이 공권력을 가진 우월적 지위에서 행하는 행정처분으로서 특정인에게 행정재산을 사용할 수 있는 권리를 설정하여 주는 강학상 특허에 해당(대법원 1998.2.27. 선고 97누1105 판결, 대법원 2006.3.9. 선고 2004다31074 판결 등 참조)되어, 시설물 준공 후 법에서 정한 기부채납 절차에 따라 지방자치단체에 기부채납 한 후 지방자치단체의 사용ㆍ수익허가 처분을 받아야 비로소 사용이 가능하다. (마) 청구법인은 공유재산법 제13조 및 같은 법 시행령 제9조 제1항 제1호에 따라 축조된 시설물을 같은 법 제7조 제1항 및 같은 법 시행령 제5조에 따른 절차로 기부채납하였고, 같은 법 제20조 제2항 제2호 및 제21조 제1항에 따라 사용허가를 받았으므로 공유재산법에 따른 기부채납에 해당한다. (2) 청구법인이 기부채납한 쟁점건물은 조특법 제106조 제1항 제7호의2의 부가가치세 면제 대상이 아니므로 건설 단계에서 부담한 부가가치세 매입세액을 불공제한 것은 부당하다. (가) 청구법인과 OOO가 추진한 사업은 민간투자법 제13조 및 시행령 제7조에 정한 법적 절차를 거치지 않았으므로 민간투자법에 따른 사업시행자의 지위에서 건설한 시설물을 기부채납한 것이 아니므로 조특법의 적용을 받는 부가가치세 면제 대상이 아니다. (나) 조특법상 부가가치세의 영세율ㆍ면세가 적용되기 위해서는 우선적으로 민간투자법에 따라 지정된 사업시행자가 민간투자법 규정에 따른 방식으로 공급하는 사회기반시설 및 용역에 해당되어야 한다. 민간투자법 제2조 제8호에는 사업시행자에 대한 정의를 규정하고 있는데 이 법에서의 사업시행자는 “민간투자법에 따른 사업시행자의 지정을 받아 민간투자사업을 시행하는 법인을 말한다”라고 규정하고 있다. (다) 민간투자법에 의한 사업시행자 지정은 민간투자법 제13조에 규정하고 있고, 민간투자법에서 규정하고 있는 조건ㆍ절차에 맞게 주무관청과 협상대상자가 실시 협약을 체결함으로써 사업시행자로 지정되는 것이다. 민간투자법 시행령 제7조의 따라 사업추진을 하는 경우에 주무관청은 민간에서 사업제안을 하면, 공고하기에 앞서 공공투자관리센터에 제안서 내용에 대한 검토를 받은 후 진행해야 한다. 즉, 민간투자법에서는 사업제안서 공고 전에 공공투자관리센터의 검토를 반드시 받아야 하는 것으로 규정하고 있다. 그러나 이 사업은 OOO가 공공투자관리센터의 검토 의견을 받아 진행한 사실이 없다. (라) 청구법인과 OOO가 협약에 따라 사업을 추진한 절차는 사업계획서(OOO 제안서) 제출 ⇒ 사업제안서 공모 공고OOO ⇒ 실시협약 체결OOO ⇒ 공사시행 ⇒ 준공 ⇒ 기부채납OOO ⇒ 사용ㆍ수익 허가OOO로 진행되었다. 민간투자법에는 민간의 제안서가 접수되면 30일내 공공투자관리센터 검토를 의뢰하여야 하고, 공공투자관리센터는 60일내 검토하여 의견서를 제출하여야 하며, 검토내용에 따라 제안이 거부될 수도 있다. 그러나 본 사업의 사업추진 진행 일정은 제안서가 제출OOO되고, 불과 6일 후 공고OOO되었는데, 이는 민간투자법에 따른 절차대로 사업을 추진하지 않았음이 명백하며, OOO가 공약사업을 조속히 추진하기 위해 민간투자법이 아닌 공유재산관리법에 따라 청구법인과 협약을 체결한 것이다. (마) 처분청은 청구법인이 민간투자법 제4조 제1호부터 제3호와 같은 방식으로 사업을 추진하였으므로 조특법의 영세율(면세) 적용 대상이라는 의견이나, 민간투자법의 적용을 받기 위해서는 사업을 추진하는 사업자의 지위가 중요한 요건인데, 청구법인은 민간투자법의 사업시행자로 지정받을 수 있는 요건을 충족하지 못하였다. 과세당국이 납세자를 민간투자법에 따른 사업시행자가 아니기 때문에 조특법의 적용을 받을 수 없다고 한 것에 대하여 조세심판원, 법원 등의 선결정례 및 판례 등을 보면, 민간투자법 제4조에서 정하는 방식으로 공급하는 경우에도 민간투자법에서 규정한 사업시행자가 공급하지 않는 경우에는 조특법이 적용되지 않는다고 결정ㆍ판시한바 있다. (바) 청구법인은 민간투자법에 따른 사업시행과 관련하여 조특법 제105조 및 제106조의 영세율 및 면제 규정의 적용이 가능한 사업자의 지위에 대해 국세청에 질의하였는데, 국세청은 조특법의 과ㆍ면세 적용 대상은 민간투자법에 따른 사업시행자의 지정은 기본적으로 충족되어야 할 요건이라고 하였다. (사) 실시 협약 전문 및 개별 조항에 민간투자법의 조항을 준용하는 내용은 다수 있으나, 준용이란 어떤 사항을 규율하기 위하여 만들어진 법규를 그것과 유사하나 성질이 다른 사항에 대하여 필요한 약간의 수정을 가하여 적용시키는 입법 기술을 말하는 것으로, 같은 종류의 규정을 되풀이하는 번잡을 피하기 위한 입법 기술의 하나이며, 준용의 주요 목적은 중복을 피하고 법문을 간소화하는데 있으므로 (한국법제연구원 법령 용어 해석) 유사한 사례에 대해서 다른 법에 규정한 부분을 따라서 해석하고 효과를 부여하는 것으로 준용하는 법의 직접적인 적용대상은 아니다. 또, 조특법 제105조 제1항 및 제106조 제1항은 부가가치세 영세율ㆍ면제가 적용되는 재화 또는 용역의 공급에 대하여 열거하고 있는데, 열거된 각 호에는 공급자의 요건(○○법에 따른 사업자)과 대상이 되는 재화나 용역의 종류(○○법에 따른 재화, 용역) 등을 별도로 규정하고 있다. 조특법 제106조 제1항 제7호의2는 처분청이 이 건 매입세액 불공제의 근거로 하고 있는 조문으로 “「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조 제8호에 따른 사업시행자가 ..같은 법 제4조 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 방식으로 공급하는 같은 법 제2조 제1호에 따른 사회기반시설 또는 사회기반시설의 건설용역”으로 규정하고 있는데, 위 법과 같은 항 제8호 및 8호의2, 8호의3은 “…○○추천을 받은자 혹은 ○○법에 따라 설립한 특수목적 법인이...「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제1호 방식을 준용하여 건설한…”으로 되어 있다. 위와 같이 조특법은 민간투자법을 준용하여 건설한 시설의 부가가치세 면제에 대하여는 별도 항으로 규정하여 민간투자법에 따라 공급한 재화(용역)와 민간투자법을 준용하여 공급한 재화(용역)을 구분하고 있다. (아) 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 않으며(대법원 1984.6.26. 선고 83누709 판결, 1990.5.22. 선고 89누7191 판결, 1991.7.9. 선고 90누9797 판결 등) 특히, 조세특례에 대한 규정은 과세의 공평을 도모하고 조세정책을 효율적으로 수행하기 위해 목적으로 엄격해석 하여야 할 것이다. 만약 청구법인과 OOO가 추진했던 사업이 민간투자법에 따라 진행된 것이라면, 민간투자법에 따라 추진하는 사업임을 공고문 및 협약서에 명시하여 당연히 민간투자법의 절차 및 조건에 따라 진행되는 것인데, 굳이 공고문, 협약서의 개별 조항에 민간투자법을 준용한다는 조문을 추가할 필요가 없었을 것이다. (자) 처분청은 청구법인이 영세율 세금계산서를 발급하고 영세율 세금계산서 발급 사유를 조특법 제105조 제1항 제3호의2로 작성 제출하여 민간투자법에 따른 사회기반시설을 기부채납한 것으로 시인하였다고 하지만, 당초 OOO에 기부채납에 따른 부가가치세를 요청하였으나, OOO가 OOO세무서의 질의답변 내용을 토대로 영세율 대상이라고 통보함에 따라 영세율 세금계산서를 발급한 것이지 민간투자법에 따른 기부채납을 인정한 것은 아니다. (3) 쟁점건물의 기부채납은 부가가치세 과세대상으로 기부채납 시설물의 건설과 관련된 매입세액은 공제되어야 한다. (가) 부가가치세 영세율 및 면세 적용 여부는 기부채납 당시의 사항에 의해 판단하여야 하고, 청구법인이 기부채납한 것은 쟁점건물인데, 면세사업 개시일 현재 기부채납 건물의 공급시기는 이미 완료되었고, 기부채납 대가로 받은 무상사용권이 무상사용권의 존속기간OOO에 계속적으로 공급된다고 보아야 하므로 기부채납 자산 관련 매입세액은 공제되어야 한다. (나) 쟁점건물의 기부채납은 「부가가치세법」상 면세대상으로 열거되어 있지 않다. 1) 「부가가치세법」 제9조 제1항은 재화의 공급에 대하여 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 한다고 규정하고, 제2조 제2항은 재화라 함은 재산적 가치가 있는 물건 및 권리를 규정하고 있으며, 제3항에서 용역이라 함은 재화 이외의 재산적 가치가 있는 모든 역무 및 기타 행위를 말한다고 규정하고 있으므로 법률에 특별한 규정이 없는 한 원칙적으로 모든 재화 또는 용역의 공급이 부가가치세의 부과대상이 된다고 할 것이다. 「부가가치세법」 제26조 제1항은 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 한 다음, 각 호에 면세대상인 재화 또는 용역을 열거하고 있는데, 제20호에는 국가, 지방자치단체에 무상으로 공급하는 재화 또는 용역에 대하여 면세한다고 규정하고 있다. 위의 면세대상에 관한 규정은 예시적인 것이 아니라 제한적인 것으로서 위 법 조항에 없는 거래에 대하여는 이를 섣불리 면세대상으로 단정하여서는 아니될 것이다. 2) 부가가치세법 기본통칙 9-18…8 제1호에 ‘사업자가 건물 등을 신축하여 국가 또는 지방자치단체에 기부채납하고 그 대가로 일정기간 동 건물등에 대한 무상사용ㆍ수익권을 얻는 경우 해당 건물 등의 공급거래는 과세대상이 된다’라고 되어 있고, 제3호에는 ‘사업자가 생산ㆍ취득한 재화를 국가나 지방자치단체에 아무런 대가관계 없이 무상으로 기부채납하는 경우 부가가치세가 면제된다’라고 되어 있다. 「부가가치세법」 제29조 제3항은 부가가치세 과세표준을 대금, 요금 수수료 그밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함한다고 규정하고 있는데, 같은 법 시행령 제61조 제2항 제3호에서 기부채납의 경우 해당 기부채납의 근거가 되는 법률에 따라 기부채납된 가액을 공급가액으로 규정하고 있다. 3) 기부채납은 국가 또는 지방자치단체가 부동산 등의 소유권을 무상으로 받아들이는 것을 말하며, 기부는 「민법」상의 증여와 같으며, 채납은 승낙에 해당하므로 기부채납의 대가로 일정기간 동안 재산권에 대한 무상사용ㆍ수익권을 얻는 경우에는 재화와 용역의 교환거래에 해당한다. 청구법인은 OOO에 쟁점건물을 기부채납하면서 관리운영권을 무상 취득하고 협약에서 정한 사용료 수익을 OOO에 납부하기로 하였는데, 이는 사업자가 자기의 비용을 투입하여 공공시설인 시설물 등을 완성하여 기부채납하고, 그에 대한 반대급부로 일정기간 무상사용권 등을 취득하는 것은 그 기부채납과 무상사용권 등 사이에 실질적ㆍ경제적 대가관계가 있어 부가가치세 과세대상이 되는 재화 내지 용역의 공급에 해당한다고 할 것(대법원 1990.4.27. 선고 98누596 판결 등 참조)이다. (다) 기부채납 당시 청구법인은 과세사업자였으며, 기부채납 후 면세사업을 겸영하였으므로 기부채납 관련 매입세액은 공제되어야 한다. 1) 청구법인은 쟁점건물을 OOO 준공하여 OOO에 소유권을 이전(기부채납) 하였으며, OOO로부터 공유재산사용수익 허가를 받은 후, 쟁점건물에서 OOO을 운영하기 위해 「OOO의 관리에 관한 법률」에 따라 OOO 등록증을 발급받았으며, 사업자등록증에 면세업OOO을 추가하고, OOO을 정식 개장하였다. 2) 기부채납의 공급시기는 청구법인이 국가에 기부의사를 표시하고 국가가 그 귀속 조치를 통지하여 기부채납 절차가 완료된 때로 보는 것OOO이므로, 쟁점건물의 기부채납 공급시기는 기부채납 절차가 완료된 OOO이다. 부가가치세법 기본통칙 9-18…8에서 사업자가 건물을 신축하여 국가 등에 기부채납하고 그 대가로 무상사용 수익권을 얻는 경우 과세대상이고, 사업자가 사업을 수행하기 위한 인허가 조건에 의하여 사회기반시설을 국가 등에 기부채납하는 경우와 무상으로 기부채납하는 경우는 면제대상으로 규정하고 있다. 이 건 기부채납 이후에 관리운영권을 취득하여 면세사업을 영위하였다고 하더라도 그 공급의 주체가 기부채납 이후 영위하는 사업이 과세ㆍ면세사업인지 여부를 제한하는 명문의 규정이 없는 이상 기부채납 후 청구법인이 면세사업을 추가하여 겸영하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다. 3) 청구법인의 사례와 비슷한 기부채납에 있어 국세청은 면세사업을 영위하기 위해 지방자치단체의 토지 위에 건물을 신축하여 기부채납한 후 사용수익권을 얻어 면세사업을 운영하는 경우 시설공사와 관련된 매입세액은 공제가능하다고 회신하였다. (라) 민간투자법이 적용된다고 보더라도 개정법률(조특법 제106조 제1항 제7호의2) 시행 전 매입세액은 공제되어야 한다. 1) 매입세액은 기부채납 당시가 아닌 납세의무 성립 당시의 법을 적용하여야 하므로 2020.12.29. 조특법 개정법률 시행 전 이미 종료한 과세기간인 2019년 제2기부터 2020년 제2기에 공급이 이루어진 재화(용역)의 매입세액은 공제되어야 한다. 2) 청구법인은 OOO 개장후 2021년 제2기 예정분부터 입장료 수입과 임대수입을 과세ㆍ면세로 구분하여 부가가치세 신고를 하였는데, 처분청은 청구법인이 기부채납한 쟁점건물은 조특법 제105조 및 같은 법 제106조가 적용이 되는 것으로 판단하고, 건물공사 관련 매입세액도 과ㆍ면세 사용 면적비율로 매입세액을 안분계산하여 2019년 제2기～2021년 제1기 기간에 신고한 매입세액을 2021년 제2기 부가가치세 경정ㆍ결정시 불공제하였다. 3) 조특법은 2020.12.29. 개정(법률 제17759호) 시 부가가치세가 면제되는 사업을 할 목적으로 사회기반시설 또는 사회기반시설의 건설용역을 국가ㆍ지방자치단체에 공급하는 경우는 면세되는 조문(제106조 제1항 제7호의2)을 신설하였는데, 개정법률의 부칙 제1조(시행일)를 보면, 2021.1.1. 이후부터 시행한다고 규정하고 있고, 제2조(일반적 적용례) 제2항에 “이 법 중 부가가치세에 관한 개정 규정은 이 법 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 경우부터 적용한다”라고 규정하고 있다. 4) 「부가가치세법」 제38조에 제1항 제1호 및 제2항에는 매출세액에서 공제하는 매입세액으로 ‘사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다’라고 규정하고 있다. 또한 「국세기본법」 제21조에는 부가가치세의 납세의무의 성립시기는 과세기간이 끝나는 때라고 되어 있고, 같은 법 제18조 제2항은 국세를 납부할 의무가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다고 규정하고 있다. 5) 청구법인은 OOO와 실시협약을 체결하고 공사를 진행하여 OOO 준공하였는데, 대부분의 공사기간은 조특법 제106조 제1항 제7호의2 조항이 신설되기 전에 진행되었다. 조특법의 개정으로 OOO에 기부채납할 때는 신법의 적용을 받았으나, 조특법 제106조 제1항 제7호의2 조항 신설 이전인 2020.12.31.까지 납세의무가 성립한 경우에는 종전 법률을 적용하여야 하며, 법률 개정 전 건설단계에서 부담한 매입세액은 공제되는 것이 납세자의 법적 안정성, 예측가능성 등을 고려할 때 타당하다. 대법원도 개정 전 법령이 적용되기 위하여는 개정 전 법령의 시행 당시 과세요건이 모두 충족되어 납세의무가 성립하였거나, 비록 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우여야 하고, 이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 개정 전 법령이 아니라 납세의무 성립 당시의 법령이 적용된다고 할 것이다(대법원 2015.9.24. 선고 2015두42152 판결)라고 판시한 바 있다. 6) 개정법률의 부칙에도 ‘부가가치세에 관한 규정은 이 법 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 경우부터 적용한다’라고 규정하고 있는데, 부가가치세는 기간 과세 세목으로 쟁점건물 신축 관련 2021.1.1. 전 매입거래는 개별 재화 및 용역들을 공급받은 시점이 공급시기가 되는 것이다. 즉 매입거래가 면세사업을 위한 거래로 매입세액 공제 대상인지 여부는 매입 당시의 조특법을 기준으로 판단해야 하므로 청구법인과 같이 개정 전 법률에 따라 법률관계를 형성하고 납세의무가 성립한 경우 신법이 아닌 구법에 따라 매입세액을 공제해야 한다. 7) 법원은 기부채납 사업에 대한 영세율 적용 및 면세 여부와 기부채납 후에 이루어지는 사업의 과세 또는 면세 여부는 논리필연적인 관계에 있지 않고 정책적인 판단에서 결정되어야 할 문제라고 판시(서울고등법원 2018.7.12. 선고 2017누74599 판결)하였으며, 조세심판원도 청구법인과 같은 유사사례에서 매입세액에 대하여 개정법을 소급 적용할 수 없다고 결정(조심 2022서7076, 2024.3.11.)하였다. (마) 처분청은 쟁점건물의 기부채납을 과세거래로 보는 경우, 매출세액이 더 크게 발생하게 되므로 「국세기본법」상 불이익변경금지 위배되어 심판청구 심리 시 매입세액을 공제하는 결정이 이루어 질 수 없다는 의견이나, 이 건 심판청구의 대상은 매입세액 불공제 처분에 대한 취소 청구로서, 처분사실이 없는 매출세액을 심리대상으로 하는 것은 청구법인의 권리를 침해하는 것이고, 심판청구에서 매출세액에 관한 결정을 하지 않는 이상 불이익변경금지 원칙에 위배된다고 할 수 없다. 2) 불이익변경금지의 원칙 적용은 실질적이고 합리적으로 권리의 침해 사실 여부를 판단해야 한다. 「국세기본법」 제79조 제1항은 “심판청구를 한 처분 외의 처분에 대해서는 그 처분의 전부 또는 일부를 취소 또는 변경하거나 새로운 처분의 결정을 하지 못한다”라고, 제2항은 “심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불리한 결정을 하지 못한다”라고 규정하고 있는데, 이는 심판청구 단계에서 심판청구를 한 처분 외의 처분에 대해 판단하거나, 청구법인에게 불리한 결정을 하는 것을 명시적으로 금지하고 있다고 보아야 한다. 처분청은 본건과 관련하여 “매출세액을 납부하고 매입세액을 공제하는 수정신고를 하면 종결될 수 있다”라는 취지의 입장을 밝히고 있으나, 이는 청구법인이 다투지 않은 매출세액 문제를 사실상 전제하고, 그 이행을 조건으로 매입세액 공제를 인정하려는 취지로 이해된다. 이는 형식과 무관하게 청구인이 다투지 않은 매출세액 문제를 사실상 전제하거나 강제하여 청구인의 지위를 악화시키는 것으로, 「국세기본법」 제79조에서 금지하는 실질적 불이익변경에 해당한다. 매출세액에 대한 고지 등 확정 없이 매입세액만 불공제 처분이 된다면, 청구법인의 OOO에 대한 부가가치세 청구 가능성을 원천 차단하여 부가가치세 매출세액을 추가로 청구할 수 있는 법적 근거를 상실하게 되고, 이 건 심판청구 대상이 아닌 매출세액에 대한 판단으로 매입세액공제가 인정되지 않는다면, 청구법인의 법적ㆍ경제적 지위를 악화시켜 결과적으로 세부담만 증가시키는 효과를 초래하는바, 「국세기본법」 제79조 제2항이 금지하는 실질적 불이익변경에 해당한다. 따라서 이 건 심판결정은 「국세기본법」 제79조 제1항의 불고불리 원칙에 따라 본 심판청구의 대상인 매입세액 불공제 처분에 한하여 심리 및 결정하여야 한다. 3) 청구법인의 권리구제를 위해서는 절차에 따른 매출세액 고지로 구상권 행사의 근거가 필요하므로 이 사건과 분리되어야 한다. 처분청이 당초 처분의 오류를 치유하고자 향후 별도의 절차를 통해 매출세액을 부과처분하는 절차를 진행할 수 있음은 청구법인도 부인하지는 않겠지만, 매출세액에 대한 고지는 이건 심판청구와 별도로 처분청이 과세예고통지 절차, 납부고지 등 적법한 행정처분 절차를 통해 이루어져야 하며, 그 납부고지서를 근거로 한 손해 또는 비용 발생이 객관적으로 입증되어야 비로소 청구법인이 OOO에 부가가치세 상당액을 청구할 수 있는 구상권 행사 또는 부당이득반환 청구를 할 수 있는 요건이 충족되어 권리를 행사할 수 있는 법적 지위가 형성된다. 따라서 심판청구 단계에서 매입세액과 매출세액을 임의적으로 연계하거나 조정하는 방식은 청구법인의 구상권 행사 자체를 불가능하게 만들어 권리구제 수단을 원천적으로 차단하여 부당한 결과를 초래하는바, 심판청구 제도의 본질에 반하게 되므로 이 건 심판청구는 매입세액 불공제 처분의 위법ㆍ부당성에 대해서만 판단함이 타당하다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 부가가치세가 면세되는 사업을 할 목적으로 OOO에 쟁점건물을 기부채납하였다. 청구법인의 설명에 의하면, OOO의 ‘A 민간투자사업 제안 공모 공고’는 OOO 청구법인이 OOO에 사업계획서를 제출하며 이루어진 것으로 파악된다. 청구법인이 OOO에 제출한 ‘A 프로젝트’의 사업개요에는 경상남도 OOO 일원의 문화 및 집회시설OOO, 교육연구시설, 박물관을 영위할 목적임을 나타내고 있는 것으로 보아, 처음부터 부가가치세 면세사업을 영위할 목적이었음을 알 수 있다. 그리고 ‘A 민간투자사업 제안 공모 공고’와 ‘A 건립 실시 협약서’에도 사업 시행이 OOO 건립하여 사용ㆍ수익을 위한 목적임을 밝히고 있는 것으로 보아, 쟁점건물은 처음부터 면세사업을 영위할 목적이었고 이러한 목적은 변함이 없었다. 그럼에도 불구하고 청구법인은 민간투자법에 따라 부가가치세가 과세되는 사업을 할 목적으로 지방자치단체에 공급하는 사회기반시설이라는 사유로 조특법 제105조에 근거하여 부가가치세 영세율 적용대상으로 신고하였으며, 영세율이 적용이 어려워지자 민간투자법에 근거한 사업시행이 아니었으므로 조특법 제106조를 적용할 수 없다고 주장하고 있다. 그러나 만약, 이 건 기부채납이 민간투자법에 근거한 사업시행이 아니었다면 다시 원론으로 돌아가 면세사업 등에 관련된 매입세액은 공제하지 아니하는 매입세액이므로 청구주장과 같이 판단하여도 이 건 처분의 결과가 달라지지는 않는다. (2) 쟁점협약은 민간투자법에 따른 것이므로 조특법 제106조 제1항 제7호의2에 따라 부가가치세가 면제되는 사업을 할 목적으로 기부채납한 것에 대하여 면세사업으로 보고 매입세액 불공제한 처분은 적법하다. 청구법인은 민간투자법이 아닌 공유재산법에 따라 기부채납하였으므로 조특법 제106조 제1항 제7호의2에 따른 처분은 위법하다고 주장하나, OOO 공고 OOO ‘A 민간투자사업 제안 공모 공고’는 공유재산법 제7조, 제20조 및 제21조의 규정에 의거 기부채납 방식의 민간투자사업을 추진하기 위하여 A 민간투자 사업제안서를 공모한다고 밝히고 있고, 그 규정 적용은 공유재산법 규정에 의하며, 동 법에 규정되어 있지 않은 사항은 민간투자법과 ‘민간투자사업 기본계획’의 규정에 따른다고 정하고 있어 이 건 기부채납이 민간투자법을 근거로 하고 있음을 명백히 밝히고 있다. 청구법인이 OOO와 맺은 ‘A 건립 실시 협약서’에도 “투자사업의 시행과 관련하여 민간투자법 제15조, 제22조, 제45조, 제46조, 제47조와 같은 법 시행령 제16조, 제35조를 준용하고, 「국토의 계획의 이용에 관한 법률」 및 같은 법 시행령, 공유재산법에 따라 협약을 체결한다”고 정하고 있어 이 건 기부채납이 민간투자법을 근거로 하고 있음을 밝히고 있다. (가) 민간투자법 제13조 제2항은 주무관청이 제1항에 따라 제출된 사업계획을 대통령령으로 정하는 바에 따라 검토ㆍ평가한 후, 사업계획을 제출한 자 중 협상대상자를 지정한다고 정하고 있으므로, OOO는 민간투자법에 근거하여 공모 공고를 통해 청구법인을 협상대상자로 지정한 것이다. (나) 민간투자법은 사회간접자본시설 분야에 민간의 참여를 촉진하여 창의적이고 효율적으로 사회간접자본시설을 확충ㆍ운영하도록 하기 위하여 다양한 사회간접자본시설에 공통적으로 적용될 수 있는 민간자본 유치의 절차와 방법, 수익성과 경영권의 보장 및 조세감면 등 각종 지원에 관한 사항을 규정함으로써 원활한 사회간접자본시설 사업의 추진이 가능하도록 하여 국토의 균형 개발, 산업의 경쟁력 강화 및 국민생활의 편익증진을 도모하기 위하여 제정된 법률이며, 공유재산법은 지방분권 시대에 맞는 다양한 공유재산 및 물품의 행정수요에 대응하고 공유재산 및 물품의 건전하고 효율적인 관리를 위하여 제정된 법률로 그 성격을 달리한다고 볼 수 있는데, 청구법인이 OOO에 기부채납한 것은 OOO의 관광인구 유입 및 OOO시민의 문화생활의 증진을 위한 목적으로 민간투자법의 취지와 일치한다. (다) 또한 청구법인은 당초 부가가치세 신고 시 이 건 기부채납을 민간투자법이 적용되는 것으로 보아 조특법 제105조에 따라 영세율을 적용하여 부가가치세를 신고하였다. (라) 쟁점건물의 기부채납에 대하여는 2020.12.29. 법률 제17759호로 개정된 조특법을 적용하여야 한다. 청구법인은 이 건 기부채납이 민간투자법에 적용된다고 하더라도 조특법 제106조 제1항의 법률 시행 전 매입분에 대하여 매입세액이 공제되어야 한다고 주장하나, 기부채납은 국가가 부동산 등의 소유권을 받아들이는 것으로, 기부는「민법」상의 증여와 같으며, 채납은 승낙에 해당하므로 기부채납의 대가로 일정기간 동안 재산권에 대한 무상 사용ㆍ수익권을 얻는 교환거래로 공급시기를 청구법인이 국가에 기부의사를 표시하고 국가가 그 귀속조치를 통지하여 기부채납 절차가 완료된 때로 보는 것이 유권해석OOO과 대법원(대법원 1991.4.26. 선고 90누7272 판결 참조)의 일관된 입장이다. OOO는 사업제안서 공모 공고를 할 당시부터 공사기간을 착공일로부터 13개월로 계획하고 있었고, 실제 청구법인은 OOO와 OOO 협약을 맺은 뒤 약 14개월이 지난 OOO 기부채납하였다. 따라서 기부채납의 공급시기는 기부채납 절차가 완료된 OOO로 보아야 하므로 조특법 제106조 제1항이 적용된다. 또한 조특법 제106조는 면세사업을 위해 기부채납하는 사회기반시설은 영세율이 아닌 면세임을 명확하게 하기 위하여 신설된 것일 뿐이고, 조특법 제106조가 신설되기 전에도 조특법 제105조 제1항 제3호의2에서는 ‘민간투자법 제2조 제8호에 따른 사업시행자가 부가가치세가 과세되는 사업을 할 목적으로 같은 법 제4조 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 같은 법 제2조 제1호에 따른 사회기반시설 또는 사회기반시설의 건설용역’의 경우에만 영세율을 적용한다고 규정하고 있었으므로 청구법인의 주장은 이유 없다고 할 것이다. (3) 청구법인은 쟁점협약이 민간투자법이 아닌 공유재산법에 따라 추진되어 조특법 제106조 제1항 제7호의2를 적용할 수 없으므로 건설단계에서 부담한 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다고 주장하나, 청구주장과 같이 쟁점협약이 민간투자법에 따른 사업의 시행이 아니라면 쟁점건물을 과세사업에 사용하는 부분에 대하여도 영세율을 적용할 수 없어 매출세액이 발생하게 되므로 이 건 처분보다 더 많은 납부할 세액이 발생하는 결과가 되어 청구법인에게 더 불리해지게 되므로 매입세액을 공제하는 심판결정이 이루어지게 된다면, 「국세기본법」 제79조의 불이익변경금지 원칙에 위배된다. (가) 청구법인의 주장과 같이 이 건 기부채납이 조특법 제105조 및 제106조의 적용 대상이 아니며, 해당 기부채납이 부가가치세 면세되는 거래가 아닌 것으로 보는 경우에는 당초 부과처분된 세액보다 증액되므로 이는 부가가치세 수정신고 대상이다. (나) 청구법인은 조특법 제105조 및 제106조의 적용은 민간투자법에 따른 사업시행자에 해당하여야 하나, 이에 해당하지 않음에 따라 조특법 제105조 및 제106조의 적용이 불가하며, 청구법인은 기부채납에 대한 대가로 무상사용권을 취득하였으므로 이는 유상거래로써 기부채납 당시에는 과세사업자로서 매입세액 공제가 가능하다고 주장하나, 이는 처분청에서 부과한 세액보다 OOO원의 세액이 증액되는 불리한 결정을 요청하고 있다. (다) 「국세기본법」 제22조의2에서 신고 세목의 수정신고는 당초 확정된 과세표준과 세액을 증액하여 확정하는 효력을 가진다고 규정하고 있는바, 청구법인은 과세표준과 세액이 증액되는 수정신고를 함으로써 과세표준과 세액을 확정할 수 있다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 청구법인이 신축하여 지방자치단체에 기부채납한 쟁점건물이 과세 및 면세사업에 공통으로 사용되는 것으로 보아 면세사업 관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 부과한 처분의 당부 나. 관련 법령 (1) 부가가치세법 제4조(과세대상) 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다. 1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급 제9조(재화의 공급) ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다. ② 제1항에 따른 재화의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 19. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 제40조(공통매입세액의 안분) 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 “공통매입세액 안분기준”이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다. (2) 부가가치세법 시행령 제46조(국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위) 법 제26조 제1항 제19호에 따른 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역을 제외한 것으로 한다. 3. 부동산임대업, 도매 및 소매업, 음식점업ㆍ숙박업, 골프장 및 스키장 운영업, 기타 스포츠시설 운영업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다. 다. 국가 또는 지방자치단체가 「사회기반시설에 대한 민간투자법」에 따른 사업시행자로부터 같은 법 제4조 제1호 및 제2호의 방식에 따라 사회기반시설 또는 사회기반시설의 건설용역을 기부채납받고 그 대가로 부여하는 시설관리운영권 제81조(공통매입세액 안분 계산) ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다. 이하 이 조부터 제83조까지의 규정에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다. ④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다. 1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율 2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율 3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율 ⑤ 제4항 단서에 따라 토지를 제외한 건물 또는 구축물에 대하여 같은 항 제3호를 적용하여 공통매입세액 안분 계산을 하였을 때에는 그 후 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 모두 있게 되어 제1항의 계산식에 따라 공통매입세액을 계산할 수 있는 경우에도 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 제4항 제3호를 적용하고, 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 제82조 제2호에 따라 공통매입세액을 정산한다. ⑥ 제1항부터 제5항까지에서 규정한 사항 외에 공통매입세액의 안분 계산에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다. (3) 조세특례제한법 제105조(부가가치세 영세율의 적용) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 영(零)의 세율을 적용한다. 이 경우 제3호 및 제3호의2는 2026년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용하고, 제5호 및 제6호는 2025년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용한다. 3의2. 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조 제8호에 따른 사업시행자가 부가가치세가 과세되는 사업을 할 목적으로 같은 법 제4조 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 같은 법 제2조 제1호에 따른 사회기반시설 또는 사회기반시설의 건설용역 제106조(부가가치세의 면제 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호, 제4호의2, 제5호, 제9호의2 및 제12호는 2025년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제2호, 제3호 및 제4호의5는 2026년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호 및 제8호의2는 2014년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용하고, 제8호의3은 2015년 1월 1일부터 2025년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용하며, 제9호는 2023년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제9호의3은 2024년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용한다. 7의2. 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조 제8호에 따른 사업시행자가 부가가치세가 면제되는 사업을 할 목적으로 같은 법 제4조 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 같은 법 제2조 제1호에 따른 사회기반시설 또는 사회기반시설의 건설용역 8. 교육부장관의 추천이나 교육부장관이 지정하는 자의 추천을 받은 자가 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제1호의 방식을 준용하여 건설한 학교시설(「고등교육법」 제2조에 따른 학교의 시설로서 대통령령으로 정하는 것으로 한정한다)에 대하여 학교가 제공하는 시설관리운영권 및 그 추천을 받은 자가 그 학교시설을 이용하여 제공하는 용역 8의2. 「한국사학진흥재단법」에 따른 한국사학진흥재단이 설립한 특수 목적 법인이 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제1호의 방식을 준용하여 건설한 기숙사에 대하여 국가 및 지자체가 제공하는 시설관리운영권 및 그 법인이 그 기숙사를 이용하여 제공하는 용역 8의3. 다음 각 목의 법인이 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제1호에 따른 방식을 준용하여 건설한 기숙사에 대하여 국가, 지방자치단체 또는 「고등교육법」 제2조에 따른 학교(이하 이 호에서 "학교"라 한다)가 제공하는 시설관리운영권 및 그 법인이 그 기숙사를 이용하여 제공하는 용역 가. 「한국사학진흥재단법」에 따른 한국사학진흥재단이 설립한 특수 목적 법인 나. 「한국사학진흥재단법」에 따른 한국사학진흥재단과 학교가 공동으로 설립한 특수 목적 법인 (4) 국세기본법 제79조(불고불리, 불이익변경금지) ① 조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는 제80조의2에서 준용하는 제65조에 따른 결정을 할 때 심판청구를 한 처분 외의 처분에 대해서는 그 처분의 전부 또는 일부를 취소 또는 변경하거나 새로운 처분의 결정을 하지 못한다. ② 조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는 제80조의2에서 준용하는 제65조에 따른 결정을 할 때 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불리한 결정을 하지 못한다. (5) 사회기반시설에 대한 민간투자법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. “사회기반시설”이란 각종 생산활동의 기반이 되는 시설, 해당 시설의 효용을 증진시키거나 이용자의 편의를 도모하는 시설 및 국민생활의 편익을 증진시키는 시설로서, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 시설을 말한다. 나. 유치원, 학교, 도서관, 과학관, 복합문화시설, 공공보건의료시설 등 사회서비스의 제공을 위하여 필요한 시설 다. 공공청사, 보훈시설, 방재시설, 병영시설 등 국가 또는 지방자치단체의 업무수행을 위하여 필요한 공용시설 또는 생활체육시설, 휴양시설 등 일반 공중의 이용을 위하여 제공하는 공공용 시설 7. “실시협약”이란 이 법에 따라 주무관청과 민간투자사업을 시행하려는 자 간에 사업시행의 조건 등에 관하여 체결하는 계약을 말한다. 8. “사업시행자”란 공공부문 외의 자로서 이 법에 따라 사업시행자의 지정을 받아 민간투자사업을 시행하는 법인을 말한다. 제4조(민간투자사업의 추진방식) 민간투자사업은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방식으로 추진하여야 한다. 1. 사회기반시설의 준공과 동시에 해당 시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며, 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하는 방식(제2호에 해당하는 경우는 제외한다) 2. 사회기반시설의 준공과 동시에 해당 시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며, 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하되, 그 시설을 국가 또는 지방자치단체 등이 협약에서 정한 기간 동안 임차하여 사용ㆍ수익하는 방식 3. 사회기반시설의 준공 후 일정기간 동안 사업시행자에게 해당 시설의 소유권이 인정되며 그 기간이 만료되면 시설소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 방식 4. 사회기반시설의 준공과 동시에 사업시행자에게 해당 시설의 소유권이 인정되는 방식 5. 민간부문이 제9조에 따라 사업을 제안하거나 제12조에 따라 변경을 제안하는 경우에 해당 사업의 추진을 위하여 제1호부터 제4호까지 외의 방식을 제시하여 주무관청이 타당하다고 인정하여 채택한 방식 6. 그 밖에 주무관청이 제10조에 따라 수립한 민간투자시설사업기본계획에 제시한 방식 제5조(민간투자사업심의위원회의 설치) 민간투자사업에 관한 다음 각 호의 사항을 심의하기 위하여 기획예산처장관 소속으로 민간투자사업심의위원회(이하 “심의위원회”라 한다)를 둔다. 1. 사회기반시설에 대한 민간투자와 관련된 주요 정책의 수립에 관한 사항 1의2. 제2조 제1호에 따른 민간투자사업대상시설의 적정성에 관한 사항 2. 제7조에 따른 민간투자사업기본계획의 수립 및 변경에 관한 사항 3. 제8조의2에 따른 민간투자대상사업의 지정에 관한 사항 4. 제10조 제2항 본문에 따른 시설사업기본계획의 수립 및 변경에 관한 사항 5. 제13조에 따른 사업시행자의 지정에 관한 사항 제15조(실시계획의 승인 또는 변경승인 등) ① 사업시행자는 민간투자사업을 시행하기 전에 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 사업의 실시계획을 작성하여 주무관청의 승인을 받아야 한다. 승인받은 내용을 변경하려는 경우에도 또한 같다. 다만, 대통령령으로 정하는 경미한 사항을 변경하는 경우에는 그러하지 아니하다. 제22조(준공확인 등) ① 사업시행자가 제15조 제2항에 따라 고시된 실시계획에 따라 사업을 완료하거나 제21조 제7항에 따라 고시된 부대사업을 완료하였을 때에는 지체 없이 대통령령으로 정하는 바에 따라 공사준공보고서를 주무관청에 제출하고 준공확인을 받아야 한다. ② 제1항에 따른 준공확인의 신청을 받은 주무관청은 준공검사를 한 후, 준공검사확인증을 그 신청인에게 발급하여야 한다. (6) 공유재산 및 물품관리법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. “공유재산”이란 지방자치단체의 부담, 기부채납(寄附採納)이나 법령에 따라 지방자치단체 소유로 된 제4조 제1항 각 호의 재산을 말한다. 3. “기부채납”이란 지방자치단체 외의 자가 제4조 제1항 각 호에 해당하는 재산의 소유권을 무상으로 지방자치단체에 이전하여 지방자치단체가 이를 취득하는 것을 말한다. 4. “관리”란 공유재산 및 물품의 취득ㆍ운용과 유지ㆍ보존을 위한 모든 행위를 말한다. 6. “처분”이란 공유재산 및 물품의 매각, 교환, 양여(讓與), 신탁, 현물 출자 등의 방법으로 공유재산 및 물품의 소유권이 해당 지방자치단체 외의 자에게 이전되는 것을 말한다. 7. “사용허가”란 제5조 제2항에 따른 행정재산을 해당 지방자치단체 외의 자가 일정 기간 유상이나 무상으로 사용ㆍ수익할 수 있도록 허용하는 것을 말한다. 제7조(기부채납) ① 지방자치단체의 장은 제4조 제1항 각 호의 재산을 지방자치단체에 기부하려는 자가 있으면 대통령령으로 정하는 바에 따라 받을 수 있다. ② 제1항에 따라 기부하려는 재산이 지방자치단체가 관리하기 곤란하거나 필요하지 아니한 경우 또는 기부에 조건이 붙은 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 받아서는 아니 된다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 기부에 조건이 붙은 것으로 보지 아니한다. 1. 행정재산으로 기부하는 재산을 기부자, 그 상속인, 그 밖의 포괄승계인에게 무상으로 사용허가하여 줄 것을 조건으로 하는 경우 제9조(공부 등록 등) ① 지방자치단체의 장은 공유재산을 취득하거나 기부채납을 받으면 법령에서 정하는 바에 따라 지체 없이 등기ㆍ등록이나 그 밖에 권리 보전에 필요한 조치를 하여야 한다. ② 부동산이나 그 밖의 권리에 해당하는 공유재산으로서 등기 또는 공부(公簿)에 등록이 필요한 공유재산의 권리자 명의는 해당 지방자치단체로 한다. 다만, 「지방교육자치에 관한 법률」에 따른 교육비특별회계 소관의 공유재산은 그 소관청의 명칭인 “교육감”을 덧붙여 적어야 한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청과 청구법인이 제출한 쟁점건물에 관한 실시협약서 등 심리자료를 보면, 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 경상남도 OOO은 OOO 민간투자 사업제안서 공모 공고’를 하였고, 청구법인과 OOO은 OOO 공유재산법에 따라 실시 협약을 체결(OOO 변경 협약)하였는데, 사업제안서 공모 공고 및 실시협약서 체결내용은 아래 <표1>ㆍ<표2>와 같다. <표1> OOO 민간투자 사업제안서 공모 공고 OOO <표2> A 건립 실시협약서 OOO (나) 청구법인은 쟁점건물을 신축하여 OOO에 기부채납 하였고, OOO은 OOO 쟁점건물에 대하여 OOO 기간 동안 사용ㆍ수익허가를 하였는데, 세부내용은 아래 <표3>ㆍ<표4>와 같다. <표3> 공유재산 사용ㆍ수익허가서 OOO <표4> 공유재산 사용ㆍ수익허가 통보 공문 OOO (2) 청구법인은 2019년 제2기~2021년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 쟁점건물을 신축하면서 발생된 매입세액을 전부 공제하는 매입세액으로 신고하였고, OOO 쟁점건물을 기부채납한 후 관련 매출공급가액에 대하여 부가가치세 영세율을 적용하여 신고하였으나, 처분청은 청구법인의 이 건 기부채납이 민간투자법에 따라 시행된 것으로 보고, 조특법 제105조(부가가치세 영세율) 및 제106조(부가가치세 면제)가 적용된다고 보아, 면세사업(수족관 등) 등에 사용되는 비율에 의한 매출공급가액을 면세공급가액으로 경정하고, 관련 매입세액을 불공제하는 것으로 경정하였는데, 청구법인의 부가가치세 신고 및 처분청의 경정 내용은 아래 <표6>과 같다. <표6> 부가가치세 신고 및 경정내용 OOO (3) OOO은 OOO 쟁점건물을 기부채납 받은 후, OOO 부가가치세 영세율 적용에 관하여 OOO세무서장에게 문의하여 영세율 적용이 가능하다는 취지의 답변을 받은 것으로 보이고, 이를 청구법인에게 전달하여 쟁점건물의 공급에 대하여 영세율 세금계산서를 발급한 것으로 보이는바, OOO의 관련 내부 공문은 아래 <표7>과 같다. <표7> 쟁점건물 기부채납 시 영세율 적용 관련 공문 OOO (4) 2018.2.13. 「부가가치세법 시행령」 개정 시 민간투자사업 지원을 위하여 민간투자법에 따른 민간투자사업(BTOㆍBTL 방식)에서 국가 등이 사회기반시설 또는 사회기반시설의 건설용역을 기부채납받고 그 대가로 부여하는 시설관리운영권에 대하여 부가가치세를 면제하는 조항이 신설(「부가가치세법 시행령」 제46조 제3호 다목)되었고, 2020.12.29. 조특법 개정 시 민간투자법 제2조 제8호에 따른 사업시행자가 부가가치세가 면제되는 사업을 할 목적으로 같은 법 제4조 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 같은 법 제2조 제1호에 따른 사회기반시설 또는 사회기반시설의 건설용역에 대해서는 부가가치세를 면제하는 조항(조특법 제106조 제1항 제7호의2)이 신설되었는데, 재정경제부의 ‘간추린 개정세법’ 내용은 아래 <표8>과 같다. <표8> 2020 간추린 개정세법 (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 민간투자법을 준용하는 방식으로 쟁점건물에 대한 기부채납을 하였으므로 조특법 제105조 및 제106조에 따라 쟁점건물의 공급가액은 영세율 및 면세가 적용되는 것이고, 설령 조특법이 적용되지 않는다고 하더라도 청구법인은 면세사업OOO을 영위하기 위하여 설립된 법인이고, 쟁점건물은 해당 면세사업에 사용하기 위한 목적으로 신축한 후, 기부채납한 것이므로 쟁점건물의 신축 관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 부과한 처분은 정당하다는 의견이나, 청구법인은 민간투자법에 따른 사업시행자로 지정받은 사실이 확인되지 아니하고, 관련 계약서 및 OOO 공문 등을 보면, 청구법인은 민간투자법이 아닌 공유재산법에 근거하여 쟁점건물을 기부채납한 사실이 확인되므로 쟁점건물의 공급(기부채납)에 대하여 민간투자법에 따라 국가 또는 지방자치단체에 공급한 사회기반시설 건설용역의 부가가치세 영세율 또는 부가가치세 면제에 관한 조세특례제한법제105조 제1항 제3호의2 또는 제106조 제1항 제7호의2를 적용하기 어려워 보이는 점, 청구법인이 쟁점건물의 기부채납을 통해 취득한 것은 해당 사업시설이 아닌 사용수익권(시설관리 운영권)이라고 할 것이고, 청구법인이 이를 토대로 면세사업인 OOO을 운영한 것은 쟁점건물을 기부채납한 이후의 일로 청구법인의 쟁점건물 건설 관련 매입이 면세사업과 직접 관련이 있는 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점건물의 기부채납에 대하여 부가가치세 면세에 관한 조세특례제한법제106조 제1항 제7호의2가 적용된다고 보아, 쟁점건물의 신축 관련 매입세액을 불공제하여 청구법인에게 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 다만, 달리 쟁점건물의 기부채납이 부가가치세 영세율 또는 면제대상이라는 사정이 보이지 아니하므로 쟁점건물의 기부채납은 「부가가치세법」 제4조 제1호, 제9조 제1항에 따라 부가가치세 과세대상 거래에 해당하고, 그에 따라 이 건 청구법인의 부가가치세 과세표준과 세액을 경정하게 되면, 쟁점건물 건설 관련 매입세액이 공제대상이 될 뿐 아니라 쟁점건물의 기부채납 공급가액 또한 매출세액 과세대상이 됨으로써 결과적으로 부가가치세 납부세액이 늘어나게 되어 청구법인에게 불리하게 되는바, 이는 「국세기본법」 제79조에서 규정한 불이익변경금지 원칙에 반한다고 할 것이므로 이 건 처분은 그대로 유지하는 것이 타당한 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.