청구법인은 지령 §18의4에 따른 비례산식(이하 “비례산식”)을 통해 이전고시일의 다음 날 취득하는 체비지의 면적을 산정하여 그 취득세를 신고ㆍ납부하였으나, 이러한 방식은 이중과세의 문제 등을 초래하는 것이라서 인정하기 어렵고, 전체 체비지에서 체비지용으로 기 취득한 면적을 차감하는 방식에 따르는 것이 합리적임

이유 1. 처분개요 가. 청구법인은 대구광역시 달서구 OOO 일원에 주택재건축정비사업(이하 “이 건 정비사업”이라 한다)을 시행하기 위하여 설립된 조합으로서, 2025.2.3. 이 건 정비사업 완료에 따른 소유권 이전고시를 하고, 같은 해 2.13. 일반분양분에 해당하는 토지 35,372.80㎡(이하 “일반분양분 토지”라 합니다) 중 과세대상 면적과 과세표준을 「지방세법 시행령」 제11조의2(이하 “쟁점규정”이라 한다) 및 제18조의4 제1항 제3호에 따라 각각 22,875.5413㎡, OOO원으로 산정하고, 산정된 과세표준에 「지방세법」 제11조 제1항 제2호에 따른 취득세율(3.5%) 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다 나. 이후, 청구법인은 2025.5.14. 일반분양용 토지 중 제3자로부터 매입한 면적 19,695.32㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)을 우선 공제하여야 한다는 취지로 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.6.30. 청구법인의 경정청구를 거부하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.12. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 제3자 등으로부터 매입한 토지와 조합원용 토지가 혼재되어 있는 경우, 일반분양분 토지에 대한 과세대상 면적 산정 시 제3자로부터 매입한 쟁점토지를 우선적으로 공제하여야 한다. 나. 처분청 의견 쟁점규정에서 조합원에게 귀속되지 아니하는 부동산의 취득 면적은 일반분양분 토지의 면적을 전체 토지의 면적으로 곱한 뒤 주택조합등이 사업 추진 중에 조합원으로부터 신탁받은 토지의 면적을 나누는 방법으로 계산하도록 명확히 규정하고 있으므로, 이 건 처분은 적법하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 일반분양용 토지면적에서 쟁점토지(19,695.32㎡)를 제외한 면적에 대하여만 취득세 납세의무가 있다는 청구주장의 당부 나. 관련 법률 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 청구법인은 2016.5.13. 시행면적 56,074.70㎡ 규모로 공동주택 12개 동 1,021세대, 부대복리시설 및 정비기반시설(도로ㆍ공원) 건설을 내용으로 하는 이 건 정비사업의 사업시행계획인가를 받았으며, 이후 2018.9.19. 관리처분계획인가를 받았고, 청구법인은 2024.3.28. 이 건 정비사업으로 건설한 공동주택 및 부대복리시설 등에 대해 준공인가를 받았으며, 2025.2.3. 이 건 정비사업 완료에 따른 이전고시를 하였다 ○○○ (나) 이 건 정비사업 부지 전체 면적은 56,375.10㎡이고, 이 중 공동주택 부속토지는 44,881.40㎡이며, 공동주택 부속토지 가운데 조합원 분양분에 해당하는 토지 면적은 9,508.6216㎡이고, 일반분양분에 해당하는 토지 면적은 35,372.7784㎡로 나타나며, 정비기반시설용지의 면적은 11,493.70㎡이다. <이 건 정비사업 부지 용도별 면적 구분> (단위 : ㎡) ○○○ (다) 쟁점토지 면적 중 5,880.3㎡는 신설기반시설에 편입되는 것으로 나타나고, 청구법인은 해당 면적에 대해 취득세 기부채납 감경받은 것으로 확인되며, 청구법인이 이 건 재건축정비사업 과정에서 신고ㆍ납부한 일반분양분 토지 면적의 합계는 36,690.5613㎡(22,875.5413㎡ + 19,695.32㎡ - 5,880.3㎡)로, 이전고시상 일반분양분 토지 면적 35,372.7784㎡보다 1,317.7829㎡ 많은 것으로 나타난다. (라) 2022년 시행 「지방세법」 하위법령 개정내용 및 적용요령[행정안전부 지방세정책과-34(2022.1.4.)] 공문에 따르면, 비조합용 부동산(일반분양분 토지)의 산정기준을 명확히 하기 위해 「지방세법 시행령」 제11조의2가 신설된 것으로 확인된다(일부 발췌). □ 재건축 일반분양분 토지 취득세 과세기준 명확화(영§11의2) ^#56192;^#57009; 개정개요 개정 전 개정 후 □ 일반분양분 토지 과세기준 <신 설> □ 산정기준 명확히 규정 ○ 조합원 신탁토지와 매입토지의 비율에 따라 안분 ^#56192;^#57010; 개정내용 ○ 재건축조합이 주택재건축사업 시행으로 취득하는 비조합원용 부동산(일반분양분 토지)은 사업종료 후 취득세 과세(3.5%) ※ (사업절차) 조합원 소유토지 조합에 신탁(비과세) → 미동의자토지 등 조합 추가취득(과세) → 준공후 일반분양분 건축물ㆍ토지(과세) ○ 조합에 과세되는 일반분양분 토지면적 중 조합이 추가매입한 토지 등 과세대상에서 공제하는 면적을 산출시 대법원의 결정이 현행 세정 운영방식과 상이 ⇒ 전체 토지에서 추가매입토지 비율만큼 공제하는 방식으로 규정 과세면적 ＝ 일반분양분토지의 면적 × 법 제7조제8항에 따른 주택조합등이 사업 추진 중에 조합원으로부터 신탁받은 토지의 면적 전체 토지의 면적 * 조합의 추가매입 토지의 경우 향후 조합원 또는 일반분양분 중 어디로 귀속될지 알수 없으므로 일반분양분에 귀속되는 안분비율만큼 공제 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 일반분양분 취득 면적은 쟁점규정에 따라 일반분양분 토지 면적을 사업 추진 중에 신탁받은 토지 면적으로 곱하고, 전체 토지 면적으로 나누어 계산하므로 이 건 경청청구 거부처분은 정당하다는 의견이나, 청구법인이 이 건 정비사업을 위하여 제3자로부터 취득한 토지와 조합원으로부터 신탁받은 토지가 전체적으로 하나의 일단지 사업부지로 사용됨으로써 그중 어느 것이 조합원에게 귀속되고 어는 것이 조합원 외의 자에게 귀속되는지의 실질귀속을 구분할 수 없는 경우라면 조합원이 아닌 제3자로부터 취득한 토지는 조합원에게 귀속되지 아니하는 비조합원용 부동산에 속하는 것으로 보아야 하는 점(대법원 2015.10.29. 선고 2010두1804 판결, 같은 뜻임), 쟁점규정은 일반분양분 토지의 면적이 전체 토지 면적에서 차지하는 비율에 따라 조합원이 신탁한 토지 면적을 안분하고 그 안분면적을 일반분양분에 대응하는 과세대상 면적으로 산정하는 규정으로서, 일반분양분 토지의 면적비율을 기준으로 조합에 귀속되는 면적을 비례적으로 배분하는 방식을 전제로 하는바, 과세관청이 이러한 안분기준을 적용하려면 조합이 취득한 모든 토지 유형, 즉 현금청산자로부터 취득하는 토지, 용도폐지 기반시설 토지, 조합원 신탁토지 등 사업 전반에 대하여 동일하고 일관된 기준을 적용하여야 함에도, 처분청은 제3자로부터 취득하는 토지에 대해서는 쟁점규정과 같은 비례적 배분방식을 적용하지 않은 채 조합이 이 건 정비사업이 완료 단계에 이른 시점에서 취득하는 조합원 신탁토지 취득에 대해서만 쟁점규정에 따른 안분방식을 적용함으로써 납세자에게 불리한 과세결과를 초래하게 되는 점, 청구법인은 쟁점토지에 대하여는 2025.2.3. 소유권 이전 고시전에 이미 취득세 등을 신고ㆍ납부한 점 등에 비추어 청구법인이 소유권이전 고시일 다음날 취득하는 일반분양분 토지 면적 산정시 소유권이전 고시상 일반분양분 면적에서 쟁점토지를 우선 공제하여야 할 것이다. 다만, 쟁점토지 중 5,880.3㎡는 이 건 정비사업 과정에서 신설 정비기반시설로 편입되는 면적으로 청구법인이 이미 기부채납 감경을 받은 것으로 나타나므로, 청구법인은 1,317.7829㎡[사실관계 (다) 참조)를 과다신고한 것으로 보인다. 따라서, 처분청이 1,317.7829㎡에 대한 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법률 (1) 지방세법 제7조(납세의무자 등) ⑧ 「주택법」 제11조에 따른 주택조합과 「도시 및 주거환경정비법」 제35조 제3항 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제23조에 따른 재건축조합 및 소규모재건축조합(이하 이 장에서 “주택조합등”이라 한다)이 해당 조합원용으로 취득하는 조합주택용 부동산(공동주택과 부대시설ㆍ복리시설 및 그 부속토지를 말한다)은 그 조합원이 취득한 것으로 본다. 다만, 조합원에게 귀속되지 아니하는 부동산(이하 이 장에서 “비조합원용 부동산”이라 한다)은 제외한다. 제10조의5(무상취득ㆍ유상승계취득ㆍ원시취득의 경우 과세표준에 대한 특례) ③ 제10조의2부터 제10조의4까지의 규정에도 불구하고 다음 각 호의 경우 취득당시가액의 산정 및 적용 등은 대통령령으로 정한다. 1. 대물변제, 교환, 양도담보 등 유상거래를 원인으로 취득하는 경우 2. 법인의 합병ㆍ분할 및 조직변경을 원인으로 취득하는 경우 3. 「도시 및 주거환경정비법」 제2조제8호의 사업시행자, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제2조 제1항 제5호의 사업시행자 및 「주택법」 제2조 제11호의 주택조합이 취득하는 경우 4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 경우로서 대통령령으로 정하는 취득에 해당하는 경우 (2) 지방세법 시행령 부칙 제3조의2(재개발사업 등으로 취득한 부동산에 대한 과세표준에 관한 특례) ① 2023년 3월 14일 전에 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 또는 「주택법」 제15조에 따른 사업계획 승인을 받은 사업의 시행으로 법 제10조의5 제3항 제3호에 따른 사업시행자 또는 주택조합이 2023년 3월 14일 이후 취득하는 비조합원용 부동산 또는 체비지ㆍ보류지에 대해서는 제18조의4 제1항 제3호의 개정규정에도 불구하고 취득당시가액은 다음 계산식에 따라 산출한 가액으로 한다. 다만, 다음 계산식에 따라 산출한 가액이 제18조의4 제1항 제3호의 개정규정에 따라 산출한 가액보다 높은 경우에는 그렇지 않다. 제11조의2(비조합원용 부동산의 취득) 법 제7조 제8항 단서에 따른 비조합원용 부동산의 취득 면적은 다음 계산식에 따라 산출한 면적으로 한다. 제18조의4(유상ㆍ무상ㆍ원시취득의 경우 과세표준에 대한 특례) ① 법 제10조의5제3항 각 호에 따른 취득의 경우 취득당시가액은 다음 각 호의 구분에 따른 가액으로 한다. 1. ~ 2. (생략) 3. 법 제10조의5 제3항 제3호에 따른 사업시행자 또는 주택조합이 법 제7조 제8항 단서에 따른 비조합원용 부동산 또는 체비지ㆍ보류지를 취득한 경우 : 다음 계산식에 따라 산출한 가액 제20조(취득의 시기 등) ⑦ 「주택법」 제11조에 따른 주택조합이 주택건설사업을 하면서 조합원으로부터 취득하는 토지 중 조합원에게 귀속되지 아니하는 토지를 취득하는 경우에는 「주택법」 제49조에 따른 사용검사를 받은 날에 그 토지를 취득한 것으로 보고, 「도시 및 주거환경정비법」 제35조 제3항에 따른 재건축조합이 재건축사업을 하거나 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제23조 제2항에 따른 소규모재건축조합이 소규모재건축사업을 하면서 조합원으로부터 취득하는 토지 중 조합원에게 귀속되지 아니하는 토지를 취득하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제86조 제2항 또는 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제40조 제2항에 따른 소유권이전 고시일의 다음 날에 그 토지를 취득한 것으로 본다.