예규·판례
처분청이 국세환급가산금의 기산일을 국...
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심판청구
처분청이 국세환급가산금의 기산일을 국세환급금 결정일로부터 30일로 보아 국세환급가산금을 지급하지 않은 처분의 당부조심 2026서0039생산일자 2026-05-06
AI 요약
요지
이 건은 법정신고기한이 지난 후, 공제ㆍ환급 요건을 갖추게 된 환급세액의 국세환급가산금에 대한 경우로 「국세기본법 시행령」제43조의3 제1항 제4호단서에 따라, 처분청이 청구법인에 지급해야하는 국세환급금을 결정한 때부터 30일이 지난날을 국세환급가산금의 기산일로 보는 것이 타당한 것으로 보임
상세내용
이유
1.처분개요
가. 청구법인은 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」(이하 “자본시장법”이라 한다)에 따른 투자목적회사로서, 2020년 1월 USD OOO을 출자하여 미국 법인 A(미국 델라웨어주 소재, 이하 “쟁점법인”이라 한다)를 설립한 후 쟁점법인에 USD OOO(이하 “쟁점대여금”이라 한다)을 대여하였다.
나. 청구법인은 쟁점대여금에 대한 미수이자를 수입금액으로 하고 이에 따른 소득금액은 유동화전문회사 등에 대한 소득공제를 규정한 「법인세법」 제51조의2 제1항 제2호에 따라 전액 소득공제를 적용하여 2020사업연도~2023사업연도 법인세를 OOO원으로 신고하였다.
다. 쟁점법인은 2025년 4월 청구법인에게 미수이자 중 일부인 USD OOO(이하 “쟁점이자”라 한다)를 지급하면서 2025.4.16. 이 금액 중 USD OOO를 「대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약」(이하 “한미조세조약”이라 한다) 제13조에 따라 미국 법인세로 원천징수(세율 12%)하여 미국 국세청에 납부하였다.
라. 청구법인은 쟁점이자를 지급받으면서 원천징수되어 미국 국세청에 납부된 USD OOO은 「법인세법」 제57조의2 제1항에 따른 간접투자회사 등이 납부한 외국법인세액공제 특례의 적용대상으로 보고, 2025.6.30. 처분청에 위 「법인세법」 규정에 따른 외국법인세액공제를 적용하여 해당 금액을 환급하여 줄 것을 내용으로 하는 경정청구를 하였으며, 이에 처분청은 위 경정청구를 인용하였으나 환급을 결정한 날로부터 30일 이내에 국세환급금을 지급하였으므로 「국세기본법 시행령」 제43조의3 제1항 제4호 단서에 따라 이 건 경정청구에 따른 국세환급금은 국세환급가산금 지급대상이 아니라고 보아, 2025.8.22. 국세환급가산금 없이 청구법인의 2020~2023사업연도 법인세 OOO원을 국세환급금으로 결정통지하였다.
마. 청구법인은 이에 불복하여 2025.10.24. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 이 건 환급세액에 대한 국세환급가산금의 기산일은 「국세기본법 시행령」 제43조의3 제1항 제4호에 따라 정해진다.
「국세기본법 시행령」 제43조의3 제1항 제1호는 착오 또는 이중납부한 경우 및 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소함으로 인하여 납부해야 하는 세액이 아님에도 납부하였거나 이를 초과하여 납부한 세액에 대한 국세환급금에 적용되는데(국세청 심사기타 2002-2063, 2003.4.25. 참조), 이 건은 경정청구를 통하여 「법인세법」 제57조의2에 따른 외국납부세액을 환급하는 경우로 착오 또는 이중납부 등 마땅히 납부해야 하는 세액이 아님에도 납부한 세금을 환급받은 경우에 해당하지 않아 이 규정의 적용대상이 아니다.
반면, 「국세기본법 시행령」 제43조의3 제1항 제4호는 「법인세법」 등 각 개별법령에 따른 환급세액의 신고, 환급신청, 경정 또는 결정으로 인하여 환급하는 경우에 적용되는데, 이 건의 경우 「법인세법」 제57조의2에 따른 환급세액을 경정청구를 통해 환급받았으므로 「국세기본법 시행령」 제43조의3 제1항 제4호가 적용되는 경우에 해당한다.
(2) 「국세기본법 시행령」 제43조의3 제1항 제4호에 따른 국세환급가산금의 기산일을 검토하면 이 건의 경우 당초 청구법인이 법인세를 신고한 날을 국세환급가산금의 기산일로 보아야 한다.
(가) 「국세기본법 시행령」 제43조의3 제1항 제4호는 국세환급가산금의 기산일을 ① 신고일로부터 30일이 지난 날, ② 신청일로부터 30일이 지난 날 및 ③ 결정일로부터 30일이 지난 날로 구분하여 규정하고 있는데, 이 건의 경우, 다음과 같은 이유로 ‘신고일로부터 30일이 지난 날’을 국세환급가산금의 기산일로 보아야 한다.
(나) ‘신청일로부터 30일이 지난 날’은 환급신청의 경우에 적용되는데, 이는 2020.6.2. 대통령령 제30724호로 「국세기본법 시행령」 제43조의3 제1항 제4호에 추가된 것으로, 당시 기획재정부는 개정이유를 「조세특례제한법」에 중소기업 결손금 소급공제에 대한 환급특례가 신설됨에 따라 국세환급금 발생일 및 국세환급가산금 기산일 규정에 「조세특례제한법」에 따른 신청으로 인한 환급을 추가하기 위함이라고 설명하였는바, 이 건 국세환급금은 「조세특례제한법」 제8조의4에 따른 ‘환급신청’에 해당하지 않아 ‘신청일로부터 30일이 지난 날’을 국세환급가산금의 기산일로 볼 수 없다.
(다) ‘결정일로부터 30일이 지난 날’에 해당하는지를 살펴보면, 이는 납세자가 당초부터 무신고하였는데 과세관청이 결정을 통해 환급세액을 환급하는 경우에 적용되므로, 이 건은 청구법인이 당초 사업연도별 법정신고기한 내에 법인세 과세표준신고서를 제출하면서 납부세액과 환급세액을 “0원”으로 신고한 후 나중에 경정청구를 통해 환급받은 경우에 해당하므로 ‘결정일로부터 30일이 지난 날’이 적용될 여지가 없다.
(라) 관련 유권해석을 살펴보면, 국세청은 부가가치세를 무신고하여 기한후신고를 통하여 환급받는 경우에는 「국세기본법 시행령」 제43조의3 제1항 제4호 단서에 따라 결정일로부터 30일이 지난 때의 다음날부터 국세환급가산금을 기산해야 하나, 환급세액을 “0원”으로 신고한 후 매입세액을 추가하는 경정을 원인으로 환급하는 경우에는 그 신고한 날부터 30일이 지난 날의 다음날부터 국세환급가산금을 기산한다고 해석(국세청 징세-159, 2012.2.3.)하였다.
그리고 2021.2.17. 대통령령 제31452호로 개정된 「국세기본법 시행령」 제43조의3의 개정이유가 납세자의 경정청구에 따라 경정하는 경우 국세환급가산금의 기산일이 경정청구일의 다음날이었으나, 납세자 권익의 제고를 위해 납세자가 경정청구한즌 경우에도 신고일 기준 30일이 지난 날부터 국세환급가산금이 발생하도록 한 것임을 감안하여, 개정 후 유권해석도 당초 법정신고기한 내에 부가가치세를 무실적으로 신고하였으나 매입세액 공제를 이유로 경정청구를 함에 따라 2021.2.17. 이후 결정하는 국세환급금에 대한 국세환급가산금의 기산일은 신고를 한 날의 다음날(국세청 기준-2021-법령해석기본-0184, 2021.10.15.)로 일관되게 해석하고 있다.
(마) 따라서, 이 건과 관련하여 처분청은 청구법인이 법정신고기한 내에 각 사업연도에 대한 법인세를 신고할 당시에는 외국납부세액 환급세액을 포함하지 않았다가, 청구법인의 경정청구가 있는 때에 비로소 환급에 관한 사항을 포함하였으므로 이는 “법정신고기한 내에 신고하지 않은 경우”에 해당하여 결정일로부터 30일이 지난 날의 다음 날을 기산일로 보아야 한다는 의견으로 보이나, 「국세기본법 시행령」 제43조의3 제1항 제4호 단서는 법정신고기한 내에 신고를 하지 않은 경우 즉, “무신고”의 경우에 적용되는 규정이며, 청구법인은 기한 내에 적법하게 법인세 과세표준신고서를 제출하면서 납부세액 및 환급세액을 “0원”으로 신고하였다가 「국세기본법」 제45조의2에 따라 경정청구를 한 경우로 무신고에 해당한다고 볼 수 없어 「국세기본법 시행령」 제43조의3 제1항 제4호 단서를 적용할 수 없다.
(3) 처분청 의견에 대한 청구법인의 항변은 다음과 같다.
(가) 처분청은 이 건 국세환급금의 경우, 국세환급금의 지급이 결정일로부터 30일이 되지 않아 이루어졌으므로 「국세기본법 시행령」 제43조의3 제1항 제4호 단서에 따라 국세환급가산금의 지급대상이 아니라는 의견이나, 청구법인은 2020~2023사업연도 법인세 과세표준신고를 법정기한 내에 하였고, 이 건은 사후에 경정청구를 통해 환급을 청구한 것으호 “무신고에 따른 결정”이 아니고, 처분청이 원용한 ‘국제조세 집행기준’ 57-0-4 등은 외국납부세액공제의 적용요건에 관한 기준일 뿐 국세환급가산금 기산일을 정하는 근거로 볼 수 없으며, 국외원천소득에 상응하는 법인세가 동업기업과세특례제도를 통해 동업기업의 사원 단계에서 이미 납부되어 환급가산금의 과다지급으로 볼 수 없으므로, 이 건 국세환급가산금의 기산일은 각 「국세기본법 시행령」 제43조의3 제1항 제4호 본문에 따라 각 사업연도 법정신고기한 또는 신고일로부터 30일이 경과한 날에 해당한다.
(나) 처분청은 ‘국제조세 집행기준’ 57-0-4에 따라 이 건은 국세환급가산금 지급대상이 아니라는 의견이나, 위 집행기준은 원래부터 지급자체가 발생하지 않는 경우, 즉 계약상 취소ㆍ해지, 무효, 지급불능으로 인한 채권소멸 등에 의하여 결국 사용료를 지급하지 않게 되는 경우 외굽납부세액공제가 불가능하다는 의미로, 이 건과 같이 2020~2023사업연도에 이미 인식한 이자수익을 2025사업연도에 실제 지급받은 경우에는 적용되지 않는 것이다.
만약, 위 집행기준이 이 건에 적용되면 국외원천소득의 손익귀속시기보다 늦게 수령한 소득에 대한 외국납부세액의 공제가 원천적으로 불가능해지는데, 이는 손익귀속의 인식 후 실제 외국납부세액이 발생한 경우에 이를 경정청구를 통해 공제받도록 하는 입법취지 및 다수 예규와 맞지 않고, 이 건에 대하여 외국납부세액을 공제하는 경정청구를 인용한 처분청의 행위와도 불일치하는 것이다.
(다) 처분청은 2020~2023사업연도 법인세 신고 당시 청구법인이 외국에서 납부하거나 납부할 세액이 없어 법정기한 내에 환급신고를 하지 않아 결정일로부터 30일이 지난 날을 기산일로 보아야 한다는 의견이나, 이는 신고 자체를 무신고한 경우에 적용되는 것으로 청구법인은 법인세 과세표준신고를 법정기한 내에 하였고, 처분청 의견대로라면 법정신고기한 내에 신고하더라도 환급세액을 과소하게 신고하면 무신고와 동일하게 취급하게 되므로, 이 경우 「국세기본법 시행령」 제43조의3 제1항 제4호 본문의 “신고를 한 날로부터 30일이 지난 날”이라는 규정은 사실상 적용되는 사례를 보기 어렵고, 당초 잘못 신고한 세액을 환급받는 경정을 통한 국세환급가산금의 기산일을 법정신고일부터 30일로 보는 다수 유권해석과도 일치하지 않는다.
과거 다수의 판례에서 신고서를 제출하지 않은 무신고와 신고서를 제출했으나 내용에 오류나 탈루가 있는 과소신고를 엄격히 구분하고 있는바, 처분청 의견은 청구법인이 적법하게 법인세 과세표준신고서를 제출하였음에도 불구하고 단지 신고서에 외국납부세액 환급세액 란이 비어있었다는 이유로 이를 “무신고”로 확장하는 과도한 유추해석에 따른 잘못된 의견이다.
(라) 처분청은 국세환급가산금을 환급지연에 대한 이자보상 성격의 가산금으로 보고, 당초 법인세를 신고할 당시에는 외국납부세액이 납부되지 않아 공제대상이 없어서 환급의무도 없었으므로, 공제요건이 충족된 2025년 4월 이전 기간으로 소급하여 국세환급가산금을 산정하는 것은 과도한 가산금의 지급이라는 의견을 제시하였다.
그러나, 외국납부세액 공제는 신고일 이후 국외원천소득을 지급받으면서 외국납부세액이 발생한 경우에도 경정청구를 통해 환급받을 수 있는 것이고, 「법인세법」제57조의2 제2항에서 간접투자회사등은 같은 조 제1항에 따른 그 사업연도의 외국납부세액이 그 사업연도의 법인세액을 초과하는 경우에는 환급받을 수 있다고 규정하여 납부할 세액이 없어도 환급이 가능한 것이어서 위와 같은 처분청 의견은 잘못된 것임을 알 수 있다.
그리고 2021년 국세환급가산금 기산일을 경정청구일로부터 30일로 본 「국세기본법 시행령」 제43조의3 제1항 제5호를 삭제하면서, 그 개정이유로 경정청구로 인한 환급시 국가가 세금을 보유했던 기간에 대한 이자를 지급하지 않고 청구일로부터 계산한 것을 시정한 것을 제시하고 있는데, 청구법인은 2020~2023사업연도 귀속 소득으로 인식한 이자소득에 대하여 투자목적회사로서 「법인세법」상 배당소득공제요건을 충족하여 청구법인이 법인세를 납부하지는 않았으나, 청구법인의 배당결의와 모회사인 동업기업의 소득배분을 통해 동업기업의 사원단계에서 동 국외원천소득에 상응하는 법인세를 모두 납부하였는바, 위 이자수익에 대한 법인세는 이익이 발생한 시점에 동업기업의 사원단계에서 모두 국가에 납부된 것으로 환급시까지 민환급세액만큼 국세를 과다하게 납부한 상태였으므로, 청구주장에 따를 경우 국세환급가산금이 과다하게 지급된다는 처분청 의견도 잘못된 의견이다.
나. 처분청 의견
(1) 「법인세법」 제57조 제1항은 국외원천소득에 대하여 외국법인세액을 납부하였거나 납부할 것이 있는 경우에는 공제한도금액 내에서 외국법인세액을 해당 사업연도의 산출세액에서 공제할 수 있다고 규정하고 있고, ‘국제조세 집행기준’ 57-0-4는 외국법인이 내국법인에게 사용료를 지급하지 않아 원천징수되지 않은 세액에 대하여 외국납부세액 공제를 적용하지 않도록 규정하고 있는바, 청구법인은 2025년 4월에 2020~2023사업연도에 발생한 미수이자 중 일부를 지급받았으나, 쟁점법인이 위 미수이자 관련 법인세 USD OOO을 원천징수하여 미국 국세청에 납부한 후 나머지 금액을 청구법인에 지급한 사실이 확인되어, 청구법인의 2020~2023사업연도 이자소득은 2025년 4월 이전에는 외국납부세액 공제대상이 아니었다.
(2) 이 건 국세환급금에 적용되는 국세환급가산금의 경우「국세기본법 시행령」 제43조의3 제1항 제4호 단서에 따라 환급세액을 법정신고기한까지 신고하지 않음에 따른 결정으로 인하여 발생한 환급세액을 환급할 때에 적용되는 해당 결정일로부터 30일이 지난날이 그 기산일에 해당한다.
(가) 청구법인은 국내원천소득 없이 국외이자 소득만 발생하는 법인으로 2020~2023사업연도에 쟁점법인으로부터 발생한 이자소득을 「법인세법」 제51조의2 제1항 제2호에 따라 전액 소득공제하여 산출세액 및 납부세액 없이 신고하였다.
따라서 청구법인은 국내에 납부한 세액이 없으므로 「국세기본법 시행령」 제43조의3 제1항 제1호의 적용대상이 아니고, 세금을 납부한 후 국세의 감면 또는 법률개정으로 발생한 환급이 아니므로 같은 항 제2호 및 제3호도 적용되지 않는다.
(나) 「국세기본법 시행령」 제43조의3 제1항 제4호는 「법인세법」 등 각 개별법령에 따른 환급세액의 신고, 환급신청, 경정 또는 결정으로 인하여 환급하는 경우의 국세환급가산금 기산일에 관한 규정이므로 「법인세법」 제57조의2에 따른 환급세액을 경정청구로 환급받은 이 건에는 「국세기본법 시행령」 제43조의3 제1항 제4호가 적용되는데, 법인세를 신고할 당시 청구법인은 쟁점법인으로부터 이자를 수령한 사실이 없어, 외국에서 납부하거나 납부할 세액이 없었기 때문에 외국납부세액 공제대상이 아니어서 법정신고일로부터 30일이 지난날을 환급기산일로 산정할 수 없었다.
따라서 처분청이 법정신고기한 내에 환급신고를 하지 않은 청구법인에게 2025.6.30.에 한 경정청구에 따라 2개월 이내 환급을 결정(2025.8.22.)하면서 결정일 이후 30일 이내를 국세환급가산금 기산일로 하여 국세관급가산금을 지급하지 않은 것은 정당하다.
(다) 청구주장과 같이 법정신고일로부터 30일을 기산일로 할 경우, 청구법인에 과도한 국세환급가산금이 지급되는 결과를 초래한다.
「국세기본법」 제52조 제1항은 국세환급금을 지급할 때 대통령령으로 정하는 국세환급가산금 기산일로부터 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융회사 등의 예금이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율에 따라 계산한 금액을 국세환급금에 가산하여야 한다고 규정하고 있는바, 청구법인은 법인세 신고를 할 당시 외국에 납부하거나 납부할 세액이 없어 외국납부세액 공제 대상이 아니었고, 국내에 납부한 세액이 없어 환급할 세액도 없었으며, 2025년 4월 이후 외국납부세액 공제대상 세액이 발생하였으므로 2025년 4월 이전을 기산일로 하여 국세환급가산금을 지급하는 것은 부당하다.
따라서 국세환급가산금은 국가기관이 환급을 늦어서 이를 보상하기 위하여 지급하는 금융이자 성격의 금전으로 납세자 권리보호차원에서 지급하는 것으로 청구법인의 2020~2023사업연도 법인세 신고일에는 국세환급금의 지급의무가 없었던 상황이었으므로, 국세환급가산금의 기산일을 법인세 신고일부터 30일로 소급하여 지급할 의무도 없는 것이다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
처분청이 국세환급가산금의 기산일을 국세환급금 결정일로부터 30일로 보아 국세환급가산금을 지급하지 않은 처분의 당부
나. 관련 법령 : <별지> 기재
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인은 자본시장법에 따른 투자목적회사로, 미국 델라웨어주에 소재한 미국법인인 쟁점법인을 2020년 1월 USD OOO을 출자하여 설립한 후, 쟁점대여금OOO을 연 6.7%의 이자율로 쟁점법인에 대여하였다.
(2) 청구법인은 쟁점법인으로부터 지급받지 못하여 미수이자로 계상한 쟁점대여금에 대한 이자소득을 「법인세법」 제51조의2 제1항 제2호에 따라 전액 소득공제를 적용하여 2020사업연도부터 각 사업연도별 법인세 과세표준확정신고를 하였다.
(3) 청구법인은 2023년 5월 1차로 쟁점대여금에 대한 미수이자 중 일부OOO를 쟁점법인으로부터 지급받았고, 이후 쟁점법인이 2025년 4월 2차로 쟁점이자OOO를 지급하면서, 한미조세조약 제13조를 적용하여 USD OOO을 원천징수하여 미국 법인세로 미국 국세청에 납부함에 따라, 청구법인은 원천징수 후 남은 금액OOO을 쟁점대여금에 대한 이자수익으로 지급받았다.
(4) 연도별 쟁점대여금에 대한 이자의 발생 및 지급 내역 등은 아래 <표1>과 같다.
<표1> 연도별 쟁점대여금에 대한 이자의 발생 및 지급 내역
(단위 : USD)
○○○
(5) 청구법인은 쟁점이자에 대한 미국 법인세가 원천징수됨에 따라 「법인세법」 제57조의2에 따른 간접투자회사 등으로부터 지급받은 소득에 대한 외국납부세액의 공제를 적용하여, 2025.6.20. 처분청에 OOO원의 환급을 구하는 내용의 경정청구를 제기하였다.
(6) 처분청은 2025.8.22. 청구법인의 위 경정청구를 인용하여 아래 <표2>와 같이 2020~2024사업연도 법인세를 감액경정하여 국세환급금을 국세환급가산금 없이 환급하는 내용으로 국세환급금을 결정통지하였다.
<표2> 청구법인에 대한 쟁점이자 관련 국세환급금 내역
(단위 : 원)
○○○
(7) 2020.6.2. 대통령령 제30724호로 「국세기본법 시행령」 제43조의3 제1항 제4호가 개정되어 환급신청에 따른 국세환급금 지급 시 국세환급가산금의 기산일을 환급신청을 한 날로 규정할 당시 개정내용과 개정이유는 다음과 같다.
<개정이유>
코로나바이러스감염증-19의 국내 확산에 따라 민간의 경제활동이 위축되어 매출이 급감한 중소기업에 미래 투자에 대한 현금 유동성을 미리 제공하기 위하여 「조세특례제한법」에 중소기업의 결손금 소급공제에 대한 환급 특례가 신설됨에 따라 국세환급금 발생일 및 국세환급가산금 기산일 규정에 「조세특례제한법」에 따른 신청으로 인한 환급을 추가함.
<개정내용>
개정 전
개정 후
4. 「소득세법」ㆍ「법인세법」ㆍ「부가가치세법」ㆍ「개별소비세법」ㆍ「주세법」 또는 「교통ㆍ에너지ㆍ환경세법」에 따른 환급세액의 신고, 경정(제5호에 해당하는 경우는 제외한다) 또는 결정으로 인하여 환급하는 경우 : 신고를 한 날(신고한 날이 법정신고기일전인 경우에는 해당 법정신고기일)부터 30일이 지난 날. 다만, 환급세액을 법정신고기한까지 신고하지 않음에 따른 결정으로 인하여 발생한 환급세액을 환급할 때에는 해당 결정일부터 30일이 지난 날로 한다.
4.「소득세법」ㆍ「법인세법」ㆍ「부가가치세법」ㆍ「개별소비세법」ㆍ「주세법」, 「교통ㆍ에너지ㆍ환경세법」 또는 「조세특례제한법」에 따른 환급세액의 신고, 환급신청, 경정 또는 결정으로 인하여 환급하는 경우 : 신고를 한 날(신고한 날이 법정신고기일 전인 경우에는 해당 법정신고기일) 또는 신청을 한 날부터 30일이 지난 날(세법에서 환급기한을 정하고 있는 경우에는 그 환급기한의 다음 날). 다만, 환급세액을 법정신고기한까지 신고하지 않음에 따른 결정으로 인하여 발생한 환급세액을 환급할 때에는 해당 결정일부터 30일이 지난 날로 한다.
(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 이 건에 대하여 다음과 같이 살펴본다.
(가) 청구법인은 「국세기본법 시행령」 제43조의3 제1항 제4호는 개별세법에 따라 경정되어 발생한 국세환급금의 경우 그 신고일로부터 30일을 국세환급가산금의 기산일로 보도록 규정하고 있으므로, 이 건과 같이 청구법인의 경정청구에 의한 경정에 따라 국세환급금의 국세환급가산금의 기산일도 당초 법인세 신고일로부터 30일이 경과한 날부터 기산해야 한다고 주장한다.
(나) 그러나, 다음과 같은 이유로 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
1) 우선 환급세액은 각 개별세법에서 규정한 환급요건에 따라 확정되는 것으로, 국세환급가산금은 국세환급금에 대한 법정이자로서의 성질을 갖고 있어서(대법원 2008.1.10. 선고 2007다79534 판결 등 참조), 환급세액에 대한 국세환급금이 확정되면 그 환급금액에 대하여 「국세기본법」 제52조 및 같은 법 시행령 제43조의3 제1항에 따른 기산일과 이율에 따라 확정되는 것이다(대법원 1989.6.15. 선고 88누6436 전원합의체 판결 등, 같은 뜻임).
한편, 「법인세법」 제57조의2 제1항 각 호 외의 본문은 “내국법인이 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우에는 해당 사업연도에 제1호에 따른 회사 등이 납부한 제2호에 따른 세액 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 해당 사업연도의 산출세액에서 공제할 수 있다”고 규정하고 있고, 같은 항 제2호는 공제를 적용받을 수 있는 요건으로 “외국법인세액을 납부하였을 것”을 규정하고 있으므로, 이 건의 경우 쟁점법인이 2025.4.16. 쟁점이자에 대한 미국 법인세를 원천징수하여 미국 정부에 납부한 때부터 청구법인이 「법인세법」 제57조의2 제1항에 따른 외국납부세액 공제의 요건을 갖추어 국세환급금을 받을 권리가 발생되는바, 청구주장처럼 청구인이 국가로부터 국세를 환급받을 채권의 원금인 국세환급금이 발생하기 전인 2020~2023사업연도 법인세 확정 신고일부터 그 이자인 국세환급가산금을 기산하는 것은 국세환급금으로 대표되는 부당이득반환채권이 확정되지 않은 과거에 그 부당이득반환채권의 이자부터 발생한다는 것으로 이를 인정하기는 어려운 것으로 보인다.
2) 다음으로 「국세기본법 시행령」 제43조의3 제1항 제4호는 국세환급가산금의 기산일을 “「소득세법」ㆍ「법인세법」ㆍ「부가가치세법」ㆍ「개별소비세법」ㆍ「주세법」, 「교통ㆍ에너지ㆍ환경세법」 또는 「조세특례제한법」에 따른 환급세액의 신고, 환급신청, 경정 또는 결정으로 인하여 환급하는 경우 : 신고를 한 날(신고한 날이 법정신고기일 전인 경우에는 해당 법정신고기일) 또는 신청을 한 날부터 30일이 지난 날(세법에서 환급기한을 정하고 있는 경우에는 그 환급기한의 다음 날). 다만, 환급세액을 법정신고기한까지 신고하지 않음에 따른 결정으로 인하여 발생한 환급세액을 환급할 때에는 해당 결정일부터 30일이 지난 날로 한다”고 규정하고 있는데, 위 단서 규정은 2020.6.2. 대통령령 제30724호로 개정딘 「국세기본법 시행령」제43조의3 제1항 제4호의 개정이유 및 개정내용을 고려할 때, 「조세특례제한법」 등 개별세법에서 규정하는 환급세액은 정책적 목적 등에 따라 납부한 세액을 초과하여 공제ㆍ환급하는 것을 허용하는 것으로, 잘못된 신고에 따른 세액을 경정하거나 과오납 등이 발생함으로 인하여 납부한 세액의 범위 내에서 환급하는 일반적인 국세환급금과 달리 보는 것이 타당해 보이는 점 한편, 「국세기본법」 제51조는 “환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다”고 하여 ‘국세환급금은 결정하는 것’으로 규정하고 있고, 「국세기본법」 및 같은 법 시행령 규정은 ‘과세표준 확정신고를 무신고한 경우’를 “과세표준신고서를 제출하지 않은 경우”나, “과세표준 및 세액을 신고하지 않은 경우”로 표현하여, 그 신고대상을 “환급세액”으로 규정한 위 「국세기본법 시행령」 제43조의3 제1항 제4호 단서와 그 문언의 표현 등이 달라서, 이를 청구주장처럼 일반적인 과세표준의 무신고로 한정하여 해석하기보다 “환급세액이 있음을 법정신고기한까지 신고하지 않음에 따른 국세환급금의 결정”으로 해석하는 것이, 개별세법에 따른 환급세액의 성격 및 다른 「국세기본법」 및 같은 법 시행령 규정의 문언에 부합하는 해석으로 보이는 점 등에 비추어, 이 건은 당초 공제ㆍ환급 요건을 갖추지 못하여 법정신고기한 내에 신고하지 않았으나 사후적으로 공제ㆍ환급 요건을 갖추게 된 환급세액의 국세환급가산금에 대한 경우로 「국세기본법 시행령」 제43조의3 제1항 제4호 단서에 따라 처분청이 청구법인에 지급해야하는 국세환급금을 결정한 때부터 30일이 지난날을 국세환급가산금의 기산일로 보는 것이 타당한 것으로 보인다.
(다) 따라서, 청구법인의 경정청구에 대하여 국세환급가산금을 지급하지 않은 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
<별지> 관련 법령
(1) 법인세법(2025.10.1. 법률 제21065호로 개정되기 전의 것)
제57조(외국 납부 세액공제 등) ①내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우로서 그 국외원천소득에 대하여 대통령령으로 정하는 외국법인세액(이하 이 조 및 제73조에서 “외국법인세액”이라 한다)을 납부하였거나 납부할 것이 있는 경우에는 다음 계산식에 따른 금액(이하 이 조에서 “공제한도금액”이라 한다) 내에서 외국법인세액을 해당 사업연도의 산출세액에서 공제할 수 있다.
제57조의2(간접투자회사 등이 납부한 외국법인세액공제 특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우에는 해당 사업연도에 제1호에 따른 회사 등이 납부한 제2호에 따른 세액 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 해당 사업연도의 산출세액에서 공제할 수 있다.
1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 회사 등(이하 이 조에서 “간접투자회사등”이라 한다)으로부터 금융상품을 취득하였을 것
가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 투자회사, 투자목적회사, 투자유한회사, 투자합자회사(같은 법 제9조제19항제1호의 기관전용 사모집합투자기구는 제외한다), 투자유한책임회사, 투자신탁, 투자합자조합 및 투자익명조합
나. 「부동산투자회사법」에 따른 기업구조조정 부동산투자회사 및 위탁관리 부동산투자회사
다. 제5조 제2항에 따라 내국법인으로 보는 신탁재산
2. 간접투자회사등이 제1호에 따른 금융상품의 투자대상에서 발생한 소득에 대하여 제57조 제1항 및 제6항에 따른 외국법인세액(간접투자회사등이 다른 간접투자회사등이 발행하는 증권을 취득하는 구조로 투자한 경우로서 그 다른 간접투자회사등이 납부한 같은 규정에 따른 외국법인세액이 있는 경우 해당 세액을 포함하며, 이하 이 조 및 제73조에서 “간접투자외국법인세액”이라 한다)을 납부하였을 것
② 제1항에 따라 산출세액에서 공제할 수 있는 금액이 다음 계산식에 따른 금액(이하 이 항에서 “공제한도금액”이라 한다)을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 해당 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 10년 이내에 끝나는 각 사업연도로 이월하여 그 이월된 사업연도의 공제한도금액 내에서 공제할 수 있다.
③ 제2항을 적용할 때 내국법인이 간접투자회사등으로부터 지급받은 소득은 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제238조 제6항에 따른 기준가격(간접투자외국법인세액이 차감된 가격을 말하며, 이하 제73조에서 “세후기준가격”이라 한다)을 기준으로 계산된 금액으로 한다. 다만, 증권시장에 상장된 간접투자회사등의 증권의 매도에 따라 간접투자회사등으로부터 지급받은 소득은 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.
④ 제1항부터 제3항까지에 따른 간접투자외국법인세액의 계산방법, 그 밖에 세액공제에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제60조(과세표준 등의 신고) ① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(제60조의2 제1항 본문에 따라 내국법인이 성실신고확인서를 제출하는 경우에는 4개월로 한다) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.
제66조(결정 및 경정) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.
(2) 국세기본법
제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 3개월 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.
1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액, 세액공제액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액, 세액공제액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액, 세액공제액 또는 환급세액에 미치지 못할 때
② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.
1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때
2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때
3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때
4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 된 과세표준 및 세액과 연동된 다른 세목(같은 과세기간으로 한정한다)이나 연동된 다른 과세기간(같은 세목으로 한정한다)의 과세표준 또는 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 또는 세액을 초과할 때
5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때
제51조(국세환급금의 충당과 환급) ① 세무서장은 납세의무자가 국세 및 강제징수비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액(세법에 따라 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있을 때에는 공제한 후에 남은 금액을 말한다)이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다. 이 경우 착오납부ㆍ이중납부로 인한 환급청구는 대통령령으로 정하는 바에 따른다.
② 세무서장은 국세환급금으로 결정한 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 다음 각 호의 국세 및 강제징수비에 충당하여야 한다. 다만, 제1호(「국세징수법」 제9조에 따른 납부기한 전 징수 사유에 해당하는 경우는 제외한다) 및 제3호의 국세에의 충당은 납세자가 그 충당에 동의하는 경우에만 한다.
1. 납부고지에 의하여 납부하는 국세
2. 체납된 국세 및 강제징수비(다른 세무서에 체납된 국세 및 강제징수비를 포함한다)
3. 세법에 따라 자진납부하는 국세
③ 제2항 제2호에의 충당이 있는 경우 체납된 국세 및 강제징수비와 국세환급금은 체납된 국세의 법정납부기한과 대통령령으로 정하는 국세환급금 발생일 중 늦은 때로 소급하여 대등액에 관하여 소멸한 것으로 본다.
⑥ 국세환급금 중 제2항에 따라 충당한 후 남은 금액은 국세환급금의 결정을 한 날부터 30일 내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세자에게 지급하여야 한다.
제52조(국세환급가산금) ① 세무서장은 국세환급금을 제51조에 따라 충당하거나 지급할 때에는 대통령령으로 정하는 국세환급가산금 기산일부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융회사 등의 예금이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율에 따라 계산한 금액(이하 “국세환급가산금”이라 한다)을 국세환급금에 가산하여야 한다.
② 제51조 제8항에 따라 국세에 충당하는 경우 국세환급가산금은 지급결정을 한 날까지 가산한다.
③ 제1항 및 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유 없이 대통령령으로 정하는 고충민원의 처리에 따라 국세환급금을 충당하거나 지급하는 경우에는 국세환급가산금을 가산하지 아니한다.
1. 제45조의2에 따른 경정 등의 청구
2. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구 또는 「행정소송법」에 따른 소송에 대한 결정이나 판결
(3) 국세기본법 시행령
제32조(국세환급금 발생일) 법 제51조 제3항에서 “대통령령으로 정하는 국세환급금 발생일”이란 다음 각 호의 구분에 따른 날을 말한다.
1. 착오납부, 이중납부 또는 납부의 기초가 된 신고 또는 부과의 취소ㆍ경정에 따라 환급하는 경우: 그 국세 납부일(세법에 따른 중간예납액 또는 원천징수에 따른 납부액인 경우에는 그 세목의 법정신고기한의 만료일). 다만, 그 국세가 2회 이상 분할납부된 것인 경우에는 그 마지막 납부일로 하되, 국세환급금이 마지막에 납부된 금액을 초과하는 경우에는 그 금액이 될 때까지 납부일의 순서로 소급하여 계산한 국세의 각 납부일로 한다.
2. 적법하게 납부된 국세의 감면으로 환급하는 경우 : 그 감면 결정일
3. 적법하게 납부된 후 법률이 개정되어 환급하는 경우 : 그 개정된 법률의 시행일
4. 「소득세법」, 「법인세법」, 「부가가치세법」, 「개별소비세법」, 「주세법」 또는 「조세특례제한법」에 따른 환급세액의 신고, 환급신청 또는 신고한 환급세액의 경정으로 인하여 환급하는 경우 : 그 신고ㆍ신청일. 다만, 환급세액을 신고하지 않은 경우(법정신고기한이 지난 후 법 제45조의3에 따라 기한 후 신고를 한 경우를 포함한다)로서 결정에 의하여 환급세액을 환급하는 경우에는 해당 결정일로 한다.
5. 원천징수의무자가 연말정산 또는 원천징수하여 납부한 세액을 법 제45조의2 제5항에 따른 경정청구에 따라 환급하는 경우 : 연말정산세액 또는 원천징수세액 납부기한의 만료일
6. 「조세특례제한법」 제100조의8에 따라 근로장려금을 환급하는 경우 : 근로장려금의 결정일
제43조의3(국세환급가산금) ① 법 제52조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 국세환급가산금 기산일”이란 다음 각 호의 구분에 따른 날의 다음 날로 한다.
1. 착오납부, 이중납부 또는 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소함에 따라 발생한 국세환급금 : 국세 납부일. 다만, 그 국세가 2회 이상 분할납부된 것인 경우에는 그 마지막 납부일로 하되, 국세환급금이 마지막에 납부된 금액을 초과하는 경우에는 그 금액이 될 때까지 납부일의 순서로 소급하여 계산한 국세의 각 납부일로 하며, 세법에 따른 중간예납액 또는 원천징수에 의한 납부액은 해당 세목의 법정신고기한 만료일에 납부된 것으로 본다.
2. 적법하게 납부된 국세의 감면으로 발생한 국세환급금 : 감면 결정일
3. 적법하게 납부된 후 법률이 개정되어 발생한 국세환급금 : 개정된 법률의 시행일
4. 「소득세법」ㆍ「법인세법」ㆍ「부가가치세법」ㆍ「개별소비세법」ㆍ「주세법」, 「교통ㆍ에너지ㆍ환경세법」 또는 「조세특례제한법」에 따른 환급세액의 신고, 환급신청, 경정 또는 결정으로 인하여 환급하는 경우 : 신고를 한 날(신고한 날이 법정신고기일 전인 경우에는 해당 법정신고기일) 또는 신청을 한 날부터 30일이 지난 날(세법에서 환급기한을 정하고 있는 경우에는 그 환급기한의 다음 날). 다만, 환급세액을 법정신고기한까지 신고하지 않음에 따른 결정으로 인하여 발생한 환급세액을 환급할 때에는 해당 결정일부터 30일이 지난 날로 한다.
5. 삭제 <2021. 2. 17.>
② 법 제52조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 이자율”이란 시중은행의 1년 만기 정기예금 평균 수신금리를 고려하여 재정경제부령으로 정하는 이자율(이하 이 항에서 “기본이자율”이라 한다)을 말한다. 다만, 납세자가 법 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구 또는 「행정소송법」에 따른 소송을 제기하여 그 결정 또는 판결에 따라 세무서장이 국세환급금을 지급하는 경우로서 그 결정 또는 판결이 확정된 날부터 40일 이후에 납세자에게 국세환급금을 지급하는 경우에는 기본이자율의 1.5배에 해당하는 이자율을 적용한다.