이 건 정비사업 부지의 전체 면적 14,594.2㎡ 중 체비지는 1,903.03㎡에 불과한 반면 청구법인이 제3자로부터 취득한 토지 면적은 2,772.3㎡로 이를 초과하므로 체비지는 이미 제3자 취득 토지 범위 내에서 전부 충당된다고 보아야 함

이유 1. 처분개요 가. 청구법인은 서울특별시 강남구 OOO 일원 공동주택단지를 신축하기 위하여 「도시 및 주거환경정비법」에 따라 2003.7.29. 결성된 조합으로 2005년 10월경 사업시행인가, 2018.4.3. 관리처분계획인가, 2021.9.17. 준공인가를 마친 주택재건축정비사업(이하 “이 건 정비사업”이라 한다)에 대하여 2023.6.16. 소유권 이전에 관한 이전고시 이후 일반분양분 토지에 대하여 「지방세법」제10조의5 제3항 제3호 및 같은 법 시행령 제18조의4 제1항 제3호에 따라 계산한 1,554.29㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)에 대하여 무상취득 세율 3.5%를 적용하여 취득세 등 합계 OOO원을 2023.6.27. 신고ㆍ납부하였다. 나. 청구법인은 2025.7.3. 제3자로부터 매입한 토지와 조합원용 토지가 혼재한 경우 일반분양분 토지에 대한 과세표준 산정시 제3자 매입 토지를 우선 공제되어야 한다고 주장하며 경정청구를 하였으나, 처분청은 2025.9.3. 이를 거부하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.9.23. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 청구조합은 일반분양분 토지에 관하여 추가로 취득세를 납부할 의무가 없다. 일반분양분 토지의 면적이 1,903.03㎡인 반면 청구조합이 제3자로부터 취득한 토지의 최종 면적은 2,772.3㎡로서, 제3자 취득 토지 면적이 일반분양분 토지 면적을 초과하기 때문이다. 따라서 일반분양분 토지는 이미 제3자로부터 취득한 토지 범위 내에서 충당되는 것으로 보아야 하므로, 별도로 취득세 납부 대상이 될 수 없다는 것이다. 구체적으로 보면, 이 건 재건축사업 부지 전체 면적은 14,594.2㎡이고, 그중 택지는 12,456.3㎡, 정비기반시설은 2,137.9㎡이다. 또 택지는 조합원용 10,553.27㎡와 일반분양분 토지 1,903.03㎡로 구성되어 있다. 한편 청구조합은 제3자로부터 총 2,910.7㎡를 취득하였는데, 이는 현금청산 토지 1,338.4㎡와 국공유지 무상취득분 1,572.3㎡를 합한 면적이다. 이 가운데 138.4㎡는 신설되는 정비기반시설로 다시 편입되었으므로, 제3자로부터 최종적으로 취득한 토지 면적은 2,772.3㎡가 된다. 나. 처분청 의견 2023.3.14. 개정된 「지방세법 시행령」 제18조의4 제1항 제3호는 일반분양분 해당 토지의 면적 산정 방식에 관하여, 주택조합이 사업 진행 중 취득한 토지의 면적에서 조합원으로부터 신탁받은 토지를 제외하고, 이를 전체 토지 대비 해당 토지 비율에 따라 안분한 후 그 면적을 해당 토지 면적에서 공제하도록 명확히 규정하고 있다. 이는 일반분양분 산정 시 제3자로부터 매입한 토지를 기준으로 계산하도록 하는 입법 취지를 분명히 한 것이다. 따라서 이 건은 이미 개정 법령에 따라 판단하여야 할 사안이고, 이 건 경정청구에 대한 처분청의 거부처분은 관련 법령에 부합한다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 청구법인이 취득한 비조합원용 토지에 대한 취득세 등을 과다하게 신고ㆍ납부하였으므로 취득세 등을 환급해야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 청구법인은 서울특별시 강남구 OOO 일원에서 AAA 주택재건축정비사업을 시행할 목적으로 설립된 법인으로, 해당 재건축사업은 2003.7.29. 조합설립 이후 2005년 10월경 사업시행인가를 받았고, 2018.4.3. 관리처분계획인가, 2021.9.17. 준공인가를 거쳐 2023.6.16. 이전고시에 이르렀다. (나) 청구법인은 2023.6.16. 소유권이전에 관한 이전고시 이후, 분양가액을 기준으로 산정한 과세표준에 무상취득 세율 3.5%를 적용하여 이 건 토지에 대한 취득세 등을 납부ㆍ납부하였다. (다) 이 건 재건축사업 부지의 전체 면적은 14,594.2㎡로, 이 중 택지 12,456.3㎡는 조합원용 10,553.27㎡와 일반분양분 토지 1,903.03㎡로 구성되고 정비기반시설은 2,137.9㎡이며, 청구조합은 제3자로부터 현금청산 토지 1,338.4㎡와 국공유지 무상취득분 1,572.3㎡를 합한 총 2,910.7㎡를 취득하였으나 이 중 138.4㎡가 신설 정비기반시설로 다시 편입됨에 따라 최종 취득 토지 면적은 2,772.3㎡로 일반분양분 토지 면적 1,903.03㎡를 초과한 것으로 나타난다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 일반분양분 토지 면적 산정 시 주택조합이 사업 진행 중 취득한 토지의 면적에서 조합원으로부터 신탁받은 토지를 제외하고, 이를 전체 토지 대비 해당 토지 비율에 따라 안분한 후 그 면적을 해당 토지 면적에서 공제하여야 한다는 의견이나, 주택조합 등이 조합원으로부터 신탁받은 토지와 제3자로부터 매입한 토지를 기반으로 아파트 등을 신축하는 사업을 시행한 다음 이를 조합원과 조합원 외의 자에게 분양함으로써 그 토지 중 일부가 조합원에게 귀속되고 나머지가 조합원 외의 자에게 귀속된 경우, 비조합원용 토지 중 제3자로부터 매입한 토지가 차지하는 면적은 그 실지귀속에 따라 가리는 것이 원칙이나, 조합원으로부터 신탁받은 토지와 제3자로부터 매입한 토지가 전체적으로 하나의 단일한 사업부지로 사용됨으로써 그 중 어느 것이 조합원에게 귀속되고 어느 것이 조합원 외의 자에게 귀속되는지의 실지귀속을 구분할 수 없다면, 특별한 사정이 없는 한 납세자에게 세무상 불이익이 없도록 제3자로부터 매입한 토지는 비조합원용 토지로 우선하여 산정하여야 할 것인 점(대법원 2015.10.29. 선고 2010두1804 판결, 같은 뜻임), 이 건 재건축사업 부지의 전체 면적 14,594.2㎡ 중 일반분양분 토지 면적은 1,903.03㎡에 불과한 반면 청구법인이 제3자로부터 최종 취득한 토지 면적은 2,772.3㎡로 이를 초과하므로 일반분양분 토지는 이미 제3자 취득 토지 범위 내에서 전부 충당된다고 보아야 하는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 지방세법 제10조의5(무상취득ㆍ유상승계취득ㆍ원시취득의 경우 과세표준에 대한 특례) ① 제10조의2 및 제10조의3에도 불구하고 차량 또는 기계장비를 취득하는 경우 취득당시가액은 다음 각 호의 구분에 따른 가격 또는 가액으로 한다. ③ 제10조의2부터 제10조의4까지의 규정에도 불구하고 다음 각 호의 경우 취득당시가액의 산정 및 적용 등은 대통령령으로 정한다. 3. 「도시 및 주거환경정비법」 제2조 제8호의 사업시행자, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제2조 제1항 제5호의 사업시행자 및 「주택법」 제2조 제11호의 주택조합이 취득하는 경우 (2) 지방세법 시행령 제18조의4(유상ㆍ무상ㆍ원시취득의 경우 과세표준에 대한 특례) ① 법 제10조의5 제3항 각 호에 따른 취득의 경우 취득당시가액은 다음 각 호의 구분에 따른 가액으로 한다. 3. 법 제10조의5 제3항 제3호에 따른 사업시행자 또는 주택조합이 법 제7조 제8항 단서에 따른 비조합원용 부동산 또는 체비지ㆍ보류지를 취득한 경우 : 다음 계산식에 따라 산출한 가액 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제87조 제4항, 제99조의2부터 제99조의4까지, 제100조 제12항, 제100조의5 제3항 전단 및 제100조의7 제4항의 개정규정은 2025년 1월 1일부터 시행한다. 제3조의2(재개발사업 등으로 취득한 부동산에 대한 과세표준에 관한 특례) ① 2023년 3월 14일 전에 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 또는 「주택법」 제15조에 따른 사업계획 승인을 받은 사업의 시행으로 법 제10조의5 제3항 제3호에 따른 사업시행자 또는 주택조합이 2023년 3월 14일 이후 취득하는 비조합원용 부동산 또는 체비지ㆍ보류지에 대해서는 제18조의4 제1항 제3호의 개정규정에도 불구하고 취득당시가액은 다음 계산식에 따라 산출한 가액으로 한다. 다만, 다음 계산식에 따라 산출한 가액이 제18조의4 제1항 제3호의 개정규정에 따라 산출한 가액보다 높은 경우에는 그렇지 않다.