청구법인은 국내미등록특허권의 사용료는 국내원천소득이 아니라고 주장하나, 「법인세법」 제93조 제8호에서 특허권 등이 국내에서 등록되지 아니하였으나 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가로써 발생하는 소득은 외국법인의 국내원천소득에 해당한다고 규정하고 있으므로, 처분청이 쟁점특허권사용료를 국내원천소득에 해당하는 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없음(조심 2025중2484, 2025.12.30., 같은 뜻임)

이유 1. 처분개요 가. 청구법인는 미합중국에서 설립된 법인으로, 내국법인인 AAA 주식회사(이하 “특별징수의무자”라 한다)에게 양방향 프로그램 가이드 기술 등에 대한 특허권을 사용하게 하고, 특별징수의무자는 그 대가로 로열티를 지급(이하 “쟁점특허권사용료”라 한다)하면서 「대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약」에 따라 2022년 및 2023년 귀속분 법인세를 15%의 세율로 원천징수한 세액을 남대문세무서장에게 신고ㆍ납부함과 동시에 법인세의 100분의 10에 해당하는 금액을 지방소득세로 특별징수하여 2022년도 지방소득세(특별징수분) OOO원, 2023년도 지방소득세(특별징수분) OOO원 합계 OOO원을 2022.1.10.부터 2024.1.10.까지 처분청에 신고ㆍ납부하였다. 나. 청구법인은 2025.1.22. 국내미등록 특허권에 대한 사용료는 원천징수대상인 국내원천소득에 해당하지 아니한다는 이유로 특별징수의무자가 납부한 지방소득세에 대하여 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 처분청은 2025.3.17. 청구법인의 경정청구를 거부하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.6.16. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 미국법인인 청구법인이 국내법인으로부터 지급받은 쟁점특허권사용료 중 국외에 등록된 특허권들의 라이센스에 대해 지급받은 대가에 해당하는 부분은 국내원천소득에 해당하지 않으므로 한미조세조약에 따라 국내에서 과세되지 아니하는 것인바, 이와 다른 전제로 한 이건 경정청구 거부처분은 위법하다. 국내세법에 따르면 청구법인이 원천징수의무자들과의 계약에 따라서 수취한 특허권 로열티는 한미조세조약상 국내원천소득에 해당하는 경우에 한해 국내원천 사용료소득으로 간주되어 원천징수대상에 해당하는데, 한미조세조약은 특허권의 “속지주의” 원칙을 적용하는바, 한미조세조약 제6조 제3항 및 제4조 제4항은 특허권자가 특허 물건을 독점적으로 생산, 사용, 양도, 대여, 수입 또는 수출하는 등의 특허실시에 관한 권리는 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 그 효력이 미친다고 해석된다. 한미조세조약의 해석과 속지주의 기본원칙에 따르면, 특허실시권의 “사용”에 대한 개념은 특허실시권 행사의 대상이 되는 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 적용되고 유효하다. 그 결과, 한미조세조약상 특허권에 대한 특허실시권은 그 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 사용이 가능하고, 특허권이 등록된 국가에서만 납세의무를 부담한다. 따라서 미국법인이 특허권을 국외에서 등록하였을뿐 국내에는 등록하지 아니한 경우, 미국법이 그러한 특허권과 관련하여 지급받은 소득은 국내에 등록된 특허권과 관련된 특허실시권의 사용에 대한 대가가 될 수 없으므로 국내 원천소득으로 볼 수 없다. 다수의 대법원 판결은 위와 같이 결정하고 있고, 대법원 판례들에 따르면, 한미조세조약이 「법인세법」에 우선하여 적용되고, 한미조세조약상 국내에 등록되지 않은 특허권과 관련된 특허실시권의 사용에 대해 미국법인에 지급한 대가는 국내원천소득에 해당하지 않는다고 하고 있다. 따라서, 이 건 거부처분은 위법한 처분으로 취소되어야 한다. 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점특허권사용료 중 국내에 등록되지 아니한 특허권과 관련된 부분은 국외원천소득에 해당하여 처분청이 이건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다고 주장하나, 한미조세조약 제6조 제3항은 “특허 등 제14항에 규정된 재산의 사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취득된다”라고 규정하고 있어, 원천징수의 판단기준으로 ‘사용지 주의’를 채택한 것으로 볼 수 있으나, 그 사용지의 개념에 관하여는 구체적으로 규정하고 있지 않으므로, 특별한 사정이 없는 한 국내법에서 규정하고 있는 바에 따르는 것이 타당해 보이는 점(조심 2023중7271, 2023.6.7. 외 다수), 외국법인의 국내원천 사용료소득에 관하여 규정하고 있는 「법인세법」제93조 제8호 특허권 등을 국내에서 사용하는 경우 국내 등록 여부에 관계없이 사용지를 국내로 의제하고 있어 처분청이 쟁점특허권 사용료를 국내원천소득으로 보아 원천징수분 법인세에 대한 지방소득세 특별징수 신고ㆍ납부세액에 대한 경정 거부처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 국내에 등록되지 않은 특허권의 사용료는 특허권 사용여부와 관계없이 국내원천소득에 해당하지 않아 지방소득세 과세대상이 아니라는 청구주장의 당부 나. 관련 법률 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 미국에 설립된 법인으로, 내국법인인 특별징수의무자에 대하여 양방향 프로그램 가이드(Interactive Program Guide) 기술 등에 대한 특허권의 사용을 허가하고 국내원천징수의무자로부터 그 대가로 로열티를 지급받기로 하는 특허 라이선스 계약을 체결하였다. (나) 특별징수의무자는 위 특허 라이선스 계약에 따라 쟁점특허권사용료를 지급하면서 한미조세협약 제14조 제1항에 따른 제한세율 15%를 적용하여 2022년 및 2023년 법인세를 원천징수ㆍ납부하면서 원천징수한 법인세 합계 OOO원을 과세표준으로 하여 2022년 및 2023년 지방소득세(특별징수분) 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다. (다) 청구법인은 2025.1.22. 2022~2023년도 법인지방소득세(특별징수분)에 대하여 경정청구하였으나, 처분청은 2025.3.17. 이를 거부하였다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점특허권사용료가 국내에 등록되지 아니하였으므로 국내원천소득에 해당되지 아니한다고 주장하나, 「지방세법」제103조의52 제1항에서 외국법인의 국내원천소득에 대하여 「법인세법」 제98조 및 제98조의2부터 제98조의8까지에 따라 법인세를 원천징수하는 경우에는 원천징수하는 법인세의 100분의 10에 해당하는 금액을 법인지방소득세로 특별징수하도록 규정하고 있는 점, 「지방세법」 제103조의25 제3항에서 납세지 관할 지방자치단체의 장은 법인지방소득세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 「법인세법」에 따라 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방 국세청장이 결정 또는 경정한 자료, 장부나 그 밖의 서류를 근거로 하여야 한다고 규정하고 있으므로 법인세 과세표준 및 법인세액이 권한 있는 기관에 의하여 취소 또는 경정결정이 있기 전까지는 적법한 것으로 보아야 하는데, 청구법인의 쟁점특허권사용료에 대한 법인세 불복 청구사건에서 우리 원은 적법하다고 결정하였으므로(조심 2026서105, 2026.3.26.) 이에 근거한 법인지방소득세도 적법하다고 할 것인 점, 쟁점특허권사용료 중 국내미등록 특허권 관련 금액이 포함되어 있다 하더라도, 2008.12.26. 법률 제9267호로 개정된 「법인세법」 제93조 제9호에서 “해당 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조ㆍ판매 등에 사용된 경우에는 국내등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다”고 규정하고 있었고, 2019.12.31. 법률 제16833호로 개정된 「법인세법」 제93조 제8호에서도 “특허권 등이 국내에서 등록되지 아니하였으나 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리 등을 양도함으로써 발생하는 소득은 외국법인의 국내원천소득에 해당한다”고 명확히 규정하고 있는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점특허권사용료를 국내원천소득에 해당하는 것으로 보아, 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2025중2484, 2025.12.30. 외 다수, 같은 뜻임). 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법률 (1) 법인세법 (가) 2008.12.26. 법률 제9267호로 개정된 것 제93조(국내원천소득) 외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다. 9. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리ㆍ자산 또는 정보(이하 이 호에서 “권리등”이라 한다)를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우의 당해 대가 및 그 권리등의 양도로 인하여 발생하는 소득. 다만, 소득에 관한 이중과세방지협약에서 사용지를 기준으로 하여 당해 소득의 국내원천소득 해당여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 권리등에 대한 대가는 국내지급 여부에 불구하고 이를 국내원천소득으로 보지 아니한다. 이 경우 특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 권리의 행사에 등록이 필요한 권리(이하 이 호에서 “특허권등”이라 한다)는 해당 특허권등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조ㆍ판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다. 가. 학술 또는 예술상의 저작물(映畵필름을 포함한다)의 저작권ㆍ특허권ㆍ상표권ㆍ디자인ㆍ모형ㆍ도면이나 비밀의 공식 또는 공정ㆍ라디오ㆍ텔레비젼방송용 필름 및 테이프 기타 이와 유사한 자산이나 권리 나. 산업상ㆍ상업상 또는 과학상의 지식ㆍ경험에 관한 정보 또는 노하우 (나) 2019.12.31. 법률 제16833호로 개정된 것 제93조(외국법인의 국내원천소득) 외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다. 8.국내원천 사용료소득 : 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리ㆍ자산 또는 정보(이하 이 호에서 "권리등"이라 한다)를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리등을 양도함으로써 발생하는 소득 가.학술 또는 예술상의 저작물(영화필름을 포함한다)의 저작권, 특허권, 상표권, 디자인, 모형, 도면, 비밀스러운 공식 또는 공정(工程), 라디오ㆍ텔레비전방송용 필름 및 테이프, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리 나.산업상ㆍ상업상ㆍ과학상의 지식ㆍ경험에 관한 정보 또는 노하우 다.사용지(使用地)를 기준으로 국내원천소득 해당 여부를 규정하는 조세조약(이하 이 조에서 "사용지 기준 조세조약"이라 한다)에서 사용료의 정의에 포함되는 그 밖에 이와 유사한 재산 또는 권리[특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 그 행사에 등록이 필요한 권리(이하 이 조에서 "특허권등"이라 한다)가 국내에서 등록되지 아니하였으나 그에 포함된 제조방법ㆍ기술ㆍ정보 등이 국내에서의 제조ㆍ생산과 관련되는 등 국내에서 사실상 실시되거나 사용되는 것을 말한다] (2) 대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약 제6조(소득의 원천)이 협약의 목적상 소득의 원천은 다음과 같이 취급된다. (3) 제14조(사용료) (4)항에 규정된 재산(선박 또는 항공기에 관해서 본조(5)항에 규정된 것 이외의 재산)의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 동 조항에 규정된 사용료는 어느 체약국내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다. 제14조(사용료)(4) 본 조에서 사용되는 “사용료”라 함은 다음의 것을 의미한다. (a) 문학ㆍ예술ㆍ과학작품의 저작권 또는 영화필름ㆍ라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작권, 특허, 의장, 신안, 도면, 비밀공정 또는 비밀공식, 상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지식, 경험, 기능(기술), 선박 또는 항공기(임대인이 선박 또는 항공기의 국제운수상의 운행에 종사하지 아니하는 자 인 경우에 한함)의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금 (3) 지방세법 제103조의25(결정과 경정) ③ 납세지 관할 지방자치단체의 장은 제1항과 제2항에 따라 법인지방소득세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 「법인세법」에 따라 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장이 결정 또는 경정한 자료, 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다. 제103조의47(과세표준) ① 국내사업장을 가진 외국법인과 「법인세법」 제93조 제3호에 따른 소득이 있는 외국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 「법인세법」 제91조 제1항에 따라 계산한 법인세의 과세표준(「조세특례제한법」 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정과 관련된 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다. ② 제1항에 해당하지 아니하는 외국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 「법인세법」 제91조 제2항에 따라 계산한 법인세의 과세표준(「조세특례제한법」 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정과 관련된 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다. ③ 제1항에 해당하는 외국법인의 원천소득으로서 「법인세법」 제98조제1항, 제98조의3, 제98조의 5 또는 제98조의6에 따라 원천징수되는 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 「법인세법」 제91조 제3항에 따라 계산한 법인세의 과세표준(「조세특례제한법」 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정과 관련된 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다. ④ 「법인세법」 제91조 제1항 제3호는 국내사업장을 가지고 있지 아니하는 외국법인에 대하여도 적용한다. ⑤ 외국법인의 국내원천소득 금액의 계산, 국내원천소득의 구분 및 외국법인의 국내사업장에 관한 사항은 「법인세법」 제92조부터 제94조까지의 규정에서 정하는 바에 따른다. 제103조의52(외국법인에 대한 특별징수 또는 징수의 특례) ① 외국법인의 국내원천소득에 대하여 「법인세법」 제98조 및 제98조의2부터 제98조의8까지에 따라 법인세를 원천징수하는 경우에는 원천징수하는 법인세의 100분의 10에 해당하는 금액을 법인지방소득세로 특별징수하여야 한다. 이 경우 「법인세법」에 따른 원천징수의무자를 법인지방소득세의 특별징수의무자로 한다. ② 제1항에 따른 특별징수의무자의 납부 등에 관하여는 제103조 제29제3항 및 제4항을 준용하고, 그 밖에 외국법인에 대한 특별징수 또는 징수의 특례에 관하여 이 법에서 정하지 아니한 사항은 「법인세법」 제98조 및 제98조의2부터 제98조의8까지를 준용한다.