예규·판례
위법한 세무조사 등 절차상 하자 있는...
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심판청구
위법한 세무조사 등 절차상 하자 있는 처분에 해당하는지 여부조심 2025구4186생산일자 2026-05-13
AI 요약
요지
쟁점세무조사 통지서를 보면 관련 법령에 따라 사전통지를 생략한다고만 기재되어 있고, 조사목적을 달성할 수 없다고 판단하는 구체적인 근거나 사유에 관하여는 기재되어 있지 아니한 바, 사전통지의 생략은 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차상의 하자에 해당하는 것이고,처분청은 00.0.00. 쟁점세무조사 결과통지를 하면서 같은 날 쟁점고지서를 동시에 청구법인에게 교부송달하였는데, 사실상 세무조사 결과통지(과세예고통지)를 생략한 채 법인세 과세처분을 하였으므로, 세무조사 사전통지와 과세예고통지를 생략한 이 건 처분은 절차상 중대한 하자가 있음
상세내용
이유
1. 처분개요
가. 청구법인은 OOO 개업하여 경상북도 OOO에서 OOO제조업을 영위하는 비상장 법인으로 대표이사 A(지분율 40%)과 A의 자녀 B(지분율 30%), C(지분율 30%)이 청구법인의 주식 100%를 2024년말 현재까지 보유하고 있고,
D(청구법인의 대표이사 A의 배우자)은 OOO 설립되어 경상북도 OOO에서 OOO 제조업 등을 영위하고 있는 ㈜E의 지분 28%를 보유한 주주로 2005년 ㈜E의 대표직에서 사임한 후 2006년경 ㈜E의 인도네시아 현지법인인 F(비상장법인, 이하 “쟁점현지법인”이라 한다)의 주식 OOO주(1주당 미화 OOO달러)를 출자하여 2019.5.20. 쟁점현지법인의 주식 지분 42.5%(총 OOO주, 취득가액 OOO원)를 보유하다가,
2019.5.20. 특수관계법인인 청구법인에게 자기가 보유한 쟁점현지법인의 주식 전량 OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 양도가액 OOO원(1주당 미화 OOO달러)에 양도(이하 “쟁점거래”라 한다)하고 환율 차이인 OOO원을 양도차익으로 하여 2019.9.2. 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고ㆍ납부하였다.
나. 처분청은 2025.2.17.부터 2025.3.27.까지 기간 동안 D에 대한 양도소득세 세목별조사 및 청구법인에 대한 법인통합조사, 청구법인의 주주 3명에 대한 증여세 세목별조사를 실시(D, 청구법인 및 청구법인의 주주 3명에 대한 세무조사를 이하 “쟁점세무조사”라 하고, 위 세무조사대상자를 함께 “조사대상자들”이라 한다)한 결과, 쟁점주식 양도일 전후 6개월간 매매사례가액이 없어 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다)상 보충적 평가방법을 이용하여 평가한 가액[1주당 가액 OOO원(미화 OOO달러, 2019.5.20. 기준환율 OOO원)]과 D의 신고가액[1주당 신고가액 OOO원(미화 OOO달러, 2019.5.20. 기준환율 OOO원), 이하 “신고가액”이라 한다]과의 차액을 OOO원으로 산정하여 2025.3.27. 청구법인에게 「법인세법」제52조 및 같은 법 시행령 제88조에 따라 법인세 부과대상이라는 세무조사결과를 통지하였고, OOO원을 익금산입하여 같은 날 청구법인에게 2019사업연도 법인세 OOO원을 경정ㆍ고지(고지서는 교부송달, 이하 “쟁점고지서”라 한다)하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.6.18. 이의신청을 거쳐 2025.9.26. 심판청구를 제기하였다.
라. 한편 처분청은 쟁점주식 양도에 대하여 D에게 「소득세법 시행령」제167조 제3항 제1호 부당행위계산부인 규정에 따라 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 부과하였고, D이 2025.7.30. 심사청구를 제기한 결과, 국세청장은 2025.9.24. 쟁점현지법인의 2019년 4월말 가결산 재무상태표를 고려하여 쟁점주식의 시가를 재조사하라는 결정을 하였다.
마. 처분청은 쟁점주식의 신고가액[1주당 신고가액 OOO원(미화 OOO달러, 2019.5.20. 기준환율 OOO원)]과 보충적 평가액[1주당 보충적 평가액 OOO원(미화 OOO달러, 기준환율 OOO원)]과의 차액(OOO원)을 반영하여 2025년 11월 D에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 감액경정하였고, 2025.11.26. 청구법인에게 부과한 2019사업연도 법인세 OOO원을 감액경정하였다.
<표1> 쟁점주식의 시가
○○○
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 쟁점세무조사는 사전통지를 생략하고 자의적으로 조사대상선정 하여 조사권을 남용하였으므로 위법한 세무조사에 해당한다.
(가) 「국세기본법」 제81조의7은 조사목적을 달성할 수 없다고 판단되는 경우에 한하여 세무조사 사전통지를 생략하도록 규정하고 있고, 청구법인과 D은 쟁점주식 양도에 대하여 모든 신고를 이행하여 증거인멸의 우려가 없음에도 처분청은 조사자들에게 세무조사 사전통지를 생략하였다.
처분청의 조사내용을 보면 청구법인이 쟁점주식을 저가양수하였다고 하면서 쟁점주식 평가액을 1주당 OOO원으로 과다하게 평가하였는데, 이는 세무조사 사전통지를 생략하기 위하여 주식평가액을 부풀려 청구법인의 탈루혐의가 큰 것으로 보이도록 한 것으로 처분청이 주식평가액 산정당시 근거로 한 재무제표가 어떤 것이었는지 알 수 가 없다.
청구법인이나 D에게 사전통지를 생략할 정도의 심각한 세금탈루 행위가 있었다면, D의 양도소득세 신고서를 검토할 때 법인의 저가양수 여부가 검토되어야 하고, 양도소득세 신고자료는 대부분 1년 이내에 자료결정을 하도록 하고 있음에도 처분청은 부과제척기간이 임박하여 세무조사에 착수하다 보니 부과제척기간 내에 조사 결과를 도출하지 못할 우려가 있어 세무조사 사전통지를 생략한 것으로 보인다.
(나) 쟁점세무조사는 「국세기본법」 제81조의4 제1항 및 같은 법 제81조의6 제3항 세무조사권 남용금지 및 세무조사 대상자 선정규정에 위배된다.
1) D은 쟁점주식 양도에 대한 양도소득세를 신고하여 신고시인되었고, 청구법인은 2020년 3월 쟁점주식 취득사실을 신고하였으며, 처분청은 이로부터 약 5년이 경과한 시점에 「국세기본법」 제81조의6 제3항 제4호 ‘신고내용에 탈루나 오류혐의가 인정할만한 명백한 자료가 있는 경우’라는 사유로 세무조사에 착수하였으나, 청구법인은 쟁점주식 양도ㆍ양수에 대하여 5년 동안 아무런 문제가 제기되지 않았었으므로 쟁점세무조사 당시 조사자들에게 어떠한 명백한 탈루혐의가 있었다는 것인지 알지 못하였다.
2) 청구법인은 인도네시아의 관행에 따라 제3자간 거래가액을 참고하여 매매사례가액와 동일한 가액으로 쟁점주식을 거래하였는데, 처분청은 조사종결시까지도 시가를 정하지 못하고 D이 제출한 주식평가서상 보충적 평가방법으로 평가한 점을 볼 때 이는 처분청이 세무조사대상 선정을 잘못하였다는 것을 스스로 자인하는 것이다.
3) 대법원은 우리나라의 비상장법인과 외국의 비상장법인은 사업환경이 다르기 때문에 미래수익과 위험도가 다를 수밖에 없으므로 그 발행주식의 순손익가치를 산정할 때 적용하는 할인율도 서로 달라야 하는 것이 원칙이고, 쟁점주식은 인도네시아 비상장법인의 주식으로 상증세법상 보충적 평가방법으로 평가했다 하더라도 국내의 보충적 평가방법을 그대로 적용하는 것은 각국의 사업환경과 위험도 차이를 고려하지 않은 것으로 이를 근거로 하여 세무조사대상으로 선정한 것은 위법성이 있다고 보아야 할 것(대법원 2018.4.12. 선고 2017두75477 판결, 참조)이라고 판단하였는바,
처분청은 세무조사대상 선정사유가 없음에도 청구법인을 세무조사대상으로 선정하여 과세자료를 수집하고, 조사 중 쟁점현지법인의 주식평가 자료를 요구하였으며, 이에 청구법인은 조사중지를 요청하면서 D은 인도네시아로 출국하여 G회계법인에 쟁점주식의 가치평가를 의뢰하여 처분청에 주식평가보고서를 제출하였는데, 청구법인이 이러한 협조를 하지 않았다면 처분청은 쟁점주식에 대한 보충적 평가액을 산정할 수 없었을 것이고, 부과제척기간도 경과했을 것으로 보인다.
처분청이 이러한 방식으로 쟁점주식 평가보고서를 확보한 것으로 볼 때, 처분청은 쟁점현지법인의 재무제표를 확보하지 못한 상태에서 유사매매사례가액도 없는 쟁점현지법인의 주식의 시가를 몰랐음에도 청구법인이 쟁점주식을 저가로 인수하였다며 조사대상으로 선정하였다.
(다) 쟁점세무조사는 「국세기본법」 제81조의14 제1항(납세자의 권리 행사에 필요한 정보의 제공)을 정면으로 위반한 위법한 세무조사로, 이의신청 당시 청구법인과 D은 처분청의 1주당 미화 OOO달러의 산정근거를 알 수가 없어 처분청에 산정근거의 열람을 요청하였으나, 처분청이 이를 거부하였고, 주식가치 산정 시 재무상태표의 내용이 잘 반영되었는지가 핵심임에도, 당시 처분청은 청구법인이 요청한 과세정보를 열람해 주지 않아 어떠한 근거로 산정되었는지 알지 못하는바, 이는 「국세기본법」 제81조의14 제1항을 위반하여 납세자의 권익을 침해하는 위법행위에 해당한다.
(2) 처분청은 청구법인의 과세전적부심사청구 기회를 박탈하였고, 세무조사결과 통지서와 쟁점고지서를 같이 교부하였으므로 이는 절차적 하자가 있는 처분에 해당한다.
(가) 처분청은 청구법인에게 5년 동안 아무런 조치를 취하지 않는 등 부과제척기한이 불과 40여일 남을 때까지 업무를 해태하여 청구법인의 과세전적부심사 기회를 박탈하였다.
1) 처분청은 양도인의 양도소득세에 대한 자료검토 시 적정한 것으로 종결한 이후, 청구법인에 대한 과세권을 행사할 수 있는 기간이 약 5년이 있었음에도 5년 동안 아무런 조치를 취하지 않는 등 업무를 해태하고 있다가 부과제척기간 만료일(2025.3.31.) 약 40여일 전 세무조사 사전통지를 생락하고 세무조사에 착수하였으며, 과세예고통지를 생략하여 과세전적부심사의 기회까지 박탈하였다.
2) 「국세기본법」 제81조의15(과세전적부심사) 제3항 제3호는 “세무조사 결과통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우”에는 과세전적부심사규정을 적용하지 않도록 규정하고 있고, 청구법인에 대한 조사 착수일이 2025.2.17.이며, 2025.3.27. 세무조사 결과통지서를 받았는데 세무조사 착수 당시 이미 부과제척기간 만료일 3개월 이내에 해당된다.
3) 또한 쟁점세무조사 팀장은 2025.3.27. 법인세 고지서를 교부하면서 조기결정신청서를 함께 가지고 와 청구법인의 대표자에게 서명할 것으로 요구하였고, 이에 대표이사는 조기결정서에 확인 서명을 하지 않았음에도 처분청은 청구법인이 조기결정신청서에 서명하였다고 호도하고 있다.
이는 「국세기본법」상 청구법인의 2019사업연도 법인세 부과처분은 과세전적부심사청구의 대상이 되지 않는데도 납부고지서를 전달하면서 조기결정신청서를 제시한 것 자체가 앞뒤가 맞지 않는 행위이고, 과세예고통지서(조사결과통지서 포함)가 먼저 통지된 경우에만 조기결정신청서가 유효한 것이며, 고지서를 교부하는 시점에 조기결정신청서를 확인받았다고 해서 과세전적부심사기회가 부여되었다는 처분청의 의견은 처분청이 과세전적부심사 기회를 박탈했음을 스스로 인정하는 것에 불과하다.
4) 조세심판원은 과세예고통지는 처분청이 조사한 사실 등의 정보를 미리 납세자에게 알려 줌으로써 납세자가 충분한 시간을 가지고 준비하여 과세전적부심사와 같은 의견 청취 절차에서 의견을 진술할 기회를 가짐으로써 자신의 권익을 보호할 수 있도록 하기 위한 처분의 사전통지로서, 정상적인 세무조사 종료 이후 관련 법령 등에서 정한 기한 내에 세무 조사결과통지 및 과세예고통지 등을 하게 되면 납세자의 과세전적부심사청구가 있을 경우 부과제척기간 내에 부과처분을 이행할 수 없는 경우에 불가피하게 그 절차를 생략할 수 있도록 하는 것이지, 처분청이 세무조사를 장기간 해태함으로써 부과제척기간 만료일이 임박한 경우에도 동 규정을 적용하게 되면 과세관청이 자의적으로 납세자의 사전적인 권리구제절차를 박탈할 수 있게 되고, 이는 과세예고통지를 의무화한 입법 취지와 부합하지 아니할 뿐 아니라, 합목적인 해석으로도 볼 수 없으며 과세예고통지를 생략한 과세관청의 귀책 있는 부과처분으로 인해 납세자의 불이익이 초래하는 것은 조리에도 맞지 아니하는 점 등에 비추어 이 건은 「국세기본법」 제81조의15 제3항 제3호에 따라 과세예고통지를 생략하여 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니할 수 있는 예외적인 사유가 있다고 인정하기 어렵다고 결정(조심 2022서1817, 2022.9.22. 등 다수)한바 있고,
대법원은 과세관청이 「국세기본법」 제81조의15 제3항 제3호의 사유를 들어 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분으로 나아간 것이 절차상 정당성을 갖추었다고 보기 위해서는, 과세관청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 부과제척기간의 만료일이 임박하게 되었고 이로 인하여 부과제척기간의 만료 전까지 과세전적부심사를 거칠 시간적 여유가 없게 되었다는 등의 정당한 사유가 추가로 인정되어야 하고, 이에 관하여는 과세관청이 증명하여야 한다고 하여 과세관청에 입증책임을 부여(대법원 2025.6.5. 선고 2025두33014 판결)하였는바, 청구법인에 과세전적부심사를 생략한 사유를 입증하려면, 세무조사가 왜 지연되어 착수되었는지, 세무조사 사전통지서가 왜 발부되지 아니하였는지에 대한 적정한 근거가 없다면 이는 적법절차를 준수하지 않은 과세처분이므로 위법하다 할 것이다.
(나) 쟁점고지서는 세무조사결과통지서와 동시에 송달되었으므로 쟁점고지서의 송달은 무효이다.
‘국세징수사무처리규정’상 납부고지서의 송달방법을 보면 조사공무원은 부과처분에 대한 내부의사결정 단계로서 법인세 결의서를 관서장까지 결재를 받아야 하고 내부적으로 수입징수관에게 부과통보를 한 후, 수입징수관이 결재하여 징수결정이 확정되어야 조사공무원이 고지서를 발행할 수 있는데, 미납부가산세는 납부일 전일까지 계산하도록 되어 있어 고지일자에 따라 유동적으로 변하는 것임에도, 처분청은 청구법인이 미리 조기결정서를 제출한 것으로 기정사실화하여 납부고지서를 준비하여 세무조사결과통지서와 납세고지서를 동시에 송달하였는데, 이는 마치 조사결과통지서를 송달하고, 조기결정신청서의 날인을 받아 적법한 행정절차가 이루어진 것처럼 청구법인을 기만하는 것이므로 쟁점고지서의 송달 역시 위법하다.
(3) 신고가액을 부인하고 보충적 평가방법에 따른 쟁점주식의 평가액을 시가로 보아 과세한 처분은 부당하다.
(가) 쟁점주식을 미화 OOO달러에 거래한 이유는 다음과 같다.
1) ㈜E(대표자 H)는 국내 OOO 생산에 필요한 원자재 구매가 어려워지자 해외법인을 설립을 알아보던 중 2006년 1월 쟁점현지법인을 설립하기로 하고 D, ㈜E, ㈜I, J, K, L이 출자하여 쟁점현지법인을 설립하였다.
인도네시아의 토지매매방식을 보면, 토지매매 예약계약을 체결한 후 정식매매계약이 성립되면 토지 소유권은 건물 사용권으로 전환이 되고, 당초 회사설립 조건에는 15년 이내에 일부 주식은 인도네시아 국민이나 인도네시아 법인에 매도 및 공장운영 중 투자 조건을 위반할 경우에는 공장 허가가 취소될 수 있다는 내용이 포함되어 있어 쟁점현지법인의 주식 처분 시 시장가격을 정할 수도 없고 매수자를 찾기도 어렵다는 것을 알고 주주들은 배당을 통해 투자금을 회수하는 것이 최선의 방법이라고 생각했으며, 모든 부동산은 사용권이므로 법인 청산시 청산가치가 없다는 점을 인지하고 있었기 때문에 쟁점현지법인의 주식은 설립 이후 1주당 가액을 미화 OOO달러로 하여 거래될 수 밖에 없었다.
2) D은 인도네시아에서 쟁점현지법인의 성장을 위해 열심히 노력하였으나, 건강이 악화(OOO)되어 도저히 현지에 근무할 형편이 되지 않아 기존 주주들에게 주식을 사라고 권유도 해보았고, 투자청에 쟁점현지법인의 주식을 매입할 인도네시아 사람이나 법인을 소개해주기를 요청해 보았으나 매수자가 없어 궁여지책으로 D의 배우자가 대표로 있는 청구법인에게 쟁점주식을 1주당 미화 OOO달러에 매각하면서 양도대금은 3년에 걸쳐 분할받기로 하였는데, 10년이 넘도록 쟁점현지법인의 주식 가액을 미화 OOO달러에 거래해 왔음에도 처분청은 이를 시가로 인정하지 않고 과세하였다.
(나) 쟁점주식은 10년 동안 반복적ㆍ지속적으로 1주당 미화 OOO달러에 거래되었으므로 이를 매매사례가액으로 보아 1주당 미화 OOO달러를 쟁점주식의 시가로 인정하여야 한다.
1) D은 2006년 1월 1주당 미화 OOO달러로 OOO주를 출자하였고, 2011년∼2013년 인도네시아 현지법인 M로부터 4차례에 걸쳐 주식 합계 OOO주를 1주당 미화 OOO달러에 매수하였다.
㈜I과 L 사이에는 2007년 5월과 8월에 주식 OOO주가 1주당 미화 OOO달러에 매매된 사실이 있고, 2018년에는 ㈜E가 특수관계없는 K과 OOO주를 1주당 미화 OOO달러에 매매하기도 하였는데, 1주당 미화 OOO달러는 제3자 간의 거래도 15회에 걸쳐 OOO주가 되는 만큼 인도네시아 시장에서 형성된 거래 가격이자 반복적 거래가액으로서 제3자 간의 거래량은 쟁점주식수의 약 150%에 상회하는 거래량에 해당한다.
2)「법인세법 시행령」 제89조 제2항은 부당행위계산 부인 규정을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다고 규정하고 있는 바, 쟁점현지법인의 주식은 인도네시아 특유의 정서가 반영된 것으로, D뿐만 아니라 모든 개인주주, 법인주주가 모두 미화 OOO달러에 거래하였으므로, 이는 특별한 사정이 없는 한 시가로 인정되어야 한다.
3) 조세심판원 역시 특수관계 없는 자 간의 대등한 합의과정을 거친 주식가액은 적정한 가액이라고 하면서, 양수인과 양도인은 특수관계에 있지 아니한 자로 대등한 관계에서 실사 및 합의과정을 거쳤고 쟁점주식을 시가보다 높게 양수하였으나 거액의 이익을 증여할 이유를 찾기 어렵고 처분청은 상증세법상 보충적 평가액을 시가로 보고 쟁점주식의 가액을 고가로 보았을 뿐 구체적으로 조사한 일이 없는 점 등을 감안할 때, 쟁점주식은 적정한 가액으로 거래한 것으로 판단된다고 결정(조심 2012중783, 2012.6.28.)한바 있다.
(다) 인도네시아 회사법상 명목가치에 의해 거래하는 것이 상관행이자 일반적인 상거래 방법이므로, 이를 준수한 청구법인과 D의 거래도 시가로 인정되어야 한다.
쟁점현지법인과 같은 소기업이 해외진출 시 및 청산 시 어떠한 경우의 수가 발생할지 모르는 불확실한 상태이므로 적정선의 주식평가를 받아서 매매가 이루어지기가 어렵고,
인도네시아의 주식회사에 관한 법률(UNDANG-UNDANG TENTANG PERSEROAN TERBATAS, 이하 “인도네시아 회사법”이라 한다)은 비상장회사의 주식에 대해 공정가치 평가절차를 규정하지 않고 있고, 상장회사의 경우에만 자본시장 규정에 따라 공정가치 평가가 요구되고 있는데 이마저도 인도네시아 자본시장 규정에 의한 것인데, 이러한 점을 고려할 때, 인도네시아의 회사법은 상장회사의 거래와 관련하여 주식의 공정가치를 얻기 위해 주식가치를 평가할 수 있는 포괄적인 규제를 제공하지 않고 있으며, 비상장주식의 경우에는 명목가치에 의한 평가가 불법적이지 않음을 나타내는 것이라 할 것이어서 인도네시아의 법적ㆍ제도적 공백은 비상장주식이 관행적으로 명목가치(예 : 1주당 미화 OOO달러)로 거래되는 구조적 원인으로 작용하고 있고, 주주 간의 합의에 의해 명목가치가 결정된다고 보고 있어 인도네시아의 비상장법인의 주식은 명목가치인 액면가액 거래가 일반적임을 알 수 있다.
(라) 「법인세법」상의 시가는 상증세법상의 시가와 달리 매매사례가액으로 볼 수 있는 기간을 벗어나더라도, 평가기준일과 상관없이 경제적 합리성 등을 따져 시가 인정여부를 결정하는 것이 타당하다.
1) 처분청은 2018.1.15. ㈜E와 K간 거래(이하 “쟁점매매사례”라 하고 쟁점매매사례의 1주당 미화 OOO달러 거래가액을 “쟁점매매사례가액”이라 한다)가 상증세법상 매매사례가액으로 볼 수 있는 기간을 벗어난 거래여서 시가로 인정할 수 없다는 이유로 처분청은 쟁점매매사례를 배제하고 회계법인의 평가금액(순자산가치 기준)을 근거로 일방적으로 과세하였는데, 이는 처분청이 「법인세법」상 시가 규정을 잘못 이해한 결과이다.
2) 「법인세법」상의 시가는 상증세법과는 달리 매매거래일 또는 평가기준일과의 기간에 따라 시가 인정 여부가 달라지는 것이 아니라, 계약체결 당시의 상황에 따라 일반적이고 정상적인 교환가치를 적정하게 반영하고 있는지를 살펴보고, 경제적 합리성 등을 따져서 시가 인정 여부를 결정하여야 하나, 처분청은 청구법인의 쟁점주식 양수가액이 왜 시가에 해당하지 않는지에 대한 검토없이 시가가 불분명한 경우로 보아 순자산가치로 평가한 가액과 비교하여 현저히 낮은 가액이라고 보아 법인세를 부과하였다.
3) 법인세법 집행기준 52-89-1(시가의 범위)는 부당행위계산의 부인 규정을 적용함에 있어서 그 판단기준이 되는 시가란 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계인 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 말하는 것으로, 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정 다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격으로 한다고 규정하고 있고, 상증세법 시행령 제49조 제1항의 비상장주식의 거래가액이 시가로 인정되어야 하는 조건을 보더라도, 쟁점매매사례가액은 발행주식총수의 1% 이상, OOO원 이상의 거래 조건을 모두 충족하므로 쟁점주식의 매매사례가액으로 인정될 수 있다.
(마) 쟁점매매사례의 거래당사자들은 「법인세법」상 특수관계인에 해당되지 아니한다.
1) 처분청은 K은 2006년 쟁점현지법인 설립 당시 대표자이고, 2018년도까지 쟁점현지법인의 지분 10%의 보유하고 있었으므로 같은 주주인 ㈜E와는 특수관계가 성립하여 「소득세법 시행령」 제167조(양도소득의 부당행위계산 부인) 제5항과 상증세법 시행령 제49조(평가의 원칙 등) 제1항에 따른 적법한 매매사례가액으로 볼 수 없다는 의견이나,
K과 ㈜E는 친족관계도 아니고, ㈜E의 임원의 선임과 해임에 영향력을 행사하거나 계약상 지배관계에 있지도 않으며, 단지 쟁점현지법인의 주주일 뿐이었는데, 처분청은 특수관계인 여부의 판단을 거래일 당시를 기준(계약체결 당시)으로 하여야 함에도 단순히 쟁점현지법인의 주주로 쟁점현지법인 운영에 직ㆍ간접적으로 관련된 자 간의 거래라는 이유만으로 특수관계인으로 간주하였는데 이는 「법인세법 시행령」 제2조 제8항에 규정한 특수관계인 등에 대한 명백한 법리 오해이다.
2) 대법원은 납세의무자인 법인을 기준으로 특수관계자 여부를 판단(일방관계설, 상대방을 기준으로 판단함은 허용될 수 없음)하여야 하므로, 납세의무자인 법인의 주주가 발행주식총수의 100분의 30 미만을 출자하고 있는 다른 법인은 그 법인의 주주가 납세의무자인 법인의 발행주식총수의 100분의 30 이상을 소유하고 있다 하더라도 특수관계자에 해당하지 않는다(대법원 2011.7.21. 선고 2008두150 판결)고 판결하였는바, 쟁점매매사례의 양 당사자가 같은 법인의 주주라는 점만으로는 특수관계에 있는 자에 해당한다고 보아서는 아니된다.
3) K은 쟁점현지법인 설립이후 현재까지 쟁점현지법인의 대표이사로 쟁점현지법인의 지분을 강화하기 위해 지속적으로 ㈜E가 소유한 쟁점현지법인의 주식을 매집하였는데, 2006년 설립 시 10%를 출자하였다가 증자에 참여하지 않아 2007년 지분율이 8%로 낮아졌다가, 2010년에는 N로부터 OOO주를 매수하여 10%의 지분을 보유하게 되었고, 2016년에는 ㈜I으로부터 OOO주를 매수하여 지분율이 14%로 증가되었으며, 2018년에는 ㈜E가 소유한 주식 OOO주를 매수하여 지분율 26.19%(OOO주)가 되었는데, 주식매집 시 모두 1주당 미화 OOO달러로 거래하였고, K에게 쟁점현지법인 주식을 매도한 자들은 K과 「법인세법」상 특수관계가 없는 자들이다.
그럼에도 처분청은 오랜 지인간의 거래이므로 K의 거래가액을 매매사례가액으로 인정할 수 없다는 의견이나, 외국비상장법인의 주식 거래를 지인이나 주변인이 아닌 다른 사람이 주식을 매수하는 것이 현실적으로 불가능하고, 오랜 지인이라는 관계는 세법상 특수관계자에도 해당되지 않음에도 이를 매매사례가액으로 인정하지 않는 것은 온갖 어려움을 겪으며 해외에 진출한 기업인들을 폄훼하는 것으로 해외에 진출한 우리나라 중소기업의 어려운 현실을 감안해야 한다.
(바) 처분청의 쟁점주식에 대한 보충적 평가액은 쟁점주식의 시가로 볼 수 없다.
1) 처분청은 쟁점매매사례가액이 평가기준일을 벗어났다는 이유로 인정하지 않으면서 쟁점해외법인의 순자산가치 평가시 쟁점주식의 평가기준일을 양도일이 아닌 약 7개월이 지난 2019년 12월 31일의 시점의 쟁점현지법인의 재무상태표를 기준으로 순자산가치를 평가하였는데,
청구법인의 주식매매계약일인 2019.5.20.의 쟁점현지법인 재무제표를 입수할 방법이 없어 D이 제출한 G회계법인의 주식가치평가보고서를 기준으로 2019.12.31. 현재의 쟁점현지법인의 순자산가치를 산정한 다음, 쟁점주식의 양도가액을 1주당 미화 OOO달러로 평가하고, 2019.5.20.의 환율 OOO원을 적용하여 쟁점주식의 양수가액을 OOO원으로 산정하여 과세하였는바, 이는 회계법인이 평가한 2019.12.31. 현재 재무상태표를 기준으로 평가한 자료를 환율만 수정하여 순자산가액으로 평가한 것이므로 상증세법 시행령 제55조 제1항의 순자산가액의 계산방법상 평가기준일에 해당하지 않으므로 위법하다.
2) 법원은 비상장주식 평가 시 순자산가치는 증여일 현재로 평가하는 것이라고 하면서, 주식은 일반적으로 그 가치 변동이 심한 점, 직전 사업년도 말 현재와 증여일과는 반년 이상의 시간적 간격이 있어 회사의 재무상황이 동일하다고 보기 어려운 점, 실제 위 회사의 당기순이익 등이 상당한 변화가 있는 점 등을 감안하면, 직전 사업년도 말 현재로 순자산가치를 평가하여 과세한 처분은 위법하다고 판시(부산지방법원 2012.1.12. 선고 2011구합1338 판결)하였다.
3) 또한 대법원은 외국 비상장주식에 국내 평가방법(보충적 평가방법)을 기계적으로 적용하는 것은 위법하다고 판시(대법원 2018.4.12. 선고 2017두75477 판결)하였고, 처분청은 보충적 평가방법의 적법성에 대한 입증책임을 부담하여야 하며 이에 대한 입증없이 이루어진 과세처분은 위법하다(대법원 2021.9.30. 선고 2021두41945 판결, 전심 부산고등법원 2021.5.12. 선고 2020누20392 판결)고 판결하고 있음에도 처분청은 쟁점매매사례가액을 부인하면서도 처분청의 보충적 평가액이 왜 정당한지에 대한 입증을 하지 않고 있다.
4) 쟁점현지법인은 비상장법인이므로 상증세법 제63조(유가증권 등의 평가) 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조(비상장주식 등의 평가)에 따라 순자산가치와 순손익가치를 일정 비율로 가중평가하여 시가로 산정할 수 있음에도 처분청은 임의로 순자산가치만으로 평가하였는데 이는 규정을 자의적인 해석에 근거한 평가로 국세청의 일반적인 해석과도 상반되는 것이다.
국세청 예규(서면인터넷방문상담4팀-2141, 2004.12.29.)를 보면, 외국법인이 발행한 비상장주식 평가방법은 비상장 외국법인의 주식을 평가할 때에 순자산가치와 순손익가치는 내국법인과 같이 상증세법 제63조 제1항 제1호 다목 및 같은법 시행령 제54조 내지 제56조의 규정에 의하여 평가하는 것이라고 하였고, 재산세과-1653(2008.7.15.)에서도 외국법인이 발행한 비상장주식을 보충적 방법으로 평가하는 경우 순자산가액 및 순손익액의 계산은 국내법인과 같이 평가하는 것이라고 하였으며, 외국 비상장주식의 경우 그 중 순손익가치는 미래의 기대수익을 우리나라의 3년 만기 회사채 유통수익율을 반영한 이자율에 의하여 현재가치로 할인한 것이므로 이는 원칙적으로 우리나라에 있는 비상장법인의 주식을 그 적용대상으로 한다고 보아야 하고, 외국 비상장주식의 평가 시 위와 같은 방법을 그대로 적용할 수 없다할 것이다.
반면, 처분청이 제시한 판례(서울행정법원 2016.12.8. 선고 2015구합71747 판결)는 순순익가치를 고려하지 않고 순자산가치로만 평가하는 것이 보충적 평가방법으로 부당하다고 보기 어렵다고 한 것으로 순자산가치로만 평가해도 된다고 인정했다거나, 순자산가치로 평가한 것이 시가에 해당한다는 취지의 판결이 아니며, 시가와 직접 관련된 판례도 아니므로 이를 쟁점주식에 대한 보충적 평가의 근거로 삼아서는 아니된다.
5) 처분청은 쟁점현지법인이 우리나라의 중소기업이 아니라는 사유로 최대주주에 대한 할증평가를 적용하였는데, 외국의 비상장법인이 발행한 주식의 순자산가액에 대해서는 국내 「법인세법」상 기준내용연수를 적용하면서도, 할증평가에 대해서는 중소기업에 해당되지 않는다고 할증평가 규정을 적용한 것으로 이에 대하여 대법원은 해외비상장주식에 대한 보충적 평가방법은 우리나라의 문화 역사 경제상황을 반영한 입법정책의 문제로서 국내재산평가와 같은 기준이 적합하다고 판시(대법원 2024.6.27.자 2024두37671 판결, 전심 서울고등법원 2024.2.15. 선고 2022누68710 판결)한 바 있으므로 해외비상장법인에게 보충적 평가방법을 적용하는 경우 국내 재산평가와 동일한 기준을 적용해야 하므로 우리나라의 중소기업에 해당하는 규모인 쟁점현지법인의 주식인 쟁점주식에 대하여 20% 할증평가를 적용한 것은 위법하다.
6) 처분청이 D이 제출한 평가보고서를 토대로 감가상각자산을 가감하여 순자산가액을 산정하였는데, 그 과정에서 쟁점현지법인의 재무상태표상의 토지에 대해서는 평가차액을 차감하지 않았다.
인도네시아의 토지는 30년 사용기간 후 반납 조건이므로 사용기간이 경과된 기준은 토지의 가치가 상실되었다고 보아 감가상각을 하여야 하는데, 쟁점현지법인이 소유한 토지의 가액은 2006.2.21. OOO루피아(인도네시아 화폐, 이하 같음)에 취득하였고, 토지의 사용권은 매년 재산가치가 감소하는 것으로 쟁점현지법인의 토지는 2019.5.20. 기준으로 13년 4월이 경과되었으며, 장부가액 OOO루피아에서 13년의 사용기간을 반영한 13/30의 금액 OOO루피아를 차감하면 토지의 평가가치는 OOO루피아가 됨에도 처분청은 쟁점현지법인의 순자산가액에서 차감할 금액으로 OOO루피아를 산정하였는데, OOO루피아를 가산한 금액인 OOO루피아를 기준으로 순자산가치를 평가하면, 순자산가치는 OOO루피아가 되므로 쟁점주식에 대한 평가액은 조정되어야 한다.
7) 청구법인이 평가한 평가기준일인 2019.5.20.에 가장 가까운 2019년 4월말 가결산한 2019.4.30. 현재의 쟁점현지법인의 재무상태표를 기준으로 순자산가치를 평가해보면 아래 <표2>와 같고, 순자산가치를 기준으로 D이 쟁점주식을 양도한 가액을 기준으로 청구법인이 인수한 가액을 계산하면 아래 <표3>과 같으며,
청구인이 처분청과 동일한 방법으로 평가기준일에 인접한 2019.4.30. 기준의 재무상태표를 기준으로 1주당 순자산가치를 산정해보면, 청구법인이 계산한 순자산가치는 OOO원이 되고, 할증평가를 적용하지 아니하므로 OOO원(미화 OOO달러)으로 산정되어 청구법인의 쟁점주식 양수가액은 OOO원이 되어야 하는바, 처분청이 산정한 쟁점주식 가액 과다계상된 것이므로 관련 법인세 부과처분은 취소되어야 한다.
<표2> 처분청과 청구법인의 평가기준일 별 순자산가치 평가 비교
○○○
<표3> 처분청과 청구법인의 보충적 평가 비교표
○○○
나. 처분청 의견
(1) 쟁점세무조사에 중대한 절차적 위반사항이 있다는 청구주장은 아래와 같은 이유로 타당하지 아니하다.
(가) 처분청은 「국세기본법」 제81조의6 제3항에 따라 청구법인이 쟁점주식을 특수관계자로부터 저가양수한 혐의 등으로 비정기 세무조사를 선정하여 진행하였고 국세부과제척기간 이내에 부과처분을 완료하는 등 고의나 과실로 업무절차를 지연한 사실이 없다.
(나) 청구법인의 심판청구 대리인은 이의신청 과정에서 처분청에게 정보공개청구 등 적법절차를 거치지 않고 유선상으로 조사종결보고서 사본을 보내 달라며 요청하였는데, 이는 공개서류가 아니어서 제공할 수 없다고 거부한 것임에도 청구법인은 처분청이 의도적으로 과세정보 제출을 거부한 것으로 과장하여 주장하고 있고, 주당 가액의 산출근거는 이의신청 과정에서 제출한바 있다.
(다) 청구법인은 세무조사 결과통지와 쟁점고지서 송달에 위법이 있었다고 주장하나,
처분청은 2025.3.27. 청구법인의 대표자 A과 양도인 D의 요청으로 A의 자택 주소지 인근에서 현재 심판청구 대리인이 아닌 청구법인의 당초 세무대리인이 동석하여 쟁점세무조사에 대한 결과를 설명하면서 세무조사 결과통지서를 직접 교부하였고, 이에 청구법인 대표자 A의 배우자이자 청구법인의 근로자인 D이 A을 대신해 조기결정신청서에 날인하여 제출하였으므로 이를 두고 절차적 하자라고 주장하는 것은 타당하지 아니하다.
(라) 또한 과세전적부심사는 「국세기본법」 제81조의15 제3항 제3호 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우 생략할 수 있도록 되어 있고, 쟁점세무조사 결과통지일은 부과제척기간 만료일 전 3개월 내에 이루어졌으므로 쟁점세무조사 결과는 과세전적부심사청구 대상에 해당하지 아니하며, 더 나아가 청구법인에게는 이의신청이나 심사청구 및 심판청구 등의 불복의 기회가 있으므로 쟁점세무조사 결과통지가 청구인의 권리를 침해하였다는 주장은 타당하지 아니하다.
(2) 청구법인의 쟁점주식 취득가액인 1주당 미화 OOO달러는 아래와 같은 이유로 시가로 인정하기가 어렵다.
(가) 2006년 쟁점현지법인 설립 당시 주주는 양도인 D, ㈜E, ㈜I, L, J, K으로 보이고, 2011년 D의 종합소득세 신고 시 최초로 제출한 쟁점현지법인의 투자명세에 의하면 쟁점현지법인의 주주는 D OOO주(42.5%), ㈜E OOO주(12.2%), ㈜I OOO주(10%), J OOO주(13.1%), K OOO주(10%), L OOO주(12.2%)로 확인되며, 2018년까지 동일 주주 및 지분으로 해외현지법인 투자명세서가 제출되었다.
(나) 2011~2018년 쟁점현지법인의 투자명세서를 보면 주식거래내역은 확인되지 않고, 조사 당시에도 양도인 D은 투자자들이 미화 OOO달러로 쟁점현지법인의 주식을 거래하였다고 주장하면서도 이에 대한 증빙은 제출하지 아니하면서 2018.1.15. ㈜E가 OOO주 전체를 K에게 1주당 미화 OOO달러에 매매한 것이 가장 최근 거래라고 주장하며 ‘지분 변동에 대한 주주동의서’ 1매만을 제출하였다.
쟁점현지법인은 해외 비상장법인으로 과세관청이 모든 거래내역을 확인할 수 없고 조사 시 쟁점현지법인의 투자명세서 상 2018.1.15. ㈜E가 K에게 매매한 것이 유일한 거래라고 보고 시가여부를 판단하였는데, 이의결정신청 당시 청구법인은 “쟁점현지법인의 주식거래내역 정리” 내역과 매매계약서 등 증빙자료를 제출하였으나,
처분청은 조사 시 해당 매매거래의 존재를 알 수 없었고 조사 이후 사본으로 제출된 매매계약서 등 증빙서류의 진위여부를 신뢰할 수 없어 쟁점현지법인 주식 거래가액이 설립당시 액면가액인 1주당 미화 OOO달러로 거래되었다 하더라도 1주당 미화 OOO달러가 쟁점현지법인 설립 이후 매출액인 2011년 OOO원, 2018년 OOO원이라는 기업가치를 반영한 일반적이고도 정상적인 교환가치인 쟁점주식의 시가로 보기 어렵다고 판단하였다.
(다) 또한, 양도인 D의 진술내용을 보면 쟁점현지법인 주식거래는 불특정다수인 간의 거래가 아닌 오랜 지인간의 거래로 보이는바, 이는 「법인세법」제52조 제2항의 ‘건전한 사회통념 및 상거래 관행과 특수관계 아닌 자 간의 정상적인 거래’에 해당한다고도 볼 수 없다.
(3) 쟁점주식의 매매사례로 볼 수 있는 가액이 없으므로 보충적 평가방법으로 산정한 쟁점주식의 시가는 타당하다.
(가) 양도인 D은 조사당시 인도네시아 현지 회계법인이 2019.12.31. 기준으로 작성한 쟁점현지법인의 주식 평가보고서를 제출하였고, 동 주식 평가보고서를 보면 주식을 순자산가치로만 평가하는 것이 적정하다는 의견이 기재되어 있다.
처분청은 순손익가치는 미래의 기대수익을 우리나라의 3년 만기 회사채 유통수익률을 반영한 이자율에 의하여 현재가치로 할인한 것이므로 외국 비상장주식의 평가에 국내 이자율을 적용할 수 없기에 순자산가치로만 평가하는 것이 해외법인의 가치를 왜곡하지 않고 시가에 가장 근접하게 평가할 수 있는 방법이라는 법원의 판례를 참고하여 해외법인인 쟁점현지법인의 주식을 순자산가치로만 평가하였다.
(나) 이렇듯 쟁점주식에 대하여 적용할 적정한 매매사례가액도 없고 양도일 전후 3개월 내 평가한 내역도 없었기에 처분청은 조사 시 2018.12.31. 기준으로 쟁점주식 1주당 가액을 상증세법상 보충적 평가액 미화 OOO달러로 산정하였다가, D이 제출한 쟁점평가보고서의 평가액 미화 OOO달러와 금액이 비슷하여 양도인 D과 청구법인에게 유리한 가액인 주식평가보고서 제출분을 시가로 인정하여 법인세를 경정하였다.
<표4> 쟁점주식에 대한 처분청의 평가 및 주식평가보고서상 평가
○○○
(다) 이후 양도인 D은 쟁점주식 양도소득세 심사청구 과정에서 처분청이 보충적 평가시 오류를 발견하여 2018.12.31. 기준 쟁점주식 1주당 평가액을 미화 OOO달러로 재산정하여 제출한바 있고, 이어 쟁점현지법인이 사실은 매월 말 가결산을 해왔다며 2018년 말에서 2019년 4월말 기간까지의 매월말 가결산 재무상태표를 제출하였으나,
해당 가결산 재무상태표는 2019년 2월말 유동자산과 2019년 3월초 유동자산 내역이 일치하지 않아 이에 대해 처분청은 소명을 요청하였고, D은 이를 잘못 제출하였다며 재무상태표의 숫자를 바꿔서 다시 제출하는 등 적정한 소명을 하지 못하였다.
청구법인은 토지와 관련하여 쟁점현지법인은 30년간 인도네시아 토지를 사용 수익할 수 있는 사용권을 취득한 것일뿐이므로 감가상각을 반영하여 토지가액을 재평가해야 한다고 주장하며 진위여부를 알 수 없는 토지매매계약서를 제출하였는바, 처분청은 추후 제출한 2019년 4월말 가결산 재무상태표 등을 신뢰할 수 없었으나, 양도인 D의 심사청구OOO 결과 2019년 4월말 쟁점현지법인의 가결산 재무상태표를 고려하여 거래 당시 쟁점주식의 시가를 재조사(현지 토지가액 적정 여부 등)하여 결정하라는 결정을 받아 이를 반영하여 청구법인의 법인세 역시 경정하였다.
(라) 또한 청구법인은 쟁점현지법인이 우리나라 중소기업 기준에 해당하므로 할증평가 규정을 적용하지 않아야 한다고도 주장하나, 상증세법 시행령 제53조 제8항 제2호는 평가기준일 전후 6개월 이내의 기간 중 최대주주 등이 보유하는 주식 등이 전부 매각된 경우, 해당 거래의 가액이 상증세법 시행령 제49조 제1항 제1호의 규정(매매사례가액)에 적합한 경우에 한해 적용된다고 규정하고 있는바, 청구법인의 쟁점주식 거래가액은 특수관계자와의 거래로 그 가액이 객관적으로 부당하다고 인정되어 시가의 범위에서 제외되므로 해당 규정을 적용할 수 없으므로 쟁점주식 평가 시 최대주주 할증 규정을 적용하여 시가를 산정하는 것이 타당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
① 절차적 하자(위법한 세무조사, 과세전적부심사 기회 박탈, 부적법한 고지서 송달)가 있어 이 건 처분이 위법하다는 청구주장의 당부
② 인도네시아 현지법인의 주식거래에 대하여 특수관계자인 양도인의 신고가액을 부인하고 상증세법상 보충적 평가방법에 따른 평가액을 시가로 보아 법인세를 과세한 처분의 당부
나. 관련 법령
(1) 국세기본법
제81조의4(세무조사권 남용 금지) ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사(「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.
제81조의6(세무조사 관할 및 대상자 선정) ③ 세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다.
4. 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우
제81조의7(세무조사의 통지와 연기신청 등) ① 세무공무원은 세무조사를 하는 경우에는 조사를 받을 납세자(납세자가 제82조에 따라 납세관리인을 정하여 관할 세무서장에게 신고한 경우에는 납세관리인을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에게 조사를 시작하기 20일[제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제80조의2에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정으로 재조사를 하는 경우에는 7일] 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사 사유, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 통지(이하 이 조에서 “사전통지”라 한다)하여야 한다. 다만, 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다.
제81조의14(납세자의 권리 행사에 필요한 정보의 제공) ① 납세자 본인의 권리 행사에 필요한 정보를 납세자(세무사 등 납세자로부터 세무업무를 위임받은 자를 포함한다)가 요구하는 경우 세무공무원은 신속하게 정보를 제공하여야 한다.
제81조의15(과세전적부심사) ① 세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 이 조에서 “과세예고통지”라 한다)하여야 한다.
1. 세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우
2. 세무조사에서 확인된 것으로 조사대상자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우
3. 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우. 다만, 다음 각 목의 경우는 제외한다.
가. 「감사원법」 제33조에 따른 시정요구에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에 과세처분 대상자가 감사원의 지적사항에 대한 소명안내를 받은 경우
나. 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자가 납부하여야 할 세액을 납부하지 아니하거나 과소납부한 경우로서 세무서장 또는 지방국세청장이 해당 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액과 동일하게 과세표준 및 세액을 결정하는 경우
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 “과세전적부심사”(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.
1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지
2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지
③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다.
1. 「국세징수법」 제9조에 규정된 납부기한 전 징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우
2. 「조세범 처벌법」 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우. 다만, 고발 또는 통고처분과 관련 없는 세목 또는 세액에 대해서는 그러하지 아니하다.
3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우
4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우
(2) 법인세법
제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
12. "특수관계인"이란 법인과 경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다.
제15조(익금의 범위) ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입[이하 "수익"(收益)이라 한다]의 금액으로 한다.
② 다음 각 호의 금액은 익금으로 본다.
1. 특수관계인인 개인으로부터 유가증권을 제52조 제2항에 따른 시가보다 낮은 가액으로 매입하는 경우 시가와 그 매입가액의 차액에 상당하는 금액
제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.
② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.
(3) 법인세법 시행령
제2조(정의) ⑤ 법 제2조 제12호에서 "경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.
1. 임원(제40조 제1항에 따른 임원을 말한다. 이하 이 항, 제10조, 제19조, 제38조 및 제39조에서 같다)의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 해당 법인의 경영에 대해 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(「상법」 제401조의2 제1항에 따라 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족(「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항에 따른 자를 말한다. 이하 같다)
2. 제50조 제2항에 따른 소액주주등이 아닌 주주 또는 출자자(이하 "비소액주주등"이라 한다)와 그 친족
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자 및 이들과 생계를 함께하는 친족
가. 법인의 임원ㆍ직원 또는 비소액주주등의 직원(비소액주주등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)
나. 법인 또는 비소액주주등의 금전이나 그 밖의 자산에 의해 생계를 유지하는 자
4. 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제3호까지의 관계에 있는 자를 통해 어느 법인의 경영에 대해 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제4항에 따른 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인
5. 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제4호까지의 관계에 있는 자를 통해 어느 법인의 경영에 대해 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제4항에 따른 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인
6. 해당 법인에 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인에 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인이나 개인
7. 해당 법인이 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 기업집단에 속하는 법인인 경우에는 그 기업집단에 소속된 다른 계열회사 및 그 계열회사의 임원
제50조(업무와 관련이 없는 지출) ② 제1항 제1호 및 제2호에서 "소액주주등"이란 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1에 미달하는 주식등을 소유한 주주등(해당 법인의 국가, 지방자치단체가 아닌 지배주주등의 특수관계인인 자는 제외하며, 이하 "소액주주등"이라 한다)을 말한다.
제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.
② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.
1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등은 제외한다.
2. 「상속세 및 증여세법」 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 「조세특례제한법」 제101조를 준용하여 평가한 가액. (이하 생략)
(4) 상속세 및 증여세법
제63조(유가증권 등의 평가) ① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.
1. 주식등의 평가
나. 가목 외의 주식등은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.
③ 제1항 제1호, 제2항 및 제60조 제2항을 적용할 때 대통령령으로 정하는 최대주주 또는 최대출자자 및 그의 특수관계인에 해당하는 주주등(이하 이 항에서 "최대주주등"이라 한다)의 주식등(대통령령으로 정하는 중소기업, 대통령령으로 정하는 중견기업 및 평가기준일이 속하는 사업연도 전 3년 이내의 사업연도부터 계속하여 「법인세법」제14조 제2항에 따른 결손금이 있는 법인의 주식등 대통령령으로 정하는 주식등은 제외한다)에 대해서는 제1항 제1호 및 제2항에 따라 평가한 가액 또는 제60조 제2항에 따라 인정되는 가액에 그 가액의 100분의 20을 가산한다. 이 경우 최대주주등이 보유하는 주식등의 계산방법은 대통령령으로 정한다.
(5) 상속세 및 증여세법 시행령
제53조(코스닥시장에 상장신청을 한 법인의 주식등의 평가 등) ⑥ 법 제63조 제3항 전단에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업을 말한다.
제54조(비상장주식등의 평가) ① 법 제63조 제1항 제1호 나목에 따른 주식등(이하 이 조에서 "비상장주식등"이라 한다)은 1주당 다음의 계산식에 따라 평가한 가액(이하 "순손익가치"라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율[부동산과다보유법인(「소득세법」 제94조 제1항 제4호 다목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다]로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 그 가중평균한 가액이 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액 보다 낮은 경우에는 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액을 비상장주식등의 가액으로 한다.
1주당 가액 = 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액 ÷ 3년 만기 회사채의 유통수익률을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 이자율
② 제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다.
1주당 가액 = 당해법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수(이하 "순자산가치"라 한다)
④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 제2항에 따른 순자산가치에 따른다.
1. 법 제67조 및 법 제68조에 따른 상속세 및 증여세 과세표준신고기한 이내에 평가대상 법인의 청산절차가 진행 중이거나 사업자의 사망 등으로 인하여 사업의 계속이 곤란하다고 인정되는 법인의 주식등
2. 사업개시 전의 법인, 사업개시 후 3년 미만의 법인 또는 휴업ㆍ폐업 중인 법인의 주식등. 이 경우 「법인세법」 제46조의3, 제46조의5 및 제47조의 요건을 갖춘 적격분할 또는 적격물적분할로 신설된 법인의 사업기간은 분할 전 동일 사업부분의 사업개시일부터 기산한다.
3. 법인의 자산총액 중 「소득세법」 제94조 제1항 제4호 다목 1) 및 2)의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 80 이상인 법인의 주식등
5. 법인의 자산총액 중 주식등의 가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 80 이상인 법인의 주식등
6. 법인의 설립 시 정관에 존속기한이 확정된 법인으로서 평가기준일 현재 잔여 존속기한이 3년 이내인 법인의 주식등
제55조(순자산가액의 계산방법) ① 제54조 제2항의 규정에 의한 순자산가액은 평가기준일 현재 당해 법인의 자산을 법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액으로 하며, 순자산가액이 0원 이하인 경우에는 0원으로 한다. 이 경우 당해 법인의 자산을 법 제60조 제3항 및 법 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액이 장부가액(취득가액에서 감가상각비를 차감한 가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다)보다 적은 경우에는 장부가액으로 하되, 장부가액보다 적은 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.
제56조(1주당 최근 3년간의 순손익액의 계산방법) ② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우에는 제54조 제1항에 따른 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액을 기획재정부령으로 정하는 신용평가전문기관, 「공인회계사법」에 따른 회계법인 또는 「세무사법」에 따른 세무법인 중 둘 이상의 신용평가전문기관, 「공인회계사법」에 따른 회계법인 또는 「세무사법」에 따른 세무법인이 기획재정부령으로 정하는 기준에 따라 산출한 1주당 추정이익의 평균가액으로 할 수 있다.
1. 일시적이고 우발적인 사건으로 해당 법인의 최근 3년간 순손익액이 증가하는 등 기획재정부령으로 정하는 경우에 해당할 것
2. 법 제67조 및 제68조에 따른 상속세 과세표준 신고기한 및 증여세 과세표준 신고기한까지 1주당 추정이익의 평균가액을 신고할 것
3. 1주당 추정이익의 산정기준일과 평가서작성일이 해당 과세표준 신고기한 이내일 것
4. 1주당 추정이익의 산정기준일과 상속개시일 또는 증여일이 같은 연도에 속할 것
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 D, 쟁점현지법인의 현황은 다음과 같다.
(가) 청구법인은 2018.4.13. 양도인 D의 배우자 A이 A 40%, 자녀 B, C이 각 30% 출자하여 설립한 법인으로 현재까지 청구법인의 주주들의 보유지분율은 동일하고, 2018∼2024사업연도 사이에 OOO제조업 관련 국내 매출은 없고 국외 매출만 발생하였으며, 2018∼2019년은 쟁점현지법인 외 3개 업체에 수출하였고, 그 중 쟁점현지법인에게 총매출의 약 43%를, 2020년부터 2024년까지 쟁점현지법인에게 총매출의 약 70% 정도를 수출하고 있다.
(나) 양도인 D은 1996년부터 ㈜E에서 근무하다가 2006년 쟁점현지법인에 출자하여 주주가 되었고, 2019.5.20. 청구법인에게 양도일 전까지 쟁점현지법인 주식의 42.5%인 OOO주를 보유하던 중, 청구법인에게 1주당 미화 OOO달러에 양도하고 양도가액 OOO원, 취득가액 OOO원으로 하여 환율차익에 대하여 양도소득세 OOO원을 예정신고ㆍ납부하였다.
(다) D이 종합소득세신고 시 제출한 쟁점현지법인 명세서에서 확인되는 쟁점현지법인의 주식 지분율은 아래 <표5>와 같고, 재무제표는 아래 <표6>과 같으며, 설립 이후 순자산, 당기순손익 등이 꾸준히 증가하여 2018년말 기준 자산총계 2배 이상 증가, 순자산 3배 이상 증가한 것으로 나타난다.
<표5> 쟁점현지법인의 2019년까지 지분율 현황
○○○
<표6> 쟁점현지법인의 손익계산서 및 재무상태표
○○○
(2) 쟁점세무조사 진행경과 및 고지서 송달 현황은 다음과 같다.
(가) 처분청의 조사종결보고서에 의하면, 양도인 D이 2019.5.20. 청구법인에게 양도한 쟁점주식에 대하여 양도소득세 및 법인세 조사를 실시한 결과 D이 특수관계에 있는 청구법인에게 쟁점주식을 저가양도한 것으로 판단하고 양도 시 시가를 주당 USD OOO로 보아 과소양도 소득금액 OOO원에 대하여 부당행위계산 부인규정을 적용하여 D에게는 양도소득세를 부과하고 이익을 분여받은 청구법인에게 법인세 및 청구법인의 주주들에게 증여세를 부과한다고 기재되어 있다.
(나) 처분청은 청구법인에게 조사기간 2025.2.17.∼2025.3.23.으로 하여 법인통합조사 세무조사 개시통지를 하였고, 세무조사 개시통지서에 의하면 조사사유에는 「국세기본법」제81조의6 제3항 제4호의 규정에 따라 신고내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에 해당하여 세무조사를 실시, 사전통지 미실시 사유에는「국세기본법」제81조의7 제1항 단서에 따라 세무조사 사전통지를 생략한다고 기재되어 있다.
또한 처분청은 쟁점거래를 세무조사 대상으로 선정하게 된 사유에 대하여 2025년 2월경 대구지방국세청으로부터 쟁점거래에 대한 자체분석자료를 수보하여 처분청 조사팀이 바로 세무조사에 착수하였고, 사전통지 생략이유에 대해서는 국세청 지침에 따라 비정기조사를 한 것이어서 사전통지를 생략하였다고 답변하였다.
(다) 처분청은 2025.3.27. 청구법인에게 세무조사 결과통지서를 교부송달하였고, 세무조사 통지서에는 청구법인의 대표자의 배우자이자 쟁점주식 양도인인 D이 서명하였으며, 조기결정신청서에는 법인세 예상고지액 OOO원과 과세전적부심사를 청구하지 않을 것이므로 즉시 결정ㆍ고지해 줄 것을 신청한다고 기재되어 있고, 제출자란에 D이 서명을 한 것으로 나타난다.
(라) 처분청이 제시한 청구법인에 대한 법인세 납부고지서 송달서에 의하면 2025.3.27. 청구법인의 대표자의 배우자로 D이 서명하였고, 청구법인에 대한 법인세 납부고지서는 D에게 교부송달한 것으로 나타난다.
(마) D에게 부과된 2019년 귀속 양도소득세에 대하여 D이 심사청구를 제기한 결과, 국세청장은 처분청이 상증세법상 보충적 평가방법으로 쟁점주식을 평가한 것에 대하여는 잘못이 없으나, D이 2019년 4월말 기준 쟁점현지법인의 가결산 재무상태표를 제출한바 있고, D이 제기한 심사청구 과정에서 인도네시아에서는 외국인투자자들이 토지를 소유할 수 없어 재무상태표에 토지로 인식하였으나 실질은 토지사용권이라고 주장하고 있으므로 이러한 청구주장을 고려하여 인도네시아 해외현지법인의 회계처리 및 감가상각 반영여부를 검토하여 쟁점주식의 1주당 시가를 재산정하여 양도소득세 과세표준과 세액을 경정할 필요가 있다고 결정하였다.
(바) 이에 처분청이 쟁점거래에 대하여 재조사를 하였고, D이 제출한 ① 현지인과 작성한 매매 계약서, ② 인도네시아 정부 토지 ㆍ건물 사용권 증서 등 자료 검토하였고, 인도네시아는 해외 투자법인이 토지ㆍ건물 등에 대해 소유권이 아닌 사용권을 승인받아 사용한다는 사실이 확인되는 등 해당 자산은 감가상각 적용 대상인 사용권 (감가상각 내용연수 30년 - 사용권 증서에서 확인된 사용기한)에 해당한다고 확인하였으며, 쟁점현지법인의 2019년 4월말 가결산 재무상태표 및 사용권에 해당하는 토지ㆍ건물 감가상각자료를 인용하여 쟁점주식 1주당 미화 OOO달러(순자산가치 평가 및 할증 20%)로 산정하였고, D의 양도소득세와 청구법인에 대한 법인세를 감액경정한 것으로 확인된다.
(3) 청구주장을 입증하기 위하여 청구인이 제시한 자료는 다음과 같다.
(가) 청구법인은 쟁점주식이 1주당 미화 OOO달러에 계속 거래되었다면서 아래 <표7>과 같이 쟁점현지법인의 주식거래 내역과 거래내역 증빙자료(주식매매계약서, 매매계약확인서 등)을 제시하였고, 처분청은 쟁점매매사례인 K과 ㈜E가 법령상 특수관계에 해당하지 않는다고 답변하였다.
<표7> 쟁점현지법인의 주식거래 내역
○○○
(나) 쟁점현지법인은 아래 <표8>과 같이 2008.1.8. 투자조정위원회로부터 회사자본 참여 변경 승인(외국인 투자 확대 승인)을 받았고, 2006년 4월 산업 생산 개시일부터 최대 15년 이내에 회사는 인도네시아 국민 또는 인도네시아 법인에 주식의 일부를 매각해야 한다고 기재되어 있으나 액면가로 매각하여야 한다고 기재되어 있지는 아니하다.
<표8> 투자조정위원회의 외국인 투자 확대 승인서(2008.1.8.)
○○○
(4) 과세처분의 근거로 처분청이 제시한 자료는 다음과 같다.
(가) 청구법인은 세무조사 당시 아래 <표9>와 같이 인도네시아 소재 G회계법인이 작성한 쟁점현지법인 주식에 대한 주식평가보고서(2019.12.31. 기준)를 제출하였고, 주식평가보고서에 의하면, 외국법인의 주식에 대하여는 중소기업 최대주주 등의 주식 할증평가 적용 특례가 적용되지 않는다고 보아 할증율 20%를 가산하고, 손순익가치는 적절한 시가를 반영하지 못하므로 손순익가치를 배제하고 순자산가치로만 평가하였다고 기재되어 있으며, 처분청은 처분청의 평가액(1주당 미화 OOO달러)보다 주식평가보고서상 1주당 평가액이 더 작아 주식평가보고서상 금액을 쟁점주식의 1주당 시가(1주당 미화 OOO달러)로 보아 청구법인에게 법인세를 부과한 것으로 나타난다.
<표9> 쟁점현지법인에 대한 주식평가보고서(2019.12.31. 기준)
○○○
(나) 쟁점주식의 양도인 D은 쟁점세무조사 당시 ‘쟁점주식을 특수관계법인에게 주식가치보다 저가양도하여 과소신고하였다’는 내용의 확인서를 제출하였다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대,
「국세기본법」 제81조의7은 사전통지의 경우 증거인멸 등으로 조사목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우 생략할 수 있다고 규정되어 있고, 세무조사의 사전통지 여부는 조사목적을 달성할 수 있는지 여부를 판단하여 사전통지 여부를 결정하도록 하고 있음에도,
처분청이 청구법인에게 교부한 쟁점세무조사 통지서를 보면 「국세기본법」 제81조의7 제1항 단서에 따라 사전통지를 생략한다고만 기재되어 있고, 증거인멸 등 조사 목적을 달성할 수 없다고 판단하는 구체적인 근거나 사유에 관하여는 기재되어 있지 아니한바, 사전통지의 생략은 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 중대한 절차상의 하자에 해당하는 것으로 보이고, 이러한 세무조사에 기하여 과세처분을 하는 것은 적법절차의 원칙에 반하는 것으로 보이는 점,
또한 처분청은 청구법인에게 과세권을 행사할 수 있는 기간이 약 5년이 있었음에도 5년 동안 아무런 조치를 취하지 않았다가 대구지방국세청의 자체분석자료에 기해 부과제척기간 만료일(2025.3.31.) 약 40여일 전인 2025.2.17. 사전통지를 생락하고 세무조사에 착수하였던 점,
처분청은 2025.3.27. 쟁점세무조사 결과통지를 하면서 같은 날 쟁점고지서를 동시에 청구법인에게 교부송달하였는데, 처분청은 쟁점세무조사가 부과제척기간 만료일 40일 전 착수된 사유나, 세무조사 결과통지서와 쟁점고지서를 동시에 교부송달하게 된 사유를 명확하게 밝히지 못하고 있고, 과세예고통지로 납세자에게 보장하고자 하는 절차적 권리는 단순히 과세전적부심사를 청구할 수 있는 기회를 보장하는 것에 그치지 않고 납세자가 과세처분 전에 충분히 시간을 가지고 대비할 수 있도록 하는데 있다할 것이므로, 쟁점고지서 교부 직전 쟁점세무조사 결과통지를 하였다 하여 처분의 사전통지로서의 세무조사 결과통지의무(과세예고 통지의무)를 이행하였다고 보기는 어려우며, 쟁점고지서를 교부하기 직전에 청구법인이 조기결정신청서를 제출하였다고 해서 청구법인에게 과세전적부심사 청구기회를 부여했다고 볼 수도 없으므로, 처분청은 사실상 과세예고통지를 생략한 채 법인세 과세처분을 한 것인 점(조심 2022인7777, 2023.5.16., 같은 뜻임),
「국세기본법」제81조의15 제3항은 과세예고통지를 하는 날로부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에는 예외적으로 과세전적부심사청구를 하지 아니할 수 있다고 규정하고 있으나, 이는 과세전적부심사청구를 생략할 수 있다는 의미이지 과세예고통지까지 생략할 수 있다는 것으로 보기는 어려운 점(대법원 2025.6.5. 선고 2025두33014 판결 등, 같은 뜻임) 등에 비추어 세무조사 사전통지와 과세예고통지를 생략하고 한 이 건 처분은 절차상 중대한 하자가 있다고 봄이 타당하므로 처분청이 청구법인에게 법인세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
쟁점②는 쟁점①이 인용되어 심리의 실익이 없어 이를 생략한다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.