택분양사업이 과ㆍ면세 겸영사업이라는 것에 다툼이 없다면 쟁점자산관리수수료 중 주택분양사업분은 또 다른 공통매입세액으로 볼 수 있는 측면이 있고, 면세로 공급된 국민주택규모 초과 주택 관련 토지의 면적 비중이 고려되었다면 사실상 처분청의 산정방식과 그 결과가 유사했을 것으로 보이는 점 등에 비추어 이 건 안분방식은 잘못이 없음

이유 1. 처분개요 가. 청구법인은 서울특별시 광진구 OOO 일원의 E재정비촉진구역에 대한 도시정비형 재개발사업의 시행자로, (1) 개발업무를 수행하기 위하여 주식회사 A(이하 “쟁점자산관리회사”라 한다)와 자산관리서비스 계약을 체결하여 자산관리서비스에 대한 수수료 합계 약 OOO원(이하 “쟁점자산관리수수료”라 한다)을 지급하고 이에 대한 매입세금계산서를 수취한 후, 해당 매입세액 약 OOO원을 예정사용면적의 비율로 안분하여 면세사업분(24.39%)을 각 과세기간의 매출세액에서 불공제하는 한편, (2) 공동주택인 B역 인근 C에 대한 분양업무를 시공사인 D 주식회사(이하 “D㈜”이라 한다)에 위탁하여 분양업무위탁수수료 합계 약 OOO원(이하 “쟁점분양업무위탁수수료”라 한다)을 지급하고 이에 대한 매입세금계산서를 수취한 후, 해당 매입세액 약 OOO원을 ‘국민주택규모 이하’ 주택과 ‘국민주택규모 초과’ 주택의 분양가액 비율로 안분하여 면세사업분(48.61%)을 각 과세기간의 매출세액에서 불공제하였다. 나. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과, (1) 쟁점자산관리수수료와 관련하여 예정공급가액이 일부 사업에 대해서만 존재하는 경우, 1차적으로 예정사용면적에 비례하여 안분계산한 후, 2차적으로 예정공급가액이 있는 사업부분에 대한 매입세액을 예정공급가액에 비례하여 안분계산하여야 하므로, 쟁점자산관리수수료에 대한 면세비율을 재계산하고, (2) ‘국민주택규모 초과 주택’의 분양가액 중 토지분은 과세공급가액이 아닌 면세공급가액이므로 ‘국민주택규모 초과 주택’의 토지 분양가액을 면세공급가액에 포함하여 쟁점분양업무위탁수수료에 대한 면세비율을 재계산하여, 부가가치세를 경정하라는 취지의 처분지시를 하였고, 처분청은 이에 따라 쟁점자산관리수수료에 대한 면세비율을 24.39% → 32.15.%로 상향조정하고, 쟁점분양업무위탁수수료에 대한 면세비율도 48.61% → 79.07%로 상향조정하여, 2025.4.14. 청구법인에게 아래 <표1>과 같이 2020년 제2기, 2021년 제1기, 2023년 제1기ㆍ제2기 및 2024년 제2기 부가가치세 합계 OOO원을 각 경정ㆍ고지하는 한편, 2025.3.11. 청구법인의 2024년 제2기 부가가치세 확정신고 당시 환급세액 OOO원 중 OOO원만을 환급(OOO원에 대한 환급거부)하였다. <표1> 이 건 과세처분 내역 (단위 : 원) OOO 다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.6.4. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인이 「부가가치세법 시행령」제81조 제4항 단서에 따라 쟁점자산관리수수료의 매입세액에 대하여 예정사용면적이라는 단일한 기준으로 안분계산을 한 것은 타당하다. (가) 법령의 근거 없이 과세요건을 확대해석하여 공통매입세액 안분 방식을 창설하는 것은 조세법률주의에 반하는 위법ㆍ부당한 처분이다. 1) 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건, 감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 엄격하여야 하고 확장해석이나 유추해석은 허용될 수 없다(대법원 2001.2.23. 선고 OOO 판결, 대법원2016.1.28. 선고 OOO 판결 등). 2) 「부가가치세법」은 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준에 따라 안분하도록 규정하고 있고, 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우 해당 과세기간에 대한 안분은 ① 총매입가액(공통매입가액 제외)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율, ② 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율, ③ 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율의 순서로 적용하되 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 예정사용면적 기준을 우선적용하는 것으로 규정하고 있다. 3) 처분청은 쟁점자산관리수수료가 공통매입액임을 인정하면서도 관련 매입세액에 대한 안분비율 산정 시 예정사용면적 기준을 우선적용한 후, 일부 예정공급가액이 산출되는 부분에 대하여 예정공급가액 비율을 재차 안분하였는데, 이와 같이 2단계로 안분하는 것은 법령상 근거 없이 과세요건을 확대해석하여 산정방식을 창설한 것으로서 조세법률주의 원칙상 허용될 수 없는 확장해석 또는 유추해석에 해당한다. (나) 「부가가치세법 시행령」 제81조 제4항 단서에 의하면, 예정사용면적을 우선 적용하여 안분비율을 산정할 수 있다. 1) 「부가가치세법 시행령」 제81조 제4항은 같은 조 제1항에 따라 공통매입세액을 안분함에 있어 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 각 호의 순서에 따르는 것이며, 다만 건물ㆍ구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업 등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다고 규정하고 있다. 2) 법원은 지역주택조합추진위원회가 개발업무대행 계약을 체결하여 조합원 모집 및 관리, 사업 관련 인ㆍ허가 업무, 조합 행정, 모델하우스 건립 및 운영 지원, 공사도급계약 및 토지매입 업무대행 용역, 설계, 감리 등 각종 용역계약 체결 지원, 일반분양ㆍ근생시설 관리 분양, 업무대행비 집행과 관리 등의 업무를 대행하도록 하여 발생한 용역대금은 해당 사업 전반에 관련된 공통매입세액으로, 「부가가치세법 시행령」 제81조 제4항 제3호에 따라 예정사용면적의 비율로 안분하여야 한다고 판시하였고(서울행정법원 2018.3.29. 선고 OOO 판결, 서울고등법원 2018.8.30. 선고 OOO 판결), 조세심판원 또한 ‘“재개발사업행정업무대행용역도급계약서”는 제2조에서 용역의 범위로 조합의 행정업무 대행ㆍ자문, 관리처분계획 인허가 대행ㆍ자문, 분양처분 고시 대행, 청산업무 자문 등을 기재하고 있어 쟁점이 된 금액은 조합원 외에 주택분양과도 관련된 업무 등을 대행하는 용역비에 해당하는 것으로 보이는바, 이에 대해서는 구 「부가가치세법 시행령」 제61조 제4항 단서의 규정에서 정한 계산방법인 제3호를 적용하여 산정한 면세관련 매입세액을 불공제하는 것이 타당하다’고 결정(국심 OOO, 2003.11.26.)한 바 있다. 이와 같은 심판례에 의하면 「부가가치세법 시행령」 제81조 제4항 단서 조항은 건물의 신축 또는 취득을 위하여 직접적으로 발생하는 비용에 국한되지 않고, 해당 건물의 신축 또는 취득을 위하여 발생하는 사업과 관련하여 발생하는 비용에 대하여 적용되는 것으로 유추해석할 수 있다. 3) 청구법인은 E재정비촉진구역에서의 업무시설, 숙박시설, 문화집회시설, 청사시설, 공동주택의 신축을 통한 개발을 목적으로 설립된 특수목적회사이고, 청구법인이 지출한 쟁점자산관리수수료는 자산관리위탁 계약에 따라 개발프로젝트를 수행하기 위한 자산의 매입, 인허가, 자산관리, 처분, 사무수탁까지 포괄하여 제공하는 용역의 대가로 발생하는 수수료로서, 본 개발사업만을 위하여 지출되는 비용에 해당한다. 한편, 해당 사업과 관련한 건축물 등이 완공되어 분양ㆍ임대 등의 수익이 발생하기 전에는 공급가액이 발생하지 않는 반면, 해당 건축물의 인허가 등 목적으로 개발을 통해 취득한 부동산에 대한 용도를 제출하도록 되어 있어 예정사용면적의 경우에는 비교적 정확하게 산출할 수 있고, 인허가 시 적용된 예정사용면적이 최종 건축물 준공 시 확정면적과도 차이가 크지 아니할 것으로 예상된다. 4) 따라서, 쟁점자산관리수수료는 개발 프로젝트에 포괄하여 귀속되는 공통매입세액이고, 이 건은 건물을 신축 공급하면서 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에 해당하므로, 「부가가치세법 시행령」 제81조에 따라 예정사용면적 비율을 우선 적용하여 공통매입세액을 안분하는 것이 타당하다. (2) 쟁점분양업무위탁수수료를 「부가가치법 시행령」 제81조 제4항 단서에 따라 예정사용면적을 기준으로 안분계산하여 면세분을 산정한 것은 타당하다. (가) 청구법인은 E재정비촉진구역의 개발을 통하여 최종적으로 임대용 상업시설의 보유를 통한 영리사업을 지속하는 것을 계획하고 있다. 청구법인이 영위하는 개발사업은 분양주택의 건설 및 분양을 통해 발생하는 자금을 이용하여 개발을 위한 대출금 상환이 이루어지고 이를 통해 최종 복합 개발사업을 완수하기 위함을 목적으로 하는 것으로, 결과적으로 분양주택 건설 및 매각을 위한 목적은 전체 개발사업을 완성하기 위한 것인바, 시공사인 D㈜와 체결한 약정에 의해 발생하는 쟁점분양업무위탁수수료 또한 전체 개발사업을 위해 발생하는 공통매입세액에 해당한다. (나) 「부가가치세법 시행령」 제81조 제4항 단서에 따르면, 쟁점분양업무위탁수수료는 예정사용면적을 우선 적용하여 안분계산을 하는 대상에 해당한다. 1) 앞선 쟁점①에서 설명한 바와 같이, 법문언, 심판례를 종합하면 「부가가치세법 시행령」 제81조 제4항 단서는 건물의 신축 또는 취득을 위하여 직접적으로 발생하는 비용만이 아니라, 건물의 신축 또는 취득을 위하여 발생하는 사업과 관련하여 발생하는 비용에 대해서도 적용하는 것으로 유추해석할 수 있고, 청구법인의 이 건 사업과 관련하여 건축물 등이 완공되어 분양 또는 임대 등의 수익이 발생하기 전에는 공급가액이 발생하지 아니하는 반면, 건축물의 인허가 등 목적으로 개발을 통해 취득한 부동산에 대한 용도를 제출하도록 되어 있어 예정사용면적을 비교적 정확하게 산출할 수 있으며, 인허가 시 적용된 예정사용면적이 최종 건축물 준공 시 확정면적과도 차이가 크지 아니할 것으로 예상된다. 2) 따라서 쟁점분양업무위탁수수료에 대해서는 「부가가치세법 시행령」 제81조 제4항 단서에 따라 예정사용면적 비율을 우선 적용하여 공통매입세액을 안분해야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 이 건의 경우 일부 사업에 대한 예정공급가액이 없으므로, 쟁점자산관리수수료 관련 매입세액은 「부가가치세법 시행령」제81조 제4항 본문에 따라 1차로 예정사용면적의 비율에 따라 안분계산하고, 예정공급가액의 비율이 있는 사업부분에 대하여는 2차로 그 사업부분의 과ㆍ면세 예정공급가액의 비율로 안분계산하여야 한다. (가) 「부가가치세법 시행령」 제81조 제4항은 과세기간 중 과ㆍ면세사업 중 어느 하나라도 공급가액이 없는 경우 안분계산 순서는 원칙적으로 ‘① 매입가액의 비율 → ② 예정공급가액의 비율 → ③ 예정사용면적의 비율’이고, 건물ㆍ구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에 한하여 예정사용면적기준을 우선 적용해야 한다고 규정하고 있다. 여기서 ‘건물ㆍ구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우’란, 사업자가 건물 등을 신축ㆍ취득하는 것과 직접적으로 관련하여 지출된 매입세액에 한정하여 적용되는 것으로, 건축과 관련된 매입인 공사비, 설계비, 감리비, 모델하우스 설치비, 모델하우스 운영비 등은 면적기준으로 안분계산하는 것이 타당하나, 건물 등의 신축ㆍ취득에 직접적으로 관련하여 지출되지 아니한 일반관리비, 광고선전비, 분양대행수수료, 시행대행수수료, 자산관리수수료 등은 면적기준을 적용하지 않고 예정공급가액 비율로 안분계산해야 한다(조심 OOO, 2020.9.9. 등). (나) 한편, 「부가가치세법 시행령」 제64조 제1항 제2호에 의하면, 기준시가가 일부 있는 경우의 토지ㆍ건물의 공급가액 안분계산은 먼저 장부가액(장부가액이 없는 경우 취득가액)에 비례하여 안분계산하고, 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 비례하여 안분계산하는 것이다. (다) 이와 같은 관련 법령 등에 의하면, 쟁점자산관리수수료는 면적기준을 적용하지 않고 예정공급가액 비율로 안분계산하는 것이나, 일부 사업부분의 예정공급가액이 없는 경우에는 먼저 예정사용면적의 비율로 안분계산하고, 예정공급가액의 비율이 있는 사업부분에 대하여는 그 사업부분의 과ㆍ면세 예정공급가액의 비율로 안분계산하는 것이 타당하며, 이러한 2단계 적용방식은 국세청 예규(국세청 부가가치세과-OOO, 2013.8.28.)를 통해서도 인정되는 방법이다. (2) ‘국민주택규모 초과 주택’의 분양가액 중 토지의 분양가액은 면세공급가액이므로, 쟁점분양업무위탁수수료에 대한 면세비율 산정 시 ‘국민주택규모 초과 주택’의 토지 분양가액을 면세공급가액에 포함시켜 면세비율을 상향조정(48.61% → 79.07%)하고, 이에 따라 쟁점분양업무위탁수수료의 매입세액을 추가 불공제하는 것이 타당하다. (가) 공동주택 분양업무 위탁약정서 등에 의하면, 쟁점분양업무위탁수수료는 공동주택(B역 C)에 대한 분양업무를 시공사인 D㈜에 위탁한 것에 따른 분양업무 관련 위탁 수수료인 것으로 나타나고, 분양대행수수료ㆍ분양광고비 등과 관련한 매입세액에서 공제받지 못할 매입세액을 산정함에 있어서는 「부가가치세법 시행령」제81조 제4항 본문에 따라 예정사용면적기준이 아닌 예정공급가액기준을 적용하여야 한다(조심 OOO, 2020.9.9.). (나) 한편, 부가가치세 면제대상인 토지의 공급에 따른 분양가액은 면세사업에 관련된 예정공급가액이므로, ‘국민주택규모 초과’ 주택 관련 토지의 분양가액을 면세공급가액에 포함시켜 면세비율을 높임으로써 쟁점분양업무위탁수수료의 매입세액을 추가로 불공제하는 것은 타당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 쟁점자산관리수수료(공통매입세액) 안분계산 시 예정사용면적과 예정공급가액을 순차적으로 적용한 것의 당부 ② 쟁점분양업무위탁수수료(공통매입세액) 안분계산 시 국민주택규모 초과 주택과 관련한 토지분을 면세사업분으로 안분한 것의 당부 나. 관련 법령 등 (1) 부가가치세법(2019.12.31. 법률 제16845호로 일부개정된 것) 제26조 [재화 또는 용역의 공급에 대한 면세] ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 14. 토지 제29조 [과세표준] ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다. 1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우 2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우 제39조 [공제하지 아니하는 매입세액] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 제40조 [공통매입세액의 안분] 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 “공통매입세액 안분기준”이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다. (2) 부가가치세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30397호로 일부개정된 것) 제81조 [공통매입세액 안분 계산] ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. <이하 단서 생략> ④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다. 1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율 2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율 3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율 ⑥ 제1항부터 제5항까지에서 규정한 사항 외에 공통매입세액의 안분 계산에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다. 제82조 [공통매입세액의 정산] 사업자가 제81조 제4항에 따라 매입세액을 안분하여 계산한 경우에는 해당 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업등의 공급가액, 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고할 때에 다음 각 호의 계산식에 따라 정산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율, 총사용면적에 대한 면세 또는 비과세 사용면적의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다. 1. 제81조 제4항 제1호 및 제2호에 따라 매입세액을 안분하여 계산한 경우 2. 제81조 제4항 제3호에 따라 매입세액을 안분하여 계산한 경우 (3) 부가가치세법 시행규칙(2020.3.13. 기획재정부령 제775호로 일부개정된 것) 제54조 [공통매입세액 안분 계산] ① 영 제81조 제1항에 따른 “인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우”란 도축업을 영위하는 사업자가 법 제40조에 따른 공통매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)을 과세사업과 면세사업에 관련된 도축 두수(頭數)에 따라 안분하여 계산하는 경우를 말한다. ② 영 제81조 제1항 및 제2항에 따른 총공급가액은 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 영 제81조 제1항 단서에 따른 면세공급가액의 합계액으로 한다. ③ 과세사업과 면세사업등에 공통으로 사용되는 재화를 공급받은 과세기간 중에 그 재화를 공급하여 영 제63조 제1항 및 제2항에 따라 공급가액을 계산한 경우 그 재화에 대한 매입세액의 안분(按分) 계산은 영 제63조 제1항 및 제2항에 따라 계산한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구이유서, 처분청 답변서 및 국세청 통합전산망(NTIS) 자료 등의 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 청구법인, 이 건 재개발사업, 쟁점자산관리수수료 및 쟁점분양업무위탁수수료 수수 거래사업에 대하여 아래 <표2>와 같이 설명하면서 자산관리위탁계약서, D㈜와의 공동주택 분양업무 위탁약정서, 관리처분계획인가서 및 강북개발사업자료를 각 제출하였다. <표2> 청구법인이 설명하는 이 건 관련 주요 내용 ○ (청구법인) 서울특별시 광진구 OOO 일원의 E재정비촉진구역에 대한 도시정비형 재개발 사업시행자로 해당 구역을 복합 개발하는 특수목적 사업을 위하여 별도로 설립한 부동산업을 영위하는 프로젝트 금융 투자회사임. ○ (청구법인이 수행하는 도시정비형 재개발사업) 광진구청사, 아파트, 오피스텔, 호텔, 판매시설, 공공임대주택, 문화집회시설 등을 신축하여, 광진구청사 및 임대주택은 준공 후 원가에 매각하고 아파트는 일반분양, 오피스텔ㆍ호텔ㆍ판매시설ㆍ문화집회시설ㆍ오피스는 마스터리스 또는 임대를 통한 수익사업을 영위함 ○ (쟁점자산관리수수료 수수 거래) 자산관리서비스는 자산 관련 서비스(프로젝트를 위한 자산 매입, 신축부동산 임대, 관련 인허가, 자산의 개발ㆍ건축ㆍ관리 및 처분 등)와 일반사무 관련 서비스(주식 명의개서에 관한 업무, 운영에 관한 사무, 계산에 관한 사무 등)로 개발업무를 포괄하여 지원하는 서비스임 ○ (쟁점분양업무위탁수수료 수수 거래) 해당 토지 일대의 개발시공사인 D㈜와 분양개시, 분양대행, 분양대금 운영, 사업에 대한 PF대주단 및 토지소유자 등과 업무협의를 수행하는 분양업무 위탁약정을 체결함 (나) 쟁점①과 관련한 주요 내용은 다음과 같다. 1) 청구법인이 쟁점자산관리수수료와 관련하여 수수한 세금계산서의 세부 내용은 아래 <표3>과 같다. <표3> 쟁점자산관리수수료 관련 세금계산서 수수 내용 (단위 : 원) OOO 2) 이 건 도시정비형 재개발사업과 관련하여 건물 종류별 면적은 아래 <표4>와 같다. <표4> 건물종류별 면적 상세 내역 (단위 : ㎡) OOO * 업무시설(오피스), 숙박시설(호텔), 오피스텔, 문화 및 집회시설(멀티플렉스), 상업시설 3) 양측이 쟁점자산관리수수료 관련 면세 비율을 산정한 내역은 각각 아래 <표5>ㆍ<표6>과 같다. <표5> 청구법인의 면세 비율 산정내역 (단위 : 면적은 ㎡, 비율은 %임) OOO <표6> 처분청의 면세 비율 산정내역 (단위 : 면적은 ㎡, 비율은 %, 가액은 원임) OOO 4) 위 <표6>에서 주택분양사업 중 과세사업 관련 예정공급가액 OOO원은 국민주택규모 초과 주택의 예정공급가액으로, 국민주택규모 초과 주택 관련 토지의 예정공급가액은 면세사업 관련 예정공급가액 OOO원에 포함된 것으로 나타나고, 주택분양사업 중 면세사업의 비율 19.99%는 1차 안분에 따른 주택분양사업의 면적 비율 25.29%에 주택분양사업 총 예정공급가액 중 면세사업 비율 79.07%를 곱하여 산정된 것으로 나타난다. (다) 쟁점②와 관련한 주요 내용은 다음과 같다. 1) 청구법인이 쟁점분양업무위탁수수료와 관련하여 수수한 세금계산서의 세부 내용은 아래 <표7>과 같다. <표7> 쟁점분양업무위탁수수료 관련 세금계산서 수수 내용 (단위 : 원) OOO 2) 양측이 쟁점분양업무위탁수수료 관련 면세 비율을 산정한 내역은 각각 아래 <표8>ㆍ<표9>와 같다. <표8> 청구법인의 면세 비율 산정내역 (단위 : 원, %) OOO <표9> 처분청의 면세 비율 산정내역 (단위 : 원, %) OOO (라) 조사청은 이 건 주택분양사업과 관련하여 부가가치세액이 국민주택규모 초과 주택의 건축비에 한정(대지비 제외)하여 거래징수되었으므로 국민주택규모 초과 주택 관련 토지의 경우 면세로 별도로 공급되었다고 보아야 한다고 설명하면서, 아래 <그림>과 같은 B역 인근 C의 분양공고문을 제출하였다. <그림> B역 인근 C의 분양공고문 OOO (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 「부가가치세법 시행령」 제81조 제4항은 공통매입세액을 안분함에 있어 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에는 총매입가액, 총예정공급가액, 총예정사용면적의 순서에 따르되(본문), 건물ㆍ구축물을 신축ㆍ취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우는 총예정사용면적, 총매입가액, 총예정공급가액의 순서에 따른다(단서)고 규정하고 있는데, 이 때 ‘건물ㆍ구축물을 신축ㆍ취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우’는 사업자가 건물 등을 신축ㆍ취득하는 것과 직접적으로 관련하여 지출된 매입세액에 한정하여 적용되는 것으로 분양대행수수료ㆍ분양광고비 등과 같이 건물 등의 신축ㆍ취득에 직접적으로 관련하여 지출되지 아니한 매입세액의 경우에는 이에 해당하지 않는다고 할 것이다(조심 OOO, 2020.9.9., 같은 뜻임). (나) 이에 따라 쟁점①에 대하여 보건대, 청구법인은 쟁점자산관리수수료가 자산 관련 서비스 및 일반 사무 관련 서비스에 대한 수수료에 해당한다고 설명하고 있으므로, 쟁점자산관리수수료를 건물의 신축ㆍ취득에 직접적으로 관련하여 지출된 비용이라고 보기는 어렵고, 이 경우 「부가가치세법 시행령」제81조 제4항 본문에 따라 매입가액, 예정공급가액 및 예정사용면적 순서로 쟁점자산관리수수료에 대한 안분계산을 해야 하는 점, 한편 양측이 쟁점자산관리수수료와 관련하여 면세 비율을 산정한 내역을 보면, 이 건 도시정비형 재개발사업이 주택분양사업(과ㆍ면세 겸영), 주택임대사업(면세) 및 기타시설 관련 사업(과세)으로 구분된다는 것에 대해서는 이견이 없는 것으로 나타나고, 처분청이 제출한 이 건 주택의 분양공고에 의하면, 국민주택규모 초과 주택의 총공급금액의 경우 대지비를 제외한 건축비에 한하여 부가가치세액이 산정된 것으로 확인되는바, 국민주택규모 초과 주택 관련 토지는 그 주택의 공급과 구별되는 별도의 면세재화로서 공급되었다고 볼 수 있는 점, 그렇다면 과ㆍ면세 겸영사업인 주택분양사업과 관련하여 과ㆍ면세사업분을 구분함에 있어 국민주택규모 초과 주택 관련 토지분은 면세사업분으로 분류하는 것이 타당해 보이는 점, 이와 관련하여 청구법인은 공통매입세액인 쟁점자산관리수수료를 「부가가치세법 시행령」 제81조 제4항에 따라 하나의 기준으로 안분계산하였다면, 그 결과 중 일부에 대하여 다시 한 번 안분계산을 하는 2단계 방식은 조세법률주의에 반한다고도 주장하나, 주택분양사업이 과ㆍ면세 겸영사업이라는 것에 다툼이 없다면 쟁점자산관리수수료 중 주택분양사업분은 또 다른 공통매입세액으로 볼 수 있는 측면이 있고, 만약 청구법인과 같이 분양주택사업분 중 과ㆍ면세분을 면적 기준으로 구분함에 있어 면세로 공급된 국민주택규모 초과 주택 관련 토지의 면적 비중이 고려되었다면 사실상 처분청의 산정방식과 그 결과가 유사했을 것으로 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점자산관리수수료에 대한 면세 비율을 24.39%에서 32.15.%로 상향조정하여 청구법인에게 부가가치세를 부과한 것에 달리 잘못이 없다고 판단된다. (다) 다음으로 쟁점②에 대하여 보건대, 청구법인과 처분청 모두 쟁점분양업무위탁수수료를 공통매입세액으로 보고 예정공급가액을 기준으로 안분계산한 것은 동일하나, 청구법인은 국민주택규모 이하 주택 및 관련 토지의 예정공급가액과 국민주택규모 초과 주택 및 관련 토지의 예정공급가액을 기준으로 하여 전자를 면세사업 예정공급가액으로, 후자를 과세사업 예정공급가액으로 삼은 반면, 처분청은 국민주택규모 초과 주택 및 관련 토지의 공급가액 중 토지의 공급가액은 과세사업이 아닌 면세사업의 예정공급가액으로 분류함에 따라 최종적으로 양측이 산정한 쟁점분양업무위탁수수료 관련 면세 비율에 차이가 발생한 것으로 나타나는 점, 그런데 쟁점①에서 살펴본 바와 같이 국민주택규모 초과 주택 관련 토지는 그 주택과 구별되는 별도의 면세 재화로서 공급되었다고 볼 수 있으므로 처분청이 국민주택규모 초과 주택 관련 토지의 공급가액을 면세사업의 예정공급가액으로 보아 면세 비율을 산정한 것에 달리 잘못이 있다고 보기 어려운 점에 비추어, 처분청이 쟁점분양업무위탁수수료에 대한 면세 비율을 48.61%에서 79.07%으로 상향조정하여 청구법인에게 부가가치세를 부과한 것에 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2026. 6. 5.