쟁점건물의 사용승인을 받고, 직후부터 4년 이상 임대하다 양도한 점, 상당수 임차인들은 다중주택에 전입신고하여 실제 거주한 것으로 보이는 점 등에 비추어 다중주택을 부가가치세가 면제되는 주택임대업에 사용한 것으로 보임

이유 1. 처분개요 가. 청구인은 2019.4.30. 주거용 건물 건설업을 업종으로 하여 ‘A’(이하 “쟁점사업장”이라 한다)라는 상호로 사업자등록을 한 사업자로, 2020.2.18. 서울특별시 동작구 OOO 토지(대, 182㎡) 지상에 근린생활시설(1층, 79.13㎡) 및 다중주택(2∼4층, 191.48㎡, 이하 근린생활시설과 합하여 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하여, 2024.12.20. 쟁점건물을 양도하였다. 나. 청구인은 2019년 제2기∼2020년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 쟁점건물의 신축공사비에 관한 매입세액 OOO원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 공제하지 않고 부가가치세를 신고ㆍ납부하였다. 다. 청구인은 2025.1.31. 쟁점건물은 판매 목적으로 신축한 다중주택에 해당하므로, 쟁점매입세액을 공제하여야 한다는 취지로 경정청구를 하였고, 처분청은 2025.4.17. 청구인에게 아래 <표1>과 같이 토지 및 주택 임대 관련 매입세액(OOO원)은 불공제하고, 귀속이 불분명한 매입세액(OOO원)은 근린생활시설과 주택의 면적비율로 안분계산하여 근린생활시설에 해당하는 매입세액 상당액(OOO원)은 공제대상으로 보아 인용 결정하였으나, 주택에 해당하는 매입세액 상당액(OOO원)은 매입세액 불공제하는 내용의 경정청구 처리결과를 통지하였다. <표1> 경정청구에 대한 처분청의 경정내역 (단위 : 백만원) OOO 라. 청구인은 이에 불복하여 2025.7.15. 이의신청을 거쳐, 2026.1.9. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 청구인이 부가가치세 신고 시 쟁점매입세액을 공제하지 않은 이유는 다음과 같다. (가) 「조세특례제한법」 제106조 제1항 제4호는 “대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역”을 부가가치세 면제로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제106조 제4항 제1호는 “전용면적 85㎡ 이하의 국민주택”을 면세대상으로 규정하면서 같은 호 괄호에서 “기획재정부령으로 정하는 다가구주택의 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 한 면적을 말한다”고 규정하고 있다. 위 규정은 주로 서민이 거주하는 다가구주택에 대하여 세제 혜택을 준 것인데, 다중주택의 경우 가구당 전용면적이나 형태는 다가구주택과 유사하나, 부가가치세 면제를 적용함에 있어서 다가구주택과 동일하게 적용하여야 하는지에 대해 확립된 법리가 없고, 이견이 있었다. (나) 청구인은 이를 보수적으로 해석하여 부가가치세 신고 시 쟁점매입세액을 공제하지 않고 신고하였다. (다) 청구인은 ① 쟁점사업장 사업자등록 시 건물건설업을 표방하면서 실제 그 업종으로 사업자등록을 하였고, ② 쟁점건물을 판매하기 위하여 공인중개사에게 매물 등록을 의뢰하는 등 계속적인 판매노력을 하였으며, ③ 이러한 취지에서 소득세 신고 시 쟁점건물을 재무제표에 재고자산으로 계상하여 신고하였으며, ④ 즉시 매매가 되지 않아 이를 활용하여 자금을 융통하여야 하므로 부득이 임대한 것이다. (라) 청구인은 쟁점사업장 이외에도 건물을 신축하여 판매하는 다수의 사업장을 영위하였다. (마) 그러나, 처분청은 청구인이 쟁점건물 신축 당시부터 주택임대업을 목적으로 쟁점건물을 신축한 것으로 보아, 청구인이 부가가치세가 면제되는 주택임대업을 영위하였으므로, 쟁점매입세액 중 주택에 해당하는 부분에 대해서는 청구인의 경정청구를 거부하였다. (2) 청구인은 사업자의 지위로서 쟁점건물을 양도하였으므로, 법원 판례 등에 따라 쟁점매입세액은 부가가치세 과세표준에서 공제되어야 한다. (가) 법원은 “여관건물의 신축 양도를 포함한 위 건물들의 신축 양도행위는 모두 수익을 목적으로 하고, 그 규모, 횟수, 양태 등에 비추어 계속성과 반복성이 있는 사업활동으로 보기에 충분하고 이와 같이 사업활동으로 반복하여 부동산매매를 하는 이상 보유하는 기간 동안 위 여관건물에서 여관업을 영위하거나 이를 임대하였다고 하여 부동산매매업자로서의 사업성에 영향을 미친다고 할 수 없다”고 판시하였다(대법원 1997.10.24. 선고 OOO 판결 등). (나) 또한, 법원은 빌라를 분양할 목적으로 신축하였으나, 분양이 되지 않아 일시적으로 임대를 한 사건에 대하여 “원고가 분양목적으로 건축한 빌라 4세대가 경기침체 등으로 분양되지 아니하므로 그 중 2세대를 임대기간 중 가옥을 매매하여도 이의가 없다는 조건을 붙여 분양될 때까지 일시적ㆍ잠정적으로 임대한 경우에는 이른바 자가공급에 해당하는 자기 사업을 위하여 직접 사용소비하는 경우에 해당한다고 할 수 없다”고 판시하였다(대법원 1984.1.24. 선고 OOO 판결 등). (다) 나아가, 법원은 “원고는 주택신축판매업의 사업자등록상 개업 및 폐업을 반복하여 오는 등 주택신축판매를 업으로 하여 온 사람이고, 이 사건 주택과 관련한 사업자등록 또한 주택신축판매업으로 하였다. 그리고 원고는 2017년 귀속 종합소득세 신고서에 첨부한 표준합계잔액시산표에 이 사건 주택의 가액을 재고자산으로 계상하여 주택신축판매업에 따른 판매대상 자산으로 회계처리하였다. 원고가 이 사건 주택의 공급 전에 수개월간 이 사건 주택의 각 호실을 임대하고 있었지만, 이는 원고가 위 주택의 건축비용을 조기에 회수하기 위한 것이거나 이 사건 주택을 매도하기 전까지 임시로 임대한 것으로 보이고, 나아가 장래 매수인으로 하여금 임차보증금을 승계함으로써 적은 자금으로 이 사건 주택을 매수하면서도 많은 임대수익을 얻을 수 있도록 하여 이 사건 주택을 매수할 유인을 마련하려는 의도가 있었다고 보인다. 따라서 이 사건 주택의 임대는 이 사건 주택 신축 및 판매에 부수하여 이루어진 일시적ㆍ잠정적인 것에 불과하므로, 원고가 이를 영업으로 하였다고 보기 어렵다”고 판시하였다(서울행정법원 2021.6.8. 선고 OOO 판결). (라) 앞서 살펴본 바와 같이 청구인은 사업자의 지위로서 쟁점건물을 양도한 것이 명백하므로, 위 법원 판례 등에 따라 쟁점매입세액은 부가가치세 과세표준에서 공제되어야 한다. 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점건물이 판매되지 않아 일시적으로 임대한 것이라고 주장하나, 청구인은 당초 부가가치세 신고 시부터 주택임대로 사용할 것을 인지하고 매입세액 불공제로 신고하였을 뿐만 아니라, 「건축법」을 위반하여 쟁점건물의 2층∼4층을 독립된 주거의 형태를 갖춘 원룸형 주택으로 시공한 후 임대한 것으로 확인되는바, 일시적으로 임대하였다는 청구주장은 이유 없다. (1) 청구인은 다음과 같이 쟁점건물을 각 호실별로 주택으로 임대하였다. (가) 청구인은 2020.2.18. 쟁점건물의 사용승인을 받은 후, 1층은 과세사업에 해당하는 상가로 임대 중이며, 2층∼4층은 「건축법」을 위반하여 각 호실에 취사시설 등을 설치하는 등 원룸형 주택구조로 개조하여 2020.4.30.부터 전월세 방식으로 임대하다가 2024.12.20. 쟁점건물을 양도하였다. 「건축법 시행령」 별표1의 제1호 나목은 “다중주택은 다음의 요건을 모두 갖춘 주택을 말한다”고 규정하면서, ① 학생 또는 직장인 등 여러 사람이 장기간 거주할 수 있는 구조로 되어 있는 것, ② 독립된 주거의 형태를 갖추지 아니한 것(각 실별로 욕실은 설치할 수 있으나, 취사시설은 설치하지 아니한 것을 말한다), ③ 1개 동의 주택으로 쓰이는 바닥면적의 합계가 330제곱미터 이하이고 주택으로 쓰는 층수가 3개 층 이하일 것을 그 요건으로 하고 있다. 처분청의 현장확인 결과, 쟁점건물의 2층∼4층은 각 호실로 나누어 주택으로 임대가 이루어지고 있고, 각 호실별로 우편물 수령이 되고 있으며, 독립적인 주거 형태로 임대되고 있음이 확인되었다. (나) 청구인은 2020.2.18. 쟁점건물의 사용승인을 득한 후 2020.4.30.부터 각 호실별 임대를 시작하였고, 다중주택은 방마다 취사시설이 없고 공동공간에서만 조리할 수 있는 구조로 되어 있어야 하나, 청구인은 2020년 3월∼4월 OOO가구, OOO공장으로부터 매입세금계산서를 수취하였는바, 다중주택은 임대일 이전부터 각 호실에서 취사가 가능한 상태였던 것으로 확인되며, 쟁점건물의 전기 및 가스요금 내역을 확인한 결과, 각 호실별로 사용요금이 청구된 것으로 확인되었다. (다) 또한, 청구인이 임차인들과 체결한 임대차계약서 특약사항에 전기, 가스요금은 별도 납입하도록 기재되어 있고, 옵션 항목에 싱크대, 전기 인덕션이 포함되어 있으며, 임차인들이 이를 훼손할 경우 원상복구하는 조건이 명시되어 있다. (2) 청구인은 쟁점건물의 공사대금 전액에 대한 매입세액을 공제해달라고 주장하고 있으나, 처분청은 부가가치세법령에 따라 토지 관련 매입세액과 주택임대 관련 매입세액은 불공제하는 한편, 공사대금 중 실지 귀속을 확인할 수 없는 공통매입세액은 근린생활시설과 주택의 면적 비율로 안분계산하여 주택에 해당하는 매입세액 상당액은 불공제하고, 근린생활시설에 해당하는 매입세액 상당액은 공제한 것이므로, 이는 적법한 처분이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 신축 판매 목적으로 다중주택을 신축하였으므로, 매출세액에서 쟁점매입세액을 공제하여야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 등 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실들이 확인된다. (가) 청구인의 사업자등록 내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 청구인의 사업자등록 내역 OOO (나) 청구인이 제출한 자료는 다음과 같다. 1) 청구인은 쟁점건물을 판매하기 위하여 계속하여 노력하였다고 주장하면서, 아래 <표3>의 공인중개사들과 주고받은 문자메시지와 <표4>의 공인중개사들이 작성한 확인서를 각 제출하였다. < 표 삽입을 위한 여백 ><표3> 공인중개사들과 주고받은 문자메시지 OOO <표4> 공인중개사들이 작성한 확인서 OOO 2) 쟁점사업장의 재무상태표에는 2019.12.31., 2020.12.31. 현재 재고자산 각 OOO원, OOO원이 계상되어 있다. 3) 쟁점건물의 현장사진은 아래 <표5>와 같다. <표5> 쟁점건물 현장사진 OOO (다) 처분청이 제출한 자료는 다음과 같다. 1) 처분청은 전기요금과 가스요금이 각 호실별로 청구되었다는 의견을 제시하면서, 각 호실의 전기요금 및 가스요금 납부내역서를 제출하였다. 2) 청구인이 다중주택 임대와 관련하여 임차인들과 체결한 임대차계약서에는 옵션으로 인덕션, 에어컨, 냉장고 등이 있는 것으로 기재되어 있고, 전기요금과 가스요금은 별도라고 공통적으로 기재되어 있으며, 일부 호실의 임대차 계약서에는 옵션항목에 씽크대, 인덕션이 기재된 계약도 확인된다. 3) 청구인이 다중주택 임차인들과 체결한 임대차계약서의 주요 내용은 아래 <표6>과 같으며, 임차인들의 전입이력 주요 내용은 아래 <표7>과 같다. <표6> 임대차계약 주요내용 (단위 : 천원) OOO <표7> 임차인들의 전입이력 OOO (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 다중주택을 판매 목적으로 신축하였으므로 매출세액에서 쟁점매입세액을 공제하여야 한다고 주장하나, 청구인은 2020.2.18. 쟁점건물의 사용승인을 받고, 그 직후인 2020.4.30.부터 임차인들에게 다중주택을 4년 이상 임대하다가 2024.12.20.에 이르러서야 양도한 점, 청구인은 대부분의 임차인들과 임대차계약을 체결하면서 계약기간을 2년으로 정하여 임대하였고, 다중주택 양도 시 임대차계약을 해지한다는 특약사항을 명시하지 않았으며, 상당수 임차인들은 다중주택에 전입신고하여 실제 거주한 것으로 보이는 점, 청구인은 쟁점건물을 매각하기 위하여 계속하여 노력하였다고 주장하면서 공인중개사들과 주고받은 문자메시지와 공인중개사들이 작성한 확인서를 증빙자료로 제출하였으나, 문자메시지는 청구인이 2024.1.18., 2024.5.11.에 공인중개사들과 주고받은 것으로, 이는 청구인이 쟁점건물 신축 당시(사용승인일 : 2020.2.18.)부터 쟁점건물을 매각하기 위해 노력하였다는 증빙으로 적절하지 않은 것으로 보이고, 공인중개사들이 작성한 확인서는 사인 간에 임의작성이 가능한 문서인 점을 고려할 때 객관적인 증빙자료로 인정하기 어려운 점 등에 비추어, 청구인은 다중주택을 부가가치세가 면제되는 주택임대업에 사용한 것으로 보이므로, 위와 같은 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등 (1) 부가가치세법 제10조(재화 공급의 특례) ① 사업자가 자기의 과세사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화(이하 이 조에서 "자기생산ㆍ취득재화"라 한다)를 자기의 면세사업을 위하여 직접 사용하거나 소비하는 것은 재화의 공급으로 본다. 1. 제38조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따른 매입세액이 공제된 재화 제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 12. 주택과 이에 부수되는 토지의 임대 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 ② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제40조(공통매입세액의 안분) 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 “공통매입세액 안분기준”이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다. (2) 부가가치세법 시행령 제41조(주택과 이에 부수되는 토지의 임대 용역으로서 면세하는 것의 범위) ① 법 제26조 제1항 제12호에 따른 주택과 이에 부수되는 토지의 임대 용역은 다음 각 호의 임대 용역으로 한다. 1. 상시주거용(사업을 위한 주거용의 경우는 제외한다)으로 사용하는 건물(이하 이 조에서 “주택”이라 한다)과 이에 부수되는 토지의 임대 용역 제80조(토지에 관련된 매입세액) 법 제39조 제1항 제7호에서 “대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액”이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액 2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액 3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액 제81조(공통매입세액 안분 계산) ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다. 이하 이 조부터 제83조까지의 규정에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다. ④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다. 1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율 2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율 3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율 (3) 조세특례제한법 제106조(부가가치세의 면제 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. (단서 생략) 4. 대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역(대통령령으로 정하는 리모델링 용역을 포함한다) (4) 조세특례제한법 시행령 제51조의2(자기관리부동산투자회사 등에 대한 과세특례) ③ 법 제55조의2 제4항에서 “대통령령으로 정하는 규모”란 「주택법」에 따른 국민주택 규모(기획재정부령이 정하는 다가구주택의 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 한 면적을 말한다)를 말한다. 제106조(부가가치세 면제 등) ④ 법 제106조 제1항 제4호에서 “대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역”이란 다음 각 호의 것을 말한다. 1. 제51조의2 제3항에 규정된 규모 이하의 주택 (5) 조세특례제한법 시행규칙 제20조(다가구주택의 정의) 영 제51조의2 제3항에서 "기획재정부령이 정하는 다가구주택"이라 함은 「건축법 시행령」 별표 1 제1호 다목에 해당하는 것을 말한다. 이 경우 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 본다. (6) 주택법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. “주택”이란 세대(世帶)의 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 건축물의 전부 또는 일부 및 그 부속토지를 말하며, 단독주택과 공동주택으로 구분한다. 6. "국민주택규모"란 주거의 용도로만 쓰이는 면적(이하 "주거전용면적"이라 한다)이 1호(戶) 또는 1세대당 85제곱미터 이하인 주택(「수도권정비계획법」 제2조 제1호에 따른 수도권을 제외한 도시지역이 아닌 읍 또는 면 지역은 1호 또는 1세대당 주거전용면적이 100제곱미터 이하인 주택을 말한다)을 말한다. 이 경우 주거전용면적의 산정방법은 국토교통부령으로 정한다. (7) 주택법 시행령 제2조(단독주택의 종류와 범위) 「주택법」(이하 “법”이라 한다) 제2조 제2호에 따른 단독주택의 종류와 범위는 다음 각 호와 같다. 1. 「건축법 시행령」 별표 1 제1호 가목에 따른 단독주택 2. 「건축법 시행령」 별표 1 제1호 나목에 따른 다중주택 3. 「건축법 시행령」 별표 1 제1호 다목에 따른 다가구주택 (8) 건축법 제2조(정의) ② 건축물의 용도는 다음과 같이 구분하되, 각 용도에 속하는 건축물의 세부 용도는 대통령령으로 정한다. 1. 단독주택 2∼29. (생략) (9) 건축법 시행령 제3조의5(용도별 건축물의 종류) 법 제2조 제2항 각 호의 용도에 속하는 건축물의 종류는 별표 1과 같다. [별표1] 용도별 건축물의 종류 1. 단독주택[단독주택의 형태를 갖춘 가정어린이집ㆍ공동생활가정ㆍ지역아동센터 및 노인복지시설(노인복지주택은 제외한다)을 포함한다] 가. 단독주택 나. 다중주택 : 다음의 요건을 모두 갖춘 주택을 말한다. 1) 학생 또는 직장인 등 여러 사람이 장기간 거주할 수 있는 구조로 되어 있는 것 2) 독립된 주거의 형태를 갖추지 아니한 것(각 실별로 욕실은 설치할 수 있으나, 취사시설은 설치하지 아니한 것을 말한다. 이하 같다) 3) 1개 동의 주택으로 쓰이는 바닥면적의 합계가 330제곱미터 이하이고 주택으로 쓰는 층수(지하층은 제외한다)가 3개 층 이하일 것 다. 다가구주택 : 다음의 요건을 모두 갖춘 주택으로서 공동주택에 해당하지 아니하는 것을 말한다. 1) 주택으로 쓰는 층수(지하층은 제외한다)가 3개 층 이하일 것. 다만, 1층의 전부 또는 일부를 필로티 구조로 하여 주차장으로 사용하고 나머지 부분을 주택 외의 용도로 쓰는 경우에는 해당 층을 주택의 층수에서 제외한다. 2) 1개 동의 주택으로 쓰이는 바닥면적(부설 주차장 면적은 제외한다. 이하 같다)의 합계가 660제곱미터 이하일 것 3) 19세대(대지 내 동별 세대수를 합한 세대를 말한다) 이하가 거주할 수 있을 것 라. 공관(公館)