외부하도급 방식의 지출증빙 미제시, 대표자의 진술 내용, 매입세금계산서 지연발급 후, 체납 등의 사정으로 거래내용을 확인하기 어려우므로 청구주장을 받아들이기 어려움

이유 1. 처분개요 가. 청구법인은 2020.2.21.부터 자동화기계 제조업을 영위하고 있는 법인으로, 2024년 제2기 부가가치세 과세기간 중에 아래 <표1>과 같이 주식회사 A(이하 “A”라 한다)에 공급가액 OOO원 상당의 세금계산서(이하 “쟁점매출세금계산서”라 한다)를 발급하였고, 주식회사 B(이하 “B”라 한다)로부터 공급가액 OOO원 상당의 세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 하고, 쟁점매출세금계산서와 합하여 “쟁점세금계산서”라 하며, 관련 거래를 “쟁점거래”라 한다)를 수취한 다음, 2025.1.22. 납부할 세액을 OOO원으로 하여 부가가치세 확정신고를 하였으나, 납부하지 아니하였다. <표1> 쟁점세금계산서 내역 OOO 나. 처분청은 2025.1.7. 청구법인의 사업장에 대한 현장확인을 실시하였고, 2025.2.12.부터 2025.5.15.까지 청구법인의 2024년 제2기 부가가치세에 대한 세목별 조사를 실시한 후, 쟁점세금계산서를 실제 공급 없이 수수한 사실과 다른 세금계산서로 보아, 2025.6.19. 청구법인에게 2024년 제2기 부가가치세 OOO원을 감액경정하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.9.12. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 이 건 처분은 청구법인의 절차적 권리를 침해한 것이어서 위법하다. (가) 처분청은 청구법인과 사전 협의 없이 조기결정신청서를 일방적으로 통지하였고, 이를 강요하였다. (나) 처분청은 청구법인의 과세전적부심사 청구권을 침해하였다. 1) 대법원은 납세자가 일부 세금계산서에 대해 조세범칙행위로 고발 또는 통고처분을 받았더라도, 고발된 항목 외의 다른 세금계산서나 거래 항목에 대해서는 과세전적부심사 청구가 가능하다고 하였고, 고발이 이루어진 경우라도 그 범위가 명확히 특정되지 않았거나, 고발된 조세범칙행위와 관련된 기초 사실과 동일하지 않은 경우에는, 그 외 항목에 대해 납세자의 방어권 보장 차원에서 적부심사를 받아야 한다고 판시하였으며(대법원 2022.12.7. 선고 2022두45968 판결, 참조), 세무조사 이후 과세처분을 하기 전에 납세자에게 실질적인 의견진술 및 방어의 기회를 보장해야 하며, 이를 실질적으로 행사하지 못한 경우 해당 과세처분은 절차상 하자가 있어 위법하다고 판단하였다(대법원 2020.10.29. 선고 2017두51174 판결, 참조). 2) 과세전적부심사 제도는 납세자에게 과세 전 사실관계에 대한 실질적 의견제출 및 방어 기회를 보장하여, 위법 또는 부당한 과세처분이 이루어지는 것을 사전에 방지하고, 납세자의 권익을 보호하기 위한 제도로, 세무조사 결과통지 이후 과세전적부심사 청구 또는 그에 대한 결정이 있기 전에 과세처분을 하는 것은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효라고 판시한 바 있다(대법원 2020.10.29. 선고 2017두51174 판결, 참조). 3) 청구법인은 과세전적부심사 절차를 통해 방어권을 행사하고자 하였으나, 청구법인이 조사내용에 대한 정보공개를 신청하자, 처분청이 과세전적부심사 절차를 일방적으로 배제하였는바, 이는 청구법인의 방어권을 침해한 중대한 절차적 하자에 해당한다. (다) 청구법인은 처분청에 국선대리인 선임을 신청하였으나 명확한 이유 없이 불허되었고, 이로 인해 납세자의 방어권과 적법 절차의 권리가 침해되었다. (2) 쟁점거래는 정상적인 거래이므로 이 건 처분은 위법하다. (가) 사업경위는 다음과 같다. 1) B는 2018년경 설립되어 C(이하 “D”라 한다) 제조기계의 개발과 상용화를 위해 노력되었고, 약 2년간 기계 개발 및 공장신축을 추진하였으며, 2020년경 E으로부터 제조기계 5대를 구입하였으나, 자금난으로 제작이 중단되었고, 2021년 11월경 대금 미지급을 이유로 유체동산 압류를 당하기도 하였으나, 지인으로부터 금전을 차입하여 압류를 해지하였고, E 및 하도급 업체들에 대한 지급을 완료하였다. 2) 청구법인은 2020년경 B의 사업을 이관받아 신기술 및 신제품 개발에 집중하였고, 제조기계 5대를 완성하고 기술 상용화를 본격화하였다. 3) B는 2021년 8월경, 청구법인은 2024년 2월경 한국산업기술진흥협회의 신기술(NET) 인증심사를 받았고, 그 경우 접수기술이 적용된 제품은 판매가 금지되었기에 재고로 유지한 것이다. 4) D 제품은 기술개발이 완료되었으나, 관련 법령의 미비로 인해 사용이 어려웠고, 청구법인은 국가산업융합지원센터 등 다수 기관에 규제 개선을 요청하였으며, 그 결과 2023년 8월경 한국철도공단의 표준규격 제정, 한국콘크리트학회의 사용발표, 한국도로공사의 적용방안 마련 등이 이루어지면서 D 제품의 상용화가 본격화되었다. 5) 이에 청구법인은 2024년 11월경 보유하고 있던 D 제조기계 5대를 A에 OOO원에 판매하고 세금계산서를 정상적으로 발행하였다. (나) 쟁점거래는 정상적인 거래임에도 처분청은 구체적인 증빙도 없이 쟁점거래를 가공 또는 허위거래로 간주하여 이 건 처분을 하였다. 1) 이 건 세무조사 과정에서 쟁점거래가 계약관계, 기술개발, 시운전, 시장검증, 판매계약 등 일련의 절차를 거친 실거래임이 다수의 증빙에 의하여 입증됨에도 불구하고, 처분청은 명확한 설명 없이 이를 허위거래로 판단하였는바, 이 건 처분은 자유심증주의의 한계를 벗어난 위법한 처분이다. 2) 대법원은 논리와 경험칙에 반하거나 합리적 근거 없이 증거를 채택ㆍ배척하는 경우, 이는 자유심증주의의 한계를 벗어난 것으로서 위법하다고 판시하였는바(대법원 2007.5.10. 선고 2007도1950 판결 외 다수), 즉 충분한 증명력이 있는 객관적 자료를 정당한 이유 없이 배척하거나, 반대로 사실과 명백히 반하는 증거를 이유 없이 채택하여 판단하는 행위는 실체적 진실 발견을 저해하며, 재판의 적정성을 해치는 중대한 절차 위반에 해당하고, 따라서 사실심 법원이나 과세관청은 주어진 증거와 주장에 대해 신중하고 충실한 심리의무를 부담하며, 이를 소홀히 한 판단은 법률 위반으로써 상고심에서도 다툴 수 있는 대상이 된다고 하였다. 3) 대법원은 실물거래가 있었다는 것은 단순한 계약 체결이 아니라, 당사자 간에 재화 또는 용역을 공급하기로 하는 구속력 있는 합의, 즉 실질적 계약 관계가 존재함을 의미한다면서 따라서 단순히 세금계산서만 존재하거나 계약서 없이도 거래 관계와 납품 등 실체가 확인된다면, 이는 실물거래로 간주될 수 있다고 하였는바(대법원 2014.4.30. 선고 2012도7768 판결 외 다수), 이 건과 같이 청구법인이 실거래 사실을 입증할 수 있는 자료(계약서, 납품사진, 기술개발내용, 특허자료 등)를 제시한 경우, 가공거래로 단정할 수 없다. 4) 처분청은 이 건 세무조사 당시 해당 산업의 특수성, 전문성 및 기술적 복잡성을 전혀 반영하지 않은 채 형식적이고 선입견적인 시각으로 접근하였는바, “30미터가 넘는 기계를 어떻게 이사했느냐?”, “몇 년 동안 매출이 없었는데 왜 갑자기 매출이 발생했느냐?”, “수년간 직원 월급도 못주면서 어떻게 일을 시켰느냐?”와 같은 비상식적인 질문을 반복적으로 제기하였는데, 이러한 질문은 벤처기업의 성장과정에서 일반적으로 수반되는 기술개발리스크, 자금운영의 유연성, 핵심인력의 자발적 참여 등을 전혀 고려하지 않은 것이다. 5) 청구법인은 이 건 세무조사 및 처분으로 인해 사업전반에 걸쳐 심각한 정신적ㆍ경제적 피해를 입었는바, 신용등급 하락 및 가공매출 의심의 사유로 중소벤처기업진흥공단의 정책자금 지원대상에서 탈락하게 되었다. 6) 청구법인은 D 제조기계의 기술개발과 상용화를 성공적으로 마친 후, 본격적인 양산과 수출 확대를 목표로 공장부지를 직접 매입하고 관련 창업계획에 대한 승인도 획득하였으며, 또한 해외시장 진출을 위한 적극적인 활동을 병행하여, 현재까지 10여 개국의 바이어와 수출 합의각서를 체결하고 샘플 공급도 진행 중이며, 이는 단순한 기술 보유나 제품 개발에 그친 것이 아니라, 실제 시장 수요에 대응하기 위한 실질적 생산과 판매 활동이 활발히 이루어지고 있음을 보여주는 명백한 근거이다. (다) 처분청 의견은 아래와 같은 측면에서 타당하지 아니하다. 1) 처분청은 청구법인이 기계장치의 제조시설이나 보관장소를 가지고 있지 않다는 부분을 지적하고 있으나, 청구법인이 이 건 기계장치를 개발한 것은 2018년부터이고 약 7여 년의 기간 동안 외부 하도급 방식으로 제작ㆍ조립하였으며, 이는 기계설계 제작도면, 개발보고서, 카탈로그, 제품설명서 등을 통하여 입증된다. 2) 처분청은 계약서 외에 쟁점거래를 뒷받침하는 객관적인 증빙이 부족하다는 의견이나, 청구법인은 공정관리문서, 자금흐름자료, 물류증빙 등을 제시하였는바, 실거래가 확인된다. 3) 또한 처분청은 단기간 내 고가의 거래가 비정상적이라는 의견이나, 이 건 기계장치는 신기술ㆍ특허 기반의 고부가가치 맞춤형 설비로, 설계변경ㆍ현장사양 반영에 따라 가격상승이 구조적으로 발생하므로 처분청 의견은 거래의 실질을 무시한 것이다. 나. 처분청 의견 (1) 처분청은 청구법인의 절차적 권리를 침해하지 아니하였다. (가) 청구법인은 처분청이 사전 협의나 안내 없이 ‘조기결정신청서’를 일방적으로 통지하였고, 이를 청구법인에게 강요하였다고 주장하나, 처분청은 「국세기본법」 제81조의12 제1항에 따라 세무조사 결과통지를 하면서 필수서류인 ‘조기결정신청서’를 포함하여 송달한 것 뿐이고, 우편으로 송달되어 청구법인에게 그 신청을 강제한 사실이 없으며, 실제로 청구법인도 조기결정신청을 하지 않았다. (나) 처분청은 청구법인이 제기한 과세전적부심사에 대하여 심사제외결정을 하였는데, 이에 대하여 청구법인은 절차적 권리가 침해된 것이라고 주장하나, 「국세기본법」 제81조의15 제3항 제2호에 의하면 「조세범 처벌법」 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우에는 과세전적부심사 청구대상에서 제외하고 있고, 처분청은 청구법인을 「조세범 처벌법」 제10조 제3항 위반 혐의로 2025.6.13. 고발조치하였으므로 과세전적부심사대상에서 제외한 것은 잘못이 없다. (다) 또한 청구법인은 처분청이 국선대리인 선임을 거부하여 청구법인의 방어권이 침해되었다고 주장하나, 「국세기본법 시행령」 제48조의2 제4항 및 제5항에 의하면 수입금액이 3억원 이하이거나 청구세액이 5천만원 이하인 경우에 국선대리인을 선정할 수 있는데, 청구법인의 경우 이를 초과하므로 선정요건을 충족하지 아니한다. (라) 이상의 내용과 같이 처분청은 이 건 처분에 있어서 청구법인의 절차적 권리를 침해한 사실이 없다. (2) 쟁점세금계산서는 실제 거래 내용이 사실과 다른 세금계산서에 해당한다. (가) 쟁점거래를 뒷받침하는 객관적인 증빙이 확인되지 아니한다. 1) 청구법인은 2020.2.21. 개업 이후 조사기간까지 기계제작을 위한 공장을 보유하지 않았고, 사업장 소재지 건물에서는 기계장치 보관ㆍ제조가 현실적으로 불가능하다. 2) 또한 법인계좌 및 대표이사의 금융거래내역을 조사한 결과, 제조업 관련 주요 경비의 지출내역이 없다. 3) 청구법인은 고액의 기계장치를 판매하면서 매출처 A의 대표자가 아닌, 실대표자인 a와 계약을 하였고, 계약서 외에는 거래를 입증할만한 서류가 확인되지 아니하며, 청구법인의 대표이사는 매출 당시 기계장치를 제조ㆍ가공한 공장을 알지 못하고 사실상 기계장치를 가공할 장소가 필요하지 않다고 진술하였는바, 이와 같은 사정을 고려할 때 쟁점거래는 가공거래로 보인다. 4) 쟁점세금계산서를 보면 청구법인은 특수관계법인인 B로부터 2024.10.3. 기계장치 5대를 OOO원에 매입한 후, 2024.11.18. A에 OOO원에 판매하였는바, 약 50일의 기간 동안 추가 작업을 거쳐 3배가 넘는 부가가치를 창출한 것인데, 통상적인 거래로 보기 어려우며, 청구법인은 판매과정에 대한 구체적인 증거를 제시하지 못하고 있다. 5) A의 실대표자는 청구법인의 직원인 a이고, a는 청구법인이 2024년에 기계장치를 가공한 사실이 없다고 하였다. 6) 한편 B가 과거 E으로부터 기계장치를 매입한 것으로 확인되나, 청구법인이 대금을 지급하지 않았고, 계약서 외에 거래를 입증할 별도서류를 제출하지 않았다. (나) 청구법인은 기계사진 등을 제시하면서 쟁점거래가 실제 거래라고 주장하나, 기계장치의 일부가 존재하였다고 하더라도, 쟁점세금계산서의 내용이 사실과 달라 이를 인정하기 어렵다. 1) 청구법인이 제출한 공장 및 기계장치의 사진은 2019～2021년 사진으로 보이고, 로드뷰를 확인해보면 2023년 초부터 다른 업체의 간판이 설치되어 있다. 2) 청구법인은 특허증, ISO 인증서 등을 제시하였으나, 이는 기계장치의 소유권자가 청구법인인지 여부 내지 쟁점세금계산서의 수수가 적정한지에 대한 증거가 될 수 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 이 건 심판청구의 적법 여부 ② 이 건 처분은 청구법인의 절차적 권리를 침해한 것이어서 위법하다는 청구주장의 당부 ③ 쟁점세금계산서를 실제 공급 없이 수수한 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 감액경정한 처분의 당부 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다. 제55조(불복) ① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 처분에 대해서는 그러하지 아니하다. 1. 「조세범 처벌절차법」에 따른 통고처분 2. 「감사원법」에 따라 심사청구를 한 처분이나 그 심사청구에 대한 처분 3. 이 법 및 세법에 따른 과태료 부과처분 제59조의2(국선대리인) ① 이의신청인, 심사청구인, 심판청구인, 대통령령으로 정하는 고충민원 신청인 및 제81조의15 제2항에 따른 과세전적부심사 청구인(이하 이 조에서 “이의신청인등”이라 한다)은 재결청(대통령령으로 정하는 고충민원의 경우에는 해당 과세관청을 말하며, 제81조의15 제2항에 따른 과세전적부심사의 경우에는 같은 항 각 호에 따른 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 대통령령으로 정하는 바에 따라 변호사, 세무사 또는 「세무사법」에 따른 세무사등록부 또는 공인회계사 세무대리업무등록부에 등록한 공인회계사를 대리인(이하 “국선대리인”이라 한다)으로 선정하여 줄 것을 신청할 수 있다. 1. 이의신청인등이 다음 각 목의 어느 하나에 해당할 것 가. 개인인 경우 : 「소득세법」 제14조 제2항에 따른 종합소득금액과 소유 재산의 가액이 각각 대통령령으로 정하는 금액 이하일 것 나. 법인인 경우 : 수입금액과 자산가액(「법인세법」 제43조의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액과 자산을 말한다)이 각각 대통령령으로 정하는 금액 이하일 것 2. 삭제 3. 대통령령으로 정하는 금액 이하인 신청 또는 청구일 것 4. 상속세, 증여세 및 종합부동산세가 아닌 세목에 대한 신청 또는 청구일 것 제81조의12(세무조사의 결과 통지) ① 세무공무원은 세무조사를 마쳤을 때에는 그 조사를 마친 날부터 20일(제11조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 40일) 이내에 다음 각 호의 사항이 포함된 조사결과를 납세자에게 설명하고, 이를 서면으로 통지하여야 한다. 다만, 납세관리인을 정하지 아니하고 국내에 주소 또는 거소를 두지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 세무조사 내용 2. 결정 또는 경정할 과세표준, 세액 및 산출근거 3. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 제81조의15(과세전적부심사) ① 세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 이 조에서 “과세예고통지”라 한다)하여야 한다. 1. 세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우 2. 세무조사에서 확인된 것으로 조사대상자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우 3. 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우. 다만, 다음 각 목의 경우는 제외한다. 가. 「감사원법」 제33조에 따른 시정요구에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에 과세처분 대상자가 감사원의 지적사항에 대한 소명안내를 받은 경우 나. 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자가 납부하여야 할 세액을 납부하지 아니하거나 과소납부한 경우로서 세무서장 또는 지방국세청장이 해당 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액과 동일하게 과세표준 및 세액을 결정하는 경우 ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 “과세전적부심사”(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다. 1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지 2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지 ③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다. 1. 「국세징수법」 제9조에 규정된 납부기한 전 징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우 2. 「조세범 처벌법」 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우. 다만, 고발 또는 통고처분과 관련 없는 세목 또는 세액에 대해서는 그러하지 아니하다. 3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우 4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우 (2) 국세기본법 시행령 제48조의2(국선대리인) ④ 법 제59조의2 제1항 제1호 나목에서 “대통령령으로 정하는 금액”이란 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 말한다. 이 경우 「법인세법」 제60조에 따른 신고기한 이전에 국선대리인의 선정을 신청하는 경우에는 그 신청일이 속하는 사업연도의 전전 사업연도의 수입금액과 그 사업연도말의 자산가액을 대상으로 하고, 해당 신고기한 후에 신청하는 경우에는 그 신청일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 수입금액과 그 사업연도말 자산가액을 대상으로 한다. 1. 수입금액의 경우 : 3억원 2. 자산가액의 경우 : 5억원 ⑤ 법 제59조의2 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 금액”이란 5천만원을 말한다. 제63조의13(세무조사의 결과 통지 및 예외) ① 법 제81조의12 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 사항”이란 다음 각 호의 사항을 말한다. 1. 세무조사 대상 세목 및 과세기간 2. 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하는 경우 그 사유(근거 법령 및 조항, 과세표준 및 세액 계산의 기초가 되는 구체적 사실관계 등을 포함한다) 2의2. 가산세의 종류, 금액 및 그 산출근거 3. 관할세무서장이 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전까지 법 제45조에 따른 수정신고가 가능하다는 사실 (3) 부가가치세법 제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다. 1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭 2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호 3. 공급가액과 부가가치세액 4. 작성 연월일 5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 제39조(공제하지 아니하는 매입세액 등) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (4) 조세범 처벌법 제10조(세금계산서의 발급의무 위반 등) ③ 재화 또는 용역을 공급하지 아니하거나 공급받지 아니하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 자는 3년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 3배 이하에 상당하는 벌금에 처한다. 1. 「부가가치세법」에 따른 세금계산서를 발급하거나 발급받은 행위 (5) 조세범 처벌절차법 제17조(고발) ① 지방국세청장 또는 세무서장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 통고처분을 거치지 아니하고 그 대상자를 즉시 고발하여야 한다. 1. 정상(情狀)에 따라 징역형에 처할 것으로 판단되는 경우 2. 제15조 제1항에 따른 통고대로 이행할 자금이나 납부 능력이 없다고 인정되는 경우 3. 거소가 분명하지 아니하거나 서류의 수령을 거부하여 통고처분을 할 수 없는 경우 4. 도주하거나 증거를 인멸할 우려가 있는 경우 ② 지방국세청장 또는 세무서장은 제15조 제1항에 따라 통고처분을 받은 자가 통고서를 송달받은 날부터 15일 이내에 통고대로 이행하지 아니한 경우에는 고발하여야 한다. 다만, 15일이 지났더라도 고발되기 전에 통고대로 이행하였을 때에는 그러하지 아니 하다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 주요 당사자는 다음과 같다. 1) 청구법인은 2020.2.21. 사업을 개시한 법인사업자로, 국세청 전산정보에서 확인되는 청구법인의 사업자등록 변경내용은 아래 <표2>와 같고, 처분청은 청구법인이 개업 이후 법인세 신고를 하지 않다가 2023.9.25. 2020～2022사업연도 법인세를 기한후신고 하였으며, 2023사업연도까지 근로소득 지급명세서를 제출한 사실이 확인되지 아니하고, 쟁점세금계산서 외에 OOO원 상당의 매입만 확인되는 점 등을 고려할 때 사실상 사업을 영위한 것으로 보기 어렵다는 의견이다. <표2> 청구법인의 사업자등록 변경내용 OOO 2) 쟁점거래의 매입처인 B는 2018.7.26. 사업을 개시한 법인사업자로, 2021.4.8. 대표자를 청구법인의 대표이사인 b으로 변경하였고, 2024.7.8. 청구법인의 사업장과 같은 장소로 이전하였다. <표3> 관련 당사자의 사업자등록 현황(쟁점거래 당시) OOO 3) 쟁점거래의 매출처인 A는 2024.4.13. 사업을 개시한 법인사업자로, 사업장은 경상남도 OOO 소재에서 2024.9.19. 전라북도 OOO로 이전하였고, 청구법인의 본부장인 a는 아래 <표4>와 같이 이 건 세무조사에서 본인이 A의 실사업자라고 진술한 것으로 확인된다. <표4> a의 문답서(2025.3.11.) 진술자 : a 위 문답자는 청구법인에 대한 세무조사와 관련하여 청구법인의 본부장이며, 매출처 A 실제 사업대표로서 청구법인과 A의 거래 사실관계를 명료히 하고 추가 진술을 하기 위하여 2025.3.11. 09:10에 마산세무서 조사과에 출석하여 다음과 같이 문답하다. 문 : 귀하의 주소, 성명, 직업 및 경력을 간략히 말씀해 주십시오. 답 : (중략) 창원에서 과거 소매업(고철ㆍ폐품), 종합중기(중기대여), 광업(토사석 채취)을 운영하였으며, 현재는 사업을 영위하지 않고 청구법인 본부장 직책을 맡아 일을 하고 있습니다. (나) 쟁점세금계산서 수수 및 세무조사 경위는 다음과 같다. 1) 청구법인은 2024.11.19. A에 쟁점매출세금계산서(작성일자는 2024.11.18.)를 발급하였다. 2) 처분청은 2025.1.7. 세금계산서 조기경보에 따라 청구법인의 사업장에 대한 현장확인을 실시하였고, B는 2025.1.9. 청구법인에게 쟁점매입세금계산서(작성일자는 2024.10.3.)를 지연발급하였다. 3) 한편 B는 2020.6.30. E으로부터 아래 <표5>와 같이 공급가액 OOO원의 세금계산서를 수취한 바 있고, 청구법인은 이를 B가 제조ㆍ가공하여 청구법인에게 판매한 후, 청구법인이 다시 A에게 판매한 것이라고 주장한다. <표5> E의 세금계산서 발급내역 OOO 4) 처분청은 2025.2.12.부터 청구법인의 2024년 제2기 부가가치세에 대한 세무조사를 시작하였고, 2025.3.12. 범칙조사로 전환한 후, 2025.4.11. 종료하였다. 5) 처분청은 2025.5.30. 청구법인에게 세무조사 결과통지를 하였고, 2025년 6월경 청구법인 및 그 대표이사 b을 「조세범 처벌법」 제10조 제3항 제1호 및 「조세범 처벌절차법」 제17조 제1항에 따라 창원지방검찰청 마산지청에 고발하였고, 범죄일람표의 내용은 아래 <표6>과 같은바, 쟁점세금계산서를 포함하고 있는 것으로 나타난다. <표6> 범죄일람표의 내용 OOO 6) 청구법인은 2025.6.16. 과세전적부심사를 청구하였고, 처분청은 2025.6.17. 아래 <표7>과 같이 「조세범 처벌법」 위반에 따른 고발을 이유로 심사제외결정을 한 것으로 나타난다. <표7> 과세전적부심사 결정서(2025.6.17.) 「국세기본법」 제81조의15 제2항에서 세무조사결과통지를 받은 자는 과세전적부심사를 청구할 수 있는 것으로 규정되어 있으나, 제3항 본문 및 제2호에 따르면 「조세범 처벌법」 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우에는 제2항을 적용하지 않는 것으로 규정하고 있다. 이 건에서 조사관서는 청구법인에 대한 세무조사를 종결하면서 청구법인 및 대표자 b이 「조세범 처벌법」 제10조(세금계산서 발급의무 위반 등) 제3항 제1호를 위반한 것으로 보아 2025.6.13. 이들을 창원지방검찰청 마산지청에 고발한 것으로 확인된다. 따라서 이 건 과세전적부심사청구는 상기 「국세기본법」 제81조의15 제3항에 따라 과세전적부심사청구 대상에 해당하지 않으므로, 같은 조 제5항에 따라 심사제외 결정한다. (다) 이 건 처분내용은 다음과 같은바, 청구법인은 아래 <표8>과 같이 납부할 세액을 OOO원으로 신고하였으나, 무납부하였고, 처분청은 쟁점세금계산서를 실제 공급 없이 수수한 사실과 다른 세금계산서로 보아, 2025.6.19. 청구법인에게 2024년 제2기 부가가치세 OOO원을 감액경정하였으며, 미수납금액은 심리일 현재 체납상태로 확인된다. <표8> 결의서 내용(2024년 제2기) OOO (라) 처분청이 제시한 주요 증빙은 다음과 같다. 1) 조사종결보고서에 의하면, 처분청은 이 건 세무조사 당시인 2025.2.12. 청구법인의 사업장을 방문하여 현장사진을 촬영하였는바, 기계제작을 위한 공장이나 공간이 확인되지 않았다는 의견이다. 2) 이 건 세무조사 당시 대표이사 b의 문답서 내용은 아래 <표9>와 같은바, 쟁점거래에서 거래대금을 직접적으로 수수하지는 않았고, 이 건 기계장치를 제작한 장소를 모른다고 진술한 것으로 나타난다. <표9> b의 문답서(2025.3.11.) 이에 청구법인 대표자 본인은 거래대금 OOO원 중 계약금 OOO원에 대하여는 청구법인 채무를 구매자 A가 승계하고, 중도금과 잔금은 미지급 상태라고 소명하였습니다. 맞습니까? 답 : 네, 맞습니다. 문 : (중략) 판매계약서 제2조(기계대금 지급)에 보면 “청구법인이 지급해야 할 E 외주가공비(OOO원)와 c 투자금(OOO원) 총 합계액 OOO원을 A가 지급해야 할 계약금과 상계한다.”라고 명시되어 있습니다. 맞습니까? 답 : 네, 맞습니다. 문 : E과 c가 A에게 지급해야 할 채무액과 청구법인이 E과 c에게 지급해야 할 채무액을 상계한다는 내용으로 확인되는데 맞습니까? 답 : 네, 맞습니다. 문 : 대표자(b)께서는 E과 c가 A에게 지급해야 할 채무액은 무엇인지 알고 있습니까? 답 : 과거 기계장치 미지급 대금액을 상계하는 내용입니다. (중략) 문 : 청구법인은 B에게 기계장치 구매대금을 지급하였습니까? 답 : 구매대금을 지급한 사실은 없습니다. 제 개인적으로 과거 B에게 지급한 금액이 있어 그 가액으로 상계 처리 하였습니다. (중략) 문 : 판매계약서를 보면 기계장치 5대로 청구법인의 사업장소재지 1층에서 가공하기는 어려운 것으로 현장확인 및 대표자가 제출한 기계사진을 통해 확인됩니다. 청구법인이 소유하거나 임차를 하여 기계장치를 제조하는 다른 공장이 2024년도에 있었습니까? 답 : 네, 있었습니다. 문 : 청구법인의 다른 공장소재지는 어디입니까? 답 : (즉시 문답을 못하고 한참 휴대폰에 찾아 보며) OOO입니다. 문 : 대표자(b)가 말씀하신 사업장 소재지는 현재 음식점을 영위하며, 과거 2022년에 일시적으로 공장으로 운영한 것으로 현장확인 했습니다. 대표자(b)는 실제 2024년 기계장치를 제조 및 가공한 공장을 알지 못하는게 맞습니까? 답 : 네 공장을 알지 못합니다. 문 : 대표자(b)께서는 고액의 기계장치(OOO원)를 납품하면서 기계장치를 제조 및 가공하는 사업장소재지를 왜 알지 못합니까? 답 : 20여군데 되는 외주 가공 조립ㆍ제작 업체를 다 알지 못합니다. 문 : 청구법인이 기계장치를 조립하여 A에게 인도할 당시(2024년) 기계장치를 조립한 공장소재지를 대표자는 모르신다는 말씀인데 맞습니까? 답 : 네 맞습니다. 3) 청구법인의 본부장이자, 쟁점거래의 매출처인 A의 실사업자인 a는 이 건 세무조사 당시 아래 <표10>과 같이 진술하였는바, 처분청은 청구법인이 이 건 기계장치를 제작한 사실이 확인되지 않는다는 의견이다. <표10> a의 문답서(2025.3.11.) 문 : 기계 구입 과정을 간략하게 구체적으로 다시 한번 설명 부탁드립니다. 답 : 과거 B가 기계장치 제작을 발주를 하였으며, 그 과정에서 거래 상대방 d* 대표에게 기계대금을 지급하지 못하였습니다. 이후 d 대표는 기계장치를 압류하였으며, 그 과정에서 b은 형사처벌을 받아 구치소를 가게 되었습니다. 당시 제가 B에 근무를 하면서 일부 투자형식으로 자본금이 들어가 있는 상황에서 d 대표가 압류한 기계장치를 가져왔습니다. 이러한 과정에서 본인이 OOO원 정도의 비용이 지출하게 되었습니다. 이후 b 대표가 아는 사업이 향후 비전이 있어 보여 5대 기계를 제가 b 대표에게 받은 돈을 갈음하여 OOO원으로 가져오게 되었습니다. * E 대표 문 : 귀하는 A 실사주이면서, 현재 청구법인, B 영업관리를 겸하고 있다고 진술했습니다. 맞습니까? 답 : 네, 맞습니다. 문 : 2022년부터 2024년까지 청구법인, B는 기계제품 가공, 제조공장이 없는 것으로 확인됩니다. 맞습니까? 답 : 네, 맞습니다. 문 : A 공장소재지에 설치된 기계장치는 누구에게 구입을 하였습니까? 답 : 2023년까지는 B 소유였으나, 2024년에 제가 소유하기로 하였습니다. 문 : A와 F에서 작성한 기계장치 판매계약서 기계대금은 OOO원으로 확인됩니다. 기계장치 가액을 왜 높여 작성을 하였습니까? 답 : 기계장치 가액은 계약금으로 표기한 OOO원입니다. 중도금, 잔금은 A가 생산한 건설자재 제품을 b 대표가 전량 판매하는 조건으로 b 특허 사용료, 인센티브(판매수수료)를 산정하여 그렇게 표기를 하였습니다. 문 : 결론적으로 A가 구입한 기계장치 5대 가액은 OOO원으로 진술하였는데 맞습니까? 답 : 네 맞습니다. 문 : A가 OOO에 설치한 기계장치는 2024년에 청구법인이 가공하여 제작한 기계장치가 맞습니까? 답 : 청구법인은 2024년에 기계장치를 가공한 사실이 없습니다. 문 : 귀하가 말씀하신 내용을 다시 한번 구체적으로 설명하여 주시기 바랍니다. 답 : 제가 b 대표에게 받은 기계장치 5대는 과거 B b 대표가 d 대표에게 지불하지 못한 기계납품 대금을 그 당시 종업원으로 있던 제 개인적인 돈으로 지급한 그 당시 기계장치입니다. 문 : A가 구매한 기계장치는 그 당시 기계장치입니까? 답 : 아닙니다. 제가 개인적으로 비용을 들여 기계장치를 변형하여 현재 OOO에 있는 기계장치는 과거에 있던 기계장치와 조금 다릅니다. 문 : 귀하는 B와 F 중 기계장치 소유권을 두고 누구와 거래를 하신 것으로 알고 있습니까? 답 : b 대표가 운영하는 회사가 많아 정확하게 모르지만 b 대표하고 거래를 했습니다. 4) 처분청은 이 건 세무조사 과정에서 청구법인이 판매한 기계장치를 보관하였다고 주장하는 공장건물에서 근무하는 사업자의 확인서를 제출받았는바, 아래 <표11>과 같이 해당 장소에서 기계장치가 제조된 사실을 알지 못한다고 답변한 것으로 나타난다. <표11> e의 확인서 OOO (마) 청구법인이 제시한 주요 증빙은 다음과 같다. 1) 청구법인은 해당 사업영역에서 기술력을 바탕으로 실제 거래를 하였다고 주장하면서, 유리섬유 복합재 제조방법ㆍ제조장치 등에 대한 특허증, 디자인등록증, 상표등록증을 제시하였고, 연구개발전담부서 인정서, ISO 품질경영시스템 인증서 등을 제시하였으며, 공장부지 부동산 매매계약서(2025.1.16.), 경상남도 함안군청의 ‘OOO 설립계획 승인’ 공문(2025.6.9.), 투자협약 및 수출MOU 자료 등을 제시하였다. 2) E과 B 간의 2020년 거래와 관련하여, 청구법인은 B가 2018년경부터 2022년까지 D 제조기계 개발사업을 영위하였다고 주장하면서, B의 공장 신축허가서(2018.10.30.), B의 자금집행내역, E에 대한 발주서(2019.10.25.), 하도급 거래영수증, 작업일보(2020.6.8.～2020.12.30.) 및 제작사진 등을 제시하였는바, B는 2020.6.30. E으로부터 품목명 ‘OOO 기계장치’ 5대에 대한 세금계산서(공급가액 OOO원)를 수취한 것으로 나타난다. 3) 쟁점거래와 관련하여, 청구법인은 쟁점거래가 실제 이행된 거래라고 주장하면서, 계약서, 카탈로그를 제시하였고, 아래 <표12>와 같이 물류증빙을 제시하였다. <표12> 물류증빙 OOO (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 먼저 직권으로 쟁점①에 대하여 살피건대, 「국세기본법」 제55조 제1항에서는 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다고 규정하고 있는 점, 청구법인은 납부할 세액(본세)을 OOO원으로 신고하였으나, 처분청이 OOO원 감액경정하여 결과적으로 환급세액(OOO원)이 발생하였고, 감액경정처분은 그에 의하여 세액의 (일부)취소라는 납세자에게 유리한 효과를 가져오는 것이어서 심판청구의 대상이 되는 불이익한 처분으로 보기 어려운 점, 다만 가산세는 본세와는 별도로 납세의무가 성립하는 별개의 세목으로서 본세와는 독립한 불복의 대상이 되고(대법원 2013.6.28. 선고 2013두932 판결, 같은 뜻임), 처분청은 이 건에서 가산세 OOO원을 증액경정하였는바, 이는 심판청구의 대상이 되는 불이익한 처분으로 볼 수 있는 점 등에 비추어, 이 건 본세에 대한 심판청구는 부적법한 청구에 해당하는 것으로 판단되고, 가산세에 대한 심판청구는 본안심리대상에 해당한다고 판단된다(이하에서는 가산세 부과처분에 있어서 청구주장에 대하여 살펴본다). (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 건 처분에 있어서 과세전적부심사를 청구할 권리 등의 절차적 권리가 침해되었다고 주장하나, 「국세기본법」 제81조의15 제3항 제2호에서는 「조세범 처벌법」 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우에는 같은 조 제2항, 즉 과세전적부심사 절차를 적용하지 아니한다고 규정하고 있고, 처분청은 청구법인 및 그 대표이사 b을 「조세범 처벌법」 위반 혐의로 고발하였으며, 그 범죄일람표에 쟁점세금계산서가 포함되어 있는바, 과세전적부심사 청구대상에서 제외되는 경우로 보이는 점, 한편 청구법인은 과세전적부심사에서 국선대리인의 조력을 받지 못하였다고도 주장하나, 「국세기본법 시행령」 제48조의2 제4항 및 제5항에 의하면 해당 신고기한 후에 국선대리인의 선정을 신청하는 경우에는 그 신청일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 수입금액이 3억원 이하, 청구세액의 경우 5천만원 이하의 경우를 요건으로 규정하고 있으나, 청구법인의 2024사업연도 수입금액은 OOO원으로 신고되었고, 청구세액이 5천만원을 초과하므로 국선대리인 선정대상에 해당하지 않는 것으로 보이는 점, 이와 달리 청구법인의 절차적 권리가 침해되었다고 볼만한 사정이 확인되지 아니하는 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. (다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점거래가 정상적인 거래라고 주장하나, 이 건 기계장치를 제조ㆍ가공할만한 청구법인의 사업장이 확인되지 아니하고, 청구법인은 이 건 기계장치를 외부하도급 방식으로 제작하였다는 하나, 청구주장을 뒷받침하는 지출 증빙 등이 확인되지 않는 점, 청구법인은 처분청이 현장확인을 실시하자 쟁점매입세금계산서를 지연발급하였고, 그 후 이 건 부가가치세를 신고하였으나 납부하지 아니하였으며, B도 부가가치세를 체납 중인 것으로 확인되는 점, 청구법인은 쟁점거래에 관한 물류비용증빙을 제시하였으나, 2024년 7월 및 2024년 8월경에 지출한 것으로, 쟁점거래(2024년 10월 및 2024년 11월)와는 시기적으로 차이가 있는 점, 청구법인의 대표이사인 b은 세무조사 당시 이 건 기계장치의 가공장소를 알지 못한다고 답변하였고, A의 실사업자인 a는 거래대금을 OOO원으로 진술하였으며, 매입처를 구체적으로 특정하지 못하는 등 거래내용을 객관적으로 확인하기 어려운 점 등에 비추어, 쟁점세금계산서를 실제 공급 없이 수수한 사실과 다른 세금계산서로 보아 가산세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당하거나 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제1호 및 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2026. 6. 4.