조특법 제77조의2 제3항 제2호 및 같은 법 시행령 제73조 제5항 제1호는 대토보상으로 인한 양도소득세 과세특례를 적용받은 후 대토보상으로 취득하는 토지에 관한 소유권이전등기의 등기원인이 대토보상으로 기재되어 있지 않은 경우에는 대토보상으로 감면받은 세액을 추징하도록 규정하고 있는 점, 「부동산등기법」제32조에 따라 쟁점보상지에 대한 소유권이전등기의 등기원인을 “대토보상”으로 경정할 경우 양도소득세 과세특례에 따른 세액감면을 받을 수 있는바, 조특법 시행령 제73조 제5항 제1호의 규정이 납세자의 권리를 침해하는 규정으로 보기 어려운 점 등에 비추어 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨

이유 1.처분개요 가. 청구인은 2010.2.4. 인천광역시 서구 OOO 및 OOO 토지 및 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 a(청구인의 부친)와 공동(지분 50:50)으로 취득하였다. 나. 청구인은 2021.1.21. 쟁점부동산 소재지 일대에서 A조성사업을 추진하는 A개발 주식회사(이하 “개발시행사”라 한다)에 보상가액 OOO원에, 현금 대신 A조성사업 부지 내에 있는 인천광역시 서구 OOO(사업시행 후 인천광역시 서구 OOO으로 주소가 변경되었고, 이하 “쟁점보상지”라 한다)의 지분 1/2을 대토보상으로 받기로 하고 쟁점부동산의 지분 1/2을 양도(이하 “쟁점양도”라 한다)한 후, 2021.3.30. 쟁점양도에 대하여 「조세특례제한법」 (이하 “조특법”이라 한다) 제77조의2 제1항에 따라 대토보상에 대한 양도소득세 과세특례를 적용하여 OOO원을 감면세액으로 하여 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고하였다. 다. 처분청은 청구인의 쟁점양도에 대한 양도소득세 사후관리를 하던 중, 청구인이 쟁점보상지의 등기사항전부증명서에 청구인이 취득할 때의 소유권 이전등기에 대한 등기원인이 “대토보상”이 아닌 “매매”로 기재되어 있는 것을 확인하고, 조특법 제77조의2 제3항 제2호 및 같은 법 시행령 제73조 제5항 제1호에 따라 대토보상에 대한 양도소득세 과세특례를 적용받으려면 대토에 관한 소유권 이전등기의 등기원인이 “대토보상”으로 기재되어 있어야 하나 쟁점보상지의 경우 등기원인이 “매매”로 기재되어 쟁점양도에 대하여 조특법 시행령 제73조 제5항 각 호 외의 부분에 따라 현금보상과 대토보상의 양도소득세 감면세액의 차액 등을 청구인으로부터 추징해야 한다고 보아, 2025.11.1. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다. 라. 청구인은 이에 불복하여 2025.11.28. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 청구인은 쟁점부동산을 개발시행사에 양도하고, 개발시행사가 조성한 식품단지 내 상가용지인 쟁점보상지를 분양받았다. 즉, 청구인은 쟁점부동산의 대가를 쟁점보상지로 받았고 이는 그 실질이 매매가 아닌 대토라고 할 것이므로 이 건 양도소득세 부과처분은 잘못된 처분이다. (2) 쟁점부동산의 수용경위는 다음과 같다. (가) 청구인과 청구인의 부친인 a는 쟁점토지를 공동소유하고 있던 중, 개발시행사의 b가 쟁점부동산을 포함한 인천광역시 서구 OOO동 일대에 식품단지를 조성하겠다고 하였고, 이에 a는 b와 쟁점부동산에 대한 수용협의를 진행하였다. 당초 청구인과 a는 쟁점부동산 수용의 대가로 현금을 받기 원하였으나, b가 A 내에 조성되는 상가의 부지를 대토로 받을 것을 권유하여 양도소득세 등 세금 문제를 이유로 b의 권유를 받아들여 A 내의 상가부지를 받기로 하였다. (나) 청구인은 개발시행사의 b로부터 2021.1.21.자 ‘토지 등 수용확인서’를 발급받았는데, 이 확인서에는 명확하게 현금보상은 없고 대토보상으로 대토의 소재지, 지목, 면적 등이 기재되어 있다. (다) 위와 같이 청구인은 쟁점부동산에 대하여 개발시행사의 b와 실질적인 대토계약을 체결한 것과 달리, 쟁점보상지의 등기부에 소유권 이전등기의 등기원인이 “매매”로 기재되어 있는 것은 사실이다. 오래되어 정확한 기억이 어려우나, 등기부에서 확인되는 바와 같이, 쟁점시행사의 b가 직접 등기 등의 절차를 진행한 것이 아니라 주식회사 교보자산신탁의 자금을 통해 위 과정이 진행되면서, 쟁점부동산의 정확한 금액을 특정하기 위한 시가감정 등을 통한 매매계약이 필요했던 것으로 생각된다. 또한 청구인이 대토보상으로 받기로 약정된 토지는 그 당시 구획정리가 끝나지 않아 정확한 위치 및 면적의 특정이 불가능했다. 이러한 이유로 매매계약이 체결된 것으로 생각되고, 개발시행사 b의 권유도 있었다. 즉 매매계약은 A 개발과정의 특수성으로 인하여 부득이 체결된 것이다. 또한 실제로 쟁점부동산에 대한 거래계약서의 내용이 계속 변경되었다. 즉 청구인이 2021.1.15. 개발시행사와 쟁점부동산에 대한 매매계약서를 작성할 때에는 매매대금을 OOO원으로 하고, 분양받을 상가부지의 금액을 OOO원으로 하였으나, 실제로 대토를 받은 2021.12.1.경에는 받을 토지의 가격을 OOO원으로 하고, 면적도 0.8㎡가 줄어들었으며, 그 차액 OOO원을 받는 것으로 정산합의가 되었다. 위와 같이, 쟁점양도는 실질적으로 대토보상에 해당함에도, 여러 사정으로 인하여 매매의 형식을 빌렸을 뿐이다. (라) 그리고 현재 청구인은 개발시행사로부터 대토로 받은 쟁점보상지의 지상에 상가를 건축하여 식품단지의 운영에 필요한 식당과 편의점, 카페 등을 임대하고 있는바, 쟁점부동산의 양도는 대토로 보는 것이 타당하다. (3) 이 건 양도소득세 부과처분은 실질과세 원칙에 반한다. (가) 「국세기본법」 제14조 제2항은 “세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계업이 그 실질 내용에 따라 적용한다”고 규정하여 실질과세 원칙을 천명하고 있고, 이에 대법원도 「국세기본법」제14조 제2항의 실질과세 원칙에 대하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피행위를 규제하고 과세의 형평을 제고하여 조세정의를 실현하고자 하는 데 주된 목적이 있다(대법원 2018.2.28. 선고 OOO 판결 등 참조)고 하였다. (나) 청구인은 소유하였던 쟁점부동산을 개발시행사에 넘기고, 반대급부로 개발시행사로부터 금전이 아닌 개발시행사가 조성한 A 내 상가용지인 쟁점보상지를 받아 여기에 상가를 건축하여 운영하고 있다. 이처럼 청구인의 쟁점부동산 거래에 대한 과세는 위에 언급한 「국세기본법」과 대법원 판례에 따라 형식에 따른 매매가 아닌 실질인 대토로 보고 부과되어야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 청구인이 대토보상으로 취득한 쟁점보상지에 대한 소유권이전등기의 등기원인은 “매매”로 기재되어 있고 조특법 제77조의2 제3항은 대토보상으로 취득하는 토지에 관한 소유권이전등기의 등기원인이 “대토보상”으로 기재되어 있지 아니한 경우 감면받은 세액 및 그 이자 상당의 가산액을 양도소득세로 납부하도록 규정하고 있다. (2) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼수 있는 것은 엄결하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 1998.3.27. 선고 OOO 판결 등 참조). (3) 따라서 처분청이 조특법 제77조의2 제3항에 따라 쟁점양도에 대하여 대토보상에 따른 양도소득세 과세특례를 적용하지 않고 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 청구인이 대토보상으로 받은 토지의 소유권이전등기에 대한 등기원인이 “매매”로 기재되었음을 이유로 대토보상에 따른 양도소득세 감면을 배제한 처분은 위법하다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 a가 개발시행사와 2021.1.15. 작성한 쟁점부동산 매매계약서는 아래와 같이, 양도가액은 OOO원으로, 계약금 및 중도금 없이 잔금일(2021.1.21.)에 양도가액 전액을 지급하는 내용으로 나타난다. OOO (2) 청구인과 a는 개발시행사와 2021.12.1. 쟁점부동산의 양도에 따른 매매대금을 당초 OOO원에서 대토로 받는 쟁점보상지의 면적 감소(1,995㎡에서 1,994.2㎡로 0.8㎡ 감소)함에 따라 OOO원을 양도대금에서 차감(청구인 및 a가 개발시행사에 반환하는 것으로 보임)하여 최종 매매금액을 OOO원으로 확정한 것으로 나타난다. OOO (3) 청구인은 쟁점부동산의 양도에 대하여 개발시행사가 발행한 ‘토지 등 수용사실확인서’를 제출하였고, 이 확인서에 따르면 쟁점부동산이 수용되어 청구인은 쟁점보상지를 대토보상으로 받은 것으로 나타난다. OOO (4) 쟁점보상지에 대한 부동산등기사항전부증명서에 따르면, 아래와 같이 청구인과 a는 2021.1.21. “매매”를 원인으로 소유권이전등기를 한 것으로 기재되어 있다. OOO (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점부동산의 소유권을 개발시행사에 대토보상을 받고 이전하였는데도 단지 등기부에 대토보상으로 받은 쟁점보상지의 소유권이전등기의 등기원인이 “매매”로 기재되어 있다는 것을 이유로 조특법 제77조의2 제1항에 따른 대토보상에 대한 양도소득세 과세특례의 적용을 배제한 것은 위법하다고 주장하나, 조특법 제77조의2 제3항 제2호 및 같은 법 시행령 제73조 제5항 제1호는 대토보상으로 인한 양도소득세 과세특례를 적용받은 후 대토보상으로 취득하는 토지에 관한 소유권이전등기의 등기원인이 “대토보상”으로 기재되어 있지 않은 경우에는 대토보상으로 감면받은 세액을 추징하도록 규정하고 있고, 쟁점보상지의 등기부에 소유권이전등기의 등기원인이 “매매”로 기재되어 있어 조특법 시행령 제73조 제5항 제1호에 따른 감면세액의 추징사유가 발생한 것으로 보이는 점, 대토보상으로 받은 토지의 소유권이전등기의 등기원인을 “대토보상”이 아닌 경우에 감면세액을 추징하도록 한 조특법 시행령 제73조 제5항 제1호의 규정이 헌법재판소나 대법원 등에서 위헌 또는 위법한 법령으로 본 결정이나 판결이 없어, 위 조문에 따라 대토보상으로 받은 토지의 소유권이전등기의 등기원인이 “대토보상”이 아니라면 감면받은 세액을 추징하는 것이 타당한 점, 「부동산등기법」 제32조에 따라 쟁점보상지에 대한 소유권이전등기의 등기원인을 “대토보상”으로 경정할 경우 조특법 제77조의2 제3항을 적용하지 않고 양도소득세 과세특례에 따른 세액감면을 받을 수 있는바(국세청 기준-2015-법령해석재산-OOO, 2016.4.5. 참조), 조특법 시행령 제73조 제5항 제1호의 규정이 납세자의 권리를 침해하는 규정으로 보기 어려운 점 등에 비추어, 청구인에게 적용된 대토보상에 대한 양도소득세 과세특례를 배제하고 감면받은 양도소득세를 추징한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2026. 6. 2. <별지> 관련 법령 (1) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다. ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. ③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. (2) 조세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것) 제77조의2(대토보상에 대한 양도소득세 과세특례) ① 거주자가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 공익사업의 시행으로 해당 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2023년 12월 31일 이전에 해당 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 양도차익으로서 토지등의 양도대금을 같은 법 제63조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 해당 공익사업의 시행으로 조성한 토지로 보상(이하 이 조에서 "대토보상"이라 한다)받는 부분에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도소득세의 100분의 40에 상당하는 세액을 감면받거나 양도소득세의 과세를 이연받을 수 있다. ② 제1항은 해당 공익사업의 시행자가 대통령령으로 정하는 방법으로 대토보상 명세를 국세청에 통보하는 경우에만 적용한다. ③ 제1항에 따라 양도소득세를 감면받거나 과세이연받은 거주자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면받거나 과세이연받은 세액 및 이자 상당 가산액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 1. 대토보상받기로 한 보상금을 현금으로 받는 경우 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생하는 경우 2. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제63조 제1항 단서에 따라 토지로 보상받기로 결정된 권리를 「부동산투자회사법」에 따른 부동산투자회사에 현물출자하는 경우 등 대토보상으로 취득하는 토지에 관한 소유권이전등기의 등기원인이 대토보상으로 기재되지 아니하는 경우 (3) 조세특례제한법 시행령(2021.5.4. 대통령령 제31661호로 개정되기 전의 것) 제73조(대토보상에 대한 양도소득세 과세특례) ⑤ 법 제77조의2 제1항에 따라 양도소득세를 감면받거나 과세이연을 받은 거주자(제3호의 상속의 경우에는 해당 거주자의 상속인을 말한다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 대토보상과 현금보상(제4호의 경우 만기보유특약을 체결하지 않은 때의 채권보상을 말한다)의 양도소득세 감면세액의 차액(제1항 제2호에 따라 과세이연을 받은 경우에는 과세이연금액 상당 세액)을 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월(제3호에 따른 증여의 경우에는 3개월, 같은 호에 따른 상속의 경우에는 6개월) 이내에 양도소득세로 신고ㆍ납부해야 한다. 1. 해당 대토에 관한 소유권 이전등기의 등기원인이 대토보상으로 기재되지 않은 경우(제4호를 적용받는 경우는 제외한다) 2. 제4항 제1호 외의 사유로 현금보상으로 전환된 경우 3. 해당 대토를 증여하거나 그 상속이 이루어지는 경우 4. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제63조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 토지로 보상받기로 결정된 권리를 「부동산투자회사법」에 따른 부동산투자회사에 현물출자하는 경우