체납법인 설립시 청구인의 자금이 아니라 ㅇㅇㅇ이 실질적으로 지배하는 회사로부터 수령한 금액을 주금으로 납입하여 주식을 인수한 것으로 나타나는 점, 청구인이 체납법인의 법인등기부상 사내이사로 등재되어 있으나 체납세액의 납세의무성립일 이전에 사임한 점, ㅇㅇㅇ의 사기죄 공소장에는 ㅇㅇㅇ이 체납법인의 실질 운영자이며, 온라인 P2P 투자 사기에 체납법인을 이용한 것으로 나타나 청구인은 형식상 주주로서 체납법인의 의사결정 등에 영향을 미친 사실이 없는 것으로 보이고, 처분청은 청구인이 체납법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하였다는 점에 대하여 달리 입증자료를 제시하지 못하는 점 등에 비추어 처분청이 청구인을 체납법인의 과점주주로 보아 체납법인의 제2차 납세의무자로 지정하고, 청구인에게 체납법인의 체납세액을 납부고지한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단됨

이유 1. 처분개요 가. 청구인은 2020.3.10. 설립되어 서울특별시 강남구 OOO을 본점소재지로 하여 육류 도매업을 영위한 주식회사 A(이하 “체납법인”이라 한다)의 발행주식 100%를 보유(2020.3.10.∼2025.6.20.)하고 있었다. 나. 처분청은 체납법인에게 2023사업연도 법인세 등 합계 OOO원(4건)을 경정ㆍ고지하였으나, 체납법인이 해당 세액을 체납하자 2025.10.31. 아래 <표1>과 같이 청구인을 2023～2024사업연도 법인세 및 2024년 제1기 부가가치세에 대한 제2차 납세의무자로 지정하고 합계 OOO원(4건)을 납부고지하였다. <표1> 체납법인의 체납세액 및 제2차납세의무 납부고지금액 (단위 : 원, %) OOO 다. 청구인은 이에 불복하여 2025.11.12. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 청구인은 주주명의를 대여한 형식상 주주에 불과하고, 실질 주주는 a이다. (가) 수원지방검찰청은 a을 사기죄로 기소하였는바, a은 투자자들에게 ‘냉동육을 값이 쌀때 대량으로 구매해 창고에 보관한 뒤 가격이 올라가면 판매해 얻은 수익을 투자자에게 이자 형식으로 나누어 준다’고 속이고, 돌려막기 방식으로 약속한 수익금을 지급하는 것처럼 가장하다가 투자금을 편취하였고, 피해 투자자는 300여명, 피해금액은 OOO원에 이른다. a은 위 냉동육 사기를 저지르기 위해 다른 사람의 명의를 빌려 6개의 유통법인과 3개의 냉동창고 법인을 설립하여 20여개의 위장계열사를 설립하였다. 이와 같이 체납법인은 a이 명의대여로 설립한 회사들 중 하나이다. (나) 주식회사 B 대표자 b은 스타트업 분야에서 투자전문가로 알려진 인물로, 2020.1.7. 청구인에게 “자신이 펀드를 조성해 투자하고 있는 냉동 소고기 수입ㆍ보관 및 유통업체가 매년 꾸준히 수익을 내고 있다. 그런데 1개의 법인 명의로 창고 규모가 커지게 되면 사업상 여러 불리한 점이 있어 명의대여법인을 여러 개 설립해서 창고 규모를 분산시킬 필요가 있다. 자기가 아는 지인들 중에도 이미 여러 명이 명의대여를 해주었는데, 곧 설립할 신규법인에 1년 정도만 명의를 빌려주면 좋겠다. 자본금은 납입 전에 미리 송금해 줄 것이다”고 제안하였고, 청구인은 이를 수락하였다. 2020.1.16. a의 직원인 c로부터 체납법인 설립 절차에 대한 안내를 받았고, 주식회사 C으로부터 체납법인의 설립 자본금 명목으로 OOO원을 이체받았으며, 잔고증명서를 발급받아 주식회사 D 사무실(서울특별시 강남구 OOO)에 방문하여 이를 전달하였고, 2020.3.11. 세무서로부터 체납법인의 사업자등록증을 발급받은 후 개설된 체납법인 계좌로 수령한 OOO원을 다시 송금하였다. 이후 청구인은 2021.1.21. c에게 대표자 사임에 대해 문의하였고, 대표자 변경등기가 완료되었다는 회신을 받았기 때문에 체납법인에 관한 명의대여 관계가 청산되었다고 알고 있었다. (다) a은 체납법인을 설립한 후 온라인투자연계금융업자인 주식회사 E가 조성한 펀드로부터 투자를 받고, 법인계좌에 있던 돈을 모두 인출해 잠적하였다. 주식회사 E의 최대주주는 주식회사 F이고, 주식회사 F의 주주는 주식회사 D와 주식회사 C이며, 주식회사 C, 주식회사 D의 법인등기부에는 a이 사내이사로 되어 있다. a은 명의대여법인들을 동원하여 이와 같은 범행을 저지른 것이다. (2) 체납법인의 설립 자금은 a이 지배하는 주식회사 C의 자금이었고, c는 a의 직원이라고 진술하고, b도 실질주주가 a이라고 진술하며, a의 공소장에는 a이 명의대여를 통해 설립하여 범행에 이용한 육류유통법인에 체납법인이 포함되어 있으므로 체납법인의 실질주주는 a이고, 청구인은 체납법인의 형식상 주주에 불과하여 실질적으로 지배적인 영향력을 행사할 수 있는 지위가 아니었으므로 이 건 처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 (1) 청구인은 체납법인의 체납세액의 납세의무 성립일 당시 체납법인의 발행주식의 100% 주식을 보유하고 있었으므로 체납법인의 과점주주에 해당하며, 법인설립등기 시점부터 체납법인의 사내이사로 등재되어 있었다. 청구인은 주주명의를 도용당하였거나 실질소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 특별한 사정이 없는 한 과점주주의 제2차 납세의무를 부담해야 한다. (2) 과점주주의 제2차 납세의무와 관련하여 「국세기본법」제39조 제2호의 과점주주에 해당하는 여부는 과반수 주식의 소유집단의 일원인지 여부에 의하여 판단하여야 하고, 구체적으로 회사경영에 관여한 사실이 없다 하더라도 그것만으로 과점주주가 아니라고 판단할 수 없으며, 주식의 소유사실은 과세관청이 주주명부나 주식등변동상황명세서 또는 법인등기부등본 등 자료에 의하여 이를 입증하면 되고, 다만 위 자료에 비추어 일견 주주로 보이는 경우에도 실은 주주명의를 도용당하였거나 실질 소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 주주에 해당한다고 볼 수는 없으나 이는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 입증하여야 한다(대법원 2004.7.9. 선고 OOO 판결, 대법원 2008.9.11. 선고 OOO 판결 등). 청구인은 체납법인의 주주명부 및 주식등변동상황명세서상 2020년 개업 시부터 2025년 폐업 시까지 체납법인의 주식 100,000주(지분100%)를 보유하고 있었으므로 처분청은 특별한 사정이 입증되지 않는 한 청구인을 체납법인의 과점주주로서 제2차 납세의무자로 지정하고 납부고지한 이 건 처분은 정당하다. (3) 「국세기본법」제39조에 법인(대통령령으로 정하는 증권시장에 주권이 상장된 법인은 제외)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 과점주주에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다고 규정되어 있고, 과점주주란 주주(또는 합자회사의 유한책임사원, 유한책임회사의 사원, 유한회사의 사원 1명)와 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들이라고 규정하고 있다. 여기서 100분의 50을 초과하는 주식에 관한 권리 행사는 반드시 현실적으로 주주권을 행사한 실적이 있어야 할 것을 요구하는 것은 아니고, 납세의무 성립일 현재 소유하고 있는 주식에 관하여 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있으면 족하다고 할 것이며(대법원 2008.9.11. 선고 OOO 판결 등), 과점주주에 해당하는지 여부는 과반수 주식의 소유집단의 일원인지 여부에 의하여 판단하여야 하고, 구체적으로 회사경영에 관여한 사실이 없다고 하더라도 그것만으로 과점주주가 아니라고 판단할 수 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 청구인을 체납법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하고 납부고지한 처분의 당부 나. 관련 법률 (1) 국세기본법(2023.12.31. 법률 제19926호로 개정된 것) 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다. ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. 제39조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(대통령령으로 정하는 증권시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다. 1. 무한책임사원으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원 가. 합명회사의 사원 나. 합자회사의 무한책임사원 2. 주주 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다) 가. 합자회사의 유한책임사원 나. 유한책임회사의 사원 다. 유한회사의 사원 (2) 국세징수법 제12조(제2차 납세의무자에 대한 납부고지) 세무서장은 납세자의 체납액을 제2차 납세의무자(납세보증인을 포함한다. 이하 같다)로부터 징수하려면 제2차 납세의무자에게 징수하려는 체납액의 과세기간, 세목, 세액 및 그 산출 근거, 납부기한, 납부장소와 제2차 납세의무자로부터 징수할 금액 및 그 산출 근거와 그 밖에 필요한 사항을 적은 납부통지서로 고지하여야 한다. 이 경우 납세자에게 그 사실을 통지하여야 한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 체납법인의 주주명부 및 주식변동상황명세서에 따르면, 청구인이 2020.3.10.∼2025.6.20. 기간 동안 체납법인 발행주식 OOO주(100%)를 보유한 것으로 나타난다. (나) 체납법인의 등기부에는 청구인이 2020.7.7. 사내이사로 취임하고, 2021.1.22. 사임한 것으로 나타난다. (다) a은 수원지방법원에 사기죄 혐의로 구속기소되어 형사재판이 진행 중이고, 공소장(수원지방검찰청 2026년 OOO호)에 기재된 공소사실은 다음과 같다. <공소사실> OOO (라) 국세청 전산자료에 의하면, 청구인은 2020.3.10. 체납법인의 대표자로 등록되었다가 2021.2.7. d로 대표자 변경되었고, 체납법인은 2025.6.20. 폐업하였으며, 청구인은 체납법인으로부터 2020.3.6.～2020.12.31. 기간 동안 OOO원을, 2021.1.1.～2021.1.31. 기간 동안 OOO원을 급여로 수령한 것으로 나타난다. (마) 청구인은 청구주장을 입증하기 위해 c와의 카카오톡 메시지 4건(2020.1.14. 체납법인 설립시 필요서류 안내, 2020.2.20. D 사무실에 방문하여 잔고증명서 제출 안내, 2020.3.11. 체납법인 사업자등록증 송부, 2021.1.28. 체납법인 대표자 변경등기 완료되었다는 내용), 청구인 명의 계좌거래 내역(2020.2.20. C으로부터 OOO원 입금), 주식회사 C(사내이사 e), 주식회사 F(대표이사 a), 주식회사 D(사내이사 a), 주식회사 G(사내이사 c, 감사 a)의 등기부, 청구인과 c의 전화통화 녹취록(c는 a의 직원으로서 시키는 대로 하였다는 내용), 청구인과 b의 전화통화 녹취록(C, D의 실질 운영자는 a이라는 내용) 등을 제출하였다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. 「국세기본법」(2020.12.22. 법률 제17650호로 개정되기 전의 것) 제39조 제2호는 법인의 재산으로 그 법인이 납부할 국세 등에 충당하여도 부족한 경우에 과점주주에게 그 국세의 납세의무성립일 현재 제2차 납세의무를 지울 수 있도록 하면서 그 과점주주의 범위를 “주주와 그의 특수관계에 있는 자들로서 그들의 소유주식 합계가 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들”로 규정하였다가, 2020.12.22. 법 개정(법률 제17650호)으로 “주주와 그의 특수관계에 있는 자의 소유주식 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들”로 규정(적용시기는 2021.1.1. 이후 법인의 납세의무가 성립하는 분부터)하였는바, 이와 같은 개정은 조세징수의 확보를 위하여 원래의 납세의무자인 법인의 재산에 대하여 체납처분을 하여도 징수하여야 할 조세에 부족이 있다고 인정되는 경우에 사법질서를 어지럽히는 것을 최소화하면서 실질적으로 법인의 운영을 지배할 수 있는 출자자에 한하여 법인으로부터 징수할 수 없는 액을 한도로 하여 보충적으로 납세의무를 부담케 하는 제2차 납세의무 제도의 취지에 부합하도록 제2차 납세의무를 지울 수 있는 과점주주의 범위를 법인의 임원 임면권 행사, 사업방침 결정 등 사실상 법인 경영에 영향력을 행사하였다고 인정되는 경우 등인 ‘법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들’로 한정한 것으로 보이는 점(조심 OOO, 2023.1.11. 등, 같은 뜻임), 청구인은 체납법인의 주주명부와 주식등변동상황명세서에 주주로 등재되어 있기는 하나, 체납법인 설립시 청구인의 자금이 아니라 a이 실질적으로 지배하는 주식회사 C으로부터 수령한 OOO원을 주금으로 납입하여 주식을 인수한 것으로 나타나는 점, 청구인은 체납세액의 납세의무성립일(2023.12.31., 2024.6.30., 2024.12.31.) 이전인 2021.1.22. 체납법인의 법인등기부상 사내이사에서 사임한 점, a의 사기죄 공소장에는 a이 체납법인의 실질 운영자이며, 온라인 P2P 투자 사기에 체납법인을 이용한 것으로 나타나 청구인은 형식상 주주로서 체납법인의 의사결정 등에 영향을 미친 사실이 없는 것으로 보이고, 처분청은 청구인이 체납법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하였다는 점에 대하여 달리 입증자료를 제시하지 못하는 점 등에 비추어 처분청이 청구인을 체납법인의 과점주주로 보아 체납법인의 제2차 납세의무자로 지정하고, 청구인에게 체납법인의 체납세액을 납부고지한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2026. 6. 1.