쟁점부동산은 찰보리빵의 제조ㆍ판매장소로 사업과 직접 관련이 있고, 청구인들이 임대차계약을 체결한 다음 임대용역을 제공, 처분청 역시 무상 임대용역에 대해 부가가치세를 부과한 점, 기존에 임차하여 사용하던 쟁점부동산을 양수법인도 동일하게 임차하여 사용하므로 사업 방식의 통일성이 유지되므로 포괄양수도에 해당

이유 1. 처분개요 가. 청구인 A과 청구인 B(부부사이로, 이하 “청구인들”이라 한다)는 2003년 3월부터 ‘OOO’ 등의 상호로 다수의 음식점업 등을 영위하고 있다. 나. 청구인 A과 청구인 B는 2021.12.5. 경상북도 OOO(본점1)’, 같은 동 OOO’, 같은 동 OOO(본점2)’, 같은 시 OOO ’(이하 각각 “쟁점사업장①∼④”라 하고, 쟁점사업장①∼④를 합하여 “쟁점사업장”이라 한다)의 사업을 주식회사 C(이하 “인수법인”이라 한다)에게 각 양도(이하 “쟁점거래”라 한다)하였다. 다. 청구인들은 쟁점거래를 「부가가치세법」제10조 제9항 제2호에 규정된 부가가치세가 면제되는 사업의 양도로 보고, 2021년 제2기 및 2022년 제1기 부가가치세를 신고 시 이와 관련된 매출을 반영하지 아니하였다. 라. 처분청은 2024.6.25.부터 2024.7.24.까지 청구인들에 대한 세무조사(이하 “이 건 세무조사”라 한다)를 실시한 결과, 청구인들이 쟁점사업장이 소재한 부동산(이하 쟁점사업장①∼④가 소재한 부동산을 각각 “쟁점부동산①∼④”라 하고, 쟁점부동산①∼④를 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 인수법인에게 양도하지 아니하였으므로, 쟁점거래에 대하여 「부가가치세법」제10조 제9항 제2호를 적용할 수 없다고 보아 2024.8.27. 및 2024.8.28. 청구인들에게 2021년 제2기 및 2022년 제1기 부가가치세 합계 OOO원(A) 및 OOO원(B)을 각 경정ㆍ고지하였다. 마. 청구인들은 이에 불복하여 2024.11.14. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인들 주장 및 처분청 의견 가. 청구인들 주장 (1) 이 건 세무조사는 위법한 세무조사이다. (가) 청구인들은 2022년 4월경 처분청으로부터 사업포괄양수도에 관한 소명요청을 받아 사업포괄양수도 계약서, 감정평가서, 회계법인 실사보고서 등을 이메일로 제출한바, 이는 2024년 6월 이루어진 세무조사에서 제출한 자료와 동일하고, 처분청이 실질적으로 질문권을 행사하여 상당한 시일에 걸쳐 과세요건사실을 조사ㆍ확인하였다면 이는 세무조사에 해당하므로, 2024년 6월 재차 이루어진 세무조사는 중복 세무조사에 해당한다. (나) 세무조사 사전통지를 생략할 정도로 조세 탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 사유가 있었다고 볼 수 없다. 1) 관련 법령에 따르면, 처분청은 세무조사 개시 20일 전까지 사전통지를 하여야 하나, 청구인들은 세무조사 사전통지서를 수령하지 못하였다. 2) 청구인들은 종합소득세를 신고ㆍ납부하고, 자료를 제출하여 이상이 없음을 확인받았음에도 불구하고, 명백한 조세 탈루 혐의가 인정된다는 처분청 의견은 타당하지 않다. (2) 사업에 관한 모든 권리와 의무가 이전되었다. (가) 청구인들은 인수법인과 사업장별로 사업의 승계 계약을 체결하고, 인적ㆍ물적 설비를 포함하여 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하였다. (나) 사업의 포괄양수도는 사업장별로 동질성을 유지하면서 사업을 양수도하는 것을 의미하는바, 쟁점사업장은 같은 장소에서 동일한 업종을 계속 영위하고 있고, 영업의 주체만 인수법인으로 변경되었다. (3) 쟁점부동산의 소유자가 사업자와 상이하므로, 부동산의 소유권을 이전하지 않았다고 하여 쟁점거래를 사업의 포괄양수도가 아니라고 할 수 없다. (가) 청구인들은 쟁점부동산을 임차하여 사용 중이었고, 임대차계약도 법인에 승계되었다. (나) 청구인들의 부동산 임대사업은 쟁점사업장을 운영하는 사업과 구분될 뿐만 아니라, 쟁점사업장을 양도하면서 타인 소유 부동산을 임의로 양도할 수 없다. 나. 처분청 의견 (1) 이 건 세무조사는 적법하다. (가) 2022년 4월 이루어진 자료제출 요청은 통상적인 과세자료 처리 업무에 불과한바, 세무조사의 실질을 갖추지 못하였으므로, 이 건 세무조사는 중복 세무조사에 해당하지 않는다. (나) 이 건 세무조사는 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료를 토대로 한 것으로, 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 볼 만한 명백한 사유가 있었다. (2) 청구인들은 사업의 필수적이고 중요한 고정자산을 제외하고 사업을 양도하였으므로, 쟁점거래를 사업의 포괄양수도로 볼 수 없다. (가) 쟁점사업장의 사업자등록 당시, 청구인들은 쟁점부동산을 소유하여 자가로 사업장을 운용하고 있다고 신고하였고, 임대차계약서를 제출하지 아니하였다. 청구인 A은 ‘OOO’을 자가로 운영하다가, 법인전환 직전에 본인 소유의 부동산에 임대업을 영위하는 것으로 사업자등록을 하고, 세금계산서만 형식적으로 3회 수수하였는바, 이는 사업의 포괄양수도를 전제로 형식적 요건만 갖추려는 의도로 보인다. (나) 청구인 A이 운영하던 ‘OOO’의 사업장은 2019년부터 2020년까지 신축 및 증축 공사가 이루어졌는데, 공사대금은 약 OOO원이 소요되었고, 공사목적은 제조설비 확충 및 판매장 추가 개설이었으므로, 쟁점부동산은 사업의 필수적인 자산에 해당한다. (다) 쟁점사업장의 양수도계약서에서는 임대차계약에 관한 사항이 기재되어 있지 않다. (3) 쟁점사업장은 청구인들이 실질적으로 공동경영하고 있으므로, 타인 소유의 부동산을 임의로 양도할 수 없어 부동산을 이전하지 아니하였다는 청구주장은 타당하지 않다. (가) 세무조사 당시 청구인 A은 ‘본인이 창업주이고, 배우자도 지속적으로 사업에 참여하여 실질적인 공동경영’을 하고 있다고 하였고, B의 사업용계좌에서 청구인 A이 사용한 금액에 관하여는 ‘사실상 공동 소유의 개념으로 각 사업장의 금융계좌를 한 계좌에 모아서 사업 관련 비용을 쓴다’고 진술하였다. (나) 쟁점사업장의 부동산은 청구인들이 소유하고 있어 매매의 제약이 없고, 인수법인의 자금사정(자본금 : OOO원) 등에 따라 사업용 고정자산을 양수하지 못한 것으로 봄이 타당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 이 건 세무조사는 사전통지를 생략하여 이루어진 것이고, 금지되는 중복 세무조사에 해당한다는 청구주장의 당부 ② 쟁점거래를 「부가가치세법」제10조 제9항 제2호 및 같은 법 시행령 제23조에 따른 사업의 포괄양수도에 해당하지 아니하는 것으로 보아 청구인들에게 부가가치세를 부과한 처분의 당부 나. 관련 법령 등 (1) 국세기본법 제81조의4【세무조사권 남용 금지】① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사(「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다. ② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다. 1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 제81조의6【세무조사 관할 및 대상자 선정】② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에 정기적으로 신고의 적정성을 검증하기 위하여 대상을 선정하여 세무조사를 할 수 있다. 이 경우 세무공무원은 객관적 기준에 따라 공정하게 그 대상을 선정하여야 한다.(중략) ③ 세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다. 4. 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 제81조의7【세무조사의 통지와 연기신청 등】① 세무공무원은 세무조사를 하는 경우에는 조사를 받을 납세자(납세자가 제82조에 따라 납세관리인을 정하여 관할 세무서장에게 신고한 경우에는 납세관리인을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에게 조사를 시작하기 20일[제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제80조의2에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정으로 재조사를 하는 경우에는 7일] 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사 사유, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 통지(이하 이 조에서 “사전통지”라 한다)하여야 한다. 다만, 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다. ② 사전통지를 받은 납세자가 천재지변이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 조사를 받기 곤란한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무관서의 장에게 조사를 연기해 줄 것을 신청할 수 있다. ③ 제2항에 따라 연기신청을 받은 관할 세무관서의 장은 연기신청 승인 여부를 결정하고 그 결과(연기 결정 시 연기한 기간을 포함한다)를 조사 개시 전까지 통지하여야 한다. ⑥ 세무공무원은 제1항 단서에 따라 사전통지를 하지 아니하고 조사를 개시하거나 제4항 제2호의 사유로 조사를 개시할 때 다음 각 호의 구분에 따른 사항이 포함된 세무조사통지서를 세무조사를 받을 납세자에게 교부하여야 한다. 다만, 폐업 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 제1항 단서에 따라 사전통지를 하지 아니하고 조사를 개시하는 경우 : 사전통지 사항, 사전통지를 하지 아니한 사유, 그 밖에 세무조사의 개시와 관련된 사항으로서 대통령령으로 정하는 사항 (2) 부가가치세법 제10조【재화 공급의 특례】⑨ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다. 2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것. 다만, 제52조 제4항에 따라 그 사업을 양수받는 자가 대가를 지급하는 때에 그 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여 납부한 경우는 제외한다. (3) 부가가치세법 시행령 제23조【재화의 공급으로 보지 아니하는 사업 양도】법 제10조 제9항 제2호 본문에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 사업장별(「상법」에 따라 분할하거나 분할합병하는 경우에는 같은 사업장 안에서 사업부문별로 구분하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(「법인세법」제46조 제2항 또는 제47조 제1항의 요건을 갖춘 분할의 경우 및 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우를 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각 호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 그 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다. 1. 미수금에 관한 것 2. 미지급금에 관한 것 3. 해당 사업과 직접 관련이 없는 토지ㆍ건물 등에 관한 것으로서 기획재정부령으로 정하는 것 (4) 부가가치세법 시행규칙 제16조【사업과 직접 관련이 없는 토지ㆍ건물 등의 범위】영 제23조 제3호에서 “기획재정부령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 구분에 따른 자산을 말한다. 1. 사업양도자가 법인인 경우 : 「법인세법 시행령」제49조 제1항에 따른 자산 2. 사업양도자가 법인이 아닌 사업자인 경우 : 제1호의 자산에 준하는 자산 (5) 법인세법 시행령 제49조【업무와 관련이 없는 자산의 범위 등】① 법 제27조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 자산”이란 다음 각 호의 자산을 말한다. 1. 다음 각 목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산, 「자산유동화에 관한 법률」에 의한 유동화전문회사가 동법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다. 가. 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)이 경과하기 전까지의 기간 중에 있는 부동산을 제외한다. 나. 유예기간 중에 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하고 양도하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인의 경우를 제외한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점사업장 및 인수법인과 관련된 내용은 아래와 같다. (가) 청구인들의 사업자등록 현황은 아래 <표1>와 같고, 청구인들은 2021.10.21. 쟁점부동산에서 부동산 임대업을 영위하는 것으로 사업자등록을 각 하였다. <표1> 사업자등록 주요현황 OOO (나) 인수법인은 2021.11.24. 농산물의 생산, 유통, 가공, 판매 등의 사업을 영위할 목적으로 설립되었고, 대표이사는 청구인 A(감사 : 청구인 B)이며, 자본금은 OOO원(2021.12.14. OOO원으로 증자)이고, 청구인 A이 주식 100%를 보유하고 있었으나, 2021.12.13. 유상증자로 청구인들의 자녀인 DㆍE가 인수법인의 주식 25%를 각 취득하였다. (2) 이 건 세무조사 등과 관련된 내용은 아래와 같다. (가) 청구인들은 2022.4.7. 경주세무서 담당 조사관으로부터 전화를 수신하여 2022년 5월까지 포괄양수도계약서, 임대차계약서, 세금계산서, 고용승계현황, 자산부채실사보고서 등을 제출하였다고 주장한다. (나) 이 건 세무조사의 조사대상 선정 검토표에 의하면, 이 건 세무조사의 근거규정은 「국세기본법」제81조의6 제3항 제4호이고, 탈루혐의는 ‘수입금액 누락 혐의’라고 되어 있다. (3) 사업의 양수도와 관련된 내용은 아래와 같다. (가) 청구인들은 2021.12.3. 인수법인과 쟁점사업장을 양도하는 내용의 ‘사업포괄 양도, 양수 계약서’를 사업장별로 아래와 같이 작성하고, 쟁점사업장을 양도하였으나, 쟁점부동산을 양도하지는 아니하였다. <사업포괄 양도, 양수 계약서 주요내용(예시 : OOO)> OOO (나) 청구인들이 제출한 급여대장에 의하면, 인수법인은 쟁점사업장에서 근무하였던 인원에게 급여를 지급한 것으로 나타난다. (다) 청구인들은 2021.12.5.자를 기준으로 쟁점사업장의 자산과 부채를 실사하였는데, 쟁점사업장에 설치된 사업용 자산 등이 포함되어 평가되어 있다. (라) 청구인들은 쟁점사업장의 영업권을 감정평가하여 감정가액인 OOO원에 이를 인수법인에 양도하였고, 위 금액을 청구인들의 기타소득으로 하여 2022년 귀속 종합소득세를 각 신고ㆍ납부하였다. (4) 쟁점부동산의 이용과 관련된 내용은 아래와 같다. (가) 청구인들과 인수법인은 2021.10.21. 및 2021.12.6. 쟁점부동산의 임대차계약을 각 체결하였는데, 해당 계약서에는 임대차계약을 승계한다는 내용은 포함되어 있지 않으나, 쟁점사업장의 실사보고서에서는 종전 청구인들이 체결한 임대차계약을 인수법인이 승계한다고 되어 있다. <표2> 임대차계약 상세내용 OOO (나) 처분청은 아래 <표3>과 같이 청구인들이 부동산 무상임대 용역을 각 제공한 것으로 보아 청구인들에게 부가가치세와 종합소득세를 부과하였다. <표3> 부동산 무상임대 용역 내역 OOO (다) 청구인들은 감정평가를 실시하여 쟁점부동산의 적정 임대료를 산출하였고, 청구인들 각자에게 부동산 임대용역을 공급한 것으로 하여 세금계산서를 3회 수수한 것으로 나타난다. (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인들은 이 건 세무조사가 사전통지절차를 생략하여 이루어진 것이므로 이 건 처분이 위법하다고 주장하나, 「국세기본법」제81조의7 제1항에서 세무공무원은 세무조사를 하는 경우 조사를 받을 납세자에게 조사를 시작하기 20일 전에 조사대상 세목 등을 통지하여야 하고, 사전에 통지하면 증거인멸 등으로 조사목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 사전통지 없이 조사를 할 수 있다고 규정되어 있는바, 청구인들은 부부이고, 청구인 A은 인수법인의 최대주주(지분율 100%)이므로, 처분청으로서는 해당 의무를 이행하는 경우 세무조사의 목적을 달성하기 어려웠을 것으로 보이는 점, 또한, 청구인들은 처분청이 2022년 4월부터 5월까지 쟁점거래와 관련된 자료를 요청하는 등 세무조사가 이루어졌으므로, 이 건 세무조사가 금지되는 중복 세무조사에 해당한다고 주장하나, 세무조사는 과세표준과 세액을 경정하기 위하여 질문을 하고, 장부 등을 검사ㆍ조사하거나, 그 제출을 명하는 일체의 행위를 의미하고, 세무공무원의 조사행위가 단순한 사실관계의 확인이나, 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것으로서, 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 세무조사로 보기 어렵다 할 것(대법원 2017.3.16. 선고 2014두8360 판결, 참조)인바, 처분청의 질문조사 방법, 내용 및 기간 등이 구체적으로 특정되지 아니하여 2022년 4월부터 5월까지 청구인들에 대한 세무조사가 이루어졌는지 여부가 구체적ㆍ객관적으로 입증되었다고 보기 어려운 점, 청구인들 역시 처분청 담당 공무원이 유선으로 관련 자료를 요청하였고, 관련 자료를 이메일로 회신하였다고 주장하는바, 이로 인하여 청구인들의 영업의 자유가 현저히 침해되었다고 단정하기 어려운 점 등에 비추어, 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점부동산이 인수법인에게 양도되지 않았으므로, 쟁점거래를 사업의 포괄적 양도로 볼 수 없다는 의견이나, 「부가가치세법」제10조 제9항 제2호에서 재화의 공급으로 보지 아니하는 ‘사업의 양도’라 함은 사업장별로 사업용 재산 등을 포괄적으로 양도하여 사업의 통일성을 유지하면서 경영주체만을 교체하는 것을 의미하는데(대법원 2008.12.24. 선고 2006두17895 판결, 참조), 쟁점부동산은 OOO의 제조ㆍ판매 장소로, 그 내부에 제조 및 판매시설 등 사업용 재산이 구비되어 있었던 것으로 보이는바, 쟁점부동산은 청구인들의 사업과 직접적으로 관련되어 있었다고 봄이 타당한 점, 청구인들은 쟁점부동산①ㆍ③의 임대차계약을 체결한 다음 부동산 임대용역의 제공과 관련된 세금계산서를 수수하였고, 처분청 역시 쟁점부동산①ㆍ③의 임대용역이 청구인들 각각에게 무상으로 제공된 것으로 보아 부가가치세를 부과한 점, 청구인들은 인수법인에게 쟁점사업장①ㆍ③의 자산과 부채, 영업권 등을 포괄적으로 양도하는 계약을 체결하고 자산ㆍ부채를 실사하여 이를 양도한 점, 쟁점부동산①ㆍ③은 청구인들이 임차하여 사용하는 부동산으로서 청구인들과 인수법인이 위 부동산을 임차하여 사용하는 등의 사업방식에는 변함이 없다고 할 것인 점 등에 비추어, 쟁점사업장①ㆍ③의 양도를 「부가가치세법」제10조 제9항 제2호에 규정된 부가가치세가 면제되는 사업의 양도에 해당한다고 보는 것이 타당하다고 판단된다. 다만, 쟁점사업장 중 청구인 A의 쟁점사업장②의 경우 쟁점부동산②를 본인이 소유하고 있어 이를 자가로 운영하였다고 보아야 할 것이고, 청구인 B의 쟁점사업장④ 역시 쟁점부동산④를 청구인들이 공동으로 소유하고 있어 이를 일부 자가로 운영하였다고 할 것인바, 쟁점거래에 따라 인수법인은 쟁점사업장②ㆍ④를 양수하였으나, 쟁점부동산②ㆍ④는 청구인들로부터 임차하여 사용하게 되는 등 그 사업의 통일성이 유지되었다고 보기 어렵다고 할 것이므로, 쟁점사업장②ㆍ④의 양도는 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 승계받았다고 보기 어려워 부가가치세 과세대상으로 봄이 타당하다고 할 것이다. 따라서 처분청은 쟁점사업장①ㆍ③의 양도를 부가가치세가 면제되는 사업의 포괄 양도로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.