청구법인은 경정청구일(25.3.28.) 이후인 2025.6.11. KIAT에 쟁점연구개발비가 신성장ㆍ원천기술 연구개발비에 해당한다는 내용으로 신성장ㆍ원천기술 인정 신청서를 제출하였고, 25.12.24. 산업통상부장관으로부터 청구법인의 신청내역 및 금액이 신성장ㆍ원천기술에 해당한다는 내용의 연구개발세액공제기술심의위원회 심의결과를 통보받은 사실이 확인되므로, 처분청은 쟁점연구개발비를 조특법 제10조 제1항 제1호에 따른 신성장동력ㆍ원천기술 연구개발비에 대한 세액공제 대상으로 보아 해당 공제율을 적용하여 그 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단됨

이유 1. 처분개요 가. 청구법인은 1990.5.24. 설립된 법인으로, 경기도 수원시 권선구 OOO을 본점 소재지로 하여 OLED 증착장비 등의 제조 및 판매를 주요 사업으로 영위하고 있다. 나. 청구법인은 2019사업연도 법인세 신고 시, 해당 사업연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)에 대하여 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제10조 제1항 제3호에 따른 연구ㆍ인력개발비(이하 “일반 연구ㆍ인력개발비”라 한다) 공제율(8%)을 적용하여 2019사업연도 법인세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다. 다. 청구법인은 쟁점금액이 조특법 제10조 제1항 제1호에 따른 신성장동력ㆍ원천기술 연구개발비에 해당하므로, 해당 공제율(35%)을 적용하여 세액공제액을 경정해달라는 취지로 2025.3.28. 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.5.30. 이를 거부하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.22. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 처분청의 경정청구 거부 이후, 아래 <표1>과 같이 A(이하 “A”라 한다)에 쟁점금액(OOO원) 중 OOO원(이하 “쟁점연구개발비”라 한다)은 신성장ㆍ원천기술 연구개발비에 해당한다는 내용으로 신성장ㆍ원천기술 인정 신청서를 제출하였고, 2025.12.24. 산업통상자원부장관으로부터 쟁점연구개발비가 신성장ㆍ원천기술에 해당한다는 연구개발세액공제기술심의위원회 심의결과를 통보받았다. < 표 삽입을 위한 여백 ><표1> 신성장ㆍ원천기술 심의 신청 및 인정내역 (단위 : 개, 원) OOO 따라서, 쟁점연구개발비에 대하여 아래 <표2>와 같이 조특법 제10조 제1항 제1호에 따른 신성장동력ㆍ원천기술 연구개발비 세액공제율을 적용하여 세액공제를 받아야 한다. < 표 삽입을 위한 여백 ><표2> 2019사업연도 연구ㆍ인력개발비 세액공제 계산내역 (단위 : 원) OOO (2) 다음과 같이 청구법인이 수행한 연구개발 활동은 조특법 시행령 별표7에서 열거하고 있는 신성장동력ㆍ원천기술에 해당한다. (가) 신성장동력ㆍ원천기술의 범위를 규정하고 있는 조특법 시행령 별표7의 주요내용은 아래 <표3>과 같다. < 표 삽입을 위한 여백 ><표3> 조특법 시행령 별표7 주요 내용(2020.2.11. 대통령령 제30390호로 일부 개정된 것) 구분 분야 신성장ㆍ원천기술 전자정보디바이스 다이오드 (OLED) 등고기능 디스플레이 1) 능동형 유기발광 다이오드(AMOLED: Active Matrix Organic Light Emitting Diode) 패널ㆍ부품ㆍ소재ㆍ장비 제조 기술 : 대화면(9인치 이상) AMOLED 패널을 제조하기 위하여 공정별로 사용되는 기술(모듈조립공정기술은 제외한다)과 AMOLED 패널을 제조하기 위한 부품ㆍ소재ㆍ장비 제조 기술 6) VRㆍARㆍMR용 디스플레이 패널ㆍ부품ㆍ소재ㆍ장비 제조 기술 : 가상현실, 증강현실, 혼합현실 기기에 사용되는 초고해상도(1,500 ppi이상) 디스플레이를 제조하기 위하여 공정별로 사용되는 기술과 이와 관련한 부품ㆍ소재 및 장비 제조기술 (나) 청구법인이 수행한 신성장ㆍ원천기술 연구개발의 내용은 다음과 같다. 1) 청구법인은 AMOLED 패널을 제조하기 위한 증착장비 제조 기술에 대한 연구개발을 수행하여 최대 OOO인치 AMOLED 패널을 제조하기 위해 사용되는 증착장비 생산 능력을 갖추게 되었으므로, 이는 신성장ㆍ원천기술을 얻기 위한 연구개발에 해당한다. 2) 청구법인은 VRㆍARㆍMR 기기에 사용되는 초고해상도(1,500 ppi 이상) 디스플레이를 제조하기 위한 증착장비 제조 기술에 대한 연구개발을 수행하여 최대 OOOppi의 초고해상도 디스플레이를 제조하기 위해 사용되는 증착장비 생산 능력을 갖추게 되었으므로, 이는 신성장ㆍ원천기술을 얻기 위한 연구개발에 해당한다. 나. 처분청 의견 청구법인은 경정청구 당시 A로부터 인정받은 신성장ㆍ원천기술 심의결과서를 제출하지 않았으므로, 처분청은 청구법인의 경정청구를 거부한 것이다. (1) 아래 <표4>와 같이 국세청의 <연구ㆍ인력개발비 세액공제 사전심사 가이드라인>에 따르면, 신성장ㆍ원천기술 해당 여부를 판단하기 위해서는 A의 신성장ㆍ원천기술 심의결과서를 제출하여야 하나, 청구법인은 경정청구 시 이를 제출하지 않았다. <표4> 연구ㆍ인력개발비 세액공제 사전심사 가이드라인(주요 내용 발췌) OOO (2) 청구법인이 신성장ㆍ원천기술에 해당한다고 주장하는 연구과제 및 기술은 시각적으로 확인이 불가능한 전문적인 기술로, 이에 대한 판단은 A에서 하는 것이다. 산업통상자원부 산하 연구개발세액공제기술심의위원회 운영규정에도 A의 의견서를 근거로 연구개발세액공제심의위원회가 최종 심의한다고 규정하고 있다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점연구개발비는 신성장동력ㆍ원천기술 연구개발비에 해당하므로 조특법 제10조 제1항 제1호에 따른 공제율을 적용하여 세액공제를 하여야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실들이 확인된다. (가) 청구법인은 2025.6.11. 아래 <표5>와 같이 A에 ‘신성장ㆍ원천기술(연구개발) 인정 신청서’를 제출하였으며, 청구법인이 A에 신청한 금액은 청구법인이 주장하는 <표1>의 금액과 동일한 것으로 확인된다. <표5> 신성장ㆍ원천기술(연구개발) 인정 신청서 OOO (나) 산업통상부장관은 2025.12.24. 청구법인에게 청구법인이 신청한 내용이 신성장ㆍ원천기술에 해당한다는 연구개발세액공제기술심의위원회 심의결과를 아래 <표6>과 같이 통보하였다. <표6> A의 연구개발세액공제기술심의위원회 심의결과 통보 OOO (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 쟁점연구개발비에 대하여 신성장ㆍ원천기술 연구개발비 세액공제를 적용하기 위해서는 A로부터 인정받은 신성장ㆍ원천기술 심의결과서를 제출하여야 하나, 청구법인이 경정청구 시 이를 제출하지 아니하여 쟁점연구개발비가 신성장동력ㆍ원천기술 연구개발비에 해당하는지 여부를 확인할 수 없다는 이유로 경정청구를 거부하였으나, 청구법인은 경정청구일(2025.3.28.) 이후인 2025.6.11. A에 쟁점연구개발비가 신성장ㆍ원천기술 연구개발비에 해당한다는 내용으로 신성장ㆍ원천기술 인정 신청서를 제출하였고, 2025.12.24. 산업통상부장관으로부터 청구법인의 신청내역 및 금액이 신성장ㆍ원천기술에 해당한다는 내용의 연구개발세액공제기술심의위원회 심의결과를 통보받은 사실이 확인되므로, 처분청은 쟁점연구개발비를 조특법 제10조 제1항 제1호에 따른 신성장동력ㆍ원천기술 연구개발비에 대한 세액공제 대상으로 보아 해당 공제율을 적용하여 그 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2026. 6. 2. <별지> 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제10조(연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2021년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다. 1. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력 분야의 연구개발비 또는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력ㆍ원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비에 가목의 비율과 나목의 비율을 더한 비율을 곱하여 계산한 금액 가. 기업유형에 따른 비율 1) 중소기업에 해당하는 경우 : 100분의 30 2) 그 밖의 경우 : 100분의 20[대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 "중견기업"이라 한다) 중 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 코스닥시장에 상장한 중견기업(이하 이 조에서 "코스닥상장중견기업"이라 한다)의 경우 100분의 25] 나. 해당 과세연도의 수입금액에서 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비가 차지하는 비율에 대통령령으로 정하는 일정배수를 곱한 비율. 다만, 100분의 10(코스닥상장중견기업의 경우 100분의 15)을 한도로 한다. 3. 제1호에 해당하지 아니하거나 제1호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구ㆍ인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 25(중견기업의 경우에는 100분의 40, 중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액 1) 중소기업인 경우 : 100분의 25 2) 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 : 다음의 구분에 따른 비율 가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 : 100분의 15 나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지 : 100분의 10 3) 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우 : 100분의 8 4) 1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 2를 한도로 한다) 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1 ② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다. ④ 제1항 제1호를 적용받으려는 내국인은 일반연구ㆍ인력개발비와 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비를 대통령령이 정하는 바에 따라 구분경리(區分經理)하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30390호로 일부 개정된 것) 제9조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제) ① 법 제10조 제1항 제1호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 신성장동력 분야의 연구개발비 또는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비"란 다음 각 호의 구분에 따른 비용(이하 이 조에서 "신성장동력ㆍ원천기술연구개발비"라 한다)을 말한다. 1. 자체 연구개발의 경우 : 다음 각 목의 비용 가. 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서에서 별표 7에 따른 신성장동력ㆍ원천기술 분야별 대상기술의 연구개발업무(이하 이 조에서 "신성장동력ㆍ원천기술연구개발업무"라 한다)에 종사하는 연구원 및 이들의 연구개발업무를 직접적으로 지원하는 사람에 대한 인건비. 다만, 기획재정부령으로 정하는 사람에 대한 인건비는 제외한다. 나. 신성장동력ㆍ원천기술연구개발업무를 위하여 사용하는 견본품, 부품, 원재료와 시약류 구입비 및 소프트웨어(「문화산업진흥 기본법」 제2조 제2호에 따른 문화상품 제작을 목적으로 사용하는 경우에 한정한다)ㆍ서체ㆍ음원ㆍ이미지의 대여ㆍ구입비 2. 위탁 및 공동연구개발의 경우 : 기획재정부령으로 정하는 기관에 신성장동력ㆍ원천기술연구개발업무를 위탁(재위탁을 포함한다)함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비, 판매시점 정보관리 시스템 설비 등 기업의 사업운영ㆍ관리ㆍ지원 활동과 관련된 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용 ③ 법 제10조 제1항 제1호 나목 본문에서 "대통령령으로 정하는 일정배수"란 3배를 말한다. ⑧ 법 제10조 제1항 제1호를 적용받으려는 내국인은 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비 및 일반연구ㆍ인력개발비를 각각 별개의 회계로 구분경리하여야 한다. 이 경우 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비가 일반연구ㆍ인력개발비와 공통되는 경우에는 해당 비용을 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비 및 일반연구ㆍ인력개발비로 안분하여 계산한다. ⑨ 법 제10조 제1항을 적용받으려는 내국인은 연구개발계획서, 연구개발보고서 및 연구노트 등 증거서류를 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 작성ㆍ보관해야 한다. ⑪ 내국인이 지출한 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비의 연구개발 대상 기술이 별표 7에 해당되는지 여부에 관한 사항 및 제22조의9 제1항에 따른 사항을 심의하기 위하여 기획재정부장관 및 산업통상자원부장관이 공동으로 운영하는 신성장동력ㆍ원천기술심의위원회를 둘 수 있다. ⑫ 제11항에 따른 신성장동력ㆍ원천기술심의위원회의 구성 및 운영 등에 필요한 사항은 기획재정부와 산업통상자원부의 공동부령으로 정한다. [별표 7] 신성장동력ㆍ원천기술 분야별 대상기술 OOO 부칙 제22조(신성장ㆍ원천기술에 관한 적용례) 별표 7의 개정규정은 이 영 시행 이후 과세표준을 신고하는 분부터 적용한다.