약정서상 쟁점법인 주식의 양도대금이 특정되지 않고, 약정서와 별개의 주식양수도계약에 따라 쟁점법인 주식이 AAA 등에게 양도된 바, 쟁점금액을 주식양도대금으로 보기 어려어며, 토지계약금 2억원이 법인자금이 아닌 청구인의 개인자금으로 지급되었다는 객관적 증빙이 제시되지 아니한바, 쟁점금액을 기타소득으로 보아 종소세를 부과한 처분은 잘못이 없음

이유 1.처분개요 가. 청구인은 2018.3.26. 부동산개발업 및 공급업을 영위하는 주식회사 A(이하 “쟁점법인”이라 한다)를 쟁점법인의 사내이사인 a와 동업형태로 설립하여 2019.4.17.까지 대표이사로 재직하였던 자이다. 나. 청구인은 2019.4.10. 쟁점법인이 추진하던 서울특별시 용산구 OOO 공동주택 신축사업(이하 “쟁점개발사업”이라 한다)에 대하여 a 또는 a가 지정하는 사람에게 청구인이 보유한 쟁점법인 주식을 양도하고 쟁점법인의 대표이사직을 사임하여 쟁점개발사업에 대한 모든 것을 a에게 양도한다는 약정서(이하 “쟁점약정서”라 한다)를 체결하고 2019.4.25. 그 대가로 쟁점약정서에 따라 쟁점법인으로부터 OOO원을 지급받았다. 다. 용산세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 2023.8.24.부터 2023.9.25.까지 쟁점법인에 대한 세무조사를 실시하여, 쟁점법인으로부터 받은 OOO원은 청구인이 쟁점개발사업에 대한 사업권을 양도하고 받은 대가이므로, 이는 「소득세법」 제21조 제1항 제7호에 따라 영업권 등의 양도소득으로 기타소득에 해당한다고 보고, 쟁점법인에 쟁점금액에 대한 기타소득세 원천징수분 OOO원을 경정ㆍ고지하고, 처분청에 과세자료를 통보하였으며, 이에 처분청은 쟁점법인으로부터 받은 OOO원 중 청구인이 쟁점법인에 대여한 OOO원이 포함되었므로 이를 제외한 나머지 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)만 기타소득에 대한 수입금액에 해당한다는 과세전적부심사 결정에 따라 2025.9.15. 청구인에게 2019년 귀속 종합소득세 OOO원을 결정ㆍ고지하였다. 라. 청구인은 이에 불복하여 2025.10.16. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 쟁점금액은 청구인이 양도한 쟁점법인 주식의 대가(OOO원)와 청구인이 쟁점법인 대신 지급한 쟁점개발사업 지구 내 부동산 매매계약금 OOO원이 포함되어 있으므로, 이 건 종합소득세 부과처분은 취소되어야 한다. (1) 청구인은 2018.3.5.부터 2019.4.11.까지 쟁점법인의 대표이사로 재직하였고, 그 후 쟁점법인을 a에게 양도하면서 대표이사에서 사임하였는바, 현재까지 쟁점법인에 대한 세무조사와 관련하여 어떠한 통보를 받지 못하였고 그 내용을 알지도 못하였다. 청구인은 2019년 4월에 쟁점법인으로부터 OOO원을 받았지만, 이 금액은 대표이사에 재직할 때 쟁점법인에 투입한 자금을 회수한 것에 불과할 뿐 사업권을 양도한 대가는 아니다. 이러한 청구주장은 과세전적부심사를 통해 OOO원 중 OOO원을 청구인이 쟁점법인에 투입한 자금으로 인정하여 일부채택결정을 한 사실만 보더라도 알 수 있다. (2) 청구인은 쟁점개발사업의 사업권을 일신상의 이유로 대표이사직과 함께 이전하면서 그간 청구인이 개인적으로 쟁점법인에 투입한 자금 OOO원을 선지급받은 후 나중에 OOO원을 추가로 받는 조건으로 a에게 양도하기로 한 것이다. (3) 청구인은 2018년 3월경 쟁점개발사업을 추진하면서 2018.4.4. 사업구역 내 토지의 소유주인 b에게 토지계약금 OOO원을 개인자금으로 지급하였고, 당시 쟁점개발사업의 초기에는 청구인이 거의 당좌수표로 다량의 거래를 하여 청구인 개인통장을 통한 이체내역 확인이 어려우나 b의 영수증(인감증명서 포함) 등을 통하여 계약금을 청구인이 b에게 지급한 사실을 확인할 수 있고, b에게 지급한 계약금 OOO원도 쟁점약정서에 따라 쟁점법인으로부터 지급받은 OOO원에 포함된 것으로 보아야 한다. (4) 청구인은 a로부터 위 사항에 대한 확인서(2025.5.12.)를 제출받았고, 동 확인서에는 청구인에게 지급한 OOO원은 토지계약금 OOO원, 사무실 임차보증금, 설계비용, 운영비 및 대표이사 c 등의 대가에 해당한다는 내용이 기재되어 있다. (5) 쟁점약정서에 따르면, 청구인은 쟁점개발사업의 양도대가로 2021.5.10.까지 a로부터 OOO원을 받기로 되어 있고, 이는 법무법인의 인증서 및 공정증서까지 작성하였으나, 청구인은 현재까지 a나 쟁점법인으로부터 받기로 한 OOO원을 받지 못하고 분쟁 중에 있다. 나. 처분청 의견 (1) 청구인은 2018.4.4. 서울특별시 OOO 토지 매매거래에 대해 당시 소유주인 b에게 토지계약금 OOO원을 자신의 개인 자금에서 직접 지급한 것이라고 주장하나, 해당 거래는 쟁점법인과 토지의 소유주인 b 사이의 거래로 청구인이 계약금을 지급한 자금흐름을 입증할 금융거래 내역이 없어서 이에 대한 청구주장을 인정하기 어렵다. 청구인은 토지계약금과 관련된 증빙으로 영수증 및 b의 인감증명서를 제출하였으나, 이는 「소득세법」 제160조 제2항에서 규정하는 적격증빙서류에 해당하지 않고, 해당 영수증의 작성일자가 2018.4.4.인 반면, b의 양도소득세 신고서에 첨부된 부동산매매계약서 및 등기사항증명서상의 등기원인일은 2019.4.4.로 확인되는바, 청구인이 제출한 토지계약금 영수증은 거래의 실질을 입증하기에는 신빙성이 부족한 것으로 판단된다. 이와 더불어 청구인은 사업 초기 다수의 거래가 당좌수표로 이루어져 통장에 이체내역의 확인이 어렵다고 주장하나, 당좌수표는 당좌예금계좌를 통해 발행되어 결제 시 출금내역이 통장에 기재되는 점을 고려할 때, 이러한 주장은 사실과 부합하지 않으므로 이는 청구인의 일방적인 주장에 불과하다. (2) 청구인은 쟁점법인으로부터 받은 OOO원 중 토지계약금 OOO원을 제외한 나머지 OOO원은 사무실 임차보증금, 설계비용, 쟁점법인 운영비 및 대표이사 c 등 청구인이 쟁점법인에 실제 투입한 비용을 돌려받은 것이라고 주장하나, 이 중 OOO원은 이미 과세전적부심사를 통해 사무실 임차보증금 OOO원 및 대표이사 c OOO원으로 확인되어 수입금액에서 제외되었음에도, 청구인은 쟁점금액(OOO원)도 사무실 임차보증금 및 대표이사 c 등이 포함되어있다고 주장하고 있는데, 이는 새로운 증빙이나 추가적인 사실관계의 변동이 없이 이미 과세전적부심사단계에서 인정된 사실을 중복주장하는 것에 불과하다. 만일 쟁점금액이 청구주장처럼 설계비용 또는 쟁점법인 운영비에 대한 대가라면, 그 자금의 실제 지출 및 사용 내역을 입증할 수 있는 객관적인 증빙이 필요하나, 청구인은 이에 대한 구체적인 거래명세서나 금융거래내역 등 어떠한 자금흐름에 대한 증빙도 제출하지 못하였으므로 해당 금액을 쟁점법인에 투입한 청구인 개인자금의 회수로 인정하기 어렵다. 이와 같이 과세처분에 대한 다툼이 있는 경우, 처분청이 과세요건 사실의 존재를 주장하는 때에는 그 입증책임이 처분청에 있지만, 청구인이 소득이 없거나 과세대상이 아니라는 등 과세요건 사실의 전부 또는 일부가 존재하지 않음을 주장하는 경우에는 그 주장 사실에 대한 입증책임은 청구인에게 있다. (3) 청구인이 제출한 약정서 및 계약서와 사업권 양수도 계약서에 따르면 청구인은 쟁점개발사업권을 양도하고 대표이사직을 사임하며 향후 사업에 일체 간섭하지 않기로 명시되어 있다. 따라서, 「소득세법」 제21조(기타소득) 제1항 제7호에서 “광업권ㆍ어업권ㆍ산업재산권ㆍ산업정보, 산업상 비밀, 상표권ㆍ영업권(대통령령으로 정하는 점포 임차권을 포함한다), 토사석(土砂石)의 채취 허가에 따른 권리, 지하수의 개발ㆍ이용권, 그밖에 이와 유사한 자산이나 권리를 양도하거나 대여하고 그 대가로 받는 금품”을 규정하고 있는바, 쟁점금액(OOO원)은 「소득세법」 제21조(기타소득) 제1항 제7호에 따른 기타소득에 해당하므로 처분청이 쟁점금액을 청구인의 수입금액에 포함하여 종합소득세를 부과한 이 건 처분은 적법하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점금액을 영업권의 양도대가로 보아 청구인에게 종합소득세를 부과한 처분의 당부 나. 관련 법령 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구주장을 정리하면, 청구인은 쟁점약정서에 따라 받은 OOO원은 쟁점개발사업의 사업권 양도에 대한 대가가 아니라, 청구인이 쟁점법인 대신 지급한 쟁점개발사업 부지의 매매계약금(OOO원)과 쟁점법인 주식 양도대금(OOO원) 및 c(OOO원, 과세전적부심사에서 청구인 주장 인용으로 일부채택된 금액)을 지급받은 것이므로 이 건 과세처분은 잘못된 것이라고 주장한다. (2) 과세전적부심사 결정서에 따르면 다음과 같은 내용이 확인된다. (가) 국세청 전산시스템에서 확인되는 쟁점법인의 사업자등록에 관한 사항은 다음과 같다. 1) 쟁점법인은 서울특별시 강남구 OOO동을 사업장 소재지로 하고 주업태를 부동산업, 주종목을 부동산개발 및 분양업으로 하여 2018.3.26. 사업자등록을 한 것으로 나타나고, 쟁점법인의 자본금은 OOO원이고 청구인이 지분 100%를 단독으로 보유한 것으로 나타나며, 사업장의 임대차 계약서를 살펴보면 계약기간은 2018.3.10.부터 2020.3.9.까지로 보증금 OOO원, 월차임 OOO원으로 하고 임차인은 쟁점법인으로 나타난다. 2) 쟁점법인의 등기사항전부증명서에 기재된 임원에 관한 사항을 살펴보면 아래와 같이, 대표이사는 청구인으로 되어있으나, 현재 대표자인 a와 쟁점개발사업 부지의 양도인인 b과 d은 사내이사로 확인된다. <쟁점법인 등기사항전부증명서(사업자등록 제출서류) 발췌> OOO 3) 2019.4.17. 사업자등록 정정신고서가 제출되었고, 제출된 쟁점법인 등기사항전부증명서의 임원에 관한 사항을 살펴보면 아래와 같이 대표이사가 청구인에서 f으로 변경되었고, 사내이사도 변경된 것으로 나타난다. <쟁점법인 등기사항전부증명서(대표자 변경ㆍ정정신고 제출서류) 발췌> OOO (나) 국세청 전산시스템에서 확인되는 쟁점법인 주식 양도에 관한 사항은 다음과 같다. 1) 쟁점법인의 2019 사업연도 법인세 신고서 상에 주식등변동상황명세서 제출내역이 확인되지 않고, 2024.6.27. 2019～2021사업연도 주식등변동상황명세서가 제출된 것으로 확인되는데, 2019사업연도의 주식등변동상황명세서 내역을 살펴보면 아래와 같이 청구인이 보유한 쟁점법인 지분(100%)이 e(a의 자녀) 및 새로 취임한 대표이사 f에게 각각 50%씩 양도를 원인으로 이전된 것으로 나타난다. <쟁점법인의 2019 사업연도 주식등변동상황명세서> OOO 2) 청구인은 쟁점주식 양도에 대해 양도소득세를 무신고하였고, 2019.8.2. 신고한 증권거래세 신고 시 제출된 주권 또는 지분의 양도거래명세서를 살펴보면 아래와 같이 법인세 신고 시 제출된 주식등변동상황명세서와는 달리 쟁점법인의 지분을 g 45%, f 5%, e 50%씩 보유한 것으로 나타난다. <증권거래세신고서 발췌> OOO (3) 쟁점법인의 사업양수도와 관련된 서류들을 살펴보면 다음과 같다. (가) 청구인은 쟁점법인의 주식양수도 계약서를 아래와 같이 제출하였는데, 위에서 살펴본 증권거래세 신고서 상의 주권거래 내역과 동일하게 2019년 4월 청구인인 보유한 쟁점법인 지분(100%)을 e에게 OOO원에 지분 50%를 , f에게 OOO원에 지분 5%를, g에게 OOO원에 지분 45%를 각각 양도한 것으로 나타난다. OOO (나) 청구인이 a와 2019.4.10. 작성한 쟁점약정서는 아래 와 같고, 이에 청구인은 a에게 쟁점개발사업 사업권, 쟁점법인의 주식 및 대표이사직의 대가로 OOO원을 지급받는 것에 대한 내용이 확인된다. OOO (다) 청구인이 쟁점법인의 대표이사 f과 2019.4.11. 작성한 사업권 양수도 계약서는 아래와 같다. OOO (라) 청구인이 제출한 이체내역서에 따르면, 2019.4.25. 쟁점법인의 국민은행 계좌에서 청구인의 하나은행 계좌로 아래와 같이, 쟁점약정서에 따라 a로부터 받아야 하는 금액이라고 주장하는 OOO원이 이체된 것으로 나타난다. OOO (마) 쟁점약정서에 따라 청구인이 a와 2019.5.2. 작성한 쟁점개발사업의 사업권 양도에 대한 계약서는 아래와 같이, 사업권 양도대금이 현금 및 대물(상가 및 주택) OOO원으로 나타난다. OOO (바) 청구인, a, 쟁점법인 대표이사 f(연대보증인1) 및 B 주식회사 사내이사 g(연대보증인2) 등 4인을 촉탁인으로 하여 2019.5.7. 작성한 “약속어음공정증서”를 살펴보면 아래와 같이, 발행인인 쟁점법인이 청구인에게 2021.5.10. 까지 OOO원을 지급하겠다는 약속어음이 포함되어 있고, 공정증서에는 본 약속어음 미집행시 강제집행을 인낙하는 등의 내용이 나타난다. OOO (사) 청구인이 제출한 쟁점법인 현 대표인 a가 2025.5.12. 작성한 확인서 내용은 아래와 같다. OOO (4) 쟁점개발사업 부지를 매입하면서 청구인의 개인자금 OOO원을 계약금으로 지급하였다는 청구주장과 관련하여 제출된 자료는 다음과 같다. (가) 과세전적부심사 결정서에 포함된 쟁점법인의 쟁점개발사업 부지매입과 관련하여, b이 양도소득세를 신고하면서 첨부한 부동산계약서는 아래와 같다. OOO (나) 청구인은 쟁점개발사업 부지의 매매계약금 영수증을 아래와 같이 제출하였다. OOO (다) 청구인은 쟁점개발사업 부지 계약금 OOO원을 청구인 개인자금으로 지출한 사실을 확인하는 양도인 b(현재 미국거주 중)의 확인서를 아래와 같이 심리자료로 제출하였다(영문확인서도 함께 제출함). OOO (5) 청구인은 과세전적부심사청구에서 쟁점약정서에 따른 쟁점개발사업 사업권 양도대금 OOO원 중 OOO원이 청구인이 쟁점법인에 대표이사 c으로 투입하였던 금액을 회수한 것이라고 주장하며, 2018년 3월부터 2019년 4월까지의 쟁점법인의 운영비 입출금 내역과 쟁점법인 계좌에 청구인이 입금한 계좌거래내역을 제출하였고, 이 계좌거래내역에 따라 위 OOO원이 청구인으로부터 쟁점법인에 입금된 사실을 확인하여 동 금액을 당초 쟁점약정서에 기재된 OOO원이었던 기타소득의 수입금액에서 제외하는 내용으로, 처분청은 이에 대하여 일부채택하는 과세전적부심사 결정을 하였다. (6) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점약정서에 따라 지급받은 쟁점금액에는 청구인이 양도한 쟁점법인 주식의 양도대가(OOO원)와 청구인이 쟁점법인 대신 지급한 쟁점개발사업 지구 내 부동산에 대한 매매계약금 OOO원이 포함되어 있으므로, 이 건 과세처분은 위법하다고 주장하나, 쟁점법인 주식의 양도와 관련하여 비록 쟁점약정서에 따라 청구인은 a가 지정하는 자에게 자신이 보유한 쟁점법인 주식을 양도해야 하나, 해당 양도대금과 관련하여 쟁점약정서 어디에도 쟁점법인 주식의 양도대금을 특정하지 않았고, 오히려 청구인은 쟁점법인 주식을 양수한 e, f 및 h와 주식양수도계약서를 작성하였고 이에 따라 쟁점법인 주식을 e, f 및 h에게 양도하여 쟁점약정서에 따른 쟁점금액을 쟁점법인 주식의 양도대금으로 보기 어려운 점, b에게 지급한 계약금 OOO원의 경우, b의 확인서 및 영수증 외에 청구인이 b에게 계약금 OOO원을 지급하였다는 것을 입증할 자료가 없고, b으로부터 쟁점개발사업 부지를 취득한 자는 청구인이 아닌 쟁점법인에 해당하여 청구인이 계약금을 지급하였다고 보기 어려운 측면이 있는 점 등에 비추어 청구인에게 종합소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2026. 6. 2. <별지> 관련 법령 (1) 소득세법 제21조(기타소득) ① 기타소득은 이자소득ㆍ배당소득ㆍ사업소득ㆍ근로소득ㆍ연금소득ㆍ퇴직소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다. 7. 광업권ㆍ어업권ㆍ양식업권ㆍ산업재산권ㆍ산업정보, 산업상 비밀, 상표권ㆍ영업권(대통령령으로 정하는 점포 임차권을 포함한다), 토사석(土砂石)의 채취허가에 따른 권리, 지하수의 개발ㆍ이용권, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리를 양도하거나 대여하고 그 대가로 받는 금품 제24조(총수입금액의 계산) ① 거주자의 각 소득에 대한 총수입금액(총급여액과 총연금액을 포함한다. 이하 같다)은 해당 과세기간에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액으로 한다. ② 제1항의 경우 금전 외의 것을 수입할 때에는 그 수입금액을 그 거래 당시의 가액에 의하여 계산한다. ③ 총수입금액을 계산할 때 수입하였거나 수입할 금액의 범위와 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제160조의2(경비 등의 지출증명 수취 및 보관) ① 거주자 또는 제121조 제2항 및 제5항에 따른 비거주자가 사업소득금액 또는 기타소득금액을 계산할 때 제27조 또는 제37조에 따라 필요경비를 계산하려는 경우에는 그 비용의 지출에 대한 증명서류를 받아 이를 확정신고기간 종료일부터 5년간 보관하여야 한다. 다만, 각 과세기간의 개시일 5년 전에 발생한 결손금을 공제받은 자는 해당 결손금이 발생한 과세기간의 증명서류를 공제받은 과세기간의 다음다음 연도 5월 31일까지 보관하여야 한다. ② 제1항의 경우 사업소득이 있는 자가 사업과 관련하여 사업자(법인을 포함한다)로부터 재화 또는 용역을 공급받고 그 대가를 지출하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 증명서류를 받아야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 제163조 및 「법인세법」 제121조에 따른 계산서 2. 「부가가치세법」 제32조에 따른 세금계산서 3. 「여신전문금융업법」에 따른 신용카드매출전표(신용카드와 유사한 것으로서 대통령령으로 정하는 것을 사용하여 거래하는 경우 그 증명서류를 포함한다) 4. 제162조의3 제1항에 따라 현금영수증가맹점으로 가입한 사업자가 재화나 용역을 공급하고 그 대금을 현금으로 받은 경우 그 재화나 용역을 공급받는 자에게 현금영수증 발급장치에 의하여 발급하는 것으로서 거래일시ㆍ금액 등 결제내역이 기재된 영수증(이하 “현금영수증”이라 한다) ③ 제2항을 적용할 때 사업자가 다음 각 호에 해당하는 경우에는 같은 항에 따른 증명서류의 수취ㆍ보관의무를 이행한 것으로 본다. 1. 제2항 제1호의 계산서를 발급받지 못하여 제163조의3에 따른 매입자발행계산서를 발행하여 보관한 경우 2. 제2항 제2호의 세금계산서를 발급받지 못하여 「부가가치세법」 제34조의2 제2항에 따른 매입자발행세금계산서를 발행하여 보관한 경우 ④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 비용 지출에 대한 증명서류의 수취ㆍ보관에 관한 사항과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령 제50조(기타소득 등의 수입시기) ①기타소득의 수입시기는 다음 각 호에 따른 날로 한다. 1. 법 제21조 제1항 제7호에 따른 기타소득(자산 또는 권리를 대여한 경우의 기타소득은 제외한다) 그 대금을 청산한 날, 자산을 인도한 날 또는 사용ㆍ수익일 중 빠른 날. 다만, 대금을 청산하기 전에 자산을 인도 또는 사용ㆍ수익하였으나 대금이 확정되지 아니한 경우에는 그 대금 지급일로 한다. 4. 그 밖의 기타소득 그 지급을 받은 날 제87조(기타소득의 필요경비계산) 법 제37조 제2항 제2호에서 “광업권의 양도대가로 받는 금품의 필요경비 계산 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나를 말한다. 1의2. 법 제21조 제1항 제7호ㆍ제8호의2ㆍ제9호ㆍ제15호 및 제19호의 기타소득에 대해서는 거주자가 받은 금액의 100분의 60에 상당하는 금액을 필요경비로 한다. 다만, 실제 소요된 필요경비가 거주자가 받은 금액의 100분의 60에 상당하는 금액을 초과하면 그 초과하는 금액도 필요경비에 산입한다.