청구법인은 2016사업연도 법인세 신고시 세무조정 오류를 범하여 2016사업연도 법인세 과세표준을 과다하게 신고하였는바, 이에 대한 경정청구의 기산일은 2016사업연도 법인세 법정신고기한임

이유 1. 처분개요 가. 청구법인은 1954.4.1. 설립되어 산업개발 육성, 사회기반시설의 확충, 지역개발, 금융시장 안정 및 그 밖에 지속가능한 성장 촉진 등에 필요한 자금을 공급ㆍ관리하는 업무를 수행하고 있는 법인으로, OOO 출자금 OOO원(이하 “유가증권①”이라 한다), OOO 출자금 OOO원(이하 “유가증권②”라 한다) 및 OOO 출자금 OOO원(이하 “쟁점유가증권”이라 하고, 유가증권①ㆍ②와 합하여 “유가증권들”이라 한다)을 보유하였다. 나. 청구법인은 2019사업연도에 유가증권들의 발행법인이 각 청산하였으므로, 유가증권①ㆍ② 및 쟁점유가증권의 2019사업연도 유보잔액 각 OOO원, OOO원, OOO원을 2019사업연도에 추인(손금산입)하여 청구법인의 2019사업연도 결손금 총 OOO원을 증액해달라는 취지로 2025.3.14. 처분청에 경정청구를 하였고, 처분청은 2025.8.26. 유가증권①ㆍ②의 유보잔액 각 OOO원, OOO원의 추인(손금산입)은 인용 결정하였으나, 쟁점유가증권의 유보잔액 OOO원에 대해서는 청구법인이 2016사업연도에 세무조정 오류로 쟁점유가증권에 대하여 과다 익금산입한 부분을 확인하고, 이에 대한 경정청구 기산일을 2016사업연도 법인세 신고기한의 다음날(2017.4.1.)로 보아, 경정청구기간이 도과하였다는 이유로 경정청구를 거부하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.11.20. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 이 건 경위는 다음과 같다. (가) 청구법인은 OOO 투자조합(이하 “쟁점PEF”라 한다)이 설립된 2014사업연도부터 출자금 총 OOO원 납입하여 유의적인 영향력을 보유하게 되었고, 해당 출자금에 대하여 한국채택국제회계기준(K-IFRS) 제1028에 따라 지분법 회계처리를 적용하여 왔다. 청구법인은 2016사업연도에 쟁점PEF로부터 OOO원의 출자금 원본을 반환받는 동시에 OOO원의 이익배당금을 수령하면서, 회계상 원본 배당액(OOO원)은 지분법주식 장부가액을 감액하고, 이익 배당액(OOO원)은 수익으로 인식했어야 하나, 아래 <표>와 같이 지분법주식 장부가액을 OOO원 감액하고, OOO원을 수익으로 인식하였다. 또한, 지분법 회계처리에 대한 회계와 세무상 차이는 없으므로, 청구법인은 세무조정을 통해 과소 인식한 수익(OOO원 = OOO원 - OOO원)만 익금산입했어야 하나, OOO원을 익금 산입하였다. 이후 청구법인은 2019사업연도에 쟁점PEF가 청산하면서 잔여 출자금 원본 OOO원을 반환받았고, 원본 배당은 투자자산 장부가액의 감소에 해당함에도, 청구법인은 이를 회계상 이익배당(배당금수익)으로 회계처리였으므로, 청구법인은 OOO원을 익금불산입하는 세무조정을 하였다. 그 결과, 2019사업연도의 유보잔액은 OOO원이 되었다. <표> 쟁점법인의 지분법 회계처리 및 관련 세무조정 (단위 : 백만원) OOO (나) 쟁점PEF는 2019사업연도에 청산하여 청구법인은 더 이상 쟁점유가증권을 보유하고 있지 않게 되었으므로, 청구법인은 2019사업연도에 유보잔액 OOO원을 전액 추인(손금산입)하였어야 하나, 이를 누락하였고, 그 결과 2019사업연도 법인세 결손금이 과소 계상되었다. (2) 유가증권의 유보잔액은 해당 유가증권이 매각되거나 해당 PEF가 청산되어 실제 양도 손익이 실현되는 사업연도의 손금으로 추인되어야 하므로, 쟁점유가증권의 유보잔액은 쟁점PEF의 청산일이 속하는 2019사업연도의 손금으로 추인되어야 한다. (가) 쟁점PEF는 2014.10.22. 설립되어 약 5년 3개월의 기간 동안 투자자산을 운용하다가, 2019.12.24. 해산 및 청산되면서 업무집행조합원에 대한 성과보수를 확정하고 잔여재산 분배를 완료하였다. 처분청은 경정청구 거부사유를 “법인이 보유하고 있는 유가증권의 평가손실(유보 처분)은 주식 발행법인이 해산하여 잔여재산의 분배가 완료되어 분배할 잔여재산이 없는 것으로 확정될 때에는 손금에 산입할 수 있다(법인세과-OOO, 2011.4.7, 국제세원-OOO, 2010.5.26, 법인세과-OOO, 2008.8.13, 서울행정법원 2013.12.12. 선고 OOO 판결)”고 회신하였는데, 처분청이 회신한 유권해석 등을 청구법인의 사례에 적용하면 쟁점PEF가 해산하여 투자금 잔여재산의 분배가 완료되어 분배할 잔여재산이 없는 것으로 확정되는 시점은 2019.12.24.이므로, 쟁점유가증권의 유보잔액은 2019사업연도의 손금으로 산입되어야 한다. 또한, 「법인세법」상 잔여재산가액 확정일이란 해산등기일 현재의 잔여재산을 그대로 분배하는 경우에는 그 분배를 완료한 날을 의미하므로(법인세법 제84조 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제124조 제3항 제2호), 해당 조항에 비추어 보더라도 쟁점PEF의 잔여재산가액 확정일은 해산일 현재의 잔여재산을 그대로 분배한 2019.12.24.로 보아야 한다. (나) 유가증권의 세무상 적정 양도차익 계산을 위해서 유가증권 관련 세무상 유보잔액은 유가증권이 매각 또는 청산되어 관련 손익이 실현되는 사업연도에 손금으로 추인되어야 한다. 쟁점유가증권의 유보잔액은 장부가액 산정에 관한 회계처리와 세법의 불일치 사항에 대해 발생한 일시적 유보금액으로서, 해당 차이는 쟁점유가증권이 매각 또는 청산되어 실제 세무상 양도손익이 실현되는 시점에 해소되어야 한다. 쟁점유가증권은 쟁점PEF에 대한 투자 지분을 나타내는 수익증권으로, 2019사업연도에 쟁점PEF가 청산됨에 따라 청구법인은 더 이상 쟁점유가증권을 보유하지 않게 되었으므로, 동 사업연도를 귀속시기로 하여 쟁점유가증권에 대한 유보잔액을 추인하여야만 이를 전제로 올바른 세무상 적정 양도차익이 계산될 수 있다. 2019사업연도는 쟁점유가증권과 관련된 모든 세무상 유보를 정리하여야 할 최종 귀속시기에 해당하고, 이 시점에도 유보잔액이 잔존한다면 실체가 소멸한 자산에 대한 과세 효과를 계속 유지하는 것과 다름이 없어, 실질과세 원칙 및 조세 평등에 위배될 소지가 있다. 따라서, 2019사업연도를 귀속시기로 하여 쟁점유가증권의 유보잔액을 전액 추인하고, 이를 기준으로 올바른 세무상 장부가액을 손금으로 처리함으로써, 적정한 양도차익을 재계산하는 것이 조세평등과 유보 제도의 입법 취지에 부합하는 합리적인 과세라 할 것이다. 나. 처분청 의견 청구법인은 세무조정 오류가 발생한 2016사업연도 법인세 법정신고기한(2017.3.31.)이 지난 후 5년 이내에 경정청구를 하였어야 하나, 경정청구기한이 지난 2025.3.14.에 이르러서야 경정청구를 제기하였기에, 처분청은 이를 거부한 것이다. (1) 청구법인의 세무조정 오류가 없었다고 가정하면, 쟁점유가증권 유보금액의 추인시기는 쟁점PEF의 청산시점인 2019사업연도라는 점에 대해서는 이견이 없다. (2) 그러나, 2016사업연도에 청구법인의 세무조정 오류가 있었는바, 세무조정 오류는 오류가 발생한 2016사업연도를 대상으로 법인세 경정청구를 하여 바로잡아야 하는 것이다. (가) 법인세 신고가 완료된 후에는 해당 사업연도의 재무제표는 확정되므로 회계상 오류가 있더라도 재무제표를 수정할 수는 없고, 세법상 절차로만 바로잡을 수 있다. 즉, 전기오류수정을 통해 기초 이익잉여금을 조정함으로써, 전기 재무제표에 포함된 오류를 발견했을 때 이를 소급하여 바로잡는 회계처리를 한 후, 오류가 발생한 사업연도를 대상으로 법인세 경정청구를 하여야 한다. 따라서, 쟁점유가증권에 관한 세무조정 오류는 여타 경정청구와 마찬가지로 수정 대상 오류가 발생한 시점인 2016사업연도를 대상으로 법인세 경정청구를 하여 바로잡아야만 한다. (나) 「법인세법」 제19조에 따르면, 손금은 법에서 규정하는 것을 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용으로 정의하고 있으며, 유보 환입은 「법인세법」에서 정한 손금 사유가 아니다. 따라서, 유보 환입은 손금이 아니라, 세무조정의 관리 결과일 뿐이며, 유보는 익금 또는 손금 조정이 완료된 금액을 장래 특정 사유가 발생하면 그때 반대 방향 조정을 하기 위해 관리하는 세무상 개념으로 자동으로 반드시 추인되는 계정은 아니다. (다) 쟁점유가증권의 유보잔액은 과세이연의 실질이 존재하지 않는 금액이므로, 추인대상 유보잔액으로 볼 수 없다. 청구법인이 2016사업연도에 과다 익금산입한 세무조정은 단순세무조정 오류로 과다 익금산입한 부분으로, 회계상 동 금액을 배당금수입으로 계상하여 이미 과세가 현실화되었는데, 중복하여 익금산입의 세무조정을 하여, 과세 초과 및 유보잔액을 증가시킨 부분이다. 그러므로, 과다 익금산입된 동 금액은 과세이연의 실질이 존재하지 않는 금액이므로, 추인 대상 유보잔액으로 볼 수 없다. (라) 당초 계상해야 하는 유보금액이 없음에도 오류로 익금산입(유보) 처리한 세무조정 오류를 수정하기 위한 수단으로 오류발생일로부터 기산한 제척기간 이내에 경정청구를 하지 않고, 파산시점에 파산절차로서 손금산입을 하고자 하는 것은 신속한 법률관계의 확정을 도모하고자 하는 제척기간의 제도적 취지에 반하는 것으로, 경정청구가 비록 납세자의 본질적 권리구제수단이라 할지라도 납세의무 확정의 법리 등과 잘 조화되어야 하는 것으로서 경정청구를 통해 바로잡고자 하는 그 법률행위의 법정신고기한에 기산한다는 제약을 준수해야 하는 것이나, 이러한 요건을 갖추지 못하였음에도 부당하게 권리구제를 도모하는 것은 조세법이 보장하고자 하는 납세자에게 보장된 권리구제수단 활용의 한계를 일탈한 것이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 2016사업연도 세무조정 오류로 인한 쟁점유가증권의 유보잔액을 2019사업연도 손금으로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실들이 확인된다. (가) 청구법인은 2025.3.14. 처분청에 유가증권들의 유보잔액 총 OOO원을 2019사업연도에 추인(손금산입)하여, 동 금액만큼 청구법인의 2019사업연도 결손금을 증액해달라는 취지로 2025.3.14. 처분청에 경정청구를 하였고, 처분청은 2025.8.26. 유가증권①ㆍ②의 유보잔액 합계 OOO원의 추인(손금산입)은 인용 결정하였으나, 쟁점유가증권의 유보잔액(OOO원)의 추인에 대해서는 경정청구를 거부하였다. (나) 쟁점PEF의 청산보고서에 따르면, 쟁점PEF는 펀드존속기간을 2014.10.22.∼2020.10.21.로 하여 2019.12.24. 청산결의를 한 것으로 확인된다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점유가증권에 관한 유보잔액은 쟁점PEF의 청산일이 속하는 2019사업연도의 손금으로 추인되어야 한다고 주장하나, 「국세기본법」 제45조의2 제1항 제1호는 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다고 규정하고 있는바, 청구법인은 2016사업연도 법인세 신고 시 쟁점유가증권에 대한 세무조정 오류를 범하여 2016사업연도 법인세 과세표준을 과다하게 신고하였는바, 이에 대한 경정청구는 법정신고기한(2017.3.31.)으로부터 5년이 지나 「국세기본법」제45조의2 제1항 규정에 의한 경정청구기한이 이미 도과한 점, 청구법인이 주장하는 사유는 「국세기본법」 제45조의2 제2항에서 규정하고 있는 후발적 경정청구사유에 해당한다고 보기도 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 청구법인의 경정청구에 대하여 경정청구기간이 도과한 것으로 보아 이를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2026. 6. 1. <별지> 관련 법령 (1) 국세기본법 제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 3개월 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다. 1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액, 세액공제액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액, 세액공제액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액, 세액공제액 또는 환급세액에 미치지 못할 때 ② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다. 1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때 2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때 3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때 4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 된 과세표준 및 세액과 연동된 다른 세목(같은 과세기간으로 한정한다)이나 연동된 다른 과세기간(같은 세목으로 한정한다)의 과세표준 또는 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 또는 세액을 초과할 때 5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때 (2) 국세기본법 시행령 제25조의2(후발적 사유) 법 제45조의2 제2항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우 2. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우 3. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우 4. 제1호부터 제3호까지의 규정과 유사한 사유에 해당하는 경우 (3) 법인세법 제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]의 금액으로 한다. ② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 제79조(해산에 의한 청산소득 금액의 계산) ① 내국법인이 해산(합병이나 분할에 의한 해산은 제외한다)한 경우 그 청산소득(이하 “해산에 의한 청산소득”이라 한다)의 금액은 그 법인의 해산에 의한 잔여재산의 가액에서 해산등기일 현재의 자본금 또는 출자금과 잉여금의 합계액(이하 “자기자본의 총액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. ② 해산으로 인하여 청산 중인 내국법인이 그 해산에 의한 잔여재산의 일부를 주주등에게 분배한 후 「상법」 제229조, 제285조, 제287조의40, 제519조 또는 제610조에 따라 사업을 계속하는 경우에는 그 해산등기일부터 계속등기일까지의 사이에 분배한 잔여재산의 분배액의 총합계액에서 해산등기일 현재의 자기자본의 총액을 공제한 금액을 그 법인의 해산에 의한 청산소득의 금액으로 한다. 제84조(확정신고) ① 청산소득에 대한 법인세의 납부의무가 있는 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 다음 각 호의 기한까지 청산소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 1. 제79조 제1항에 해당하는 경우 : 대통령령으로 정하는 잔여재산가액확정일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내 2. 제79조 제2항에 해당하는 경우 : 계속등기일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내 (4) 법인세법 시행령 제19조(손비의 범위) 법 제19조 제1항에 따른 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다. 2. 양도한 자산의 양도당시의 장부가액 제124조(확정신고) ③ 법 제84조 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 잔여재산가액확정일”이란 다음 각호의 날을 말한다. 1. 해산등기일 현재의 잔여재산의 추심 또는 환가처분을 완료한 날 2. 해산등기일 현재의 잔여재산을 그대로 분배하는 경우에는 그 분배를 완료한 날