가공비용을 계상한 경우 특별한 사정이 없는 한 가공비용 상당은 사외로 유출된 것으로 보아야 하는 것이고 쟁점금액 반환시 쟁점법인의 순자산이 증가한 것으로 보기 어려워 유보된 것으로 볼 수 없는바, 쟁점금액을 청구인의 상여로 합산하여 종합소득세를 부과한 처분은 잘못이 없음

이유 1. 처분개요 가. 청구인이 대표로 있는 주식회사 A(이하 “쟁점법인”이라 한다)는 2017.5.23. 고형화 연료 제조업 등을 목적으로 설립된 법인으로, 2019년 제2기 및 2020년 제1기 부가가치세 과세기간 중에 아래 <표1>과 같이 ‘B’(이하 “이 건 매입처”라 한다)로부터 공급가액 합계 OOO원 상당의 세금계산서(4매, 이하 관련 거래를 “쟁점거래”라 한다)를 수취하였다. <표1> 쟁점법인의 세금계산서 수취 내역 OOO 나. 구미세무서장은 이 건 매입처에 대한 부가가치세 세무조사를 실시한 결과, 2019.9.17.자 세금계산서의 실제 공급가액을 OOO원으로 보아, OOO원이 과다발급되었다는 내용의 과세자료를 쟁점법인의 관할인 나주세무서장에게 통보하였다. 다. 이에 따라 나주세무서장은 2025년 3월경 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 가공매입액으로 보아 관련 매입세액을 불공제하여, 쟁점법인에게 2019년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정ㆍ고지하는 한편, 이를 대표자(청구인) 상여로 소득처분하고 소득금액변동통지를 하였다. 라. 처분청은 청구인이 종합소득세 신고를 이행하지 아니하자, 쟁점금액 상당액을 청구인의 종합소득금액(상여)에 가산하여 2025.5.19. 청구인에게 2019년 귀속 종합소득세 OOO원을 결정ㆍ고지하였다. 마. 청구인은 이에 불복하여 2025.8.8. 이의신청을 거쳐 2025.12.26. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 이 건 자금흐름을 보면, 거래대금이 순환지급된 경우로, 법인 자금이 사외유출된 경우에 해당하지 아니한다. (가) 쟁점법인은 금융기관으로부터 공사자금 대출을 용이하게 받기 위하여 공사대금을 과다계상한 것일 뿐, 조세회피의 목적이나 법인 자금을 유출할 목적이 없었다. (나) 쟁점법인은 이 건 매입처에 합계 OOO원(2019.8.26. OOO원, 2019.10.4. OOO원)을 지급하였다가, 2019.10.4. OOO원을 반환받았으나, 같은 날 이 건 매입처에 OOO원을 재입금하였고, 그 후 2019.11.25. 및 2019.11.26. 이 건 매입처에 OOO원을 지급하였으므로 법인 자금이 사외유출되거나 그 귀속이 불분명한 경우에 해당하지 아니한다. (2) 처분청은 쟁점법인의 회계처리 내용을 문제삼고 있으나, 이는 회계처리 오류에 불과하고, 실제 자금흐름을 고려하지 않은 것이어서 타당하지 아니하다. (가) 쟁점법인은 2019.10.4. 이 건 매입처에 OOO원(OOO원×2회)을 지급하였고, 현금출납장에서 차감처리하였으나, 실제 자금흐름을 보면 쟁점법인과 이 건 매입처 간 순환지급한 사실이 확인된다. (나) 현금출납장의 현금감소는 회계처리 오류로, 입금(보통예금)을 먼저 처리하고 출금(현금출납장)을 지연처리한 것이다. 나. 처분청 의견 (1) 쟁점법인이 가공매입액을 지급할 당시 이는 사외유출된 것으로 보아야 한다. (2) 쟁점법인은 2019년 제2기 중에 이 건 매입처에 거래대금을 지급하는 과정에서, 2019.10.4. 청구인으로부터 OOO원을 입금받아 이를 이 건 매입처에 지급하였는데, 아래 <표2>, <표3>과 같이 관련 회계처리의 내용을 보면, 쟁점법인의 현금이 보통예금으로 대체처리(현금출납장 감소, 보통예금 증가)되었는바, 이는 쟁점법인의 현금자산이 청구인에게 불상의 이유로 유출되었다가, 다시 쟁점법인의 계좌에 반입된 것으로, 쟁점법인의 자산이 증가하였다고 볼 수 없고, 이와 같이 쟁점법인의 현금이 감소된 사실이 명백하므로 가공매입액을 지급할 당시 쟁점금액은 사외유출된 것이다. <표2> 현금출납장 내용(쟁점법인) OOO <표3> 보통예금 계정별 원장(쟁점법인) OOO 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 인정상여금액인 쟁점금액을 청구인의 소득금액에 합산하여 청구인에게 종합소득세를 부과한 처분의 당부 나. 관련 법령 (1) 법인세법 제67조(소득처분) 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다. 1. 제60조에 따른 신고 2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정 3. 「국세기본법」 제45조에 따른 수정신고 (2) 법인세법 시행령 제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다. 1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다. 가. 귀속자가 주주등(임원 또는 직원인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당 나. 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여 다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」 제120조에 따른 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다. 라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득 2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 쟁점법인은 2019.8.16. 이 건 매입처와 사이에 위 <표1>과 같은 내역의 총 계약금액 OOO원 상당의 ‘설비기계 제작공급 구매 계약서’를 체결하였고, 처분청은 OOO원(쟁점금액)을 가공금액으로 보아 세무조정 및 소득처분을 한 것으로 확인된다. (나) 이 건 거래와 관련한 자금흐름은 아래 <표4>와 같은바, 쟁점법인은 2019.8.26.부터 2019.12.5.까지 이 건 매입처에 합계 OOO원(2020년 제1기 거래 관련 선급금 OOO원이 포함된 것으로 보임)을 지급하였고, 이 건 매입처는 2019.10.4. a, b을 통해 합계 OOO원을 반환한 것으로 나타나며, 청구인은 이 건 매입처가 반환한 합계 OOO원이 청구인 및 쟁점법인을 거쳐 다시 이 건 매입처에 재송금되었으므로 쟁점금액이 사외유출되거나 그 귀속이 불분명한 경우에 해당하지 않는다고 주장한다. <표4> 주요 금융거래 흐름 OOO (다) 거래대금(OOO원) 지급 시 회계처리의 내용은 아래 <표5>와 같은바, 보통예금으로 지급하고 외상매입금을 차감한 것으로 나타난다. <표5> 매입대금 지급 관련 회계처리 내용(쟁점법인) OOO (라) 쟁점법인이 2019.10.4. 등 청구인으로부터 합계 OOO원을 입금받은 거래의 회계처리(계정별원장, 현금출납장) 내용을 정리하면 아래 <표6>과 같은바, 청구인에게 합계 OOO원의 현금이 출금되었고, 다시 보통예금 계정으로 입금처리되었으며, 2019.11.26.의 경우 단기차입금 OOO원이 계상된 것으로 확인된다. <표6> 입금거래 관련 회계처리 내용(쟁점법인) OOO (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점법인의 자금이 순환지급된 것일 뿐, 쟁점금액이 사외유출된 것으로 볼 수 없다고 주장하나, 쟁점법인과 이 건 매입처 간의 2019년 제2기 거래대금 OOO원 중 OOO원(쟁점금액) 상당이 이 건 매입처로부터 반환되어 가공금액에 해당하는 것으로 보이고, 법인이 가공비용을 계상한 경우 특별한 사정이 없는 한 그 가공비용 상당은 사외로 유출된 것으로 보아야 하는 점(대법원 1999.12.24. 선고 98두16347 판결), 가공금액에 해당하는 쟁점금액이 사외유출되지 않은 것으로 보려면 쟁점거래의 결과 쟁점금액 상당액이 사내에 유보되어 있는 것으로 볼 수 있어야 하나, 쟁점금액이 반환된 때의 회계처리의 내용을 보면 쟁점법인의 순자산이 증가하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 인정상여금액인 쟁점금액을 청구인의 소득금액에 합산하여 청구인에게 종합소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2026. 6. 1.