이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2003.10.31. 서울특별시 ○○ 구 ○○ 동 779-8번지 외 5필지의 토지 2,175.9㎡ 및 건축물 992.06㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 청구 외 ○○○ 외 1인( ○○○ )으로부터 취득한 후, 같은 날 취득가액 13,500,000,000원을 과세표준으로 하고 지방세법 제112조 제1항 및 같은 법 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 270,000,000원, 농어촌특별세 27,000,000원, 등록세 405,000,000원, 지방교육세 81,000,000원 합계 783,000,000원을 신고하고 등록세 등은 2003.10.31.에 취득세 등은 2003.12.1.에 각각 납부하자 이를 수납하여 징수결정 하였으나, 이 사건 부동산의 일부에 기부채납을 조건으로 취득한 토지 508.50㎡(이하 ‘이 사건 쟁점 토지’라 한다)가 포함되어 있어 이 부분에 대하여 취득세 등이 비과세 대상에 해당한다는 사유로 2006.11.20. 취득세 등의 환급신청을 한데 대하여, 처분청에서는 이 사건 쟁점 토지를 청구인이 아닌 당초 건축허가자가 기부채납을 하기로 결정한 후에 취득한 토지이므로 지방세법 제106조 및 제126조의 규정에 의한 기부채납을 조건으로 취득한 토지로 볼 수 없으므로 취득세 등이 비과세대상에 해당하지 아니한다고 보아 2007.1.15. 환부불가 통지를 하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이 사건 쟁점 토지를 매도자인 청구 외 ○○○ 외 1인으로부터 이미 기부채납을 약속하여 지방자치단체에 귀속될 것임을 공증하여 명백히 확정된 후에 취득한 것이므로 지방세법 제106조 및 제126조의 규정에 의한 기부채납을 조건으로 취득한 토지에 해당하여 취득세 등이 비과세 대상에 해당한다 하겠으므로 이미 신고 납부한 이 사건 쟁점 토지에 대한 취득세 등은 환부되어야 하고, 청구인의 환부신청에 대한 처분청의 환부거부통지는 그 처분청이 있는 명백한 행정처분이라 할 것이므로 처분청의 환부통지일인 2007.1.15.을 기산일로 하여 90일 이내에 한 이의신청은 적법하므로 본안 심의의 대상에 해당한다고 주장하고 있다. 3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 기납채납 조건으로 취득한 토지가 비과세에 해당하는지 여부에 관한 다툼이라 하겠으나, 이 사건 심사청구가 적법한 심사청구의 대상인지의 여부에 관하여 보면, 지방세법 제106조 제2항 및 같은 법 제126조제2항에서 국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세·등록세를 부과하지 아니한다 라고 규정하고 있고, 같은 법 제72조제1항에서 이 법에 의한 처분(신고납부 또는 수정신고납부를 한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 본다)으로서 위법 또는 부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 절의 규정에 의한 이의신청 및 심사청구를 할 수 있다고 규정하고 있으며, 지방세법 제74조 제1항에서는 이의신청을 거친 후에 심사청구를 하고자 할 때에는 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 도지사의 결정에 대하여는 행정자치부장관에게, 시장·군수의 결정에 대하여는 도지사 또는 행정자치부장관에게 각각 심사청구를 하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제77조제1항에서 제73조 및 제74조의 규정에 의한 이의신청 또는 심사청구를 받은 지방자치단체의 장 또는 행정자치부장관은 그 신청·청구를 받은 날부터 90일 이내에 지방세심의위원회의 의결에 따라 다음 각호의 1에 해당하는 결정을 하고 신청인 또는 청구인에게 이유를 함께 기재한 결정서를 송달하여야 하는 것으로 규정하면서, 그 제1호에서 신청·청구기간이 경과하였거나 보정기간 내에 필요한 보정을 하지 아니한 때는 그 신청·청구를 각하하는 결정으로 규정하고 있고, 지방세 이의신청 및 심사청구 사무처리 규정(1999.4.1. 행정자치부훈령 제22호) 제14조제2항제1호라목에서 청구의 내용이 법 제72조제1항의 규정에 의한 청구가 아닌 때에는 각하 결정을 하도록 각각 규정하고 있으며, 같은 법 제25조의2에서 지방자치단체의 장은 지방세의 부과징수가 위법 또는 부당한 것임을 확인한 때에는 즉시 그 처분을 취소하거나 변경하여야 한다라고 규정하고, 같은 법 제45조제1항에서 과오납된 지방자치단체의 징수금과 제46조의 환부이자는 다른 미납의 지방자치단체의 징수금에 충당하고, 그 잔여금은 납세의무자 또는 특별징수의무자에게 지체 없이 환부하여야 한다고 규정하고 같은 법 시행령 제38조제1항에서 과오납금을 미납된 다른 지방자치단체의 징수금에 충당하고 잔여금이 생겼거나 충당할 것이 없어서 이를 환부하여야 할 경우에는 지체 없이 그 금액·이유·지급절차·지급장소·기타 필요한 사항을 권리자에게 통지하여야 한다고 규정하고 있는바, 과오납된 징수금의 환부에 관한 지방세법 제45조 제1항은 과오납된 징수금 중 다른 미납의 징수금에 충당하고 남은 잔여금은 납세의무자에게 지체 없이 환부할 것을 규정하고 있는데 이 규정은 과세관청이 이미 부당이득으로서 그 존재와 범위가 확정되어 있는 과오납부금액을 납세의무자에게 즉시 반환하라는 취지일 뿐이지 과세관청에 대하여 과오납부금액의 존부와 범위를 조사 결정할 의무가 있음을 규정한 취지는 아니라 할 것이므로 이 규정은 신고납부방식의 지방세 납세의무자에게 과오납금 환부신청권을 인정하는 근거규정이 될 수 없다할 것이고, 세법상의 명문규정이 있는 경우 외에는 신고납부방식의 납세의무자라도 과세관청에 대하여 이미 신고납부한 세액의 환급을 신청할 조리상의 권리는 인정되지 않으므로, 과세관청이 세법상 근거규정이 없고 조리상 인정되지 않는 이미 신고납부한 세액의 환급신청을 거부한 것은 항고소송의 대상이 되는 행정처분으로 볼 수는 없다 할 것이므로(같은 취지의 대법원 1994.12.2. 선고, 92누14250, 1988.12.20. 선고, 88누3406 판결 참조), 청구인의 경우, 청구인이 2003.10.31. 이미 신고 납부한 취득세 등에 대하여 2006.11.20. 이 사건 쟁점 토지가 기부채납을 조건으로 취득한 토지로서 취득세 등이 비과세 대상에 해당한다고 주장하면서 취득세 등의 환급신청을 한데 대하여, 처분청이 2007.1.15. 이 사건 쟁점 토지가 청구인이 아닌 당초 건축허가자의 기부채납을 전제로 청구인이 취득한 물건이기 때문에 비과세대상에 해당되지 않는다고 보아 환부할 수 없다는 통지를 한 것은 지방세법 제72조 의 이의신청 및 심사청구의 대상이 되는 행정처분이라고 볼 수는 없다 하겠으며, 청구인이 당초 취득세 등을 신고납부한 날인 2003.10.31.로부터 3년 이상이 경과한 2007.3.5. 이의신청을 제기하여 서울특별시장으로부터 각하결정을 받은 이상, 이 사건 심사청구는 지방세법 제72조 의 규정에 의한 본안심의의 대상에 해당되지 아니 한다 할 것이다. 따라서 청구인의 심사청구는 본안 심의를 거치지 아니하고 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2007. 10. 1. 행 정 자 치 부 장 관