청구인은 ㅇㅇㅇ와 특수관계에 해당하고, 납세의무 성립일 현재 청구인과 ㅇㅇㅇ이 소유한 체납법인의 발행주식 총수가 100분의 50을 초과하여 체납법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사할 수 있는 지위에 있었다고 볼 수 있는 점, 청구인이 주주명의를 도용당하였거나 실질 소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 입증될 만한 객관적ㆍ구체적 증빙이 확인되지 아니한 점 등에 비추어, 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

이유 1. 처분개요 가. 청구인은 2021.1.29. OOO에 설립된 건설업(주택신축판매업)을 영위하는 주식회사 A(이하 “체납법인”이라 한다)의 대표이사로서, 체납법인의 발행주식 OOO주(지분율 40%)를 보유하고 있다. 나. 처분청은 2024.11.21. 체납법인에게 2024년 귀속 종합부동산세 OOO원을 결정ㆍ고지하였으나, 체납법인은 이를 납부하지 아니하였고, 이에 따라 처분청은 청구인(지분율 40%)과 특수관계법인 주식회사 B(지분율 25%)가 체납법인의 과점주주에 해당하는 것으로 보아, 2025.12.4. 체납법인의 체납세액(지정당시 OOO원)에 대하여 청구인의 지분율에 상당하는 세액 OOO원에 대하여 제2차 납세의무자로 지정하고, 2025.12.19. 납부고지 하였다. <표1> 제2차 납세의무자 지정 및 납부고지내역 (단위 : 원) ))) 다. 청구인은 이에 불복하여 2026.2.24. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 처분청은 청구인을 과점주주로 보아 체납법인의 체납세액에 대하여 청구인의 지분비율(OOO주, 40%)에 따라 제2차 납세의무자로 지정하고 납부고지를 하였으나, 그 중 OOO(지분율 20%)는 청구외 c 소유인바, 주식회사 B(이하 “B”라 한다)의 지분 25%와 합산하여도 발행주식 총수의 100분의 50을 초과하지 아니하므로 청구인은 「국세기본법」 제39조 제2호에 따른 과점주주에 해당하지 아니한다. (1) 체납법인의 명목상 주주구성은 청구인 지분율 40%, B 지분율 25%, a 지분율 20%, 주식회사 C 지분율 15%로 구성되어 있는데, 처분청은 B 대표이사이자 주주인 b이 청구인과 친족관계에 있다는 점 등을 근거로 청구인과 B가 특수관계자에 해당한다고 판단하여 청구인에게 2024년 귀속 종합부동산세의 제2차 납세의무자로 지정하고 납부고지를 하였다. (2) 「국세기본법」 제39조 제2호에 따르면, 주주 및 특수관계인 소유주식 합계가 발행주식 총수의 100분의 50을 초과하는 경우, 과점주주로 보아 제2차 납세의무지정 및 납부고지를 한다고 규정하고 있다. 그러나 청구인이 소유한 체납법인의 주식 OOO주(지분율 40%) 중 OOO주(지분율 20%)는 c의 소유인데, 청구인 명의로 신탁되었음이 2021.4.6. c와 d 변호사가 나눈 카카오톡 대화내용 및 카카오톡 내에서 전송된 확인서 파일로 확인된다. (3) c는 체납법인의 발행주식 OOO주(지분율 20%)를 실질적으로 보유함과 동시에 체납법인의 최종 수익 15% 내지 20%에 관한 권리를 보유한 사람인바, 청구인의 체납법인에 대한 실질 지분율은 20%에 불과하므로 B의 보유 지분율 25%와 합산하여도 발행주식 총수의 100분의 50을 초과하지 아니하여 과점주주 요건에 해당하지 아니한다. 나. 처분청 의견 (1) 청구인은 청구인이 소유한 체납법인의 주식 OOO주(지분율 40%) 중 OOO주(지분율 20%)는 c의 소유로서 명의신탁된 것이므로 과점주주에 해당하지 아니한다고 주장한다. (가) 그러나 처분청은 체납법인이 과세관청에 2021사업연도부터 현재까지 법인세 신고 당시 주식등변동상황명세서와 주식ㆍ출자지분 양도명세서에 제출한 것을 근거로 신의성실 원칙에 따라 납세의무성립일 당시 주주 명부상 지분율을 근거로 과점주주를 검토하여 제2차납세의무자로 지정하였다. (나) 청구인이 제출한 체납법인의 주주명부에도 납세의무성립일(2024.6.1.) 현재 기준으로 특수관계 법인인 B가 체납법인의 주식 OOO주(지분율 25%) 를 보유하고 있고, 체납법인의 대표이사이자 주주인 청구인이 체납법인의 주식 OOO주(지분율 40%)를 보유하여 「국세기본법」 제39조 제2호에 따라 과점주주 요건이 충족되었다. (2) 청구인은 주식등변동상황명세서 등에 과점주주임이 확인됨에도, 과점주주에 해당하지 아니한다고 주장하는바, 이는 과점주주가 아님을 주장하는 청구인이 직접 증명하여야 한다. (가) 청구인은 2021.4.6. 카카오톡 대화내역을 근거로 청구인의 보유주식 OOO주 가운데 OOO주(지분율 20%)는 c에게 명의를 대여한 것이라고 주장하나, 청구인이 제출한 카카오톡 대화만으로는 실제 주주가 c임이 입증되었다고 볼 수 없다. (나) 또한 청구인은 ‘청구인이 체납법인에 대하여 가지고 있는 주식 지분 중 20%는 c의 지분을 차명으로 보유하고 있는 것임을 확인함’이라고 기재되어 있는 확인서(2021.4.6. 작성)를 제출하였으나, 이 확인서에는 청구인의 도장만 날인되어 있고, 체납법인의 ‘OOO 사업’의 수익에 대한 합의서, 주식지분의 양도에 대한 대가가 어떻게 지급되었는지 등의 구체적ㆍ객관적 사실관계가 기재되어 있지 않으며, 이러한 증빙만으로는 명의대여에 대한 진위여부를 확인할 수 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 청구인을 체납법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하고 납부고지한 처분의 당부 나. 관련 법령 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 체납법인의 사업자등록 기본사항은 아래 <표2>와 같다. <표2> 체납법인의 기본사항 ))) (나) 체납법인의 주식변동상황명세서 등에서 확인되는 2021～2025사업연도의 주주현황은 아래 <표3>과 같다. <표3> 체납법인의 주주현황(2021～2025사업연도) (단위 : 주, %) ))) (다) 특수관계법인(B)의 2023사업연도 주주현황은 아래 <표4>와 같다. <표4> B의 주주현황(2023사업연도) (단위 : 주, %) ))) (라) 처분청은 2025.12.4. 체납법인의 체납세액에 대하여 청구인을 제2차 납세의무자로 지정하고 2025.12.19. 청구인의 체납법인 지분율에 상당하는 체납세액 OOO원을 납부고지 하였다. <표5> 제2차 납세의무자 지정 및 납부고지내역 (단위 : 원) ))) (마) 청구인은 청구인이 보유한 체납법인의 주식 50%는 청구인의 것이 아닌 c 소유의 것이라며 주주명부, 카카오톡 대화내역, 청구인의 확인서를 제출하였다. <표6> 청구인이 제출한 체납법인의 주주명부(2025.12.22. 현재) ))) <카카오톡 대화내용, 청구인과 d 변호사> ))) <청구인의 확인서> ))) (2)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 주식의 소유사실은 과세관청이 주주명부나 주식이동상황명세서 또는 법인등기사항전부증명서 등에 의하여 이를 입증하면 되고, 주주의 명의가 도용당하였거나 실질소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 주주에 해당한다고 볼 수 없으나, 이는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 입증하여야 하는 것(대법원 2004.7.9. 선고 2003두1615 판결, 참조)이다. 청구인이 소유한 체납법인의 주식 OOO주(지분율 40%) 가운데 OOO주(지분율 20%)는 c 소유이므로 청구인이 「국세기본법」 제39조 제2호에 따른 과점주주에 해당하지 아니한다고 주장하나, 체납법인의 2021∼2025사업연도 주식변동상황명세서에 따르면, 체납법인 발행주식을 청구인은 40%, 청구인과 특수관계법인인 D는 25%를 소유하고 있어, 납세의무 성립일 현재 청구인과 D가 소유한 체납법인의 발행주식 총수가 100분의 50을 초과하여 청구인은 체납법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사할 수 있는 지위에 있었다고 볼 수 있는 점, 청구인이 주주명의를 도용당하였다거나 실질 소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 입증될 만한 객관적ㆍ구체적 증빙이 확인되지 아니한 점 등에 비추어, 청구인이 체납법인의 과점주주에 해당한다고 보아 체납세액 중 청구인의 지분율 상당액에 대하여 청구인을 2차 납세의무자로 지정하고 납부고지한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> : 관련 법령 등 (1) 국세기본법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 20. “특수관계인”이란 본인과 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 이 법 및 세법을 적용할 때 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다. 가. 혈족ㆍ인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계 나. 임원ㆍ사용인 등 대통령령으로 정하는 경제적 연관관계 다. 주주ㆍ출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다. ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. 제21조(납세의무의 성립시기) ① 국세를 납부할 의무는 이 법 및 세법에서 정하는 과세요건이 충족되면 성립한다. ② 제1항에 따른 국세를 납부할 의무의 성립시기는 다음 각 호의 구분에 따른다. 10. 종합부동산세 : 과세기준일 11. 가산세 : 다음 각 목의 구분에 따른 시기. 다만, 나목과 다목의 경우 제39조를 적용할 때에는 이 법 및 세법에 따른 납부기한(이하 “법정납부기한”이라 한다)이 경과하는 때로 한다. 제39조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(대통령령으로 정하는 증권시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주 또는 제3호에 따른 과점조합원의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주 또는 과점조합원이 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다. 1. 무한책임사원으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원 가. 합명회사의 사원 나. 합자회사의 무한책임사원 2. 주주 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다) 가. 합자회사의 유한책임사원 나. 유한책임회사의 사원 다. 유한회사의 사원 (2) 국세기본법 시행령 제18조의2(짜고 한 거짓 계약으로 추정되는 계약의 특수관계인의 범위) 법 제35조 제6항 각 호 외의 부분 후단에서 “특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자”란 해당 납세자와 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다. 1. 친족관계 2. 경제적 연관관계 3. 경영지배관계 중 제1조의2 제3항 제1호 가목 및 같은 항 제2호 가목 및 나목의 관계. 이 경우 같은 조 제4항을 적용할 때 같은 항 제1호 가목 및 제2호 나목 중 “100분의 30”은 “100분의 50”으로 본다. 제20조(출자자의 제2차 납세의무의 적용 범위) ① 법 제39조 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 증권시장”이란 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제176조의9 제1항에 따른 유가증권시장 및 대통령령 제24697호 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 일부개정령 부칙 제8조에 따른 코스닥시장을 말한다. ② 법 제39조 제2호 각 목 외의 부분에서 “특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자”란 해당 주주 또는 법 제39조 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원과 제18조의2 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다. (3) 국세기본법 기본통칙 39-0…1(주주) 법 제39조에서 “주주”라 함은 주식의 소유자로서 주주명부등에 기재유무와 관계없이 사실상 주주권을 가진 자를 말하며, 주권의 발행 전에 주식 또는 주주권이 양도된 경우에는 그의 양수인을 말한다. 39-0…2(과점주주의 요건) ① 법인의 주주에 대하여 제2차납세의무를 지우기 위해서는 과점주주가 주금을 납입하는 등 출자한 사실이 있거나 주주총회에 참석하는 등 운영에 참여하여 그 법인을 실질적으로 지배할 수 있는 위치에 있음을 요하며, 형식상 주주명부에 등재되어 있는 것만으로는 과점주주라 할 수 없다. 39-0…3(과점주주의 판정) 과점주주의 판정은 국세의 납세의무성립일 현재 주주 또는 유한책임사원과 그 친족 기타 특수관계에 있는 자의 소유주식 또는 출자액을 합계하여 그 점유비율이 50％를 초과하는 지를 계산하는 것이며, 이 요건에 해당되면 당사자 개개인을 전부 과점주주로 본다.