청구법인은 완전자회사를 합병한 것이라서 청구법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하였다 하더라도 지법 §15①3에 따라 경감된 취득세를 추징할 수는 없음(조심 2022지1342, 2023.10.25.)

이유 1. 처분개요 가. 청구법인은 2024.1.9. 양어장을 운영하는 AAA 주식회사(피합병법인, 이하 “AAA”이라 한다)와 2024.3.31.을 합병기일로 하여, 합병계약을 체결한 후, 2024.3.29. AAA의 발행주식 100%를 취득하여 과점주주가 되었고, 2024.5.27. AAA을 합병(이하 “이 건 합병”이라 한다)하였다. 나. 청구법인은 2024.5.27. 부산광역시 기장군 OOO외 8필지 토지 2,911㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 합병을 원인으로 취득한 후, 그 감정평가액 OOO원을 과세표준으로 하고,「지방세법」(2023.12.29. 법률 제19860호로 개정된 것, 이하 같다) 제15조 제1항 제3호에서 규정하고 있는 특례세율(1천분의 20, 이하 “특례세율”이라 한다)을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고ㆍ납부하였다. 다. 처분청은 청구법인이 이 건 합병을 한 후 2024.6.17. 이 건 토지에 소재하던 건축물 603.18㎡(축양장, 이하 “쟁점건축물”이라 한다)를 철거하여, 이 건 합병일부터 3년 이내에 AAA으로부터 승계받은 사업(수산양식업)을 폐지하였는바, 이는「지방세법」제15조 제1항 제3호의 단서에서 규정하고 있는 적격 합병이 아니라고 보아, 2025.10.1. 청구법인에게 이 건 토지의 감정평가액 OOO원을 과세표준으로 하고,「지방세법」제11조 제1항 제7호 나목의 표준세율(1천분의 40)을 적용하여 산출한 세액에서 청구법인이 납부한 세액을 차감한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과ㆍ고지하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.12.29. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1)「지방세법」제15조 제1항 제3호에서「법인세법」제44조 제2항 또는 제3항에 해당하는 법인의 합병으로 인한 취득의 경우에는 특례세율(1천분의 20)을 적용한다고 규정하면서 그 단서에서 합병등기일부터 3년 이내에「법인세법」제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 특례세율을 적용하지 않는다고 규정하고 있다. (2)「법인세법」제44조 제3항 제1호에서 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 다른 법인에 합병되는 경우 적격합병으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다고 규정하고 있고, 제44조의3 제3항 괄호에서 제44조 제3항에 따라 적격합병으로 보는 경우에는 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우에도 여전히 적격합병으로 본다고 규정하고 있다. (3) 청구법인은 2024.3.29. AAA의 발행주식 전부를 취득하여 AAA의 100% 과점주주가 된 후, 2024.5.27. 이 건 합병을 하였으므로 청구법인이 AAA을 합병한 것은「법인세법」제44조 제3항 제1호에서 규정하고 있는 적격합병에 해당한다. (4)「법인세법」제44조의3 제3항 괄호에서 제44조 제3항에 따라 적격합병으로 보는 경우에는「법인세법」제44조의3 제3항 각 호의 규정을 적용하지 않는다고 할 것이므로 청구법인이 이 건 합병을 한 후 3년 이내에 AAA으로부터 승계받은 사업(수산양식업)을 폐지하였다고 하더라도 이에 대하여는「법인세법」제44조의3 제3항 제1호를 적용할 수 없으므로 처분청이 이 건 합병을「지방세법」제15조 제1항 제3호에 따른 합병이 아니라고 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 (1) 법령의 문언 자체가 비교적 명확한 개념으로 구성되어 있다면 원칙적으로 더 이상 다른 해석 방법은 활용할 필요가 없거나 제한될 수밖에 없다고 할 것이고(대법원 2009.4.23. 선고 2006다81035 판결), 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하며, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 않는다고 할 것이다(대법원 2021.9.9. 선고 2021두34558 판결). (2) 국세와 지방세는 그 과세목적, 과세권자 및 과세대상 등이 서로 다른 별개의 조세로서 각각의 입법 취지와 과세 목적에 따라 달리 운영될 수 있어 동일한 과세 대상에 대하여 별도의 규정 및 제도를 규정하는 것이 가능하므로, 지방세 관련 법령에서 국세 관련 법령 규정 중 일부만 인용한 경우에는 그 인용하고 있는 조문에 한정하여 적용해야 하고, 인용하지 않는 내용까지 유추하여 적용할 수는 없다 할 것이다(법제처 22-398, 2022.11.9.). (3)「지방세법」제15조 제1항 제3호 단서는「법인세법」제44조의3 제3항 전체가 아니라 사후관리 규정인 각호만을 인용하도록 규정하고 있고, 해당 규정에「법인세법」제44조 제3항에 따른 적격합병의 경우에는 취득세의 추징 대상에서 제외한다고 별도로 명시하고 있지 아니 하므로 청구법인이 이 건 합병일부터 3년 이내에 AAA의 수산양식업을 폐지한 것이 확인되는 이상, 이 건 토지의 취득은「지방세법」제15조 제1항 제3호 단서의 적용 대상이라고 보는 것이 타당하다. (4) 따라서, 청구법인이 이 건 합병에 따라 취득한 이 건 토지는 「지방세법」제15조 제1항 제3호의 적용 대상이 아니라 할 것이므로 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 이 건 토지를「지방세법」제15조 제1항 제3호 규정하고 있는 특례 세율(적격 합병) 적용대상으로 볼 수 있는지 여부 나. 관련 법률 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2020.8.27. 본점소재지를 부산광역시 기장군 OOO으로 하고, 목적사업을 식음료 판매 및 제조업 등으로 하여 설립되었다. (나) 이 건 피합병법인인 AAA은 1963.2.14. 설립된 법인으로 이 건 합병 당시 본점소재지는 OOO이고, 목적사업은 부동산 개발ㆍ임대 분양업, 수산양식(양어장)업, 수산물 유통업 등이다. (다) 청구법인은 2024.1.9. AAA과 합병기일을 2024.3.31.로 하여 이 건 합병계약을 체결한 후, 2024.3.29. AAA 발행주식 OOO주를 취득하여 AAA의 100% 과점주주가 되었다. (라) 청구법인은 AAA의 100% 과점주주가 됨에 따라, 2024.5.28. AAA의 취득세 과세대상 물건의 장부상 가액 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 OOO원 신고ㆍ납부하였다. (마) 청구법인은 2024.5.27. 이 건 토지(부산광역시 기장군 OOO 외 8필지)를 합병으로 취득한 후 2024.6.17. 이 건 토지에 있는 쟁점건축물(603.18㎡)을 철거하고 건축물대장을 말소하였다(OOO). (바) 청구법인은 2024.7.9. 처분청에 이 건 토지를 적격 합병으로 취득하였으므로 특례세율(1천분의 20)을 적용하여야 한다는 취지의 취득세 감면신청서를 제출하였고, 처분청은 이 건 토지 취득을 특례세율 적용 대상이라고 보아 취득세 등 OOO원의 납부서를 교부하였으며, 청구법인을 그 취득세 등을 납부하였다. (사) 처분청은 청구법인이 이 건 합병일부터 3년 이내에 AAA으로부터 승계받은 사업(수산물 양식)을 폐지하였다고 보아, 2025.10.1. 청구법인에게 이 건 취득세 등 OOO원 부과ㆍ고지하였다. (아) 청구법인의 대리인은 이 건 토지와 청구법인의 대표이사(BBB)가 소유하고 있는 그 옆의 토지를 합하여 그 토지에 공동주택을 신축할 예정인데, 이와 같은 부동산 개발업은 청구법인이 AAA으로부터 승계한 사업 중 하나이므로, 청구법인이 이 건 합병일부터 3년 이내에 AAA으로부터 승계받은 사업을 폐지한 것으로 볼 수 없다고 답변하였다. (2)「지방세법」제15조 제1항 제3호에서「법인세법」제44조 제2항 또는 제3항에 해당하는 법인의 합병으로 인한 취득에 대해서는 특례세율(1천분의 20)을 적용하되, 합병등기일부터 3년 이내에「법인세법」제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 그러하지 아니하다고 규정하고 있다. 또한,「법인세법」(2023.12.31. 법률 제19930호로 개정된 것, 이하 같다) 제44조 제3항 제1호에서 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우에는 적격 합병으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다고 규정하고 있고, 제44조의3 제3항에서 적격합병(제44조 제3항에 따라 적격합병으로 보는 경우는 제외한다)을 한 합병법인이 대통령령으로 정하는 기간(3년 이내 범위)에 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우(제1호), 피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 받은 주식등을 처분하는 경우(제2호), 각 사업연도 종료일 현재 합병법인에 종사하는 정하는 근로자 수가 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인과 합병법인에 각각 종사하는 근로자 수의 합의 100분의 80 미만으로 하락하는 경우(제3호)에는 소득금액을 계산할 때 양도받은 자산의 장부가액과 시가와의 차액을 익금에 산입하고, 감면 또는 세액공제를 적용하지 아니한다고 규정하고 있다. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대해 살피건대, 청구법인은「법인세법」제44조 제3항 제1호에 따라 발행주식의 100%를 소유하고 있는 AAA을 합병한 것이므로 이 건 합병은 AAA의 사업을 승계한 것인지 여부에 관계 없이 적격 합병에 해당한다고 볼 수 있는 점, 「법인세법」제44조의3 제3항 본문 괄호에서 제44조 제3항에 따라 적격합병으로 보는 경우는 제외한다고 규정하고 있는바, 이는 본문 뿐만 아니라 각 호의 적용도 제외한다고 보는 것이 타당하고, 그렇다면 청구법인과 같이「법인세법」제44조 제3항 제1호에 따른 적격합병으로 인정되는 경우에는「법인세법」제44조의3 제3항 각 호의 규정을 적용할 여지는 없다고 보이는 점(조심 2022지1342, 2023.10.25. 등 다수), 나아가, 청구법인의 경우 AAA으로부터 승계받은 사업 중 하나인 부동산 개발ㆍ임대 분양업을 영위하기 위해 이 건 토지를 취득한 후 현재 공동주택 신축 및 분양사업을 준비 중인 것으로 보이는 이상, 청구법인이 AAA으로부터 승계한 사업(부동산 개발ㆍ임대 분양업)을 폐지하였다고 볼 수도 없는 점 등에 비추어, 처분청이 이 건 합병을「지방세법」제15조 제1항 제3호 단서에서 규정하고 있는 합병으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법률 (1) 지방세법(2023.12.29. 법률 제19860호로 개정된 것) 제6조[정의] 취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다. 19. “중과기준세율”이란 제11조 및 제12조에 따른 세율에 가감하거나 제15조 제2항에 따른 세율의 특례 적용기준이 되는 세율로서 1천분의 20을 말한다. 제11조[부동산 취득의 세율] ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 7. 그 밖의 원인으로 인한 취득 나. 농지 외의 것 : 1천분의 40 제15조[세율의 특례] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 제11조 및 제12조에 따른 세율에서 중과기준세율을 뺀 세율로 산출한 금액을 그 세액으로 하되, 제11조 제1항 제8호에 따른 주택의 취득에 대한 취득세는 해당 세율에 100분의 50을 곱한 세율을 적용하여 산출한 금액을 그 세액으로 한다. (단서 생략) 3.「법인세법」제44조 제2항 또는 제3항에 해당하는 법인의 합병으로 인한 취득. 다만, 법인의 합병으로 인하여 취득한 과세물건이 합병 후에 제16조에 따른 과세물건에 해당하게 되는 경우 또는 합병등기일부터 3년 이내에「법인세법」제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 그러하지 아니하다. (2) 법인세법(2023.12.31.법률 제19930호로 개정된 것) 제44조[합병 시 피합병법인에 대한 과세] ② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병(이하 “적격합병”이라 한다)의 경우에는 제1항 제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호ㆍ제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 적격합병으로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.(각 호 생략) ③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항에도 불구하고 적격합병으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 1. 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우 2. 동일한 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 서로 다른 법인 간에 합병하는 경우 제44조의3[적격합병 시 합병법인에 대한 과세특례] ③ 적격합병(제44조 제3항에 따라 적격합병으로 보는 경우는 제외한다)을 한 합병법인은 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 양도받은 자산의 장부가액과 제44조의2 제1항에 따른 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다. 이하 제4항에서 같다), 승계받은 결손금 중 공제한 금액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하고, 제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받아 공제한 감면ㆍ세액 공제액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부한 후 해당 사업연도부터 감면 또는 세액공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우 2. 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 주식등을 처분하는 경우 3. 각 사업연도 종료일 현재 합병법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자(이하 이 호에서 “근로자”라 한다) 수가 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인과 합병법인에 각각 종사하는 근로자 수의 합의 100분의 80 미만으로 하락하는 경우