청구법인 설립부터 쟁점토지 양도시점까지 농업관련 매출이 1백만원에 불과하고, 보유 토지면적이 12,659㎡에 달하나, 직원 및 작물수확현황도 확인되지 않는바, 청구법인을 농업을 주된 사업으로 하는 법인으로 보기 어렵고,쟁점토지양도차익을 각사업연도 소득으로 인식하였고, 쟁점토지 소유권 양도비율과 청구법인 주주별 지분율과 맞지 않아 청구주장은 받아들이기 어려움

이유 1. 처분개요 가. 청구법인은 2015.3.16. 제주특별자치도 제주시 OOO에서 농업/곡물 및 기타 식량작물 재배업을 주업으로 하여 설립된 법인으로 대표자는 A이다. 청구법인은 2022.7.11. 제주특별자치도 제주시 OOO 소재 토지(이하 “쟁점토지1”이라 한다)와 2023.3.21. 같은 리 241 소재 토지(이하 “쟁점토지2”라 하며, 쟁점토지1ㆍ2를 합하여 “쟁점토지”라 한다)를 청구법인의 대표인 A과 사내이사인 B에게 양도가액 각 OOO원(쟁점토지1)과 OOO원(쟁점토지2)에 양도(각 1/2지분)한 후 2022ㆍ2023사업연도 법인세 신고 시 토지등 양도소득에 대한 법인세를 OOO원으로 신고하였다. <표1> 쟁점토지 양도내역 ○○○ 나. 부산지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.10.7.부터 2024.10.25.까지 처분청에 대한 종합감사를 실시하여, 농업회사법인인 청구법인의 농업 관련 매출실적이 부족하여 청구법인을 농업을 주된 사업으로 하는 법인으로 볼 수 없고, 따라서 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당한다고 보아 과세자료를 처분청에 통보하였고, 이에 따라 처분청은 2025.6.2. 청구법인에게 2022사업연도 토지등 양도소득에 대한 법인세 OOO원 및 2023사업연도 법인세 OOO원을 각 경정ㆍ고지하였다. <표2> 청구법인의 법인세 손익계산서상 매출내역 등 ○○○ 다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.27. 이의신청을 거쳐 2026.2.2. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 농업회사법인이고 실제 농작물재배업을 영위하였으므로 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 과세한 처분은 취소되어야 한다. (가) 청구법인은 당초 2016년에 제주특별자치도에서 시행한 식품제조 및 가공업 보조금 사업에 참여하기 위해서 계획서를 제출하였으나, 보조금 사업대상자로 선정되지 못하여 당초 계획하였던 식품제조공장 설립 및 관련 사업을 추진할 수 없게 되었다. 이에 청구법인은 이미 취득하였던 토지에서 농작물을 재배하기 위해 맥주보리, 콩 등의 작물을 심는 한편, 작물재배와 관련 없는 일부토지에 대해서는 2016년 주주들에게 취득가액 상당액으로 환원(매매형식)하였다. (나) 청구법인이 쟁점토지를 자경하였다는 사실은 농업경영체등록확인서와 농약 및 비료 등 농자재 구입내역 등을 통해 충분히 확인가능함에도 농산물 매출내역이 없다는 이유만으로 이를 부인하여 과세한 처분은 부당하다. 또한 쟁점토지의 소유권을 A 등에게 이전한 이후에도 A이 쟁점토지에서 계속해서 자경하고 있으며, 농업경영체등록 시 국립농산물품질관리원에서 엄격한 현지실사(2016년, 2021년)를 진행하여 농산물의 발아와 생장상태 등을 확인한 바도 있다. (나) 청구법인은 쟁점토지에서 지속해서 맥주보리를 생산하였으나 맥주보리 수매단가가 매우 낮고 생산량 또한 소량에 그쳐 이를 상업적으로 판매(개통출하 또는 밭데기 거래 등)하기가 어렵게 되어 대표자인 A이 운영하는 OOO에서 배합사료와 혼합하여 사용하였다. 청구법인은 사용량이 극히 소량에 그쳐 매출로 인식하기에도 부적당하여 이를 계상하지 않았으나 이후 누락한 부분에 대하여 수정신고를 통해 신고납부한 바 있다. (2) 청구법인이 쟁점토지를 주주인 A 등에게 이전하였으므로 이는 청구법인이 청산을 위한 ‘잔여재산의 분배’의 일환으로 볼 수 있으므로 이를 양도로 보아 과세한 처분은 취소되어야 한다. (가) 청구법인은 2016년 이후 농업 이외에 추가 사업을 영위하지 않았고, 2022년에는 청구법인의 경영상 부실을 이유로 채권자인 금융기관으로부터 원금 상환을 요청받기 시작하였다. 이에 따라 청구법인은 법인의 존속이 어렵다고 보아 보유한 토지를 주주들에게 환원하였고, 금융채무를 주주들이 인수하는 것으로 하여 청산하기로 결의하였으며, 이에 따라 쟁점토지의 지분을 A과 B에게 각 1/2씩 이전하였다. (나) 과세관청은 쟁점토지의 이전을 양도로 보아 토지등 양도소득에 대한 법인세를 과세하였으나, 청구법인은 법인등기부상 목적사업인 ‘농지개발’은 식품제조업을 위한 농지전용을 전제로 한 것일 뿐이고 부동산 매매를 목적으로 한 것이 아니며 실제로 제3자에게 부동산을 양도한 사실도 없다. 쟁점토지의 이전과 관련한 잔금이 현재까지도 정산되지 않는 사실 등에 비추어 실질과세원칙에 따라 쟁점토지의 이전은 잔여재산의 분배라고 보아 이 건 과세처분은 취소되어야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인의 수입금액을 보면 농업과 관련한 매출보다 토지의 양도가액이 더 크므로 청구법인은 농업을 주된 사업으로 영위하는 법인에 해당하지 않고 그에 따라 쟁점토지는 비사업용 토지에 해당하므로 토지등 양도소득에 대한 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없다. (가)「법인세법」제55조의2는 비사업용 토지에 해당하는 토지를 열거하면서, 비사업용 토지에서 제외되는 토지를 직접 또는 대통령령을 통하여 구체적으로 규정하고 있을 뿐, 그와 반대되는 개념으로 사업용 토지라는 표현을 사용하거나, 그에 관한 별도의 정의 규정을 두지 않고 있으며, 같은 법 시행령 제92조의5 제2항 제1호는 농업을 주된 사업으로 하는지 여부에 대한 판정기준으로서 ‘2이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에 주업은 사업별 사업수입금액이 큰 사업으로 한다’라고 규정하고 있다. (나) 조사청이 청구법인에 대한 비사업용 토지 양도소득세 감사를 진행한 결과, ① 당초 법인세 신고 시 제출한 법인세 손익계산서 상 매출내역 등에서 2015∼2023사업연도의 자산(토지) 처분에 따른 유형자산처분이익은 OOO원이고, 수입금액은 OOO원에 불과하여 토지매매에 의한 수입금액이 청구법인이 농업매출이라고 주장하는 수입금액보다 크고, ②「법인세법 시행령」제92조의3 비사업용토지에도 해당되므로 청구법인이 2022사업연도 양도한 토지는 비사업용토지로 보아야 한다. (다) 청구법인은 감사기간 종료 이후인 2024.10.31. 2019∼2022사업연도 매출에 대한 아무런 증빙 없이 대표자 A의 개인사업장에 보리맥주를 매출하였다고 계산서를 발급하고 법인세를 수정신고 하였다. 청구법인은 2019∼2022사업연도 계산서 지연발급 및 법인세 수정신고 관련하여 매출에 대한 증빙은 제출하지 않았고, 수확된 맥주보리는 출하하기에는 수매단가가 매우 낮고 생산량 또한 미비하고 품질도 낮아 대표자의 개인사업장인 OOO에서 사육하는 돼지의 사료에 혼합하기 위해 사용하였으므로 매출액으로 산정할 수 없어 계산서를 발행하지 않았다고 주장할 뿐이므로, 감사기간 이후인 2024.10.31. 발행한 계산서의 객관적인 근거는 확인할 수 없다. (라) 또한 청구법인은 당초 법인 설립 시 농산물을 생산ㆍ매입하여 식품제조ㆍ가공업을 영위하고자 제주특별자치도에 보조금사업에 공모하였으나 그 결과 보조금사업에 탈락하여 농산물 제조ㆍ가공업을 영위하지 못하여 당초 매입한 토지 중 농지(쟁점 토지)에 맥주보리 등을 경작하였다고 주장하나, 이에 대해 언제 보조금사업에 공모하였는지와 보조금사업에 공모시 제출한 서류 등에 대한 증빙이 없으며, 납세자의 의견과 같이 당초 농사를 영위하고자 하였다면, 보조금 사업 탈락 이후에도 농업물품 구입, 농사인력, 트랙터 등의 지출내역이 확인되어야 하나 이에 대한 신고내역 및 증빙이 확인되지 않는다. (마) 따라서 청구법인의 농업매출액 OOO원과 농업물품 구입액 OOO원을 보면 사회통념상 12,659㎡(약 3,800평)의 토지에서 농작물을 경작하였다고 보기 힘들고, 또한 청구법인의 의견에서 볼 수 있듯이 수확된 맥주보리는 출하하기에는 수매단가가 매우 낮고 생산량 또한 미비하고 품질도 낮아 대표자의 개인사업장인 OOO에서 사육하는 돼지의 사료에 혼합하기 위해 사용하여 매출액으로 산정할 수 없어 계산서를 발행하지 않았다고 하는 점에서 청구법인은 쟁점토지에서 농업을 주된 사업으로 하였다고 볼 수 없다. (2) 청구법인은 2022년 쟁점토지의 매매는 법인 청산을 위한 ‘잔여재산의 분배’과정이라 주장하나 이는 아래와 같은 이유로 타당하지 않다. (가) 청구법인은 쟁점토지의 양도는 주주 A과 B에게 각각 1/2씩 매매형식으로 소유권 이전하였고, 현재 잔금은 정산하지 않아 해당 매매는 법인을 청산하는 과정에서 잔여재산 분배에 따른 소유권 환원으로 형식적인 매매라고 주장한다. 그러나 청구법인은 쟁점토지 매매와 관련하여 그 양도차익에 대해 법인세 신고를 하였고, 2022∼2023사업연도 재무상태표에 쟁점토지를 별도로 계상하지 않고 양도가액을 미수금으로 계상한 점, 쟁점토지의 채무자가 청구법인에서 A과 B으로 변경되었고, 채권최고액이 청구법인 OOO원에서 A OOO원과 B OOO원으로 변경된 점, 청구법인 주장과 같이 쟁점토지를 현재 A이 사용하고 있는 점 등으로 보아 쟁점토지는 실질적으로 매매된 것으로 보아야 한다. (나) 또한 청구법인은 법인을 청산하는 과정에서 잔여재산 분배에 따른 소유권 환원이라고 주장하나, 법인 청산 시 잔여재산 배분은 주주 지분율만큼 배분하여야 하나, 쟁점토지의 소유권 이전은 B과 A에게 각각 1/2씩 양도되어 청산에 의한 잔여재산 배분으로 볼 수 없다. 상기와 같이, 청구법인의 2022∼2023사업연도 수입금액은 토지양도가액이 더 크므로 청구법인은 농업을 주된 사업으로 하는 법인에 해당하지 않는다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 청구법인을 농업을 주업으로 하는 법인이 아닌 것으로 보고 양도한 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 토지등 양도소득에 대한 법인세를 과세한 처분의 당부 ② 쟁점토지는 양도가 아닌 청산을 위한 잔여재산배분으로 보아야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다. ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. ③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. (2) 법인세법 제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다), 주택을 취득하기 위한 권리로서「소득세법」제88조 제9호에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권(이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다. 3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 ② 제1항 제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다. 1. 논밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것 가. 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지. 다만, 「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 농지는 제외한다. 나. 특별시, 광역시(광역시에 있는 군 지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다), 특별자치시(특별자치시에 있는 읍ㆍ면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다), 특별자치도(「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」제10조 제2항에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시 지역[「지방자치법」제3조 제4항에 따른 도농(都農) 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다] 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제6조 제1호에 따른 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 목에서 같다)에 있는 농지. 다만, 특별시, 광역시, 특별자치시, 특별자치도 및 시 지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 농지는 제외한다. (3) 법인세법 시행령 제92조의3(비사업용 토지의 기간기준) 법 제55조의2 제2항 각호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. 1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간 다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. 제92조의5(농지의 범위 등) ① 법 제55조의2 제2항 제1호에서 "농지"라 함은 전ㆍ답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다. 이 경우 농지의 경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소(池沼)ㆍ농도ㆍ수로 등의 토지 부분을 포함한다. ② 법 제55조의2 제2항 제1호 가목의 규정을 적용함에 있어 주업은 다음 각 호의 기준에 따라 판정한다. 1. 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 주업은 사업별 사업수입금액이 큰 사업으로 한다. 2. 제1호의 규정에 불구하고 당해 법인이 농업에 직접 사용한 농지에서 생산한 농산물을 당해 법인이 제조ㆍ생산하는 제품의 원료로 사용하고 그 농업과 제조업 등을 구분하여 경리하는 경우에는 농업을 주업으로 하는 것으로 본다. 이 경우 당해 법인이 생산한 농산물 중 당해 법인이 제조하는 제품의 원재료로 사용하는 것의 비율(이하 이 항에서 "사용비율"이라 한다)이 100분의 50 미만인 경우에는 당해 농지의 면적 중 그 사용비율에 상당하는 면적의 2배 이내의 농지에 한하여 농업을 주업으로 하는 것으로 본다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인의 사업자등록 주요 내용은 아래 <표3>과 같다. <표3> 청구법인의 사업자등록 주요 내용 ○○○ (나) 청구법인의 법인등기사항증명서에 따르면 설립 시 사내이사는 A(대표), B(감사), C(A의 배우자)이고, 설립 이후 현재까지 변동이 없는 것으로 확인되며, 목적사업은 1. 농어축산업의 경영 및 생산ㆍ유통ㆍ가공, 1. 농축산업의 경영 및 생산ㆍ유통ㆍ가공, 1. 농어축산업의 전부 또는 일부대행업, 1. 농축산물 대량생산 시설구축 및 가공으로 되어 있고, 주주인 A과 B의 사업이력은 아래 <표4>, <표5>와 같다. <표4> A의 사업이력 ○○○ <표5> B의 사업이력 ○○○ (다) 청구법인이 법인세 정기신고시(2016사업연도는 기한후신고) 함께 제출한 표준손익계산서 및 표준대차대조표 내용 중 이 건과 관련된 내역은 아래 <표6>과 같다. 한편 청구법인은 2024.10.31. 대표이사 A의 개인사업인 ‘OOO’에 작성일자를 소급하여 총 4건의 계산서를 발급하였고, 상품매출누락을 이유로 2019사업연도 OOO원, 2020사업연도 OOO원, 2021사업연도 OOO원을 법인세 수정신고 한 것으로 나타난다. <표6> 청구법인의 표준손익계산서 중 일부 ○○○ <표7> 청구법인이 OOO(A)에 발급한 계산서(2024.10.31.) ○○○ (라) 부동산 등기사항증명서 등에 따르면 청구법인은 2015.6.25.와 2015.12.10.에 <표8>과 같이 토지(쟁점토지 포함)를 취득하였으며, 취득한 토지 중 쟁점토지를 <표9>와 같이 양도하였다. <표8> 청구법인이 취득한 토지 내역 ○○○ <표9> 청구법인이 양도한 토지 내역 ○○○ (마) 청구법인이 2015~2023사업연도에 수취한 전자매입세금계산서 내역을 보면 농업(사료)과 관련한 매입내역은 2015사업연도 OOO원, 2016사업연도 OOO원이 확인된다. (바) 2015~2023사업연도 청구법인의 근로소득 지급명세서는 아래 <표10>과 같고, 청구법인은 쟁점토지 경작과 관련하여 인력을 고용한 사실은 확인되지 않는다. <표10> 근로소득지급명세서 내역(기한후 제출) ○○○ (사) 쟁점토지의 연도별 위성사진은 아래 <표11>과 같고, 일부 토지(241필지)에만 경작 흔적이 나타나며, 그 외에는 위성사진을 통해 경작 사실이 객관적으로 확인되지 않는다. <표11> 쟁점토지의 연도별 위성사진(246ㆍ255ㆍ256ㆍ241필지) ○○○ (아) 청구법인이 2020년부터 2023년까지 구입한 농업물품구입액은 OOO원으로 확인되며 상세내역은 아래 <표12>와 같다. <표12> 청구법인의 농업물품구입내역 ○○○ (자) 청구법인은 쟁점토지 경작과 관련한 인근 주민(OOO)의 확인서와 쟁점토지에서 수확을 위해 콤바인을 대여하였다는 확인서(OOO)를 제출하였다. <표13> 인근 주민 확인서 ○○○ <표14> 콤바인 대여 확인서 ○○○ (차) 청구법인은 청산과 관련한 임시주주총회회의록을 제출하였다. <표15> 청구법인 임시주주총회 회의록 ○○○ (카) 청구법인의 농업경영체 등록확인서는 아래 <표16>과 같다. <표16> 농업경영체 등록확인서 ○○○ (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 농업을 주업으로 하는 법인에 해당하여 쟁점토지 양도와 관련하여 토지등 양도소득 법인세를 부과한 처분은 위법ㆍ부당하다고 주장하나, 「법인세법」제55조의2 제2항 제1호 가목은 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지를 ‘비사업용 토지’로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제92조의5 제2항 제1호는 법 제55조의2 제2항 제1호 가목을 적용함에 있어 주업을 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우 사업별 사업수입금액이 큰 사업으로 규정하고 있는바, 청구법인의 사업자등록 내역에는 주업종이 농업/곡물 및 기타 식량작물재배업으로 나타나나, 청구법인의 설립시(2015년)부터 쟁점토지의 양도시점(2023년)까지 청구법인의 사업수입금액을 살펴보면 농업과 관련한 매출은 2023사업연도 OOO원에 불과한 반면, 쟁점토지를 포함한 유형자산(토지)처분이익이 약 OOO원에 달하는 점, 청구법인이 보유한 토지 면적이 12,659㎡(<표8>)에 달하나 청구법인이 경작을 위해 고용한 직원이 없는 것으로 보이고, 청구법인이 생산한 작물의 수확량도 객관적으로 확인되지 않는 점 등에 비추어 청구법인을 농업을 주된 사업으로 하지 않는 법인으로 보아 토지등 양도소득에 대한 법인세를 부과한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지를 청구법인의 주주인 A과 B에게 각각 1/2씩 양도한 거래가 청산을 위한 잔여재산배분에 해당하여 이 건 법인세를 부과한 처분은 위법ㆍ부당하다고 주장하나, 청구법인은 쟁점토지를 2022년과 2023년에 양도한 후 양도차익을 각사업연도 소득으로 인식하였고, 청구법인 주주의 지분율을 보면 A 25%, C 25%, B 50%로 확인되어 쟁점토지 소유권을 양도한 비율이 지분율과도 맞지 않는 등 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.