감사과정에서 당초 제출된 해명자료에 기초하여 과세사실의 오류를 지적한 것으로 보이는 반면, 별도의 해명자료를 제출하거나 질문권이 행사되지 않아 재조사금지 원칙에 위배되지 않음

이유 1.처분개요 가.청구인은 A이라는 상호로 OOO을 영위하는 복식부기 의무 사업자로 2023.5.24. 2022년 귀속 사업소득금액 OOO원, 납부할 세액 OOO원으로 종합소득세를 신고ㆍ납부하였다. 나.처분청은 청구인의 2022년 귀속 종합소득세 신고내용에 대한 확인(이하 “쟁점신고확인”이라 한다) 과정에서 필요경비 대비 적격증빙 수취금액 부족, 광고선전비 등 특정 계정과목 과다 계상 혐의를 확인하여 2023.10.6. 청구인에게 ‘종합소득세 신고 관련 해명자료 제출안내’를 하였고, 이에 청구인은 2023.11.27. 당초 신고한 필요경비 중 업무무관 비용 OOO원을 차감하여 2022년 귀속 사업소득금액 OOO원, 추가 납부할 세액 OOO원으로 종합소득세를 수정신고ㆍ납부하였다. 다.OOO지방국세청장(이하 “감사청”이라 한다)은 2025.6.9.부터 2025.6.26.까지 처분청에 대한 업무종합감사(이하 “쟁점감사”라고 한다)를 실시하여 청구인이 판매촉진비로 회계처리한 OOO원(이하 “쟁점비용”이라 한다)을 일반적으로 용인되는 통상적인 비용에 해당하지 아니하는 보험료 대납액으로 보아 필요경비 부인하고 사업소득금액을 OOO원으로 재산정하여 종합소득세를 부과하도록 처분지시하였으며, 처분청은 2025.8.22. 청구인에게 2022년 귀속 종합소득세 OOO원을 과세예고통지하였다. <표1>2022년 귀속 종합소득세 신고ㆍ경정내역 OOO 라.청구인은 이에 불복하여 2025.9.17. 과세전적부심사를 청구하였으나 감사청은 2025.10.30. 불채택 결정하고 처분청에게 종합소득세를 과세하도록 통보함에 따라 처분청은 2025.11.16. 청구인에게 2022년 귀속 종합소득세 OOO원의 지출내역에 대한 증빙과 원장 등을 재차 제출해 주기를 요구하여 청구인은 2025.6.25. 처분청을 직접 방문하여 감사 담당공무원의 질문에 답변하고 장부 및 소명서를 제출한바 이와 같은 감사청의 행위는「국세기본법」제81조의4에서 금지하는 재조사에 해당한다. (라)국세청 및 지방세무관서 감사규정에 따르면 지방국세청장은 소속 감사관을 통하여 관할 세무서를 대상으로 감사를 실시한 후 위법 또는 부당하다고 인정되는 사실이 있어 추징，회수 조치 등이 필요한 경우에는 시정조치를 요구할 수 있도록 규정하고 있을 뿐임에도 감사청은 납세자를 불러들여 질문하거나 추징세액을 직접 결정하는 등 실질적인 조사권을 행사하였으며 이와 같은 연유에서 청구인이 제기한 과세전적부심사에서도 처분청이 아닌 감사청이 처분의 정당성에 대한 의견을 제출하였다. 아울러, 감사청은 ‘청구인의 대리인이 감사담당 공무원이 요구하지 않았음에도 직접 감사관실에 소명하고 싶다며 감사장을 방문하였다’라고 주장하나, 실제로는 쟁점감사 종료 3일 전인 2025.6.23. 처분청이 청구인에게 쟁점비용에 대한 감사지적 사실을 통보하면서 재차 수정신고를 권유하였으나 청구인은 이미 쟁점신고확인을 통하여 완결된 사안에 대하여 감사지적을 빌미삼아 OOO억원 상당의 소득세를 추가 납부할 것을 요구하는 것은 부당하다는 취지로 ‘추계신고 권장에 대한 의견서’를 제출하였으며, 이에 감사청이 청구인으로 하여금 직접 해명할 것을 요구하여 불가피하게 청구인의 대리인이 처분청과 방문날짜를 사전 조율하여 감사청 공무원을 면담하였던 것이다. (2)(쟁점② 관련)이 건 부과처분과 관련하여 감사청은 쟁점비용이 보험료 대납액이라는 증거를 제시하지 않고 주관적 심증만으로 처분을 지시한바 이와 같은 지시에 따른 처분청의 쟁점과세처분은「국세기본법」상 근거과세의 원칙에 위배되는 것이다. (가)청구인이 감사청에 제출한 계정별원장은 2023년경 처분청에 제출한 자료와 동일한 것으로서 당시 처분청은 동 원장에 기재된 판매촉진비가 정당한 비용에 해당함을 인정한바 있다. (나)만약, 감사청이 판매촉진비 중 일부가 보험료대납액에 해당한다고 보아 당초 처분청의 쟁점신고확인 내용을 부인하려고 한다면 쟁점신고확인 과정에서 확인되지 아니한 과세자료에 의하는 등 후발적 사유가 있거나 구체적인 사실조사가 뒷받침되어야 하는 것이다. (다)청구인은 개인 사업자이므로 통장에 기록된 입출금 거래에는 사업과 무관한 개인 간 금전거래도 상당수 포함되어 있으므로 통장거래에 근거하여 비용을 부인한다면 그 통장기록이 사업상거래인지, 장부에 계상된 거래인지, 어떤 계정과목으로 회계처리하였는지, 귀속자는 누구인지, 세법의 근거규정은 무엇인지를 구체적으로 확정하여야 하나 감사청은 추정에 의하여 쟁점비용을 부인하였고 그 처분지시의 근거를 제시하지 못하고 있다. 나.처분청 의견 (1)(쟁점①에 대하여)「국세기본법」제81조의2 제2항 제1호에서 세무조사의 개념을 ‘국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 경우’로 규정하고 있는바, (가)감사청은 처분청에 대한 업무감사 당시 처분청이 쟁점신고확인 과정에서 청구인으로부터 쟁점비용과 관련된 계정별원장과 보험료 대납액 집계표 및 보험료 납입증명서 등을 제출받고도 보험료 대납액을 필요경비로 인정하여 종합소득세를 경정ㆍ고지하지 않은 사실에 대하여 시정요구를 하였고 이에, 처분청에서는「소득세법」제27조[사업소득의 필요경비 계산] 및 같은 법 제80조[결정과 경정]에 따라 청구인에게 경정ㆍ고지 처분하였을 따름이므로 이와 같은 감사청의 감사지적에 따른 경정ㆍ고지 처분은 세무조사에 해당하지 아니한다. (나)청구인의 대리인은 감사청의 요구에 따라 처분청 내 감사장을 방문하여 감사청의 질문에 답변하고 그에 관련된 소명자료를 제출하였다고 주장하나, 이는 사실과 전혀 다른 것으로서 감사청은 쟁점감사에 따른 처분지시에 앞서 처분청으로 하여금 청구인에게 쟁점비용과 관련한 지적사항을 미리 안내하도록 하였으며, 이에 청구인은 처분청에 쟁점비용에 대한 수정신고 의사를 피력하면서 수 일 내로 직접 처분청 내 감사장을 방문하여 직접 소명할 수 있게 해달라고 요청한바 있다. (다)당시 감사청은 청구인의 대리인이 임의로 출석하는 행위가 청구인의 심판청구 주장과 같은 빌미를 사게 될 소지가 있다고 보아 접견 당시 처분청의 감사업무 총괄 담당자를 배석하게 하기까지 하였으며, 동 접견 과정에서 감사청은 청구인의 대리인으로부터 청구인의 사정을 청취하고 간략히 답변하였을 뿐 질문ㆍ조사권을 행사한 사실이 없고 청구인의 대리인 또한 감사청에 추가 해명자료를 제출한 사실이 없다. (라)덧붙여, 청구인은 감사청이 청구인에게 추계방식에 의한 수정신고를 부당하게 요구하였으며 이에 대응하고자 이 건 감사 말미에 별도 서면을 제출하였다고 주장하나, 이 또한 청구인이 사실관계를 왜곡한 것으로 위 접견 당시 청구인의 대리인이 쟁점비용이 보험료 대납액에 해당한다고 시인함에 따라 감사청은 청구인의 대리인에게 세법에서 정하는 요건을 충족한다면 추계신고도 가능하다는 일반적인 내용을 안내하였을 따름이며 전술한 동 사안의 전말에 비추어 보더라도 감사청이 청구인에게 추계신고를 요구할 하등의 이유가 없다. (2)(쟁점②에 대하여)청구인은 쟁점과세처분이「국세기본법」제16조 제3항 및 제4항의 근거과세 원칙에 위반된다고 주장하나, 청구인의 주장은 다음과 같은 측면에서 타당하지 않다. (가)청구인은 쟁점신고확인 과정에서 이미 처분청에 2022년 귀속 계정별원장(복리후생비, 판매촉진비, 소모품비, 보험료, 지급수수료, 접대비 등)과 판매촉진비 지급현황, 보험료 대납액 집계표, 보험료 납입증명서, 관련 계좌 거래내역( OOO원의 지출내역에 대한 증빙과 원장 등을 재차 제출해 주기를 요구하여 쟁점감사 기간 중 관련 자료를 제출하였다고 주장하는 반면, 감사청은 쟁점감사에 앞서 위 <별지1> 및 <별지2> 등의 자료와 같이 처분청을 대상으로 시정조치를 요구하기에 충분한 증거자료를 이미 확보한 상황이었으므로 구태여 청구인 또는 청구인의 대리인(이하 “청구인 등”이라 한다)에게 해명자료 제출을 요구할 이유가 없었으며, 실제로도 청구인 등은 감사청에 아무런 자료도 제출하지 아니하였다는 의견이다. (마)청구인은 2025.6.23. 처분청으로부터 감사청이 쟁점비용을 모두 부인할 것이므로 조속히 필요경비를 추계하여 수정신고를 하라는 취지의 연락을 받은 후 위와 같은 요구는 감사청의 월권행위라는 의견을 피력하고자 2025.6.25. ‘추계신고 권장에 대한 의견서’를 발송하였으며 이에, 감사청이 청구인에게 직접 해명하라고 요청함에 따라 청구인의 대리인이 감사장에 출석하여 감사 담당공무원과 면담을 실시하였다고 주장한다. 반면, 감사청은 2025년 6월 중순경 처분청의 쟁점신고확인 업무 소홀을 지적하는 과정에서 처분청이 청구인에게 쟁점비용에 대한 감사지적 사실을 통보함에 따라 2025.6.19. 한 차례 청구인의 대리인이 처분청 내 감사장을 자진 방문한 사실은 있으나, 당시 감사청은 청구인 등에게 필요경비를 추계하여 수정신고를 하도록 요구한 사실이 없을 뿐만 아니라 그 외 쟁점비용과 관련하여 질문ㆍ검사권을 행사한 사실도 없다는 의견이다. 이와 관련, <표6>처분청 감사담당자 출장내역에 따르면 청구인의 대리인이 감사장에 방문할 당시 배석하였던 처분청 감사담당자(OOO)는 쟁점감사 기간 동안 감사장이 소재한 본서(OOO세무서)에 2026.6.19. 단 한 차례 출장한 것으로 나타난다. <표6>처분청 감사담당자 출장내역 OOO (2)쟁점②와 관련하여 청구인과 처분청이 제출한 심리자료를 종합하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가)처분청이 제출한 쟁점과세처분에 관련된 증거자료는 <별지1>판매촉진비 지급현황(1차), <별지2>판매촉진비 지급현황(2차), 계정별원장 등이고 동 자료들은 위 쟁점①에 대한 사실확인 조사내용과 같이 쟁점신고확인 과정에서 청구인이 처분청의 해명자료 제출 안내에 수인하여 자진 제출하였던 해명자료와 동일한 것으로 보인다. (나)<표7>판매촉진비 계정별원장에 따르면 2022년 귀속 판매촉진비 누계는 OOO원이고, 청구인은 2022.12.31. A 등 8명에게 합계 OOO원의 판매촉진비를 지출한 것으로 기재하였다가 같은 날 계정변경 명목으로 OOO원을 일괄 감액하였다. <표7>판매촉진비 계정별원장(발췌) OOO (다)<별지1>판매촉진비 지급현황(1차)에 따르면 청구인은 2022년 동안 A 등 12명(이하 “A 등”이라 한다)에게 합계 OOO원의 판매촉진비를 지출하였다고 기재하였고, 이에 첨부된 보험료납입증명서를 살펴보면 위 판매촉진비 전액은 A 등 명의의 보험료로 납입된 것으로 나타난다. (라)아울러, <별지2>판매촉진비 지급현황(2차)에 따르면 청구인은 위 <별지1> 자료와 달리 2022년 동안 A 등에게 합계 OOO원의 판매촉진비를 지출한 것으로 정정하면서, 그 증빙으로 청구인 명의의 사업용 계좌(OOO)와 A 명의의 계좌(OOO) 거래내역을 제출한바 그 내용을 살펴보면 청구인 명의 계좌에서 인출된 자금은 A 명의 계좌를 거쳐 A 등의 보험료 납입을 위하여 다시 송금된 것으로 나타난다. (3)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가)먼저 쟁점①에 대하여 살피건대,「국세기본법」제81조의4는 ‘납세자의 영업의 자유 등 권익을 심각하게 침해하는 중복세무조사를 금지’하여 과세관청의 자의적인 세무조사의 위험을 방지하고 있고,「국세기본법」제2조 제21호는 ‘국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 경우’를 세무조사로 규정하고 있는 점에 비추어, 쟁점신고확인 과정에서 처분청이 청구인에게 행한 해명자료 제출 안내의 경우 단순한 사실관계의 확인이나 이에 통상적으로 수반되는 간단한 질문 정도에 불과하고, 포괄적인 질문검사권을 행사한 것이 아니라서 이를 세무조사로 보기는 어렵다(조심 2018서4038, 2018.12.19., 조심 2018중3799, 2018.12.20. 외 다수, 같은 뜻임). 감사청 또한 쟁점감사 과정에서 청구인이 기 신고한 신고서 등의 서류와 청구인이 쟁점신고확인 당시 처분청에 제출한 해명자료에 기초하여 과세사실의 오류를 지적한 것으로 보이는 반면, 청구인이 쟁점감사 과정에서 감사청에 쟁점비용과 관련한 해명자료를 별도로 제출하거나 감사청의 질문에 답변한 구체적인 사정은 나타나지 아니한바, 당초 신고내용 확인 결과와 다르게 경정ㆍ고지한 쟁점과세처분이 재조사금지의 원칙에 위배된다는 청구주장은 받아들이기 어렵다(조심 2023부9208, 2023.9.12. 외 다수, 같은 뜻임) (나)다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점과세처분이「국세기본법」제16조 제3항 및 제4항의 근거과세 원칙에 위배된다고 주장하나, 청구인이 쟁점신고확인 과정에서 제출한 <별지1>판매촉진비 지급현황 등 해명자료(1차)에 따르면 청구인은 2022년 동안 A 등에게 합계 OOO원의 판매촉진비를 지출하였다고 기재하였고, 첨부된 보험료납입증명서를 살펴보면 위 판매촉진비 전액이 A 등 명의의 보험료로 납입된 것으로 나타나는 점, 아울러, 청구인이 쟁점신고확인 과정에서 추가 제출한 <별지2> 판매촉진비 지급현황 등 해명자료(2차)에 따르면 청구인은 위 <별지1> 자료와 달리 2022년 동안 A 등에게 합계 OOO원의 판매촉진비를 지출한 것으로 정정하면서, 그 증빙으로 청구인 명의의 사업용 계좌(OOO)와 A 명의의 계좌(OOO) 거래내역을 제출한바 그 내용을 살펴보면 청구인 명의 계좌에서 인출된 자금이 A 명의 계좌를 거쳐 A 등의 보험료 납입을 위하여 다시 송금된 것으로 나타나는 점 등과 같이 청구인이 쟁점신고확인 과정에서 처분청에 제출한 <별지1> 및 <별지2>와 같은 자료만으로도 쟁점비용이 보험료 대납액에 해당함은 충분히 증명된 것으로 보여지므로 쟁점과세처분이「국세기본법」상 근거과세의 원칙을 위배한 것이라는 청구주장 또한 받아들이기 어렵다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2026. 6. 11.