청구인은 쟁점계산서 외 쟁점거래의 내용을 확인할 수 있는 증빙을 일절 보관ㆍ관리하지 아니하였고, 청구인이 신고한 경비율은 99.1~7% 정도로 단순경비율(94.1%)에 비해 상당히 높게 나타나는바, 쟁점계산서의 공급가액이 과다기재된 것으로 보아 종합소득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없음

이유 1. 처분개요 가. 청구인은 2012.3.12.부터 경기도 남양주시 OOO에서 ‘A’라는 상호로 농산물 도ㆍ소매업을 영위하고 있는 개인사업자로, 2017년부터 2021년까지 B(이하 “쟁점거래처”라 한다)과 사이에 공급가액 OOO원 상당의 계산서를 수취하였고, 2021년에 공급가액 합계 OOO원 상당의 계산서(이하 위 매입계산서와 합하여 “쟁점계산서”라 하고, 관련 거래를 “쟁점거래”라 한다)를 발급하였다. 나. 성북세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.6.17.부터 2024.8.15.까지 쟁점거래처에 대하여 조세범칙조사를 실시한 결과, 쟁점계산서의 공급가액이 과다산정되었다는 내용의 과세자료를 파생하였고, 이에 처분청은 아래 <표1>과 같이 2025.12.1. 청구인에게 2017～2021년 귀속 종합소득세 합계 OOO원을 경정ㆍ고지하였다. <표1> 고지세액 OOO 다. 청구인은 이에 불복하여 2026.2.26. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 청구인이 쟁점거래처와 수년간 꾸준히 거래해 왔음에도, 처분청은 금융거래내역이 확인되는 부분만을 실제 거래로 인정하고, 나머지 금액을 가공금액으로 보았는바, 이는 전형적인 탁상행정이다. (2) 처분청은 거래명세서 등을 확인할 수 없으므로 쟁점계산서의 공급가액을 정상적인 것으로 인정할 수 없다는 의견이나, 청구인과 쟁점거래처 간의 거래품목은 수입고추 하나로, 청구인이 구두로 주문하면 쟁점거래처는 고추 수입업체로부터 구매한 것을 20kg 마대에 담아 청구인에게 납품하였다. (3) 쟁점거래처는 조사 과정에서 청구인과의 거래를 일관되게 실제 거래라고 하면서, 현금으로 결제한 경우가 많다고 진술하였고, 청구인의 계좌내역을 보면, 현금거래가 연도별로 약 30～48% 정도 차지하는 것을 알 수 있으므로 금융거래내역이 확인되지 않으면 실제 거래로 인정할 수 없다는 처분청 의견은 부당하다. 나. 처분청 의견 (1) 실제 거래 여부는 이를 확인할 수 있는 증명서류(품목, 금액이 기재된 거래명세, 장부 등)를 통해 판단이 가능하고, 이는 통상적으로 해당 증명서류를 제시하기가 용이한 거래 당사자가 입증할 필요가 있으나, 일부 금융거래내역 외에 명세서 등의 구체적인 증빙이 제시되지 아니하였다. (2) 청구인은 금융계좌의 현금 입출금내역을 제시하면서 현금거래부분이 인정되어야 한다고 주장하나, 해당 내역에서는 출금일자와 출금액만 확인될 뿐, 영수증 내지 현금수령증 등이 없어 그 귀속자를 전혀 확인할 수 없다. (3) 이와 같이 실제 거래 내용을 확인할 수 있는 객관적인 자료를 청구인이 제출하지 못하고 있으므로 금융거래내역에 근거하여 쟁점계산서의 공급가액이 과다하게 기재되었다고 보아 청구인에게 종합소득세를 부과한 이 건 처분은 적법하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점계산서를 공급가액이 과다하게 기재된 사실과 다른 계산서로 보아 청구인에게 종합소득세를 부과한 처분의 당부 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. 제16조(근거과세) ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다. ② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다. (2) 소득세법 제160조(장부의 비치ㆍ기록) ① 사업자(국내사업장이 있거나 제119조 제3호에 따른 소득이 있는 비거주자를 포함한다. 이하 같다)는 소득금액을 계산할 수 있도록 증명서류 등을 갖춰 놓고 그 사업에 관한 모든 거래 사실이 객관적으로 파악될 수 있도록 복식부기에 따라 장부에 기록ㆍ관리하여야 한다. ② 업종ㆍ규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 업종별 일정 규모 미만의 사업자가 대통령령으로 정하는 간편장부(이하 “간편장부”라 한다)를 갖춰 놓고 그 사업에 관한 거래 사실을 성실히 기재한 경우에는 제1항에 따른 장부를 비치ㆍ기록한 것으로 본다. ③ 제2항에 따른 대통령령으로 정하는 업종별 일정 규모 미만의 사업자는 “간편장부대상자”라 하고, 간편장부대상자 외의 사업자는 “복식부기의무자”라 한다. ⑦ 제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 장부ㆍ증명서류의 기록ㆍ비치에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제160조의2(경비 등의 지출증명 수취 및 보관) ① 거주자 또는 제121조 제2항 및 제5항에 따른 비거주자가 사업소득금액 또는 기타소득금액을 계산할 때 제27조 또는 제37조에 따라 필요경비를 계산하려는 경우에는 그 비용의 지출에 대한 증명서류를 받아 이를 확정신고기간 종료일부터 5년간 보관하여야 한다. 다만, 각 과세기간의 개시일 5년 전에 발생한 결손금을 공제받은 자는 해당 결손금이 발생한 과세기간의 증명서류를 공제받은 과세기간의 다음다음 연도 5월 31일까지 보관하여야 한다. ② 제1항의 경우 사업소득이 있는 자가 사업과 관련하여 사업자(법인을 포함한다)로부터 재화 또는 용역을 공급받고 그 대가를 지출하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 증명서류를 받아야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 제163조 및 「법인세법」 제121조에 따른 계산서 (3) 소득세법 시행령 제208조(장부의 비치ㆍ기록) ① 법 제160조 제1항의 장부는 사업의 재산상태와 그 손익거래내용의 변동을 빠짐없이 이중으로 기록하여 계산하는 부기형식의 장부를 말한다. ⑨ 법 제160조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 간편장부”란 다음 각 호의 사항을 기재할 수 있는 장부로서 국세청장이 정하는 것을 말한다. 1. 매출액 등 수입에 관한 사항 2. 경비지출에 관한 사항 3. 사업용 유형자산 및 무형자산의 증감에 관한 사항 4. 기타 참고사항 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인 및 쟁점거래처의 사업자 기본사항은 아래 <표2>와 같고, 이 건 결의서에 의하면 청구인은 2017년 및 2019년에는 간편장부대상자, 2018년, 2020년 및 2021년에는 복식부기의무자로 구분되어 있다. <표2> 사업자 기본사항 OOO (나) 조사청은 2024.6.17.부터 2024.8.15.까지 쟁점거래처에 대하여 조세범칙조사를 실시하였는바, 그 조사종결보고서의 주요 내용은 아래 <표3>과 같다. <표3> 조사종결보고서(조사청) 6. 조사내용 가. 사업장 및 사업자에 대한 조사 (1) 사업장 조사 (중략) - 쟁점거래처의 영업형태에 대하여 확인한바, a 본인이 실사업자이며, 종업원 없이 승합차를 이용하여 자인 등을 통해 소개받은 매입거래처로부터 농산물 등을 매입한 후 매출거래처의 사업장을 찾아다니며 납품하였으며 거래대금은 일부 계좌이체 및 대부분은 현금으로 수수하였다고 함 (2) 사업자 조사 - (경력) a는 1977년부터 2000년까지 서울 중구에 소재한 OOO 호텔(現 OOO호텔)에서 근무하다 영업과장으로 퇴사하였으며, 이후 이삿짐 용역, 입주 청소도우미 등으로 생활하다 2015년부터 2022년까지 쟁점거래처를 운영, 현재는 건설현장 등에서 일용직으로 생활하고 있음 - 사업자 a는 조사대상 사업장인 쟁점거래처 외의 사업이력은 없음 나. 금융 조회 및 거래처 거래사실 확인 - a는 금융거래 현장확인 결과 쟁점거래처의 매출ㆍ매입거래처와의 결제대금은 거래금액 대비 계좌 입출금 금액은 차이가 많고, a와 거래처 거래사실 확인 회신한 업체들은 거래관행상 대부분 현금거래를 하였다고 주장함 - 금융거래 입금분도 계좌이체 후 당일 또는 1～2일내 CD기를 통해 OOO원씩 모두 현금으로 인출됨 다. 매출거래처 조사내용 - 쟁점거래처 a는 농산물 매출과 관련하여 관련 증빙은 폐업시 모두 폐기하였으며, 대금수수도 대부분을 현금 결제하였고 모든 거래가 진실한 거래라고 주장하나, - 거래사실을 입증할 관련 증빙은 전혀 없으며, 고액의 거래대금을 현금으로만 거래하는 점, (전자)계산서 발행도 누가 언제 어디에서 발행하였는지 기억나지 않는다고 진술하는 등 거래사실을 전혀 입증하지 못함 - 거래처 역시 거래사실 확인 회신시 관련 증빙은 전혀 없고 현금거래만 주장하는 등 거래사실을 입증하지 못함 (중략) 【별지1】매출계산서 거래처별 판단사항 1. A(대표자 : 청구인) - A는 거래사실회신시 정상거래 주장하며 대금지급은 현금 및 온라인 거래에 대한 일부 금융증빙 외 거래품목, 명세서 등 거래내역에 대한 구체적 증빙은 회신하지 않음 - 쟁점거래처 a 또한 정상거래 주장하나 관련 증빙은 모두 폐기하였다고 하고, 계산서 발행도 누가 언제 어디에서 발행하였는지도 기억나지 않는다고 진술하는 등 거래사실을 입증하지 못하여 정상거래로 볼 수 없어, - 신고금액 중 a의 금융거래 내역 입금확인 금액 외 과소금액에 대해 과다발급(부분가공) 확정함 【별지2】매입계산서 거래처별 판단사항 10. A(대표자 : 청구인) - A는 거래사실회신시 정상거래 주장하며 대금지급은 현금 및 온라인 거래에 대한 일부 금융증빙 외 거래품목, 명세서 등 거래내역에 대한 구체적 증빙은 회신하지 않음 - 쟁점거래처 a 또한 정상거래 주장하나 관련 증빙은 모두 폐기하였다고 하고, 계산서 발행도 누가 언제 어디에서 발행하였는지도 기억나지 않는다고 진술하는 등 거래사실을 입증하지 못하여 정상거래로 볼 수 없어, - 신고금액 중 a의 금융거래 내역 입금확인 금액 외 과소금액에 대해 과다수취(부분가공) 확정함 (다) 쟁점거래처의 대표 a는 2024.8.9. 조사과정에서 아래 <표4>와 같이 진술하였는바, 처분청은 a가 계산서 발급 경위 등을 알지 못하고 거래증빙이 보관되지 않아 쟁점계산서의 공급가액을 인정하기 어렵다는 의견이고, 반면 청구인은 a가 현금결제 및 쟁점거래를 실제 거래로 진술하고 있으므로 이를 인정하여야 한다고 주장한다. <표4> a(B)의 심문조서(2024.8.9.) 문 : 쟁점거래처는 2022.11.30. 폐업신고 하였는데 폐업사유는 무엇입니까? 답 : 남는게 없이 빚만 지고 그래서 폐업했어요. 빚진 이유가 팔고도 돈 뜯긴게 더 많아요. 먼저도 말씀드렸지만 요일별로 거래처를 다니잖아요. 이 거래처 저 거래처에서 물건 달라고 그러는데 외상값 못 받겠더라고요. 가끔 전봇대에 빚 받는다고 써있잖아요. 거기도 연락했는데 착수금 달라더라고요. 돈이 어딨어요. 7～8년 하면서 오죽하면 폐업했겠어요. 다 내 잘못이죠뭐. 문 : 쟁점거래처는 어떤 사업을 영위한 사업장이고, 귀하는 어떠한 업무를 하였나요? 답 : 물건 사서 가져다 팔고 그런거죠. 건고추, 고춧가루, 참기름, 깨도 있고, 검정콩, 농산물이죠, 다. 고춧가루가 반 정도 될 거에요. 배추도 했어요. 김장철에. 양파도 하고, 대파도 팔고 그랬어요. 문 : 직원은 몇 명이고 누구와 같이 작업을 하였습니까? 답 : 밤에 물건 정리하고 그런 거 집사람이 도와주고, 아들 둘이 있어요. 무거운 거 있으면 도와주고, 직원은 없어요. 저 혼자 했습니다. 승합차 타고 다니면서 지방 내려가면 승합차 뒤에서 자고 그랬어요 문 : 쟁점거래처의 부가가치세 신고 및 계산서 발급 수취 업무는 누가 하였습니까? 답 : OOO가, OOO가, 이름도 기억 잘 안 나는데 그 양반이 도와주고 그랬죠. OOO는 이삿짐 일 하다가 우연히 알게 됐어요. 세무사 사무실은 OOO원, OOO원 드니까. 그 돈이 어딨어요. 차 한 잔 마시고 신고서 어떻게 쓰라고 알려주고 그랬죠. 돈이 없어서 사례금은 못 줬어요. 식사값 정도 준거요. 문 : 쟁점거래처가 발급한 전자계산서는 누가 업무를 수행하였습니까? 답 : 그거 누가 했나.. 그것도 다 잊어버렸어요. 지금 자꾸 빚 독촉 나오고, 일 생기는 바람에 머리가 하얘졌어요. 문 : 쟁점거래처의 거래(매출ㆍ매입)와 관련하여 거래사실을 확인할 수 있는 (세금)계산서, 거래명세서, 계약서, 거래처원장, 금융증빙 내역 등이 있습니까? 답 : 폐업하면서 다 버렸어요. 찾아도 없어요. 뒤도 돌아보기 싫은데 얘기하지 말아요. 자꾸 옛날 일 생각나면 성질만 나지 생각이 나나요. (중략) 문 : 청구인에게 발행한 계산서 금액은 (중략) 합계 OOO원인데 귀하의 계좌로 입금된 금액은 자료보다 적은 OOO원입니다. 차이가 나는 이유는 무엇입니까? 진실한 거래입니까? 답 : 이 양반 현금 많이 줬어요. 예를 들어 두 번 가면 한 번은 꼭 현금으로 줬어요. 많이 도와준 양반이에요. OOO 알죠. 은인이나 마찬가지예요. 출금 한도가 있으니까 바쁘면 은행 가서 현금 찾을 시간도 없고. 문 : 청구인과의 거래 품목 등 거래경위와 거래사실을 증명할 증빙이 있습니까? 답 : 건고추, 깨. 그거죠 뭐. 증빙은 다른 사업자도 다 없어요. 문 : 계산서 금액이 과다 발급된 사실이 없습니까? 답 : 없죠. 그대로 끊었어요 (라) 처분청은 청구인 및 쟁점거래처 사이에 객관적으로 계좌입출금이 확인되는 금액만을 실제 거래금액으로 인정하고, 나머지 금액을 가공금액으로 확정하였는바, 그 내역은 아래 <표5>와 같다. <표5> 가공확정액 OOO (마) 청구인의 종합소득세 신고 및 경정내용은 아래 <표6>과 같은바, 처분청은 OOO원 상당의 필요경비를 부인하는 한편, OOO원 상당의 수입금액을 차감하여 이 건 종합소득세를 산정한 것으로 확인된다. <표6> 종합소득세 신고 및 경정내용 OOO (바) 청구인이 제시한 주요 증빙은 다음과 같다. 1) 청구인은 청구인의 금융계좌(농협) 거래내역을 제시하였는바, 아래 <표7>과 같이 총입금액에서 현금입금액의 비율이 30～48%를 차지하므로 현금결제분을 인정하여야 한다고 주장한다. <표7> 청구인의 계좌입금 현황(청구인 제시) OOO 2) 청구인은 아래 <표8>과 같이 거래처에서 작성한 확인서 6건을 제시하였다. <표8> 확인서(주식회사 C) 주식회사 C은 청구인과 일부 현금, 일부 통장 거래를 하였습니다. 거래기간 : 2017～2021년 현재 미수금 없음을 서로 확인하였습니다. 3) 쟁점거래처의 「조세범 처벌법」 위반 혐의를 수사한 종암경찰서장은 2025.3.14. 불송치(혐의없음) 결정을 한 것으로 확인된다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점거래처와 사이에 일부 거래금액을 현금으로 주고받았을 뿐 쟁점계산서의 공급가액이 사실과 같다고 주장하나, 과세표준의 증명책임은 과세관청에 있고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 증명책임도 과세관청에 있으나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것이고 그 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분이 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 그가 입증하는 것이 손쉽다는 점을 감안해 보면, 납세의무자가 증명 활동을 하지 아니하는 필요경비에 대해서는 부존재의 추정을 용인하는 것이 공평의 관념에 부합하는 점(대법원 2004.9.23. 선고 2002두1588 판결, 같은 뜻임), 「소득세법」 제160조 제1항 및 제2항에 의하면 사업자는 소득금액을 계산할 수 있도록 증명서류 등을 갖추어 놓고 있어야 하나, 청구인의 경우 쟁점계산서 외에 쟁점거래의 내용을 확인할 수 있는 증빙을 전혀 보관ㆍ관리하지 아니한 점, 청구인이 신고한 경비율은 99.1～99.7% 정도로 단순경비율(2021년 94.1%, 주업종코드 522040)에 비해 보더라도 지나치게 높게 나타나는 점 등에 비추어, 쟁점계산서의 공급가액이 과다기재되었다고 보아 청구인에게 종합소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2026. 6. 10.