청구법인은 쟁점주택조합과 업무대행용역계약을 체결하면서 필요하다고 인정되는 포괄적이고 복합적인 용역을 계속적으로 공급하기로 하였고, 스스로도 쟁점용역은 사업과정 전반에 걸쳐 수행되는 계속적 용역이라 인정하고 있는바, ‘공급단위를 구획할 수 없는 용역의 계속적 공급’에 해당하여 ‘대가를 받기로 한 때’가 공급시기임

이유 1. 처분개요 가. 청구법인은 2012.6.5. 개업하여 OOO업을 영위하고 있는 법인으로, 2020.1.1.~2020.12.31. 기간 동안 OOO 일대를 사업부지로 하는 OOO(이하 “쟁점주택조합”이라 한다)에게 조합원 모집부터 개발 후 정산까지의 업무대행용역 일체(이하 “쟁점용역”이라 한다)를 제공하고 업무대행비 합계 OOO원(2020년 제1기분 OOO원 및 2020년 제2기분 OOO원, 이하 “쟁점금액”이라 한다)을 각 수취하였으나 이에 대하여 세금계산서를 발행하거나 쟁점금액을 매출로 신고하지 아니하였다. 나. 처분청은 청구법인에 대한 서면확인을 실시한 결과, 청구법인이 쟁점금액을 신고누락한 사실을 확인하고 세금계산서 미발행가산세 등을 포함하여 2025.7.23. 및 2025.9.4. 청구법인에게 2020년 제1기ㆍ제2기 부가가치세 합계 OOO원(2020년 제1기분 OOO원 및 2020년 제2기분 OOO원)을 각 경정ㆍ고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.10.21. 이의신청을 거쳐 2026.3.9. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 쟁점주택조합의 사업과 관련하여 조합원 모집, 토지 확보, 사업관리 및 행정절차 진행 등 전반적인 업무대행 용역을 수행하였으나, 해당 사업은 최종적으로 성공적으로 완료되지 못한 상태로 중단되었고, 그에 따라 용역대가 또한 확정되지 아니하였음에도 처분청은 사업 진행 과정에서 집행된 쟁점금액을 쟁점용역의 공급이 완료된 데 대한 대가로 보아 이 건 부가가치세를 부과하였다. (2) 쟁점용역은 단일 시점에 완료되는 것이 아니라 조합 설립, 조합원 모집, 토지 확보, 각종 행정절차 진행 등 사업 진행 과정 전반에 따라 단계적으로 수행되는 계속적 용역이므로, 이와 같은 사업 구조에서는 사업의 성공 여부에 따라 최종 용역대가가 확정되는 것이 일반적이다. 따라서 사업 진행 중간 단계에서 지급된 쟁점금액을 확정된 용역의 대가로 보기는 어렵다. (3) 한편, 쟁점금액은 쟁점주택조합의 사업 진행 과정 중에 발생하는 인건비, 운영비 및 각종 실비 집행을 위하여 사용된 자금으로, 이는 청구법인에게 최종적으로 귀속되는 확정된 이익이 아니라 사업 성공 후 정산을 통해 확정될 예정인 것이었으나, 사업이 중단됨에 따라 최종 정산이 이루어지지 않았다. 따라서 처분청이 사업 진행 중에 집행한 쟁점금액을 실질적인 운영자금이 아니라 용역대가로 보아 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 실질과세의 원칙을 위반하여 부당하다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 쟁점주택조합에 제공한 쟁점용역이 사업진행 과정에 따라 관례적으로 수행되는 계속적 용역으로 용역대가가 최종적으로 확정되지 않았다고 주장하나, 청구법인은 쟁점용역이 일부 완성된 시점마다 자금집행 요청을 통해 확정된 대가를 지급받았는바, 이는 완성도기준지급조건부 용역에 해당하므로 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 쟁점용역의 공급시기로 하여 세금계산서를 발행하여야 한다. (가) 청구법인은 2018.7.30. 쟁점주택조합과 쟁점용역에 관한 계약을 체결하고 조합업무를 수행하였다. 쟁점주택조합과의 위 계약 제3조 업무의 내용에 ‘지역주택조합 계획수립 및 조합비의 결정 기초자료 작성, 조합원 모집 및 조합원 명부 작성, 조합명의 소유권 확보 및 지구단위계획 수립 등 인허가 업무, 창립총회 및 조합설립 인가의 행정절차 지원 등’의 내용이 약정되어 있고, 제5조 업무대행의 보수에는 ‘본 사업과 관련한 업무대행(용역)의 수수료는 건립세대당 OOO원정((원)OOO, VAT 별도)을 현금으로 지급하기로 한다’고 약정되어 있으며, 제6조 수수료 지급시기 및 절차에는 ‘수수료의 지급시기 및 절차는 자금관리 대리사무계약에 의거 실행하기로 한다’고 약정되어 있다. (나) 한편, 쟁점주택조합 자금관리대리사무계약서(2018.8.16.) 제13조 제3항은 조합원분담금 및 업무대행비 등 자금관리계좌의 집행기준 및 지급방법에 대하여 ‘쟁점주택조합과 청구법인의 요청과 ㈜A이 지정하는 자금집행요청서를 작성하고 제반계약서, (세금)계산서, 영수증 등 지출증빙 서류를 첨부하여 ㈜A에 제출하고, ㈜A은 조합원분담금 자금관리계좌 잔고 범위 이내에서 월 4회에 한하여 집행한다’고 약정하고 있는바, 청구법인과 쟁점주택조합이 위 자금관리대리사무계약 제13조에 의하여 ㈜A에 자금집행을 요구함에 따라 자금관리계좌(OOO)에서 업무대행사 운영비 및 업무대행수수료가 인출되어 청구법인의 계좌(OOO)에 ‘업무대행사 운영비 및 업무대행비’ 명목으로 쟁점금액이 입금된 것이다. (2) 또한, 청구법인은 쟁점금액이 운영비 등 실비 집행을 위한 자금으로 확정되지 않았고 수취가능성도 불확실하여 세무대리인과 협의하여 ‘선수금’으로 회계처리를 하였다고 주장하나, 청구법인은 쟁점용역이 완료된 것으로 보아 자금관리대리사무계약 제13조에 따라 자금집행을 요구한 것이고, ㈜A은 청구법인이 제반계약서, (세금)계산서, 영수증 등 지출증빙 서류를 첨부하여 자금집행요청서를 제출하였으므로 신탁계좌에서 청구법인의 계좌로 업무대행사 운영비 및 업무대행비 명목으로 쟁점금액을 입금하였다. 즉, 청구법인은 쟁점용역의 일부가 완성된 시점마다 자금집행요청을 통해 대가를 확정하고 이를 지급받았으므로 쟁점용역은 완성도기준지급조건부 용역에 해당하고, 이는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 공급시기로 보아야 하므로, 설사 청구법인이 대가를 지급받지 못하여도 받기로 한 때를 공급시기로 보아 세금계산서를 교부하여야 한다(국심 2006서3746, 2007.6.12. 참조). (3) 위와 같이 청구법인은 쟁점용역이 완료된 것으로 보아 쟁점주택조합과 체결한 자금관리대리사무계약 제13조에 따라 자금집행을 요구하였고, ㈜A은 지출증빙 서류 등을 확인하여 청구법인의 계좌에 쟁점금액을 입금한 것이다. 따라서 청구법인이 기업회계와 세법의 차이를 인지하지 못하고 매출액을 선수금으로 보아 세금계산서를 발행하지 아니함에 따라 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점주택조합으로부터 수취한 쟁점금액을 업무대행비로 보아 청구법인에게 부가가치세를 부과한 처분의 당부 나. 관련 법령 등 (1) 부가가치세법 제11조【용역의 공급】① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다. 1. 역무를 제공하는 것 2. 시설물, 권리등 재화를 사용하게 하는 것 제16조【용역의 공급시기】① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다. 1. 역무의 제공이 완료되는 때 2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때 ② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다. 제32조【세금계산서 등】① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다. 1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭 2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호 3. 공급가액과 부가가치세액 4. 작성 연월일 5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 ② 법인사업자와 대통령령으로 정하는 개인사업자는 제1항에 따라 세금계산서를 발급하려면 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 세금계산서(이하 “전자세금계산서”라 한다)를 발급하여야 한다. ③ 제2항에 따라 전자세금계산서를 발급하였을 때에는 대통령령으로 정하는 기한까지 대통령령으로 정하는 전자세금계산서 발급명세를 국세청장에게 전송하여야 한다. (2) 부가가치세법 시행령 제29조【할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 법 제16조 제2항에 따른 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기로 본다. 다만, 제2호와 제3호의 경우 역무의 제공이 완료되는 날 이후 받기로 한 대가의 부분에 대해서는 역무의 제공이 완료되는 날을 그 용역의 공급시기로 본다. 1. 기획재정부령으로 정하는 장기할부조건부 또는 그 밖의 조건부로 용역을 공급하는 경우 2. 완성도기준지급조건부로 용역을 공급하는 경우 3. 기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우 4. 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우 (3) 부가가치세법 시행규칙 제20조【중간지급조건부 용역의 공급】영 제29조 제1항 제3호에서 “기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 계약금을 받기로 한 날의 다음 날부터 용역의 제공을 완료하는 날까지의 기간이 6개월 이상인 경우로서 그 기간 이내에 계약금 외의 대가를 분할하여 받는 경우 2. 「국고금 관리법」 제26조에 따라 경비를 미리 지급받는 경우 3. 「지방재정법」 제73조에 따라 선금급을 지급받는 경우 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 쟁점주택조합으로부터 지급받은 쟁점금액을 확정되지 아니한 운영자금으로 보아 세금계산서를 발급하거나 매출로 신고하지 아니하였으나, 처분청은 청구법인에 대한 서면확인을 통해 쟁점금액을 쟁점용역의 대가로 보아 아래 <표1>과 같이 청구법인에게 이 건 부가가치세를 부과하였다. <표1> 이 건 부가가치세 부과 내역 OOO (2) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2018.7.30. 쟁점주택조합과 업무대행(용역)계약을 체결하고 쟁점용역을 수행하고 있는바, 위 계약의 주요 내용은 다음과 같다. OOO (나) 위 업무대행(용역)계약 제6조에 따르면 청구법인과 쟁점주택조합은 수수료 지급시기 및 절차를 ‘자금관리 대리사무계약’에 의거 실행하기로 약정하였는바, 쟁점주택조합, 청구법인 및 ㈜A이 2018.8.16. 체결한 ‘자금관리 대리사무계약’의 주요 내용은 다음과 같다. OOO (다) 청구법인은 위 자금관리 대리사무계약 제13조에 의하여 ㈜A에 자금집행요청서를 제출하였고, ㈜A은 이에 따라 청구법인에게 쟁점금액을 지급하였는바, 청구법인이 제출한 자금집행요청서의 일부는 다음과 같다. OOO (라) 청구법인은 쟁점금액을 선수금으로 회계처리한 것으로 나타나는바, 청구법인이 각 사업연도 법인세 신고 시 제출한 표준대차대조표상 확인되는 선수금 계정은 아래 <표2>와 같다. <표2> 선수금 계정 신고 금액 OOO (마) 한편, 청구법인은 2020사업연도 동안 쟁점주택조합에 세금계산서를 발급한 내역은 나타나지 아니하나, 아래 <표3>과 같이 2022사업연도 중 취급수수료를 품목으로 하여 세금계산서를 발급한 내역은 확인된다. <표3> 청구법인의 2022사업연도 세금계산서 발급 내역 OOO (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점주택조합의 주택사업이 완료되지 못한 상태로 중단됨에 따라 쟁점용역의 대가가 확정되지 아니하였으므로 사업이 완료된 후에 쟁점용역의 공급시기가 도래된다고 주장하나, 「부가가치세법」 제16조 제1항은 용역의 공급시기에 관하여 역무가 제공되거나 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때라고 규정하고 있고, 같은 법 제16조 제2항의 위임에 따른 같은 법 시행령 제29조 제1항 각 호는 장기할부조건부 또는 그 밖의 조건부로 용역을 공급하거나 완성도기준지급조건부ㆍ중간지급조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 용역의 공급시기로 규정하고 있는바, 이 건의 경우 청구법인은 쟁점주택조합과의 업무대행(용역)계약에 따라 이 건 주택사업과 관련하여 조합원 모집단계부터 조합명의 소유권 확보 및 지구단위계획 수립 등 인허가 취득, 창립총회 및 조합설립인가의 행정절차 지원, 건축물 철거, 사업과 관련된 일체의 민원처리 업무 등 본 계약에서 명시적으로 위임한 업무 이외의 업무로서 필요하다고 인정되는 모든 포괄적이고 복합적인 용역을 쟁점주택조합의 청산 시까지 계속적으로 공급하여야 하고, 청구법인 스스로도 쟁점용역은 단기에 완료되는 것이 아니라 사업 진행 과정 전반에 걸쳐 단계적으로 수행되는 계속적 용역이라고 인정하고 있는바, 위 계약에 따라 청구법인이 쟁점주택조합에게 제공하는 용역은 「부가가치세법 시행령」 제29조 제1항 제4호 소정의 ‘공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우’에 해당하는 것으로 보이므로 ‘그 대가의 각 부분을 받기로 한 때’를 공급시기로 봄이 타당한 점, 구분가능한 역무의 단위가 과세대상이 되는 용역의 공급에 있어서 역무의 제공이 완료되었음에도 공급시기가 도래하지 아니하였다고 보는 예외적인 경우는 역무 제공의 완료 시 공급가액이 확정되지 아니한 경우를 말한다고 할 수 있는데, 이 건 업무대행(용역)계약에 의하면 본 사업과 관련한 청구법인의 업무대행수수료가 건립세대당 OOO원으로 약정되어 있고, 청구법인이 자금관리대리 사무계약에 따라 수행한 용역의 대가를 ㈜A에게 청구하면 ㈜A이 이에 따라 관련 지출증빙 등을 확인하고 자금을 집행하는 일련의 과정을 거쳐 쟁점금액이 지급되었는바, 쟁점용역의 공급가액(대가)이 확정되지 아니하였다고 보기 어려운 점, 그 밖에 청구법인은 쟁점용역의 공급가액이 확정되지 아니하였다고 주장하면서도 2022사업연도에 쟁점주택조합으로부터 수취한 취급수수료 합계 OOO원에 대하여는 세금계산서를 발급한 것으로 확인되는데, 용역대행수수료와 취급수수료를 달리 취급할 이유가 없어 보이는 점 등에 비추어, 쟁점용역의 경우 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 공급시기로 보아 쟁점금액을 매출액에 포함함이 타당하다 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점금액을 매출액에 포함하고 세금계산서 미발행가산세 등을 가산하여 청구법인에게 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2026. 6. 17.