콜옵션 행사자 지정당시(20.9.28.) 쟁점법인은 AAA의 지분 99%를 보유하였고, 쟁점법인의 반기보고서 및 사업보고서 등에도 AAA을 계열회사로 공시하고 있는바, o특별한 사정이 없는 한 AAA은 쟁점법인과 동일 기업집단에 속한 계열사에 해당하는 것이고, 그 대표이사인 청구인도 쟁점법인의 특수관계인에 해당함

이유 1.처분개요 가.청구인은 2020.5.14. 「중소기업창업지원법」에 따른 창업자에 대한 투자 등을 목적으로 설립된 주식회사 A(2021.9.14. 상호를 주식회사 B로 변경한 비상장법인으로, 이하 “쟁점①법인”이라 한다)의 설립 당시 대표이사로 취임하였다가 2021.9.14. 사임한 사람이다. 나.주식회사 C(이하 “쟁점②법인”이라 한다)는 2002.3.29. 설립되어 2014.12.16. 코스닥에 상장된 법인으로, 2018.7.11. 권면총액 OOO원의 ‘제3회차 무기명식 이권무 무보증 사모 전환사채’(이하 “쟁점전환사채”라 한다)를 발행하였고, 이 때 쟁점②법인이 지정하는 사람이 사채권자에게 쟁점전환사채 일부의 매도를 청구할 수 있는 권리(콜옵션)를 가지도록 하였다. 다. 쟁점②법인은 2020.9.28. 이사회를 개최하여 청구인을 권면금액 OOO원의 쟁점전환사채에 대한 콜옵션(이하 “쟁점콜옵션”이라 한다) 행사자로 지정하기로 결의한 뒤, 같은 날 관련 사채권자들에게 위 쟁점콜옵션 행사자의 지정사실을 통보하였고, 청구인은 2020.10.12. 쟁점콜옵션을 행사하여 전환사채를 취득하였다. 라. OOO지방국세청(이하 “조사청”이라 한다)은 2023.11.29.부터 2024.2.20.까지 쟁점②법인에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 쟁점콜옵션 행사자 지정을 자산의 무상양도를 통한 이익분여행위로 보아, 「법인세법」 제52조에 따른 부당행위계산부인 규정을 적용하고 쟁점콜옵션의 평가액 OOO원을 쟁점②법인의 2020사업연도 익금에 산입하여 처분청에게 관련 과세자료를 파생하였고, 처분청은 이에 따라 위 금액을 청구인에 대한 2021년 귀속 기타소득으로 소득처분하여 쟁점②법인에게 관련 소득금액변동통지를 하였으며, 이는 2024.3.14. 쟁점②법인에게 송달되었다. 마.청구인은 「소득세법 시행령」 제134조 제1항이 규정한 기한 내에 위 소득금액변동통지에 따른 종합소득세 추가신고를 하지 아니하였고, 2025.8.19. 2021년 귀속 종합소득세 OOO원을 기한 후 신고하였다가, 2025.9.30. 그 납부할 세액을 OOO원으로 하여 수정신고하였으나 이를 납부하지 아니하였으며, 처분청은 청구인의 수정신고세액에서 가산세 일부를 감액하여 2025.12.24. 청구인에게 2021년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다. 바.청구인은 이에 불복하여 2026.3.16. 심판청구를 제기하였다. 2.청구인 주장 및 처분청 의견 가.청구인 주장 (1) 「법인세법」 제52조 제1항은 내국법인이 특수관계인과의 거래로 조세부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산을 부인할 수 있도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제88조 제2항은 그 행위 당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계인 간의 거래에 대하여 부당행위계산부인을 적용하도록 규정하고 있는바, 법인세법령상 부당행위계산부인 규정을 적용하려면 그 행위 당시 특수관계인 간의 거래가 있어야 하는 것이다. (2) 그런데 청구인은 「법인세법 시행령」 제2조 제5항 각 호별 규정에 비추어 보면 쟁점②법인의 특수관계인에 해당하지 아니한다. (가) 청구인은 쟁점①법인의 임원일뿐 쟁점②법인에 영향력을 행사할 지위에 있는 사람 또는 그 친족이 아니고, 쟁점②법인의 주주 또는 그 친족도 아니므로, 「법인세법 시행령」 제2조 제5항 제1호 및 제2호에 해당하지 아니한다. (나) 청구인은 독립적 생계를 유지하는 자로서, 쟁점②법인의 임ㆍ직원 또는 비소액주주 등의 직원이 아니고, 쟁점②법인 또는 비소액주주등의 금전이나 그 밖의 자산에 의하여 생계를 유지하는 자도 아니므로, 「법인세법 시행령」 제2조 제5항 제3호에 해당하지 아니한다. (다) 쟁점②법인은 쟁점①법인의 지분 100분의 99를 보유하고 있어 「법인세법 시행령」 제2조 제5항 제4호에 따른 쟁점①법인의 특수관계인에 해당하는 것이나, 이와 달리 청구인은 같은 항 제4호 또는 제5호에 따른 ‘법인’이 아니므로 해당 규정에 따른 쟁점②법인의 특수관계인에 해당하지 아니한다. (라) 청구인은 쟁점②법인에 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인에 100분의 30 이상을 출자하고 있지도 아니하므로, 「법인세법 시행령」 제2조 제5항 제6호에 따른 쟁점②법인의 특수관계인도 아니다. (마) 「법인세법 시행령」 제2조 제5항 제7호는 법인이 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」(이하 “공정거래법”이라 한다)에 따른 기업집단에 속하는 법인인 경우 그 기업집단에 소속된 다른 계열회사 및 그 계열회사의 임원을 특수관계인으로 규정하고 있으나, 청구인은 이러한 경우에도 해당하지 아니한다. 1) 쟁점②법인의 대표이사 A은 쟁점②법인의 지분 약 100분의 12만을 보유하고 있어 쟁점②법인은 공정거래법 시행령 제4조 제1항 제1호에 따른 기업집단에 해당하지 아니한다. 2) 다만 쟁점①법인과 쟁점②법인이 공정거래법 제4조 제2호 다목 1)에 따른 기업집단에 속하는지가 문제될 수 있는데(같은 호의 다른 목 규정으로는 두 법인이 기업집단에 속한다고 볼 여지가 없다), 위 공정거래법 시행령 제4조 제2호 다목 1)은 2022.12.27. 신설된 것으로서 쟁점콜옵션 행사자 지정 행위 당시인 2020.9.28.에는 해당 규정이 존재하지 아니하였다. 나. 처분청 의견 (1) 이 건 심판청구는 부적법하다. (가) 종합소득세는 신고납부세목으로서 청구인이 소득금액변동통지에 따라 2021년 귀속 종합소득세를 추가신고함으로써 그 과세표준과 세액이 확정된 것인바, 처분청이 청구인에게 한 이 건 종합소득세 고지는 무납부고지로서 이는 청구인의 신고에 의하여 이미 확정된 세액을 징수하기 위한 절차일 뿐 불복청구의 대상이 되는 부과처분에 해당하지 아니한다. (나) 처분청은 2025년 3월경 청구인에게 소득금액변동통지를 하였으나 이는 우편함에 보관된 것으로 확인되어 2025년 7월경 다시 청구인에게 소득금액변동통지를 하였고, 청구인은 추가신고기한(2025.9.30.) 이내인 2025.8.19. 및 2025.9.30. 2021년 귀속 종합소득세 추가신고 및 관련 수정신고를 하였으나 그 세액을 무납부하였으며, 처분청은 이에 대하여 가산세를 일부 감면하여 무납부고지한 것이다. (2) 청구인은 쟁점콜옵션 행사자 지정 당시를 기준으로 쟁점②법인의 특수관계인에 해당한다. (가) 청구주장과 달리 공정거래법 시행령(2020.8.11. 대통령령 제30934호로 타법개정된 것) 제3조 제2호 다목 1)은 쟁점콜옵션 행사자 지정 당시인 2020.9.28.에도 있던 규정이다. (나) 쟁점콜옵션 행사자 지정 당시인 2020.9.28. 쟁점②법인은 쟁점①법인의 지분 100분의 99를 보유하였고, 쟁점②법인의 최대주주이던 A은 쟁점②법인의 대표이사와 쟁점①법인의 사내이사를 겸임하였으므로, 이들 두 법인은 당시 시행ㆍ적용되던 공정거래법 시행령(2020.8.11. 대통령령 제30934호로 타법개정된 것) 제3조 제2호 다목 (1)에 따른 동일한 기업집단에 속한 것이다. (다) 따라서 청구인과 쟁점②법인은 「법인세법 시행령」 제2조 제5항 제7호에 따른 특수관계인에 해당하는 것이다. 3.심리 및 판단 가.쟁점 ① 이 건 심판청구가 적법한지 여부 ② 청구인과 쟁점②법인은 서로 특수관계인이 아니므로 전환사채 콜옵션 행사자 지정에 대하여 법인세법령상 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 없다는 청구주장의 당부 나.관련 법령 : <별지> 기재 다.사실관계 및 판단 (1)이 건 심판청구의 경위와 이에 관한 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구인은 쟁점콜옵션의 행사자로 지정되어 관련 전환사채를 취득한 뒤, 2021.2.1. 전환사채 취득에 따른 이익을 증여받은 것으로 보아 2020.10.12. 증여분 증여세 OOO원을 신고하였다. (나) 청구인이 조사청의 쟁점법인에 대한 법인통합조사 이전에 2021년 귀속 종합소득세를 신고하면서 쟁점콜옵션 행사자 지정이나 그 행사를 통한 전환사채 취득에 관한 소득을 종합소득 총수입금액에 산입한 사실은 없다. (다) 조사청은 쟁점②법인에 대한 세무조사를 실시한 결과 쟁점콜옵션의 평가액 OOO원을 청구인의 2021년 귀속 기타소득으로 소득처분하는 등의 내용으로 세무조사 결과통지를 하였고, 처분청은 이에 따라 2024.3.14. 쟁점②법인에게 소득금액변동통지하였다. (라) 쟁점②법인이 위 소득금액변동통지에 따라 청구인의 2021년 귀속 원천징수분 기타소득세 OOO원을 원천징수ㆍ납부하자, 처분청은 청구인에게 2020.10.12. 증여분 증여세 OOO원(환급가산금 포함)을 환급하였다. (마) 청구인은 위 소득금액변동통지에 따른 종합소득세 추가신고를 「소득세법 시행령」 제134조 제1항이 규정한 기한(법인이 소득금액변동통지서를 받은 날이 속하는 달의 다음다음 달 말일) 내에 하지 아니하였고, 이후 2025.8.19. 위 소득금액변동통지에 따른 인정기타소득을 종합소득 총수입금액에 산입하여 2021년 귀속 종합소득세 OOO원을 기한 후 신고하였다가, 2025.9.30. 소득공제액을 일부 감액하여 그 납부할 세액을 OOO원으로 수정신고하였으며, 다만 해당 수정신고세액을 납부하지 아니하였다. (바) 처분청은 청구인의 위 수정신고세액 중 가산세 일부를 감액하여 2025.12.24. 청구인에게 2021년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정ㆍ고지(고지서상 ‘2021년 귀속 종합소득세 수정신고 경정결정’으로 기재되어 있다)하였다. (사) 청구인은 이에 불복하여 2026.3.16. 이 건 심판청구를 제기하였는데, 처분청은 위 2021년 귀속 종합소득세 OOO원의 납부고지가 수정신고에 대한 무납부고지로서 불복대상이 되는 처분에 해당하지 아니한다는 의견이다. (아) 청구인이 이 건 심판청구가 적법한지 여부나 위와 같은 처분청의 의견에 대하여 달리 주장하거나 항변한 내용은 없다. (2) 청구인과 쟁점②법인이 서로 특수관계인에 해당하는지 여부에 관하여 확인되는 사실관계는 다음과 같다. (가) 2019.2.12. 대통령령 제29529호로 일부개정된 법인세법 시행령 제2조 제5항 제7호는 법인이 공정거래법에 따른 기업집단에 속한 경우 그 기업집단에 소속된 다른 계열회사 및 그 계열회사의 임원을 해당 법인의 특수관계인으로 규정하고 있다. (나) 2022.12.27. 대통령령 제33140호로 일부개정된 공정거래법 시행령 제4조 제1항 제2호 다목 1)은 동일인이 지배하는 회사와 해당 회사 간에 임원의 겸임이 있는 경우로서 동일인이 해당 회사의 경영에 대해 지배적인 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 회사의 집단을 기업집단으로 규정하고 있는바, 이는 쟁점콜옵션 행사자 지정 당시(2020.9.28.) 시행 및 적용되고 있던 2020.8.11. 대통령령 제30934호로 타법개정된 공정거래법 시행령 제3조 제2호 다목 (1)과 내용이 동일하다. (다) 쟁점콜옵션 행사자 지정 당시(2020.9.28.) 쟁점②법인은 쟁점①법인의 지분 100분의 99를 보유(최초 취득일자 2020.5.13.)하였고, 당시 쟁점②법인의 대표이사 A은 쟁점②법인의 지분 12.55%를 보유한 최대주주로서 쟁점①법인의 기타비상무이사를 겸임하였다(위 A은 2021.9.14. 쟁점①법인의 기타비상무이사에서 사임한 뒤 2021.12.6. 쟁점①법인의 사내이사로 취임하였다). (라) 아래 <표> 기재와 같은 쟁점②법인 반기보고서 및 사업보고서상, 쟁점①법인은 2020.6.30. 및 2020.12.31. 기준 쟁점②법인의 계열회사로 공시되어 있다. <표> 쟁점②법인의 계열회사 현황 공시내용 OOO (마) 청구인은 2020.5.14. 쟁점①법인 설립 당시 쟁점①법인의 대표이사로 취임하였다가 2021.9.14. 사임하였는바, 쟁점콜옵션 행사자 지정 당시(2020.9.28.) 쟁점①법인의 대표이사로 재직 중인 상태였다. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 이 건 종합소득세 납부고지가 무납부고지로서 심판청구의 대상이 되는 처분에 해당하지 아니한다는 의견이나, 「국세기본법」 제45조의3 제3항은 같은 법 제45조 제1항에 따라 기한후과세표준신고서를 제출한 자가 과세표준수정신고서를 제출한 경우 관할 세무서장이 세법에 따라 신고일부터 3개월 이내에 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 신고인에게 통지하여야 한다고 규정하고 있고, 「소득세법 시행령」 제134조 제1항은 종합소득 과세표준확정신고기한이 지난 후에 「법인세법」에 따라 소득처분으로 소득금액에 변동이 발생하여 과세표준확정신고를 한 자 등이 소득세를 추가 납부하여야 하는 경우 해당 법인이 소득금액변동통지서를 받은 날이 속하는 달의 다음다음 달 말일까지 추가신고한 때에는 기한 내에 신고한 것으로 본다고 규정하고 있는바, 청구인은 쟁점②법인이 소득금액변동통지서를 받은 날(2024.3.14.)이 속하는 달의 다음다음 달 말일(2024.5.31.)까지 「소득세법 시행령」 제134조 제1항에 따른 추가신고를 하지 아니하여 이후 2025.8.19. 및 2025.9.30. 각각 기한 후 신고 및 이에 관한 수정신고를 한 것이므로, 처분청이 2025.12.24. 청구인에게 한 이 건 종합소득세 납부고지는 「국세기본법」 제45조의3 제3항에 따른 경정ㆍ고지에 해당하는 것으로 보이는 점, 기한 후 신고 및 그에 관한 수정신고의 대상이 된 종합소득세는 해당 기한 후 신고 및 그에 관한 수정신고에 의하여 확정되는 것이 아니라 처분청의 「국세기본법」 제45조의3 제3항에 따른 결정 또는 경정에 의하여 확정되는 것이므로, 처분청이 2025.12.24. 청구인에게 한 이 건 종합소득세 납부고지는 이미 확정된 세액을 징수하기 위한 절차로서의 무납부고지가 아니라 별도의 과세처분에 해당하는 것으로 보이는 점 등에 비추어, 이 건 종합소득세 납부고지는 심판청구의 대상이 되는 처분에 해당하는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 자신과 쟁점②법인이 서로 특수관계인에 해당하지 아니하므로 쟁점콜옵션 행사자 지정에 대하여 법인세법령상 부당행위계산부인 규정을 적용함으로써 청구인에게 종합소득세를 부과한 이 건 처분은 위법ㆍ부당하다고 주장하나, 2022.12.27. 대통령령 제33140호로 일부개정된 공정거래법 시행령 제4조 제1항 제2호 다목 1)은 동일인이 지배하는 회사와 해당 회사 간에 임원의 겸임이 있는 경우로서 동일인이 해당 회사의 경영에 대해 지배적인 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 회사의 집단을 기업집단으로 규정하고 있는바, 이는 쟁점콜옵션 행사자 지정 당시(2020.9.28.) 시행 및 적용되고 있던 2020.8.11. 대통령령 제30934호로 타법개정된 공정거래법 시행령 제3조 제2호 다목 (1)과 내용이 동일한 것으로 보이는 점, 쟁점콜옵션 행사자 지정 당시(2020.9.28.) 쟁점②법인은 쟁점①법인의 지분 100분의 99를 보유하였고, 당시 쟁점②법인의 대표이사 A은 쟁점②법인의 지분 12.55%를 보유한 최대주주로서 쟁점①법인의 임원(기타비상임이사)이었으며, 쟁점②법인의 반기보고서 및 사업보고서에도 쟁점①법인이 2020.6.30. 및 2020.12.31. 기준 쟁점②법인의 계열회사로 공시되어 있어, 다른 특별한 사정이 없는 한 쟁점①법인은 쟁점②법인과 동일한 기업집단에 속한 계열회사에 해당하는 것이고, 따라서 당시 쟁점①회사의 임원(대표이사)이었던 청구인은 「법인세법 시행령」 제2조 제5항 제7호에 따라 쟁점②법인의 특수관계인에 해당하는 것으로 보이는 점 등에 비추어, 위 청구주장을 받아들이기 어려우므로, 처분청이 청구인에게 종합소득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4.결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2026. 6. 17.