쟁점시설은 심리일 현재 한국산업기술진흥원에 심의를 신청한 상태일 뿐, 재정경제부장관 등이 인정하는 시설로 통보되지 아니하여 쟁점투자금액에 대하여 신성장사업화시설 투자세액공제를 적용하기 어려움

이유 1. 처분개요 가. 청구법인은 OOO업 등을 영위하는 법인으로, OOO를 위하여 OOO에 소재하는 청구법인의 OOO에 2021사업연도부터 2024사업연도까지 총 OOO백만원 상당의 시설을 설치하고 법인세 신고 시 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제24조에 따라 위 투자금액 중 총 OOO백만원(이하 “쟁점투자금액”이라 하고, 동 투자금액으로 설치한 시설을 이하 “쟁점시설”이라 한다)에 대하여는 신성장사업화를 위한 시설에 대한 투자세액공제(공제율 : 100분의 12, 이하 “신성장사업화시설 투자세액공제”라 한다)를 적용하고, 나머지 OOO백만원에 대하여는 그 외의 자산에 대한 투자세액공제(공제율 : 100분의 10, 이하 “일반투자세액공제”라 한다)를 적용하여 이를 산출세액에서 공제하였다. 나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2025.8.12.~2025.10.10. 기간 동안 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 쟁점시설이 연구개발세액공제기술심의위원회의 심의를 거치지 아니하여 신성장사업화시설 투자세액공제 적용대상에 해당하지 아니한다고 보아 관련 과세자료 등을 처분청에 통보하였다. 다. 처분청은 이에 따라 쟁점투자금액에 대하여 신성장사업화시설 투자세액공제를 부인하고 일반투자세액공제를 적용하는 등 하여 2025.11.5. 청구법인에게 2020~2022사업연도 법인세 합계 OOO원 및 2022년 제1기ㆍ제2기 부가가치세 합계 OOO원을 각 경정ㆍ고지하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2026.1.21. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점시설은 조특법 시행규칙 별표6에서 열거한 ‘동ㆍ식물 및 미생물 유래 기능성 물질을 가공 또는 대량 생산하는 시설’에 해당한다. 조특법 시행규칙 별표6 제7호 다목 2)에서 ‘동ㆍ식물 및 미생물 유래 기능성 물질을 가공 또는 대량 생산하는 시설’은 같은 법 제24조 제1항 제2호 가목 1)에 따른 신성장사업화시설에 해당한다고 규정하고 있고, 이때 ‘기능성 물질’에 대하여 조특법에 따른 정의는 별도로 존재하지 아니하나, 「건강식품기능에 관한 법률」 제3조에 따르면 “기능성”은 ‘인체의 구조 및 기능에 대하여 영양소를 조절하거나 생리학적 작용 등과 같은 보건 용도에 유용한 효과를 얻는 것’을 의미하며 이러한 기능성 원료나 성분을 사용하여 제조한 식품을 ‘건강기능식품’으로 정의하고 있다. (2) 한편, 기능성 원료는 건강기능식품의 제조에 사용되는 물질로서 동ㆍ식물 및 미생물 등에서 가공한 것을 의미하고, 이는 식품의약품안전청장이 고시한 원료와 개별인정형 원료로 구분되는데, 청구법인은 자체 개발하여 원천기술을 가지고 있는 식품의약품안전청 개별인정형 원료 등의 생산을 위하여 OOO도시 내 OOO㎡의 부지에 지상 2층 규모의 공장을 신축한 후 OOO을 위한 시설투자를 완료하였으며, 이러한 투자시설을 통하여 개별인정형 및 고시형 기능성 원료를 생산하고 있는바, 쟁점시설은 조특법 시행규칙 별표6에 따른 ‘동ㆍ식물 및 미생물 유래 기능성 물질을 가공 또는 대량 생산하는 시설’에 해당한다. (3) 신성장사업화시설 심의를 얻은 경우 조특법 제24조 및 같은 법 시행령 제21조에 따른 ‘신성장사업화시설’에 해당한다. 조특법 시행령 제21조 제4항 제1호에 따르면 ‘신성장사업화시설’은 재정경제부장관과 산업통상부장관이 공동으로 인정하는 시설로 규정하고 있으므로, 조특법 시행규칙 별표6에서 열거하고 있는 시설에 해당한다고 하더라도 별도의 심의를 통하여 해당 시설에 대한 인정을 갖추어야 ‘신성장사업화시설’에 해당하는 것으로 해석될 수 있고, 처분청도 이와 같은 취지에서 쟁점투자금액에 대하여 신성장사업화시설 투자세액공제를 부인하고 일반투자세액공제를 적용한 것으로 보인다. 따라서 청구법인은 2026.3.24. 쟁점시설에 대하여 신성장사업화시설 심의위원회에 심의를 신청하였고, 쟁점시설이 동 심의에 따라 신성장사업화시설로 인정받는 경우 처분청은 쟁점투자금액에 대하여 신성장사업화시설 투자세액공제를 배제한 이 건 처분을 취소하여야 할 것이다. 나. 처분청 의견 조특법 제24조 및 같은 법 시행령 제21조에서 신성장사업화시설 투자세액공제를 적용받을 수 있는 자산은 연구개발세액공제기술심의위원회의 심의를 거쳐 재정경제부장관과 산업통상부장관이 공동으로 인정하는 시설로 규정하고 있으나, 청구법인은 쟁점시설에 대하여 기획재정부장관 등으로부터 신성장사업화시설로 인정받은 사실이 없고, 이에 대하여는 청구법인도 이 건 세무조사 시 확인서 작성을 통하여 인정하고 있다. 따라서 청구법인은 법령에서 정한 요건을 충족하지 못하였음에도 쟁점투자금액에 대하여 신성장사업화시설 투자세액공제를 적용하여 법인세를 과소신고하였으므로 이 건 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점시설을 신성장사업화시설로 보아 쟁점투자금액에 대하여 통합투자세액공제를 적용할 수 있는지 여부 나. 관련 법령 등 (1) 조세특례제한법 제24조【통합투자세액공제】① 대통령령으로 정하는 내국인이 제1호 가목 또는 나목에 해당하는 자산에 투자하는 경우에는 제2호 각 목에 따른 기본공제 금액과 추가공제 금액을 합한 금액 또는 제3호 각 목에 따른 기본공제 금액과 추가공제 금액을 합한 금액을 해당 투자가 이루어지는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 2. 공제금액 가. 기본공제 금액 : 해당 과세연도에 투자한 금액에 다음의 구분에 따른 비율을 곱한 금액에 상당하는 금액 1) 신성장ㆍ원천기술의 사업화를 위한 시설로서 대통령령으로 정하는 시설(이하 이 조에서 “신성장사업화시설“이라 한다) 및 신성장ㆍ원천기술 연구개발을 위한 연구ㆍ시험용 시설로서 대통령령으로 정하는 시설(이하 이 조에서 “신성장연구개발시설”이라 한다)에 투자하는 경우 가) 중소기업의 경우 : 100분의 12 4) 1)부터 3)까지 외의 자산에 투자하는 경우 가) 중소기업의 경우 : 100분의 10 (2) 조세특례제한법 시행령 제21조【통합투자세액공제】④ 법 제24조 제1항 제2호 가목 1) 가)부터 라)까지 외의 부분, 같은 목 2) 가)부터 다)까지 외의 부분, 같은 목 3) 가)부터 다)까지 외의 부분 및 같은 항 제3호 가목 3) 다)에서 “대통령령으로 정하는 시설”이란 각각 다음 각 호의 구분에 따른 시설을 말한다. 1. 법 제24조 제1항 제2호 가목 1) 가)부터 라)까지 외의 부분의 시설 : 다음 각 목의 시설 가. 신성장ㆍ원천기술의 사업화를 위한 시설 : 다음의 시설 1) 재정경제부령으로 정하는 시설(신성장ㆍ원천기술을 사용하여 생산하는 제품 외에 다른 제품의 생산에도 사용되는 시설을 포함한다)로서 연구개발세액공제기술심의위원회의 심의를 거쳐 재정경제부장관과 산업통상부장관이 공동으로 인정하는 시설(이하 “신성장사업화시설”이라 한다) (3) 조세특례제한법 시행규칙 제12조의2【신성장ㆍ원천기술의 사업화를 위한 시설의 범위 등】① 영 제21조 제4항 제1호 가목 1)에서 “재정경제부령으로 정하는 시설”이란 별표6에 따른 시설을 말한다. 별표6【신성장ㆍ원천기술을 사업화하는 시설】 영 별표7의 대상기술 사업화시설 구분 분야 신성장ㆍ원천기술 7. 바이오ㆍ헬스 다. 바이오 농수산ㆍ식품 2) 식품용 기능성 물질 개발 및 제조기술 동ㆍ식물 및 미생물 유래 기능성 물질을 가공 또는 대량 생산하는 시설 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 쟁점시설을 신성장사업화시설로 보아 법인세 신고 시 쟁점투자금액에 대하여 신성장사업화시설 투자세액공제(공제율 : 12%)를 적용하였는바, 청구법인이 2021~2024사업연도 법인세 신고 시 적용한 통합투자세액공제의 내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 청구법인의 통합투자세액공제 신고 내역 OOO (2) 반면, 처분청은 쟁점시설을 연구개발세액공제기술심의위원회의 심의를 거치지 아니하여 신성장사업화시설 투자세액공제 적용대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 일반투자세액공제(공제율 : 10%)를 적용하였는바, 이에 따른 법인세 경정 내역 등은 아래 <표2>와 같다. <표2> 투자세액공제 변경에 따른 법인세 경정 내역 등 OOO (3) 청구법인은 2000년 9월 ㈜A이라는 상호로 설립되었다가 2016년 7월 현재의 법인명으로 변경한 후 같은 해 10월 코스닥시장에 상장된 법인으로, OOO를 이용한 OOO 등의 대량 생산시설 구축을 목적으로 2020~2024사업연도 동안 OOO도시 내 대지 OOO㎡에 총 OOO억원(토지비 약 OOO억원, 건축비 약 OOO억원, 기계장치 약 OOO억원)을 투자하여 다음과 같은 시설을 구축하였다. OOO (4) 조특법 시행령 제21조 제4항 제1호 가목에서 “재정경제부령으로 정하는 시설(신성장ㆍ원천기술을 사용하여 생산하는 제품 외에 다른 제품의 생산에도 사용되는 시설을 포함한다)로서 연구개발세액공제기술심의위원회의 심의를 거쳐 재정경제부장관과 산업통상부장관이 공동으로 인정하는 시설”을 신성장사업화시설이라고 규정하고 있는바, 청구법인은 2026.3.24. 다음과 같이 한국산업기술진흥원(KIAT)에 신성장사업화시설 심의신청을 하였으나, 심리일 현재 그 결과가 통지되지 아니한 것으로 나타난다. OOO (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점시설을 신성장사업화시설로 보아 쟁점투자금액에 대하여 통합투자세액공제를 적용하여야 한다고 주장하나, 조특법 제24조 제1항은 ‘내국인이 신성장ㆍ원천기술의 사업화를 위한 시설로서 대통령령으로 정하는 시설 및 신성장ㆍ원천기술 연구개발을 위한 연구ㆍ시험용 시설로서 대통령령으로 정하는 시설에 투자하는 경우에는 제2호 각 목에 따른 기본공제 금액과 추가공제 금액을 합한 금액 또는 제3호 각 목에 따른 기본공제 금액과 추가공제 금액을 합한 금액을 해당 투자가 이루어지는 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다’고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제21조 제4항은 신성장ㆍ원천기술의 사업화를 위한 시설을 재정경제부령으로 정하는 시설(신성장ㆍ원천기술을 사용하여 생산하는 제품 외에 다른 제품의 생산에도 사용되는 시설을 포함한다)로서 연구개발세액공제기술심의위원회의 심의를 거쳐 재정경제부장관과 산업통상부장관이 공동으로 인정하는 시설로 규정하고 있으며, 그 위임에 따른 같은 법 시행규칙 제12조의2 제1항은 신성장ㆍ원천기술의 사업화를 위한 시설의 범위를 별표6에 따른 시설로 규정하고 있고, 별표6은 식품용 기능성 물질 개발 및 제조기술과 관련하여 동ㆍ식물 및 미생물 유래 기능성 물질을 가공 또는 대량 생산하는 시설을 성장ㆍ원천기술의 사업화를 위한 시설로 규정하고 있다. 위와 같이 신성장사업화시설은 연구개발세액공제기술심의위원회의 심의를 거쳐 재정경제부장관과 산업통상부장관이 공동으로 인정하는 시설일 것을 요건으로 하는데, 쟁점시설은 심리일 현재 한국산업기술진흥원에 심의를 신청한 상태일 뿐 재정경제부장관 등이 인정하는 시설로 통보되지 아니하여 쟁점투자금액에 대하여 신성장사업화시설 투자세액공제를 적용하기는 어렵다 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점투자금액에 대하여 신성장사업화시설 투자세액공제를 부인하고 일반투자세액공제를 적용하여 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2026. 6. 10.