제출한 쟁점매입처 일부의 물품매도확약서 등은 쟁점매입 거래 당시 작성된 것으로 인정하기 어렵고, 계약서, 거래대상 지금의 실물이 있었음을 뒷받침할 재고 내역 등이 제시되지 않음

이유 1. 처분개요 가.청구법인은 2021.9.28.∼2025.3.24. 지금도매업을 영위하였고, 2021년 제2기 및 2022년 제2기 각 부가가치세 과세기간 중 아래의 거래를 하고 관련한 부가가치세 신고를 하였다. (1)청구법인은 아래 <표1> 기재와 같이 주식회사 A 등 매입처 3곳(이하 “쟁점매입처”라 한다)으로부터 공급가액 합계 OOO원 상당의 지금을 공급받는 것(이하 “쟁점매입”이라 한다)으로 하여 매입세금계산서 25매(이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 발급받았다. <표1> 쟁점매입 내역 ○○○ (2)청구법인은 아래 <표2> 기재와 같이 주식회사 A 등 매출처 6곳(이하 “쟁점매출처”라 하고, 쟁점매입처와 합하여 “쟁점거래처”라 한다)에 공급가액 합계 OOO원 상당의 지금을 공급하는 것(이하 “쟁점매출”이라 하고, 쟁점매입과 합하여 “쟁점거래”라 한다)으로 하여 매출세금계산서 33매(이하 “쟁점매출세금계산서”라 하고, 쟁점매입세금계산서와 합하여 “쟁점세금계산서”라 한다)를 발급하였다. <표2> 쟁점매출 내역 ○○○ 나.서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2025.1.2.∼2025.7.9. 청구법인에 대한 부가가치세 조세범칙조사를 실시한 결과, 청구법인이 실물거래 없이 쟁점세금계산서를 수수한 것으로 보아, 아래 <표3> 기재와 같이 그 공급가액을 매출과세표준과 매입액에서 각 감액하고 세금계산서불성실가산세를 적용한다는 내용의 과세자료를 통보하자, 처분청은 이에 따라 2025.9.1. 청구법인에게 2021년 제2기 및 2022년 제2기 부가가치세 합계 OOO원을 경정ㆍ고지하였다. <표3> 이 건 과세처분 내역 ○○○ 다.청구법인은 이에 불복하여 2025.11.2. 이의신청을 거쳐 2026.1.27. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 쟁점세금계산서는 실물거래를 수반한 적법한 세금계산서임에도, 그 공급가액을 매출과세표준과 매입액에서 각 감액하고 청구법인에게 세금계산서불성실가산세를 부과한 이 건 처분은 위법ㆍ부당하다. 과세관청이 쟁점거래와 동일한 거래구조로 지금거래를 한 B(C)에 대해서도 세무조사를 하여 이 건과 동일하게 관련한 세금계산서를 가공으로 보아 부가가치세를 과세한 사안의 판례(서울고등법원 2025.8.22. 선고 2024누51556 판결이고, 이하 “관련판례” 또는 “관련판결”이라 한다)에서, 법원은 위 거래가 실물거래에 해당한다고 판시하였는바, 쟁점거래도 실물거래로 인정하는 것이 조세평등원칙, 실질과세원칙 및 신의성실원칙에 부합한다. 나. 처분청 의견 쟁점세금계산서는 실물거래를 수반하지 않은 가공세금계산서이므로, 그 공급가액을 매출과세표준과 매입액에서 각 감액하고 청구법인에게 세금계산서불성실가산세를 부과한 이 건 처분은 적법ㆍ정당하다. 청구법인은 쟁점매입처의 물품매도확약서, 금거래계좌 거래 내역 등을 통해 쟁점세금계산서가 실물거래를 하고 수수한 사실이 입증된다고 주장하나, 청구인이 제출한 해당 증빙만으로는 청구주장이 구체적ㆍ객관적으로 입증되지 않는다. 즉 ①청구법인은 쟁점거래를 할 만한 물적ㆍ인적 자원을 갖추지 못하였음이 확인된 점(청구법인의 대표이사인 D은 이 건 조사 당시 조사청에게 “청구법인의 실제 업무장소가 사업자등록 상의 사업장 소재와 다른 곳으로, 쟁점거래의 대상인 지금을 보관할 장소 또는 금고가 없다”라는 취지로 진술하였다), ②위 청구주장은 D이 이 건 조사 당시 조사청에게 한 “청구법인의 실제 운영자는 D의 동생인 E이므로, 청구인으로서는 쟁점세금계산서에 대하여 잘 알지 못하며 쟁점거래와 관련한 증빙자료를 보관하고 있지 않다”라는 취지의 진술과 배치될 뿐만 아니라, 청구법인이 이 건 조사 후에 임의로 작성하였을 가능성이 있어서 신뢰할 수 없는 점, ③이 건 조사 결과 청구법인은 실물(지금)의 이동이 없이 금거래계좌로 쟁점거래 대금의 수수만을 하였을 뿐 거래 즉시 현금으로 출금되어 그 실제귀속자를 밝힐 수 없도록 ‘전형적인 가공거래의 금융거래 방법’을 사용한 점(구체적으로는 쟁점매입 거래대금의 경우 ㉠출처를 알 수 없는 금액이 D 명의의 예금계좌로 입금되면 D이 청구법인 명의의 예금계좌로 이를 송금한 후 청구법인이 쟁점매입처 명의의 예금계좌로 이를 다시 송금하거나, ㉡출처를 알 수 없는 현금이 청구법인 명의의 예금계좌로 입금되면 청구법인이 쟁점매입처 명의의 예금계좌로 송금하였고, 쟁점매출 거래대금의 경우 쟁점매출처가 청구법인 명의의 예금계좌로 거래대금을 송금하면 청구법인이 D 명의의 예금계좌로 이를 송금한 후, D이 E 명의의 예금계좌로 이를 다시 송금한 다음, E이 이를 현금으로 출금하였는바, 청구법인은 과세관청으로 하여금 쟁점매입 대금의 현금 조성 경위 및 쟁점매출 대금의 실제귀속자를 확인할 수 없도록 하였으며, 이처럼 현금으로 입ㆍ출금된 금액의 규모는 아래 <표4> 기재와 같이 각 OOO원 및 OOO원 상당에 달한다) 등을 감안하면, 쟁점세금계산서가 실물거래를 하고 수수한 것이라는 청구주장은 이유 없다. <표4> 청구법인의 쟁점거래와 관련한 현금 입ㆍ출금 내역 ○○○ 한편 청구법인은 실제로 청구법인을 운영하였다는 E이 쟁점거래과 동일한 방법으로 거래한 상대방(상호가 ‘F’인 개인사업자의 대표인 B)이 제기한 항고소송의 관련판례를 제시하면서 쟁점거래도 실물거래로 보아야 한다고 주장하나, ①관련판례는 이 건 과세처분의 부가가치세 과세기간(2021년 제2기, 2022년 제2기) 외의 사안(2022년 제1기)에 대한 사안이고, 관련판례의 원고인 ‘F’는 다른 과세관청(동고양세무서장)의 부가가치세 범칙조사(2022년 3월 종결) 결과로 고발되는 등 이 건 과세처분과는 무관한 점, ②더욱이 관련판례에서 법원은 원고인 C가 처분사유, 즉 그 실제성을 입증하지 못하여 거래를 부인한 것에 대하여 구체적ㆍ객관적인 증빙자료(매매대금의 자금출처에 관한 차용증 등)를 제출하였음을 이유로 처분을 취소하도록 판시한 것에 반하여, 청구법인은 쟁점거래 대금이 실제로 수수되었다는 주장만 할 뿐, 쟁점거래의 실제성(매매대금의 자금출처 등)에 관한 입증활동을 하지 않은 점 등을 감안할 때, 위 청구주장은 이유 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 청구법인이 쟁점재화(지금)를 공급받거나 공급하지 않고 쟁점세금계산서를 수수한 것으로 보아 그 공급가액을 매출과세표준과 매입액에서 각 감액하고 청구법인에게 세금계산서불성실가산세 등을 부과한 처분의 당부 나. 관련 법률 부가가치세법(2023.12.31. 법률 제19931호로 일부개정되기 전의 것) 제15조(재화의 공급시기) ① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호의 구분에 따른 때로 한다. 이 경우 구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 1. 재화의 이동이 필요한 경우: 재화가 인도되는 때 제60조(가산세) ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 1.재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 "세금계산서등"이라 한다)을 발급한 경우 : 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트 2.재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우 : 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트 3.재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자 또는 실제로 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급한 경우 : 그 공급가액의 2퍼센트 4.재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급받은 경우 : 그 공급가액의 2퍼센트 5.재화 또는 용역을 공급하고 세금계산서등의 공급가액을 과다하게 기재한 경우 : 실제보다 과다하게 기재한 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트 6.재화 또는 용역을 공급받고 제5호가 적용되는 세금계산서등을 발급받은 경우 : 실제보다 과다하게 기재된 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청이 확인한 사실관계는 아래와 같다. (가)조사청 등은 아래 <표5> 기재와 같이 쟁점매입ㆍ매출처의 하나인 ‘주식회사 A’ 및 청구인이 쟁점법인의 실제 운영자라 주장하는 ‘E’이 대표자였던 주식회사 G에 대하여 각 세무조사를 실시하여 관련한 매출ㆍ매입거래를 실무거래 없는 가공으로 보았다(주식회사 A는 정상적으로 매입한 지금 등을 소매상 등에게 무자료로 판매하고 그 매입자료에 대응하는 매출자료의 작출을 위해 자료상 업체들의 모집, 거래대금 수수의 작출 및 가공세금계산서의 발급 등을 하였으며, 이들 자료상 업체들 사이에서도 주식회사 A로부터 발급받은 가공세금계산서에 대응하는 가공세금계산서를 수수하였다). 한편 이 건 이의신청의 재결청(중부지방국세청장)은 주식회사 G의 거래 형태, 금융 흐름, 주요 매입처 등이 청구법인의 경우와 유사한 것으로 보았다. <표5> 조사청 등의 세무조사 내역 ○○○ (나) 이 건 세무조사 내역은 아래와 같다. 1)조사청이 청구법인의 사업장(경기도 광주시 소재)에 방문한 결과, 해당 소재지는 컨테이너로 만든 것(평수로는 5평 상당이다)으로, 업무와 관련한 인적ㆍ물적 자원이 없고, 국세청 전산자료의 사업자등록 내역 상 ‘주식회사 H’의 사업장이어서 그 소속 직원에게 탐문한 결과, 해당 직원은 “주식회사 H이 청구법인에게 해당 사업장을 임대한 사실이 없다”라는 취지로 진술하였다. 또한 청구법인의 사업자등록 당시의 사업장(경기도 양주시 소재)을 소유한 K(청구법인의 대표자인 D의 전 배우자이다)에게 탐문한 결과, K은 “청구법인에게 해당 사업장을 업무공간으로 내어 준 사실이 없다”라는 취지로 진술하였다. 2)조사청이 이 건 조사 기간 중 쟁점법인의 대표이사인 D을 상대로 작성한 문답서를 보면, D은 조사청에게 “청구법인의 모든 업무는 D의 동생인 E이 쟁점세금계산서를 발급하고 쟁점거래 자금을 수수하는 등 주도하였는데 2022년 10월 법원의 구속적부심사 전에 잠적하여 현재까지 연락이 끊긴 상태이어서, 청구인으로서는 쟁점세금계산서에 대하여 잘 알지 못하며 쟁점거래와 관련한 증빙자료를 보관하고 있지 않다”라고 하면서, “D 자신은 2024년 11월∼2025년 4월 중 공황장애 등으로 요양병원에 입원 중이었다”라고 진술하였는바, 조사청은 금융거래 내역의 조사로 쟁점거래의 실제성을 판단하여야 하는 것으로 보았다. 3)조사청은 쟁점매입에 관한 금융거래 내역을 확인한 결과, ㉠출처를 알 수 없는 금액이 D 명의의 예금계좌로 입금되면 D이 청구법인 명의의 예금계좌로 이를 송금한 후 청구법인이 쟁점매입처 명의의 예금계좌로 이를 다시 송금하거나, ㉡출처를 알 수 없는 현금이 청구법인 명의의 예금계좌로 입금되면 청구법인이 쟁점매입처 명의의 예금계좌로 송금하는 등 ‘출처를 알 수 없는 현금의 입금 또는 D 명의의 예금계좌 입금 후 쟁점매입처에 대한 대금 지급’이 확인되었고, 이는 주식회사 A에 대한 세무조사 결과와 동일하게 쟁점매입에 대하여 ‘실물거래로 위장하기 위하여 자금력이 없는 자료상 업체에 현금을 빌려주면 해당 자료상 업체가 이를 거래대금으로 송금하는 방법으로 회수하는 구조’에 해당하는 것으로 보았다. 4)조사청은 쟁점매출에 관한 금융거래 내역을 확인한 결과, 쟁점매출처가 청구법인 명의의 예금계좌로 거래대금을 송금하면 청구법인이 D 명의의 예금계좌로 이를 송금한 후, D이 E 명의의 예금계좌로 이를 다시 송금한 다음, E이 이를 현금으로 출금하는 등 ‘쟁점매출 대금이 현금으로 출금되어 그 실제귀속자를 알 수 없도록 하였음’이 확인되었고, 이는 주식회사 G에 대한 세무조사 결과와 동일하게 쟁점매출에 대하여 ‘실물거래 없이 수취한 세금계산서에 대응하는 매출자료를 작출하기 위하여 자료상 업체 간에 가공세금계산서를 수수하는 구조’에 해당하는 것으로 보았다. 5) 조사청의 청구법인 제출자료에 대한 검토 내역은 아래와 같다. 가)쟁점법인의 대표이사인 D은 이 건 조사 당시 조사청에게 쟁점세금계산서가 실물거래로 수수된 것이라고 주장하면서 관련한 물품매도확약서, 물품인도증명서, 관련한 금거래계좌의 거래내역을 제출하였으나, 조사청은 ‘물품매도확약서 및 물품인도증명서’의 경우 쟁점거래 후에 임의로 작성되었을 가능성이 있고, ‘관련한 금거래계좌의 거래내역’의 경우 앞서 살펴보았듯이 ‘쟁점세금계산서의 거래대금의 외형을 작출하기 위한 용도’에 불과하여서 쟁점거래의 실제성에 관한 입증자료로 볼 수 없다고 보았다. 나)청구법인은 쟁점거래와 동일한 구조의 사안에 대하여 법원이 실물거래를 인정하였다고 주장하면서 관련판결의 판결문과 관련한 형사사건의 판결문(주식회사 A의 실제 운영자인 I 등이 피고인인 ‘서울북부지원법원 2024.8.20. 선고 OOO 판결’의 판결문)을 각 제출하였으나, 조사청은 관련판결과 쟁점거래와의 사이에 직접적인 관련성이 없어 관련판결을 이유로 쟁점세금계산서가 실물거래로 수수되었다는 청구주장의 근거가 될 수 없고, 쟁점매입ㆍ매출처 중 일부인 주식회사 A의 실제 운영자인 I에 대한 형사재판에서 무죄판결이 있었다 하여 세법상 과세처분의 당부를 다투는 이 건에 그대로 적용할 수 없는 것으로 보았다. (다)청구법인은 2023년 제2기 과세기간부터 부가가치세 신고를 하지 않았다(2023사업연도부터 법인세 신고도 하지 않았다). (라)2022년말 현재 청구법인(총 발행주식 : 10만주)의 주주는 D, K 및 J(각 지분율은 30%, 40%, 30%이다)이다. (마)청구법인의 대표이사인 D은 쟁점법인의 대표이사 외에 다른 법인(2025.8.14. 경기도 성남시에서 개업하여 OOO서비스업을 영위 중이다)의 대표이사로 재직 중이고, 2개의 개인사업장을 영위한 이력이 있다(2017.8.31.∼2021.4.13. 중 사업자등록되어 윤활코팅제 도소매업을 영위한 L, 2021.4.19.∼2023.12.31. 중 사업자등록되어 귀금속 도소매업을 영위한 M이다). (2)이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점거래와 동일한 거래구조로 ‘C의 대표자인 B이 한 거래’에 대하여 과세관청이 세무조사 후에 이 건과 동일하게 실물거래 없이 수수된 것으로 보아 부가가치세를 부과하였으나 관련판결에서 법원이 실물거래에 해당하는 것으로 판시하였는바, 쟁점거래도 관련판결과 동일하게 실물거래로 인정하여야 한다고 주장하나, 조사청의 조사결과에 따르면 청구법인은 쟁점거래(지금을 매입하여 공급하는 것)를 위한 인적ㆍ물적 자원이 없는 상태에서, 실물거래 없이 거래 외형만을 작출(쟁점매출 거래에 대응하는 매입자료인 ‘쟁점매입세금계산서’의 수수를 위한 것)하기 위한 금융거래를 한 것으로 조사된 점, 달리 쟁점거래를 실물거래로 볼 만한 구체적ㆍ객관적인 자료가 제출되지 않은 점(청구인이 제출한 ‘쟁점매입처 일부의 물품매도확약서, 물품인도증명서는 쟁점매입 거래 당시에 작성된 것으로 인정하기 어렵고, 쟁점거래 중 일부로, 쟁점거래에 관한 계약서, 거래 대상 지금의 실물이 있었음을 뒷받침할 만한 재고 내역 등이 제시되지 않았다) 등에 비추어, 쟁점거래를 실물거래에 관한 증빙자료가 제출된 관련판결의 사안과 동일하게 볼 수는 없다 할 것이므로 위 청구주장을 받아들이기는 어렵다 하겠다. 따라서 청구법인이 실물거래 없는 쟁점거래에 관한 쟁점계산서를 수수한 것으로 보아 청구법인에게 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.