“임대를 목적으로 건설”이란 주택 건설이 완료되기 전까지 임대사업자등록을 통하여 임대를 목적으로 건설되었다는 점을 공적으로 확인하는 거쳐야 할 것임(조심 2023서3230, 2023.6.28. 등, 같은 뜻임).

이유 1. 처분개요 가. 청구인은 1999.7.1. 서울특별시 서초구 OOO 소재 구 주택(다가구)을 취득하여 보유하던 중 해당 구 주택을 멸실하고, 지상 4층 12개 호실, 40㎡ 이하의 다세대주택(이하 “쟁점주택”이라 한다)을 신축하여 2023.1.19. 사용승인을 받았으며, 2023.2.10. 소유권보존등기를 경료한 후 2023.3.20. 서초구청장에게 민간건설임대주택이 아닌 장기일반민간임대주택으로 하여 주택임대사업자등록(주택구분은 매입)을 하였다. 나. 처분청은 쟁점주택에 대해 종합부동산세 합산배제 점검을 실시한 결과, 쟁점주택이 「종합부동산세법」제8조 및 같은 법 시행령 제3조 제1항 제1호에 따른 민간건설임대주택의 요건을 충족하지 못하는 등 합산배제요건을 충족하지 못한 것으로 보아 2025.12.5. 청구인에게 2023~2025년 귀속 종합부동산세 등 합계 OOO원을 결정ㆍ고지하였다. <표1> 종합부동산세 및 농어촌특별세 고지내역 ○○○ 다. 청구인은 이에 불복하여 2026.2.26. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 과세관청은 소유권보존등기일 이후에 주택임대사업자등록을 하였기 때문에 민간건설임대주택에 해당하지 않는다고 판단하였으나 이는 아래와 같은 이유로 타당하지 않다. (가) 상급행정기관이 소속 공무원이나 하급행정기관에 대하여 업무처리지침이나 법령의 해석ㆍ적용기준을 정해주는 행정규칙은 일반적으로 행정조직 내부에서만 효력을 가질 뿐 대외적으로 국민이나 법원을 구속하는 효력이 없다. 처분이 행정규칙을 위반하였다고 해서 그러한 사정만으로 곧바로 위법하게 되는 것은 아니고, 처분이 행정규칙을 따른 것이라고 해서 적법성이 보장되는 것도 아니다. 처분이 적법한지 여부는 행정규칙에 적합한지 여부가 아니라 상위법령의 규정과 입법 목적 등에 적합한지 여부에 따라 판단하여야 한다(대법원 2019.7.11. 선고 2017두38874 판결 등). (나) 청구인은 2000.1.1. 쟁점주택의 신축 전 구 주택을 사업장소재지로 하여 사업의 종류(업태)는 임대, 종목은 주택임대로 하여 사업자등록을 한 사실이 있고 쟁점주택의 건축허가 및 사용승인일 이후에도 현재까지 동일한 업종을 유지하고 있다. (다) 2023.1.19. 사용승인을 받은 후 인근 부동산중개사무소에 임대의뢰를 하여 2023년 1월 3채, 2023년 2월 8일까지 나머지 8채에 대한 임대계약을 완료하였으며 2023.3.20. 서초구청장에게 주택임대사업자등록을 하였다. (2) 쟁점주택이 민간건설임대주택에 해당하는 이유는 아래와 같다. (가) 청구인은 2022.3.7. 쟁점주택에 관한 공사도급계약을 체결하고 2022.2.14. 건축허가를 받았으며, 당시 쟁점주택(구 주택)에 대한 사업자등록이 되어 있었던 점을 감안할 때 쟁점주택의 건설목적은 주택임대임이 객관적으로 확인된다. (나) 청구인은 실제로 쟁점주택 사용승인일 이후 12개 호실을 모두 임대하여 현재까지 임대업을 영위하고 있으며, 쟁점주택에 청구인이 거주하거나 쟁점주택을 분양한 사실 또한 없다. (다) 비록 청구인이 2023.3.20. 쟁점주택은 ‘장기민간매입임대주택’으로 주택임대사업자등록을 하였으나, 이는 서초구청 직원이 소유권보존등기 이후에는 ‘민간건설임대주택’ 등록이 안된다고 안내하여 이에 따라 ‘장기민간매입임대주택’으로 등록을 하게 된 것이므로 이를 이유로 쟁점주택이 ‘민간건설임대주택’에 해당하지 않는다고 판단할 수 없다. 나. 처분청 의견 (1) 청구인은 구 주택을 멸실하고, 2022.4.15. 쟁점주택의 신축공사를 착공하여 2023.1.19. 사용승인을 받았으며, 2023.2.10. 소유권보존등기 후 2023.3.20. 서초구청장에게 주택임대 사업자등록을 신청하여 등록번호(2023-서초구-OOO)를 부여받은 사실이 확인된다. 또한 서초구청에 등록된 임대사업자등록증을 살펴보면 주택 구분은 ‘매입’, 주택종류는 ‘장기일반민간임대주택(10년)’, 주택유형은 ‘다세대주택’으로 되어있다. (2) 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제1호 가목에서 “민간건설임대주택”을 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택으로 규정하고 있으므로, 임대주택을 건설하는 경우 소유권보존등기 이전에 임대사업을 등록하여야 건설임대주택으로 볼 수 있으나, 쟁점주택의 경우 소유권보존등기일이 지난 2023.3.20. 지방자치단체에 임대사업자등록을 하여 건설임대에 해당하지 않고, 법제처 질의회신 및 다수의 심판원 선결정도 소유권보존등기일 이후 임대사업자등록을 한 경우 민간건설임대로 보지 않고 있으므로 청구주장은 이유 없다. (3) 한편, 청구인의 쟁점주택은 조정대상지역에 소재하고 있어 「종합부동산세법 시행령」 제3조 제1항 제8호의 장기일반민간임대주택 적용배제사유에 해당하므로 종합부동산세 합산배제 대상에 포함될 수 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 청구인이 신축한 쟁점주택은 민간건설임대주택에 해당하므로 종합부동산세 합산배제 대상에 해당한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 (1) 종합부동산세법 제8조(과세표준) ① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액에서 다음 각 호의 금액을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다. (각 호 생략) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다 1. 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 민간임대주택, 「공공주택 특별법」에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택 (2) 종합부동산세법 시행령 제3조(합산배제 임대주택) ① 법 제8조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자(이하 “공공주택사업자”라 한다) 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제7호에 따른 임대사업자(이하 “임대사업자”라 한다)로서 과세기준일 현재 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조에 따른 사업자등록(이하 이 조에서 “사업자등록”이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지, 제10호 또는 제11호의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호 또는 제9호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 주택(이하 “합산배제 임대주택”이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조 제3항에 따른 주택의 보유현황 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다. 1. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제2호에 따른 민간건설임대주택과 「공공주택 특별법」 제2조 제1호의2에 따른 공공건설임대주택(이하 이 조에서 “건설임대주택”이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택. 다만, 공공주택사업자 중 「한국토지주택공사법」에 따른 한국토지주택공사(이하 “한국토지주택공사”라 한다) 또는 「지방공기업법」 제49조에 따라 주택사업을 목적으로 설립된 지방공사(이하 “지방주택공사”라 한다)가 소유하고 있는 주택의 경우에는 가목을 적용하지 않고, 「공공주택 특별법」 제49조 제4항에 따라 임대보증금 또는 임대료(이하 이 항에서 “임대료등”이라 한다)를 증액하는 경우에는 다목 전단을 적용하지 않으며, 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제2호에 따른 민간건설임대주택의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 같은 법 제5조에 따른 임대사업자 등록과 사업자등록(이하 이 조에서 “사업자등록등”이라 한다)을 한 주택으로 한정한다. 가. 전용면적이 149제곱미터 이하로서 다음의 구분에 따른 공시가격이 그 구분에 따른 금액 이하일 것 1) 2호 이상 30호 미만의 주택을 임대하는 경우: 2호 이상의 주택의 임대를 개시한 날(2호 이상의 주택의 임대를 개시한 날 이후 임대를 개시한 주택의 경우에는 그 주택의 임대를 개시한 날) 또는 최초로 제9항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일을 기준으로 하여 9억원 2) 30호 이상의 주택을 임대하는 경우: 30호 이상의 주택의 임대를 개시한 날(30호 이상의 주택의 임대를 개시한 날 이후 임대를 개시한 주택의 경우에는 그 주택의 임대를 개시한 날) 또는 최초로 제9항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일을 기준으로 하여 12억원 나. 5년 이상 계속하여 임대하는 것일 것 다. 임대료등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조 제4항 및 「공공주택 특별법 시행령」 제44조 제3항에 따라 정한 기준을 준용한다. 7. 건설임대주택 중 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 “장기일반민간임대주택등”이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택. 다만, 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택으로서 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조 제3항에 따라 같은 법 제2조 제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택으로 변경신고한 주택은 제외한다. 가. 전용면적이 149제곱미터 이하로서 다음의 구분에 따른 공시가격이 그 구분에 따른 금액 이하일 것 1) 2호 이상 30호 미만의 주택을 임대하는 경우: 2호 이상의 주택의 임대를 개시한 날(2호 이상의 주택의 임대를 개시한 날 이후 임대를 개시한 주택의 경우에는 그 주택의 임대를 개시한 날) 또는 최초로 제9항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일을 기준으로 하여 9억원 2) 30호 이상의 주택을 임대하는 경우 : 30호 이상의 주택의 임대를 개시한 날(30호 이상의 주택의 임대를 개시한 날 이후 임대를 개시한 주택의 경우에는 그 주택의 임대를 개시한 날) 또는 최초로 제9항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일을 기준으로 하여 12억원 나. 10년 이상 계속하여 임대하는 것일 것. 이 경우 임대기간을 계산할 때 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 제3항에 따라 같은 법 제2조 제6호의 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 경우에는 제7항 제1호에도 불구하고 같은 법 시행령 제34조 제1항 제3호에 따른 시점부터 그 기간을 계산한다. 다. 임대료등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조 제4항에 따라 정한 기준을 준용한다. 8. 매입임대주택 중 장기일반민간임대주택등으로서 가목 1)부터 3)까지의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 나목 1)부터 4)까지에 해당하는 주택의 경우는 제외한다. 가. 적용요건 1) 다음의 구분에 따른 공시가격이 그 구분에 따른 금액 이하일 것 가) 30호 미만의 주택을 임대하는 경우 : 해당 주택의 임대를 개시한 날 또는 최초로 제9항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일을 기준으로 하여 다음의 구분에 따른 금액 (1) 해당 주택의 소재지가 수도권인 경우 : 6억원 (2) 해당 주택의 소재지가 수도권 밖의 지역인 경우 : 3억원 나) 30호 이상의 주택을 임대하는 경우 : 30호 이상의 주택의 임대를 개시한 날(30호 이상의 주택의 임대를 개시한 날 이후 임대를 개시한 주택의 경우에는 그 주택의 임대를 개시한 날) 또는 최초로 제9항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일을 기준으로 하여 다음의 구분에 따른 금액 (1) 해당 주택의 소재지가 수도권인 경우 : 9억원 (2) 해당 주택의 소재지가 수도권 밖의 지역인 경우 : 6억원 2) 10년 이상 계속하여 임대하는 것일 것. 이 경우 임대기간을 계산할 때 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 제3항에 따라 같은 법 제2조 제6호의 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 경우에는 제7항 제1호에도 불구하고 같은 법 시행령 제34조 제1항 제3호에 따른 시점부터 그 기간을 계산한다. 3) 임대료등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조 제4항에 따라 정한 기준을 준용한다. 나. 제외되는 주택 1) 1세대가 국내에 1주택 이상을 보유한 상태에서 세대원이 새로 취득(제7항 제2호 또는 제7호에 따라 임대기간이 합산되는 경우의 취득은 제외한다)한 조정대상지역(「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역을 말한다. 이하 같다)에 있는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택[조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 주택(주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다)을 취득하거나 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우는 제외한다] 2) 법인 또는 법인으로 보는 단체가 조정대상지역의 공고가 있은 날(이미 공고된 조정대상지역의 경우 2020년 6월 17일을 말한다)이 지난 후에 사업자등록등을 신청(임대할 주택을 추가하기 위한 등록사항의 변경신고를 포함하며, 제7항 제7호에 따라 임대기간이 합산되는 경우는 멸실된 주택에 대한 신청을 말한다)한 조정대상지역에 있는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택 3) 2020년 7월 11일 이후 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 제1항에 따라 등록 신청한 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 4) 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택으로서 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조 제3항에 따라 같은 법 제2조제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택으로 변경신고한 주택 (3) 민간임대주택에 관한 특별법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. “민간임대주택”이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 “준주택”이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다. 2. “민간건설임대주택”이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 말한다. 가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택 나. 「주택법」 제4조에 따라 등록한 주택건설사업자가 같은 법 제15조에 따라 사업계획승인을 받아 건설한 주택 중 사용검사 때까지 분양되지 아니하여 임대하는 주택 3. “민간매입임대주택”이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다. (4) 지방세법 제10조의7(취득의 시기) 제10조의2부터 제10조의6까지의 규정을 적용하는 경우 취득물건의 취득유형별 취득시기 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (5) 지방세법 시행령 제20조(취득의 시기 등) ⑥ 건축물을 건축 또는 개수하여 취득하는 경우에는 사용승인서(「도시개발법」 제51조 제1항에 따른 준공검사 증명서, 「도시 및 주거환경정비법 시행령」 제74조에 따른 준공인가증 및 그 밖에 건축 관계 법령에 따른 사용승인서에 준하는 서류를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)를 내주는 날(사용승인서를 내주기 전에 임시사용승인을 받은 경우에는 그 임시사용승인일을 말하고, 사용승인서 또는 임시사용승인서를 받을 수 없는 건축물의 경우에는 사실상 사용이 가능한 날을 말한다)과 사실상의 사용일 중 빠른 날을 취득일로 본다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인은 1999.7.1. 다가구주택을 매입한 후 2022.2.14. 건축허가(자가신축)와 2023.1.19. 사용승인(2023.2.10. 소유권보존등기)을 받았고, 2023.3.20. 서초구청장에게 주택임대사업자등록을 하였다. <표2> 주택임대사업자 등록 경과 ○○○ (나) 주택임대사업등록증과 쟁점주택의 집합건축물대장은 아래 <표3>, <표4>와 같고 쟁점임대주택은 ‘장기일반민간임대주택’으로 등록된 되어있다. <표3> 임대사업자등록증 ○○○ <표4> 쟁점임대주택 집합건축물대장 내역 ○○○ (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점주택이 민간건설임대주택에 해당하여 종합부동산세 합산배제 대상으로 보아야 한다고 주장하나, 종합부동산세 합산배제 임대주택 중 하나인 「민간임대주택에 관한 특별법」상 ‘민간건설임대주택’은 같은 법 제2조 제2호 가목에 따라 “임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택”을 말하고, 여기서 “임대를 목적으로 건설”이란 주택 건설이 완료되기 전까지 임대사업자등록을 통하여 임대를 목적으로 건설되었다는 점을 공적으로 확인하는 절차를 거쳐야 할 것인데(조심 2023서3230, 2023.6.28. 등, 같은 뜻임), 청구인은 쟁점주택이 준공된 이후 쟁점주택의 취득원인을 매입으로 하여 임대사업자등록을 한 점, 쟁점주택은 조정대상지역에 소재하고 있어 「종합부동산세법 시행령」제3조 제1항 제8호의 합산배제 대상으로도 보기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.