쟁점법인의 100% 지분을 소유하고 있는 김○○은 청구법인 설립(21.5.27.) 당시 35% 지분을, 그의 배우자가 50% 지분을 소유하고 있다가 21.12.31. 배우자가 40%, 김○○이 50% 지분 소유하는 것으로 변경된 점, 쟁점법인과 청구법인의 목적사업이 대부분 동일한 점 등 고려 시 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 어려운 경우에 해당함

이유 1. 처분개요 가. 청구법인은 2021.5.27. 설립된 법인으로 2021.7.30. 전북특별자치도 전주시 OOO 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 매매를 원인으로 취득하고, 2022.5.27. 쟁점토지 지상에 건축물(이하 “쟁점건축물”이라 한다)을 신축하여 취득한바, 쟁점토지에 대해서는 2021.7.30. 과세표준을 OOO원으로 하여 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 신고ㆍ납부한 후 2021.8.2. 「지방세특례제한법」(2021.6.8. 법률 제18209호로 개정된 것, 이하 같다) 제58조의3 제1항에 따라 창업중소기업 등에 대한 취득세 감면(75%)을 신청하여 취득세 등 합계 OOO원을 환급받아 결국 OOO원을 납부하였고, 쟁점건축물에 대해서는 2022.6.3. 같은 항에 따른 취득세 감면에 따라 과세표준을 OOO원으로 하여 취득세 OOO원 중 OOO원(75%)을 감면받아 취득세 OOO원(25%), 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다. 나. 처분청은 2025.6.12. 청구법인이 창업중소기업이 아니라고 보아 쟁점토지 및 쟁점건축물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)에 대하여 기 감면받은 취득세 등 합계 OOO원(가산세 포함)을 부과ㆍ고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.9.4. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 현재 청구법인의 대표이사인 AAA이 최대주주이자 대표이사로서 운영한 BBB 주식회사(이하 “특수관계법인”이라 한다)와는 독립적으로 운영되므로, 창업중소기업에 해당한다. (가) 청구법인은 특수관계법인과 경영ㆍ인사ㆍ회계 시스템을 독립적으로 운영하고, 신규거래처를 확보하여 왔으나, 처분청은 창업중소기업 등에 대한 감면을 취소하고, 가산세를 포함한 납부고지서를 발급하였다. (나) 청구법인은 한국표준산업분류에 따라 C25119 기타 구조용 금속제품 제조업을 주업종으로 영위하는 반면, 특수관계법인은 F42420 유리 및 창호 공사업을 주업종으로, C25112 구조용 금속 판제품 및 공작물 제조업, C25113 육상 금속 골조 구조재 제조업, C25114 수상 금속 골조 구조재 제조업 등을 부업종으로 하여 사업을 영위하고 있는바, 해당 업종은 한국표준산업분류 상 모두 서로 다른 세세분류로 구분될 뿐만 아니라, 특수관계법인은 건설업이 주업종으로 주업종이 전체 매출에서 차지하는 비율이 100%에 해당한다. (다) 청구법인 설립 시 CCC(AAA의 배우자)이 최대주주로 출자하였고, 경영ㆍ회계 시스템을 분리하고, 원가 계산 및 재고ㆍ구매도 별도로 관리하고 있으며, 청구법인은 신규 거래처 46개 업체를 확보하는 등 매출처 다변화를 도모하였다. (2) 청구법인은 처분청 공무원의 안내에 따라 감면 신청을 한바, 가산세까지 부과하는 경우 납세자 보호 원칙이 훼손될 우려가 있다. (가) 청구법인의 상무이사는 청구법인 설립 전 2021.5.11. 처분청 공무원과 상담을 진행하였고, 처분청 공무원으로부터 “특수관계법인이 영위하는 업종과 업종코드만 상이하다면 창업중소기업 등에 대한 감면 가능성이 높고, 특수관계법인과 신규법인의 대표이사가 동일한 경우 특수관계법인의 대표이사가 신규법인의 최대주주라면 창업으로 인정되지 않는다”는 내용의 안내를 받았다. (나) 청구법인의 상무이사는 2021.6.8. 추가 상담을 진행하였고, 추후 쟁점부동산에 대하여 「지방세특례제한법」 제58조의3 제1항에 따른 창업중소기업 등에 대한 감면을 적용받았다. (다) 청구법인은 「지방세특례제한법」 제58조의3 제1항에 따른 창업중소기업 등에 대한 감면을 고려하고 있지 않았고, 대상이 아니라면 감면 신청을 할 의사도 없었으나, 처분청 공무원과의 상담 및 안내에 따라 감면을 신청한 것이다. (라) 「지방세특례제한법」 제58조의3 제1항에 따른 창업중소기업 등에 대한 감면은 창업 초기의 투자 위험 부담을 완화하고 고용 창출을 장려하기 위한 데 그 입법 취지가 있는 것이고, 세법 규정이 복잡하여 납세자는 공무원의 해석에 의존할 수밖에 없는데, 이런 경우에까지 가산세를 부과한다면 납세자 보호 원칙이 심각하게 훼손될 수 있다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 창업중소기업으로 볼 수 없다. (가) 「지방세특례제한법」 제58조의3 제1항에서 창업중소기업이 창업일부터 4년 이내에 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다고 규정하고, 같은 조 제6항 제4호에서 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우는 창업으로 보지 아니한다고 규정하고 있다. (나) 「지방세특례제한법」 제58조의3 제6항의 취지는 새로운 사업을 최초로 개시함으로써 원시적인 사업창출의 효과가 있는 경우에만 소득세 또는 법인세의 감면혜택을 주려는 데 있다고 봄이 타당하다(대법원 2020.9.24. 선고 2020두41078 판결, 대법원 2014.3.27. 선고 2011두11549 판결 등, 같은 뜻임). (다) 2024.1.1. 「지방세특례제한법 시행령」(2023.12.29. 대통령령 제34079호로 개정된 것) 제29조의2 제12항이 신설되어 시행된바, 같은 항 제2호에 따르면 해당 법인 또는 해당 법인의 과점주주가 신설되는 법인인 중소기업의 과점주주가 되는 경우(해당 법인과 신설되는 법인인 중소기업이 동종의 사업을 영위하는 경우로 한정한다)는 창업으로 보지 아니하는데, 청구법인의 최대주주 AAA은 유한회사 DDD(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 최대주주이면서 대표이사인 점, 청구법인은 쟁점법인과 약 260m 떨어진 장소에 설립된 점, 청구법인과 쟁점법인은 법인등기부상 주요 업종과 설립 목적이 동일한 점, 청구법인과 쟁점법인의 대표자 및 임원들의 인적 구성이 유사하거나 중첩되는 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인은 쟁점법인의 사업을 확장한 것에 불과하므로 원시적인 사업 창출의 효과가 있는 새로운 사업을 최초로 개시한 것으로 보기 어렵다. (라) 한편, 청구법인은 쟁점법인이 아닌 특수관계법인의 매출처별합계표 등을 제시하며 청구법인이 창업중소기업이라고 주장하나, 처분청은 청구법인이 쟁점법인의 사업을 확장하는 경우로 보아 창업으로 보지 않은 것이다. (2) 처분청 공무원의 안내에 따라 청구법인이 감면신청을 한 것이므로 가산세까지 부과하는 것이 납세자 보호 원칙에 위반된다는 주장은 타당하지 않다. (가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상 제재로서 그 의무의 이행을 납세의무자에게 기대하는 것이 무리인 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다(대법원 2005.11.25. 선고 2004두930 판결, 같은 뜻임). (나) 취득세는 신고ㆍ납부세제로 감면 대상이 아님에도 감면 대상으로 신고한 것은 청구법인의 귀책사유로 보는 것이 타당하고, 감면 신청에 대하여 처분청이 이의를 제기하지 않았다고 하여 처분청에게 귀책사유가 있다고 보기 어려운 점 등을 고려하면, 이 사건에서 위 판결례를 원용하는 것은 타당하지 않고, 법령의 부지 또는 오해는 가산세를 부과하지 않을 정당한 사유로 볼 수도 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점부동산 취득이 「지방세특례제한법」 제58조의3에 따른 창업중소기업 감면 대상에 해당한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 : <별지> 참조 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인 및 처분청이 제출한 자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 특수관계법인(현재 대표이사 AAA)은 2011.3.30. 디자인휀스 개발 및 제조설치업, 반사 안내표지판 제조 및 설치업, 광고물 제조 및 설치업 등을 목적 사업으로 하여 설립되었다. (나) 쟁점법인(현재 이사 AAA)은 2017.3.29. 도로교통안전시설 개발 및 제조ㆍ설치업, 디자인휀스 개발 및 제조ㆍ설치업, 광고물 제조 및 설치업 등을 목적 사업으로 하여 설립되었고, 2017.5.31. 전북특별자치도 전주시 OOO 토지를 취득, 2017.10.31. 해당 토지 지상에 건축물을 신축하여 취득한 후 2017.5.31., 2017.11.8. 「지방세특례제한법」 제58조의3 제1항에 따라 창업중소기업 등에 대한 감면을 신청하여 취득세 등을 각각 경감받았다. (다) 쟁점법인은 청구법인 설립 당시(2021.5.27.) 기준으로 AAA이 100% 지분을 보유하고 있었다. (라) 청구법인은 2021.5.27. 도로교통안전시설 개발 및 제조ㆍ설치업, 디자인휀스 개발 및 제조ㆍ설치업, 광고물 제조 및 설치업 등을 목적 사업으로 하여 설립되었고, 설립 당시 CCC(AAA의 배우자)이 50%의 지분을, AAA이 35%의 지분을 각각 소유하고 있었으며, 2021.12.31. 기준으로는 CCC이 40%의 지분을, AAA이 50%의 지분을 각각 소유하는 것으로 변경되었다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 「지방세특례제한법」 제58조의3 제1항에서 창업중소기업이 창업일부터 4년 이내에 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다고 규정하고, 같은 조 제6항 제4호에서 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우는 창업으로 보지 아니한다고 규정하고 있다. 취득세 등의 면제대상이 되는 “창업”이란 실질적으로 중소기업을 새로이 설립하여 사업을 개시하는 경우를 의미하는 것이지 설립된 법인이 기존 사업을 승계하여 같은 종류의 사업을 운영하거나 사업을 확장하는 등 외형상 명의만 변경한 것에 불과하여 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우에는 「지방세특례제한법」상 세액감면의 취지에 부합하는 창업에 해당한다고 보기 어렵다 할 것(조심 2018지261, 2018.4.11., 조심 2011지335, 2012.3.5. 같은 뜻임)이다. ‘사업의 확장’이란 중소기업을 설립하여 최초로 사업장을 두고 사업을 영위하다가 동일한 업종의 사업장을 추가하는 경우를 의미한다 할 것이고, ‘업종의 추가’란 최초로 영위하는 사업과 다른 사업을 영위하는 모든 경우를 의미한다고 보아야 할 것으로서, 사업주체가 동일한 경우에는 사업장의 변화에 따라 추가된 사업장이나 업종에 대하여 더 이상 조세감면혜택을 부여하는 것이 조세형평상 불합리하므로 이를 배제하겠다는 의미로 보인다(조심 2018지261, 2018.4.11., 조심 2013지156, 2014.9.19., 같은 뜻임). (나) 청구법인은 특수관계법인과는 독립적으로 운영되므로 창업중소기업에 해당하고, 처분청 공무원의 안내에 따라 감면 신청을 하였는데 가산세까지 부과하는 경우 납세자 보호 원칙이 훼손될 우려가 있다고 주장한다. (다) 그러나, 쟁점법인의 100% 지분을 소유하고 있는 AAA은 청구법인 설립 당시(2021.5.27.) 청구법인의 35% 지분을, 그의 배우자가 청구법인의 50% 지분을 각각 소유하고 있다가 2021.12.31. 배우자가 40%의 지분을, AAA이 50%의 지분을 각각 소유하는 것으로 변경된 점, 청구법인과 쟁점법인의 법인등기부상 목적 사업의 대부분이 동일한 점 등을 고려하면, 청구법인은 「지방세특례제한법」 제58조의3 제6항 제4호에 따른 “사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우”에 해당한다고 보이는바, 감면요건과 관련한 입증책임은 청구법인에게 있다 할 것인데 청구법인이 「지방세특례제한법」 제58조의3 제6항 제4호에 해당하지 않는다고 볼 만한 자료가 제출되지 않은 점, 가산세는 납세자의 고의ㆍ과실 유무와 관계없이 법정 의무를 위반한 경우 부과되는 제재로서 청구법인에게 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어려운 점 등을 고려하면, 처분청이 쟁점부동산에 대하여 기 감면받은 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 지방세특례제한법(2021.6.8. 법률 제18209호로 개정된 것) 제58조의3(창업중소기업 등에 대한 감면) ① 2023년 12월 31일까지 과밀억제권역 외의 지역에서 창업하는 중소기업(이하 이 조에서 “창업중소기업”이라 한다)이 대통령령으로 정하는 날(이하 이 조에서 “창업일”이라 한다)부터 4년 이내(대통령령으로 정하는 청년창업기업의 경우에는 5년 이내)에 취득하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다. 1. 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다. ④ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한정한다. 이 경우 제1호부터 제8호까지의 규정에 따른 업종은 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른 업종으로 한다. 2. 제조업 ⑥ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 창업으로 보지 아니한다. 4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우 (2) 지방세특례제한법 시행령(2020.12.31. 대통령령 제31344호로 개정된 것) 제29조의2(창업중소기업 등의 범위) ① 법 제58조의3 제1항 각 호 외의 부분 전단에서 “대통령령으로 정하는 날”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 날을 말한다. 1. 법인이 창업하는 경우: 설립등기일 ⑪ 법 제58조의3 제6항 제1호 및 제3호에 따른 같은 종류의 사업은 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 고시하는 산업에 관한 표준분류(이하 “한국표준산업분류”라 한다)에 따른 세분류가 동일한 사업으로 한다. (3) 지방세특례제한법(2023.12.29. 법률 제19862호로 개정된 것) 제58조의3(창업중소기업 등에 대한 감면) ⑥ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 창업으로 보지 아니한다. 4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 5. 그 밖에 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 (4) 지방세특례제한법 시행령(2023.12.29. 대통령령 제34079호로 개정된 것) 제29조의2(창업중소기업 등의 범위) ⑫ 법 제58조의3 제6항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 개인사업자가 동종 사업을 영위하는 법인인 중소기업을 새로 설립하여 과점주주(「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 되는 경우 2. 해당 법인 또는 해당 법인의 과점주주가 신설되는 법인인 중소기업의 과점주주가 되는 경우(해당 법인과 신설되는 법인인 중소기업이 동종의 사업을 영위하는 경우로 한정한다) (5) 지방세기본법 제46조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(주식을 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에 상장한 법인은 제외한다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목의 경우에는 납기개시일) 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 소유주식수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다. 2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)