「국세기본법」 제47조의3은 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출한 자가 환급세액을 과다하게 신고한 경우 부과되는바, 청구인은 2025년 제1기 부가가치세 법정신고기한을 지나 2025.7.28. 기한후신고를 한 경우 「국세기본법」 제47조의3의 적용대상이 아님, 「국세기본법」 제47조의2에서 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우 신고로 납부해야 할 세액의 일정금액을 무신고가산세로 부과하도록 규정하고 있는바, 청구인은 신고로 납부할 세액이 없으므로 「국세기본법」 제47조의2의 적용대상도 아님

이유 1. 처분개요 가. 청구인은 2023.11.27.부터 경기도 OOO에서 서적, 신문 및 잡지류 소매업체인 A(이하 “쟁점사업장”이라 한다)를 운영하는 사업자로 2025년 제1기에 B, C, ㈜D 등의 사업자로부터 건축물 철거용역, 레미콘, 고장력철근 등 주택신축 관련 자재 및 공사용역을 공급받으면서 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다) 등을 수취하였고, 2025.7.28. 쟁점사업장에 대하여 2025년 제1기 부가가치세 기한후신고를 하면서, 쟁점세금계산서상 매입세액(OOO원으로 이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 포함한 총 OOO원을 공제받을 매입세액으로 기재하여 OOO원을 환급받을 세액으로 신고하였다. 나. 처분청은 청구인의 부가가치세 기한 후 신고내용을 검토한 결과, 쟁점매입세액은 쟁점사업장과 무관하게 청구인이 주택신축공사를 하면서 부담한 것이므로 매입세액 불공제대상이라고 보아 2025.11.3. 청구인에게 2025년 제1기 부가가치세 OOO원(초과환급신고가산세 OOO원)을 결정ㆍ고지하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2026.1.22. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 청구인은 세무공무원의 안내를 신뢰하여 쟁점매입세액을 공제대상 매입세액으로 하여 부가가치세 기한후신고를 한 것인바, 부가가치세 신고가 잘못되었다고 하여 초과환급신고가산세를 부과한 이 건 처분은 부당하다. (1) 청구인은 이 건 부가가치세 신고를 하기 전에 처분청 직원으로부터 세금계산서가 있으면 환급신고가 가능하다는 안내를 2차례나 받았고, 이를 처분청 담당 부서(부가가치세과)에도 재차 확인하였다. 세무공무원의 잘못된 안내에 따라 발생한 행위의 책임을 청구인에게 지우는 것은 부당하다. (2) 처분청은 쟁점세금계산서가 주택건설과 관련하여 수취한 것이므로 매입세액공제 대상이 아니라며 가산세를 부과하였다. 처분청은 세무공무원의 안내는 “단순한 상담 또는 안내 수준”이라는 의견이나, 납세의무자가 세무공무원의 안내가 정식 상담인지 아니면 안내 수준인지를 확인할 방법이 없고, 상담내용은 법적 책임이 없다는 문구만으로 세무공무원의 상담 오류에 따른 책임을 회피하는 것은 신의성실의 원칙, 행정의 신뢰보호 원칙에 반한다. (3) 법령상 사업자가 반드시 세무대리인을 통해 세무업무를 처리할 의무가 없는바, 세무공무원의 안내를 신뢰하여 발생한 불이익을 청구인에게 지우는 것은 불공정하다. (4) 국민이 세무행정을 직접 안내받아 업무를 처리하였다고 하더라도 법적으로 보호되어야 하고, 세무공무원의 상담이 공적인 견해표명이 아니라는 이유만으로 책임회피를 할 수 없다. 나. 처분청 의견 (1) 청구인은 처분청 세무공무원의 안내에 따라 쟁점매입세액을 공제대상으로 하여 부가가치세를 신고하였으므로 이 건 초과환급신고가산세를 부과한 처분이 부당하다고 주장하나, 세무공무원의 상담 안내가 있었다 하더라도, 이는 납세 편의를 제공하기 위한 지원 성격의 행정서비스로 그 결과에 대한 책임을 과세관청이 지는 것으로 볼 수 없다. (2) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납부의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하는 것이고, 법령의 부지 또는 오인은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 이 건 초과환급신고가산세를 부과한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 등 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인의 쟁점사업장에 대한 사업자등록 내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 쟁점사업장의 사업자등록 내역 OOO (2) 청구인이 2025년 제1기에 쟁점사업장을 공급받는 자로 하여 수취한 세금계산서의 내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 2025년 제1기 세금계산서 수취내역 OOO (3) 처분청은 청구인이 2025년 제1기에 수취한 총 세금계산서 OOO원 중 OOO원을 제외한 나머지 OOO원(쟁점세금계산서상 공급가액 합계액)은 쟁점사업장과 무관하게 주택신축과 관련된 금액이므로 매입세액 불공제대상이라고 보았는데, 처분청이 제출한 경기도 OOO의 건축(신축)허가 알림 공문(2024.10.11. 시행)에 의하면 청구인이 2024.8.9. 제출한 경기도 OOO 번지상의 건축허가신청은 「건축법」제11조에 따라 허가처리된 사실 및 청구인이 승인받은 건축물은 지상 2층 규모의 단독주택(연면적 119.94㎡)인 사실이 나타난다. (4) 처분청의 이 건 부가가치세 부과시 결정내역은 아래 <표3>과 같다. <표3> 부가가치세 경정내역 OOO (5) 청구인이 쟁점사업장의 개업일부터 현재까지 부가가치세를 신고한 내역은 아래 <표4>와 같다. <표4> 청구인의 쟁점사업장에 대한 부가가치세 신고내역 OOO (6)「국세기본법」제47조의2에서 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부하여야 할 세액에 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액을 가산세로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제47조의3 제1항에서 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액에 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다고 규정하고 있다. (7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인이 2025.7.28. 2025년 제1기 부가가치세를 기한후 신고하면서 공제대상이 아닌 쟁점매입세액을 공제대상 매입세액으로 기재하여 환급받을 세액을 과다하게 신고하였으므로 초과환급신고가산세를 부과한 처분은 정당하다는 의견이나, 「국세기본법」제47조의3에서 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 한 경우로서, 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고한 경우에는 초과신고한 환급세액에 각 호에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다고 규정하여, 초과환급신고가산세는 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출한 자가 환급세액을 과다하게 신고한 경우에 한해 부과되는바, 이 건과 같이 청구인이 2025년 제1기 부가가치세의 법정신고기한(2025.7.25.)을 지나 2025.7.28. 기한후신고를 한 경우에는 「국세기본법」제47조의3의 적용대상이 아닌 것으로 보이는 점, 「국세기본법」제47조의2에서 납세의무자가 세법에 따른 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에 신고로 납부하여야 할 세액의 일정 금액을 무신고가산세로 부과하도록 규정하고 있는바, 이 건과 같이 청구인이 신고로 납부하여야 할 세액이 없는 경우에는 제47조의2의 무신고가산세의 적용대상도 아닌 것으로 보이는 점,「국세기본법」제45조의3에서 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할 세무서장의 과세표준과 세액의 결정 통지 전까지 기한후과세표준신고서를 제출할 수 있다고 규정하고 있을 뿐, 달리 기한후신고서상 납부할 세액을 잘못 기재한 것에 대하여 가산세를 부과할 근거는 나타나지 아니하는 점 등에 비추어, 청구인이 기한후신고에 의해 환급받을 세액을 과다하게 신고한 것이 「국세기본법」상 이 건 가산세의 적용대상이라고 보기는 어렵다 할 것이다. 따라서, 처분청이 청구인에게 초과환급신고가산세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 국세기본법 제6조(천재 등으로 인한 기한의 연장) 관할 세무서장은 천재지변이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 이 법 또는 세법에서 규정하는 신고, 신청, 청구, 그 밖에 서류의 제출 또는 통지를 정하여진 기한까지 할 수 없다고 인정하는 경우나 납세자가 기한 연장을 신청한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 기한을 연장할 수 있다. 제15조(신의ㆍ성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 제45조의3(기한 후 신고) ① 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할 세무서장이 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 결정하여 통지하기 전까지 기한후과세표준신고서를 제출할 수 있다. ② 제1항에 따라 기한후과세표준신고서를 제출한 자로서 세법에 따라 납부하여야 할 세액이 있는 자는 그 세액을 납부하여야 한다. ③ 제1항에 따라 기한후과세표준신고서를 제출하거나 제45조 제1항에 따라 기한후과세표준신고서를 제출한 자가 과세표준수정신고서를 제출한 경우 관할 세무서장은 세법에 따라 신고일부터 3개월 이내에 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 신고인에게 통지하여야 한다. 다만, 그 과세표준과 세액을 조사할 때 조사 등에 장기간이 걸리는 등 부득이한 사유로 신고일부터 3개월 이내에 결정 또는 경정할 수 없는 경우에는 그 사유를 신고인에게 통지하여야 한다. ④ 기한후과세표준신고서의 기재사항 및 신고 절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제47조(가산세 부과) ① 정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다. ② 가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 해당 국세의 세목(稅目)으로 한다. 다만, 해당 국세를 감면하는 경우에는 가산세는 그 감면대상에 포함시키지 아니하는 것으로 한다. ③ 가산세는 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 제47조의2(무신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」 제9조에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 「농어촌특별세법」 및 「종합부동산세법」에 따른 신고는 제외한다)를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부하여야 할 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “무신고납부세액”이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액을 가산세로 한다. 1. 부정행위로 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 하지 아니한 경우 : 100분의 40(역외거래에서 발생한 부정행위인 경우에는 100분의 60) 2. 제1호 외의 경우: 100분의 20 ② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 호에 따른 금액을 가산세로 한다. 1. 「소득세법」 제70조 및 제124조 또는 「법인세법」 제60조, 제76조의17 및 제97조에 따른 신고를 하지 아니한 자가 「소득세법」 제160조 제3항에 따른 복식부기의무자(이하 “복식부기의무자”라 한다) 또는 법인인 경우: 다음 각 목의 구분에 따른 금액과 제1항 각 호의 구분에 따른 금액 중 큰 금액 가. 제1항 제1호의 경우 : 다음 구분에 따른 수입금액(이하 이 조에서 “수입금액”이라 한다)에 1만분의 14를 곱한 금액 1) 개인 : 「소득세법」 제24조부터 제26조까지 및 제122조에 따라 계산한 사업소득에 대한 해당 개인의 총수입금액 2) 법인 : 「법인세법」 제60조, 제76조의17, 제97조에 따라 법인세 과세표준 및 세액 신고서에 적어야 할 해당 법인의 수입금액 나. 제1항 제2호의 경우 : 수입금액에 1만분의 7을 곱한 금액 2. 「부가가치세법」에 따른 사업자가 같은 법 제48조 제1항, 제49조제1항 및 제67조에 따른 신고를 하지 아니한 경우로서 같은 법 또는 「조세특례제한법」에 따른 영세율이 적용되는 과세표준(이하 “영세율과세표준”이라 한다)이 있는 경우: 제1항 각 호의 구분에 따른 금액에 영세율과세표준의 1천분의 5에 상당하는 금액을 더한 금액 ③ 제1항 및 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항 및 제2항을 적용하지 아니한다. 1. 삭제 <2020.12.22.> 2. 「부가가치세법」 제69조에 따라 납부의무가 면제되는 경우 ④ 제1항 또는 제2항을 적용할 때 「부가가치세법」 제45조 제3항 단서에 따른 대손세액에 상당하는 부분에 대해서는 제1항 또는 제2항에 따른 가산세를 적용하지 아니한다. ⑤ 제1항 또는 제2항을 적용할 때 예정신고 및 중간신고와 관련하여 이 조 또는 제47조의3에 따라 가산세가 부과되는 부분에 대해서는 확정신고와 관련하여 제1항 또는 제2항에 따른 가산세를 적용하지 아니한다. ⑥ 제1항 또는 제2항을 적용할 때 「소득세법」 제81조의5, 제115조 또는 「법인세법」 제75조의3이 동시에 적용되는 경우에는 그 중 가산세액이 큰 가산세만 적용하고, 가산세액이 같은 경우에는 제1항 또는 제2항의 가산세만 적용한다. ⑦ 제1항부터 제6항까지에서 규정한 사항 외에 가산세 부과에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제47조의3(과소신고ㆍ초과환급신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」 제9조에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 「농어촌특별세법」에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “과소신고”라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “초과신고”라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “과소신고납부세액등”이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다. 1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우 : 다음 각 목의 금액을 합한 금액 가. 부정행위로 인한 과소신고납부세액등의 100분의 40(역외거래에서 발생한 부정행위로 인한 경우에는 100분의 60)에 상당하는 금액 나. 과소신고납부세액등에서 부정행위로 인한 과소신고납부세액등을 뺀 금액의 100분의 10에 상당하는 금액 2. 제1호 외의 경우 : 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. 1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우 2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우 3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 (2) 국세기본법 시행령 제2조(기한연장의 사유) 법 제6조에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 경우를 말한다. 1. 납세자가 화재, 전화(戰禍), 그 밖의 재해를 입거나 도난을 당한 경우 2. 납세자 또는 그 동거가족이 질병이나 중상해로 6개월 이상의 치료가 필요하거나 사망하여 상중(喪中)인 경우 3. 정전, 프로그램의 오류나 그 밖의 부득이한 사유로 한국은행(그 대리점을 포함한다) 및 체신관서의 정보통신망의 정상적인 가동이 불가능한 경우 4. 금융회사 등(한국은행 국고대리점 및 국고수납대리점인 금융회사 등만 해당한다) 또는 체신관서의 휴무나 그 밖의 부득이한 사유로 정상적인 세금납부가 곤란하다고 국세청장이 인정하는 경우 5. 권한 있는 기관에 장부나 서류가 압수 또는 영치된 경우 6. 「세무사법」 제2조제3호에 따라 납세자의 장부 작성을 대행하는 세무사(같은 법 제16조의4에 따라 등록한 세무법인을 포함한다) 또는 같은 법 제20조의2에 따른 공인회계사(「공인회계사법」 제24조에 따라 등록한 회계법인을 포함한다)가 화재, 전화, 그 밖의 재해를 입거나 도난을 당한 경우 7. 그 밖에 제1호, 제2호 또는 제5호에 준하는 사유가 있는 경우 제28조(가산세의 감면 등) ① 법 제48조 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 제10조에 따른 세법해석에 관한 질의ㆍ회신 등에 따라 신고ㆍ납부하였으나 이후 다른 과세처분을 하는 경우 2. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 토지등의 수용 또는 사용, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시ㆍ군계획 또는 그 밖의 법령 등으로 인해 세법상 의무를 이행할 수 없게 된 경우