청구법인은 세진의 대표자를 확인하거나 사업장을 방문하지 않고 계약하는 등 선량한 관리자로서의 주의 의무를 다한 것으로 보기 어려운 점

이유 1. 처분개요 가. 청구법인은 2014.9.4. 설립되어 선박, 엔진부품 등의 제조업을 영위하고 있는 법인으로 2022년 제1기~2023년 제2기 부가가치세 과세기간에 A(대표자 : B, 제조/전기제어장치)으로부터 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 하고, 관련 거래를 “쟁점거래”라 한다)를 수취한 후, 해당 과세기간에 대한 부가가치세 신고 시 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하였다. 나. 부산지방국세청장(이하 “조사청”라 한다)은 2024.7.25.~2024.10.31. 기간 동안 C 주식회사(이하 “C”이라 한다) 및 A에 대한 세무조사를 실시한 결과, A이 청구법인에게 발급한 쟁점세금계산서를 실제 재화를 공급하지 아니하고 발급한 사실과 다른 세금계산서로 보아 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2025.11.10. 청구법인에게 2022년 제1기~2023년 제2기 부가가치세 합계 OOO원(2022년 제1기분 OOO원, 2022년 제2기분 OOO원, 2023년 제1기분 OOO원, 2023년 제2기분 OOO원)을 각 경정ㆍ고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.11.21. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 처분청은 A에 대한 조세범칙조사 결과, 실제 재화를 공급한 사업자는 C이므로 쟁점거래는 위장거래로서 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 의견이나, 청구법인은 거래 당시 공식적인 서류를 통해 정상거래인지 여부에 대한 확인 의무를 다한 선의의 거래당사자에 해당한다. (가) “부가가치세법 기본통칙”은 사업자가 거래상대방의 사업자등록증을 확인하고 거래에 따른 세금계산서를 교부받은 경우 거래상대방이 관계기관의 조사로 인하여 명의위장사업자로 판정되었다고 하여도 당해 사업자를 선의의 거래당사자로 볼 수 있는 때에는 경정 등의 불이익한 처분을 받지 않는다고 규정하고 있다. (나) 처분청은 청구법인이 제품을 구매하였다는 사실은 인정하면서도 실제 공급자가 C으로 확인되었다는 의견이나, 청구법인은 스위치 부품을 제작하는 C과 제품 몸체의 임가공업체인 A을 각각 별도 업체로 알고 있었다. 해당 제품은 비교적 소형으로 제품 몸체의 경우 단순 가공만으로 제작이 가능하여 직접 공장을 방문하지는 않았으나, 계약에 따라 제품이 입고(택배로 배송) 되었고, 대금결제도 정상적으로 이루어졌으며, 입고 후 거래상대방으로부터 사업자등록증, 사업용계좌 사본 등을 제출받아 정상사업자인지 여부를 간접적으로 확인을 했기 때문에 위장사업자인지를 알 수 없었다. (2) 제조업체의 특성상 여러 거래처가 존재하고 다수의 제품이 입고되며, 대금결제가 이루어지는 과정에서 공식적인 서류 외 어떠한 서류를 확인하여야 하는 것인지 설명도 없이 단지 사후 조사결과 위장사업자로 판정되었다는 이유로 이미 실물거래가 있었고 부가가치세까지 부담한 청구법인에게 재차 공제받은 부가가치세를 불공제하는 방법으로 과세를 하는 것은 납득하기 어렵다. 따라서 청구법인은 쟁점거래를 하면서 거래상대방의 사업자등록증 등 공적서류를 통하여 필요한 범위 내에서 정상사업자인지 여부에 대한 확인절차를 이행한 선의의 상대방에 해당하므로 쟁점세금계산서상 매입세액은 공제되어야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 조사청의 C 및 A 등에 대한 세무조사 당시 쟁점거래는 실제 거래가 없었던 것으로 조사되었다. (가) C의 영업이사 D이 세무조사를 받을 당시 작성한 심문조서, A의 조사과정에서 대표자 B가 임의출석하여 구두진술한 내용 등을 보면, A의 사업장 사무실에는 집기도 존재하지 않았고, 직원이 출근하진 않는 등 해당 사무실이 제대로 운영되지 않은 것으로 진술하였다. (나) 조사청의 조사결과, A은 10개 업체로부터 OOO원의 거짓세금계산서를 수취하고, 쟁점세금계산서를 포함하여 OOO원의 거짓세금계산서를 발급하였으며, 가공인건비 OOO원을 계상하는 등 정상적인 사업을 하지 않은 자료상으로 조사되었고, 세무조사 후 C 및 A 등의 관계자들은 「조세범 처벌법」 제10조 제3항 및 「특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률」 제8조의2에 따라 관계기관에 고발 조치되었다. (2) 쟁점세금계산서를 발급한 A의 대표자인 B는 조사청의 세무조사 당시 청구법인을 알지 못하고, 실제 C이 모든 행위를 하였다고 진술하고 있으므로 청구법인이 선의의 거래당사자로서 주의의무를 다하였다는 주장은 받아들일 수 없다. 청구법인은 2014.9.4. 개업하여 만 11년째 사업을 영위하고 있어 해당 분야에 상당한 경력을 가지고 있다. 턴키 방식은 수주자가 프로젝트의 설계와 시공을 모두 책임지고 일괄적으로 수행하게 되는데, 청구법인은 발주자로서 해당 사업장에 대하여 관리 감독이 부족하였고, 청구법인이 제출한 과세자료에 대한 해명사항을 보면, C에서 A을 통해 납품하겠다는 제안을 받은 점에서 위장거래에 대해 충분히 의심할 만한 정황이 있었음에도 불구하고 청구법인은 부실 거래처임을 제대로 확인하지 않은 사실이 있고, 거래처 대표자 및 사업장을 제대로 알아보지 아니하고 신생 업체인 A과 고액의 거래를 하였는바, 이에 대하여 주의의무를 다하였다고 할 수는 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 청구법인은 쟁점세금계산서 수취와 관련하여 선의의 거래당사자로서 주의의무를 다하였다는 청구주장의 당부 나. 관련 법률 부가가치세법 제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다. 1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다) 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 조사청이 2024.7.25.~2024.10.31. 기간 동안 C 및 A에 대한 세무조사를 실시한 결과, A(B)은 C의 영업부장인 D이 지인인 B 명의를 빌려 가공경비 및 수입금액 분산 등을 위해 등록한 사업자로 2021년 제1기~2023년 제1기 부가가치세 과세기간에 거짓세금계산서 OOO원 발급 및 OOO만을 수취한 것으로 조사되었는바, 세무조사종결보고서 등에 나타나는 내용은 아래 <표1>과 같다. <표1> A 조사내용 OOO (나) 조사청이 A에 대한 세무조사를 실시할 당시, A의 대표자인 B는 2024.8.20., 2024.9.20. 및 2024.10.22. 조사청에 출석하여 A은 실제 재화(또는 용역)를 공급한 사실이 없고, 실제 공급자는 C임을 시인하는 내용의 진술을 한 것으로 나타나는바, B(A)의 진술내용은 아래 <표2>와 같고, C의 경리직원인 E의 진술내용은 아래 <표3>과 같다. <표2> B(A) 진술내용 OOO <표3> E 진술내용 OOO (2) 청구법인은 원청사인 F의 담당부서에서 스위치 제조사인 C을 소개받았고, C은 자신들의 거래처인 A을 통하여 납품할 것을 제안하여 거래가 성사된 것으로 주장하며, 아래 <표4>와 같이 거래물품에 관한 사진자료를 제출하였다. <표4> 쟁점거래 내용 OOO (3) 청구법인은 A과 거래당시 사업자등록증 및 계좌를 확인하고, 쟁점세금계산서에 대한 거래대금을 계좌로 지급하였으며, 실제 A이 (명의)위장사업자 인지 여부를 알 수 없었다고 주장하는바, 관련 거래대금 지급내용 등은 아래 <표5>와 같다. <표5> 거래대금 지급내용 등 OOO (4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 A이 위장업체라는 사실을 알지 못하였고, 실제 물품이 납품된 이후에 물품대금을 지급하는 등 충분한 주의의무를 다하였으므로 선의의 거래당사자에 해당한다고 주장하나, 조사청의 A에 대한 세무조사 결과, A은 선박 부품 등을 제조ㆍ납품할 수 있는 인적ㆍ물적 시설이 확인되지 않았고, C이 수입금액 분산 등을 위해 설립한 페이퍼컴퍼니로 조사된 점, 처분청이 제출한 A의 대표자인 B의 진술서에 따르면, 실제 직접 물건을 납품한 사실이 없는 것으로 시인하고 있고, 청구법인은 A의 대표자를 확인하거나 사업장을 방문하지 않고 계약을 체결하는 등 선량한 관리자로서의 주의의무를 다하지 못한 것으로 보이는 점, 청구법인이 제시한 사업자등록증 사본, 계좌 송금내역 등 만으로는 선량한 관리자로서의 주의의무를 다하였다는 주장을 뒷받침할 수 있는 객관적ㆍ구체적 증빙이라고 하기 어려운 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.