청구법인이 제시한 증빙만으로는 공익법인 등 추천 신청서가 정상적으로 접수되었는지 여부를 확인하기 어렵고, 청구법인은 국세청 홈택스를 통해 신청서를 작성한 후 제출하기 버튼을 누르지 않아 전송(제출)이 완료되지 않은 것으로 보임

이유 1. 처분개요 가. 처분청은 관내 공익법인들에 대하여 2024사업연도 공익법인에 대한 전산 사후관리를 실시하였고, 그 과정에서「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」의 규정에 따라 설립된 청구법인이 공익법인 지정기간이 만료(만료일 : 2023.12.31.)된 비영리법인임에도 만료일 이후인 2024년 이후 귀속분에 대하여 공익법인 재지정 승인을 구하는 ‘공익법인 등 추천 신청서’(이하 “신청서”라 한다)를 제출하지 않아 지정기부금단체 및 공익법인 승인 적격 여부 등에 대한 처분청 및 구 기획재정부(이하 “재정경제부”라 한다)의 검토가 이루어진 바 없는 ‘비지정 비영리법인’에 해당된다고 판단하였다. 나. 처분청은 청구법인이 비지정 비영리법인에 해당함에도 2024사업연도에 기부금 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 수령한 사실을 확인한 후, 지정기부금단체 및 공익법인(이하 “공익법인 등”이라 한다)이 아닌 단체가 기부금 명목으로 출연받은 재산에 대해서는 무상증여로 판단하여 증여세를 부과하도록 한「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다) 제48조 제1항 규정에 따라 2025년 10월경 청구법인에게 법인세 해명자료 제출안내 및 과세예고 통지를 거쳐 2025.12.4. 청구법인에게 2024.4.30. 증여세 OOO원을 결정ㆍ고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.12.31. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점금액은 공익목적 사용이 명백하고, 청구법인의 공익법인 등 지정신청 역시 법정기한 내에 성실히 이루어진 반면, 쟁점이 되는 부분은 국세청과 재정경제부의 행정절차상 처리 과정에 국한되어 있는바, 관련 법령의 취지와 심판례 및 유권해석을 종합적으로 고려하여 실질과 형평의 관점에서 신청서가 접수되고 검토가 이루어진 것으로 보아야 한다. 청구법인은 공익법인 등 지정(재지정) 신청을 법정기한 내에 성실히 이행하였고, 이후 지정 고시가 확인되지 않는 부분은 국세청과 재정경제부 간 행정 처리 과정에서 발생한 미반영 또는 지연에 따른 사항으로 이해되는바, 이는 청구법인의 의사나 관리 범위를 벗어난 사안으로 청구법인으로서는 추가적인 조치를 취하기 어려운 성격의 사유에 해당한다. 이러한 사정에도 불구하고, 지정 고시 미확인이라는 형식적 사유만을 근거로 2024년 귀속 기부금 전액인 쟁점금액을 증여로 의제하여 과세한다면, 실질적으로 공익목적에 사용되고 있는 기부금의 성격과 청구법인의 성실한 납세협력경과를 충분히 반영하지 못할 우려가 있으므로 부당하다. 아울러 관련 법령의 취지와 그 동안의 행정운영 관행, 그리고 과세형평의 관점에서도 재검토가 필요한 부분이 있다고 사료되므로 실질과 형평의 관점에서 이 건 증여세 과세처분에 대하여 한 번 더 신중히 검토함이 타당하다. (2) 청구법인은 2023.9.15. 처분청에서 발송한 “2023년 공익법인 지정추천 추가신청 안내문”을 수령하였고, 2018.2.13. 이전 주무관청 인허가를 받은 공익단체로서 2023.10.20.까지 지정 추천 신청을 하는 경우 2023년 12월 말 지정고시를 거쳐 2021년부터 소급하여 공익법인 지위를 인정받을 수 있다는 안내를 받았으며, 해당 안내문에는 지정요건을 충족하여 기한 내 신청할 것과, 추가지정 시 지정기간이 2023년에 종료되므로 2024년에 재지정 신청이 필요하다는 점이 함께 명시되어 있다. 이에 청구법인은 관련 법령에 따라 공익법인 등 지정 및 재지정 요건을 충족하기 위하여 법정 신청기간인 2023.10.11.부터 2024.1.10. 사이인 2023.10.19.에 공익법인 등 지정신청을 전자적으로 제출하였고, 홈택스 기록상 동일한 날짜에 ‘접수 완료’와 ‘접수 대기’ 상태가 연속하여 표시되어 있으나, 이는 2023년 공익법인 지정신청이 정상적으로 제출ㆍ접수된 이후, 차년도 재지정 또는 추가지정을 염두에 둔 별도의 신청이 이어서 이루어진 결과로 이해되며, 두 신청 사이의 시간 간격이 약 3분에 불과하다는 점 역시 이러한 사정을 뒷받침한다(아래 <표1> 홈택스 접수상태 화면 참고). <표1> 접수상태 화면 OOO 이와 같은 해석은「법인세법 시행규칙」제18조의3 제2항에서 정한 차년도 재지정 신청 의무, 안내문에 기재된 “추가지정 시 2024년 재지정 필요”라는 문구, 그리고 청구법인이 제출한 2023년부터 2025년까지의 중장기 사업계획 내용과도 서로 일치한다. 아울러 홈택스상 ‘접수대기’라는 표시는 전자신청이 이루어진 이후 국세청 내부 검토나 관계기관 연계 절차가 진행중임을 나타내는 행정 관리상 상태 값에 불과하며, 현행 「법인세법」이나 시행령 및 시행규칙 어디에도 이를 ‘미신청’ 또는 ‘미제출’로 평가할 수 있는 근거 규정은 존재하지 않는다. 한편, 청구법인은 공익법인으로서 관련 법령이 요구하는 제반 의무를 전반적으로 성실히 이행해왔고, 출연재산은 법정기간 내 공익목적에 사용되었으며, 이후에도 매년 수입의 상당 부분이 공익사업비로 지출되었고, 운용소득 역시 전액 공익사업에 사용되었다. 특수관계인에게 부당한 이익을 제공한 사실이 없고, 이사회 구성 요건과 회계기록 및 지출관리의 투명성도 지속적으로 유지해 왔고, 또한 결산서류, 재산목록, 기부금 내역에 대한 공시는 물론, 주무관청 보고 및 외부회계감사 등 납세 협력 의무 역시 충실히 이행하였다. 공익법인 지정기간 만료 전 재지정 신청은 법령상 예정된 절차인바, 청구법인은 2023년 지정신청과 더불어 2024년 재지정 신청 역시 법정기간 내에 제출하였고, 이러한 상황에서 형식적인 지정고시 미확인만을 이유로 실질적으로 공익목적 사업에 사용되고 있는 기부금 전액(쟁점금액)을 증여세 과세대상으로 의제하는 것은 실질과세의 관점이나 비례의 원칙에 비추어 다소 과중한 결과를 초래할 우려가 있다. 특히 지정고시의 누락이나 지연은 국세청과 재정경제부 간 행정 연계 또는 심사 처리 과정에서 발생한 사안으로 보이고, 이는 납세자인 재단이 통제하거나 시정하기 어려운 영역에 해당한다. 청구법인이 2024년에 수령한 쟁점금액은 장학금 지급 등 공익사업에 계획대로 집행되고 있으며, 그 사용 내역은 사업계획서와 회계자료, 집행명세서를 통해 명확히 확인되고, 이와 관련하여 허위, 은폐 또는 조세회피 목적의 행위는 전혀 존재하지 않으며, 공익법인으로서의 의무와 납세협력 의무도 지속적으로 성실히 이행해 왔다. 상증세법 제48조 제1항은 공익법인이 출연받은 재산에 대하여 원칙적으로 증여세를 부과하지 않도록 규정하고 있는데, 이는 공익법인의 공익사업이 본래 국가나 지방자치단체가 수행하여야 할 성격의 업무라는 점을 고려한 조세정책적 배려로 이해되고(대법원 2017.4.20. 선고 2011두21447 판결), 또한 조세심판원은 공익법인 지정신청 절차상 일부 흠결이 있더라도 실질적으로 공익사업을 수행하고 있고 조세회피 목적이 없는 경우에는 증여세 부과가 과도하다고 보아 취소결정을 한 바 있다(조심 2020서0479, 2021.2.1.). 더욱이 청구법인은 과세예고통지를 받은 이후에도 2025년도 공익법인 지정신청서를 제출하는 등 관련 의무를 성실히 이행하기 위하여 지속적으로 노력하였고, 지정기부금단체 지정신청을 하지 않아 공익법인에 해당하지 않게 된 경우라 하더라도, 기존 출연재산을 계속 보유하면서 공익법인의 납세협력 의무를 이행하는 경우에는 해당 출연재산에 대하여 증여세를 부과하지 않는다는 기획재정부 유권해석OOO 역시 형식보다는 실질을 중시하는 해석으로 이해된다. 그럼에도 불구하고 이 건 부과처분의 논리에 따르면, 2024년도에 공익법인의 납세협력 의무를 계속 이행하고 있는 상황에서 기존 출연재산에 대해서는 증여세를 부과하지 않으면서, 동일한 공익목적과 동일한 운영 구조하에서 새로 수령한 기부금에 대해서만 증여세를 부과하게되는 결과가 발생하므로 이는 과세형평의 관점에서도 한 번 더 살펴볼 여지가 있는 부분이라고 판단된다. (3) 청구법인이 추가로 제출한 항변서의 주요 내용은 다음과 같다. (가) 처분청은 청구법인이 2024년도 공익법인 지정추천 신청서를 홈택스에서 작성만 하였을 뿐 제출 버튼을 누르지 않아 신청서가 처분청에 전송되지 않았고, 이에 따라 국세청 전산망 민원접수목록OOO에서도 확인되지 않아 후속 업무를 진행할 수 없었다고 하나, 청구법인은 2021년도부터 2023년도까지 공익법인 지정추천 신청서를 정상적으로 제출하여 왔으며, 동일한 절차에 따라 2024년도 공익법인 지정추천 신청 역시 홈택스 시스템을 통해 작성 및 제출 절차를 진행하였고, 특히 해당 신청서에는 민원접수번호와 접수일시가 부여되어 전산상 기록이 존재하고 있다. 만약 처분청의 주장과 같이 청구법인이 단순히 신청서를 작성만 하고 제출 버튼을 누르지 않았다면, 미제출 상태의 신청서에 민원접수번호와 접수일시가 부여되는 것은 전산 시스템상 합리적으로 설명되기 어렵고, 또한 처분청은 청구법인이 국세청 또는 재정경제부의 업무태만으로 지정승인을 받지 못하였다고 주장한다고 하나, 청구법인은 이를 업무태만으로 표현한 사실이 없으며, 다만 청구법인은 홈택스 전산 처리 과정 또는 국세청과 재정경제부 간 행정 연계 과정에서 신청 데이터가 정상적으로 반영되지 않았을 가능성을 제기하고 있을 뿐이다. (나) 홈택스 시스템의 ‘인터넷접수 목록 조회’ 화면에 따르면 해당 신청서는 민원접수번호와 접수일시가 부여된 상태로 ‘접수대기’ 상태로 확인되는바, 일반적으로 전자행정 시스템에서 민원접수번호와 접수일시가 부여된 경우 이는 단순한 개인 저장 단계와 구별되는 것으로 행정기관 전산망에 신청 데이터가 생성되어 행정절차가 개시된 상태를 의미하는 것으로 보는 것이 합리적이다. 그럼에도 불구하고 처분청은 이를 단순히 “제출 버튼 미클릭에 따른 미신청 상태”로 단정하고 있으나, 이는 해당 전산기록의 의미를 지나치게 축소 해석한 것이고, 또한 「행정법」상 일반원칙에 따르면 행정행위는 통상 “신청 → 심사 → 처분”의 절차에 따라 이루어지며, 신청이 행정시스템에 등록되어 존재하는 경우 행정청은 이에 대해 접수처리, 보완요구, 반려 또는 심사 등 후속 행정절차를 진행하여야 하는 것이나, 이 건의 경우 청구법인의 신청 데이터가 국세청 전산시스템에 존재함에도 불구하고 처분청은 이에 대해 어떠한 행정조치도 취하지 않았고, 이러한 상황은 신청행위 자체가 존재하지 않았다고 보기보다는 행정 내부의 전산 처리 또는 행정절차 진행 과정에서 해당 신청이 정상적인 접수 절차로 이어지지 못한 행정 처리상의 문제로 보는 것이 합리적이다. (다) 청구법인은 처분청에서 발송한 「공익법인 지정추천 추가신청 안내문」에 따라 공익법인 지정추천 신청 절차를 진행하였는바, 해당 안내문에는 2018.2.13. 이전 인허가를 받은 공익사업 수행 단체의 경우 2023.10.20.까지 지정추천을 신청하면 2023년 12월 말 지정 고시를 통해 공익법인 지위를 인정받을 수 있으며,「법인세법 시행령」개정을 전제로 2021년부터 소급 적용될 수 있다는 내용이 명시되어 있었고, 청구법인은 위 안내에 따라 2023.10.19. 공익법인 지정추천 신청서를 제출하였으며 해당 신청은 전산상 ‘접수완료’ 상태로 정상 접수된 사실이 확인되고, 또한 동일 시점에 차년도 지정 및 재지정 절차에 대비한 추가신청 기록 역시 존재한다. 이와 같이 청구법인이 세무서의 공식 안내에 따라 지정추천 신청 절차를 진행하였고 공익법인 지정 절차에 성실히 참여하였음에도 불구하고, 행정기관 내부 절차의 진행 여부 또는 지정 고시 누락과 같은 사정을 이유로 납세자에게 불리한 과세 결과를 귀속시키는 것은「행정기본법」제12조의 신뢰보호 원칙 및 비례원칙에 반하는 결과가 되는 것이며, 특히 청구법인은 장학사업 등 공익목적 사업을 지속적으로 수행하여 왔고, 기부금은 장학금 지급 등 공익사업에 직접 사용되고 있는바, 이러한 상황에서 공익목적으로 사용된 기부금 전액을 증여세 과세대상으로 보는 것은 과세의 형평 및 비례 원칙에 비추어 과도한 결과를 초래한다. (라) 처분청은 2025년 9월경까지 ‘접수대기’ 상태로 조회되던 2024년도 공익법인 지정추천 신청서가 이후 청구법인에 의해 취소 처리되어 국세청 전산망 민원접수목록OOO에서 ‘취소’ 상태로 조회된다고 하나, 청구법인은 해당 신청서를 취소한 사실이 없고, 특히 이 건 증여세 과세처분의 직접적인 쟁점이 되는 2024년도 공익법인 지정추천 신청서를 청구법인이 스스로 취소할 합리적인 이유가 없으며, 실제로 그러한 취소 행위를 한 사실도 없고, 오히려 해당 신청서는 국세청 전산 시스템에서 일정 기간 동안 처리되지 않은 상태로 유지되다가 시스템상 자동 취소된 것일 가능성이 높다고 판단된다. 처분청은 앞서 청구법인이 홈택스에서 제출 버튼을 누르지 않았기 때문에 신청서가 국세청 전산망 민원접수목록OOO에 조회되지 않았고, 이에 따라 처분청 담당자가 신청 접수 사실을 인지할 수 없었다고 하나, 처분청은 동시에 해당 신청서가 취소 처리되어 민원접수목록OOO에 조회된다고 설명하고 있는바, 즉 처분청의 주장에 따르면 “제출되지 않았기 때문에 OOO에서 조회되지 않았다”, “그러나 취소 처리된 신청서는 OOO에서 조회된다”라는 것이다. 그렇다면 당초 접수되지 않아 OOO에서 조회되지 않던 신청서가 어떠한 경로로 취소 처리되어 다시 OOO에서 조회되는지에 대하여 합리적인 설명이 필요하고, 만약 처분청의 주장과 같이 해당 신청서가 실제로 제출되지 않은 상태였다면, 행정시스템상 취소 처리 대상 자체가 존재하지 않는 것이 일반적이며, 따라서 취소 상태로 조회되는 것 역시 설명되기 어렵다. 결국 이 건 전산기록은 청구법인의 신청 데이터가 행정시스템상 일정 단계까지 등록되어 있었음을 보여주는 정황으로 볼 수 있으며, 이후의 취소 처리 또한 납세자의 의사에 따른 것이 아니라 행정 시스템 또는 내부 처리 과정에서 이루어진 것일 가능성이 높다. (마) 처분청은 심판례 등을 근거로 청구법인이 공익법인에 해당하지 않는 경우 증여세 납세의무가 발생한다고 하고 있으나, 조세심판원은 공익법인 지정신청 절차상 일부 흠결이 존재하더라도 실질적으로 공익사업을 수행하고 있고 조세회피 목적이나 부정행위가 없는 경우에는 출연재산 전액에 대하여 증여세를 부과하는 것은 과도하다고 보아 과세처분을 취소한 바 있다(조심 2020서0479, 2021.2.1.). 또한 앞서 언급한 기획재정부 유권해석OOO에서도 지정기부금단체 지정신청을 하지 않아 공익법인에 해당하지 않게 된 경우라 하더라도 기존 출연재산을 계속 보유하면서 공익법인의 납세협력 의무를 이행하는 경우에는 해당 출연재산에 대하여 증여세를 부과하지 않는다는 취지를 밝히고 있다. 이러한 해석은 공익법인 관련 과세에 있어 형식적인 지정 여부만이 아니라 실질적인 공익활동 및 관리 상태를 함께 고려하여 판단하여야 한다는 행정해석의 흐름을 보여주는 것이라 할 것인바, 그럼에도 불구하고 이 건 과세예고 통지의 논리에 따르면 청구법인이 공익법인의 납세협력 의무를 계속 이행하고 있는 상황에서 기존 출연재산에 대해서는 증여세를 부과하지 않으면서 동일한 공익목적 하에 새로 수령한 기부금에 대해서만 증여세를 부과하는 결과가 발생하게 된다. (바) 또한 처분청은 신청서가 청구법인에 의해 취소되었다고 하나, 이는 사실관계를 오인한 것이다. 처분청이 특정한 ‘2025년 9월 24일 OOO’의 취소행위는 이 건 쟁점이 되는 2024사업연도 신청의 취소가 아닌바, 청구법인은 2024사업연도 지정신청을 하지 않았다는 과세해명안내문을 받고 우선 2025사업연도 지정신청을 2025년 9월 15일에 접수하였으며 이후 2025사업연도 지정신청 서류를 보완하여 2025년 9월 24일 OOO에 재접수하였다. 처분청에서 제시하는 ‘청구법인의 2024사업연도 지정신청 취소’ 시간은 2025사업연도 지정신청 재접수 시간과 완벽히 일치하며(아래 <표2> 참고), 이는 청구법인이 2024사업연도 지정신청을 취소하지 않았음을 나타낸다. <표2> 캡쳐 화면 OOO 그러므로 2024사업연도 지정신청 취소는 공익법인 지정신청 중 생성된 신청 데이터를 정리하는 행정시스템 또는 내부 처리절차상의 문제에서 이루어진 것에 불과하다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 2024년 이후 귀속분에 대하여 공익법인 등 지위 재지정 승인을 받기 위해 정상적으로 ‘신청서’를 제출하였음에도 국세청 및 재정경제부의 업무태만, 지연처리 등으로 인해 지정 승인을 못 받은 것처럼 주장하고 있으나 이는 사실이 아닌 잘못된 주장으로 청구법인은 2024년 이후 귀속분에 대하여 ‘신청서’를 국세청에 제출한 사실이 없다. 청구법인은 ‘신청서’ 제출과 관련하여 청구법인 본인의 전산상에서 조회되는 ‘홈택스’상 접수상태를 제시하며 신청서를 정상적으로 제출한 것처럼 주장하고 있으나 이는 사실이 아닌 주장으로 위 <표1>에서 접수상태가 ‘접수완료’로 조회되는 부분은 2021~2023년 귀속분에 대한 지정기부금단체 소급 지정ㆍ승인과 관련하여 제출한 신청서로 추후 국세청의 검토를 거쳐 재정경제부의 최종 승인을 받은 정상적인 신청서 상태가 맞으나, 접수상태가 ‘접수대기’로 조회되는 부분은 홈택스를 통해 ‘신청서’를 작성완료만 하였을 뿐 ‘제출하기’ 버튼을 누르지 않아 처분청에 전송(제출)을 하지 않은 상태를 뜻한다. 신청서 제출 절차를 보면 홈택스 로그인 후 → ‘지급명세서ㆍ자료ㆍ공익법인 → ’공익법인 보고서 제출/공시’ → ‘기부금단체 추천/보고’ → ‘지정기부금단체 추천신청’으로 접속하며, 접속 후 화면 첫 페이지에서 아래와 같이 인적사항 및 고유목적사업 등을 기재 후 ‘저장 후 다음이동’을 클릭(아래 <표3> 참고)하여 두 번째 페이지로 이동하며, <표3> 홈택스 시뮬레이션 화면 일부 OOO 두 번째 페이지에서 아래와 같이 ‘공익법인 설립허가서’. ‘공익법인 정관’ 등 지정ㆍ승인에 필요한 서류를 스캔 첨부한 후 ‘셀프체크리스트’를 클릭하여 검토결과 적격 여부를 체크완료 하면 ‘제출하기’ 버튼이 활성화되어(아래 <표4> 참고) 버튼을 클릭할 경우 정상적으로 국세청으로 전송되어 최종 제출됨에도 불구하고 청구법인은 결국 ‘제출하기’ 버튼을 클릭하여 전송하지 않은 것으로 확인된다. <표4> 홈택스 시뮬레이션 화면 일부 OOO 홈택스를 이용하는 청구법인과 같은 민원인이 신청서를 작성완료 후 제출하기 버튼을 클릭하여 정상적으로 신청서를 제출하였을 경우에만 국세청 전산망(NTIS) ‘민원접수목록*(OOO)’ 및 관할세무서 세적담당자 ‘나의할일’ 목록에 조회가 되어 처분청 담당자가 해당 신청서의 접수 사실을 ‘인지’하고 신청서 검토 등 후속 업무를 진행할 수 있다. 법인세 해명자료 제출 안내 후 2024년 이후분에 대하여 정상 제출 하였음을 주장하는 청구법인측 세무대리인과 처분청 담당자가 유선통화하였을 당시(’25년 9월경) 까지도 ‘민원접수목록(OOO)’에서 신청서가 조회되지 않아, 청구법인측 홈택스 화면에서 신청서의 상태가 ‘접수대기’로 조회되는 경우는 ‘제출하기(전송)’를 하지 않고 작성완료만 하였을 경우라고 설명해 주었고, 추후 기존에 작성완료만 되어있던 신청서를 청구법인측에서 취소처리하여 현재는 ‘민원접수목록(OOO)’에서 ‘취소’로 조회된다. 결국 청구법인이 신청서를 제출하지 않아 국세청 세적 담당이 지정기부금단체 승인에 필요한 검토 등 후속 업무를 진행한 사실이 없어 공익법인 등으로 지정ㆍ승인 받지 못한 사실이 있음에도 불구하고 청구법인 본인이 정상적으로 신청서를 제출하였음에도 국세청 및 재정경제부에서 제대로 검토하지 않아 지정ㆍ승인을 받지 못한 것처럼 주장하는 것은 정확한 사실관계를 왜곡한 것으로 잘못된 것이다. 또한 국세청은 청구법인이 신청서를 제때 제출하지 않아 2023년 말일자로 지정기부금단체 기간이 만료되자 재지정 신청을 독려하는 안내문(‘공익법인 재지정추천 신청 안내’ 참조, 2024.6.19. 발송, 2024.6.26. 송달)을 일반우편으로 발송하였음에도 청구법인은 신청서를 제출하지 않아 재지정 승인을 받지 못한 것으로 확인된다. 따라서 청구법인을 지정기간이 만료된 ‘비지정’ 비영리법인으로 판단하고 기부금 명목으로 타인으로부터 무상으로 받은 쟁점금액을 ‘무상 증여’ 받은 것으로 판단하여 증여세를 고지한 처분청의 결정은 타당하다. 상기 내용과 같이 청구법인이 상증세법 시행령 제12조 및「법인세법 시행령」제39조 제1항 제1호 각목에서 규정한 공익법인에 해당되지 않는다고 판단하여 상증세법 제4조 제1항 제1호 및 같은 법 제48조 제1항에 따라 증여세를 고지한 처분은 타당하다. (2) 청구법인의 항변서에 대한 추가답변 내용은 다음과 같다. (가) 청구법인은 2024년 귀속 이후 분에 대한 ‘공익법인 지정추천 신청서’가 ‘접수대기’ 상태로 민원접수번호가 부여 되었기 때문에 정상적으로 신청서를 제출한 것처럼 주장하고 있으나 이는 사실이 아니다. 처분청은 청구법인의 이와 같은 주장에 대하여 국세청 본청 홈택스 시스템을 담당하는 ‘법인정보화팀’ 내에서 공익법인을 담당하는 담당자에게 문의하여 사실관계를 확인해 본 바, ‘공익법인 지정추천 신청서’를 홈택스로 제출할 경우 전산입력과정은 첫 번째 페이지와 두 번째 페이지를 작성 후 제출하도록 구성되어 있으며, 첫 번째 페이지는 신청법인의 인적사항 및 고유목적사업, 사업내용, 기부금 관리 방법 등을 기재하도록 되어 있고, 첫 번째 페이지를 작성 완료 후 ‘저장 후 다음 이동’을 클릭하여 두 번째 페이지로 넘어가 공익법인 지정추천에 필요한 증빙서류(공익법인 설립허가서, 정관, 결산서, 예산서 등)를 PDF 파일 형태로 첨부한 후 ‘셀프 체크리스트’를 작성하고 ‘제출하기’를 클릭하여 신청을 완료하도록 되어 있다. 그런데, 첫 번째 페이지 작성 후 ‘저장 후 다음 이동’을 클릭하여 두 번째 페이지로 넘어간 후 후속 작업을 하지 않고 ‘로그아웃’을 하여도 즉시 별도의 ‘민원접수번호’가 부여되고 국세청 ‘민원접수목록(OOO)’에서는 ‘접수대기’ 상태로 조회되는 것으로 확인한 바 있다. 처분청의 국세청 본청 법인정보화팀 공익법인 홈택스 담당자는 청구법인의 항변에 따른 사실관계 확인을 위해 직접 테스트를 시연하여 첫 페이지 작성만 하고 로그아웃 후 민원접수번호 부여 및 민원접수상태(접수대기)를 입증하는 캡쳐 화면(아래 <표5> 참고)을 보내왔는바, 따라서 민원접수번호가 부여되었으니 정상적으로 신청서가 제출되었다는 청구법인의 주장은 잘못된 주장으로 ‘작성하다 만’ 신청서 일 뿐이다. <표5> 캡쳐 화면 OOO 이처럼 ’작성하다 만‘ 신청서는 국세청 전산망 ’민원접수목록(OOO)’에서 민원접수번호가 부여되어 ‘접수대기’ 상태로 조회될 뿐 과세관청 세적 담당자의 ‘나의 할 일’ 목록에서 조회가 되지 않아 공익법인 지정추천 신청에 따른 적격 여부 등 후속 검토업무가 이루어질 수 없다. 납세자가 두 번째 페이지까지 완료 후 ‘제출하기’까지 정상적으로 클릭하였을 경우에만 ‘민원접수목록(OOO)’에서 ‘접수완료’로 조회되는바, ‘접수완료’일 경우에만 과세관청 세적 담당자의 ‘나의 할 일’ 목록에서 ‘공익법인 지정추천 신청’에 따른 적격 여부를 검토하도록 자동으로 화면 조회가 되는 전산시스템이기 때문이다. 실제로 처분청 담당자는 청구법인이 접수대기 상태로 ‘작성하다 만’ 2023.10.19. 이후 2년여 뒤인 2025년 9월경에 ‘2024사업연도 공익법인에 대한 전산 사후관리’에 따른 ‘해명안내문’을 청구법인에 발송한 뒤 청구법인 측 세무대리인과 전화통화 과정에서 ‘민원접수목록(OOO)’에 ‘접수대기’ 상태임을 확인했을 뿐 그 이전에는 이와 같은 사실을 전혀 알지 못했다. 또한 청구법인은 국세청 전산망 ‘민원접수목록(OOO)’에서 당초 ‘접수대기’ 상태였다가 현 시점에 ‘취소’로 조회되는 ‘공익법인 지정추천 신청서’가 청구법인 본인은 ‘취소’를 시킨 사실이 없다고 주장하나 청구법인이 직접 취소시킨 것으로 확인된다. 신청서 ‘취소’를 누가 하였는지 사실관계 확인을 위해 국세청 법인정보화팀에 직접 문의해 본 바, 데이터 접속 기록 확인을 통해 청구법인 측에서 2025.9.24. OOO경에 홈택스에서 작성하다 만 신청서를 직접 취소 처리한 것이라는 답변을 받았고, 처분청을 비롯한 일선 세무서는 민원인이 홈택스에서 작성하다만 신청서를 임의대로 취소할 권한 자체가 없으며, 취소해야 할 이유 또한 없다. 또한 신청서가 ‘취소’된 시점인 2025.9.24.은 당초 처분청이 ‘2024사업연도 공익법인에 대한 전산 사후관리’ 과정에서 청구법인에 과세자료 해명안내문을 발송(2025년 9월 10일 발송, 9월 17일 송달 확인)한 이후로, 해명안내문 송달 이후 청구법인의 세무대리인이 과세관청에 직접 전화(2023년 9월 중순 이후)하여 홈택스로 2023.10.19.에 제출한 ‘공익법인 지정추천 신청서’가 민원접수번호가 부여되어 ‘접수대기’ 상태로 조회되고 있다고 주장하며 정상 제출된 신청서 라고 주장하였으나, 처분청 담당자는 ‘접수대기’ 상태로 조회되는 신청서는 국세청에 정상 전송(제출하기) 되지 않은 ‘작성하다 만’ 상태임을 뜻한다고 설명해 준 사실이 있다. 결국 처분청과의 전화통화를 통해 ‘공익법인 지정 추천 신청서’가 제대로 접수되지 않았다는 사실을 알게 된 청구법인 또는 청구법인의 세무대리인이 과세관청과의 전화 통화 이후에 ‘작성하다 만’ 신청서를 직접 ‘취소(삭제)’ 하였다고 밖에 판단할 수 없는바, 청구법인이 직접 취소(삭제) 하였다는 사실은 ‘민원접수관리(OOO)’ 화면에서도 확인이 가능하여 아래 <표6>과 같이 해당화면을 제출하였다. 이와 같은 사유로 ‘민원접수번호’가 생성되어 ‘접수대기’로 조회되니 정상적으로 신고서가 제출되었다는 청구법인의 주장은 사실이 아닌 잘못된 주장으로 청구법인의 2024년 귀속 이후 분에 대한 ‘공익법인 지정 추천 신청서’는 제출된 사실이 없어 공익법인으로 ‘재지정’ 받은 사실 또한 없으며 따라서 청구법인이 기부받은 금액에 대하여 증여세를 부과한 처분청의 처분은 정당하다 할 것이다. <표6> 캡쳐 화면 OOO (나) 청구법인이 항변서에서 제시한 심판례(조심 2020서0479, 2021.2.1.)는 이 건의 지정신청 누락과는 다른 사안으로 판단되고, 기획재정부의 유권해석OOO은 공익법인에 해당하지 않게 된 이후에는 공익법인 당시 출연받은 재산에 대하여 증여세를 부과하지 않지만, 관련 공익법인의 의무(출연재산의 사후관리 등)를 하여야 한다는 것으로 이 건 심판청구와는 사안이 달라서 그대로 적용하기 어렵다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 청구법인이 재정경제부장관으로부터 지정기부금단체 및 공익법인으로 지정받지 않았다고 보아 이 건 증여세를 부과한 처분의 당부 나. 관련 법령 등 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청이 제시하는 이 사건 주요 사실관계 및 관련 법령 규정(개정 경위 등) 내용, 공익법인 지정추천 추가신청 안내 경위 등 내용은 다음과 같다. (가) 청구법인은 2010.10.27. 장학사업, 교육환경 개선지원 사업, 문화활동 행사지원 사업, 소년소녀 가장 및 불우ㆍ소외계층 지원사업 등을 주요 고유목적사업으로 표방하여 정부로부터 인ㆍ허가를 받아 설립된 장학단체이자 비영리 재단법인이다. (나) 청구법인과 같이 정부로부터 인ㆍ허가를 받아 설립된 장학단체는 구 상증세법 시행령 제12조(공익법인등의 범위) 제9호 및 구「법인세법 시행령」제36조(지정기부금의 범위 등) 제1항 제1호 다목의 규정에 의거 재정경제부장관의 별도의 지정ㆍ고시 절차가 필요없는 ‘당연’ 지정기부금 단체로 ‘공익법인’에 해당되었으나, 공익법인에 대한 공익성 및 관리ㆍ감독 강화를 위해 2018.2.13.「법인세법 시행령」이 개정(제39조로 이동)되어 정부로부터 인ㆍ허가를 받아 설립된 비영리 장학단체를 ‘당연’ 지정기부금단체로 판단하던 기존 규정을 삭제하고 국세청장의 추천을 받아 재정경제부장관의 ‘승인’을 받은 단체에 한하여 지정기부금단체 및 공익법인의 지위를 부여하는 것으로 변경하였으며, 또한 부칙을 통해 청구법인처럼「법인세법 시행령」개정일인 2018.2.13. 이전에 주무관청의 인ㆍ허가를 받아 설립된 ‘장학단체’ 등은 2020.12.31. 까지는 ‘당연’ 지정기부금단체에 해당되는 것으로 보고 그 이후(2021.1.1.~)에는 국세청 추천 및 재정경제부 심사를 거쳐 적격 요건을 갖춘 비영리법인에 한해 재정경제부 장관이 공익법인 등임을 지정ㆍ고시하는 방식으로 ‘경과규정’을 두었다. (다) 위와 같은「법인세법 시행령」등의 개정에 따라 2021.1.1. 이후에는 지정기부금단체 지정ㆍ고시를 희망하는 청구법인과 같은 장학단체가 ‘신청서’ 등 관련 서류를 국세청에 제출하여 서류 심사를 받은 후 적격요건을 갖춘 비영리법인에 한해 지정기부금단체의 지위를 재정경제부장관의 고시를 통해 부여하는 형태로 관련 법령이 개정되었음에도, 관련 법령의 개정 사실을 인지하지 못한 장학단체 등 비영리법인들이 관련 심사서류를 제출하지 않아 공익법인의 지위를 상실하게 되는 경우가 다수 발생하자 2023.10.20.까지 관련 서류를 제출하여 심사 후 적격 승인을 받을 경우 소급하여 2021.1.1.부터 2023.12.31.까지 공익법인 등의 지위를 얻을 수 있도록「법인세법 시행령」을 개정하고, 이와 같은 법령개정 내용을 설명하는 아래 <표7>의 안내문(‘2023년 공익법인 지정추천 추가신청 안내’, 2023.9.20. 발송)을 발송하여 추가 신청서를 2023.10.20.까지 제출하도록 안내하면서 해당 안내문 하단에 추가 신청을 통해 지정기부금단체 승인을 받더라도 그 기간은 2021.1.1.부터 2023.12.31.까지만 해당하니 도래하는 2024년도분부터는 별도로 재지정 신청을 하도록 하는 내용을 함께 기재하여 발송하였으며, 2024년 6월에는 청구법인에게 2023.12.31.에 공익법인 등 지정이 만료되었으므로 그 지위를 계속 유지하기 위해서는 국세청(관할세무서)에 재지정 추천을 신청하여 재정경제부 장관이 공익법인으로 재지정ㆍ고시하여야 한다는 내용으로 분기별 지정추천 신청기한을 명시하여 아래 <표8>과 같이 ‘공익법인 재지정추천 신청안내문’을 발송하였다. <표7> 2023년 공익법인 지정추천 추가신청 안내문 OOO <표8> 공익법인 재지정 추천 신청안내 OOO (라) 청구법인은 2023.10.19. 2021년부터 2023년까지의 공익법인 등의 지위를 요구하는 추천신청서를 제출하여 승인받았을 뿐 2024년 이후 분에 대한 추천신청서는 제출하지 않아 2024.1.1. 이후부터는 공익법인 등의 지위를 상실한 것으로 확인되어, 처분청은 청구법인이 공익법인 등의 지위를 상실한 상태에서 2024년도에 타인(타단체)로부터 무상으로 쟁점금액을 받은 사실을 확인하고 해당 쟁점금액은 기부금이 아닌 ‘무상 증여’에 해당된다고 판단하여 ‘2024사업연도 공익법인에 대한 전산 사후관리’를 통해 법인세 해명자료 제출안내 및 과세예고 통지 후 증여세 OOO원을 결정ㆍ고지하였다. (2)청구법인이 2024년 귀속분에 대한 신청서를 홈택스를 통해 정상적으로 제출하였고, 공익법인 등 지정 승인을 받지 못했더라도 공익사업을 성실히 이행하는 등 실질적인 공익법인에 해당한다고 주장하며 제시하는 증빙 등은 아래 <표9>와 같다. <표9> 청구법인 제출 증빙 등 OOO (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2024년도 이후분에 대한 지정기부금단체 및 공익법인 지위 유지를 위해 2023.12.31.(만료일) 전인 2023.10.19. 신청서를 접수완료하였으므로 처분청이 행정관리상 문제에 기인하여 청구법인을 지정기부금단체가 아닌 비영리법인으로 보아 이 건 증여세를 부과한 것은 부당하다고 주장하나, 2024년도 이후분에 대한 공익법인 등 지위 유지를 위해서는 법 소정의 요건을 갖추어 분기별 지정추천 신청기한(1분기 신청기한 2023.10.11.~2024.1.10.)까지 신청서를 접수하고 국세청장의 추천을 거쳐 재정경제부장관이 공익법인으로 재지정ㆍ고시를 하여야 함에도 위 <표1>의 접수상태 화면 등 청구법인이 제시한 증빙만으로는 신청서가 정상적으로 접수되었는지 여부를 확인하기 어렵고, 실제 재정경제부장관이 공익법인 등으로 재지정ㆍ고시를 한 사실이 확인되지 아니하는 점, 청구법인은 국세청 및 재정경제부의 업무태만, 지연처리 등으로 인해 지정 승인이 불발되었다고 주장하면서도 이를 입증할 수 있는 객관적이고 구체적인 증빙을 제시하지 못하고 있는 점, 청구법인이 제시한 접수상태 화면에서의 접수대기로 조회되는 부분은 국세청 홈택스를 통해 신청서를 작성한 후 제출하기 버튼을 누르지 않아 전송(제출)이 완료되지 않은 것으로 보이고, 처분청이 제출한 캡쳐 화면에서도 해당 신청건이 전자서고에 등록되지 아니하거나 접수증이 발급되지 아니한 것으로 나타나 2024년 귀속분에 대한 신청서 접수가 완료되지 아니한 것은 청구법인의 과실로 보이는 점 등을 고려하면, 처분청이 2024년 귀속분에 대하여 청구법인을 지정기간이 만료된 비지정 비영리법인으로 판단하고 쟁점금액에 대하여 이 건 증여세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등 (1) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다. ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. ③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. (2) 상속세 및 증여세법 제4조(증여세 과세대상) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 증여재산에 대해서는 이 법에 따라 증여세를 부과한다. 1. 무상으로 이전받은 재산 또는 이익 2. 현저히 낮은 대가를 주고 재산 또는 이익을 이전받음으로써 발생하는 이익이나 현저히 높은 대가를 받고 재산 또는 이익을 이전함으로써 발생하는 이익. 다만, 특수관계인이 아닌 자 간의 거래인 경우에는 거래의 관행상 정당한 사유가 없는 경우로 한정한다. 3. 재산 취득 후 해당 재산의 가치가 증가한 경우의 그 이익. 다만, 특수관계인이 아닌 자 간의 거래인 경우에는 거래의 관행상 정당한 사유가 없는 경우로 한정한다. 4. 제33조부터 제39조까지, 제39조의2, 제39조의3, 제40조, 제41조의2부터 제41조의5까지, 제42조, 제42조의2 또는 제42조의3에 해당하는 경우의 그 재산 또는 이익 5. 제44조 또는 제45조에 해당하는 경우의 그 재산 또는 이익 6. 제4호 각 규정의 경우와 경제적 실질이 유사한 경우 등 제4호의 각 규정을 준용하여 증여재산의 가액을 계산할 수 있는 경우의 그 재산 또는 이익 제16조(공익법인등에 출연한 재산에 대한 상속세 과세가액 불산입) ① 상속재산 중 피상속인이나 상속인이 종교ㆍ자선ㆍ학술 관련 사업 등 공익성을 고려하여 대통령령으로 정하는 사업을 하는 자(이하 “공익법인등”이라 한다)에게 출연한 재산의 가액으로서 제67조에 따른 신고기한(법령상 또는 행정상의 사유로 공익법인등의 설립이 지연되는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그 사유가 없어진 날이 속하는 달의 말일부터 6개월까지를 말한다)까지 출연한 재산의 가액은 상속세 과세가액에 산입하지 아니한다. 제48조(공익법인 등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입 등) ① 공익법인등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니한다. 다만, 공익법인등이 내국법인의 의결권 있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 출연받은 경우로서 출연받은 주식등과 다음 각 호의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액(자기주식과 자기출자지분은 제외한다. 이하 이 조에서 "발행주식총수등"이라 한다)의 제16조 제2항 제2호에 따른 비율을 초과하는 경우(제16조 제3항 각 호에 해당하는 경우는 제외한다)에는 그 초과하는 가액을 증여세 과세가액에 산입한다. (3) 상속세 및 증여세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28638호로 개정되기 전의 것) 제12조(공익법인등의 범위) 법 제16조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업을 하는 자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하는 자(이하 "공익법인등"이라 한다)를 말한다. 1. 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업 2.「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」에 의한 학교, 「유아교육법」에 따른 유치원을 설립ㆍ경영하는 사업 3.「사회복지사업법」의 규정에 의한 사회복지법인이 운영하는 사업 4.「의료법」에 따른 의료법인이 운영하는 사업 5.「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」의 적용을 받는 공익법인이 운영하는 사업 6. 예술 및 문화에 현저히 기여하는 사업중 영리를 목적으로 하지 아니하는 사업으로서 관계행정기관의 장의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정하는 사업 7. 공중위생 및 환경보호에 현저히 기여하는 사업으로서 영리를 목적으로 하지 아니하는 사업 8. 공원 기타 공중이 무료로 이용하는 시설을 운영하는 사업 9.「법인세법 시행령」 제36조 제1항 제1호 각목의 규정에 의한 지정기부금단체등 및 「소득세법 시행령」 제80조 제1항 제5호에 따른 기부금대상민간단체가 운영하는 고유목적사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업을 제외한다. 10.「법인세법 시행령」 제36조 제1항 제2호 다목에 해당하는 기부금을 받는 자가 해당 기부금으로 운영하는 사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업은 제외한다. 11. 제1호 내지 제5호ㆍ제7호 또는 제8호와 유사한 사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업 (4) 상속세 및 증여세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31446호로 개정된 것) 제12조(공익법인등의 범위) 법 제16조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업을 하는 자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하는 자(이하 "공익법인등"이라 한다)를 말한다. 다만, 제9호를 적용할 때 설립일부터 1년 이내에 「법인세법 시행령」제39조 제1항 제1호 바목에 따른 공익법인등으로 고시된 경우에는 그 설립일부터 공익법인등에 해당하는 것으로 본다. 1. 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업 2.「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」에 의한 학교, 「유아교육법」에 따른 유치원을 설립ㆍ경영하는 사업 3.「사회복지사업법」의 규정에 의한 사회복지법인이 운영하는 사업 4.「의료법」에 따른 의료법인이 운영하는 사업 5. 삭제 <2018.2.13> 6. 삭제 <2018.2.13> 7. 삭제 <2018.2.13> 8.「법인세법」 제24조 제3항에 해당하는 기부금을 받는 자가 해당 기부금으로 운영하는 사업 9.「법인세법 시행령」 제39조 제1항 제1호 각 목에 의한 지정기부금단체등 및 「소득세법 시행령」 제80조 제1항 제5호에 따른 기부금대상민간단체가 운영하는 고유목적사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업을 제외한다. 10. 「법인세법 시행령」 제39조 제1항 제2호 다목에 해당하는 기부금을 받는 자가 해당 기부금으로 운영하는 사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업은 제외한다. 11. 삭제 <2018.2.13.> (5) 법인세법 시행령(2017.5.29. 대통령령 제28074호로 개정된 것) 제36조(지정기부금의 범위 등) ① 법 제24조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기부금"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. 1. 다음 각 목의 비영리법인(단체를 포함하며, 이하 이 조에서 "지정기부금단체등"이라 한다)에 대하여 해당 지정기부금단체등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금. 다만, 사목에 따라 지정된 법인에 지출하는 기부금은 지정일이 속하는 연도의 1월 1일부터 6년간(이하 이 조에서 "지정기간"이라 한다) 지출하는 기부금에 한정한다. 가. 「사회복지사업법」에 의한 사회복지법인 나. 「유아교육법」에 따른 유치원ㆍ「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」에 의한 학교, 「근로자직업능력 개발법」에 의한 기능대학, 「평생교육법」 제31조제4항에 따른 전공대학 형태의 평생교육시설 및 같은 법 제33조 제3항에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설 다. 정부로부터 허가 또는 인가를 받은 학술연구단체ㆍ장학단체ㆍ기술진흥단체 라. 정부로부터 허가 또는 인가를 받은 문화ㆍ예술단체(「문화예술진흥법」에 의하여 지정을 받은 전문예술법인 및 전문예술단체를 포함한다) 또는 환경보호운동단체 마. 종교의 보급, 그 밖에 교화를 목적으로 「민법」 제32조에 따라 문화체육관광부장관 또는 지방자치단체의 장의 허가를 받아 설립한 비영리법인(그 소속 단체를 포함한다) 바. 「의료법」에 의한 의료법인 사. 「민법」 제32조에 따라 주무관청의 허가를 받아 설립된 비영리법인(이하 이 조에서 "「민법」상 비영리법인"이라 한다) 또는 「협동조합 기본법」 제85조에 따라 설립된 사회적협동조합(이하 이 조에서 "사회적협동조합"이라 한다) 중 다음의 요건을 모두 충족한 것으로서 주무관청의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정한 법인 1) 다음의 구분에 따른 요건 가) 「민법」상 비영리법인: 정관의 내용상 수입을 회원의 이익이 아닌 공익을 위하여 사용하고 사업의 직접 수혜자가 불특정 다수인 것이 인정될 것 나) 사회적협동조합: 정관의 내용상 「협동조합 기본법」제93조 제1항 제1호부터 제3호까지의 사업 중 어느 하나의 사업을 수행하는 것으로 인정될 것 2) 해산을 하면 잔여재산을 국가ㆍ지방자치단체 또는 유사한 목적을 가진 다른 비영리법인에 귀속하도록 한다는 내용이 정관에 포함되어 있을 것 3) 인터넷 홈페이지가 개설되어 있고, 인터넷 홈페이지를 통하여 연간 기부금 모금액 및 활용실적을 공개한다는 내용이 정관에 포함되어 있을 것 4) 지정일이 속하는 연도와 그 직전 연도에 해당 비영리법인의 명의 또는 그 대표자의 명의로 특정 정당 또는 특정인에 대한 「공직선거법」제58조 제1항에 따른 선거운동을 한 것으로 권한 있는 기관이 확인한 사실이 없을 것 5) 제11항에 따라 지정이 취소된 경우에는 그 취소된 날부터 3년, 같은 항에 따라 재지정을 받지 못하게 된 경우에는 그 지정기간의 종료일부터 3년이 지났을 것. 다만, 제5항 제1호의 의무를 위반한 사유만으로 지정을 취소하거나 재지정을 하지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다. 아. 가목 내지 사목의 지정기부금단체등과 유사한 것으로서 기획재정부령이 정하는 지정기부금단체등 (4) (현행) 법인세법 시행령 제39조(공익성을 고려하여 정하는 기부금의 범위 등) ① 법 제24조 제3항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 기부금"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. 1. 다음 각 목의 비영리법인(단체 및 비영리외국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 "공익법인등"이라 한다)에 대하여 해당 공익법인등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금. 다만, 바목에 따라 지정ㆍ고시된 법인에 지출하는 기부금은 지정일이 속하는 연도의 1월 1일부터 3년간(지정받은 기간이 끝난 후 2년 이내에 재지정되는 경우에는 재지정일이 속하는 사업연도의 1월 1일부터 6년간으로 한다. 이하 이 조에서 "지정기간"이라 한다) 지출하는 기부금으로 한정한다. 가. 「사회복지사업법」에 따른 사회복지법인 나. 「영유아보육법」에 따른 어린이집 다. 「유아교육법」에 따른 유치원, 「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교, 「국민 평생 직업능력 개발법」에 따른 기능대학, 「평생교육법」제31조 제4항에 따른 전공대학 형태의 평생교육시설 및 같은 법 제33조 제3항에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설 라. 「의료법」에 따른 의료법인 및 「보건의료기술 진흥법」제28조의2 제1항에 따른 의료기술협력단[법 제24조제2항제1호마목14)에 해당하는 의료기술협력단은 제외한다] 마. 종교의 보급, 그 밖에 교화를 목적으로 「민법」제32조에 따라 문화체육관광부장관 또는 지방자치단체의 장의 허가를 받아 설립한 비영리법인(그 소속 단체를 포함한다) 바. 「민법」제32조에 따라 주무관청의 허가를 받아 설립된 비영리법인(이하 이 조에서 "「민법」상 비영리법인"이라 한다), 비영리외국법인, 「협동조합 기본법」제85조에 따라 설립된 사회적협동조합(이하 이 조에서 "사회적협동조합"이라 한다), 「공공기관의 운영에 관한 법률」제4조에 따른 공공기관(같은 법 제5조 제4항 제1호에 따른 공기업은 제외한다. 이하 이 조에서 "공공기관"이라 한다) 또는 법률에 따라 직접 설립 또는 등록된 기관 중 다음의 요건을 모두 충족한 것으로서 국세청장(주사무소 및 본점소재지 관할 세무서장을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)의 추천을 받아 재정경제부장관이 지정하여 고시한 법인. 이 경우 국세청장은 해당 법인의 신청을 받아 재정경제부장관에게 추천해야 한다. 1) 다음의 구분에 따른 요건 가) 「민법」상 비영리법인 또는 비영리외국법인의 경우: 정관의 내용상 수입을 회원의 이익이 아닌 공익을 위하여 사용하고 사업의 직접 수혜자가 불특정 다수일 것(비영리외국법인의 경우 추가적으로 「재외동포의 출입국과 법적 지위에 관한 법률」제2조에 따른 재외동포의 협력ㆍ지원, 한국의 홍보 또는 국제교류ㆍ협력을 목적으로 하는 것일 것). 다만, 「상속세 및 증여세법 시행령」제38조 제8항 제2호 각 목 외의 부분 단서에 해당하는 경우에는 해당 요건을 갖춘 것으로 본다. 나) 사회적협동조합의 경우: 정관의 내용상 「협동조합 기본법」제93조 제1항 제1호부터 제3호까지의 사업 중 어느 하나의 사업을 수행하는 것일 것 다) 공공기관 또는 법률에 따라 직접 설립 또는 등록된 기관의 경우: 설립목적이 사회복지ㆍ자선ㆍ문화ㆍ예술ㆍ교육ㆍ학술ㆍ장학 등 공익목적 활동을 수행하는 것일 것 2) 해산하는 다른 비영리법인에 귀속하도록 한다는 내용이 정관에 포함되어 있을 것 3) 인터넷 홈페이지가 개설되어 있고, 인터넷 홈페이지를 통해 연간 기부금 모금액 및 활용실적을 공개한다는 내용이 정관에 포함되어 있으며, 법인의 공익위반 사항을 국민권익위원회, 국세청 또는 주무관청 등 공익위반사항을 관리ㆍ감독할 수 있는 기관(이하 "공익위반사항 관리ㆍ감독 기관"이라 한다) 중 1개 이상의 곳에 제보가 가능하도록 공익위반사항 관리ㆍ감독기관이 개설한 인터넷 홈페이지와 해당 법인이 개설한 홈페이지가 연결되어 있을 것 4) 비영리법인으로 지정ㆍ고시된 날이 속하는 연도와 그 직전 연도에 해당 비영리법인의 명의 또는 그 대표자의 명의로 특정 정당 또는 특정인에 대한 「공직선거법」제58조 제1항에 따른 선거운동을 한 사실이 없을 것 5) 제12항에 따라 지정이 취소된 경우에는 그 취소된 날부터 3년, 제9항에 따라 추천을 받지 않은 경우에는 그 지정기간의 종료일부터 3년이 지났을 것. 다만, 제5항 제1호에 따른 의무를 위반한 사유만으로 지정이 취소되거나 추천을 받지 못한 경우에는 그렇지 않다. 2. 다음 각 목의 기부금 다. 사회복지ㆍ문화ㆍ예술ㆍ교육ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술 등 공익목적으로 지출하는 기부금으로서 재정경제부장관이 지정하여 고시하는 기부금 ② ~ ⑬ 생략 ⑭ 재정경제부장관은 제16항에도 불구하고 종전의 「법인세법 시행령」(대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제36조 제1항 제1호 다목ㆍ라목 또는 아목에 따른 지정기부금단체등이 2021년 1월 1일부터 10월 12일까지 제1항 제1호 바목 후단에 따른 신청을 하지 않은 경우에도 재정경제부장관이 정하여 고시하는 바에 따라 해당 지정기부금단체등의 추천 신청을 받아 2023년 12월 31일까지 제1항 제1호 바목에 따른 지정ㆍ고시를 할 수 있다. (16) 제1항 제1호 바목에 따른 공익법인등의 신청 및 추천방법, 지정절차, 지정요건의 확인방법 및 제출서류와 지정 취소 절차 등에 필요한 사항은 재정경제부령으로 정한다. (5) 법인세법 시행규칙 제18조의3(공익법인등의 범위) ① 영 제39조 제1항 제1호 바목에 따른 지정은 매분기별로 한다. ② 영 제39조 제1항 제1호 바목에 따라 추천을 받으려는 법인은 별지 제63호의5서식의 공익법인등 추천신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 해당 분기 마지막 달의 전전달 10일까지 국세청장(주사무소 및 본점소재지 관할 세무서장을 포함한다. 이하 이 조 및 제19조에서 같다)에게 제출해야 한다. 1. 법인 등의 설립 또는 등록에 관한 다음 각 목의 서류 가. 「민법」 제32조에 따라 주무관청의 허가를 받아 설립된 비영리법인, 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조에 따른 공공기관(같은 법 제5조제4항제1호에 따른 공기업은 제외한다) 또는 법률에 따라 직접 설립 또는 등록된 기관의 경우: 법인설립허가서 나. 「협동조합 기본법」 제85조에 따라 설립된 사회적협동조합(이하 이 조에서 “사회적협동조합”이라 한다)의 경우: 사회적협동조합 설립인가증 다. 비영리외국법인의 경우: 외국의 정부가 발행한 해당 법인의 설립에 관한 사항을 증명할 수 있는 서류 2. 정관 3. 최근 3년간의 결산서 및 해당 사업연도 예산서. 다만, 제출일 현재 법인 등의 설립기간이 3년이 경과하지 않은 경우에는 다음 각 목의 서류 가. 제출 가능한 사업연도의 결산서 나. 해당 사업연도 예산서 다. 국세청장에 추천을 신청하는 날이 속하는 달의 직전 월까지의 월별 수입ㆍ지출 내역서 4. 지정일이 속하는 사업연도부터 3년(영 제39조 제1항 제1호 각 목 외의 부분 단서에 따른 지정기간이 6년인 경우에는 5년으로 한다)이 경과하는 날이 속하는 사업연도까지의 기부금 모집을 통한 사업계획서 5. 법인 대표자의 별지 제63호의6서식의 공익법인등 의무이행준수 서약서(영 제39조 제1항 제1호 각 목 외의 부분 단서에 따른 지정기간이 3년인 경우에 한정한다) 6. 기부금모금 및 지출을 통한 공익활동보고서(영 제39조 제1항 제1호 각 목 외의 부분 단서에 따른 지정기간이 6년인 경우에 한정한다) ③ 제2항에 따라 공익법인등 추천신청서 및 같은 항 각 호의 서류(이하 “추천신청서류”라 한다)를 제출받은 국세청장은 「전자정부법」 제36조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 추천 대상인 법인의 등기사항증명서를 확인해야 하며, 제2항에 따라 제출받은 추천신청서류를 검토한 후 지정요건을 충족하는 기관에 대해서는 해당 분기 마지막 달의 직전 달 10일까지 추천기관의 법인명, 대표자, 사업내용 등을 기재한 별지 제63호의2서식의 공익법인등 추천서에 추천신청서류를 첨부하여 재정경제부장관에게 제출해야 한다. ④ 영 제39조 제1항 제1호 바목에 따라 재정경제부장관이 지정한 기관(이하 이 조에서 “공익법인등”이라 한다)이 같은 호 각 목 외의 부분 단서에 따른 지정기간이 경과한 후 다시 공익법인등으로 지정받기 위해서는 같은 호 바목 및 이 조 제2항에 따라 국세청장에게 추천신청서류를 제출하고 제3항에 따른 국세청장의 추천을 받아 재정경제부장관이 새로 지정해야 한다. (6) 행정기본법 제12조(신뢰보호의 원칙) 행정청은 공익 또는 제3자의 이익을 현저히 해칠 우려가 있는 경우를 제외하고는 행정에 대한 국민의 정당하고 합리적인 신뢰를 보호하여야 한다. ② 행정청은 권한 행사의 기회가 있음에도 불구하고 장기간 권한을 행사하지 아니하여 국민이 그 권한이 행사되지 아니할 것으로 믿을 만한 정당한 사유가 있는 경우에는 그 권한을 행사해서는 아니 된다. 다만, 공익 또는 제3자의 이익을 현저히 해칠 우려가 있는 경우는 예외로 한다.