최초 신고 시 쟁점금액(프리미엄)을 뺀 금액만을 과세표준으로 산정하였으므로 취득시기 前 종전 소유자에게 지급한 프리미엄도 과세표준에 포함되어야 하는 점에서 취득세 과세표준에 포함되며, 처분청이 쟁점주택의 취득세 과세표준 산정시 프리미엄이 과세표준에서 제외된다는 공적 견해표명을 한 사실이 없고, 쟁점주택에 대한 취득세 등의 납세의무 성립 이후 새로운 법령을 적용하여 취득세 등을 부과한 사실이 나타나지 아니한 점 등 고려시 부과처분이 위법하다고 보기 어려움

이유 1. 처분개요 가. 청구인은 2018.1.22. OOO재개발정비사업(이하 “이 건 재개발사업”이라 한다) 지구 내 서울특별시 OOO호 토지(이하 “종전부동산”이라 한다)를 조합원으로부터 매매로 취득 후 그 매매금액 OOO원(권리가액 OOO원 + 프리미엄 OOO원, 프리미엄을 이하 “이 건 프리미엄”이라 한다)을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고ㆍ납부하였다. 나. 청구인은 2020.5.19. 이 건 재개발사업의 시행에 따라 신축된 서울특별시 OOO호(이하 “쟁점주택”이라 한다)을 취득한 후, 쟁점주택의 분양가액OOO원에서 종전부동산의 가액 OOO원을 차감한 OOO원을 과세표준으로 하여 취득세 등 OOO원을 신고ㆍ납부하였다. 다. 처분청은 2025.5.10. 쟁점주택의 취득세 과세표준은 종전부동산의 취득금액에서 분담금 등을 합한 사실상 취득가액으로 하여야 하나 청구인이 취득세 과세표준을 과소신고한 것으로 보아 청구인에게 취득세 OOO원, 지방교육세OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과ㆍ고지하였다. 라. 청구인은 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2025.12.29 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 아주 오랫동안 서울, 경기 등 지방자치단체는 과세표준에서 프리미엄을 제외해 왔고 법인 장부가액(조합원분양가액 + 옵션가액)으로 하여 취득세 과세표준을 계산하는 방식이 납세자에게 일반적으로 받아들여진 관행이라 할 것인바, 행정안전부의 새로운 유권해석을 기준으로 취득세 등을 부과하는 것은 「지방세기본법」 제20조에 따른 소급과세금지의 원칙 등을 위반한 처분이다. 나. 처분청 의견 청구인이 취득한 종전부동산 및 쟁점주택은 각각 별개의 취득세 과세대상에 해당하므로 이들의 취득세 과세표준을 산정함에 있어서도 각각의 취득가액을 기준으로 각각 산정하는 것이 타당한 점, 종전부동산의 취득세 과세표준에는 이 건 프리미엄이 포함되어 있으나 쟁점주택의 취득세 과세표준에는 종전부동산의 가액이 포함되어 있을 뿐 이 건 프리미엄 가액이 과세표준에 포함된 것은 아니며, 처분청은 쟁점주택에 대한 취득세 등을 과세하면서 「지방세특례제한법」 제74조 제1항 및 같은 법 시행령 제35조 제2항에 따라 쟁점주택의 취득세 중 종전부동산 가액 합계액에 해당하는 취득세 등을 면제하였으므로 이중과세라고 볼 수 없는 점, 지방세법령의 소관부처인 행정안전부에서도 쟁점주택의 취득세 과세 표준 산정시 이 건 프리미엄에 해당하는 가액도 포함되어야 한다고 유권해석한 점(행정안전부 지방세특례제도과-2207, 2023.8.22.), 처분청이 쟁점주택의 취득세 과세표준 산정 시 이 건 프리미엄이 과세표준에서 제외된다는 공적 견해표명을 한 사실이 없고, 쟁점주택에 대한 취득세 등의 납세의무가 성립한 이후의 새로운 법령을 적용하여 이 건 처분을 한 사실이 확인되지 아니한 점 등에 비추어 처분청이 청구인이 쟁점주택의 취득세 등을 과소신고ㆍ납부한 것으로 보아 부과제척기간 내에 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 입주권 프리미엄에 대한 취득세 부과는 소급과세의 원칙 등에 위배되어 위법하다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 이 건 재개발사업은 2014.10.30. 사업시행인가, 2015.11.19. 관리처분인가되었다. (나) 청구인은 2018.1.22. 조합원으로부터 종전부동산을 매매로 취득하여 조합원 지위를 승계하였고 매매금액 OOO원(권리가액 OOO원 + 프리미엄 OOO원)을 과세표준으로 하여 취득세 등OOO원을 신고ㆍ납부하였다. (다) 청구인은 2020.5.19. 이 건 재개발사업의 시행에 따라 신축된 쟁점주택을 취득하고, 쟁점주택의 분양가액 OOO원에서 종전부동산의 취득세 과세표준 OOO원을 차감한 금액인 OOO원을 과세표준으로 하여 취득세 등 OOO원을 신고ㆍ납부하였다. (라) 행정안전부장관은 2023.8.22. ① 프리미엄은 승계조합원이 재개발 사업으로 준공된 아파트를 취득하기 위하여 원조합원에게 실제로 지급한 비용이므로 취득세 과세표준에 포함되는 것이 타당하다 할 것이고, ② 이러한 입법취지는 행정안전부의 유권해석을 통해 지방자치단체에 한 회신문이나 대외적으로 공표한 해명자료 및 조세심판원의 결정에서도 확인되고 있다는 내용으로 질의회신문(지방세특례제도과-2207, 2023.8.22.)을 통보하였다. (마) 처분청은 쟁점주택에 대한 취득세 등은 쟁점주택의 취득가액 OOO원(종전부동산 가액에 분담금 등을 합한 금액)에서 종전부동산의 과세표준인 OOO원을 뺀 금액인 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 금액이나, 청구인이 취득세 등을 과소 신고ㆍ납부한 것으로 보아 2025.5.10. 청구인에게 초과부동산가액 OOO원에서 당초 신고한 취득세 과세표준 OOO원을 차감한 금액 OOO을 과세표준으로 하여 산출한 이 건 취득세 등을 부과ㆍ고지하였다. [표] 처분청의 과세표준 산정내역 ○○○ (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, (가) 「지방세특례제한법」 제74조 제1항에서 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업의 시행으로 해당 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자가 관리처분계획에 따라 취득하는 토지 및 건축물에 대해서는 취득세를 2022년 12월 31일까지 면제하되, 그 제2호에서 사업시행인가 이후 환지 이전에 부동산을 승계취득한 자가 환지계획 등에 따라 취득하는 부동산의 가액 합계액이 종전의 부동산 가액 합계액을 초과하는 경우에는 그 초과액에 상당하는 부동산에 대해서는 취득세를 부과한다고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서 제1항 제2호의 초과액의 산정 기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제35조 제2항에서 법 제74조 제2항에 따른 초과액은 같은 조 제1항의 환지계획 등에 따른 취득부동산의 과세표준에서 환지 이전의 부동산의 과세표준(승계취득할 당시의 취득세 과세표준을 말한다)을 뺀 금액으로 한다고 규정하고 있다. (나) 청구인은 쟁점주택에 대한 취득세 등을 과소신고ㆍ납부한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 과세한 처분은 부당하다고 주장한다. 그러나, 「지방세특례제한법」 제74조 제1항 및 같은 법 시행령 제35조 제2항을 종합하면 재개발사업의 승계조합원이 관리처분계획에 따라 취득하는 토지 및 건축물에 대하여는 취득세 등을 면제하되, 환지계획 등에 따른 취득부동산의 가액 합계액이 종전의 부동산 가액 합계액을 초과하는 경우에는 그 초과액에 상당하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과하고, 그 초과액은 환지계획 등에 따른 취득부동산의 과세표준(「지방세법」 제10조 제5항에 따른 사실상의 취득가격이 증명되는 경우에는 사실상의 취득가격을 말한다)에서 환지 이전의 부동산의 과세표준(승계취득할 당시의 취득세 과세표준을 말한다)을 뺀 금액으로 하도록 규정하고 있는 점, 청구인은 원조합원으로부터 취득한 종전부동산과 청산금을 이 건 조합에게 지급하면서 쟁점주택을 환지받아 취득한 것이므로 쟁점주택의 취득가액에는 종전부동산의 가액도 포함되는 것으로 보는 것이 타당한 점, 지방세법령의 소관부처인 행정안전부에서도 쟁점주택의 취득세 과세표준 산정시 종전부동산의 취득과 관련하여 지급한 가액(권리가액, 프리미엄 등) 및 분담금 등이 포함되어야 한다고 유권해석한 점(행정안전부 지방세특례제도과-2207, 2023.8.22.), 처분청이 쟁점주택의 취득세 과세표준 산정시 이 건 프리미엄 등이 과세표준에서 제외된다는 공적 견해표명을 한 사실이 없고, 쟁점주택에 대한 취득세 등의 납세의무 성립 이후의 새로운 법령을 적용하여 이 건 취득세 등을 부과한 사실이 나타나지 아니한 점 등에 비추어 청구인이 쟁점주택을 취득하고 취득세 과세표준을 과소신고한 것으로 보는 것이 타당하므로, 처분청이 청구인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 지방세법(2019.12.31. 법률 제16855호로 일부개정된 것) 제10조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다. ⑤ 다음 각 호의 취득(증여ㆍ기부, 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」 제101조 제1항 또는 「법인세법」 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다. 1. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득 2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득 3. 판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득 4. 공매방법에 의한 취득 5. 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제3조에 따른 신고서를 제출하여 같은 법 제5조에 따라 검증이 이루어진 취득 (2) 지방세법 시행령(2020.4.28. 대통령령 제30633호로 일부개정된 것) 제18조(취득가격의 범위 등) ① 법 제10조 제5항 각 호에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 한다. 제20조(취득의 시기 등) ⑥ 건축물을 건축 또는 개수하여 취득하는 경우에는 사용승인서(「도시개발법」 제51조 제1항에 따른 준공검사 증명서, 「도시 및 주거환경정비법 시행령」 제74조에 따른 준공인가증 및 그 밖에 건축 관계 법령에 따른 사용승인서에 준하는 서류를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)를 내주는 날(사용승인서를 내주기 전에 임시사용승인을 받은 경우에는 그 임시사용승인일을 말하고, 사용승인서 또는 임시사용승인서를 받을 수 없는 건축물의 경우에는 사실상 사용이 가능한 날을 말한다)과 사실상의 사용일 중 빠른 날을 취득일로 본다. (3) 지방세특례제한법(2020.1.15., 법률 제16865호로 일부개정된 것) 제74조(도시개발사업 등에 대한 감면) ① 「도시개발법」 제2조 제1항 제2호에 따른 도시개발사업(이하 이 조에서 “도시개발사업”이라 한다)과 「도시 및 주거환경정비법」 제2조 제2호나목에 따른 재개발사업(이하 이 조에서 “재개발사업”이라 한다)의 시행으로 해당 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자(상속인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)가 환지계획 및 토지상환채권에 따라 취득하는 토지, 관리처분계획에 따라 취득하는 토지 및 건축물(이하 이 항에서 “환지계획 등에 따른 취득부동산”이라 한다)에 대해서는 취득세를 2022년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 부동산에 대해서는 취득세를 부과한다. 1. 환지계획 등에 따른 취득부동산의 가액 합계액이 종전의 부동산 가액의 합계액을 초과하여 「도시 및 주거환경정비법」등 관계 법령에 따라 청산금을 부담하는 경우에는 그 청산금에 상당하는 부동산 2. 환지계획 등에 따른 취득부동산의 가액 합계액이 종전의 부동산 가액 합계액을 초과하는 경우에는 그 초과액에 상당하는 부동산. 이 경우 사업시행인가(승계취득일 현재 취득부동산 소재지가 「소득세법」 제104조의2 제1항에 따른 지정지역으로 지정된 경우에는 도시개발구역 지정 또는 정비구역 지정) 이후 환지 이전에 부동산을 승계취득한 자로 한정한다. ② 제1항 제2호의 초과액의 산정 기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다. (4) 지방세특례제한법 시행령(2020.1.15. 대통령령 제30355호로 일부개정된 것) 제35조(환지계획 등에 따른 취득부동산의 초과액 산정기준 등) ① 법 제74조 제1항의 환지계획 등에 따른 취득부동산은 그 토지의 지목이 사실상 변경되는 부동산을 포함한다. ② 법 제74조 제2항에 따른 초과액은 같은 조 제1항의 환지계획 등에 따른 취득부동산의 과세표준(「지방세법」 제10조 제5항에 따른 사실상의 취득가격이 증명되는 경우에는 사실상의 취득가격을 말한다)에서 환지 이전의 부동산의 과세표준(승계취득할 당시의 취득세 과세표준을 말한다)을 뺀 금액으로 한다. (5) 지방세기본법 제20조(해석의 기준 등) ① 이 법 또는 지방세관계법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 목적에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다. ② 지방세를 납부할 의무(이 법 또는 지방세관계법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 지방세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무를 말한다. 이하 같다)가 성립된 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래에 대해서는 의무 성립 후의 새로운 법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다. ③ 이 법 및 지방세관계법의 해석 또는 지방세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 따른 행위나 계산은 정당한 것으로 보며 새로운 해석 또는 관행에 따라 소급하여 과세되지 아니한다.