「소득세법」 제25조 제1항에 의하면 보증금에 대한 간주임대료를 총수입금액에 산입하도록 하면서, 주택을 대여하고 보증금을 받은 경우에는 3주택 이상을 소유하고 그 주택의 보증금 합계액이 3억원을 초과하는 경우로 한정하고 있으므로, 2주택 임대사업자가 수취한 보증금에 대한 간주임대료 상당액은 과세대상에 해당한다고 볼 수 없고,소득세법 제27조는 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액을 해당과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용이라고 규정하고 있으므로,임대사업자가 지출한 재산세 등 보유세를 그 필요경비로 인정하기 어렵고, 이에 따른 주택임대사업에서 발생한 결손금을 통산하기도 어려움

이유 1. 처분개요 가. 청구인은 2018.10.28. 주택임대업 사업자등록을 한 근로소득자로 2025.5.29. 및 2025.6.9. 임대주택에 대한 총수입금액(OOO원)에서 재산세 등 보유세를 필요경비로 공제하고, 이로 인한 주택임대결손금을 근로소득금액과 통산하여 종합소득세 2019년 귀속분 OOO원, 2020년 귀속분 OOO원, 2021년 귀속분 OOO원 및 2022년 귀속분 OOO원의 환급을 경정청구하였다. 나. 처분청은 「소득세법」제25조 및 같은 법 시행령 제53조에 따라 2주택자의 임대보증금은 간주임대료 계산대상이 아니므로 과세대상 소득에 해당하지 아니한다고 보고 주택임대결손금 통산 배제 및 재산세 등 보유세를 필요경비 부인하여 2025.7.25. 청구인의 경정(환급)청구를 거부하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2025.10.20. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 재산세 등 보유세는 청구인이 사업용 자산인 임대주택을 보유함에 따라 필수적으로 발생하는 조세로서 「소득세법 시행령」제55조 제1항 제8호의 사업과 관련이 있는 제세공과금에 해당한다. 총수입금액의 발생 유무는 필요경비의 성립 요건이 될 수 없고, 보유세의 필요경비 산입을 부인할 법적 근거도 없다. 따라서 청구인의 주거용 건물 임대업에는 해당 비용만큼 결손금이 발생하였으므로 종합소득금액 계산 시 근로소득금액과 통산되어야 한다. 나. 처분청 의견 청구인은 2주택(부부합산)을 임대하고 월세 없이 보증금만 지급받은 경우로 간주임대료 계산대상이 아니므로 과세대상 소득이 없다. 따라서 임대주택에 대한 재산세 등 보유세를 필요경비로 공제하고 이로 인한 주택임대결손금을 근로소득금액과 통산하여 근로소득 결정세액에서 환급하여 달라는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 2주택 임대사업자가 월임대료 없이 임대보증금만 수취한 경우 재산세 등 임대주택에 대한 보유세를 필요경비로 인정할 수 있는지 여부 및 주택임대결손금을 타소득금액과 통산할 수 있는지 여부 나. 관련 법령 (1) 소득세법 제25조(총수입금액 계산의 특례) ① 거주자가 부동산 또는 그 부동산상의 권리 등을 대여하고 보증금ㆍ전세금 또는 이와 유사한 성질의 금액(이하 이 항에서 "보증금등"이라 한다)을 받은 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 사업소득금액을 계산할 때에 총수입금액에 산입(算入)한다. 다만, 주택을 대여하고 보증금등을 받은 경우에는 3주택[주거의 용도로만 쓰이는 면적이 1호(戶) 또는 1세대당 40제곱미터 이하인 주택으로서 해당 과세기간의 기준시가가 2억원 이하인 주택은 2023년 12월 31일까지는 주택 수에 포함하지 아니한다] 이상을 소유하고 해당 주택의 보증금등의 합계액이 3억원을 초과하는 경우를 말하며, 주택 수의 계산 그밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제27조(사업소득의 필요경비의 계산) ① 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다. (2) 소득세법 시행령 제55조(사업소득의 필요경비의 계산) ① 사업소득의 각 과세기간의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것 외에는 다음 각 호에 규정한 것으로 한다. 8. 사업과 관련이 있는 제세공과금(괄호 생략) ③ 법 제25조 제1항 본문에 따라 총수입금액에 산입할 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한다. 이 경우 총수입금액에 산입할 금액이 영보다 적은 때에는 없는 것으로 보며, 적수의 계산은 매월 말 현재의 법 제25조 제1항 본문에 따른 보증금등(이하 이 조에서 “보증금등”이라 한다)의 잔액에 경과일수를 곱하여 계산할 수 있다. 1. 주택과 주택부수토지를 임대하는 경우(주택부수토지만 임대하는 경우는 제외한다) 총수입금액에 산입 할금액 = {해당 과세기간의 보증금등- 3억원(보증금등을 받은 주택이 2주택 이상인 경우에는 보증금등의 적수가 가장 큰 주택의 보증금등부터 순서대로 뺀다)}의 적수 × 60/100 × 1/ 365/(윤년의 경우에는 366) × 금융회사 등의 정기예금 이자율을 고려하여 재정경제부령으로 정하는 이자율(이하 이 조에서 "정기예금이자율"이라 한다) - 해당 과세기간의 해당 임대사업 부분에서 발생한 수입이자와 할인료 및 배당금의 합계액 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인은 아래 <표>와 같이, 임대부동산(2주택)에 대한 총수입금액(OOO원)에서 재산세 등 보유세를 필요경비로 공제하고, 이로 인한 주택임대결손금을 근로소득금액과 통산하여 2019~2022년 귀속 종합소득세 합계 OOO원의 환급을 경정청구하였다. <표> 경정청구 내역 OOO (2) 이에 대하여, 처분청은 2주택자의 임대보증금은 간주임대료 계산 대상이 아니므로 과세대상 소득에 해당하지 아니한다고 보고 필요경비 공제를 부인하였다. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 재산세 등 보유세는 임대주택을 보유함에 따라 필수적으로 발생하는 조세이므로 필요경비로 공제되어야 하고, 이에 따른 주택임대결손금을 타소득과 통산하여야 한다고 주장하나, 「소득세법」제25조 제1항에 의하면 보증금에 대한 간주임대료를 총수입금액에 산입하도록 하면서, 주택을 대여하고 보증금을 받은 경우에는 3주택 이상을 소유하고 그 주택의 보증금 합계액이 3억원을 초과하는 경우로 한정하고 있으므로, 2주택 임대사업자가 수취한 보증금에 대한 간주임대료 상당액은 과세대상에 해당한다고 볼 수 없는 점, 또한 같은 법 제27조는 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액을 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용이라고 규정하고 있으므로, 2주택 임대사업자가 지출한 재산세 등 보유세를 필요경비로 인정하기는 어렵고, 이에 따른 주택임대결손금을 통산하기도 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2024소2909, 2024.12.12. 같은 뜻). 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.