도시계획시설 결정ㆍ고시만으로 납세자의 신뢰를 바탕으로 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 보호해야 할 정도에 이르렀다고 보기 어려운 점, 청구법인은 예비적으로 착공 당시 법률을 적용하여 75% 감면을 주장하나, 이에 관련된 구체적인 증빙자료(도급공사계약서, 사진, 세금계산서 등)를 제시하지 아니한 점 등 고려시 일반적 경과조치 적용하기 어려움

이유 1. 처분개요 가. 청구법인은 2012.12.1. 처분청으로부터 도시계획시설사업 시행자 지정 및 실시계획 인가를 득하였고, 처분청은 2012.12.24. 경기도 의정부시 OOO 일원 123,096㎡를 도시계획시설(학교)로 결정ㆍ고시하였다. 나. 청구법인은 2020.10.30. 경기도 의정부시 OOO외 35필지 토지 123,096㎡에 OOO건축물(건물 210,676.45㎡, 하 “쟁점건축물”이라 한다)을 취득(신축)한 후, 2020.11.30. 쟁점건축물 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하여「지방세특례제한법」제41조 제7항(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정된 것, 이하 “개정「지방세특례제한법」”이라 한다)에 따른 경감율(100분의 50)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계OOO원을 신고ㆍ납부하였고, 2022.4.5. 쟁점건축물에 대한 공사비 정산으로 OOO원을 추가로 신고하면서 취득세 등 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다. 다. 청구법인은 납세의무자의 신뢰보호를 위하여 쟁점건축물의 건축 원인행위(도시계획시설 결정) 당시의 구「지방세특례제한법」제41조 제1항(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것, 이하 “종전「지방세특례제한법」”이라 한다)에 따라 취득세를 면제하여 한다고 주장하면서, 2024.5.27. 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.7.18. 이를 거부하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.10.11. 심판청구를 제기하였다. 2.청구법인 주장 및 처분청 의견 가.청구법인 주장 (주위적 청구) 처분청이 쟁점건축물의 부속토지인 경기도 의정부시 OOO일원 123,096㎡를 도시계획시설(학교)로 결정한 당시(2012.12.24.)에 의과대학 부속병원에 대하여는 취득세를 면제한다는 종전감면규정이 시행중에 있었다. 청구법인은 쟁점건축물의 사용승인 시점에도 쟁점조항이 계속 유지될 것이라는 신뢰 하에 감면율이 축소되기 전 시점부터 쟁점건축물 신축 사업을 추진하여 2012.12.1. 처분청으로부터 도시계획시설사업 시행자 지정 및 실시계획 인가를 득하였고, 이후 2020.10.30. 의정부시로부터 건축물 임시사용승인을 획득한 바 있다. 의과대학 부속병원 감면규정은 1949년에 신설되어 2014.12.31. 개정감면규정으로 감면율이 축소되기 전까지 「지방세법」 또는 「지방세특례제한법」에서 무려 65년간 계속하여 그 형식만 바꾸어 면제대상으로 유지되어 왔으므로 청구법인이 그와 같이 신뢰할 만한 사정이 있다고 봄이 타당하다. 또한 경과규정이 존재하는 경우 신뢰보호원칙을 적용할 때 가장 중요한 것은 취득세 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위가 존재하였는지 여부로서, 그러한 원인행위라고 함은 투자의 실행이나 인력의 고용 등과 같은 경제적 처분행위로서 그 취소나 철회가 불가능하거나 원상회복이 어려운 단계의 행위를 지칭하는 것이다. 청구법인은 쟁점건축물 신축사업을 위해 종전감면규정이 시행되고 있던 당시인 2012년 말 이미 대규모 자본을 투입하여 쟁점건축물의 부속토지를 취득하였으며 그렇게 취득한 부속토지는 2012.12.24. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따라 도시계획시설로 결정ㆍ고시되어 해당 시점부터는 다른 용도로 사용ㆍ수익할 수 없게 되었는바, 청구법인으로서는 해당 시점에 쟁점건물 취득을 위하여 돌이킬 수 없는 신뢰투자를 한 것이다. 결국, 청구법인의 경우 종전감면규정이 유지될 것이라는 당연한 기대를 토대로 개정감면규정 개정 전에 취득세 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위를 하여 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에 해당하기 때문에, 납세의무자의 신뢰 보호를 위하여 일반적 경과규정에 따라 종전 법령에 의거하여 취득세를 면제하는 것이 타당하다. (예비적 청구) 쟁점건축물에 대한 취득세는 공사에 착공한 시점인 2015.12.24.에 시행중인 법령에 따라 100분의 75를 경감하여야 함에도 쟁점건축물 완공 당시 시행중인 법령에 따라 취득세의 100분의 50을 경감하여 과다하게 산정되었는바, 이는 환급되어야 한다. 나. 처분청 의견 쟁점건축물 취득일 당시 학교법인 감면 규정에 일반적 경과조치 규정을 두고 있을 뿐 신뢰보호를 위한 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정한 별도의 경과조치를 두고 있지 않았다. 처분청의 도시계획시설 결정ㆍ고시사항 중 쟁점건축물 조성기간이 2016년～2021년으로 고시되어 있었고, 쟁점건축물 취득일 당시 학교법인 감면 규정 감면율이 이미 두 차례 축소되어 청구법인은 쟁점건축물에 대한 면제 기간이 도과될 것으로 충분히 예상 가능하였다. 학교법인에 대한 취득세 감면 제도는 재정 여건, 사회적 환경의 변화, 정책적 필요 등에 따라 향후 어느 시점에 이르러서는 위 제도의 시행시기가 더 이상 연장되지 않을 수 있거나 연장되더라도 그 내용이 수정ㆍ변경될 수 있다는 점을 충분히 예상할 수 있다 할 것임으로, 청구법인이 쟁점건축물에 대해 종전 감면규정에 따라 취득세가 감면될 것이라고 기대하였더라도 이를 보호 받을 만한 기득권 내지 신뢰라고 할 수 없을 것이다. 또한 조세법률주의의 원칙상 조세의무는 각 세법이 정한 과세요건이 완성된 때에 성립하고, 세금의 부과는 납세의무 성립시, 즉 과세요건 완성 당시에 유효한 법령의 규정에 의하여야 하며, 세법의 개정이 있을 경우에도 특별한 사정이 없는 한 개정 전후의 법령 중에서 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하여야 한다(대법원 2009.3.12. 선고 2006두11781 판결 참조) 할 것인바, 개정 감면규정의 부칙(법률 제16865호, 2020.1.5.) 제2조는 ‘이 법은 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 경우부터 적용한다’고 하고, 건축물에 대한 취득세 납세의무의 성립 시기는 ‘과세물건을 취득하는 때’[구 지방세기본법(2019.12.31. 법률 제16854호로 개정되기 전의 것) 제34조제1항제1호]이며, 건축물을 건축하여 취득하는 경우의 취득 시기는 사용승인일 또는 사실상 사용일 중 빠른 날이다[구 지방세법 시행령(2020.8.12. 대통령령 제30939호로 개정되기 전의 것) 제20조 제6항]라고 규정하고 있는바, 쟁점건축물의 사용승인일은 2020.10.30.이므로 취득세 납세의무는 2020.10.30. 성립하였고, 그 당시 적용되는 법률은 개정 감면규정이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점건축물(의과대학 부속병원)에 대하여 일반적 경과규정을 적용하여 취득세를 면제 또는 75% 감면하여야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법률 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2012.12.1. 처분청으로부터 도시계획시설사업 시행자 지정 및 실시계획 인가를 득하였고, 처분청은 2012.12.24. 경기도 의정부시 금오동 산62-6 일원 123,096㎡를 도시계획시설(학교)로 결정ㆍ고시하였으며, 그 내용에 쟁점건축물 건축기간이 2016년～2021년으로 고시되어 있다. (나) 청구법인은 2015.12.16. 경기도 의정부시 금오동 439-38 일대에 쟁점건축물을 신축하고자, 처분청으로부터 건축허가를 득하였다. (다) 청구법인은 2015.12.24. 처분청으로부터 착공신고필증을 수령하였고, 2020.10.30. 쟁점건축물에 대한 사용승인을 처분청으로부터 받았다. (라) 청구법인은 2020.11.30. 쟁점건축물 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하여「지방세특례제한법」제41조 제7항에 따른 경감율(100분의 50)을 적용하여 산출한 취득세 등을 신고ㆍ납부하였고, 2022.4.5. 쟁점건축물에 대한 공사비 정산으로 OOO원을 추가로 취득세을 신고ㆍ납부하였다. (마) 청구법인은 납세의무자의 신뢰보호를 위하여 쟁점건축물의 건축 원인행위(도시계획시설 결정) 당시의 종전「지방세특례제한법」제41조 제1항에 따라 취득세를 면제하여한다고 주장하면서, 2024.5.27. 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.7.18. 이를 거부하였다. (바) 청구법인은 이 건 심판청구를 제기하면서, 예비적으로 착공당시 법률을 적용하여 취득세 75% 감면을 주장하였으나, 이와 관련한 증빙자료를 제시하지 아니하였다. (사) 의과대학 부속병원 감면 규정의 개정 연혁은 아래와 같다. <학교법인 감면규정 연혁> ○○○ (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 2012.12.1. 처분청으로부터 도시계획시설사업 시행자 지정 및 실시계획 인가를 득하였고, 처분청은 2012.12.24. 경기도 의정부시OOO 일원 123,096㎡를 도시계획시설(학교)로 결정ㆍ고시하였으므로, 쟁점건축물에 대한 도시계획시설 결정ㆍ고시 당시에 납세자 신뢰보호를 인정하여 쟁점건축물에 대한 취득세를 면제하여야 한다고 주장하나, 쟁점건축물에 대한 도시계획시설 결정ㆍ고시만으로 납세자의 신뢰를 바탕으로 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호해야 할 정도에 이르렀다고 보기 어려운 점, 처분청의 도시계획시설 결정ㆍ고시에 의하면, 쟁점건축물 건축기간이 2016년～2021년으로 고시되어 있고, 쟁점건축물 취득일 당시 학교법인 감면 규정이 두 차례 축소되어 청구법인은 쟁점건축물에 대한 착공 당시에 면제 기간이 경과될 것을 충분히 예상할 수 있는 것으로 보이는 점, 청구법인은 이 건 심판청구를 제기하면서, 예비적으로 착공당시 법률을 적용하여 취득세 75% 감면을 주장하였으나, 이와 관련한 구체적인 증빙자료(도급공사계약서, 사진, 세금계산서 등)를 제시하지 아니한 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 지방세특례제한법(법률 제10220호, 2010.3.31., 제정) 제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ① 「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교, 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법」 또는 「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자(이하 이 조에서 “학교등”이라 한다)가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 2012년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다. 1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 (2) 지방세특례제한법(법률 제11487호, 2012.10.2., 일부개정) 제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ① 「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교, 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법」 또는 「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자(이하 이 조에서 “학교등”이라 한다)가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 2012년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다. 1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 (3) 지방세특례제한법(법률 제12955호, 2014.12.31., 일부개정) 제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ① 「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교, 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법」 또는 「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자(이하 이 조에서 “학교등”이라 한다)가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산(제42조제1항에 따른 기숙사는 제외한다)에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다. 1. 수익사업에 사용하는 경우 2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 ⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에도 불구하고 「고등교육법」 제4조에 따라 설립된 의과대학(한의과대학, 치과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 의과대학병원에 대해서는 다음 각 호에 따라 취득세 및 재산세를 각각 경감한다. 1. 다음 각 목의 기간에 따라 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 취득세 가. 2016년 12월 31일까지: 100분의 75 나. 2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지: 100분의 50 (4) 지방세특례제한법(법률 제16865호, 2020.1.15., 일부개정) 제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ① 「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교, 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법」 또는 「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자(이하 이 조에서 “학교등”이라 한다)가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(대통령령으로 정하는 기숙사는 제외한다)에 대해서는 취득세를 2021년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다. 1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우 2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 ⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에도 불구하고 「고등교육법」 제4조에 따라 설립된 의과대학(한의과대학, 치과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 의과대학병원이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 각각 경감한다. 1. 2020년 12월 31일까지는 취득세의 100분의 50을, 재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다)의 100분의 50을 각각 경감한다. 2. 2021년 1월 1일부터 2021년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대해서는 다음 각 목의 구분에 따라 취득세 및 재산세를 각각 경감한다. 가. 해당 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 30을 경감한다. 나. 해당 부동산 취득일 이후 해당 부동산에 대한 재산세 납세의무가 최초로 성립한 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감한다. <부칙> 제2조(일반적 적용례) 이 법은 2020년 1월 1일 이후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. (5) 지방세기본법 제34조(납세의무의 성립시기) ① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 구분에 따른 시기에 성립한다. 1. 취득세: 과세물건을 취득하는 때 (6) 지방세법 시행령 제20조(취득의 시기 등) ⑥ 건축물을 건축 또는 개수하여 취득하는 경우에는 사용승인서(「도시개발법」 제51조 제1항에 따른 준공검사 증명서, 「도시 및 주거환경정비법 시행령」 제74조에 따른 준공인가증 및 그 밖에 건축 관계 법령에 따른 사용승인서에 준하는 서류를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)를 내주는 날(사용승인서를 내주기 전에 임시사용승인을 받은 경우에는 그 임시사용승인일을 말하고, 사용승인서 또는 임시사용승인서를 받을 수 없는 건축물의 경우에는 사실상 사용이 가능한 날을 말한다)과 사실상의 사용일 중 빠른 날을 취득일로 본다.