쟁점금액 대부분이 쟁점법인에 반환되었다는 주장과 달리, 거래내역(22.6.30~25.9.16.)상 이체 금액이 151회 합계 0억원에 불과하고 그 명목도 쟁점금액의 반환인지 불분명한바, 법인이 매입사실 없이 매입액을 장부에 기장하거나 가공의 비용을 장부에 계상하는 경우, 그 가공매입 상당의 법인 수익은 사외로 유출된 것이고(대법원 2021.9.27. 선고 2010두14329), 청구인이 종합소득세 무신고 해명안내를 받은 뒤 법인세 수정신고가 이루어진 것은, 경정이 있을 것을 미리 알고 신고한 것이므로 쟁점금액은 유보로 소득처분할 수 없음

이유 1.처분개요 가. 청구인은 2004.8.10.부터 부동산컨설팅 및 분양대행업을 영위하는 ‘A’의 대표이자 2012.9.27.부터 부동산중개업 등을 영위하는 B 주식회사(대표 C, 이하 “쟁점법인”이라 한다)의 주주(소유 지분 98%)이다. 나. 청구인은 ‘컨설팅 수수료’ 명목으로 쟁점법인에 2022년 제1기 공급가액 OOO원(7매), 2022년 제2기 공급가액 OOO원의 매출세금계산서(3매, 총 10매, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 발급하였고, 쟁점법인으로부터 공급대가 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 지급받았다. 다. 한편, 청구인은 2024.6.14. 쟁점세금계산서를 취소하는 수정세금계산서를 발급한 후, ① 2024.6.17. 역삼세무서장에게 쟁점세금계산서가 실물거래 없는 사실과 다른 세금계산서이므로, 기납부한 부가가치세를 환급하여 달라는 취지로 경정청구를 제기하였고, ② 쟁점법인은 2024.6.17. 쟁점세금계산서 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하여 2022년 제1기 및 제2기 부가가치세를 수정신고(관련 부가가치세 무납부)하고, 쟁점세금계산서 공급가액 OOO원을 손금불산입 및 유보로 소득처분하여 2022사업연도 법인세 수정신고를 하였다(결손법인으로서 추가 납부세액 없음). 라. 역삼세무서장은 쟁점법인이 수정신고 시 유보로 소득처분한 금액을 배당으로 경정하여 소득금액변동통지하였고, 이에 따라 처분청은 2025.7.4. 배당소득 OOO원(이하 “쟁점소득”이라 한다)을 청구인의 사업소득과 합산하여 청구인에게 2023년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다. 마. 청구인은 이에 불복하여 2025.9.25. 이의신청을 거쳐 2026.3.3. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 청구인은 쟁점법인이 계좌 압류 및 추심되는 상황에 대응하고자 쟁점세금계산서를 발행하였다. (가) OOO지방법원 OOO 구상금 사건에 의하여 쟁점법인의 채무가 발생하였고, 채권추심회사(D 주식회사)가 쟁점법인에 대한 추심업무를 시작하였다. (나) 쟁점법인이 계좌 압류 및 추심되는 상황에 대응하고자 청구인은 쟁점법인의 계좌에서 개인사업자의 계좌로 OOO원의 자금을 이체하였고, 그 근거로 쟁점세금계산서를 발급하였다. (다) 청구인은 쟁점세금계산서 관련 매출을 자금 이체의 근거라고만 생각하였고, 청구인의 소득으로는 생각하지 아니하였으며, 이에 따라 2023년 귀속 종합소득세를 신고하지 않았다. (라) 2024년 2월경 청구인은 처분청으로부터 종합소득세 해명자료 제출안내문을 받은 후, 쟁점세금계산서는 실물거래 없이 발급된 것으로, 세금계산서 발급 대상이 아니라는 것을 인지하였다. (마) 이에 따라 청구인은 2024년 6월경 쟁점세금계산서를 수정(취소)발급하였고, 쟁점법인은 2024.6.17. 쟁점세금계산서 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하여 2022년 제1기 및 제2기 부가가치세를 수정신고하고, 쟁점세금계산서 공급가액 OOO원을 손금불산입 및 유보로 소득처분하여 2022사업연도 법인세 수정신고를 하였다. (바) 2024.6.17. 청구인은 쟁점세금계산서에 대한 부가가치세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 이는 기각되었으나 2024.9.10. 이의신청을 제기한 결과 인용결정되었다. (2) 청구인은 쟁점금액 대부분을 쟁점법인에 반환하였고, 남은 금액은 쟁점법인과 청구인 간의 채권ㆍ채무인바, 청구인의 소득이라고 볼 수 없다. (가) 쟁점법인의 계좌에서 개인사업의 계좌로 이체된 쟁점금액은 거래대금이 아닌 가지급금이고, 청구인은 2022년 6월부터 2025년 9월까지 OOO원을 쟁점법인에 반환하였다. 청구인은 처분청으로부터 종합소득세 해명자료 제출안내문을 받기 전부터 쟁점법인에 가지급금을 반환하였고, 이는 금융증빙으로 확인할 수 있다. (나) 쟁점법인의 계좌에서 청구인에게 이체된 쟁점금액은 대부분 반환되었으므로, 결과적으로 쟁점금액이 사외유출되었다고 볼 수 없고, 사외유출로 인한 소득처분대상이 아니기에 이를 청구인의 소득으로 보아서는 아니된다. (다) 이 건 처분은 쟁점세금계산서 발급 이후 청구인이 종합소득세를 신고하지 않아 발생한 것이고, 청구인이 제기한 이의신청 과정에서 쟁점세금계산서가 청구인이 쟁점법인의 자금을 횡령하려는 의도 없이 발급된 것임이 소명되었으므로, 쟁점세금계산서 관련 매출을 청구인의 매출(소득)로 볼 수 없다. (라) 그리고 설령 횡령이라고 할지라도 대법원 판례(대법원 2008.11.13. 선고 2007두233323 판결)에 따르면, 횡령으로 인한 사외유출(소득처분)은 횡령행위에 이르게 된 경위, 횡령금의 반환채권 등을 종합적으로 고려하여 사외유출 여부를 판단하도록 되어 있고, 대법원은 횡령 당시 곧바로 회수되지 아니하였다고 하여 횡령금 상당의 자산이 사외유출되었다고 볼 수 없다고 판단하였다. (마) 또한, 법인이 특수관계인인 주주에게 해당 법인의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금은 특수관계가 소멸하는 날이 속하는 사업연도에 귀속자에게 소득처분하는 것인바, 자금을 반환 중인 청구인에게 한 이 건 소득처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 (1) 쟁점금액은 가지급금에 해당하지 않는다. (가) 청구인은 쟁점금액을 가지급금으로 보아야 한다고 주장하나, 대법원과 조세심판원은 가공경비를 계상하여 현금을 유출한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 가공경비 전액이 사외로 유출된 것으로 보아야 한다는 입장이고(조심 2012중2894, 2012.12.26. 외 다수, 같은 뜻임), 가공경비 전액이 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별한 사정은 이를 주장하는 자가 입증하여야 한다고 판단하였다(대법원 2002.12.6. 선고 2001두2560 판결, 같은 뜻임). (나) 쟁점법인은 쟁점세금계산서를 수취하면서 이를 지급수수료의 반대계정으로 보통예금처리하였을 뿐 대여금이나 가지급금 등으로 계상하지 아니하였고, 이와 관련한 금전소비대차계약서 등을 제출하지 아니하였으므로 쟁점금액을 가지급금으로 볼 수 없다. (2) 청구인은 쟁점금액의 상당 부분을 반환하였기 때문에 이를 사외유출되었다고 볼 수 없다고 주장하나, 청구주장은 이유없다. (가) 당초 제출된 금융증빙(거래기간 : 2023.1.2.∼2024.3.20.)상 청구인이 쟁점법인에 이체한 순금액은 OOO원이고, 추가 제출된 금융증빙(거래기간 : 2022.6.30.∼2024.4.17.)상 청구인이 쟁점법인 계좌로 이체한 순금액은 OOO원인 것으로 나타나는바, 청구인이 제출한 금융거래내역상 기간과 금액이 일치하지 않아 쟁점금액을 반환하였다는 청구인의 주장을 신뢰하기 어렵다. (나) 또한, 청구인이 쟁점금액을 쟁점법인에 일시에 반환하지 아니하였고, 청구인이 제출한 금융증빙상 입출금이 빈번하여 쟁점금액을 상환한 것인지 명확하게 확인할 수 없으며, 과세관청이 해명자료 제출안내문을 발송하였음에도 객관적인 증빙자료를 제출하지 아니하였는바, 청구주장은 이유 없다. (다) 청구인은 2024.3.11. 종합소득세 해명자료 제출안내문을 수령한 후, 2024.6.17. 쟁점법인의 법인세 수정신고서를 접수하였는바, 이는 「법인세법 시행령」 제106조 제4항 단서 제4호(납세지 관할세무서장으로부터 과세자료 해명 통지를 받은 경우, 사내유보 소득처분 제한)에 해당한다. 따라서 쟁점금액을 사내유보 처분할 수 없다. (라) 또한, 청구인은 판례(대법원 2008.11.13. 선고 2007두23323 판결 및 광주지방법원 2020.9.17. 선고 2020구합10494 판결)를 근거로 쟁점금액이 사외유출되지 아니하였다고 주장한다. 그런데 청구인은 쟁점법인의 설립 당시부터 현재까지 지분 98%를 보유하는 쟁점법인의 실질적 소유자로서 청구인과 쟁점법인의 의사 및 경제적 이해관계가 일치하는바, 위 판례를 적용할 수 없고, 쟁점법인이 쟁점금액 회수를 위한 소를 제기하는 등의 조치를 취하지 아니하였는바, 청구주장은 이유없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 청구인은 쟁점금액 대부분을 쟁점법인에 반환하였으므로, 쟁점소득을 배당소득으로 본 이 건 처분은 부당하다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 (1) 법인세법 제67조【소득처분】다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다. 1. 제60조에 따른 신고 2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정 3. 「국세기본법」 제45조에 따른 수정신고 (2) 법인세법 시행령 제106조【소득처분】 ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다. 1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다. 가. 귀속자가 주주등(임원 또는 직원인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당 2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것 ④ 내국법인이 「국세기본법」 제45조의 수정신고기한내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우로서 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 세무조사의 통지를 받은 경우 2. 세무조사가 착수된 것을 알게 된 경우 3. 세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우 4. 납세지 관할세무서장으로부터 과세자료 해명 통지를 받은 경우 5. 수사기관의 수사 또는 재판 과정에서 사외유출 사실이 확인된 경우 6. 그 밖에 제1호부터 제5호까지의 규정에 따른 사항과 유사한 경우로서 경정이 있을 것을 미리 안 것으로 인정되는 경우 (3) 소득세법(2022.12.31. 법률 제19196호로 개정되기 전의 것) 제17조【배당소득】① 배당소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. 4. 「법인세법」에 따라 배당으로 처분된 금액 (4) 국세기본법 제14조【실질과세】② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 확인된다. (가) 청구인의 사업이력은 아래 <표1>과 같고, 쟁점법인의 현황은 아래 <표2>와 같은바, 청구인은 쟁점법인이 설립된 2012년부터 2025년까지 쟁점법인 발행주식의 98%를 소유한 사주이다. <표1> 청구인의 사업자 이력 OOO <표2> 쟁점법인의 현황 OOO (나) 청구인이 개인사업자로서 쟁점법인에 발행한 쟁점세금계산서의 내역 및 쟁점금액 수령일은 아래 <표3>과 같다. <표3> 쟁점세금계산서 내역 OOO (다) 처분청은 2024.2.29. 청구인에게 아래 <표4>와 같은 ‘2022년 귀속 종합소득세 해명자료 제출안내문’을 발송하였다. <표4> 종합소득세 해명자료 제출안내문 OOO (라) 청구인은 2024.6.14. 쟁점세금계산서 전부를 취소하는 수정세금계산서를 발급하였다. (마) 쟁점법인은 ① 2024.6.14. 쟁점세금계산서 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하여 수정신고를 하였으나, 납부하지는 아니하였고, ② 2024.6.17. 쟁점금액에 대하여 손금불산입 및 유보처분하여 2022사업연도 법인세를 수정신고하였으나, 쟁점법인은 결손법인(2022사업연도 기초 이월결손금 잔액 OOO원)으로서 법인세 수정신고로 인한 추가 납부세액이 발생하지 아니하였다. (바) 한편, 청구인은 2024.6.17. 역삼세무서장에게 ‘쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서이고 이를 전부 취소하는 수정세금계산서를 발급하였으므로 이미 납부한 부가가치세를 환급하여 달라’는 경정청구를 제기하였고, 이는 2024.7.17. 거부되었다. 이에 대하여 청구인은 2024.9.10. 이의신청을 제기하였고, 2024.11.28. 인용결정되어 위 경정청구 거부처분이 취소되었는바, 경정청구 거부처분 사유와 이의신청 인용결정 사유는 아래 <표5>와 같다. <표5> 경정청구 거부처분 사유 및 이의신청 인용결정 사유(일부) OOO (사) 역삼세무서장은 2024.12.18. 쟁점법인에 2022사업연도 법인세 수정신고와 관련하여 아래 <표6>과 같은 해명자료 제출 안내를 송부하였다. <표6> 법인세 수정신고 관련 해명자료 제출안내 OOO (2) 쟁점금액의 지급 및 반환과 관련하여 청구인과 처분청이 제출한 자료는 다음과 같다. (가) 처분청이 제출한 쟁점법인의 계정별 원장(2022.1.1.∼2022.12.31.)에 의하면, 쟁점법인은 아래 <표7>과 같이 쟁점세금계산서의 수취 및 쟁점금액(OOO원)의 지급에 관하여 ‘보통예금(감소)’으로 계상한 것으로 나타나고, 금전소비대차계약서 등이 작성된 사정은 나타나지 아니한다. <표7> 계정별 원장(계정과목 : 보통예금) OOO (나) 청구인은 2022년 6월부터 2025년 9월까지 OOO원을 쟁점법인에 반환하는 등 쟁점금액의 대부분을 반환하였다고 주장하며 청구인의 OOO은행 계좌OOO상 쟁점법인과의 거래내역(거래일 : 2022.6.30.∼2025.9.16.)을 제출한바, 위 기간동안 청구인이 쟁점법인에 이체한 금원은 총 OOO원이나, 2023년 쟁점법인이 청구인에 이체한 금원 총 OOO원을 제외할 경우 청구인이 쟁점법인에 순이체한 금원은 총 OOO원이고, 이체 횟수는 연평균 41회이며, 청구인이 쟁점법인에 이체한 금원은 최소 OOO원에서 최대 OOO원인 것으로 나타난다. (3) 처분청은 청구인이 쟁점법인으로부터 OOO원(쟁점소득)을 배당받은 것으로 보아, 아래 <표8>과 같이 청구인에게 2023년 귀속 종합소득세를 경정ㆍ고지하였다. <표8> 종합소득세 신고 및 경정내역(일부) OOO (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점금액이 가지급금이고, 청구인이 쟁점금액의 대부분을 쟁점법인에 반환하였으므로, 쟁점소득을 청구인의 배당소득으로 본 이 건 처분은 부당하다고 주장하나, 법인이 매입사실 없이 매입액을 장부에 기장하거나 가공의 비용을 장부에 계상하는 경우 특별한 사정이 없는 한 그 가공매입 또는 가공비용 상당의 법인 수익은 사외로 유출된 것으로 보아야 하고, 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별한 사정은 이를 주장하는 측에서 입증하여야 할 것인데(대법원 2012.9.27. 선고 2010두14329 판결, 같은 뜻임), 쟁점법인은 쟁점금액에 대하여 가지급금이 아닌 보통예금(감소)으로 처리하였고, 청구인은 쟁점금액이 가지급금이라고 주장하면서도 가지급금과 관련된 채권ㆍ채무금액을 구체적으로 명시하지 아니하였으며, 이를 입증할 수 있는 금전소비대차계약서 등을 제출하지 아니하였으므로 쟁점금액은 사외로 유출된 것으로 보이는 점, 청구인은 쟁점금액 대부분을 쟁점법인에 반환하였으므로, 쟁점소득을 청구인의 배당소득으로 보아서는 아니된다고 주장하나, 청구인이 제출한 쟁점법인과의 거래내역(2022.6.30.∼2025.9.16.)상 그 이체 횟수가 연평균 약 40회로 빈번하고, 청구인이 쟁점법인에 이체한 금액이 최소 OOO원에서 최대 OOO원까지로 다양하며, 청구인이 2025.9.16.까지 쟁점법인에 순이체한 금원이 총 OOO원으로서 쟁점금액(OOO)원의 약 70%에도 미치지 못하고, 청구인이 쟁점법인에 이체한 명목이 쟁점금액의 반환인지 여부 등이 불분명하므로 청구주장에 신빙성이 부족한 것으로 보이는 점, 「법인세법 시행령」 제106조 제4항 제6호는 ‘그 밖에 제1호부터 제5호까지의 규정에 따른 사항과 유사한 경우로서 경정이 있을 것을 미리 안 것으로 인정되는 경우’라고 규정하고 있어 포괄적인 조항으로 해석되고, 법인의 전직 대표이자 최대 주주가 자금출처해명안내문을 수취한 후 법인이 법인세 수정신고를 한 경우 위 규정에 따라 사외유출한 것으로 보는바(대법원 2016.12.15. 선고 2016두52880 판결, 같은 뜻임), 2024.3.11. 쟁점법인의 최대 주주인 청구인이 종합소득세 해명자료 제출안내문을 받은 후, 2024.6.17. 쟁점법인이 2022사업연도 법인세 수정신고를 한 경우, 이는 쟁점법인이 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하여 법인세 수정신고를 한 것으로서 사내유보로 소득처분 할 수 없는 것으로 보이는 점 등에 비추어, 청구인에게 2023년 귀속 종합소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.