쟁점거래처에 대금을 지급한 후 배우자의 계좌로 일부 금액을 되돌려 받은 것이 확인, 반환받은 금액을 근로자에게 지급하였다고 주장하나, 근무자 명단과 불일치, 반환받지 않은 금액 부분도 계약서상 대금지급일과 실제 지급일이 불일치하며 금액을 기준으로 계약을 구분할 근거도 없음

이유 1. 처분개요 가.청구인은 2014.1.12.부터 2024.9.30.까지 A(주업종 : 금속구조물 설치공사)를 운영하였던 사업자로, 2019년 1월부터 6월까지 주식회사 B(이하 “쟁점거래처”라 한다)로부터 매입세금계산서 6건(매입세액 합계 OOO원으로, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)을 수취한 후 해당 매입세액을 공제하여 2019년 제1기 부가가치세를 신고ㆍ납부하였다. 나.화성세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 쟁점거래처에 대한 부가가치세 세목별 조사를 실시한 결과, 쟁점거래처가 청구인을 포함한 주요 거래처들에 대하여 실제 거래 없이 거짓세금계산서를 발행한 것으로 판단하여, 처분청에 과세자료를 통보하였다. 다.처분청은 조사청의 통보를 받고, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아, 해당 매입세액의 공제를 부인하여, 2025.11.26. 청구인에게 2019년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다. 라. 청구인은 이에 불복하여 2025.12.10. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 청구인은 쟁점거래처와 실질거래를 하였다. (가)청구인은 2019년 1월부터 C의 협력사인 D주식회사(이하 “원청”이라 한다)의 사업장에서 C OOO 대보수 설치 공사 및 OOO 판넬 공사를 진행하면서, 2019.1.1. 쟁점거래처와 인력공급에 대한 도급계약을 체결하고, 2019년 1월부터 6월까지 인력을 공급받은바, 청구인이 원청 및 쟁점거래처와 체결한 계약서와 원청이 C에게 제출하였던 안전작업허가서, 당시 공사현장 사진 등을 통해 실제 거래가 있었음이 확인된다. (나)만일 청구인이 매입세액 공제만을 목적으로 거래의 외관만을 형성한 것이라면 실제 지급된 대가 중 수수료를 제외한 대부분을 반환받았어야 하나, 청구인은 쟁점거래처로부터 매달 쟁점세금계산서를 정상적으로 수취하고 대금을 이체하였으며, 이후 어떠한 금전도 돌려받지 않았음이 청구인의 금융거래 내역을 통해 확인된다. (다)쟁점거래처가 2019년 조사청으로부터 세무조사를 받고 「조세범 처벌법」상 고발된 사실은 있으나, 법원은 쟁점거래처가 청구인과 거래한 부분에 대해서는 공소사실과 반하여 실제 인력공급이 있었다는 취지로 무죄로 판단하였다OOO. (2)쟁점거래처의 계좌에서 청구인의 배우자에게 거래대금의 일부가 이체되었다는 이유만으로 명백한 금융자료 및 실거래 증빙을 모두 부인하고 전체 금액에 대해 매입세액공제를 부인하는 것은 납세자의 권익을 심하게 침해하여 부당하다. (가)청구인은 당시 신용이 여의찮아 직접 금융 거래를 할 수 없었던 기술자들에게 현장에서 현금 등으로 직접 지급할 필요가 있어 쟁점거래처로부터 6개월에 걸쳐 총 OOO원을 받은 것이고, 해당 금액은 청구인에게 귀속된 것이 아니라 실제 용역을 제공한 기술자들에게 지급되었다. (나)청구인이 쟁점거래처에 인력공급에 대한 대가로 지급한 금액은 OOO원으로, 만약 전형적인 자료상의 자금 순환 형태였다면 이 중 부가가치세를 제외한 전액을 돌려받았어야 하나, 전체 금액의 3분의 1에도 미치지 못하는 OOO원 외에는 청구인에게 이체된 금액이 전혀 없는바, 청구인 입장에서 약 OOO원의 추가 매입세액공제를 위하여 전체금액의 3분의 2에 해당하는 OOO원이 넘는 금액을 부담할 이유가 전혀 없다. (다)청구인 배우자의 입출금 자료는 청구인이 실제 귀속자들에게 현금 인건비를 지급하였음을 소명하기 위해 과세관청의 요청이 없었음에도 제출했던 자료로, 만약 청구인에게 귀속된 금액이었으면 자발적으로 제출하지 않았을 것이다. (라)백번 양보하여 청구인의 배우자에게 이체된 금액이 일부 청구인에게 귀속되었다고 하더라도, 전체 금액을 전부 부인하는 것은 위법 부당하다. 1)어느 특정 거래에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 「부가가치세법」제39조 제1항 제2호의 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담하는 것이 원칙(대법원 2008.12.11. 선고 2008두9737 판결 등)인바, 청구인이 제시한 실제 거래 증빙(계약서, 견적서, 대금이체증빙, 사진, 법원판결문)을 모두 부인하고 쟁점세금계산서의 매입세액 전체를 부인하기 위해서는 입증책임이 있는 과세관청이 명확한 근거를 제시하여야 한다. 2)단순히 전체 금액의 3분의 1에도 미치지 못하는 금액이 청구인의 배우자에게 이체되었다는 사실만으로 나머지 3분의 2의 금액에 대해서도 어떠한 근거도 없이 부인하는 것은 납세자의 권익을 침해하는 것으로서 부당하며, 쟁점거래처에서 실제 인력들에게 지급한 나머지 금액은 매입세액으로 인정되어야 한다. 나. 처분청 의견 (1)조사청 조사 결과 쟁점거래처의 가공매출처 중 하나로 청구인의 원청이 확정되었고, 원청은 매입세액불공제로 고지된 부가가치세를 완납한 것으로 보아 실제 거래 없이 거짓세금계산서를 수취했음을 인정한 것으로 볼 수 있는데, 청구인은 당해 과세기간 동안 해당 업체(원청)와의 거래가 전체 매출의 94.9%이고, 쟁점거래처와의 거래가 전체 매입의 95.4%를 차지하는바, 청구인과 쟁점거래처 간의 거래를 정상 거래로 보기 어렵다. (2)청구인은 용역의 대가로 지급한 금액의 일부를 청구인의 배우자(C) 개인 계좌로 돌려받은바, 신용 문제로 금융 거래 등이 제한되는 근로자 2인의 급여를 현금으로 지급하였다는 청구인의 주장과 청구인이 증빙자료로 제출한 객관성이 결여된 현금 인건비 수령 확인서는 정상 거래의 근거로 볼 수 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 청구인이 수취한 세금계산서를 가공세금계산서로 보아 부인한 처분의 적정 여부 나. 관련 법률 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인은 2014.1.12.부터 2024.9.30.까지 A(주업종 : 금속구조물 설치공사)를 운영하였던 사업자이고, 쟁점거래처는 2018.9.10.부터 2019.7.20.까지 인력도급업을 영위하였던 법인사업자이다. (2)쟁점세금계산서 내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 쟁점세금계산서 내역 OOO (3) 조사청은 2019.8.19.부터 2019.11.18.까지 쟁점거래처에 대한 부가가치세 범칙조사를 실시하여, 쟁점거래처가 거짓 세금계산서를 교부한 것으로 판단하고, 쟁점거래처의 대표자 D 등 3명 고발하면서, 아래 <표2>와 같이 쟁점거래처가 발행한 매출세금계산서 중 일부를 가공거래로 확정하여 처분청에 통보하였다. <표2> 조사청이 통보한 쟁점거래처의 거짓세금계산서 수수 내역 OOO (가) 조사청은 쟁점거래처가 대부분의 매출처로부터 세금계산서 상의 공급대가와 동일한 금액을 입금받았으나, 입금받은 후에는 해당 금액을 즉시 현금으로 출금하는 형태와 근로자로 추정되는 내ㆍ외국인에게 송금한 형태가 혼재해 있어, 실거래와 가공의 거래 모두 있는 것으로 판단하였다. (나) 조사청은 아래 <표3>과 같이 쟁점거래처가 2019년 제1기 과세기간에 청구인과 원청에 발급한 세금계산서에 대해 해당 거래를 가공거래로 확정하였다. <표3> 청구인과 원청에 대한 조사청 조사 내용 OOO (다)조사청이 고발한 쟁점거래처의 대표 등에 대한 1심 판결OOO에서 쟁점거래처와 청구인 간의 거래에 대한 부분은 아래 <그림1>과 같이 무죄로 판단되었다. <그림1> 판결문 중 청구인 관련 부분 OOO (라)쟁점거래처는 조사청의 조사가 개시되고 11일 후인 2019.8.30.에 폐업일을 2019.7.20.로 소급하여 임의로 신고 폐업하였고, 2019년 제1기 부가가치세를 납부하지 않았으며, 해당 미납세액은 현재 소멸시효가 완성된 것으로 확인된다. (4)처분청이 경정한 청구인의 2019년 제1기 부가가치세 내역은 아래 <표4>와 같다. <표4> 부가가치세 경정ㆍ고지 내역 OOO (5) 청구인은 원청과 C OOO 대보수 설치 공사 및 OOO 판넬 공사에 관한 도급계약을 체결하고 공사를 진행하였고, 쟁점거래처로부터 2019년 1월부터 6월까지 실제로 인력공급을 공급받았다고 주장하면서, 원청이 C에 제출한 안전작업허가서, 청구인과 원청 간의 도급계약서, 견적서, 공사현장 사진, 월별 거래명세서 등을 제출하였다. (가) 청구인이 제출한 원청과 청구인 간의 도급계약서 일부와 원청이 해당 공사와 관련하여 C에게 제출하였던 안전작업허가서는 아래 <그림2>와 같다. <그림2> 안전작업허가서 및 공사 도급 계약서 OOO (나) 청구인이 제출한 청구인과 쟁점거래처 간의 인력공급 관련 도급계약서는 <그림3>과 같다. <그림3> 청구인과 쟁점거래처 간 도급계약서 OOO (다)청구인이 제출한 2019년 1월부터 6월까지 거래명세서에 따르면, 2019.1.1.부터 2019.6.29.까지 근무자들의 근무시간이 아래 <그림4>와 같이 기재되어 있고, 근무자별 근무시간과 시급에 근거한 월별 청구금액이 산출되어 있으며, 월별 청구금액은 세금계산서 상의 공급금액과 같다. <그림4> 청구인이 제출한 거래명세서 일부(2019년 1월분 첫 페이지) OOO (라)청구인은 아래 <표5>와 같이 부가가치세를 포함한 월별 청구금액의 거래내역 상세 명세(예금거래 실적 증명서)를 제출하였으며, 매월 지급된 금액은 월별 거래명세서 및 세금계산서 상의 합계 금액과 같다. <표5> 청구인이 제출한 거래내역 OOO (6) 처분청에서 제출한 청구인의 2019년 제1기 매출ㆍ매입내역은 <표6>과 같으며, 처분청은 해당 기간 청구인의 주된 매출ㆍ매입처인 원청과 쟁점거래처가 가공세금계산서를 주고받은 점에 비추어 청구인과 쟁점거래처 간의 거래도 정상 거래로 보기 어렵다는 의견이다. <표6> 청구인의 2019년 제1기 매출ㆍ매입내역 OOO (가) 원청은 조사청의 조사결과에 따라 쟁점거래처가 원청에게 발행한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세관청이 경정ㆍ고지한 2019년 제1기 부가가치세 OOO원을 모두 납부하였다. (나) 청구인은 해당 C 공사 건이 당해 과세기간의 주된 공사였으므로 전체 매출의 대부분을 차지하는 것은 당연하며, 계약의 세부조건에 따라 원ㆍ부자재, 장구류, 장비비 등은 모두 원청에서 부담하였으므로 인력공급에 대한 매입이 주된 부분을 구성하는 것 또한 당연하다고 항변하였다. (다) 청구인은 쟁점세금계산서의 실거래를 부인하는 경우 청구인의 매입 내역은 아래 <표7>과 같이 전체 매출의 5.6%에 해당하는 기타 경비만 존재하여 부가율이 94.4%에 이르는데, 건설업 평균 부가율이 30∼40%임을 고려하면 비정상적이라고 주장하였다. <표7> 청구인의 부가가치세 신고 및 경정 내역의 부가율 OOO (라) 청구인이 처분청에 제출한 근로소득 및 일용근로소득 지급내역에 따르면, 청구인은 2019년 상반기에 근로소득 및 일용근로소득으로 아래 <표8>과 같이 총 OOO원을 지급하였으며, 청구인은 인건비 도급으로 공사하는 업체가 OOO원의 일용근로소득 지급만으로 OOO원이 넘는 공사를 진행한다는 것은 불가능하고, 외부에서 인력을 충원하였어야 가능한 공사라고 주장하였다. <표8> 청구인의 근로소득ㆍ일용근로소득 지급 내역 OOO (7) 2019.1.15.부터 2019.8.2.까지 청구인의 배우자 계좌의 거래내역을 보면 쟁점거래처가 청구인의 배우자에게 8차례 입금한 내역과 청구인의 배우자가 33차례 출금한 내역이 확인되며, 해당 계좌의 입출금 내역을 함께 정리하면 아래 <표9>와 같다. <표9> 청구인의 배우자 계좌 입출금 내역 OOO (가) 이에 대해 청구인은 직접 금융 거래를 할 수 없는 기술자들에게 현장에서 현금 등으로 직접 지급하였던 금액이라고 주장하면서, 아래 <그림5>와 같이 기술자 2명의 자필 확인서를 제출하였다. <그림5> 청구인이 제출한 기술자 2명의 자필 확인서 OOO (나) 자필확인서를 작성한 E과 F는 청구인이 제출한 월별 거래명세서의 근무자 명단에는 포함되어 있지 아니하다. (8) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점거래처와의 거래가 정상거래에 해당한다고 주장하나, 청구인은 쟁점거래처에게 대금을 지급한 후 배우자의 계좌로 일부 금액을 되돌려 받은 것으로 확인된 점, 청구인은 배우자 계좌로 돌려받은 금액을 일부 근로자에게 지급하였다고 주장하며 해당 근로자의 사실확인서를 제출하였으나, 이들은 월별 거래명세서의 근무자 명단에 포함되어 있지 아니하는 점, 청구인이 돌려받지 아니한 금액 부분에 대하여도, 도급계약서상 대금 지급 약정일(10일)과 실제 지급일(15일)이 상이한 등 청구인이 제출한 자료의 진위 여부가 불분명하고, 금액을 기준으로 계약을 구분할 근거도 없으며, 제출된 자료만으로는 쟁점거래처로부터 실제 인력을 공급받았는지 여부가 불분명한 점, 쟁점거래처 등에 대한 형사판결은 법원에 제출된 증거만으로는 세금계산서가 허위임을 인정하기에는 부족하다는 의미이고, 형사소송 절차는 행정처분 절차보다 엄격한 범죄사실 증명이 요구되므로 비록 무죄 취지의 판결이 있다 하더라도 그것이 바로 곧 실지거래가 입증되는 것으로 볼 수는 없는 점 등에 비추어, 쟁점거래처와 실지거래를 하였다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법률 (1) 부가가치세법(2017.12.19. 법률 제15223호로 개정된 것) 제11조(용역의 공급) ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다. 1. 역무를 제공하는 것 2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것 ② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다. 1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭 2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호 3. 공급가액과 부가가치세액 4. 작성 연월일 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 제57조(결정과 경정) ① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 "납세지 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다. 1. 예정신고 또는 확정신고를 하지 아니한 경우 2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우 3. 확정신고를 할 때 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표에 기재사항의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우 4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 부가가치세를 포탈(逋脫)할 우려가 있는 경우 ② 납세지 관할 세무서장등은 제1항에 따라 각 예정신고기간 및 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료를 근거로 하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다. 1. 과세표준을 계산할 때 필요한 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료가 없거나 그 중요한 부분이 갖추어지지 아니한 경우 2. 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료의 내용이 시설규모, 종업원 수와 원자재ㆍ상품ㆍ제품 또는 각종 요금의 시가에 비추어 거짓임이 명백한 경우 3. 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료의 내용이 원자재 사용량, 동력(動力) 사용량이나 그 밖의 조업 상황에 비추어 거짓임이 명백한 경우 제60조(가산세) ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우 : 그 세금계산서등에 적힌 금액의 3퍼센트 5. 재화 또는 용역을 공급하고 세금계산서등의 공급가액을 과다하게 기재한 경우 : 실제보다 과다하게 기재한 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트 6. 재화 또는 용역을 공급받고 제5호가 적용되는 세금계산서등을 발급받은 경우 : 실제보다 과다하게 기재된 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트 (2) 국세기본법(2018.12.31. 법률 제16097호로 개정된 것) 제26조의2(국세 부과의 제척기간) ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다. 1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간[역외거래{「국제조세조정에 관한 법률」 제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하 "국제거래"라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다}에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 15년간]. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간(역외거래에서 발생한 부정행위로 법인세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받아 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세의 경우에는 15년간)으로 한다. 1의2. 납세자가 부정행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10년간 가. 「소득세법」 제81조 제3항 제4호 나. 「법인세법」 제75조의8 제1항 제4호 다. 「부가가치세법」 제60조 제2항 제2호ㆍ제3항 및 제4항 2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간 3. 제1호ㆍ제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간