쟁점금액은 학교법인인 청구법인이 그 소속 교원들에게 지급한 학생 교육에 대한 대가로서,「지방세특례제한법」제41조 제3항에 따른 주민세 면제 대상이라 할 것인바, 처분청이 이와 다른 취지에서 이 건 주민세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨

이유 1. 처분개요 가. 처분청은 청구법인이 2018년 9월부터 2023년 7월까지 AAA대학교 의과대학 부속병원(이하 “AAA대학병원”이라 한다) 소속 전임교원들(의과대학 학생을 지도하면서 진료를 겸임하는 교수, 이하 “이 건 전임교원들”이라 한다)에게 본봉, 연구비, 가족수당, 정근수당, 급양비 등으로 지급한 급여 중 아래 <표1>과 같이 산정한 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)에 대해 주민세 종업원분(이하 “주민세”라 한다)을 신고ㆍ납부하지 않았다고 보아 2023.10.4., 2023.11.6. 청구법인에게 쟁점금액을 과세표준으로 하여 산출한 주민세 OOO원(가산세 포함, 이하 “이 건 주민세”라 한다)을 부과ㆍ고지하였다. <표1> 이 건 전임교원들의 연인원 및 쟁점금액 지급 현황 (단위 : 천원, 명) ○○○ 나. 청구법인은 이에 불복하여 2023.12.22. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) AAA대학병원은 이 건 전임교원들의 진료행위에 대한 대가를 진료수당, 보직수당 등(이하 “진료수당 등”이라 한다)으로 직접 지급하고, 청구법인은 이 건 전임교원들의 연구 및 교육에 대한 대가로 본봉 및 연구비 등을 지급하고 있다. (2) 청구법인은 이 건 전임교원들에게 급여 등을 지급하면서 본봉 및 연구비 등의 25%(쟁점금액의 일부)에 대해서는 주민세를 납부하였으나 나머지 75%에 대해서는「지방세특례제한법」제41조 제3항에 따른 과세 면제 대상으로 보아 주민세를 납부하지 않았다. (3) 쟁점금액은 학교법인의 고유목적사업을 위한 준비금으로, 청구법인은 이를 이용하여 이 건 전임교원들에게 의과대학 학생들의 교육 및 연구 활동 등에 따른 대가를 지급한 것이고, 이 건 전임교원들의 주된 업무는 교육 및 연구활동이므로 쟁점금액은「지방세특례제한법」제41조 제3항에 따른 주민세 면제 대상이다. (4) 처분청은 AAA대학병원이 이 건 전임교원들에게 수익사업(의료업)에 종사(진료 등)하도록 한 후 청구법인으로 하여금 그 대가인 쟁점금액을 지급하게 한 것이므로, 청구법인이 이 건 전임교원들에게 지급한 쟁점금액은 AAA대학병원이 그 임직원(전공의, 간호사, 행정직원 등)에게 지급한 급여 등과 다를 것이 없으므로, 쟁점금액을 주민세 과세 대상으로 보아야 한다는 의견이나 이 건 전임교원들의 주된 업무는 AAA대학교 의과대학 학생들을 지도하면서 의료 연구 활동을 하는 것이므로 그에 대한 대가인 쟁점금액은 AAA대학교 소속 다른 단과대학 교수들의 급여와 사실상 동일한바, 주민세 면제대상이다. (5) 의과대학을 두고 있는 대학의 평가에 있어 부속병원에 대한 평가는 매우 중요한 비중을 차지하고 있고, 부속병원 없이는 의학교육에 필수적인 임상 연구 및 실습이 이루어질 수 없으므로 부속병원은 의과대학의 설립 및 유지를 위한 필수적인 요건이다(서울고등법원 2009.12.8. 선고 2009누12442 판결, 대법원 2010.4.15.자 2010두573 판결). (6) 또한,「고등교육법」은 의학 교육과정을 운영하는 학교로 하여금 평가인증기구로부터 평가ㆍ인증을 받도록 규정하고 있고, 평가인증기준에서는 임상실습을 교육과정에 포함하도록 하고 있으며, 의과대학이 정상적으로 의학교육을 하기 위해서는 부속병원을 설치 및 운영하여 학생들에게 충분한 임상 실습 기회를 제공하여야 하므로 의과대학의 부속병원은 수익사업을 위한 시설이 아니라 교육사업을 위한 시설로서 부속병원 자체가 교육사업을 위하여 설치 및 운영되고 있다는 점을 고려하면, 교육 및 연구 활동과 함께 부속병원에서의 진료도 병행하는 이 건 전임교원들의 주된 업무는 교육이라고 보는 것이 타당하다. (7) 한편,「지방세법」제74조 제8호에서 종업원을 사업소에 근무하거나 사업소로부터 급여를 받는 임직원, 그 밖의 종사자로서 대통령령으로 정하는 사람을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제78조의3 제1항에서 대통령령으로 정하는 사람이란 급여의 지급 여부와 상관 없이 사업주 또는 그 위임을 받은 자와의 계약에 따라 해당 사업에 종사하는 사람으로 규정하고 있다. (8) 종업원의 급여가 어느 사업소의 주민세 과세표준에 해당하는지 여부는 근로계약의 내용(근무장소, 근로계약의 상대방, 급여의 지급 주체)에 따라 판단하여야 하는데, 이 건 전임교원들은 AAA대학병원이 채용하는 것이 아니라 청구법인이 고용인의 지위에서 임용계약을 체결하고, AAA대학교 의과대학의 교원(조교수, 부교수, 정교수 등)으로 임용하는 것으로, 그 근무처도 AAA대학교 의과대학이 되는 것이다. (9) 또한, 청구법인이 쟁점금액의 지급자이므로 이 건 전임교원들은 AAA대학병원의 임직원이 아니라 청구법인의 교원에 해당하고, 청구법인의 업무 지시에 따라 AAA대학병원에서 근무(일부)하는 것이며, AAA대학병원으로부터 근로(진료 등)의 대가로 받은 진료수당 등에 대하여는 이미 주민세를 납부하고 있다. (10) 그럼에도 불구하고 처분청은 AAA대학교와 별개의 사업소인 AAA대학병원에서 사실상 이 건 전임교원들에게 진료수당 등뿐만 아니라 본봉 등도 지급하였다고 보아 이 건 주민세를 부과하였으므로, 이는 사업소 단위 과세원칙에 반한다. (11) 실제로 이 건 전임교원들은 전체 근무시간의 약 11% 정도만 환자 진료 및 수술 등에 사용하고, 나머지 89%는 AAA대학교 의과대학생들의 교육 및 의료 연구 활동으로 사용하고 있으며, 넓게 보아서는 환자 진료 및 수술 행위도 교수요원의 임상 경험 등의 축척을 위한 것으로 사실상의 연구 활동에 해당하고, 의과대학 부속병원은 그 자체로 의과대학 학생들의 교육 장소이므로 이 건 전임교원들은 그 근무시간 전부를 교육 및 연구활동에 사용한다고 보는 것이 타당하다(서울고등법원 2009.12.8. 선고 2009누12442 판결, 대법원 2010.4.15.자 2010두573 판결). (12) 이 건 전임교원들은 청구법인의 교원(임직원)의 지위에서 AAA대학병원에서 진료 등을 겸임하는 것이고, 의과대학의 교수가 의과대학의 협력병원에서 진료를 한다고 하더라도 이를 교원이 아닌 의사로서 근로를 제공한 것으로 볼 수는 없으므로(서울중앙지방법원 2023.9.14. 선고 2022나19183 판결), 이 건 전임교원들이 AAA대학병원에서 진료행위 등을 한다고 하여 그들이 AAA대학병원의 임직원의 지위를 갖는다고 볼 수 없다. (13) 처분청은 청구법인이 이 건 전임교원들에게 지급한 본봉 등의 재원이 AAA대학병원의 운영수익금이므로 진료수당 뿐만 아니라 쟁점금액도 청구법인이 납부해야 할 주민세 과세표준에 포함되어야 한다는 의견이나 급여의 재원이 어디에서 발생하였는지는 주민세의 과세와는 관계가 없고, 급여의 성격이 무엇인지에 따라 주민세 과세 여부를 판단하여야 할 것인데, 대법원은 급여 지급의 재원이 되는 수익의 출처만을 따져 이를 주된 업무라고 하게 되면 수익사업에서 재원이 마련되고 비과세 대상 사업에서는 수익이 발생하지 않을 것이어서 종업원이 비과세 대상 사업과 수익사업을 겸직하는 경우 주민세 과세를 피하는 것이 불가능하게 된다고 판결하였다(대법원 2010.4.15.자 2010두573 판결). (14) 실제로 학교법인들은 대부분 연구와 교육에 사용할 재원을 마련할 목적으로 수익사업(부동산 임대업 등)을 영위하고 있는데, 의과대학 부속병원의 수익금으로 의과대학 교수들에게 급여를 지급하였다고 하여 이에 대해 주민세를 부과한다고 하면, 부동산 임대업 등을 통해 마련한 재원으로 교수들에게 지급한 급여도 주민세 과세대상에 포함하여야 할 것이고, 만일 의과대학 부속병원의 수익금으로 다른 단과대학 교수들의 급여를 일부 충당하였다면 그에 대한 부분도 주민세 과세대상에 포함하여야 한다는 잘못된 결론에 이를 수 있다. (15) 청구법인은 AAA대학교 교원인사규정에 따라 이 건 전임교원들에게 본봉 외에 연구수당과 특별연구비 등을 지급하고 있으나 그 본봉 및 연구수당 등의 총액은 정교수, 24호봉 기준 월 OOO원 정도로써, 다른 단과대학의 같은 직위(동일 호봉)에 있는 교수와 사실상 동일하므로 청구법인이 이 건 전임교원들에게 지급한 쟁점금액(본봉 등)은 다른 단과대학 교수들에게 지급한 급여와 마찬가지로 주민세 면제 대상이라고 보는 것이 타당하다. (16) 따라서, 쟁점금액은 청구법인이 이 건 전임교원들에게 학교의 고유업무(교육 및 연구 활동)에 종사한 대가로 지급한 보수로서「지방세특례제한법」제41조 제3항에 따른 주민세 면제 대상이라 할 것임에도 이 건 전임교원들이 AAA대학병원에 근무하면서 대부분의 시간을 진료 활동 등에 사용하고 있고, 쟁점금액의 재원이 AAA대학병원을 운영하여 발생한 수익이라는 이유로 처분청이 청구법인에게 이 건 주민세를 부과한 처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 (1) 이 건 전임교원들은 AAA대학교병원 내에 연구실이 있고, 채용 당시 계약서 등에서 주된 근무 장소가 부속병원으로 정해져 있는바, 이 건 전임교원들은 AAA대학병원의 임직원에 해당한다. (2) 의과대학의 부속병원에 대하여는 2014.12.31.까지「지방세특례제한법」제38조 제2항에 따라 주민세를 면제하다가 그 후 해당 조항은 일몰되었고, 2014.12.31. 법률 제12955호로「지방세특례제한법」제41조 제7항을 개정하여 의과대학 부속병원이 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대하여 취득세와 재산세의 일부만 감면하는 것으로 함에 따라 2015.1.1.부터는 의과대학 부속병원은 그것이 학교법인의 수익사업인지 여부를 불문하고 주민세(종업원분, 사업소분) 과세대상이 되었다. (3) 2014.12.31. 개정된「지방세특례제한법」제41조 제7항의 개정 이유서 등을 보면, 그 개정이유를 감면 폭이 다른 학교법인 부속병원, 사회복지법인이 운영하는 의료기관, 공공의료기관, 지방의료원,「의료법」에 따른 의료법인 및 종교단체가 운영하는 의료기관에 대한 취득세 및 재산세 감면특례를 단계적으로 축소하고, 나머지 세목에 대한 감면 특례는 종료하기 위한 것이라고 기재되어 있고, 행정안전부가 발행한 ‘2015년 시행 지방세특례제한법 등 주요 내용’을 보면 주민세는 주민부담 원칙에 따라 감면 세목에서 제외한다고 기재되어 있다. (4) 이러한 개정 내용에 따라 임상(전임)교원 급여 중 교육과 관련된 부분에 대한 주민세(종업원분) 과세 여부를 묻는 처분청의 질의에 대해 행정안전부는 2023.3.14. “2013년에는 의과대학 부속병원을 교육기관인 학교와 분리하고「지방세특례제한법」제41조 제7항을 신설하는 등 그 감면 규정을 별도의 조문에서 규정하고 있는데, 의과대학 부속병원에 대하여는 주민세(종업원분)에 대한 감면을 규정하고 있지 않다”고 답변하였다. (5) 2014.12.31. 법률 제12955호로「지방세특례제한법」제2조 제1항 제2호의 단서(의과대학의 부속병원이 경영하는 의료업은 수익사업에서 제외)를 삭제함에 따라 의과대학의 부속병원이 경영하는 의료업은 수익사업에 해당하게 되었고, 같은 법 제41조 제3항 단서는 수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 재산분 및 종업원분은 면제하지 아니한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제18조 제4항 본문에서 수익사업에 제공되고 있는 종업원분 주민세는 면제대상이 아니라고 규정하고 있다. (6) 특정 종업원이 주민세 면제대상 사업인 교육사업과 수익사업인 의료업에 겸직하는 경우 주된 직무가 수익사업인지 여부로 주민세 면제 여부를 결정하여야 할 것인바, 해당 종업원이 학교가 아닌 수익사업과 관련하여 주된 직무를 수행하고 있는 경우에는 해당 종업원의 직무와 관계되는 주민세 종업원분은 면제되지 않는다고 보는 것이 타당하다. (7) 이 건 전임교원들이 근무시간 내에 AAA대학교 의과대학 학생들을 지도하거나 의학 관련 연구 활동을 한다고 하더라도 이는 전체 근무시간 중 일부에 불과하고, 그 주된 업무는 AAA대학병원에서 환자를 진료하거나 수련의를 지휘 감독하면서 AAA대학교병원의 주요 의사결정에 참여하는 것이라 할 것인바, 이 건 전임교원들은 수익사업인 의료업을 주된 업무로 수행하고 있다고 할 것이다. (8) 임상교원인 이 건 전임교원들의 ‘교원임용계약서 제1조에서 그 소속을 의학전문대학원 의학과(AAA대학교병원 내과 겸임)로 기재하고 있고, 제3조에서 근무지를 AAA대학교 OOO캠퍼스로 하되, 겸임 근무 부서를 주된 근무지로 한다고 기재되어 있는 것으로 보아, 이 건 전임교원들의 주된 업무는 AAA대학병원에서 환자들을 진료하는 것이다. (9) 이 건 전임교원들의 주된 업무는 AAA대학교 의과대학생에 대한 교육이라기 보다는 AAA대학병원에서 진료 및 수술을 하거나 AAA대학병원의 직원인 전공의(인턴, 레지던트)에 대한 교육(수련)이라 할 것이므로 쟁점금액이 의과대학 학생들에 대한 교육 대가에 해당한다는 청구주장은 설득력이 없다. (10) 청구법인은 이 건 전임교원들의 경우 근무시간의 90% 이상을 교육, 연구활동에 사용하고 나머지 10% 정도만 환자 진료 등에 사용한다고 주장하며 AAA대학교 의과대학의 커리큘럼 등을 제출하였으나 이는 외래 진료와 참관을 허용하지 않는 수술시간만 계산한 것으로 학생들의 참관이 이루어지는 수술 등을 교육시간으로 보아 의료활동시간에서 제외한 것이다. (11) 대법원은 학교법인이 임상교원에 대하여 한 진료 정지 처분 무효 청구 소송에서, 원고(임상교원)는 피고 산하 의과대학 교수이자 대학병원의 산부인과 전문의로서 교수의 지위와 임상의사의 지위를 겸하고 있지만 주된 업무는 의사로서의 진료이고, 대학에서 강의를 맡은 것은 학기당 10시간도 채 되지 않는 정도였으며, 진료정지처분에도 불구하고 임상교원으로서 지위를 유지하여 강의나 연구활동을 할 수는 있었지만 종전 직무 중 가장 핵심적인 부분인 진료를 하지 못하게 되어, 그 본질적 근로 내용인 진료를 제한받고 있다고 판단한 원심의 판단을 수긍함으로써, 의과대학 부속병원에서 교수로서의 지위 및 의사로서의 지위를 겸하는 임상교원의 경우 주된 업무이자 그 직무 중 가장 핵심적인 부분은 ‘의사로서의 진료’이며, 특히 임상교원의 연구 활동 또한 의사로서의 진료를 기초로 한 것이라고 판단하였다(대법원 2013.5.9. 선고 2012다64833 판결). (12) AAA대학병원은 이 건 전임교원들에게 진료 및 수술업무 등을 수행하게 하고, 그 대가로 진료 수당 등을 지급하고 있을 뿐만 아니라 급여 등(쟁점금액)은 청구법인을 통해 간접적으로 지급하고 있으므로 이 건 전임교원들의 입장에서는 AAA대학병원에 근로(진료행위 등)를 제공하고 그 대가로 AAA대학교와 AAA대학병원 양쪽으로부터 일정한 금원을 받고있는 것이므로 이 건 전임교원들이 받은 진료수당 등과 급여 등은 그 명칭이나 형식상 지급자에 관계없이 AAA대학병원이 의료업(수익사업)을 영위하면서 그 임직원에게 지급한 급여 등이라 할 것으로, 그 전부를「지방세법」제74조 제7호에서 규정하고 있는 종업원의 급여총액으로 보아 주민세 과세대상으로 보는 것이 실질과세의 원칙에 부합한다. (13) 실제로 AAA대학병원은 이 건 전임교원들의 진료시간을 세션별로 관리하고 있는 것으로 보이는데, 산술적으로 그 진료시간이 AAA대학교 의과대학의 학년별 교육 시간표에서 확인할 수 있는 강의 시간을 초과하고 있는 것으로 보아 이 건 전임교원들은 AAA대학교 의과대학 학생들의 교육 및 연구활동 보다는 환자에 대한 수술ㆍ진료, 전공의 지도에 더 많은 근로 시간을 사용하고 있다고 할 것이다. (14) 청구법인은 이 건 전임교원들의 임상경험이 의과대학 학생들의 교육에 필수적이므로 진료행위도 의과대학생의 교육을 위한 임상경험 축적 및 연구 행위에 해당한다고 주장하나 의과대학의 부속병원에서 이루어지는 의료업무는 사실상 수익사업일 뿐 의료 교육과는 직접적인 관련이 없다고 할 것이고, 청구법인의 주장대로 의과대학 부속병원의 모든 의료행위를 의과대학생의 교육 내지 연구활동으로 보는 경우 학교의 고유업무가 지나치게 확대되어 조세법률주의의 취지에 반한다. (15) 또한, 이 건 전임교원들의 직함, 연구실 등의 사용 현황을 보면, 이 건 전임교원들의 주된 업무는 의과대학생에 대한 임상 교육보다는 AAA대학병원에서 진료 및 수술 또는 AAA대학병원의 직원인 전공의(인턴, 레지던트)에 수련 교육이라 할 것이므로 쟁점금액이 의과대학학생들의 교육 대가에 해당한다는 청구주장은 설득력이 없다. (16) 청구법인은 이 건 전임교원들을 AAA대학교 의과대학의 교원으로 직접 임용하였으므로 AAA대학교 소속 다른 교수들과 비교하여 근로조건이나 급여가 다를 것이 없다고 주장하나 이 건 전임교원들의 경우 AAA대학병원의 진료과장 등의 보직을 부여받아 AAA대학병원에 있는 연구실에서 해당 진료과 소속의 의료진을 관리하며 환자 진료, 수술 등을 하고 있으며 AAA대학병원의 경영에도 깊숙히 관여하고 있음을 볼 때, AAA대학병원의 임직원에 해당한다고 보는 것이 그 실질에 부합하고, 쟁점금액은 이들이 AAA대학병원에 근로를 제공하고 받은 보수로서「지방세법」제74조 제8호에서 규정하고 있는 종업원의 급여로서 주민세 과세대상이라 할 것이므로 처분청이 청구법인에게 이 건 주민세를 부과한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 이 건 전임교원들을 대학병원의 임직원으로 보아 그 급여 등인 쟁점금액에 대해 주민세를 부과한 처분의 당부 나. 관련 법령 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 1964.1.18. 설립된 학교법인으로 AAA대학교와 AAA대학교 부속병원(OOO, OOO)을 운영하고 있다. (나) 청구법인은 AAA대학병원이 이 건 전임교원들에게 지급한 진료수당 등에 대하여는 그 전부를 주민세 과세표준으로 하여 주민세를 납부하였으나 쟁점금액에 대하여는 주민세를 납부하지 않았다. (다) 서울특별시장은 2023.9.1.부터 2023.9.11.까지 청구법인에 대한 세무조사를 하여, 이 건 전임교원들이 AAA대학병원에 주로 근무하고 AAA대학병원의 수익으로 이 건 전임교원들에게 쟁점금액을 지급하고 있으므로 이는 학교법인의 수익사업에 해당함에도, 쟁점금액에 대한 주민세를 납부하지 않았다고 보아 2023.10.4., 2023.11.6. 청구법인에게 이 건 주민세를 부과하였다. (라) 의과대학 부속병원에 대한 주민세 관련 개정 연혁을 보면, 구「지방세특례제한법」제2조 제1항 제2호에서 수익사업을「법인세법」제3조 제3항에 따른 수익사업을 말한다고 규정하면서 그 단서에서「고등교육법」제4조에 따라 설립된 의과대학 등의 부속병원이 경영하는 의료업은 수익사업으로 보지 아니한다고 규정하여 의과대학 부속병원에 대해 주민세를 면제하다가 2014.12.31. 법률 제12955호로「지방세특례제한법」제2조 제1항 제2호를 개정하여 그 단서를 삭제함에 따라, 2015.1.1.부터 의과대학의 부속병원이 경영하는 의료업은 주민세 과세 대상에 해당하게 되었다. (마) 처분청은 AAA대학교 의과대학 교수 중 해부학, 생리학, 병리학 등 환자의 진료나 수술과 관련이 없는 교수들에게 지급한 급여에 대하여는 다른 단과대학의 교수들과 동일하게 주민세를 면제하였다. (바) 청구법인이 제출한 급여지급 내역(2023년 3월～2024년 2월)을 보면, 청구법인은 이 건 전임교원들(141명, OOO 소재 부속병원 포함)에게 본봉 등 OOO원, 진료수당 등 OOO원 합계 OOO원(1인당 평균 OOO원)을 지급하였고, 청구법인은 진료수당 등 약 OOO원과 본봉 등의 25%에 해당하는 약 OOO원에 대해서는 주민세를 납부하였으나, 나머지 약 OOO원(서울특별시 소재 부속병원만 약 OOO원)에 대해서는 주민세를 납부하지 않았다. (사) 또한, 청구법인이 이 건 전임교원들에게 지급한 본봉과 연구비 등의 총액은 월 OOO원(정교수급, 24호봉 기준) 정도로 진료수당 등을 제외하면, AAA대학교 다른 단과대학의 같은 직위에 있는 교수와 큰 차이가 없는 것으로 나타난다. (아) 청구법인이 제출한 이 건 전임교원들의 연차별 근무 현황(2020년 5월)은 아래 <표2>와 같다. <표2> 이 건 전임교원들의 연차별 근무 현황 (단위 : 명, 시간) ○○○ (자) 청구법인은 이 건 전임교원들의 경우 진료와 강의에 소요되는 시간을 제외한 나머지 시간에는 강의 준비, 임상실험 등을 하거나 논문 저술 또는 학회에 참석하는 등의 활동을 한다고 하면서 이는 강의와 같은 연구 활동에 해당하므로, 단순히 강의 시간의 많고 적음으로 이 건 전임교원들의 주된 직무를 판단하는 것은 타당하지 않다고 주장한다. (2)「지방세특례제한법」(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것, 이하 같다) 제2조 제1항 제2호에서 “수익사업”이란「법인세법」제4조 제3항 및 같은 법 시행령 제3조 제1항에서「고등교육법」등에 따른 학교가 교육과정에 따라 제공하는 교육서비스업에 따른 수입을 제외한 나머지 사업으로 수입이 발생하는 경우 그 사업을 말한다고 규정하고 있다. 또한,「지방세특례제한법」제41조 제3항에서 학교 등이 그 사업에 직접 사용하기 위한 면허에 대한 등록면허세와 학교 등에 대한 주민세 사업소분 및 종업원분을 각각 2024.12.31.까지 면제하되, 수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 사업소분 및 종업원분은 면제하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제18조 제4항에서 “수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 종업원분”이란 수익사업에 제공되고 있는 종업원을 기준으로 부과하는 주민세 종업원분으로, 면제대상 사업과 수익사업에 종업원이 겸직하는 경우에는 주된 직무에 따른다고 규정하고 있다. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 이 건에 대해 살피건대, 처분청은 쟁점금액이 이 건 전임교원들의 수익사업인 의료업에 종사한 대가로 받은 보수로서 주민세 과세대상이라는 의견이나, AAA대학병원이 이 건 전임교원들에게 직접 지급한 진료수당 등은 이들이 환자 등에게 제공한 의료서비스의 대가로서, AAA대학병원은 진료수당 등을 과세표준으로 하여 주민세를 신고ㆍ납부하고 있는 점, 청구법인은 이 건 전임교원들의 임상 경험 등을 고려하여 AAA대학교 의과대학의 정교수, 부교수 등으로 임용하였는바, 청구법인이 이들에게 지급한 쟁점금액은 청구법인이 AAA대학교 소속 다른 단과대학 교원들에게 지급하는 급여와 본질적으로 다르지 않다고 보이는 점, 의과대학 소속 교수들이 부속병원 등에서 환자를 진료하고 수술을 하면서 의과대학 학생들에게 이를 참관하도록 하거나, 각종 수련을 하도록 하는 것은 의과대학 교육과정의 하나로 볼 수 있는 점, 법원은 주민세를 부과함에 있어서, 종업원들에 대한 급여의 재원이 되는 수익이 어디에서 발생한 것인지에 따라 주민세 부과 여부를 결정하는 것은 타당하지 않다고 판결한 점(서울고등법원 2009.12.8. 선고 2009누12442 판결, 대법원 2010.4.15.자 2010두573 판결, 같은 뜻임), 아울러 이 건 전임교원들은 AAA대학교 의과대학의 교수로서 연구활동을 하면서 AAA대학병원에서 진료 및 수술 등을 하고 있는바, 쟁점금액이 주민세 과세대상에 해당하는지 여부는 그 주된 직무에 따라야 하는데, 청구법인이 이 건 전임교원들의 임용 및 급여 지급의 주체이고, 이 건 전임교원들의 직무상 특수성(임상경험과 연구활동의 불가분성) 등을 고려할 때 이 건 전임교원들의 주된 직무가 수익사업에 해당한다고 볼 수는 없는 점 등에 비추어, 쟁점금액은 학교법인인 청구법인이 그 소속 교원들에게 지급한 학생 교육에 대한 대가로서,「지방세특례제한법」제41조 제3항에 따른 주민세 면제 대상이라 할 것인바, 처분청이 이와 다른 취지에서 이 건 주민세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 지방세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것) 제2조[정의] ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 2. “수익사업”이란「법인세법」제3조 제3항에 따른 수익사업을 말한다. 제41조[학교 및 외국교육기관에 대한 면제] ③ 학교등이 그 사업에 직접 사용하기 위한 면허에 대한 등록면허세와 학교등에 대한 주민세 사업소분(「지방세법」제81조 제1항 제2호에 따라 부과되는 세액으로 한정한다. 이하 이 항에서 같다) 및 종업원분을 각각 2024년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 사업소분 및 종업원분은 면제하지 아니한다. (2) 지방세특례제한법 시행령(2021.12.31. 대통령령 제32292호로 개정된 것) 제18조[학교등 면제대상 사업의 범위 등] ④ 법 제41조 제3항 단서에서 “수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 사업소분 및 종업원분”이란 수익사업에 제공되고 있는 사업소와 종업원을 기준으로 부과하는 주민세 사업소분(「지방세법」제81조 제1항 제2호에 따라 부과되는 세액으로 한정한다)과 종업원분을 말한다. 이 경우 면제대상 사업과 수익사업에 건축물이 겸용되거나 종업원이 겸직하는 경우에는 주된 용도 또는 직무에 따른다. (3) 법인세법 제4조[과세소득의 범위] ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다. 1. 각 사업연도의 소득 ③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다 1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등「통계법」제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것(이하 생략) (4) 법인세법 시행령 제3조[수익사업의 범위] ① 법 제4조 제3항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다. 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 교육시설에서 해당 법률에 따른 교육과정에 따라 제공하는 교육서비스업 나.「초ㆍ중등교육법」및「고등교육법」에 따른 학교