① 양도자산이 감면요건에 해당하는지 여부는 양도시기를 기준으로 판단해야 하는바, 구 조특령§66⑭ 시행일인 14.7.1. 이후 농지의 양도가 이루어진 경우에는 총급여액의 합계액이 37백만원 이상인 과세기간이 있으면 비록 그 기간이 위 규정 시행일 이전의 기간이라고 하더라도 거주자가 경작한 기간에서 제외함이 타당함② 가산세 적용이 배제되어야 한다는 청구주장을 받아들이기 어려움

이유 1.처분개요 가. 청구인은 2004.5.13.부터 보유중이던 경기도 김포시 OOO답 183㎡(이하 “쟁점토지①”이라 한다)와 경기도 김포시 OOO답330㎡(이하 “쟁점토지②”라 하고, 쟁점토지①과 합하여 “쟁점토지”라 한다)를 2024.11.27.와 2025.2.15. 각 양도하고, 각 토지에 대해 8년 자경감면을 적용하여 쟁점토지①의 감면세액을 OOO원, 쟁점토지②의 감면세액을 OOO원으로 하여 2025.1.24. 및 2025.4.11. 양도소득세를 각 신고하였다. 나. 처분청은 2025년 8월~9월 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 청구인이 8년 이상 자경요건을 충족하지 아니한 것으로 보아 2025.11.20. 청구인에게 2024년 귀속 양도소득세 OOO원 및 2025년 귀속 양도소득세 OOO원 합계 OOO원을 경정ㆍ고지하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2026.2.12. 심판청구를 제기하였다. 2.청구인 주장 및 처분청 의견 가.청구인 주장 (1) 청구인은 쟁점토지가 소재하는 경기도 김포시에서 출생하여 초ㆍ중ㆍ고등학교 및 대학교를 졸업하고 소방직 공무원으로 재직하면서 현재까지 김포시에서 생활하고 있으며, 평생 농사를 짓던 선친(1931년~2017년)을 도와 어릴 때부터 집안 농사일을 도맡아 하였는바, 2004.5.13. 쟁점토지를 증여받아 양도일인 2024.11.27.까지 직접 자경하였고 이는 양도소득세 신고 및 처분청의 세무조사 당시 제출한 농지원부 등을 통해 확인되며 이에 대해서는 다툼이 없다. (2) 처분청은 청구인이 쟁점토지를 증여받은 이후 총급여액이 OOO원 이상이었므로 동 과세기간은 거주자 경작기간에서 제외되어야 한다는 사유로, 청구인이 양도소득세 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보았다. 그러나, 구 「조세특례제한법 시행령」 제66조 제14항의 규정(총급여액 OOO원 이상인 과세기간이 있는 경우 경작기간에서 제외한다)은 2014.2.21.에 개정된 것이고, 그 부칙은 개정규정은 2014.7.1.부터 시행하되(부칙 제1조) 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 양도하는 분부터 적용한다(부칙 제2조)고 규정하고 있다. 따라서, 청구인이 쟁점토지를 증여받고 10년 후에 신설된 동 개정규정은 시행시기는 규정하고 있지만 총급여액의 적용 시기에 대하여는 명확한 내용이 없고, 쟁점토지의 양도 전에 발생한 과거의 소득기준을 적용할 경우 무한한 소급과세가 되는 결과로 이어지므로, 총급여액 기준은 개정규정 시행 이후 발생하는 소득분부터 적용하는 것이 타당하고 청구인의 8년 자경 감면 역시 인정되어야 마땅하다. (2) 한편 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 감면을 배제하면서 과소신고ㆍ납부지연가산세를 적용하여 양도소득세를 고지하였다. 그러나, 위에서 서술한 바와 같이, 감면 배제 근거인 2014.2.21. 개정된 구 「조세특례제한법 시행령」 제66조 제14항은 조문과 부칙에서 총급여액 OOO원 기준의 적용 시기에 대해 명확히 규정하지 않았는바, 청구인은 개정규정을 문리적으로 엄격하게 해석하여 성실히 신고의무를 다한 것으로 보아야 한다. 따라서, 청구인은 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 부과하는 가산세 적용 대상에 해당하지 않으므로, 청구인에 대한 양도소득세 가산세 적용은 배제되어야 한다. 나.처분청 의견 (1) 청구인은 쟁점토지에 대한 청구인의 직접 자경 여부가 조사 당시 제출한 농지원부 등을 통해 확인되어 이에 대한 다툼이 없다고 주장하나, 청구인은 쟁점토지 보유기간 동안 총급여액이 OOO원 이상인 과세기간을 제외하면 8년 경작요건을 충족하지 못하였고, 그 외 농업경영체 등록확인서, 농산물 출하ㆍ판매 내역서OOO직불금 수령 내역 등도 제출하지 않았다. 또한, 청구인은 구 「조세특례제한법 시행령」 개정일 이후 2014년부터 쟁점토지 연접 농지를 양도하면서 8년 자경 감면신청을 하지 않은 반면 청구인의 부친 a는 실제 자경을 주장하였는바, 청구인이 쟁점토지를 실제 경작한 자인지도 불분명한 상태이다. (2) 청구인은 구 「조세특례제한법 시행령」 제66조 제14항에 대해 소급 적용을 배제하여 쟁점토지에 대한 자경 감면 요건을 인정해야 한다고 주장하나, 「조세특례제한법법」 제69조의 입법목적은 육농정책의 일환으로 농지의 양도에 따른 조세부담을 경감시켜 주기 위한 것인바, 특히 같은 조 제1항은 외지인의 농지투기를 방지하고 8년 이상 자경한 농민의 조세부담을 덜어주어 농업ㆍ농촌을 활성화하기 위한 것으로, 그 면제 대상자를 육농정책의 변화에 따라 융통성 있게 정할 수 있도록 대통령령에 위임하였다. 또한, 대법원은 구 「조세특례제한법 시행령」 제66조 제14항의 시행일인 2014.7.1.에 토지의 양도라는 과세요건이 아직 완성되지 않은 이상 2014.7.1. 시행 이후 비로소 과세요건이 완성된 토지의 양도에 관하여 해당 조문을 적용하는 것은 법률불소급의 원칙에 위배되지 않는다고 판시(대법원 2021.2.10. 선고 2020두53484 판결)한 바 있다. 따라서, 청구인이 구 「조세특례제한법법 시행령」과 그 부칙을 문리적으로 엄격하게 해석하였다는 주장은 타당하지 않은 것으로서, 납세자에게 유리하다고 하여 조세 감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석할 수는 없다. (3) 청구인은 청구인에 대한 가산세 적용은 제외되어야 한다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서, 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지ㆍ착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으므로 이에 대한 청구주장도 받아들이기 어렵다. 3.심리 및 판단 가. 쟁점 ① 8년 이상 자경농지로서 양도소득세 감면대상에 해당하는지 여부 ② 가산세 적용이 배제되어야 한다는 청구주장의 당부 나.관련 법령 (1) 조세특례제한법(2015.1.28. 법률 제13082호로 개정되기 전의 것) 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2018년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정되기 전의 것) 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다. 1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제15조제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역 2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역 3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역 ④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. 지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. ⑭ 제4항ㆍ제6항ㆍ제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자의 「소득세법」제19조 제2항에 따른 사업소득금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 「소득세법」제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)과 같은 법 제20조제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다. 부칙(2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정된 것) 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제109조의2의 개정규정은 2014년 4월 1일부터 시행하고, 제66조 제14항, 제66조의2 제13항, 제67조 제1항ㆍ제3항ㆍ제4항ㆍ제5항ㆍ제6항 및 제116조의2 제5항ㆍ제6항ㆍ제8항ㆍ제19항ㆍ제20항ㆍ제21항의 개정규정은 2014년 7월 1일부터 시행하며, 제63조 제1항ㆍ제2항ㆍ제3항ㆍ제7항ㆍ제8항ㆍ제10항, 제64조, 제65조, 제100조의2 제4항 및 제100조의6 제2항 제4호의 개정규정은 2015년 1월 1일부터 시행한다. (3) 소득세법 제5조(과세기간) ① 소득세의 과세기간은 1월 1일부터 12월 31일까지 1년으로 한다. 제20조(근로소득) ① 근로소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. 1. 근로를 제공함으로써 받는 봉급ㆍ급료ㆍ보수ㆍ세비ㆍ임금ㆍ상여ㆍ수당과 이와 유사한 성질의 급여 2. 법인의 주주총회ㆍ사원총회 또는 이에 준하는 의결기관의 결의에 따라 상여로 받는 소득 3. 「법인세법」에 따라 상여로 처분된 금액 4. 퇴직함으로써 받는 소득으로서 퇴직소득에 속하지 아니하는 소득 ② 근로소득금액은 제1항 각 호의 소득의 금액의 합계액(비과세소득의 금액은 제외하며, 이하 "총급여액"이라 한다)에서 제47조에 따른 근로소득공제를 적용한 금액으로 한다. 다.사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인은 2014년부터 쟁점토지 및 연접지를 아래 <표1>과 같이 양도하였는바, 청구인은 쟁점토지(농지)에 대해 8년 이상 자경 감면을 적용하고 연접 토지는 동 감면 신청 없이 양도소득세를 신고ㆍ납부하였다. <표1> 쟁점토지 및 연접지 토지 양도 신고내역 (나) 청구인의 부친 a는 위 토지들의 양도와 별개로 <표2>와 같이 2014년 같은 리 소재 토지들을 매도하였는바, a는 해당 토지(농지)에 대해 8년 이상 자경 감면을 적용하여 양도소득세를 신고ㆍ납부하였다. <표2> a의 토지 양도 신고내역 (다) 청구인은 1995년 지방소방사로 임용되어 31년 동안 재직하였는바, 쟁점토지 취득일부터 양도일까지 청구인의 총급여액 합계액이 OOO원 이상인 연도 및 해당연도별 총급여액은 다음 <표3>과 같이 나타난다. <표3> 청구인의 귀속년도별 총급여액 (단위 : 원) (라) 쟁점토지① 등에 대한 쌀직불금은 <표4>와 같이 부친 a가 수령한 것으로 나타나고, 청구인의 수령내역은 확인되지 않는다. <표4> 쟁점토지 쌀직불금 신청 내역 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 우선 쟁점①에 대하여 살펴본다. 청구인은 자경농지의 감면에 대해 규정한 「조세특례제한법 시행령」 제66조 제14항의 소득 요건을 쟁점토지의 양도 전에 발생한 과거소득에 대해 적용할 경우 소급과세가 되어 부당하다고 주장하나, 양도소득세는 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하는 것으로서, 양도자산이 과세 또는 감면요건에 해당하는지 여부는 양도시기를 기준으로 판단해야 하는바, 농지의 양도가 구 「조세특례제한법 시행령」 제66조 제14항의 시행일인 2014.7.1. 이후에 이루어진 경우에는 그 거주자에게 총급여액의 합계액이 OOO원 이상인 과세기간이 있으면 비록 그 기간이 구 규정의 시행일 이전의 기간이라고 하더라도 거주자가 경작한 기간에서 제외되는 것으로 보는 것이 타당한 점, 따라서 쟁점토지 양도로 인한 청구인의 양도소득세의 납세의무는 구 규정이 신설된 이후인 2024.11.27. 및 2025.2.15. 쟁점토지를 양도함으로써 성립되었다고 할 것인바, 처분청이 해당 규정을 적용하여 양도소득세를 부과하더라도 소급입법금지의 원칙에 위배되지 않는 것인 점(조심 2022인2795, 2022.6.14. 외 다수, 같은 뜻임), 쟁점토지 보유기간(2004년~2025년) 중 청구인의 총급여 합계액이 OOO원 이상인 과세기간이 대부분(총 21개년)으로서, 청구인이 쟁점토지를 보유한 기간에서 위 과세기간을 제외하면 경작기간이 8년 미만이 되므로 8년 자경감면 요건을 충족하지 못하게 되는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점토지에 대해 「조세특례제한법」 및 같은 법 시행령에서 규정한 자경농지에 대한 양도소득세 감면 적용을 배제한 이 건 처분에 잘못이 있다고 보기는 어렵다고 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서, 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지ㆍ착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없는 것(조심 2020광2203, 2020.11.23. 외 다수, 같은 뜻임)인바, 위와 같이 자경농지에 대한 양도소득세 감면이 적용되지 아니하는 청구인에게 가산세 적용이 배제되어야 한다는 청구주장도 받아들이기 어렵다고 판단된다. 4.결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.