이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당함

이유 1. 처분개요 가. 청구법인은 2011.1.8. 설립 후, 의약품 도매업을 영위하는 법인으로, 청구법인의 대표이사 a(이하 “대표이사”라 한다)은 2021.7.7. 청구법인의 발행주식 25,500주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 1주당 OOO원으로 평가하여 배우자 b에게 증여하였고, b는 2021.8.17. 같은 금액으로 평가한 쟁점주식 총 OOO원을 청구법인에게 양도하였으며, 청구법인은 쟁점주식을 양수한 당일 즉시 소각(이하 “쟁점거래”라 한다)하였다. 나. b는 2023.6.6. 쟁점주식을 증여받은 것에 대해 증여재산가액 OOO원을 증여재산공제(배우자공제, OOO원)를 적용하여 과세미달로 증여세 기한후신고를 하였고, 청구법인은 쟁점주식 취득에 대하여 원천징수분 배당소득세를 신고하지 아니하였다. 다. 처분청은 청구법인에 대한 2021사업연도 법인세 정기조사(2023.6.7.~2023.7.16.)를 실시한바, 쟁점거래의 실질이 청구법인이 대표이사로부터 직접 쟁점주식을 취득ㆍ소각한 자본거래로서 그 양도차익은 의제배당에 해당한다고 보아, 대표이사가 쟁점주식을 취득하였을 때의 가격을 취득가액(1주당 OOO원, 합계 OOO원)으로 하여, 청구법인에게 2023.9.1. 의제배당소득 OOO원에 대한 원천징수분 배당소득세 OOO원(이하 “쟁점세액”이라 한다)을 경정ㆍ고지하였고, 청구법인은 2023.9.7. 쟁점세액을 납부하였으며, 대표이사의 주소지 관할세무서장(동작세무서장)에게 의제배당소득 OOO원을 자료통보하였고, 이에 따라 대표이사는 2023.8.7. 2021년 귀속 종합소득세를 수정신고 후, 2023.8.8. 납부하였다. 라. 이후 대표이사는 대법원 2024.9.12. 선고 2024두42659 판결(이하 “쟁점판결①”이라 한다)에 근거하여 2024.11.25. 쟁점거래 관련 2021년 귀속 종합소득세를 경정청구하였고, 동작세무서장은 2025.1.13. 이를 환급하였으며, 청구법인도 청구법인이 수정신고ㆍ납부한 쟁점세액에 대해 2025.2.19. 경정청구하였으나, 처분청은 청구법인의 경정청구가 그 기한(901일)을 도과한 것으로 보아 2025.5.16. 경정청구를 거부하였다. 마. 청구법인은 이에 불복하여 2025.6.26. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 처분청은 「국세기본법」 제45조의2 제1항 단서를 근거로 청구법인의 경정청구를 거부하였으나, 이는 해당 규정 및 대법원 2016.7.14. 선고 2014두45246 판결(이하 “쟁점판결②”라 한다)의 취지에 비추어 볼 때, 부당한 처분이다. (가) 쟁점판결②는 법인이 소득금액변동통지에 따라 원천징수세액을 납부하였는지 여부와 관계없이 소득처분으로 증가한 소득에 대해 원천납세의무자(소득자)가 추가신고ㆍ자진납부를 한 경우, 경정청구 기간은 추가 신고 기한의 다음 날부터 기산되는 것이고, 경정청구를 위해 해당 세액을 실제 납부하였을 필요도 없으므로 경정청구권의 범위를 납세자가 실제 납부한 세액에 한정할 근거가 없다고 판시하였다. 즉, 고지된 원천징수세액이라 하더라도 실질적으로 소득자의 종합소득세로서 추가신고된 경우에는 「국세기본법」 제45조의2 제1항 본문에 따른 일반적인 경정청구 기한(5년)이 적용되어야 한다는 것이다. (나) 「국세기본법」 제45조의2 제1항 본문은 자진신고 세액에 대해 5년 내 경정청구를 허용하도록 하고 있고, 단서에서는 “처분으로 증가된 세액(고지세액)”에 한해 90일 내 청구를 요구하고 있으나, 이는 과세관청에 의해 독립적으로 추가 부과된 세액에 국한되는 규정으로, 본 사안처럼 최종적으로 개인 종합소득세 계산과 직접 연계되는 원천징수세액까지 3개월로 제한하는 것은 과세형평에 반한다. (다) 또한 쟁점판결②는 “환급청구권자는 실제 납부 명의자에 따라 구분된다”고 명확히 판시하였는데, 이 건에서도 대표이사는 소득금액변동통지에 따라 추가로 2023.8.7. 종합소득세를 신고ㆍ납부하였고, 청구법인은 2023.9.7. 원천징수세액을 납부하였으며, 청구법인은 2025.2.19. 경정청구한바, 이는 5년 내에 이루어진 적법한 청구이고, 통지일로부터 3개월이 지났다는 이유만으로 경정청구를 기각한 처분은 잘못된 처분이며, 청구법인이 납부한 원천징수세액은 청구법인에게 환급되어야 한다. (라) 처분청은 쟁점판결②가 원천납세의무자의 경정청구권 존부만 판시한 것으로, 경정청구 기한과는 무관하다는 의견이나 이는 판결문의 취지를 축소 해석한 것이다. 쟁점판결②는 소득금액변동통지에 따른 추가신고ㆍ납부의 경우, 원천납세의무자의 권리를 인정하면서, 경정청구 기산점을 “추가신고 법정기한의 다음 날부터” 본다고 명확히 설시한바(당시 3년, 현행 5년), 이는 종전 확정신고와 별도로 과세표준이 새로 확정된 부분에 대해 별개의 경정청구기간이 개시된다는 것이 실질 법리이므로 이 건에서도 청구법인이 실제 납부한 원천징수세액 OOO원에 대한 환급청구권은 청구법인에게 귀속되며, 그 청구기간 역시 대표이사의 종합소득세 수정신고에 연동된 일반 경정청구 5년 내에서 적법하게 행사된 것으로 보아야 한다. (마) 국세청 유권해석(서면-2016-법령해석기본-5683, 2017.9.26.)과 서울고등법원 판결 등도 동일한 취지이고, 추가신고한 경우 경정청구기간은 “추가신고 기한 다음 날부터” 기산됨을 반복적으로 확인하고 있는바, 판례 및 국세행정 실무 모두 경정청구기간의 기산점에 대한 법리를 분명히 하고 있으므로, 처분청의 “3개월 제한” 및 “판례 무관” 의견은 근거가 없고, 이 건에는 일반 경정청구 기간인 5년이 적용되어야 타당하다. (2) 쟁점판결②에 따르면, 원천납세의무자가 경정청구를 통해 환급권을 취득하는 경우, 원천징수의무자 명의로 납부된 세액에 대한 환급청구권자는 원천징수의무자(청구법인)라고 명시되어 있는바, 소득자인 대표이사 명의로 납부된 세액은 대표이사에게 환급되고, 청구법인 명의로 납부된 원천징수세액에 대해서는 청구법인이 환급청구권자가 되는 것이다. (가) 이 건의 경우, 청구법인의 세무조사를 통해 청구법인에게 원천징수세액이 고지되었고, 관련하여 대표이사에게 종합소득세 부과처분이 이루어져 이에 따라 종합소득세를 추가 신고한바, 쟁점판례와 그 사실관계가 동일하며, 대표이사는 소득금액변동통지에 따른 종합소득세 수정신고 시 청구법인이 납부한 원천징수세액을 공제받게되어 환급받은 사실이 있음에도 불구하고, 청구법인에게 경정청구에 따른 환급세액을 돌려주지 않는 것은 동일한 세액에 대해 일부는 환급되고 일부는 환급되지 않는 불합리한 결과를 초래한다. (나) 원천징수세액도 조세채무의 이행으로 납부된 금액이므로, 청구법인이 납부한 세액에 대해 정당한 사유가 있는 경우 청구법인에게 환급되어야 하고, 청구법인이 경정청구 기간을 도과하였다는 이유로 거부하는 것은 결과적으로 과세관청이 이미 환급한 세액에 대해 청구법인에게만 환급을 거부하여 이중으로 불이익을 주는 것이며, 이는 조세공평과 신의성실의 원칙에도 반한다. (3) 이 건 부과처분의 원인이 된 자기주식 소각거래를 배당으로 보아 과세한 처분은 그 자체가 잘못된 처분으로 쟁점판결①에서 주식을 배우자 등에게 증여한 후 회사가 해당 주식을 소각하는 거래를 곧바로 원주주에 대한 의제배당으로 재구성하여 과세하는 것은 위법하다고 판시하였고, 과세관청이 실질과세원칙을 남용하여 이러한 거래를 의제배당으로 본 처분을 취소한 바 있다. (가) 쟁점판결①은 “배우자 증여 후 자기주식 소각거래를 의제배당으로 보아 과세하는 것은 위법”이라고 판시하였고, 이는 본 사안과 사실관계 및 거래유형이 동일하며, 해당 유형의 과세 그 자체가 위법임을 명백히 한 것인바, 청구법인의 자기주식 소각거래에 대한 과세 자체가 잘못되었을 가능성을 강하게 시사하고, 이 건 일련의 거래 자체가 적법한 절세 거래로 인정된 상황에서, 이 건 원천징수세액 부과처분 등의 경정청구를 거부하는 것은 매우 부당하다. (나) 쟁점판결①에 근거하여 대표이사는 종합소득세를 환급받았으나, 청구법인이 납부한 원천징수세액은 반환되지 않아 국고에 과오납된 상태로 남아 있는바, 이를 환급하지 않는 것은 이중과세금지 원칙, 부당이득금지 원칙에 위배되며, 실질과세원칙에도 반하는 것이므로, 청구법인의 경정청구는 적법한 권리행사로 인정되어야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인의 경정청구는 세무조사 결과 결정고지되어 증가된 배당소득 원천징수분 과세표준 및 세액에 대한 것으로, 청구법인은 해당 고지서를 2023.9.7. 수령 후 납부한 사실이 확인되고, 해당 통지를 받은 날부터 90일 이내에 경정청구 또는 불복청구를 한 사실이 없다. 청구법인은 2025.2.19. 이 건 경정청구를 제기한바, 이에 대한 처분청의 경정청구 거부통지는 단순한 민원회신에 불과하다 할 것이므로 이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당한다(조심 2025전968, 2025.5.1. 등 다수). (2) 청구법인은 쟁점판결②를 근거로 결정고지된 세액이라 하더라도 원천징수의무자가 납부한 원천징수세액은 5년 이내 경정청구가 가능하고, 「국세기본법」 제45조의2 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않더라도 경정청구를 할 수 있다고 주장하나, 쟁점판결②는 「국세기본법」 제45조의2 제1항 및 제2항의 경정청구 기한에 관련된 판결이 아니다. 쟁점판결②는 원천납세의무자(소득귀속자)의 종합소득세 과세표준 확정신고기한이 경과한 후에 「법인세법」에 따른 “소득처분”으로 소득금액의 변동이 발생하여 원천납세의무자가 「소득세법 시행령」 제134조 제1항에 따라 종합소득세를 추가 신고ㆍ납부하였다가 이후 해당 소득금액 변동통지에 불복한다는 취지의 감액 경정청구를 할 때, 원천징수의무자인 법인만이 소득금액 변동통지에 대해 다툴 수 있을 뿐 원천납세의무자는 경정청구가 불가하다는 처분청의 경정청구 거부처분에 대해, 원천납세의무자가 「소득세법 시행령」 제134조 제1항에 따라 추가신고를 하였다면, 원천납세의무자도 경정청구권이 있다라는 판결로 원천납세의무자 “경정청구권” 인정 여부에 관한 것이지「국세기본법」 제45조의2 제1항 및 제2항의 경정청구 기한과 관련된 판결이 아니다. (3) 청구법인은 주식을 배우자 등에게 증여한 후 법인이 해당 주식을 소각한 거래를 곧바로 원주주에 대한 의제배당으로 재구성하여 과세하는 것은 위법하다는 쟁점판결①을 근거로 청구법인의 자기주식 거래에 대한 과세 자체가 잘못되었을 가능성이 있으므로 원천징수세액 환급을 제한하는 것은 부당하다고 주장하나, 청구법인의 사실관계가 유사하거나 동일한 사건의 확정판결이라 하더라도 제3자 간의 판결 효력은 당해 사건 소송당사자에게만 효력을 미치는바, 청구법인은 해당 판결의 소송당사자가 아니므로 경정청구를 거부한 이 건 처분은 적법하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 청구법인이 경정청구 기한을 도과하여 경정청구를 제기한 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부 ② 청구법인의 사례와 유사한 법원 판결을 후발적 경정청구 사유에 해당한다고 보아 기납부한 배당소득세를 환급하여 달라는 주장의 당부 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제45조의2(경정 등의 청구) ①과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다. 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때 ② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다. 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때 (2) 소득세법 제17조(배당소득) ① 배당소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. 1. 내국법인으로부터 받는 이익이나 잉여금의 배당 또는 분배금 2. 법인으로 보는 단체로부터 받는 배당금 또는 분배금 3. 의제배당(擬制配當) ② 제1항 제3호에 따른 의제배당이란 다음 각 호의 금액을 말하며, 이를 해당 주주, 사원, 그 밖의 출자자에게 배당한 것으로 본다. 1. 주식의 소각이나 자본의 감소로 인하여 주주가 취득하는 금전, 그 밖의 재산의 가액(價額) 또는 퇴사ㆍ탈퇴나 출자의 감소로 인하여 사원이나 출자자가 취득하는 금전, 그 밖의 재산의 가액이 주주ㆍ사원이나 출자자가 그 주식 또는 출자를 취득하기 위하여 사용한 금액을 초과하는 금액 제128조(원천징수세액의 납부) ① 원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 원천징수 관할 세무서, 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다. (3) 소득세법 시행령 제134조(추가신고납부) ① 종합소득 과세표준확정신고기한이 지난 후에 「법인세법」에 따라 법인이 법인세 과세표준을 신고하거나 세무서장이 법인세 과세표준을 결정 또는 경정하여 익금에 산입한 금액이 배당ㆍ상여 또는 기타소득으로 처분됨으로써 소득금액에 변동이 발생함에 따라 종합소득 과세표준확정신고 의무가 없었던 자, 세법에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니하여도 되는 자 및 과세표준확정신고를 한 자가 소득세를 추가 납부하여야 하는 경우 해당 법인(제192조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 거주자가 통지를 받은 경우에는 그 거주자를 말한다)이 제192조 제1항에 따른 소득금액변동통지서를 받은 날(「법인세법」에 따라 법인이 신고함으로써 소득금액이 변동된 경우에는 그 법인의 법인세 신고기일을 말한다)이 속하는 달의 다음다음 달 말일까지 추가신고납부한 때에는 법 제70조 또는 제74조의 기한까지 신고납부한 것으로 본다. 제192조(소득처분에 따른 소득금액변동통지서의 통지) ①「법인세법」에 의하여 세무서장 또는 지방국세청장이 법인소득금액을 결정 또는 경정함에 있어서 처분(「국제조세조정에 관한 법률 시행령」 제25조 제6항에 따라 처분된 것으로 보는 경우를 포함한다)되는 배당ㆍ상여 및 기타소득은 법인소득금액을 결정 또는 경정하는 세무서장 또는 지방국세청장이 그 결정일 또는 경정일부터 15일내에 기획재정부령이 정하는 소득금액변동통지서에 의하여 당해 법인에게 통지하여야 한다. 다만, 당해 법인의 소재지가 분명하지 아니하거나 그 통지서를 송달할 수 없는 경우에는 당해 주주 및 당해 상여나 기타소득의 처분을 받은 거주자에게 통지하여야 한다. ④ 세무서장 또는 지방국세청장이 제1항에 따라 해당 법인에게 소득금액변동통지서를 통지한 경우 통지하였다는 사실(소득금액 변동내용은 포함하지 아니한다)을 해당 주주 및 해당 상여나 기타소득의 처분을 받은 거주자에게 알려야 한다. (4) 상속세 및 증여세법 제53조(증여재산 공제) 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람으로부터 증여를 받은 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 증여세 과세가액에서 공제한다. 이 경우 그 증여세 과세가액에서 공제받을 금액과 수증자가 그 증여를 받기 전 10년 이내에 공제받은 금액(제53조의2에 따라 공제받은 금액은 제외한다)을 합한 금액이 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분은 공제하지 아니한다. 1. 배우자로부터 증여를 받은 경우 : 6억원 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청과 청구법인이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다. (가) 청구법인은 처분청이 2023.9.1. 쟁점세액을 결정ㆍ고지함에 따라 2023.9.7. 납부한 사실이 확인된다. (나) 대표이사는 이 건 소득금액변동통지에 따라 2023.8.7. 2021년 귀속 의제배당소득 OOO원을 수정신고하였고, 2021년 귀속 종합소득세 OOO원을 납부하였으나, 2024.11.25. 동작세무서장에게 쟁점판결①에 따라 상기 납부한 세액의 취소를 구하는 경정청구를 하였고, 동작세무서장은 2025.1.13. 이를 인용하여 2021년 귀속 종합소득세를 경정하고, 관련 세액을 환급한 것으로 확인된다. (다) 이후 청구법인은 쟁점세액에 대해 2025.2.17. 경정청구하였으나, 처분청은 청구법인의 경정청구가 청구기한을 도과한 것으로 판단하여 2025.5.19. 이 건 경정청구를 거부하였다. (라) 청구법인이 이 건 심판청구에 인용한 대법원 2024.9.12. 선고 2024두42659 판결(쟁점판결①)과 대법원 2016.7.14. 선고 2014두45246 판결(쟁점판결②)의 판결요지는 아래와 같다. <쟁점판결①><쟁점판결②> (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점세액이 원천징수세액이라 하더라도 소득자의 종합소득세로서 추가신고된 경우에는 경정청구 기한 5년을 적용해야 하므로 청구법인이 납부한 쟁점세액을 환급하여야 한다고 주장하나, 「국세기본법」 제45조의2 제1항은 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 최초 신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 청구할 수 있다고 규정하고 있고, 단서에서는 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여 해당 처분이 있음을 안 날부터 90일 이내에 경정을 청구할 수 있다고 규정하고 있는바, 처분청의 자료통보에 따라 청구법인의 대표이사는 쟁점거래에 대한 의제배당소득을 수정신고 납부하여 경정청구기한 5년을 적용받는다 하더라도, 청구법인은 2023.9.7. 원천징수분인 쟁점세액에 대한 결정ㆍ고지 처분을 받았으므로, 청구법인은 「국세기본법」 제45조의2 제1항 단서 규정에 따라 처분을 안 날부터 90일 이내에 경정청구(불복)을 제기하여야 함에도 90일이 경과한 2025.2.19. 경정청구를 제기한 것으로 나타나는 점, 처분청의 경정청구 거부통지는 단순한 민원회신에 불과하여 불복청구의 대상이 되는 처분에 해당하지 아니는 점 등에 비추어, 이 건 심판청구는 불복청구기간을 경과하여 부적법한 청구에 해당한다고 판단된다(조심 2024중2273, 2024.5.28. 등, 같은 뜻임). (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점판결①이 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제1호에 따른 후발적 경정청구 사유에 해당하므로 쟁점세액을 환급하여야 한다고 주장하나, 후발적 경정청구 사유인 판결로 인정받기 위해서는 후발적 경정청구권자가 소송의 당사자 등으로서 판결의 효력을 받는 자에 해당하여야 할 것(대법원 2013.5.9. 선고 2012두28001 판결 등, 같은 뜻임)인바, 쟁점판결①이 청구법인과 유사한 사실관계에 따른 판결이라 하더라도 제3자인 청구법인은 쟁점판결①의 효력을 받는 자에 해당하지 아니한 점 등에 비추어, 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제1호에 따른 후발적 경정청구 사유에 해당하지 아니하므로 이 건 심판청구는 부적법하다고 판단된다. 2. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다.