매출에누리에 해당하나 그 금액이 적정하게 산정되었는지, 실제 지급받은 금액이 얼마인지를 재조사하여 경정

이유 1. 처분개요 가.청구인들은 1990.5.21. 등부터 자동차 관련 소매업(주유소)을 주요 사업으로 영위하고 있는 사업자들로, A 주식회사 등의 정유사(이하 “정유사”이라 한다)와 신용카드사의 제휴 약정에 따라 고객이 제휴카드로 주유 금액을 결제하면 카드대금 청구 시 일정금액을 할인받게 되는 청구할인액(청구인들이 매출액의 일정 비율로 추정한 금액으로서 이하 “쟁점할인액”이라 한다)을 매출에누리로 보아 <별지2>와 같이 2020년 제1기 부가가치세 합계 OOO원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였다. 나.처분청들은 청구인들이 경정청구시 추후 제출하기로 하였던 신용카드사가 제공한 실제 할인내역을 제출하지 아니하였다는 사유로, 2025.9.23. 등 청구인들의 각 경정청구를 거부하였다. 다. 청구인들은 이에 불복하여 2025.11.4. 각 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인들 주장 및 처분청 의견 가. 청구인들 주장 (1) 「부가가치세법」 제29조 제5항 제1호는 “재화나 용역을 공급할 때 그 품질이나 수량, 인도조건 또는 공급대가의 결제방법이나 그 밖의 공급조건에 따라 통상의 대가에서 일정액을 직접 깎아 주는 금액”을 공급가액에 포함하지 아니한다고 규정하는바, 고객이 주유시 제휴카드로 결제하는 경우 발생하는 쟁점할인액은 매출에누리에 해당한다. (가) 기획재정부 예규OOO는 사업자가 신용카드사와의 약정을 통해 고객에 대한 재화 판매 시 할인을 제공하는 경우 사업자가 부담한 할인금액에 대하여 매출에누리에 해당한다고 해석한 바 있다. (나) 청구인들은 신용카드사업자와 업무제휴계약을 통해 사전 약정을 체결하여 소비자가 서비스나 상품을 제휴카드로 결제하는 경우 일정 금액을 신용카드 결제대금에서 할인하여 주는 청구할인 제도를 운영하였다. (다) 할인대금은 신용카드사업자가 단독으로 분담하며, 청구인들은 소비자에게 청구할인 조건을 사전에 제시하고 서비스 및 상품을 판매하였다. (2) 재화 및 용역의 공급자가 고객이 아닌 제3자 사업자로부터 할인액을 보전받더라도 이는 할인약정에 따른 공급과 대가관계에 있다고 볼 수 없다. (가) 신용카드사가 할인금액을 전액 부담하기로 약정한 것은 특정 신용카드의 사용 및 특정 제조사 상품 구매를 유도하고 전체 매출을 신장시킴으로써 관련 사업자들 전체의 이익을 도모하려는 것이고, 할인액은 대금 지급과 별도로 이루어진 할인제공 약정에 따라 산정된다. (나) 사업자들 내부의 사후적인 정산관계나 그 실제 이행 여부는 고객에 대한 가격 할인에 아무런 영향을 주지 못하므로 제3자인 사업자가 할인제공 약정에 의하여 청구인들에게 지급한 금액이 고객을 대신하여 지급한 재화의 공급대가라고 보기는 어렵다. (다) 최근 판례(대법원 2021.5.13. 선고 2021두31603 등)와 조세심판례(조심 2021중2746, 2021.9.16. 등), 감사원 심사사례(감사원 2021-심사-1065, 2023.1.19. 등)도 신용카드 할인제도에 있어서 그 할인금액의 일부 또는 전부를 타사가 정산하여 주는 경우에도 고객 입장에서 재화 공급가액에서 감액되는 할인금액 전체가 매출에누리에 해당한다고 보았다. (3) 처분청들은 청구인들이 신용카드사가 제공하는 실제 할인내역을 제출하지 못했다는 사유로 경정을 거부하였으나, 신용카드사가 제공하는 할인내역은 신용카드사와 소비자 간의 별도의 계약이며, 청구인들과 고객 간의 서비스 및 상품 매매계약과 무관하다. (가) 청구인들이 서비스와 상품을 판매할 때 청구인들과 소비자 간 계약이 확정되는 것이고, 청구인들은 소비자의 카드사용 실적과는 무관하게 이 건 할인제도의 할인액을 보전받으며, 신용카드사가 실적 충족 여부에 따라 소비자에게 할인혜택을 제공하였는지 여부는 신용카드사와 소비자 간의 별도 계약이므로, 신용카드사가 제공하는 실제 할인내역은 이 건 경정청구와 무관하다. (나) 조세심판원도 할인액의 산출 근거와 실제 지급 여부가 불분명하여 이를 부가가치세 과세표준에서 차감되는 에누리액으로 인정하기 어렵다는 처분청의 의견에 대하여, 매출에누리를 적정하게 산정되었는지 여부와 심판청구 사업장이 해당 금액을 실제로 지급받았는지 여부 등을 처분청이 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단하였다(조심 2024중3921, 2024.11.14.). (다) 청구인들의 경우에도 소비자에게 청구할인 조건을 사전에 제시하고 서비스 및 상품을 판매하였고, 해당 할인액이 판매금액에서 직접 공제된 사실이 명확하며, 신용카드사에게 청구할인내역을 요구하였으나 자료를 제공받지 못한 점이 고려되어야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 할인제공약정 및 객관적인 자료에 의하여 공급자가 제3자로부터 보전받은 것으로 확인되는 할인액은 매출에누리에 해당한다고 볼 수 있으나, 제휴카드 청구할인의 경우에는 약정에 따라 할인받은 금액이 누구의 에누리에 해당하는지가 달라지므로, 실제로 그 구조가 갖추어졌는지 등에 대한 사실관계 확인이 필요하다OOO. (2) 신고납세방식의 조세에 있어 납세의무자가 신고한 과세표준과 세액이 잘못되었음을 이유로 신고한 과세표준과 세액을 감액 경정하여 줄 것을 과세관청에게 청구하는 경우에는 납세의무자에 의하여 행하여진 당초의 과세표준과 세액의 신고가 잘못된 것임을 뒷받침할 자료를 제출할 책임은 감액 경정청구를 하는 납세의무자에게 있다고 보는 것이 타당하다(제주지방법원 2022.8.23. 선고 2021구합5028, 참조). (가) 청구인들이 쟁점할인액을 매출에누리로 인정받기 위해서는 제3자 사업자가 할인된 금액 중 일부 또는 전부를 부담하기로 하는 약정서(할인제공과 관련한 협약서) 등 그 금액을 지급받은 구체적인 이유를 확인할 수 있는 자료, 카드사의 청구할인금액 데이터 자료 등 구체적인 할인액을 확인할 수 있는 객관적인 자료를 처분청에 제출하여 쟁점할인액이 주유 판매를 원인으로 공급가액에서 직접 공제ㆍ차감 되는 매출에누리임을 증명하여야 한다. (나) 청구인들은 매출의 2.5% 정도를 청구할인액으로 산정한바, 카드사별로 청구할인 요건 및 청구할인금액 산정 방식(할인율, 할인 금액) 등이 상이함에도 일률적으로 2.5%를 적용하여 환급하여 달라는 청구인들의 주장은 타당하지 않다. (3) 청구인들은 쟁점할인액에 해당하는 것으로 볼 수 있는 구체적이고 객관적인 근거자료를 경정청구 시는 물론 심판청구 시에도 제출하지 않아 매출에누리 해당 여부 확인이 불가능하고, 실제 대가의 지급 여부를 알 수 없어 추정금액으로 청구할인금액을 산출하였으므로 산출 근거가 불분명하여 부가가치세 과세표준에서 차감되는 에누리액으로 인정하기 어렵다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 신용카드 청구할인을 매출에누리로 보아 부가가치세 과세표준에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 (1) 부가가치세법 제29조(과세표준) ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다. ③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다. 1. 금전으로 대가를 받는 경우 : 그 대가. 다만, 그 대가를 외국통화나 그 밖의 외국환으로 받은 경우에는 대통령령으로 정한 바에 따라 환산한 가액 2. 금전 외의 대가를 받는 경우 : 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가 6. 외상거래, 할부거래, 대통령령으로 정하는 마일리지 등으로 대금의 전부 또는 일부를 결제하는 거래 등 그 밖의 방법으로 재화 또는 용역을 공급하는 경우 : 공급 형태 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 가액 ⑤ 다음 각 호의 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다. 1. 재화나 용역을 공급할 때 그 품질이나 수량, 인도조건 또는 공급대가의 결제방법이나 그 밖의 공급조건에 따라 통상의 대가에서 일정액을 직접 깎아 주는 금액 (2) 부가가치세법 시행령 제61조(외상거래 등 그 밖의 공급가액의 계산) ① 법 제29조 제3항 제6호에서 “대통령령으로 정하는 마일리지 등”이란 재화 또는 용역의 구입실적에 따라 마일리지, 포인트 또는 그 밖에 이와 유사한 형태로 별도의 대가 없이 적립받은 후 다른 재화 또는 용역 구입 시 결제수단으로 사용할 수 있는 것과 재화 또는 용역의 구입실적에 따라 별도의 대가 없이 교부받으며 전산시스템 등을 통하여 그 밖의 상품권과 구분 관리되는 상품권(이하 이 조에서 “마일리지등”이라 한다)을 말한다. ② 법 제29조 제3항 제6호에서 “대통령령으로 정하는 가액”이란 다음 각 호의 구분에 따른 가액을 말한다. 1. 외상판매 및 할부판매의 경우 : 공급한 재화의 총가액 2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 : 계약에 따라 받기로 한 대가의 각 부분 가. 장기할부판매의 경우 나. 완성도기준지급조건부 또는 중간지급조건부로 재화나 용역을 공급하는 경우 다. 계속적으로 재화나 용역을 공급하는 경우 9. 마일리지등으로 대금의 전부 또는 일부를 결제받은 경우(제10호에 해당하는 경우는 제외한다) : 다음 각 목의 금액을 합한 금액 가. 마일리지등 외의 수단으로 결제받은 금액 나. 자기적립마일리지등[당초 재화 또는 용역을 공급하고 마일리지등을 적립(다른 사업자를 통하여 적립하여 준 경우를 포함한다)하여 준 사업자에게 사용한 마일리지등(여러 사업자가 적립하여 줄 수 있거나 여러 사업자를 대상으로 사용할 수 있는 마일리지등의 경우 다음의 요건을 모두 충족한 경우로 한정한다)을 말한다. 이하 이 항에서 같다] 외의 마일리지등으로 결제받은 부분에 대하여 재화 또는 용역을 공급받는 자 외의 자로부터 보전(補塡)받았거나 보전받을 금액 1) 고객별ㆍ사업자별로 마일리지등의 적립 및 사용 실적을 구분하여 관리하는 등의 방법으로 당초 공급자와 이후 공급자가 같다는 사실이 확인될 것 2) 사업자가 마일리지등으로 결제받은 부분에 대하여 재화 또는 용역을 공급받는 자 외의 자로부터 보전받지 아니할 것 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인들은 정유사와 계약을 맺고, 자동차 관련 소매업(주유소)을 주요 사업으로 영위하는 사업자들이다. (2) 청구인들은 정유사와 제휴카드사의 업무 제휴 약정에 근거하여, 고객이 제휴카드를 사용하여 주유비를 결제하는 경우 고객에게 청구할인을 제공하는 방식의 할인제도를 운영하고 있다. (가) 청구인들은 제휴카드사와 업무계약을 체결한 주체는 정유사이고, 청구인들은 정유사가 체결한 업무계약에 따라 실제 주유소를 방문한 고객들을 대상으로 제휴카드 청구할인 내용을 안내하며(게시물 등), 할인된 가격에 석유를 판매한 것이라고 주장한다. (나) 해당 할인제도는 고객이 주유소에서 제휴카드로 주유비를 결제하고, 제휴카드의 이용실적 등을 충족하는 경우, 제휴카드사가 카드 대금에서 일정금액을 할인하여 고객에게 청구하고, 그 할인금액은 제휴카드사가 부담하는 구조로, 이 건 거래 구조는 아래 <그림1>과 같다. <그림1> 주유소, 정유사, 제휴카드사 간 거래흐름도 OOO 1) 고객이 주유소에서 제휴카드를 이용하여 주유비를 결제하면, 제휴카드사는 3일 이내에 주유소에 결제대금을 지급하고, 이때 지급하는 결제대금(위 <그림1>의 ④)은 고객이 주유비로 결제한 할인전 금액(③)에서 카드 수수료를 차감한 금액과 같다. 2) 제휴카드사는 고객들에게 매월 카드대금을 청구하면서, 조건 충족 여부에 따라 약정된 청구할인(⑤)을 제공하고, 조건이 충족된 고객은 할인된 청구금액(⑥)을 결제한다. (3) 청구인들은 구체적인 제휴카드별 청구할인 혜택을 제출하지 않았으나, 카드사 홈페이지 등의 주유비 청구할인 혜택 설명자료에는 아래 <그림2>와 같이 전월 실적을 기준으로 고객이 받을 수 있는 청구할인액과 한도 등이 포함되어 있다. <그림2> 제휴카드사의 주유비 청구할인 안내자료(예시) OOO (4) 청구인들은 경정청구시 세액산정의 근거자료를 제출하지 아니하였고, 신용카드사로부터 소비자별 청구할인내역을 제공받지 못하여 고객들이 제휴카드사 사용조건을 모두 충족한 것으로 가정한 추정 금액을 산출하였다고 주장한다. (가) 청구인들이 산출한 청구할인액은 아래 <표1>과 같다. <표1> 청구인들이 산출한 청구할인액 OOO (나) 처분청은 아래 <표2>와 같이 청구인들이 매출액의 약 2.5%를 제휴카드 청구할인액으로 추정한 것으로 보았다. <표2> 처분청이 확인한 B 주식회사OOO의 매출액과 경정청구 금액 OOO (다) 청구인들은 아래 <표3>과 같이 고객들이 주유비 결제에 사용한 신용카드사별로 제휴카드의 비율을 25%로 추정하고, 해당 카드사의 청구할인율을 적용하여 할인금액을 산출하였다고 주장한다. <표3> 청구인 C 주식회사의 쟁점할인액 산출내역 OOO (5) 청구인들은 청구할인액의 산정 내역을 입증하기 위하여 제휴카드사와 정유사에 업무제휴계약서, 주유소별ㆍ고객별 청구할인 자료 등을 수차례 요청하였으나, 제휴카드사와 정유사는 개인정보보호, 영업비밀 침해 등을 이유로 자료제공을 거부한바, 할인내역 미제출은 청구인들의 귀책사유가 아니라 석유유통업계 전반의 구조적 문제라고 주장하면서, 아래 <그림3>, <그림4>와 같이 (사)D와 (사)E의 성명문을 제시하였다. <그림3> 2026.4.21. (사)D 성명문(발췌) OOO <그림4> 2026.4.21. (사)E 성명문(발췌) OOO (6) 이 건과 관련하여 청구인들이 제시한 국세청 예규는 아래 <표4>와 같다. <표4> 국세청 OOO OOO (7) 이 건과 관련하여 처분청들이 제시한 국세청 예규는 아래 <표5>와 같다. <표5> 국세청 OOO OOO (8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청들은 쟁점할인액의 산출 근거와 실제 지급 여부가 불분명하여 이를 부가가치세 과세표준에서 차감되는 에누리액으로 인정하기 어렵다는 의견이나, 공급자가 어떠한 공급과 관련하여 재화나 용역을 공급받는 자가 아닌 제3자에게서 금전 또는 금전적 가치가 있는 것을 받는 경우에 그것이 공급과 대가관계에 있는 때에는 부가가치세의 과세표준에 포함될 수 있으나, 그것이 해당 공급과 구별되는, 제3자와 공급자 사이의 다른 공급과 관련되어 있을 뿐 해당 공급과 대가관계에 있다고 볼 수 없는 경우에는 해당 공급에 관한 부가가치세의 과세표준에 포함되지 아니하는 것으로, 제3자가 지급하는 금전 또는 금전적 가치가 있는 것이 해당 공급과 대가관계에 있는지는 지급의 명목과 근거, 이와 관련하여 공급자와 제3자가 추구하는 목적과 동기, 공급자와 제3자 사이의 별도의 계약관계 등 법률관계의 존부 및 문제된 금전 등의 지급이 그러한 법률관계에 따른 이행으로 평가될 수 있는지 등을 비롯한 여러 사정을 종합하여 해당 공급과 직접적 관련성이 인정될 수 있는지에 따라 판단하여야 하는 것인바(대법원 2016.6.23. 선고 2014두144 판결 참조), 청구인들은 고객들에게 제휴카드를 사용하면 할인된 금액으로 주유할 수 있도록 안내하였고, 조건을 충족한 고객들에게는 안내된 내용에 따라 주유비가 할인되어 판매되었으므로, 해당 할인액이 판매 금액에서 공제된 사실이 명확하게 확인되는 경우에는 매출에누리에 해당하는 것으로 볼 수 있는 점, 청구할인액을 청구인들의 부가가치세 과세표준에 포함시킬 경우, 석유류의 전체 거래단계에서 부담하게 되는 부가가치세의 합계액이 최종 소비자인 고객이 할인된 가격으로 부담할 부가가치세를 초과하는 결과가 초래될 수도 있어 현행 ‘전단계 매입세액 공제 방식’의 취지가 훼손될 수 있는 점, 청구인들은 경정청구 과정에서 제휴카드사와 정유사에 업무제휴계약서, 주유소별ㆍ고객별 청구할인 자료 등을 요청하였으나 개인정보보호, 영업비밀 침해 등을 이유로 자료를 제공받지 못한 것으로 나타나는 점 등에 비추어, 이 건 부가가치세 경정청구 거부처분은 처분청들이 쟁점할인액이 석유류의 공급가액에서 직접 공제ㆍ차감되는 매출에누리로 적정하게 산정되었는지 여부와 청구인들이 해당 금액을 실제 지급받았는지 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지1> 청구인들 내역 OOO <별지2> 청구인별 처분청, 처분일, 심판청구일, 청구세액 등 OOO