부가가치세는 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 하여 신고ㆍ납부하여야 하는 조세로서, 홈택스 시스템은 단순히 편의를 도모하는 차원으로 제공되는 것일 뿐이고, 홈택스 신고 화면에도 직전연도 공급가액이 10억원을 초과하는 사업장은 신용카드 매출전표 등 발행공제의 적용대상에서 제외됨을 명시하고 있는 점

이유 1. 처분개요 가.청구인은 2020.1.6.부터 2023.7.6.까지 부산광역시 OOO에서 A(이하 “쟁점사업장”이라 한다)이라는 상호로 전자상거래 소매업을 영위하였던 개인사업자로, 2023년 제1기 부가가치세 신고 시 「부가가치세법」 제46조에 따른 신용카드 매출전표등 발행공제액 OOO원(이하 “쟁점공제액”이라 한다)을 공제세액에 반영하여 부가가치세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다. 나. 부산지방국세청장은 2025.7.8.부터 2025.7.25.까지 처분청에 대한 종합감사를 실시하여, 쟁점사업장의 2022년도 매출 공급가액 합계가 OOO원을 초과하여 「부가가치세법」 제46조 제1항 제1호의 요건에 해당하지 않으므로, 쟁점공제액을 공제세액에서 제외하여 청구인의 2023년 제1기 부가가치세를 경정할 것을 처분청에 지시하였고, 이에 따라 처분청은 2026.1.7. 청구인에게 2023년 제1기 부가가치세 OOO원(과소신고 및 납부지연 가산세 합계 OOO원 포함)을 경정ㆍ고지하였다. 다. 청구인은 가산세 부분에 불복하여 2026.1.15. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 가산세는 납세자의 성실신고의무 위반 등에 대한 제재로, 이 건과 같이 매출 누락이나 조세 회피 목적이 없고, 홈택스 전산 구조상 발생한 단순 착오에 불과한 경우까지 납세자의 중과실로 평가하여 가산세를 부과하는 것은 가산세의 본래 취지에 부합하지 않는 과도한 제재에 해당한다. (가) 청구인은 세무대리인의 조력을 받지 않고 직접 부가가치세를 신고하였고, 홈택스 신고 과정 중 자동 계산된 쟁점공제액을 그대로 반영하여 부가가치세를 신고하였다. (나) 쟁점공제액의 세액공제가 배제되는 ‘직전 과세연도 공급가액 OOO원 초과’ 여부는 일반 납세자가 직관적으로 인식하기 어려운 제도적 요건으로, 공제세액이 자동으로 계산ㆍ반영되는 국세청 전산 시스템상 납세자가 이를 별도로 인식하여 공제를 배제하기 어렵다. (다) 청구인은 매출 누락이나 허위 신고 없이 해당 과세기간 동안 발행한 신용카드 매출을 전부 성실히 신고하였으며, 탈세나 조세 회피 의도가 전혀 없었다. (2) 이 건 부가가치세 부과 처분의 집행이 계속될 경우, 청구인은 회복하기 어려운 재산상 손해를 입게 되므로 2023년 제1기 부가가치세 부과 처분의 집행은 본안 결정이 있을 때까지 정지되어야 한다. 나. 처분청 의견 쟁점공제액이 홈택스 신고 과정에서 자동으로 계산되어 공제세액으로 반영된 경우라 하더라도 「국세기본법」 제48조(가산세의 감면 등)에 따른 정당한 감면사유에 해당하지 않는다. (1) 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납부의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지ㆍ착오 등은 의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는다(대법원 2017.11.23. 선고 2017두54586 참조). (2) 홈택스를 통한 전자신고 시 신용카드 세액공제, 전자세금계산서 등의 전산 자료는 자동으로 반영되게 되어 있고, 이에 대해 납세자가 스스로 공제 여부 등을 검토하여 신고하여야 하는 것으로, 홈택스에서 자동으로 계산된 내용이 법령에 어긋나는 것임이 명백한 때에는 가산세 감면에 정당한 사유가 있는 경우에 해당하지 않는다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 가산세 감면에 정당한 사유가 있는지 여부 나. 관련 법령 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점사업장의 사업자등록 정보는 아래 <표1>과 같고, 2021.7.1. 부가가치세 간이과세자에서 일반과세자로 전환되었다. <표1> 쟁점사업장의 사업자등록 사항 OOO (2) 쟁점사업장의 2022년 제1기ㆍ제2기 및 2023년 제1기 부가가치세 신고내역은 아래 <표2>와 같고, 2022년의 매출 공급가액(과세표준)의 합계액은 OOO원이다. <표2> 쟁점사업장의 2022∼2023년 부가가치세 신고내역 OOO (3) 청구인은 「부가가치세법」 제46조 및 같은 법 시행령 제88조에 따라 청구인의 2023년 제1기 과세기간 신용카드 매출 및 현금영수증 발행분(공급대가) OOO원(공급가액 OOO원 및 부가가치세 OOO원)의 1.3%에 해당하는 쟁점공제액을 해당 과세기간 부가가치세에서 공제하여 신고하였다. (4) 처분청은 아래 <표3>과 같이 청구인의 2023년 제1기 부가가치세 OOO원(본세 OOO원, 가산세 OOO원 포함)을 경정ㆍ고지하였다. <표3> 청구인의 2023년 제1기 부가가치세 경정 내역 OOO (5) 국세청의 2023년 제1기 부가가치세 신고 안내자료에서 확인되는 신용카드매출전표등 발행공제액 관련 내용은 다음과 같다. (가) 안내자료에 포함된 신용카드매출전표등 발행공제 관련 홈택스 신고 화면은 아래 <그림1>과 같다. <그림1> 홈택스 신고시 신용카드매출전표등 발행공제 등록 방법 OOO (나) 안내자료의 ‘자주 찾는 문답 사례’에 포함되어 있는 신용카드매출전표등 발행공제 관련 내용은 아래 <그림2>와 같다. <그림2> 신용카드 및 현금영수증 세액공제 관련 문답 사례 OOO (6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 홈택스 신고 과정 중 자동 계산된 쟁점공제액을 그대로 반영하여 부가가치세를 신고한 것일 뿐이고, 매출 누락이나 조세 회피 의도가 없었으므로, 이 건 가산세 부과처분은 부당하다고 주장하나, 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지ㆍ착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하는 점, 부가가치세는 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 계산하여 신고ㆍ납부하여야 하는 조세로서, 홈택스 시스템은 단순히 납세의무자의 편의를 도모하는 차원에서 제공되는 것일 뿐이고, 홈택스 신고 화면에도 직전연도 공급가액이 OOO원을 초과하는 사업장은 신용카드매출전표등 발행공제의 적용대상에서 제외됨을 명시하고 있는 점 등에 비추어, 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 국세기본법 제47조(가산세 부과) ① 정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다. ② 가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 해당 국세의 세목(稅目)으로 한다. 다만, 해당 국세를 감면하는 경우에는 가산세는 그 감면대상에 포함시키지 아니하는 것으로 한다. ③ 가산세는 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 제47조의3(과소신고ㆍ초과환급신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」 제9조에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 「농어촌특별세법」에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “과소신고”라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “초과신고”라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “과소신고납부세액등”이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다. 1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우 : 다음 각 목의 금액을 합한 금액 가. 부정행위로 인한 과소신고납부세액등의 100분의 40(역외거래에서 발생한 부정행위로 인한 경우에는 100분의 60)에 상당하는 금액 나. 과소신고납부세액등에서 부정행위로 인한 과소신고납부세액등을 뺀 금액의 100분의 10에 상당하는 금액 2. 제1호 외의 경우 : 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액 제47조의4(납부지연가산세) ① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 법정납부기한까지 국세(「인지세법」 제8조 제1항에 따른 인지세는 제외한다)의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 “과소납부”라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 “초과환급”이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다. 1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 법정납부기한의 다음 날부터 납부일까지의 기간(납부고지일부터 납부고지서에 따른 납부기한까지의 기간은 제외한다) × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. 1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우 2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우 3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 제57조(심사청구 등이 집행에 미치는 효력) ① 이의신청, 심사청구 또는 심판청구는 세법에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는 해당 처분의 집행에 효력을 미치지 아니한다. 다만, 해당 재결청(裁決廳)이 처분의 집행 또는 절차의 속행 때문에 이의신청인, 심사청구인 또는 심판청구인에게 중대한 손해가 생기는 것을 예방할 필요성이 긴급하다고 인정할 때에는 처분의 집행 또는 절차 속행의 전부 또는 일부의 정지(이하 “집행정지”라 한다)를 결정할 수 있다. ② 재결청은 집행정지 또는 집행정지의 취소에 관하여 심리ㆍ결정하면 지체 없이 당사자에게 통지하여야 한다. (2) 국세기본법 시행령 제27조의4(납부지연가산세 및 원천징수 등 납부지연가산세의 이자율 등) 법 제47조의4 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제47조의5 제1항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 이자율”이란 1일 10만분의 22의 율을 말한다. 제28조(가산세의 감면 등) ① 법 제48조 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 제10조에 따른 세법해석에 관한 질의ㆍ회신 등에 따라 신고ㆍ납부하였으나 이후 다른 과세처분을 하는 경우 2. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 토지등의 수용 또는 사용, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시ㆍ군계획 또는 그 밖의 법령 등으로 인해 세법상 의무를 이행할 수 없게 된 경우 3. 「소득세법 시행령」 제118조의5 제1항에 따라 실손의료보험금(같은 영 제216조의3 제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로부터 지급받은 것을 말한다)을 의료비에서 제외할 때에 실손의료보험금 지급의 원인이 되는 의료비를 지출한 과세기간과 해당 보험금을 지급받은 과세기간이 달라 해당 보험금을 지급받은 후 의료비를 지출한 과세기간에 대한 소득세를 수정신고하는 경우(해당 보험금을 지급받은 과세기간에 대한 종합소득 과세표준 확정신고기한까지 수정신고하는 경우로 한정한다) (3) 부가가치세법(2023.12.31. 법률 제19931호로 개정되기 전의 것) 제46조(신용카드 등의 사용에 따른 세액공제 등) ① 제1호에 해당하는 사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하고 제34조제1항에 따른 세금계산서의 발급시기에 제2호에 해당하는 거래증빙서류(이하 이 조에서 "신용카드매출전표등"이라 한다)를 발급하거나 대통령령으로 정하는 전자적 결제수단에 의하여 대금을 결제받는 경우에는 제3호에 따른 금액을 납부세액에서 공제한다. 1. 사업자 : 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업자 가. 주로 사업자가 아닌 자에게 재화 또는 용역을 공급하는 사업으로서 대통령령으로 정하는 사업을 하는 사업자(법인사업자와 직전 연도의 재화 또는 용역의 공급가액의 합계액이 대통령령으로 정하는 금액을 초과하는 개인사업자는 제외한다) 나. 제36조 제1항 제2호에 해당하는 간이과세자 2. 거래증빙서류 : 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 서류 가. 「여신전문금융업법」에 따른 신용카드매출전표 나. 「조세특례제한법」 제126조의3에 따른 현금영수증 다. 그 밖에 이와 유사한 것으로 대통령령으로 정하는 것 3. 공제금액(연간 500만원을 한도로 하되, 2023년 12월 31일까지는 연간 1천만원을 한도로 한다) : 발급금액 또는 결제금액의 1퍼센트(2023년 12월 31일까지는 1.3퍼센트로 한다) (4) 부가가치세법 시행령 제73조(영수증 등) ① 법 제36조 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 사업자”란 다음 각 호의 사업을 하는 사업자를 말한다. 1. 소매업 제88조(신용카드 등의 사용에 따른 세액공제 등) ② 법 제46조 제1항제1호 가목에서 “대통령령으로 정하는 사업을 하는 사업자”란 제73조 제1항 및 제2항에 따른 사업을 하는 사업자를 말한다. ③ 법 제46조 제1항 제1호 가목에서 “대통령령으로 정하는 금액”이란 사업장을 기준으로 10억원을 말한다.