청구법인은 종교단체로서 쟁점부동산 중 이 건 수련원에 관련된 부분을 해당 사업에 직접 사용하고 있는 것으로 보임 다만, 처분청이 제출한 쟁점부동산 현황을 볼 때, 이 건 수련원으로 사용되는 장소 외에도 이 건 수련원에서의 종교활동과 무관한 잔디광장 등이 위치하고 있는 것으로 보이므로, 처분청은 쟁점부동산 중 이 건 수련원에 관련된 면적을 재조사하여 해당 면적에 대하여만 재산세를 면제하는 것이 타당함

이유 1. 처분개요 가. 처분청은 청구법인이 소유한 경기도 광주시 OOO 외 18필지, 같은 OOO 소재 건축물 및 같은 OOO 소재 건축물(이하 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)이 재산세 과세기준일(6.1) 현재 AAA(이하 “이 건 학교”라 한다)의 건축물 및 그 부지로 사용됨에 따라 ‘학교 등이 해당 목적에 직접 사용하는 부동산’에 해당한다고 보아, 2020년도부터 2024년도까지 「지방세특례제한법」제41조 제2항에 따라 쟁점부동산에 대한 재산세를 면제하였다. 나. 처분청은 이후 청구법인이 2012년경 이 건 학교를 폐교한 사실을 확인하고, 쟁점부동산이 2020년도부터 2024년도까지 각 재산세 과세기준일 현재 학교등이 해당 목적에 직접 사용하는 부동산에 해당하지 않는다고 보아, 2025.5.9. 청구법인에게 기 감면된 재산세 등 OOO원을 <표1>과 같이 부과ㆍ고지(이하 “이 건 재산세 등 부과처분”이라 한다)하였다. <표1> 이 건 재산세 등 부과처분 내역 (단위 : 원) ○○○ 다. 청구법인은 2020년도부터 2024년도까지 쟁점부동산을 CCC수련원(이하 “이 건 수련원”이라 한다)으로 사용하였으므로, 이를 ‘종교단체가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산’으로 보아야 한다고 주장하며 처분청에 「지방세특례제한법」제50조 제2항에 따른 재산세 면제 대상이므로 재산세 부과처분 취소를 요청하였으나, 처분청은 쟁점부동산이 유료로 사용되고 있으므로 재산세를 면제할 수 없다고 회신하며 과세처분을 유지하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.7.2. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 1973년 8월 쟁점부동산에 이 건 학교를 설립 및 개교하였으나, 2012년에 폐교하였고, 2015년경부터 해당 부동산에 말씀, 묵상, 기도 및 노동을 통한 영성수련과 교인의 회복과 성장을 위한 수련을 목적으로 하는 이 건 수련원을 설립ㆍ운영하고 있다. (2) 이 건 수련원은 본관, 숙소, 예배실, 기도실 및 식당으로 구성되어, 성도와 가족, 교회 내부 부서나 기독교 단체, 목회자, 사모 등의 영성수련을 위한 정기 예배(화요일 오전 11시, 목요일 저녁)와 하루 세 번 기도회(아침 6시, 오전 11시, 오후 5시)에 사용되고 있고, 이처럼 종교단체의 고유목적을 달성하기 위해 청구법인의 유급 교역자와 직원 6명, 무급의 자원봉사자 32명이 이 건 수련원이 위치한 쟁점부동산에서 근무하고 있다. (3) 이 건 수련원은 청구법인의 목사와 직원이 근무하여 제반 영성 프로그램에 참가하는 교인들의 영성수련에 전념하는 것 외에, 외부에 일절 그 시설을 대관하고 있지 않으며, 이 건 수련원의 수련에 참가하는 사람들은 대부분 교회의 교인들인바, 이는 외부단체에 시설을 대관하며 대관료를 받는 타 종교단체의 기도원, 수양관 등과 분명한 차이가 있다 할 것이다. (4) 처분청은 이 건 수련원의 영성훈련에 참가한 교인들이 식비(OOO)와 숙박비 실비의 일부를 부담하였으므로, 쟁점부동산이 유료로 사용되었다는 의견이다. 그러나 청구법인의 이 건 수련원 연간 운영비 중 위 식비, 숙박비 실비 등이 차지하는 비율은 10%에 불과한바, 청구법인이 지난 5년간 영성훈련에 소요되는 비용(1박당 OOO원)의 90.13%를 부담하고, 그 훈련에 참가하는 교인들이 최소한의 자부담비율인 9.87% 상당만을 부담한 점을 감안할 때, 쟁점부동산이 유료로 사용되었다거나 수익사업에 사용하였다고 볼 수 없다. 특히 식비의 경우 교인들이 청구법인측에서 제공하는 식사를 선택하지 않고, 직접 재료를 준비하여 식당의 셀프바에서 요리를 하거나 인근 식당에서 매식하기로 결정할 경우 납부하지 않는 비용이므로, 이를 근거로 청구법인이 쟁점부동산을 수익사업에 사용하였다고 볼 수 없다. (5) 처분청은 또한 청구법인이 수련자가 수련 당일에 참가를 취소하는 경우 선입금된 수련비를 환불하여 주지 아니하므로, 쟁점부동산이 유료로 사용되었다는 의견이나, 이는 수련자의 책임감 없는 무단 취소를 예방하여 성실의무와 주의의무를 환기시키고, 사전 식재료 및 프로그램 준비, 숙소 청소, 세탁 등에 불필요한 비용이 지출되지 않도록 하기 위한 것일 뿐, 쟁점부동산 유료 사용의 근거가 될 수 없다. (6) 한편 처분청은 쟁점부동산 중 숙소와 식당이 위치한 숙소동, 샤워시설과 창고가 위치한 편의동 등이 종교목적 사업과 무관한 시설이므로 「지방세특례제한법」제50조 제2항에 따른 재산세 감면대상에 해당하지 않는다는 의견이나, 숙소동은 수련의 연장선상에서 개인의 기도와 성경공부를 하는 시설로, 일반적인 숙박시설과 달리 TV, 조리기구 등 없이 침구와 성경을 공부할 수 있는 소탁자만 비치되어 있는 곳이고, 편의동 또한 수련자들이 간단한 샤워와 세탁 등 청결을 위해 사용하는 공간이므로, 영성수련이라는 종교활동에 직접 사용되는 시설이라고 보아야 한다. (7) 대법원은 종교목적에 직접 사용되는 부동산의 의미는 부동산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 종교 목적 사업 자체 혹은 종교행위와 직접적인 관련성이 있는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것으로 해석하여야 할 뿐이라고 판단하고 있다(대법원 2025.4.3. 선고 2024두66372 판결 등, 참조). 조세심판원에서도 일부 종교목적 외의 대관의 경우에도 대관료가 실비수준이고 지역사회의 사회복지에 공여되고 있다고 볼 수 있어 종교단체의 공익적 성격에 부합한다고 할 수 있는 경우, 법인이 해당 부동산을 수익사업에 사용하였다거나 유료로 사용되는 경우에 해당한다고 보기 어렵다고 판단하였고(조심 2018지1200, 2019.6.27. 등, 참조), 감사원에서도 회원으로부터 참가비를 받는 것은 실비수준을 부당하게 초과하거나 청구인의 영리활동으로 평가하기 어려우므로, 처분청에서 청구인이 부동산을 수익사업에 사용하였다고 보아 한 부과처분은 잘못이 있다고 판단하였다(감심 2016-605, 2018.7.5.). (8) 청구법인은 2020년도부터 2024년도까지 재산세 과세기준일(6.1) 현재 쟁점부동산을 종교목적 수련원에 사용하였고, 교인들로부터 실비수준의 식비, 숙박비 등을 받은 것 외에 해당 부동산을 유료로 사용하거나 수익사업에 사용하지 아니하였으므로, 「지방세특례제한법」제50조 제2항에 따른 재산세 감면이 적용되어야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 「지방세특례제한법」제50조 제2항에서는 종교단체가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 면제하도록 규정하면서, 그 단서에서 해당 재산이 유료로 사용되는 경우 그 재산에 대해서는 면제하지 않도록 규정하고 있는바, 여기서 “부동산이 유료로 사용되는 경우”란 해당 부동산의 사용에 대하여 사용자가 그 대가를 지급하는 경우를 말한다. (2) 처분청이 쟁점부동산에 출장하여 확인한 바에 따르면, 쟁점부동산 중 본관동의 경우 예배실 및 기도실로서 종교시설이 갖추어져 있으나, 정기예배는 봄(3∼6월)과 가을(9∼11월)에 있는 화요예배만 있을 뿐, 그 외 활동의 경우 외부 방문객의 비정기적인 방문 및 신청이 있을 경우 비상시적, 간헐적으로 이루어지고 있어 이를 사회통념상 교회활동에 필요불가결한 건축물이라고 볼 수 없는 것으로 판단된다. (3) 또한 청구법인은 이 건 수련원을 운영하며 수련비, 대실료 및 식대를 이용료로 하여 그 이용자로 하여금 유료로 쟁점부동산을 이용토록 하고 있는 것이 분명한바, 그 비용이 전체 운영비 중 10%에 불과하다 할지라도, 「지방세특례제한법」제50조 제2항 단서 조항에서는 유료로 사용되는 경우라고만 명시하였을 뿐 그 비율에 대해 따로 예외 규정을 두고 있지는 않으므로 감면 규정을 적용할 수 없다고 할 것이다. (4) 한편 쟁점부동산 중 숙소동(숙소, 식당) 및 편의동(샤워시설, 창고)은 종교의식ㆍ예배ㆍ축전ㆍ종교교육ㆍ선교 등의 종교활동에 직접 사용되는 시설이라 볼 수 없는 부수적인 시설로서 종교목적 사업에 필요불가결한 시설이 아니므로, 마찬가지로 「지방세특례제한법」제50조 제2항의 감면 규정을 적용할 수 없어 일반 과세하는 것이 타당하다. (5) 이 건 수련원은 청구법인측의 교인들만이 아닌 불특정 다수의 교인들 또한 비용을 지불하며 이용하고 있고, ‘실비’란 실제비용을 뜻하는데, 수련자는 수련에 필요한 기본적인 준비물(성경, 찬송가, 필기구, 수건, 세면도구 등)을 갖추어 와야 하는 입원 조건에서 수련자가 당일 취소할 경우 수련과 관련된 비용이 들지 않았음에도 선입금된 수련비는 환불이 안된다는 점으로 미루어보아 이 건 수도원은 유료로 사용되고 있음이 명확해 보인다. 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법령 그대로 해석해야 하고 특히 감면 또는 경감규정은 더욱 엄격하게 해석하는 것이 조세형평의 원칙에 부합하는 것이므로, 쟁점부동산에 대하여 「지방세특례제한법」제50조 제2항 본문에 따른 재산세 감면을 적용할 수 없다고 보아야 한다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 청구법인이 쟁점부동산을 수익사업에 사용한 것으로 보아 기 면제한 재산세를 추징한 처분의 당부 나. 관련 법령 : <별지> 참조 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) BBB가 발급한 소속증명서, 문화체육관광부장관이 발급한 비영리법인 설립허가증 및 청구법인의 정관에 따르면, 청구법인은 BBB 소속 교회인 ‘DDD교회’(OOO 소재)를 운영하는 비영리법인으로, 선교사업, 예배, 전도, 교육 등을 목적으로 설립된 것으로 확인된다. (나) 청구법인이 쟁점부동산에 소재하였던 이 건 학교를 2012년경에 폐교하였고, 2020년도부터 2024년도까지 각 재산세 과세기준일(6.1) 현재 쟁점부동산을 학교 사업에 직접 사용하지 아니하였다는 점에 관하여는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없다. (다) 처분청은 2025.3.21. 쟁점부동산에 출장한 후 <표2>와 같이 출장결과보고서를 작성하였다. <표2> 처분청의 쟁점부동산 출장결과보고서 내역 ○○○ (라) 쟁점부동산의 토지대장 및 건축물대장에 따르면, 청구법인이 2020년도부터 2024년도까지 각 재산세 과세기준일(6.1) 현재 해당 부동산의 소유자이고, 용도는 신학교(학교, 기숙사, 식당)이며, 2015.1.7. 대수선이 이루어진 것으로 확인된다. (마) 청구법인이 제출한 이 건 수련원의 소개자료, 이 건 수련원이 운영하는 프로그램에 대한 설명자료 등에 따르면, 이 건 수련원은 이 건 학교의 터에 설립되어 <표3>에 기재된 수련 프로그램을 운영하고 있는 것으로 나타난다. <표3> 이 건 수련원의 수련 프로그램 내역(청구법인 제출) ○○○ (바) 청구법인은 쟁점부동산을 종교단체의 해당 사업에 직접 사용하였음을 입증하는 취지로 <표4>의 쟁점부동산 사진 및 설명을 제출하였다. <표4> 쟁점부동산 사진(청구법인 제출) ○○○ (사) 청구법인이 제출한 이 건 수련원의 운영규정은 <표5>와 같다. <표5> 이 건 수련원의 운영규정 ○○○ (아) 청구법인은 이 건 수련원의 수련참가비 수입 내역(2020년도∼2024년도)을 <표6>과 같이 제출하였다. <표6> 이 건 수련원의 수련참가비 수입 내역(2020년도∼2024년도) ○○○ (자) 이 건 수련원의 홈페이지에서 확인되는 수련비용은 <표7>과 같다. <표7> 이 건 수련원의 수련비용 ○○○ (차) 청구법인은 <표8>과 같이 이 건 수련원의 연도별 수련 건수 및 인원 현황표를 제출하였다. <표8> 이 건 수련원의 연도별 수련 건수 및 인원 현황표 ○○○ (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 「지방세특례제한법」제50조 제1항 본문은 “종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다”고 규정하고 있고, 같은 조 제2항 본문은 “제1항의 종교단체 또는 향교가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세 및 지역자원시설세를 각각 면제한다”고 규정하고 있으며, 같은 항 단서는 “수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산”에 대해서는 재산세 및 지역자원시설세를 면제하지 않는다고 규정하고 있다. 이 때 종교단체가 해당 사업에 직접 사용하는 부동산이란 재산세 과세기준일 현재 종교단체가 해당 부동산을 예배, 선교 등 종교사업 자체에 직접 사용하는 것을 말한다 할 것이다(조심 2022지88, 2022.12.13., 같은 뜻임). (나) 청구법인이 쟁점부동산에서 운영하는 이 건 수련원은 청구법인 소속 교인 또는 다른 교회 소속 목회자, 교인 등이 참여하는 수련원으로서, 청구법인의 목회자와 직원이 상주하며 하루 세 번 이상 기도회를 하고, 매주 1회 이상 예배활동을 하며, 연간 100회 이상의 수련 프로그램을 진행하는 것으로 보이고, 이와 같은 종교 활동을 위한 예배실, 기도실 등을 갖추고 있어, 종교단체의 종교 활동 중 하나인 수련을 위한 시설로 보이는 점, 쟁점부동산 중 숙소동의 경우 내부에 침구와 탁상 외 TV나 조리시설 등이 비치되어 있지 않고, 편의동도 수련 프로그램의 참가자들을 위한 간단한 샤워시설이 갖추어져 있을 뿐이므로, 통상의 숙박시설이라기보다는 이 건 수련원의 주된 종교활동에 참여하기 위한 수련시설의 일부로 보이는 점, 청구법인이 숙식을 하는 참가자들로부터 숙박비 및 식비로 구성된 수련참가비를 지급받은 사실이 확인되나, 이는 통상의 숙박요금에 비해 낮은 실비 성격의 비용에 불과해 보이고, 청구법인이 이 건 수련원에서 진행되는 수련 프로그램 연간 운영비의 90% 상당을 부담하고 있는 것으로 확인되므로, 쟁점부동산이 수익사업에 사용하거나 유료로 사용되는 경우에 해당한다고 보기 어려운 점(조심 2021지2604, 2022.8.23., 같은 뜻임), 한편 「지방세특례제한법」제2조 제2호는 “수익사업”을 “「법인세법」제4조 제3항에 따른 수익사업”으로 정의하고 있고, 「법인세법」제4조 제3항 및 같은 법 시행령 제3조 제3항은 수익사업의 범위를 규정하고 있는바, 청구법인이 위 각 법령 조항에 열거된 수익사업을 영위하고 있다고 볼만한 사정이 제시되지도 아니한 점 등에 비추어, 청구법인은 종교단체로서 쟁점부동산 중 이 건 수련원에 관련된 부분을 해당 사업에 직접 사용하고 있는 것으로 보인다. (다) 다만, 처분청이 제출한 쟁점부동산 현황을 볼 때, 이 건 수련원으로 사용되는 본관, 숙소동, 편의동 및 그 부속토지 외에도 이 건 수련원에서의 종교활동과 무관한 잔디광장 등이 위치하고 있는 것으로 보이므로, 처분청은 쟁점부동산 중 이 건 수련원에 관련된 면적을 재조사하여 해당 면적에 대하여만 「지방세특례제한법」제50조 제2항 본문에 따라 재산세를 면제하는 것이 타당한 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 지방세특례제한법 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 2. “수익사업”이란 「법인세법」 제4조 제3항에 따른 수익사업을 말한다. 제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ① 「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교, 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법」 또는 「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자(이하 이 조에서 “학교등”이라 한다)가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(대통령령으로 정하는 기숙사는 제외한다)에 대해서는 취득세를 2027년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다. 1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우 2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 ② 학교등이 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세(「지방세법」 제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 「지방세법」 제146조 제3항에 따른 지역자원시설세를 각각 2027년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다. 제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제) ① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다. 1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우 2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 ② 제1항의 종교단체 또는 향교가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용(종교단체 또는 향교가 제3자의 부동산을 무상으로 해당 사업에 사용하는 경우를 포함한다)하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세(「지방세법」 제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 「지방세법」 제146조 제3항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다. (2) 법인세법 제4조(과세소득의 범위) ③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다. 1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 「통계법」 제22조에 따라 국가데이터처장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것 2. 「소득세법」 제16조 제1항에 따른 이자소득 3. 「소득세법」 제17조 제1항에 따른 배당소득 4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인한 수입 5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다. 6. 「소득세법」 제94조 제1항 제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인한 수입 7. 그 밖에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인한 수입으로서 대통령령으로 정하는 것 (3) 법인세법 시행령 제3조(수익사업의 범위) ③ 법 제4조 제3항 제7호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 「소득세법」 제46조 제1항에 따른 채권등(그 이자소득에 대하여 법인세가 비과세되는 것은 제외한다)을 매도함에 따른 매매익(채권등의 매각익에서 채권등의 매각손을 차감한 금액을 말한다)을 말한다. 다만, 제1항 제8호에 따른 사업에 귀속되는 채권등의 매매익을 제외한다.