청구인은 쟁점주식을 이 건 증여인으로부터 명의신탁받았다고 주장만 할 뿐 이를 객관적으로 입증할 만한 명의신탁약정서, 주금납입증명서 등을 제출하지 못하고 있는 점 등에 비추어, 청구인은 쟁점주식을 취득함으로써 최초로 이 건 주식발행법인의 과점주주가 된 것으로 보이므로, 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없음

이유 1. 처분개요 가. 처분청은 청구인이 주식회사 OOO(이하 “이 건 주식발행법인”이라 한다)의 발행주식 총OOO주 중 OOO주(1.79%)를 소유하고 있는 상태에서 2022.10.1. a(이하 “이 건 증여인”이라 한다)로부터 OOO주(48.5%)를 증여받아 최초로 이 건 주식발행법인의 과점주주(50.29%)가 되었음에도 청구인이 취득세 등을 취득세 등을 신고ㆍ납부하지 않은 것으로 보아, 2025.7.11. 청구인에게 과점주주가 된 날 현재(2022.10.1.) 이 건 주식발행법인이 소유하고 있는 취득세 과세대상 물건의 장부가액에 주식소유증가비율(50.29%)을 적용하여 계산한 금액을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과ㆍ고지하였다. 나. 청구인은 이에 불복하여 2025.9.4. 이의신청을 거쳐, 2026.1.26. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 지방세기본법」제17조 제1항의 실질과세 원칙 및 판례(대법원 2016.3.10. 선고 2011두26046 판결, 같은 뜻임)에 따르면, 과점주주 간주취득세 납세의무자에 해당하는지는 주주명부상의 명의가 아니라 주식에 관하여 의결권 등을 통해 주주권을 실질적으로 행사하여 법인의 운영을 지배하는지 여부를 기준으로 판단해야 한다. (2) 청구법인은 이 건 주식발행법인의 명의상 주주에 불과할 뿐, 실질 주주는 이 건 증여인인 사실이 아래와 같은 사정들을 통하여 명백히 입증된다. 가) 쟁점주식의 이전은 이 건 증여인이 운영하던 사업의 지방이전으로 인하여 발생한 전라남도 나주시의 ‘기존 사업장 폐쇄’ 시정명령을 이행하기 위한 목적에서 비롯되었다. 이는 조세 회피와는 무관한 행정적 요구에 대응하기 위한 부득이한 조치였고, 전라남도 나주시가 해당 조치를 인정하지 않자 즉시 쟁점주식의 소유권을 이 건 증여인에게 원상회복한 사실을 통하여, 청구인이 쟁점주식을 취득한 것이 실질적인 소유권 이전 의사가 아닌 형시적인 조치에 불과하였다는 것이 입증된다. 나) 청구인은 이 건 증여인의 직원으로서, 쟁점주식을 증여받으면서 어떠한 대가도 지급하지 않았다. 청구인이 쟁점주식의 주식 취득 자금을 전혀 출연하지 않은 점은 청구인이 이를 실질적으로 취득할 의사나 능력이 없었음을 방증한다. 판례는 이러한 경우에 주식 취득 자금의 실질적 부담자가 누구인지를 명의신탁 판단의 중요한 기준으로 삼고 있다(대구지방법원 2025.2.12. 선고 2023구합25772 판결, 같은 뜻임). 다) 청구인은 주주명부에 등재된 기간 동안 주주총회 참석, 의결권 행사 등 주주로서의 권리를 행사한 사실이 전무하며, 이 건 주식발행법인의 경영에 어떠한 영향력도 행사하지 않았다. 모든 경영상 판단과 의사결정은 실질 주주인 이 건 증여인에 의해 이루어졌다. 라) 특히 전라남도 나주시가 보조금 환수 처분을 하면서 ‘이 건 증여인의 경영권 행사가 충분히 가능한 상황이므로 매각 불인정’이라고 판단한 사실은, 과세관청이 아닌 제3의 행정기관조차도 쟁점 법인의 실질적 지배권자가 이 건 증여인임을 객관적으로 인정하였음을 보여주는 강력한 증거로서, 이는 청구인이 명의상 주주일 뿐 실질적 지배권을 가진 과점주주가 아니라는 주장을 뒷받침한다. 마) 청구인은 쟁점 주식 보유로 인한 배당금 수령 등 어떠한 경제적 이익도 취한 바 없다. 판례는 명의신탁된 주식에서 발생한 배당금이 실질 소유자에게 반환된 사실을 명의신탁의 중요한 증거로 인정하고 있다(서울행정법원 2024.10.29. 선고 2023구합64263 판결, 같은 뜻임). 이 건 주식발행법인의 경우 애초에 배당 자체가 없었으므로 청구인에게 귀속된 이익이 전무하고, 이는 청구인이 주식의 실질적 소유자가 아님을 명확히 한다. 바) 전라남도 나주시의 ‘기존 사업장 폐쇄’ 불인정 통보로 주식 증여의 목적이 좌절되자, 청구인은 이 건 증여인의 요구에 따라 아무런 이의 없이 증여계약을 해제하고 주식을 반환하였다. 이는 청구인에게 주식을 독자적으로 처분할 권한이 없었고, 오직 실질 소유자인 이 건 증여인의 의사에 따라 주식의 법적 외관이 결정되었음을 보여주는 명백한 증거이다. (3) 이상의 사정을 종합하면, 청구인은 이 건 주식발행법인의 주식을 실질적으로 취득하여 법인의 자산을 지배ㆍ관리할 수 있는 지위에 오른 과점주주가 아닌 사실에 확인되고, 이에 따라 과점주주 취득세의 납세의무 또한 없는 것으로 보는 것이 타당하다. 따라서 이 건 취득세 등의 부과처분은 취소되어야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 지방세법상 과점주주 요건인 법인의 운영을 실질적으로 지배할 수 있는 지위라 함은 실제 법인의 경영지배를 통하여 법인의 부동산 등의 재산을 사용ㆍ수익하거나 처분하는 등의 권한을 행사하였을 것을 요구하는 것은 아니고, 소유하고 있는 주식에 관하여 의결권행사 등을 통하여 주주권을 실질적으로 행사할 수 있는 지위에 있으면 족하다(대법원 2016.3.10. 선고, 2011두26046 판결, 같은 뜻임). (2) 이 경우 과세관청은 주주명부나 주식등변동상황명세서 또는 법인등기부등본 등의 자료에 의하여 과점주주임을 입증하면 되고, 실질 소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 입증하여야 하는데, 주주가 아닌 사실은 그 제3자와 주주명부상의 주주 사이의 내부관계, 주식 인수와 주주명부 등재에 관한 경위나 목적, 등재후 주주로서의 권리행사 내용 등에 비추어서 주주명부상의 주주는 명의만을 대여해 준 것일 뿐, 형식상의 주주에 지나지 않는다는 점이 증명되어야 한다(대법원 2004.7.9. 선고, 2003두1615 판결, 같은 뜻임). (3) 처분청은 이 건 주식발행법인에 대한 세무조사 과정에서 청구인이 2022.10.1. 이 건 증여인으로부터 쟁점주식을 취득하여 최초로 과점주주가 된 사실이 확인하였다. 청구인은 전라남도 나주시의 지방투자촉진보조금 환수를 회피하기 위하여 청구인이 쟁점주식을 명의신탁받은 것이라고 주장하나, 이에 대해 명의신탁 당시 공증된 명의신탁약정서, 법원의 확정판결문 등 명의신탁 관계를 확인할 수 있는 객관적인 자료를 제시한 사실이 없다. 또한 청구인이 제출한 전라남도 나주시의 지방투자촉진보조금 환수 관련 자료들만으로는 이 건 증여인이 쟁점주식을 청구인에게 명의신탁하였다가 환원받은 것이라고 인정하기에 부족한 점 등에 비추어 볼 때 쟁점주식을 명의신탁으로 취득한 것이라는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다(대법원 2025.8.14. 선고 2025두33808 판결 및 조세심판원 2023지4117, 2024.6.17. 결정 등 다수, 같은 뜻임) 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점주식은 청구인이 명의신탁받아 취득한 것이므로 과점주주 취득세 납세의무가 성립하지 않는다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 주식등변동상황명세서에 의하면, 이 건 주식발행법인의 주식변동내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 이 건 주식발행법인의 주식변동내역 (단위 : 수, %) ○○○ (나) 이 건 주식발행법인의 법인등기사항전부증명서에 의하면, 이 건 주식발행법인은 2022.3.24. 설립되었고, 대표이사는 청구인인 것으로 나타난다. (다) 아래 <표2ㆍ3ㆍ4>의 현물출자계약서, 증여계약서 및 증여계약 해제계약서에 의하면, 이 건 증여인이 운영하는 개인사업체 A(인천광역시 OOO소재)의 사업에 관한 일체의 권리와 의무를 이 건 주식발행법인에 포괄적으로 현물출자하였고, 이 건 증여인이 청구인에게 이 건 주식발행법인의 주식 OOO원을 2022.10.1. 증여하였다가 2023.1.20. 해제한 사실이 나타난다. <표2> 현물출자계약서 주요내용 ○○○ <표3> 증여계약서 주요내용 ○○○ <표4> 증여계약 해제계약서 주요내용 ○○○ (라) 이 건 증여인은 아래 <표5ㆍ6ㆍ7>과 같이 ‘A’이라는 상호로 운영하던 개인사업체를 2009년 9월경부터 전라남도 나주시로 이전하면서, 전라남도 나주시로부터 지방투자촉진보조금을 지원받았다가, 그 지원기준을 충족하지 못하여 기존사업체의 폐쇄를 통보받았고, 이 건 증여인이 기존사업체를 직원에게 포괄 양도하는 방식으로 매각하겠다는 조치계획을 제출하였으나 그러한 소명이 불인정된 사실이 나타난다. <표5> 전라남도 나주시 지방투자촉진보조금 지급내용 ○○○ <표6> A 폐쇄 관련 협의사항 관련 문서 주요내용 ○○○ <표7> 지방투자촉진보조금 교부결정 취소 및 반환통보 문서 주요내용 ○○○ (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 「지방세법」 제7조 제5항에서 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」제46조 제2호에 따른 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 본다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제11조 제1항에서 법인의 과점주주가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분을 취득하거나 증자 등으로 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 해당 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식등을 모두 취득한 것으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다고 규정하고 있다. (나) 위 조항에서 규정한 과점주주에 해당하는지 여부를 판단함에 있어 주식의 소유사실은 과세관청이 주주명부나 주식등변동상황명세서 또는 법인등기부등본 등의 자료에 의하여 이를 입증하면 되는 것이고, 주주명의를 도용당하였거나 실질소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 주주에 해당한다고 볼 수는 없으나, 이는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 입증하여야 할 것이며, 그 명의자임을 주장하는 자는 본인이 명의가 도용당하였다거나 차용되었다는 사실을 법원의 확정판결이나 객관적 자료 등에 의해 입증하여야만 그 입증책임을 다하였다 할 것이다(조심 2020지3417, 2021.5.27. 등 다수, 같은 뜻임). (다) 청구인은 쟁점주식을 명의신탁받아 취득한 것이므로 과점주주 취득세 납세의무가 성립하지 않는다고 주장한다. 그러나 청구인이 이 건 주식발행법인의 주식 OOO주(1.79%)를 소유하고 있는 상태에서 2022.10.1. 이 건 증여인으로부터 이 건 주식발행법인의 주식 OOO주(48.5%)를 증여받아 최초로 쟁점법인의 과점주주(50.29%)가 된 사실이 주식변동상황명세서를 통하여 확인되는 점, 전라남도 나주시의 지방투자촉진보조금 교부결정 취소 및 반환통보 문서는 이 건 증여인이 일부 지분의 주주로서 경영권 행사가 가능하다는 사실을 기재한 것일 뿐 청구인이 이 건 증여인으로부터 쟁점주식을 명의신탁 받았다는 사실을 확인한 것은 아닌 점, 청구인은 쟁점주식을 이 건 증여인으로부터 명의신탁 받았다고 주장만 할 뿐 이를 객관적으로 입증할 만한 명의신탁약정서, 주금납입증명서 등을 제출하지 못하고 있는 점 등에 비추어, 청구인은 2022.10.1. 쟁점주식을 취득하여 최초로 이 건 주식발행법인의 과점주주가 된 것으로 보는 것이 타당하므로, 처분청이 청구인에게 이 건 과점주주 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 「지방세법」 제7조(납세의무자 등) ⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주 중 대통령령으로 정하는 과점주주(이하 "과점주주"라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 「신탁법」에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기ㆍ등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 「지방세기본법」 제44조를 준용한다. (2) 지방세법 시행령(2022.6.30. 대통령령 제32747호로 개정된 것) 제11조(과점주주의 취득 등) ① 법인의 과점주주(제10조의2에 따른 과점주주를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분(이하 "주식등"이라 한다)을 취득하거나 증자 등으로 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 해당 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식등을 모두 취득한 것으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다. ② 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 해당 법인의 주식등을 취득하여 해당 법인의 주식등의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식등의 비율(이하 이 조에서 "주식등의 비율"이라 한다)이 증가된 경우에는 그 증가분을 취득으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다. 다만, 증가된 후의 주식등의 비율이 해당 과점주주가 이전에 가지고 있던 주식등의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 취득세를 부과하지 아니한다. ③ 과점주주였으나 주식등의 양도, 해당 법인의 증자 등으로 과점주주에 해당되지 아니하는 주주 또는 유한책임사원이 된 자가 해당 법인의 주식등을 취득하여 다시 과점주주가 된 경우에는 다시 과점주주가 된 당시의 주식등의 비율이 그 이전에 과점주주가 된 당시의 주식등의 비율보다 증가된 경우에만 그 증가분만을 취득으로 보아 제2항의 예에 따라 취득세를 부과한다. ④ 법 제7조 제5항에 따른 과점주주의 취득세 과세자료를 확인한 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 그 과점주주에게 과세할 과세물건이 다른 특별자치시ㆍ특별자치도ㆍ시ㆍ군 또는 구(자치구를 말한다. 이하 "시ㆍ군ㆍ구"라 한다)에 있을 경우에는 지체 없이 그 과세물건을 관할하는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 과점주주의 주식등의 비율, 과세물건, 가격명세 및 그 밖에 취득세 부과에 필요한 자료를 통보하여야 한다. (3)「지방세기본법」(2021.12.28. 법률 제18654호로 개정된 것) 제46조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(주식을「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에 상장한 법인은 제외한다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목의 경우에는 납기개시일) 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 소유주식수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다. 1. 무한책임사원 2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)