이유
1. 처분개요

가. OOO은 2013년 9월경 청구법인OOO에 대한 OOO조사를 실시한 결과,

OOO이라 한다)의 명의로

OOO한 건과 관련하여 모든 통관 업무를 청구법인이 직접 수행한 것으로 보아 수입자를 청구법인으로 판단하고 당초 일구 상사 등에 발급한 수입세금계산서를 취소하여 청구법인에게 아래 <표>와 같이 수정수입세금계산서(이하 “쟁점수정수입세금계산서”라 한다)를 재발급하였다.

나.

청구법인은 이에 따라 2013.12.18. 처분청에 2011년 제2기∼2013년

제1기 부가가치세 과세기간의 부가가치세 OOO원의 환급을 구

하는 경정청구를 하였고, 처분청은 2014.2.18. 청구법인에게 관세조사를

통해 받은 수정수입세금계산서는 매입세액공제 대상이 아니라는 이유로 경정청구거부통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.3.5. 이의신청을 거쳐 2014.7.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)청구법인은 2009.7.30.∼2013.4.29. 기간 동안 OOO를 저가로 수입신고하였다는 사유로 2013년 9월경 OOO으로부터 OOO조사를 받고, 2013.9.16. OOO원의 과세전통보를 받았다.

OOO은 청구법인의 직접 통관분과 대리를 이용한 통관분에 대하여 조사를 하였고, OOO 등이 대리 통관한 분에 대하여 청구법인이 직접 통관한 것으로 보아 OOO 등에게 기존에 발급하였던

수입세금계산서를 취소하는 의미로 (-)처리하여 수정수입세금계산서를

교부하여 주고, 「수입세금계산서에 관한 고시」(관세청고시 제2013-21호, 2013.5.6.)에 따라 청구법인에게 동일금액의 수정수입세금계산서를 발급하였다.

「수입세금계산서에 관한 고시」 제3조 제3항 제2호에 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 기재된 경우에는 당초 작성일자로 수정수입세금계산서를 교부하도록 되어 있고, 쟁점수정수입세금계산서는 공급

받는 자가 OOO 등이 아니라 청구법인이라는 착오기재를 시정하여

당초 작성일자로 수정수입세금계산서를 발급하여 교부한 것이다.

국세청 예규(부가-755, 2013.8.23.)에서도 공급받는 자가 잘못 적힌

경우에는 재화나 용역의 공급일이 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 수정세금계산서를 교부할 수 있다고 하고 있으므로 당초 작성일자로 하여 교부하여 준 쟁점수정수입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 아니다.

(2) 처분청은 청구법인의 이의신청에 대하여, “쟁점수정수입세금

계산서는

「부가가치세법」 제35조

및 같은 법 시행령 제72조 제5항에

따라 OOO이 부가가치세를 납부 받거나 징수한 날을 작성일로 하여 발급받아야 함에도 최초 수입세금계산서의 발급일로 교부받은 사실이 확인되므로, 법 제39조에서 규정하고 있는 필요적 기재사항의 공급시기가 사실과 다르게 적힌 경우에 해당한다”고 하여 기각결정을 하였으나, 청구법인이 OOO에게 쟁점수정수입세금계산서의 교부일자에 대한 확인을 요청하여 “납세의무자 정정으로 인한 수정 교부일자는 2013.11.7.”이라는 회신을 받았으며, OOO에게 수정교부일자인 2013.11.7.을 작성일자로 하여 수정수입세금계산서를 재발급 해줄 것을 요청하였으나, “OOO의 전산시스템상 당초 교부일자를 작성일자로 자동 발급되므로 교부일자를 정정하지 못한다”는 회신을 받았다.

따라서 OOO이 청구법인에게 최초 수입세금계산서 발급일

자로 교부하여 준 쟁점수정수입세금계산서는 정당한 세금계산서이므로

부가가치세 OOO원을 환급함이 정당하다.

나. 처분청 의견

(1) OOO이 청구법인에 대한 OOO조사를 통해, 청구법인이 모든 통관 업무를 수행하였다고 판단하여 통관을 대행한 OOO 등에게 발행한 수입세금계산서를 취소하고 실제 통관 업무를 수행한 청구법인에게 수입세금계산서를 발행하였으므로, 쟁점수정수입세금계산서는

「부가가치세법」 제35조

제2항 및 같은 법 시행령 제72조 제

4

항에 따라 받은 수입세금계산서가 아닌 조사 후 경정 등을 통해 받은 수입세금계산서이므로 관련 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다.

또한

「부가가치세법」 제35조

의 개정규정은 부칙 제11944호(2013.7.26.)에 의해 이 법 시행 후 최초로 수정신고하거나 결정·경정하는 분부터 적용하는 것이므로 OOO이 발급한 쟁점수정수입세금계산서의 매입세액은 공제받을 수 없다.

(2) 청구법인은 「수입세금계산서에 관한 고시」 제3조 제3항 제2호에 따라 당초 작성일자로 수정수입세금계산서를 교부받았다고 주장하나, 같은 고시 제3조 제1항의 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 제2항에 따른 신청서를 작성하여 원래의 수입세금계산서를 교부한 세관장에게 제출하면 제3항 제1호 및 제2호의 방법으로 수정수입세금계산서를 교부할 수 있다고 규정되어 있는바, 청구법인의 경우 관세조사를 통해 통관의 주체가 변경되어 수정수입세금계산서를 교부받은 것이므로 같은 고시 제3조에 의한 수정수입세금계산서가 아니며,

「부가가치세법」 제35조

및 같은 법 시행령 제72조 제5항에 따라 부가가치세를 납부 받거나 징수한 날을 작성일로 하여 수정수입세금계산서를 발급받지 아니하고 당초 수입세금계산서의 발급일로 교부받은 사실이 확인되고

「부가가치세법」 제39조

에서 규정하고 있는 필요적 기재사항의 공급시기가 사실과 다르게 적힌 경우에도 해당하므로, 쟁점수정

수입세금계산서는 매입세액을 공제받을 수 있는 세금계산서에 해당하지

아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

OOO이 조사로 수입자를 청구법인으로 수정한 쟁점수정수입세금계산서가 매입세액 공제대상인지 여부

나. 관련 법령 등 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 과세자료를 보면, 청구법인은 OOO 등의 명의로 OOO를 수입한데 대하여 OOO이 청구법인에 대한 관세조사를 한 결과, 수입자를 청구법인으로 확인하고

수입자를 청구법인으로 변경하여 쟁점수정수입세금계산서를 발행하였고

, 청구법인은 2013.12.17. 위 <표> 기재의 해당 과세기간에 대한 부가가치세 경정청구를 하였으며, 처분청은 쟁점수정수입세금계산서는 OOO이 관세조사를 통해 발행한 수정수입세금계산로 매입세액 불공제 대상으로 보아 이 건 처분을 하였다.

(2)

「부가가치세법」 제35조

제2항과 같은 법 시행령 제72조 제5항은 세관장은 과세표준 또는 세액을 경정함에 따라 수입하는 자에게 수정한 수입세금계산서를 발급하는 경우에는 부가가치세를 납부 받거나 징수 또는 환급한 날을 작성일로 적고 비고란에 최초 수입세

금계산서 발급일 등을 덧붙여 적은 후 발급한다고 규정하고 있고, 같은

법 제39조 제1항 제2호는 발급받은 수입계산서에 같은 법 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 공제하지 아니한다고 규정하고 있다.

(3) 청구법인이 제출한 “수정 수입세금계산서 확인요청에 따른 통보”공문(OOO이 2017.7.8. 청구법인에게 회신하였다)을 보면, 청구법인이 2014.7.4. 쟁점수정수입세금계산서의 교부일자 확인을 요청한데 대하여, “요청하신 건의 세금계산서 기 교부일자는 납부일자

이며 납세의무자 정정으로 인한 수정교부일자는 2013.11.7.입니다”라고

회신한 것으로 나타나고, 청구법인이 처분청에 제출한 경정청구서에 첨부된 수입세금계산서(청구법인 명의로 작성된 쟁점수정수입세금계산서)를 보면, 「수입세금계산서 교부에 관한 고시」제2조에 규정된 서식에 수입자를 변경하여 발행한 것으로 나타나고 당초 납부일자 외 별도의 작성일자는 기재되어 있지 않은 것으로 나타난다.

(4) OOO에서 청구법인에게 보낸 과세전통지 및 우리원에서 OOO에 직접 확인한 바에 의하면, 쟁점수정수입세금계산서는 단순착오를 시정하기 위하여 발급된 것이 아니라, OOO이 청구법인에 대한 관세조사를 실시하여 청구법인이 OOO 등의 명의로

수입신고가액을 저가로 신고한 사실을 확인하고, 당초 OOO 등에게

발급하였던 수입세금계산서의 정당한 수입자를 청구법인으로 변경하는

과정에서 발급된 것이고, 청구법인에 추가로 부과된 세금에 대하여는 수입세금계산서를 발급하지 아니한 것으로 확인된다.

(5)

이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,세관장이 관세조사를 통하여 청구법인이 의류를 수입하면서 OOO 등을

명의상 수입자로 신고한 사실을 확인하고 청구법인을 수입자로

하여 쟁점수정수입세금계산서를 발급하였는바, 이는 「부가가치세법」

제35조 및 같은 법 시행령 제72조 제5항에 규정된 사유와 절차에 따라

발급된 수정수입세금계산서로 볼 수 없는 점, 쟁점수정수입세금계산서

발급사유가 청구법인의 책임으로 돌릴 수 없는 단순 착오를 수정한 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점수정수입세금계산서의

매입세액은

「부가가치세법」 제38조

에 규정한 매출세액에서 공제하는

매입세액으로 보기 어렵다 하겠다.

따라서, 청구법인의 경정청구를 받아들이지 아니한 처분청의 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법

」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령 등

(1)

국세기본법 제45조

(경정 등의 청구)① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

(2) 부가가치세법(

2013.6.7. 법률 제11873호로 전부개정된 것)

제32조(세금계산서 등)① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

제35조(수입세금계산서)① 세관장은 수입되는 재화에 대하여 부가가치세를 징수할 때에는 수입된 재화에 대한 세금계산서(이하 "수입세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 수입하는 자에게 발급하여야 한다.

② 세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 수입하는 자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 수입세금계산서(이하 "수정수입세금계산서"라 한다)를 발급하여야 한다.

1. 「관세법」에 따라 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하기 전에 수입하는 자가 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정신고 등을 하는 경우

2. 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하거나 수입하는 자가 세관공무원의 관세 조사 등 대통령령으로 정하는 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 「관세법」에 따라 수정신고하는 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

가.「통일상품명 및 부호체계에 관한 국제협약」에 따른 관세협력이사회나 「관세법」에 따른 관세품목분류위원회에서 품목분류를 변경하는 경우

나. 합병에 따른 납세의무 승계 등으로 당초 납세의무자와 실제 납세자가 다른 경우

다. 수입자의 단순착오로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 등 대통령령으로 정하는 경우

③ 제2항에 따라 수정수입세금계산서를 발급한 세관장은 제54조를 준용하여 작성한 수정된 매출처별 세금계산서합계표를 해당 세관 소재지를 관할하는 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 수입세금계산서 또는 수정수입세금계산서의 작성과 발급 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제38조(공제하는 매입세액)① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1.사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액

2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

③ 제1항 제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

제39조(공제하지 아니하는 매입세액)① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

부칙 제2조(수정수입세금계산서 발급에 관한 적용례) 제35조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 수정신고하거나 결정ㆍ경정하는 분부터 적용한다.

(3) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 전부개정된 것) 제72조(수입세금계산서)① 법 제35조 제1항에 따른 수입세금계산서는 법 제32조 제1항에 따른 세금계산서 발급에 관한 규정을 준용하여 발급한다.

② 세관장은 「관세법」에 따라 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하기 전에 같은 법 제28조 제2항, 제38조의2 제1항·제2항, 제38조의3 제1항부터 제3항까지, 제38조의4 제1항, 제46조, 제47조 및 제106조에 따라 부가가치세를 납부받거나 징수 또는 환급하는 경우에는 법 제35조 제2항에 따라 수입자에게 수정한 수입세금계산서를 발급하여야 한다.

③ 제2항에도 불구하고 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하거나 수입자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 「관세법」에 따라 수정신고를 하는 경우에는 제4항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 수입자에게 수정한 수입세금계산서를 발급한다.

1. 관세 조사 또는 관세 범칙사건에 대한 조사를 통지하는 행위

2. 세관공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수하는 행위

3. 그 밖에 제1호 또는 제2호와 유사한 행위

④ 제3항에 따라 수정한 수입세금계산서를 발급하는 경우는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로 한다.

1. 「관세법」에 따른 품목분류의 사전심사에 따라 해당 물품에 적용할 품목분류를 변경한 경우

2. 수입자의 귀책사유 없이 「관세법」 등에 따른 원산지증명서 등 원산지를 확인하기 위하여 필요한 서류가 사실과 다르게 작성·제출되었음이 확인된 경우

3. 수입자의 단순 착오로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우

⑤ 세관장이 제2항과 제3항에 따라 수정한 수입세금계산서를 발급하는 경우에는 부가가치세를 납부받거나 징수 또는 환급한 날을 작성일로 적고 비고란에 최초 수입세금계산서 발급일 등을 덧붙여 적은 후 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급한다.

⑥ 제1항부터 제5항까지에서 규정한 사항 외에 수입세금계산서 또는 수정한 수입세금계산서의 작성과 발급 등에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

(4) 수입세금계산서 교부에 관한 고시(관세청 고시 제2013-21호, 2013.5.6.)

제1조(목적)

이 고시는

「부가가치세법」제16조

제5항 및 같은 법

시행령 제56조에 따라 재화의 수입에 대하여 세관장이 교부하는 수입세금계산서의 교부절차 및 교부방법 등을 규정함을 목적으로 한다.

제2조(수입세금계산서 등의 교부) ① 세관장이 부가가치세를 징수, 환급, 충당하는 때에는 별지 제1호 서식의 수입세금계산서를 교부하여야 한다. 다만, 「부가가치세법」또는 다른 법령에 따라 부가가치세의 징수를 유예하는 경우에는 실제로 부가가치세를 징수하는 때에 교부한다.

② 부가가치세가 면제되는 경우에는 수입신고수리를 하는 때(

「관세법」제16조

의 각 호에 해당하는 물품은 그 사실이 발생한 때)에

「소득세법」제163조

제3항에 따라 별지 제1호의2서식의 수입계산서를 교부한다.

③ 제1항의 수입세금계산서는

「부가가치세법」제16조

제2항에 따른 전자적 방법(이하 "전자수입세금계산서"라 한다)으로 교부한다.

④ 세관장은「관세법」(이하 ‘법’이라 한다) 제46조 및 제106조에 따라 부가가치세 환급금을 결정한 후 환급금을 지급하거나 충당하는 때에는 과세표준 및 세액 앞에 부(-)표시한 수입세금계산서를 교부한다.

제3조(수입세금계산서의 수정교부) ① 세관장은 수입세금계산서를 교부한 후 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 수입세금계산서를 수정하여 교부하여야 한다.

1. 수입신고서의 납세의무자를 착오로 잘못 신고하여 변경하는 경우

2. 법인합병으로 인한 납세의무의 승계로 당초 납세의무자와 실제 납세자가 다른 경우

3. 수입물품이「여신전문금융업법」에 따른 대여시설물품으로서 수입신고서의 납세의무자와 대여시설이용자가 다른 경우

4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지에 준하는 정정사유가 있다고 세관장이 인정하는 경우

② 제1항에 따라 수입세금계산서를 수정교부 받으려는 자는 별지 제2호 서식의 수입세금계산서 수정교부 신청서를 원래의 수입세금계산서를 교부한 세관장에게 제출하여야 한다.

③ 세관장은 제2항에 따른 신청을 받으면 다음 각 호의 방법으로 수정수입세금계산서를 교부할 수 있다.

1. 공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 증감사유가 발생한 날을 작성일자로 하여 추가되는 금액은 정(+)의 세금계산서를 교부하고, 차감되는 금액은 부(-)의 세금계산서를 교부한다.

2. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 기재된 경우에는 당초 작성일자로 공급가액과 세액 앞에 각각 부(-)표시한 수입세금계산서와 기재사항을 정정한 수정수입세금계산서를 함께 교부한다.

④ 세관장은 제5조의 일괄수입세금계산서 또는 제5조의2의 월별납부서단위의 수입세금계산서를 수정하려는 경우에는 개별수입세금계산서를 수정한 후 정정된 일괄수입세금계산서 또는 월별납부서단위의 수입세금계산서를 교부한다.

제4조(수입세금계산서의 재교부) ① 수입세금계산서의 재교부를 받으려는 자는 별지 제3호서식의 재교부신청서를 원래의 수입세금계산서를 교부한 세관장에게 제출하여야 한다.

② 세관장은 제1항에 따른 수입세금계산서의 재교부 신청을 받으면 해당 신청서를 검토한 후 즉시 이를 재교부하여야 한다.