이유
1. 처분개요

가. 청구인은 OOO까지 OOO에서 OOO이라는 상호로 활어도.소매업을 영위한 개인사업자로서, 2008년 중 OOO 소재 OOO(이하 “쟁점거래처”라 한다)으로부터 공급가액 합계 OOO의 계산서 12매를 수취한 후 2008년 귀속 종합소득세 확정신고시 그 공급가액을 필요경비에 산입하였다.

나. OOO지방국세청장은 2011년 청구인이 위 계산서 중 공급가액 합계 OOO(이하 “쟁점금액”이라 한다) 상당의 계산서는 실물거래 없이 수취한 것이라는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 쟁점금액을 필요경비 불산입하여 OOO 청구인에게 2008년 귀속 종합소득세 OOO을 경정.고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 처분청은 청구인이 쟁점거래처로부터 실물거래 없이 쟁점금액의 계산서를 수취하였다고 보아 종합소득세를 과세하였으나 쟁점거래처 공동대표자인 OOO의 확인서 외에 별도 조사자료나 결정근거를 제시하지 못하고 있으므로 이 건 종합소득세 과세처분은 근거과세의 원칙을 위배한 위법한 처분이다.

(2) 당해 납세자로부터 계산서가 실물거래 없이 발행되었음을 시인하는 내용의 확인서를 받거나 금융자료 등 계산서가 가공자료임을 확신하기에 충분한 정도의 자료를 확보하여 과세한 것으로 보기 어려운 경우에는 사기 기타 부정한 경우로 보아 10년의 국세부과제척기간을 적용할 수 없다고 할 것인바, 처분청은 객관성을 신뢰하기 어려운 쟁점거래처 공동대표자 OOO의 확인서만으로 청구인이 실물거래 없이 쟁점금액의 계산서를 수취하였고 이를 부정한 행위에 해당한다고 보아 10년의 국세부과제척기간을 적용하였으나 이는 잘못으로 5년의 국세부과제척기간을 적용하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점거래처의 공동대표자인 OOO이 청구인에게 실물거래 없이 쟁점금액의 계산서를 발급하였음을 확인하였고, 월별로 청구인이 쟁점거래처로부터 수취한 계산서금액과 쟁점거래처가 청구인에게 실제로 매출한 금액에 대한 자료가 있으며 특히 1월부터 3월까지는 일자별로 청구인에 대한 실제 매출내역도 있다.

(2) 청구인이 실물거래 없이 쟁점금액의 계산서를 수취한 후 종합소득세 확정신고시 쟁점금액을 부당하게 필요경비에 산입하였으므로 10년의 국세부과제척기간을 적용한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 과세처분이 근거과세의 원칙에 위배되며 5년의 국세부과제척기간을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법률

(1) 국세기본법

제16조[근거과세] ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다.

제26조의2[국세 부과의 제척기간] ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다.(단서 생략)

1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간[「국제조세조정에 관한 법률」제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하 "국제거래"라 한다)에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 15년간]. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여

「법인세법」제67조

에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간(국제거래에서 발생한 부정행위로 법인세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받아

「법인세법」제67조

에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세의 경우에는 15년간)으로 한다.

1의2..2. (생 략)

3. 제1호ㆍ제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

제85조의3[장부 등의 비치와 보존] ① 납세자는 각 세법이 규정하는 바에 따라 모든 거래에 관한 장부 및 증빙서류를 성실하게 작성하여 비치하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의한 장부 및 증빙서류는 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 당해 국세의 법정신고기한이 지난 날부터 5년간 보존하여야 한다.(단서 생략)

(2) 소득세법

제27조[필요경비의 계산] ① 부동산임대소득금액·사업소득금액 또는 기타소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입할 금액은 당해연도의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

제160조의2[경비 등의 지출증빙 수취 및 보관] ① 거주자가 부동산임대소득금액·사업소득금액 또는 기타소득금액을 계산함에 있어서 제27조의 규정에 따라 필요경비를 계산하고자 하는 경우에는 그 비용의 지출에 대한 증빙서류를 수취하고 이를 확정신고기간 종료일부터 5년간 보관하여야 한다.(단서 생략)

(3) 소득세법 시행령

제55조[부동산임대소득등의 필요경비의 계산] ① 부동산임대소득과 사업소득의 각 연도의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 다음 각 호의 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가격(매입에누리 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용. 이 경우 사업용외의 목적으로 매입한 것을 사업용으로 사용한 것에 대하여는 당해 사업자가 당초에 매입한 때의 매입가액과 그 부대비용으로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구인이 제출한 심리자료에 의하여 나타나는 이 건 과세경위는 다음과 같다.

(가) 청구인은 쟁점거래처로부터 해산물을 매입한 것으로 하여 공급가액 합계 OOO의 계산서 12매를 수취하였고 2008년 귀속 종합소득세 확정신고시 그 공급가액을 필요경비에 산입하였다.

(나) OOO지방국세청장은 2011년 쟁점거래처에 대한 조사시 쟁점거래처의 공동대표자인 OOO으로부터 실물거래 없이 청구인에게 쟁점금액의 계산서를 발급하였다는 내용의 확인서를 받았고 처분청에 이를 과세자료로 통보하였는바, 쟁점거래처 공동대표자인 OOO의 확인서(2011.5.23.) 주요내용, 쟁점금액의 월별 내역 및 2008년 1월부터 2008년 3월까지 쟁점거래처의 청구인에 대한 일자별 실제매출 상세내역은 각 아래 ＜표1＞, ＜표2＞ 및 ＜표3＞과 같다.

＜표1＞ 쟁점거래처 공동대표자OOO 확인서

＜표2＞ 쟁점금액의 월별 내역

＜표3＞ 쟁점거래처의 청구인에 대한 실제매출 상세내역(2008.1.～2008.3.)

(다) 처분청은 2011년 중 이루어진 쟁점거래처에 대한 쟁점거래처에 대한 조사 및 관련 과세자료 수보 후, 약 4년여가 경과한 2015.10.8. 과세자료에 따라 이 건 과세처분을 하였고, 청구인의 2007년～2010년 귀속별 매출총이익률은 아래 ＜표4＞와 같은바, 청구인이 당초 신고한 2008년 귀속 매출총이익률은 16.6%로서 다른 과세기간에 비하여 현저히 낮고, 오히려 경정후의 매출총이익률 27.6%가 이에 근접하다는 의견이다.

＜표4＞ 매출총이익률(2007년～2010년)

(2) 청구인은 이 건 심판청구서 및 조세심판관회의(2016.3.3.) 의견진술 등을 통하여, 처분청은 사실상 쟁점거래처 대표자의 확인서 외에는 과세근거를 제출하지 못하고 있는바, 동 확인서가 어떠한 자료에 근거하여 작성되었는지(청구인에 대한 실제 매출이라는 것 또한 2008년 1월에서 3월분까지만 제출됨) 알 수 없는 등 진정성에 의문이 있는 상황에서, 청구인에 대한 사실조사도 없이 쟁점금액을 가공거래에 따른 매입금액으로 과세하였으므로, 이는「국세기본법」상 근거과세원칙을 위배하였을 뿐아니라 부과제척기간(5년)을 도과한 부당한 처분이라고 주장하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점금액을 가공의 매입금액으로 보아 이 건 종합소득세 과세처분을 하였는바,

(1)

「국세기본법」제16조

에서 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세과세표준의 조사와 결정은 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 하고, 장부의 기록 내용이 사실과 다른 경우 등에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있도록 규정하고 있고, 이와 같이 과세가 장부 및 증빙서류에 근거하여 객관성 있게 이루어져야 한다는 근거과세의 원칙은 과세관청의 자의에 의한 과세를 방지하여 납세의무자의 권리를 보장함과 동시에 납세의무자에게 불복청구의 편의를 주기 위한 것인바, 이를 효율적으로 담보하기 위하여

「소득세법」제160조

이하 등에서 납세의무자의 장부 비치.기장, 각종 서류의 보관의무 등을 규정하고 있고, 그 제160조의2 제1항에서 거주자가 사업소득 등의 소득금액을 계산시 필요경비에 산입한 비용지출에 대한 증빙을 확정신고기간 종료일부터 5년간 보관하도록 규정하고 있으며,

「국세기본법」제85조의3

에서도 동일한 취지로 거래에 관한 장부 및 증빙서류를 당해 국세의 법정신고기한이 지난 날부터 5년간 보존하도록 규정하고 있다.

(2) OOO지방국세청장은 2011년 청구인이 아닌 쟁점거래처에 대한 조사를 통하여 쟁점금액을 가공거래금액으로 조사하였으나, 이 건 과세당시 쟁점거래처 대표자의 확인서 외 쟁점금액을 산출한 구체적 근거가 확인되지 아니하는 점, 처분청은 위 OOO지방국세청장의 조사를 즈음하여 관련 과세자료를 수보한 것으로 보이나 이에 대하여 처리를 하지 아니하다가 OOO에서야 통보받은 자료와 같이 쟁점금액을 가공거래금액으로 하여 이 건 과세를 한 점, 동 과세처분은 2008년 귀속분에 대한 것인바, 그에 대한 종합소득세 과세표준 확정신고기간 종료일은 OOO이므로 청구인은 쟁점금액에 대한 증빙을 그로부터 5년인 OOO까지 보관할 의무가 있었으며, OOO지방국세청장과 처분청은 그 보존기간 중 청구인에 대한 조사를 한 사실이 없으며, 이 건 과세처분도 이를 도과하여 이루어진 점, 위「소득세법」등의 취지를 고려할 때 장부와 증빙자료의 보존기간이 경과하여 특정 거래를 가공거래로 하여 과세하고자 한다면 당해 사업자에게 보존기간이 경과하지 아니한 경우와 동일한 정도의 입증책임을 부담시키는 것은 무리라고 할 것이므로, 이에 대하여는 처분청에서 보다 명확한 근거를 제시할 필요가 있음에도 기 징취하였던 확인서와 일부기간 상세 매출자료만으로는 쟁점금액을 가공거래 금액이라는 근거가 충분하다고 보기 어려운 점(설령, OOO지방국세청장의 조사당시 가공거래로 그 근거를 확보하였다고 하더라도 현재 이를 확인할 수 없고, 이에 대하여는 과세자료 관리를 소홀히 하거나 기한 내 확인하지 아니한 과세관청의 잘못이 있으므로 그러한 사실이 과세를 정당화할 수도 없다 할 것이며, 매출총이익률 등 정황자료가 특정거래를 가공거래로 단정할 객관적 자료라 할 수도 없다) 등에 비추어 이 건 종합소득세 과세처분이 장부 및 증빙서류에 근거하여 객관성 있게 이루어진 것으로 보기 어렵다 할 것이다.

(3) 따라서, 이 건 종합소득세 과세처분은「국세기본법」상 근거과세의 원칙을 위배한 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.