이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2023.8.8. 충청북도 청주시 상당구 미원면 OOO㎡(이하 “쟁점1토지”라 한다)를 매매로 취득하고 과세표준을 OOO원으로 하여 「지방세특례제한법」 제11조 제2항에 따라 농업법인에 대한 감면(100분의 50 경감)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을, 2024.3.19. 같은 리 OOO㎡(이하 “쟁점2토지”라 한다)를 지목변경(대지)하고, 같은 리 OOO 지상에 소재한 건물 OOO㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 신축으로 취득하고 2024.5.14. 쟁점2토지에 대해서는 과세표준을 OOO원으로, 쟁점건물에 대해서는 과세표준을 OOO원으로 하여 같은 감면을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원 및 OOO원을 각각 신고ㆍ납부하였다.

나. 처분청은 2025.11.25. 현지조사 결과 청구법인이 2025.6.15.부터 쟁점건물 2층 OOO㎡(이하 “쟁점면적”이라 한다)를 A(이하 “이 건 협회”라 한다)에 임대한 사실을 확인하고, 2025.12.8. 쟁점1토지, 쟁점2토지 및 쟁점건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)에 대한 취득세 등을 추징하기 위하여 과세예고통지를 하였다.

다. 청구법인은 2025.12.17. 과세전적부심사를 청구하였고, 이에 대하여 충청북도지사가 2026.1.21. 불채택 결정하자, 처분청은 2026.2.12. 취득세(가산세 포함) OOO원, 지방교육세(가산세 포함) OOO원, 농어촌특별세(가산세 포함) OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과ㆍ고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2026.4.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 형식적으로 이 건 협회에 쟁점면적을 임대한 것에 불과하다.

(가) 청구법인의 대표이사 a은 2025.6.14. 이 건 협회의 회장으로 선임된바, 이 건 협회가 관할 세무서로부터 비영리법인 고유번호증을 발급받는 데 필요한 주소지 요건을 충족하기 위하여 청구법인이 2025.6.15. 이 건 협회에 쟁점면적을 형식적으로 무상 임대하는 내용으로 계약서를 작성하였을 뿐, 실질적인 임대차 계약을 체결한 것은 아니다.

(나) a은 건강상의 이유로 2025.10.15. 이 건 협회의 회장직에서 사임하였고, 4개월의 짧은 기간은 물론 그 이후에도 쟁점면적에서 이 건 협회와 관련된 실질적인 사무 업무는 전혀 이루어지지 않았다.

(다) 「지방세법 시행규칙」 제6조에서 사무소 또는 사업장이란 「부가가치세법」 등에 따른 등록대상 사업장으로서 인적 및 물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다고 규정하고 있는바, 이 건 협회는 고유번호증 발급을 위하여 서류상으로 쟁점면적이 소재한 곳에 주소지를 두었을 뿐, 쟁점면적에 단 한 명의 상주 직원이나 사무용 집기 및 비품 등 인적시설과 물적시설을 둔 적이 없고, 주요 업무 및 회의를 서울역 KTX 대회의실 등에서 진행하였으며, 쟁점면적은 청구법인이 고유 업무를 위하여 계속 점유 및 사용해 왔다.

(2) 청구법인이 쟁점부동산을 다른 용도로 사용하지 않았음에도 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 「지방세기본법」 제17조 제2항에 따른 실질과세원칙에 위배된다.

(가) 「지방세기본법」 제17조 제2항에서 이 법 또는 지방세관계법 중 과세표준 또는 세액의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질내용에 따라 적용한다고 규정하고 있다.

(나) 「지방세특례제한법」 제11조 제3항 제2호에 따른 추징 요건인 “다른 용도로 사용하는 경우”란 쟁점부동산이 실질적으로 농업법인의 영농ㆍ유통ㆍ가공 외의 목적으로 사용되는 상태를 말한다.

(다) 대법원은 “비영리사업자가 해당 부동산을 ‘그 사업에 사용’한다고 함은 현실적으로 해당 부동산을 비영리사업 자체에 직접 사용하는 것을 뜻하고, ‘그 사업에 사용’의 범위는 해당 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다”(대법원 2015.9.15. 선고 2014두557 판결, 같은 뜻임)고 보았다.

(라) 이러한 법리에 비추어 보면, 청구법인은 쟁점부동산을 다른 용도로 사용하지 않았다고 보아야 한다.

(3) 따라서 청구법인은 쟁점부동산을 다른 용도로 사용하지 않았으므로 이 건 취득세 등 부과처분은 부당한 처분으로서 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 관련 법령을 살펴보면 다음과 같다.

(가) 「지방세특례제한법」 제11조 제2항에서 농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다고 규정하고, 같은 조 제3항 제2호에서 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

(나) 「지방세법」 제20조 제3항에서 이 법 또는 다른 법령에 따라 취득세를 경감받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징 대상이 되었을 때에는 그 사유 발생일부터 60일 이내에 정당한 세율을 적용하여 산출한 세액을 신고하고 납부하여야 한다고 규정하고, 같은 법 제21조 제1항 제1호에서 취득세 납세의무자가 같은 법 제20조에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 경우에는 산출세액 또는 그 부족세액에 「지방세기본법」 제53조부터 제55조까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다고 규정하고 있다.

(2) 이 건 취득세 등 부과처분은 다음과 같은 이유로 정당하다.

(가) 「지방세특례제한법」 제11조 제2항에서 해당 감면 규정은 농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용할 경우 경감된다고 명백히 규정하고 있고, 처분청은 2025.11.25. 현지조사 및 임대차계약서를 통하여 청구법인이 쟁점면적을 이 건 협회에 임대하였음을 확인하였다.

(나) 행정안전부 지방세특례제도과 유권해석에 따르면, “다른 용도로 사용”이란 취득세 등을 경감받은 납세의무자가 유예기간 이내 해당 부동산을 감면받은 목적이나 용도로 직접 사용하지 않고 제3자에게 임대 또는 감면 목적 외의 업종 등을 운영, 수익사업에 사용하거나 철거ㆍ멸실로 목적물이 소멸하는 등 직접 사용하지 않거나 사용이 불가능하게 된 모든 경우를 의미하며, 추징 요건인 “다른 용도” 여부를 판단할 때, “정당한 사유”의 유무는 고려 대상이 아니다.

청구법인이 쟁점면적을 공익을 위하여 임대하였다고 하더라도 이는 「지방세특례제한법」 제11조 제3항 제2호에 따른 “다른 용도로 사용하는 경우”에 해당한다고 보인다.

(다) 대법원은 부동산을 취득하여 이를 타인에게 임대하는 경우 설령 그 타인이 임차하여 유치대상업종을 영위한다 하더라도 입주자는 임대사업을 하는 것이 되어 다른 용도로 사용하는 경우에 해당한다고 판단하였다.

한편, 조세심판원은 “청구인과 임차법인은 동일ㆍ유사한 업종을 영위한 사실은 인정되나, 양자는 각각 개인사업자와 법인사업자로서, 사업자등록번호, 개업연월일 등을 달리하는 별개의 권리의무 주체”(조심 2021지2931, 2022.9.29., 같은 뜻임)라고 보았다.

(라) 위의 사항을 종합적으로 고려하면, 청구법인은 쟁점부동산을 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 다른 용도로 사용하였다고 할 것이다.

(3) 한편, 청구법인은 「지방세법 시행규칙」 제6조 등을 인용하면서 이 건 협회가 고유번호증 발급을 위하여 서류상으로 주소지만 쟁점면적 소재지에 두고, 이 건 협회가 쟁점면적(사무실)에 인적 및 물적 설비를 둔 사실이 없으며, 이 건 협회가 주요 업무 및 회의를 서울역 KTX 대회의실 등에서 진행하였고, 청구법인이 쟁점면적을 계속 점유 및 사용해왔다고 주장하나, 같은 조는 「지방세법」 제13조에 따른 중과세율 적용 대상을 판단할 때 그 기준을 정하기 위한 조항으로 「지방세특례제한법」 제11조 제3항에 따른 추징 요건인 “다른 용도” 여부를 판단할 때 고려할 조항이 아닌 점, 청구법인과 이 건 협회는 쟁점면적 임대차 계약을 체결한 점, 쟁점면적에 사무 업무를 볼 수 있는 사무용품 및 집기가 설치되어 있어 청구법인의 대표이사이자 이 건 협회의 회장인 a이 쟁점면적에서 이 건 협회 관련 업무를 처리할 수 있었던 점 등을 고려해야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부동산을 해당 용도(농업법인의 영농ㆍ유통ㆍ가공)로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 다른 용도로 사용하는 경우에 해당한다고 보아 이 건 취득세 등을 추징한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 참조

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 임대인으로서 2025.6.15. 이 건 협회에 보증금을 OOO원으로, 차임을 OOO원으로, 임대차 기간을 2025.6.15.부터 2026.12.31.까지로 하여 쟁점면적을 임대하는 내용으로 계약서를 작성한 사실이 있다.

(나) 청구법인은 “쟁점면적에 대한 임대차계약은 이 건 협회가 고유번호증을 발급받기 위한 행정적 요건을 갖추기 위하여 형식적으로 계약서를 작성한 것이고, 무상 거래였으며, 이 건 협회 관계자 및 직원은 쟁점면적을 사용한 적이 없다”는 사실을 보증한다는 내용으로 이 건 협회 이사장, 감사 2명이 인감도장을 날인한 사실확인서를 제출하였다.

(다) 청구법인은 쟁점면적(사무실)의 사진을 다음과 같이 제출하였다.

○○○

(라) 청구법인은 쟁점부동산에 부과된 공과금(인터넷, 전화, 전기 요금)이 a에게 청구된 내역서를 제출하였고, 이 건 협회가 별도로 부담한 공과금 등 내역이 없다고 주장하고 있다.

(마) 청구법인은 이 건 협회가 쟁점면적을 사용하지 않았고, 이 건 협회의 회의가 별도의 장소를 임차하거나 온라인으로 진행되었다고 주장하며, 이 건 협회의 2025.6.14. 창립총회 회의록(회의 장소 : 서울역 KTX 대회의실), 2025.8.2. 위원회 회의록(회의 장소 : 서울특별시 종로구 OOO), 2025.9.7. 관광위원회 회의록(온라인)을 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」 제11조 제2항에서 농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다고 규정하고, 같은 조 제3항 제2호에서 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

(나) 청구법인은 형식적으로 이 건 협회에 쟁점면적을 임대한 것에 불과하므로 쟁점부동산에 대하여 이 건 취득세 등을 추징한 처분이 부당하다고 주장하나,

청구법인은 쟁점면적을 청구법인과는 별개인 비영리법인 고유번호증을 발급받은 이 건 협회에 임대하고 있는 사실이 임대차계약서 등에 의하여 확인되는 점,

이 건 협회는 쟁점부동산을 소재지로 하여 세무서로부터 고유번호증을 발급받은 점,

청구법인이 쟁점면적을 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하였다는 것을 입증할 만한 객관적인 자료가 없는 점,

그렇다면, 청구법인은 쟁점면적을 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 다른 용도로 사용하는 경우에 해당한다고 보이며, 이는 「지방세특례제한법」 제11조 제3항에 따른 추징 요건에 해당하는 점 등을 고려하면, 처분청이 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법

제11조(농업법인에 대한 감면) ② 농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2026년 12월 31일까지 경감한다.

③ 제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 지방세기본법

제17조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래가 서류상 귀속되는 자는 명의(名義)만 있을 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 이 법 또는 지방세관계법을 적용한다.

② 이 법 또는 지방세관계법 중 과세표준 또는 세액의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질내용에 따라 적용한다.

(3) 지방세법

제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산을 포함한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율(제11조 제1항 제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우에는 제13조의2 제1항 제1호에 해당하는 세율)을 적용한다. 다만, 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조 및 제28조에서 “대도시”라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 “대도시 중과 제외 업종”이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.

1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 “휴면법인”이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입(「수도권정비계획법」 제2조에 따른 수도권의 경우에는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입도 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 항 및 제28조 제2항에서 같다)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우

제20조(신고 및 납부) ③ 이 법 또는 다른 법령에 따라 취득세를 비과세, 과세면제 또는 경감받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징 대상이 되었을 때에는 제1항에도 불구하고 그 사유 발생일부터 60일 이내에 해당 과세표준에 제11조부터 제13조까지, 제13조의2 및 제14조부터 제16조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.

제21조(부족세액의 추징 및 가산세) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제10조의2부터 제10조의7까지, 제11조부터 제13조까지, 제13조의2, 제13조의3 및 제14조부터 제16조까지에 따라 산출한 세액(이하 이 장에서 “산출세액”이라 한다) 또는 그 부족세액에 「지방세기본법」 제53조부터 제55조까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다.

1. 취득세 납세의무자가 제20조에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 경우

(4) 지방세법 시행령

제27조(대도시 부동산 취득의 중과세 범위와 적용기준) ③ 법 제13조 제2항 제1호에 따른 대도시에서의 법인 설립, 지점ㆍ분사무소 설치 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점ㆍ분사무소의 대도시 전입에 따른 부동산 취득은 해당 법인 또는 행정안전부령으로 정하는 사무소 또는 사업장(이하 이 조에서 “사무소등”이라 한다)이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이전에 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위한 부동산 취득(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산 취득은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)으로 하고, 같은 호에 따른 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득은 법인 또는 사무소등이 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에 하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용의 모든 부동산 취득으로 한다. 이 경우 부동산 취득에는 공장의 신설ㆍ증설, 공장의 승계취득, 해당 대도시에서의 공장 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산 취득을 포함한다.

(5) 지방세법 시행규칙

제6조(사무소 등의 범위) 영 제27조 제3항 전단에서 “행정안전부령으로 정하는 사무소 또는 사업장”이란 「법인세법」 제111조ㆍ「부가가치세법」 제8조 또는 「소득세법」 제168조에 따른 등록대상 사업장(「법인세법」ㆍ「부가가치세법」 또는 「소득세법」에 따른 비과세 또는 과세면제 대상 사업장과 「부가가치세법 시행령」 제11조 제2항에 따라 등록된 사업자단위 과세 적용 사업장의 종된 사업장을 포함한다)으로서 인적 및 물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다. 다만, 다음 각 호의 장소는 제외한다.

1. 영업행위가 없는 단순한 제조ㆍ가공장소

2. 물품의 보관만을 하는 보관창고

3. 물품의 적재와 반출만을 하는 하치장