이유
1. 처분개요

가. 청구인은 2003.6.3. 서울 서초구 OOO 토지 및 건물을 천혜자로부터 매매로 취득한 후 2003.7.16. 건물을 멸실(이하 토지를 "쟁점토지", 멸실한 건물을 "종전건물"이라 한다)하고, 2003.12.8. 같은 소재지에 건물(이하 "쟁점건물"이라 하고, 쟁점토지와 합하여 이하 "쟁점부동산"이라 한다)을 신축, 2024.3.29. 쟁점부동산을 매매가액 OOO원에 양도하였다.

나. 청구인은 2024.5.9. 쟁점부동산의 양도가액은 실지거래가액으로 하고 실지취득가액은 불분명한 것으로 보아 취득가액을 환산취득가액 OOO원으로 하여 다른 부동산 양도소득과 합산해 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

다. 대구지방국세청장(이하 "조사청"이라 한다)은 세무조사를 실시하여, 쟁점토지의 매매계약서상 취득가액 OOO원 및 쟁점건물 신축시 신고한 장부상 취득가액 OOO원(이하 "쟁점취득가액"이라 한다)이 확인되므로 취득가액이 불분명한 경우로 볼 수 없다고 보아 확인된 실지가액으로 취득가액을 경정하겠다는 내용의 세무조사 결과를 통지하였고, 이에 따라 처분청은 2025.12.12. 청구인에게 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2026.2.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점건물은 취득 당시 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 해당하므로 그 취득가액은 「소득세법 시행령」 제176조의2에 따른 환산취득가액으로 계산·적용하여 양도소득세를 다시 경정하여야 한다.

(1) 쟁점부동산의 2004년 결산시 표준재무상태표상 장부가액(토지 OOO원, 건물 OOO원) 중 토지가액은 취득 당시(2002년 기준) 개별공시지가 OOO원에도 미치지 못하는 금액이었고, 조사시 토지 취득가액은 장부가액이 아닌 청구인이 제시한 취득계약서를 근거로 OOO원으로 반영되었는데, 이는 처분청이 장부가액과 실거래가액에 차이가 있음을 인정한 것이다.

(2) 2004년 장부가액 및 취득세 과세표준의 근거가 된 ㈜A 발급 세금계산서 공급가액 OOO원은 「건설산업기본법」 제41조(건축물 시공자의 제한) 규정 때문에 종합건설면허업체로부터 최소한의 금액으로 발급받은 골조공사분에 불과하고, 실지 발생한 건물 공사금액과는 상당한 차이가 있다. 쟁점건물은 임대 및 실거주 목적으로 신축하여 골조 외 나머지 공사를 청구인이 직접 하였으므로 공사비가 추가로 발생하였고, 2003년 제2기에 확인되는 ㈜A의 매입자료가 있다고 하나 그 매입이 쟁점건물 신축에 투입되었다는 직접적인 증거는 없다.

(3) 건물 신축 당시(2006년 실거래가 신고제 시행 전)에는 단기양도 등 특별한 사정이 없는 한 기준시가에 따라 양도소득세가 결정되었으므로 건물 취득세는 실지 신축비용이 아닌 지방세 과세시가표준액 정도에 일정금액을 더하여 신고하였다. 반면 청구인이 취득·양도한 이력이 있는 비교부동산(청구인이 2002년 취득 후 신축하여 2003.5.28. 양도한 OOO 소재 부동산)은 처음부터 즉시 양도할 계획으로 공사 관련 증빙을 전부 수령하여 실지 발생 공사비용대로 취득세를 신고하였고, 실제로 2003년 양도시 단기양도로 보아 실지거래가액으로 양도소득세를 신고한 바 있다.

또한, 쟁점건물의 장부가액은 신축 다음 연도(2004년) 기준으로 재무상태표가 작성되면서, 부동산 임대업 소득이 복식장부 대상금액 이상이 되어 종합소득세 신고를 위해 부득이 세금계산서 금액과 확인 가능한 일부 증빙만 반영한 임의의 금액일 뿐이므로 실지취득가액이 아니다.

(4) 건물 기준시가(신축 시점) 대비 취득세 과세표준 비율은 비교부동산 150.62%, 쟁점부동산 116.22%로 쟁점부동산의 과세표준이 기준시가에 더 가깝고, 2003년 기준 과밀부담금 산정용 표준건축비 OOO원/㎡에 건축연면적 618.08㎡를 곱한 OOO원과 장부가액 OOO원은 상당한 차이가 있다.

(5) 따라서, 과세전적부심결정례(국세청-2024-0190), 조세심판원 결정례(조심 2021서1400, 2021.9.3.) 등과 같이 쟁점건물은 취득 당시 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 해당하므로 그 취득가액은 환산취득가액을 적용하여 양도소득세를 다시 경정하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 먼저, 조사청이 쟁점토지의 취득가액을 장부가액이 아닌 계약서 기재 가액(OOO원)으로 경정한 것은, 청구인이 세무조사 과정에서 거래상대방의 요청으로 허위계약서(다운계약서)를 작성한 사실을 시인하며 실제 매매계약서를 자진 제출하였고, 청구인 명의 계좌에서 계약서상 거래대금 지급일자와 같거나 유사한 시기에 거래가액에 가까운 금전이 출금된 사실이 확인되었으며, 거래상대방 천혜자도 거짓계약서 작성 사실을 진술하는 등 실지취득가액이 확인되었기 때문이지, 장부가액과 실거래가액에 차이가 있음을 일반적으로 인정한 것이 아니다.

(2) 다음으로, 쟁점취득가액(OOO원)은

① 세금계산서 발행가액을 포함하여 주요 공사내역 대부분이 반영된 것으로 확인되는 점,

② 청구인은 복식부기의무자로서 상가 임대 목적으로 신축한 건물을 취득 당시부터 종합소득세 신고시 동 금액을 장부가액으로 기재한 점,

③ 2004년부터 양도시점까지 쟁점건물의 감가상각비를 계산하여 필요경비로 회계처리하는 등 세무대리인의 기장을 거쳐 신고의무를 이행한 점,

④ 2003년 제2기 부가가치세 신고시 쟁점건물 신축 관련 고정자산 매입을 원인으로 세금계산서 수취분 OOO원에 대한 매입세액 중 OOO원을 환급받은 점 등으로 볼 때 실제 내용대로 계상된 것이다.

또한, ㈜A은 철근콘크리트공사뿐 아니라 창호, 전기·소방시설, 실내장식, 엘리베이터, 난방, 조경 등 관련 업체를 거래상대방으로 한 매입자료가 다수 확인되는 종합건축공사업체이고, 표준대차대조표상 임대보증금 OOO원이 부동산임대공급가액명세서상 임대보증금과 일치하는 등 장부 기재가액의 신빙성이 인정되므로 이를 임의가액으로 볼 근거가 없다.

한편, 장부가액 외 추가 공사비 지출 주장에 대하여 청구인은 공사내역·공사비용 입증서류·금융자료 등 최소한의 입증 노력도 하지 않고 있는바, 납세자가 장부가액을 부인하는 경우 실지취득가액에 대한 입증책임은 납세자에게 있고 과세관청은 장부가액을 실지취득가액으로 볼 수 있는 상당한 사정을 증명하면 족하며(서울고등법원 2014.5.28. 선고 2013누53389 판결 참조), 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있어 그 입증책임은 청구인에게 있다(대법원 1992.7.28. 선고 91누10909 판결 참조).

마지막으로, 조사청이 확인한 청구인 계좌의 토지 계약월부터 건물 완공월까지(2003.4.1.~2004.1.30.) 순인출액은 OOO원 가량으로, 부동산 취득가액으로 지출한 OOO원을 제외하면OOO원 가량에 불과하여 장부에 계상된 건축비용 외에 추가로 공사비 명목으로 인출된 것으로 볼 수 있는 금전은 확인되지 않는다.

(3) 비교부동산에서 취득세 과세표준은 실지취득가액과 거의 일치함이(세금계산서 수취금액 OOO원과 과세표준 OOO원이 거의 일치, 양수인의 장부가액 합계 OOO원이 청구인 신고 양도가액과 일치) 확인되므로, 쟁점건물 취득 시에만 실지취득가액과 무관한 금액으로 임의 신고하였다는 주장은 신빙성이 없고, 과밀부담금 산정용 표준건축비는 수도권 과밀억제권역 내 대형건축물에 대한 부담금 부과 목적으로 고시되는 금액으로 쟁점건물은 그 부과 대상이 아니며, 오히려 한국감정원 건물신축단가표(2002년 기준, 점포·상가, 철근콘크리트 슬래브지붕 OOO원/㎡)와 비교하면 단가 차이가 크지 않으므로 쟁점취득가액이 명백히 허위로 볼 만큼 경제성이 결여된 가격이 아니다.

(4) 실지거래가액이 확인됨에도 증빙서류 보관기간(5년) 경과 후 세액 측면에서 유리한 환산가액(기준시가의 2.8배)을 취사선택할 수 있게 하는 것은 공평과세를 해할 우려가 있고(조심 2019중2708, 2020.4.8. 참조), 청구인이 원용하는 과세전적부심결정례(국세청-2024-0190) 및 조세심판원 결정례(조심 2021서1400, 2021.9.3.)는 장부가액이 취득세 시가표준액보다 낮고 세금계산서·취등록세 합계액보다도 낮았던 사안으로 이 건과 사실관계가 상이하므로, 이 건 과세처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점건물의 실지취득가액이 불분명하므로 환산취득가액을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법

제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액. 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지) ② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.

⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령

제163조(양도자산의 필요경비) ⑫ 법 제97조제1항제1호나목에서 "대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액"이란 제176조의2제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다.

제176조의2(추계결정 및 경정) ① 법 제114조제7항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등이 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우

② 법 제114조제7항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 가액"이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 가액을 말한다.

2. 법 제94조제1항제1호 및 제2호가목에 따른 토지·건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 [양도당시의 실지거래가액, 제3항제1호의 매매사례가액 또는 동항 제2호의 감정가액 × 취득당시의 기준시가 ÷ 양도당시의 기준시가]에 따른 금액

③ 법 제114조제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차적으로 적용하여 산정한 가액에 따른다.

1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내의 매매사례가액

2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내의 신빙성 있는 감정가액의 평균액(기준시가 10억원 이하 자산은 하나의 감정가액)

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

4. 기준시가

다. 사실관계 및 판단

(1) 건축물대장에 따르면, 쟁점건물(C, 서울 서초구 OOO, 철근콘크리트구조, 지하 1층·지상 5층, 연면적 618.08㎡)은 건축주 B(청구인) 명의로 2003.6.18. 건축허가, 2003.6.30. 착공, 2003.12.8. 사용승인된 사실이 확인된다.

(2) 제출된 심리자료에 따르면, 청구인은 세무조사 과정에서 쟁점토지 취득시 거래상대방의 요청으로 허위계약서(다운계약서)를 작성한 사실을 시인하며 실제 거래가액 OOO원이 기재된 매매계약서(2003.4.15. 작성)를 조사청에 자진 제출하였고, 조사청은 청구인 명의 계좌에서 계약서상 대금 지급일자와 같거나 유사한 시기에 거래가액에 가까운 금전이 현금 인출 또는 대체거래 방식으로 출금된 사실 및 거래상대방 천혜자의 거짓계약서 작성 진술을 확인하여 쟁점토지의 취득가액을 OOO원으로 확인한 것으로 나타난다.

(3) 또한 제출된 심리자료에 따르면, 쟁점건물의 2004년 표준대차대조표(상호 C)에는 토지 OOO원, 건물 390,153,311원, 임대보증금 OOO원이 계상되어 있고 부동산임대공급가액명세서상 임차사업자 4곳의 보증금 합계와 일치하는 것으로 나타나며, 2003년 제2기 세금계산서합계표상 ㈜A(2001.6.12.~2006.4.25.)로부터 공사대금 OOO원의 매입세금계산서를 수취한 사실, 같은 기 부가가치세 신고 시 고정자산 매입을 원인으로 OOO원을 환급받은 사실, 2004년부터 양도시점까지 감가상각비를 필요경비로 계상한 사실이 확인되며, 지방세 세목별 과세증명서상 청구인이 신고한 쟁점건물의 취득세 과세표준은 OOO원으로 확인된다.

(4) 쟁점부동산과 비교부동산의 현황 대비는 아래와 같다.

○○○

(5) 제출된 심리자료에 따르면, 비교부동산 신축 관련하여 청구인은 D(주)로부터 OOO원, E 주식회사로부터 OOO원, 합계 OOO원의 세금계산서를 수취하였고 이는 취득세 과세표준 OOO원과 거의 일치하며, 청구인은 2003.6.27. 양도가액 OOO원·취득가액 OOO원으로 양도소득세를 신고하였고 양수인의 2003년 표준대차대조표상 비교부동산 장부가액 합계(OOO원)도 신고 양도가액과 일치하는 것으로 나타난다.

(6) 청구인이 제시한 서울특별시 과밀부담금 산정용 표준건축비는 2003년 기준 OOO원/㎡로, 이를 쟁점건물의 건축연면적 618.08㎡에 곱하면 OOO원이다. 한편, 처분청이 제시한 한국감정원 건물신축단가표(2002년 기준)상 쟁점건물과 동일 용도(점포 및 상가, 철근콘크리트·슬래브지붕)의 단가는 OOO원/㎡이고, 이를 쟁점건물에 적용하면 OOO원이다. (처분청은 쟁점건물은 과밀부담금 부과 대상 대형건축물이 아니라는 의견이다.)

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 과세요건의 입증책임은 과세관청에 있으므로, 이 건과 같이 청구인이 양도가액에 대하여는 실지거래가액으로 하면서 취득가액에 대하여는 그 증빙의 미비 등으로 실지거래가액을 확인할 수 없다고 신고한 경우에도, 원칙적으로 실지거래가액인 취득가액에 관하여는 과세관청이 이를 입증하여야 하고, 이를 입증하지 못하는 경우에는 환산가액 등에 의하여 추계결정할 수 밖에 없으나, 납세의무자가 실제 취득가액 및 이와 관련한 일체의 서류 등을 직접 소지하거나 알고 있거나 또는 쉽게 알 수 있어 실제 취득가액을 쉽게 증명할 수 있을 것으로 기대할 수 있고 과세관청이 취득과 관련된 증빙서류에 의하지 않더라도 해당 장부의 기재를 실지취득가액이라고 볼 수 있는 상당한 사정을 입증하였다면 장부가액을 부인하려는 납세의무자 측에서 장부가액을 실지취득가액으로 인정할 수 없는 사정을 입증하여야 할 것이다(서울고등법원 2014.5.28. 선고 2013누53389 판결 외 다수 참고).

(나) 이 건의 경우 복식부기의무자인 청구인이 종합소득세 신고 시 스스로 쟁점건물의 취득가액을 장부에 계상하고 이를 기초로 감가상각비를 필요경비로 계상하여 왔으며 2003년 제2기 부가가치세 신고 시 쟁점건물 신축 관련 세금계산서 매입분에 대한 환급(OOO원)까지 받는 등 장부가액을 전제로 한 세무처리를 일관되게 하여 온 점, 쟁점취득가액이 취득세 과세표준 및 신축시 건물 기준시가를 상회하고 표준재무상태표 상 임대보증금이 부동산임대공급가액명세서 내역과 일치하는 등 장부 기재의 신빙성을 뒷받침하는 사정이 확인되는 점, 청구인은 장부가액을 실지취득가액으로 볼 수 없다고 주장만 할 뿐 객관적인 자료를 통해 이를 입증하지 못하고 있는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점건물의 취득가액을 장부가액으로 보아 양도소득세를 부과한 이 건 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.