이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2022.2.15.부터 2024.5.23.까지 제주특별자치도 서귀포시 OOO 토지 685.3㎡(주택 등 지상 건축물을 포함하여 이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득한 후, 이를「지방세특례제한법」(2020.12.29. 법률 제17771호로 개정된 것, 이하 같다) 제14조 제3항에서 규정하고 있는 농업협동조합이 고유 업무에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산으로 하여 취득세를 면제받았다(최소납부세액 제외).

나. 처분청은 청구법인이 정당한 사유 없이 이 건 토지를 취득한 날부터 1년(이하 “유예기간”이라 한다) 이내에 해당 용도에 직접 사용하지 아니하였다고 보아, 2026.2.4. 청구법인에게 이 건 토지의 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하고,「지방세법」제11조 제1항 제7호 나목의 표준세율(1천분의 40), 제13조의2 제1항 제1호의 중과세율(주택, 1천분의 120) 또는 제15조 제1항 제7호의 특례세율(무덤, 1천분의 20)을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 아래 ＜표1＞과 같이 부과·고지하였다.

＜표1＞ 이 건 토지에 대한 취득세 등 부과 현황

(단위 : ㎡, 원)

○○○

다. 청구법인은 이에 불복하여 2026.3.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 2025.10.15. 처분청으로부터 이 건 토지에 있는 종전 건축물의 철거 심의를 받은 후, 상당한 수익이 발생하던 기존 사업장(농약판매장 등)의 영업을 종료하였으며, 2025.12.5. 철거업체와 철거공사 관련 도급계약을 체결하고, 2026.1.5. 철거공사를 착공하여 2026.1.31. 종전 건축물의 철거공사를 완료하였는바, 청구법인이 건축물 착공 조차 하지 않고, 이 건 토지를 사실상 방치하였다고 판단한 제주특별자치도지사의 과세전적부심사 결정은 중대한 오류가 있다고 할 것이다.

(2)「지방세특례제한법」제178조 제1항 제1호에서 규정하고 있는 “정당한 사유”란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적 사유도 포함하고, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2017.8.18. 선고 2017두42293 판결 등 다수).

(3) 청구법인은 이 건 토지에 유통시설용 건축물(OOO, 금융점포 등, 이하 “이 건 건축물”이라 한다)을 신축하기 위해, 2022.2.15. 이 건 토지(685.3㎡) 중 제주특별자치도 서귀포시 OOO 토지 556㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득한 후 2023.8.10. 처분청에 이 건 건축물 신축에 따른 교통영향평가 심의를 요청하였으나, 처분청은 2차에 걸쳐 청구법인에게 무려 166건에 달하는 보완 명령을 하였고, 청구법인은 보완 요청을 모두 이행하느라 2024.4.30.에서야 교통영향평가 심의를 완료할 수 있었다.

(4) 이 건 건축물을 신축하기 위한 교통영향평가는 반드시 이행하여야 하고, 처분청은 당초 있던 도시계획도로를 확장할 것인지 확장하지 않을 것인지를 결정하지 않은 상태에서 청구법인에게 2개의 안(도시계획도로 확장 또는 미확장)을 모두 고려하여 이 건 건축물의 설계 작업을 할 것을 요구하였다.

(5) 따라서, 처분청이 청구법인에게 166건에 달하는 보완 명령을 한 것은 청구법인의 설계 실수 등에 의한 것이 아니라 처분청의 도시계획 도로 확장에 대한 불확실성에 그 원인이 있다고 할 것인바, 이는 청구법인이 이 건 건축물을 신축하는데 있어서 행정관청의 금지나 제한과 같은 외부적 사유에 해당한다.

(6) 청구법인은 이 건 건축물을 신축하기 위하여 처음에는 그 사업비를 OOO원으로 산정하여 1차 설계(연면적 7,300㎡)를 하였으나 조합원의 의견을 청취하여 그 사업비를 OOO원으로 늘리고, 건축규모(연면적 14,763㎡)도 2배 이상으로 하는 2차 설계를 하였으며, 그 후 건설원가 폭등 및 대외 환경의 불확실성 등으로 인해 사업비를 OOO원으로 줄이고 연면적도 7,202㎡로 축소하는 설계변경(3차)을 하였다.

(7) 청구법인은 설계 변경을 할 때마다 A의 검토와 정기 대의원회에서 의결을 받는 등 적법한 절차를 거쳤고, 청구법인은 A의 설계 변경 검토를 건너뛰거나 그 기간을 단축할 수 없었으므로 설계 변경에 따른 검토 과정은 이 건 건축물을 신축할 수 없는 외부적 사유에 해당한다.

(8) 청구법인은 2022.2.15. 이 건 토지를 취득한 후 2022.9.8. 이 건 건축물에 대한 설계용역 계약을 체결하고, 2023.8.10. 교통영향평가 심의 신청을 하였으나 처분청은 8개월이 경과한 2024.4.30. 교통영향평가 심의를 완료하였으며, 처분청은 이 건 건축물의 2차 설계에 대한 A의 검토 및 승인을 받아 2024.8.1. 처분청에 건축허가를 신청하여 2024.11.14. 건축허가(1차)를 받았다.

(9) 그 후 우크라이나 전쟁 등으로 대외 환경이 급변함에 따라 이에 선제적으로 대응하는 차원에서 이 건 건축물의 연면적을 1차 설계와 비슷하게 축소하는 설계변경(3차)을 한 후 A의 검토 및 승인을 거쳐 2025.11.6. 처분청에 건축허가를 신청하여 2025.12.10. 건축허가(2차)를 받았고, 2026.1.5. 이 건 토지에 있는 종전 건축물의 철거공사를 시작하여 2026.1.31. 철거 공사를 완료하였다.

(10) 청구법인은 2022.2.15. 이 건 토지를 취득한 후 이 건 건축물을 신축하기 위해 위와 같이 지속적으로 노력을 다하였으나 그 시간이 부족하여 유예기간을 넘긴 것이므로 이는 정당한 사유에 해당함에도 청구법인이 그 유예기간 내에 이 건 건축물의 신축공사를 착공하지 못하였다는 사정만으로 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 지방세법령에서 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유와 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 그 시간이 부족하여 유예기간을 넘긴 것을 말하는데, 청구법인이 이 건 토지의 유예기간을 넘긴 이유는 청구법인이 이 건 건축물의 신축 사업 기간을 임의로 연장한 것에 있다고 보이는바, 청구법인에게 유예기간을 경과할 만한 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.

(2) 청구법인은 이 건 토지 685.3㎡ 중 556㎡를 취득한 2022.2.15.부터 거의 4년이 경과한 2026.1.5.에서야 이 건 토지에 있는 종전 건축물의 멸실 공사를 시작하였음을 볼 때, 처분청의 교통영향평가 심의에 상당 기간을 소요하였다고 하더라도 그 심의기간을 유예기간 경과의 주된 사유로 볼 수는 없다.

(3) 또한, 청구법인은 2022.2.15. 쟁점토지를 취득하고 2022.9.8. 설계계약을 체결하였으나 그 후 2023.12.12., 2024.5.23. 추가로 이 건 토지 중 129.3㎡를 취득한 것을 보면, 청구법인은 쟁점토지의 취득일(2022.2.15.)부터 1년이 경과할 때까지 이 건 건축물의 신축 규모조차 확정하지 못한 것으로 보인다.

(4) 청구법인은 우크라이나 전쟁 등에 의한 대외 환경 변화로 인한 사업 재평가로 인해 건축 공사를 착공하지 못한 것이므로 이는 정당한 사유에 해당한다고 주장하나, 청구법인은 우크라이나 전쟁 발발 후 오히려 이 건 건축물의 신축 사업 규모를 2배 이상 늘린 것으로 보아 이를 정상적인 사업을 할 수 없는 정당한 사유로 볼 수는 없다.

(5) 청구법인이 2022.4.20. A의 고정투자심의회의 승인 사항대로 사업을 추진하였다면 그 유예기간을 경과하였다 하더라도 해당 기간을 정당한 사유가 있는 기간으로 볼 여지가 있으나, 청구법인이 스스로 2회에 걸쳐 이 건 건축물의 신축 사업계획을 변경함에 따라 그 유예기간을 경과한 것이라 할 것인바 이를 유예기간을 경과할 수밖에 없는 정당한 사유로 볼 수는 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 토지를 유예기간 내에 고유 업무에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법률

지방특례제한법(2020.12.29. 법률 제17771호로 개정된 것)

제2조[정의] ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소 유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.

제14조[농업협동조합 등의 농어업 관련 사업 등에 대한 감면] ③「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다),「수산업협동조합법」에 따라 설립된 조합(어촌계 및 조합공동사업법인을 포함한다),「산림조합법」에 따라 설립된 산림조합(산림계 및 조합공동사업법인을 포함한다) 및 엽연초생산협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 각각 2023년 12월 31일까지 면제한다.

제178조[감면된 취득세의 추징] ① 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(가) 청구법인은「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합으로, 2022.2.15. 2023.12.12., 2024.5.23. 제주특별자치도 서귀포시 OOO(이 건 토지)를 취득한 후,「지방세특례제한법」제14조 제3항에 따라 취득세 등을 면제받았다.

(나) 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 그 지상에 있던 종전 건축물을 멸실할 때까지 진행 경과는 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 이 건 토지의 취득과 관련한 진행 경과

○○○

(다) 처분청이 제출한 이 건 건축물(OOO 등) 신축을 위한 사업비와 연면적 등의 변경 내역은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 이 건 건축물의 사업 규모

○○○

(2)「지방세특례제한법」제14조 제3항에서「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 제178조 제1항 본문 및 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대해 살피건대, 청구법인은 2022.2.15. 쟁점토지를 취득한 후 1년 이내인 2022.9.8. 이 건 건축물의 연면적을 7,300㎡(지하 1층, 지상 2층)으로 하는 설계 계약을 체결하였으나 해당 계약은 이 건 건축물의 신축을 위한 사업 규모의 변경으로 사실상 폐기되거나 중단된 것으로 보이는바, 이는 청구법인의 귀책에 해당하는 점,

청구법인은 쟁점토지의 유예기간(2023.2.15.)이 경과한 후인 2023.8.10.처분청에 이 건 건축물의 신축에 따른 교통영향평가 심의를 신청하였는바, 처분청이 교통영향평가 심의를 하는데 8개월 이상 소요하였다 하더라도 그 기간은 쟁점토지의 유예기간 경과와 아무런 관련이 없는 점,

청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 1년 이상 경과한 2023.12.12., 2024.5.23. 이 건 토지 중 나머지 토지(129.3㎡)를 취득하였음을 볼 때, 나머지 토지를 취득하기 전까지 이 건 건축물의 부속토지 조차 확정하지 못한 것으로 보이는 점,

아울러, 이 건 토지에 있던 종전 건축물을 철거하는데 법령의 금지나 행정관청의 제한 등은 없었다고 보임에도 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 3년 이상, 나머지 토지를 취득한 후 1년 이상 경과한 2026.1.5. 에서야 그 건축물을 멸실한 것으로 나타나는 점 등에 비추어,

청구법인이 유예기간 내에 이 건 토지를 고유 업무에 직접 사용하지 못한 데에 법령의 금지 등과 같은 외부적 사유가 있었다거나 청구법인이 이 건 건축물을 신축하기 위해 정상적인 노력을 다하였으나 그 시간이 부족하여 유예기간을 경과한 것이라고 보기도 어렵다 할 것이다.

따라서, 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.