이유
1. 처분개요
가. 청구법인은 1984.12.14. 「민법」 제32조 및 「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」 제4조에 의거하여 서울특별시 교육위원회 교육감의 허가를 받아 설립된 비영리법인으로서, 2021.1.1. 공익법인 지정·고시 이후 3년이 경과하여 2023.12.31. 지정기간이 만료되었으나 법정 기한 내 재지정 신청을 하지 아니하여 2024.1.1. 이후 공익법인의 지위를 상실하였다.
나. 처분청은 2025.11.18. 청구법인의 사업장을 방문하여 청구법인이 2024사업연도에 총 7건, 합계 OOO원의 기부금을 수령한 사실을 확인하였고, 청구법인은 2025.11.26. 위 기부금에 대한 증여세 기한후신고를 한 후, 기부금 OOO원에 대한 증여세를 납부하였으나, C의 2024.7.4.자 기부금 OOO원(이하 “쟁점기부금”이라 한다)에 대한 2024.7.4. 증여분 증여세 OOO원(본세 OOO원, 신고불성실가산세 OOO원 및 납부지연가산세 OOO원 포함)은 납부하지 아니하였다.
다. 처분청은 청구법인이 미납한 증여세에 대하여 납부지연가산세를 재계산하여 2026.2.9. 청구법인에게 2024.7.4. 증여분 증여세 OOO원을 결정·고지하였다.
라. 청구법인은 이에 불복하여 2026.4.14. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 청구법인은 평생을 조국에 헌신하신 고 B 애국지사의 유족(C)이 2024.7.4. 청구법인에 기탁한 쟁점기부금을 단 1원도 사적으로 사용하지 아니하고 오직 A 선생의 정신을 알리기 위한 고유목적사업에 직접 사용하였으므로, 비록 공익법인 지정기간(3년)이 만료된 것을 놓친 행정상 관리 미비로 공익법인 재지정신청이 누락되었다 하더라도, 「국세기본법」 제14조 제2항의 실질과세 원칙에 따라 청구법인을 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다)상 공익법인으로 보아야 하고, 재지정신청 시기를 놓쳤다는 이유만으로 청구법인에게 거액의 증여세를 부과하는 것은 본말이 전도된 과잉 처분에 해당한다.
(가) 청구법인은 A 선생의 정신을 후대에 계승하기 위하여 1984.12.14. 설립된 이후 계속하여 정관에서 정한 목적사업(장학금 지급, 연구비 지급, A정신 연구사업, A기념관 운영 등)을 충실히 수행하고 있다.
(나) 청구법인은 매년 D 출신 동문과 청구법인 이사들의 기부금 수입과 기본재산 OOO원의 운용수익(이자수익) 등을 재원으로 하여 고유목적사업을 이행하고 있고, 지난 5년의 운영성과표를 요약하면 아래 ＜표1＞과 같은바, 2024년의 기부금 수입이 다른 해보다 큰 것은 2024.7.4. 일제강점기 독립운동가로서 D를 졸업한 후 청구법인 이사장을 역임하셨으며 평생을 조국에 헌신하신 고 B 애국지사의 유족들이 고인의 유지를 받들어 OOO원이라는 거액의 쟁점기부금을 청구법인에 기탁하셨기 때문이고, 청구법인은 이를 통해 큰 비용이 드는 A기념관의 리모델링 공사를 진행할 수 있었으며, 출연연도에 다 사용하지 못한 잔액은 차년도로 이월하여 장학금 지급, OOO 위인관 건립 등 고유목적사업에 사용하고 있다(2026년의 목적사업비로 사용할 금액은 A기념관 유지비 예산 OOO원을 포함한 OOO원이다).
＜표1＞ 청구법인의 연도별 공익법인 결산서류 공시자료 요약표
○○○
(다) 청구법인은 상증세법 시행령 개정으로 공익법인 당연지정에서 신청제로 변경된 2021년에 공익법인 지정 신청을 하여 지정을 받았으므로 이미 그 자격을 검증받았고, 3년이 경과한 후 재지정신청을 누락하였다 해도 그 공익적 실체는 변함이 없으며, 공익법인으로서 기부금 사용 및 관리 사항을 공개하기 위하여 매 사업연도 종료 후 국세청장에게 ‘공익법인 결산서류 등의 공시’를 이행하였고, 청구법인이 제출한 2022～2025사업연도 공시 서류에 따르면 공익목적사업의 수익과 지출이 항목별로 자세하게 공시되어 있거나 공시될 예정이다.
(라) 대법원은 공익법인이 의결권 있는 주식을 출연받은 사례에 대한 판결(대법원 2017.7.20. 선고 2011두21447 판결)에서, 상증세법 제48조 제1항 후단의 단서 조항은 일부 대기업이 상속세 또는 증여세 회피를 위해 공익법인을 내국법인에 대한 지배수단으로 악용하는 것을 막기 위한 예외적 대책으로서 그 폐해를 막기 위하여 필요한 범위 내에서 적용되어야 하는 것이고, 공익법인에 대한 출연행위 자체를 이러한 조세회피 수단으로 낙인찍거나 추정해서는 아니되며, 이러한 잘못된 인식에 기초한 법 해석은 합헌적 해석의 테두리를 벗어날 위험이 크다고 판시하면서, 기부의 실질적인 목적과 자금의 실제 사용처를 입법 취지에 맞게 판단하여야 한다는 취지로 실질과세 원칙을 강조하였는데, 이처럼 기부금이 공익의 목적으로 직접 사용되고 있는 상황에서 실질과 관계없이 무조건 증여세를 부과하는 것은 기부자의 고귀한 뜻을 훼손하고 공익사업을 위축시키는 결과를 초래한다.
(2) 상증세법 시행령 개정으로 공익법인의 지정이 당연지정제에서 신청제로 변경된 취지는 사후관리를 강화하여 투명성을 강화하기 위함이지, 성실히 고유목적사업을 수행하는 재단에게 징벌적 과세를 하기 위함이 아니고, 청구법인은 공익법인의 의무를 해태할 어떠한 고의도 없었다.
(가) 공익법인 당연지정제하에서는 설립만 해두고 실제 공익사업 활동이 미미하거나 공익법인의 재산을 사적으로 유용하는 경우를 걸러내기 어려웠으므로, 운영의 투명성을 높이기 위하여 국세청 및 재정경제부가 정기적으로(3년 또는 6년 주기) 법인의 활동을 심사하여 당연지정제를 신청제로 변경하여, 공익법인이 결산서류 공시, 기부금 모금 및 활용 실적 공개 등의 의무를 충실히 이행하도록 하고 이러한 이행내역을 대중에게 투명하게 공개하도록 하는 장치를 마련하였다.
(나) 상증세법은 공익법인에 출연한 재산에 대하여 상속세 및 증여세를 과세하지 않도록 하고 있는데, 이는 민간의 공익 활동이 국가의 복지·교육 등의 의무를 보완하는 공익적 가치를 인정하기 때문이다.
(다) 청구법인은 2021년에 공익법인으로 신규 지정을 받아 공익사업을 투명하게 운영하고 공익법인으로서의 사회적 책임을 다해왔으나, 신규 지정 이후 3년이 지나면 재지정 신청을 해야한다는 점을 숙지하지 못하고 종전과 같이 한 번 지정되면 당연지정되는 것으로 알고 있었기 때문에 재지정 신청을 하지 못하였는데, 여기에 청구법인이 공익법인으로서의 의무를 해태할 고의는 전혀 없었다.
(3) 처분청은 청구법인에게 재지정신청 안내문을 일반우편으로 발송하였다고 하나 청구법인은 이러한 안내를 받은 사실이 없고, 처분청은 일반우편 외에 문자메시지·전화·전자우편 등으로 지정기간 만료에 따른 세무상 불이익이나 증여세 부과 가능성 등에 대하여 추가·보완적 안내를 한 사실도 없다. 다른 공익법인들은 세무서로부터 재지정신청 안내 문자메시지를 받고 재지정신청을 한 사례들이 있는데, 이 건은 일반우편 방식으로만 안내되었기 때문에 청구법인이 사실상 이를 인지하기 어려웠다.
(4) 청구법인은 2025.12.3. 처분청에 공익법인등 추천(명칭 변경) 신청서를 제출하고 현재 결과를 기다리고 있는바, 납세자의 신뢰를 보호할 의무가 있는 국가가 일시적인 공익법인 지정의 ‘공백’만을 이유로 가혹한 세금을 부과하는 것은 헌법상 비례의 원칙에 어긋나고, 국가가 권장하여야 할 공익 활동을 오히려 저해하는 행위로 볼 수 있다.
나. 처분청 의견
(1) 청구법인은 2021.1.1. 공익법인으로 지정·고시(그 이전에는 당연지정 공익법인이었음)되었고, 이로부터 3년이 지난 2023.12.31. 지정기간이 만료되었으나 재지정 신청을 하지 않아 2024.1.1. 공익법인의 지위를 상실하였으며, 공익법인의 지위를 상실한 상태에서 2024사업연도에 쟁점기부금을 포함하여 총 7건, 합계 OOO원의 기부금을 수령하였으므로 이는 공익법인이 아닌 비영리법인이 수령한 기부금으로서 증여세 과세 대상이다.
(가) 「국세기본법」 제14조 제2항은 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질내용에 따라 적용한다는 것인데, 청구법인이 수령한 쟁점기부금은 형식적으로도 실질적으로도 상증세법 제4조 제1항 제1호에서 규정한 ‘무상으로 이전받은 재산 또는 이익’에 해당하므로 이에 대하여 증여세를 부과하는 것은 실질과세의 원칙에 위배되지 않는다.
(나) 청구법인은 실질적으로 공익사업을 수행하였으므로 청구법인이 상증세법상 ‘공익법인등’에 해당한다고 주장하나, 실질과세의 원칙은 세법이 정한 절차적 요건(공익법인 지정)의 흠결을 정당화해주는 원칙이라 할 수 없다.
(다) 본래 비영리법인이 무상으로 이전받는 재산은 모두 증여세 과세대상이나, 상증세법은 공익법인의 사회적 역할을 고려하여 공익법인등이 출연받은 재산에 대하여 증여세 과세가액 불산입의 혜택을 부여하고 있으나, 이 경우 공익법인은 실질은 물론 세법에서 정한 절차적·형식적 요건을 갖추어야만 그 혜택을 받을 수 있는 것이다.
(라) 상증세법은 ‘공익법인등’의 요건을 명확하게 규정하고 있고, 이러한 요건을 갖추지 못하여 공익법인등으로 지정받지 못한 상태에서 실질적으로 공익사업을 수행하기만 했다고 하여 이를 적법한 공익법인등으로 볼 수는 없다.
(마) 또한 청구법인은 대법원 판결(대법원 2017.7.20. 선고 2011두21447 판결)을 들어 법 문구의 형식적 해석보다 기부의 실질적인 목적과 자금의 실제 사용처가 공익적인지를 우선적으로 판단해야 한다고 주장하나, 해당 판례는 공익법인이 주식 5%를 초과하여 보유한 경우에 증여세 과세대상인지를 판단하면서, 최대주주의 요건을 판단하는 시기가 주식 출연 이전인지 출연 이후인지 여부가 법문언 상 명확하지 않은 상황에서, 출연자가 공익법인에 지배력을 행사할 수 있는 출연 이후 시기를 기준으로 최대주주 해당 여부를 판단하는 해석이 합리적이라고 본 판례로서, 법문언상 명확하게 공익법인의 범위를 규정하고 있는 이 건에 인용될 여지가 없다.
(바) 국세청은 지정기부금단체의 지정기간 만료일이 지나고 지정기부금단체로 재지정 받지 못한 경우 공익법인의 지위를 상실한 것으로서, 공익법인이 아닌 비영리법인에 대한 출연재산은 증여세 과세대상에 해당한다고 해석한바 있다(서면 2021-법인-6698, 2021.12.23.).
(2) 청구법인과 같이 「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」에 의거하여 주무관청의 설립허가를 받은 비영리법인은 그동안 별도의 심사 없이 상증세법상 공익법인으로 당연지정되었으나 2018.2.13. 상증세법 시행령 개정으로 「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」에 따른 비영리법인 역시 재정경제부(구 기획재정부) 장관이 지정·고시하여야 상증세법상 공익법인에 해당하게 되었다.
(가) 상증세법상 공익법인으로 재지정을 받기 위해서는 해당 사업연도 예산서, 향후 5개 연도 사업계획서, 종전 지정기간 공익활동보고서 등 법령에 정한 서류 등을 제출하여야 하는데, 이는 세제혜택을 받는 상증세법상 공익법인을 더 체계적으로 관리하고, 공익법인의 책임과 의무 이행을 강화하려는 목적이다.
(나) 공익법인의 책임과 의무에는 실질적으로 공익사업을 수행하는 것 뿐 아니라 법령이 정한 절차를 이행하는 것 역시 포함되어 있으므로, 청구법인이 법령에 따른 재지정신청을 하지 아니하였다면 공익법인으로서 책임과 의무를 다했다고 볼 수 없고, 이 건 증여세 부과처분이 이러한 입법취지에 반하는 것이라 할 수 없다.
(다) 오히려 법령이 정한 공익법인 재지정을 받지 아니한 비영리법인을 단지 실질적으로 공익사업을 한다는 이유로 공익법인으로 간주하는 것이 다른 비영리법인들과의 형평성을 해치는 것일 뿐 아니라 입법 취지에도 맞지 않는 것이다.
(3) 청구법인은 처분청의 재지정신청 안내문을 받지 못해 재지정신청을 하지 못했다고 주장하나, 안내문의 수령 여부는 법령에 명시한 요건을 면제하는 사유가 되지 않고, 공익법인 지위 유지의 책임은 청구법인에게 있다.
(가) 처분청은 2024.2.29. 청구법인의 사업장 소재지로 ‘공익법인 재지정추천 신청 안내문’을 발송한 사실이 있으나, 물론 이는 의무에 따른 것이 아니라 납세자의 편의를 위한 것이다.
(나) 「법인세법」, 상증세법 등 관련 법령 어디에도 처분청이 공익법인 재지정 신청을 납세자에게 개별적으로 통지해야 한다는 규정은 없다.
(4) 특혜규정은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합하고, 청구법인이 법령이 정한 요건을 결여하여 공익법인의 지위를 상실하였음에도 불구하고 청구법인에게 공익법인으로서의 혜택을 부여한다면 이는 공익법인이 아닌 비영리법인들과의 형평성을 저해하는 것이며, 이러한 선례가 만들어질 경우 수많은 비영리법인들이 절차적·형식적 요건 흠결을 무시하고 ‘실질은 공익법인에 해당한다’고 주장하여 국가의 공익법인 관리체계가 흔들릴 우려가 있으므로 이에 반하는 청구주장은 기각되어야 한다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
청구법인은 공익법인 재지정 신청을 하지 못하였으나 출연받은 재산으로 성실하게 고유목적사업을 영위하였으므로 실질과세원칙상 공익법인으로 보아야 한다는 청구주장의 당부
나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인의 정관상 고유목적사업 등 주요 내용은 아래 ＜표2＞와 같다.
＜표2＞ 청구법인 정관(일자 미표시) 주요 내용
○○○
(2) 청구법인의 2022～2024사업연도 공시자료에 따르면 다음과 같은 내용이 확인된다.
(가) 청구법인은 2024.1.1. 공익법인 지위 상실 이후에도 매년 아래 ＜표3＞과 같이 재단 홈페이지·국세청 홈택스에 기부자 명단, 기부금품 수입·지출명세서, 운용소득 사용명세서, 운영성과표 등을 첨부하여 공익법인 결산서류 등을 공시한 것으로 나타난다.
＜표3＞ 청구법인의 공익법인 결산서류 등 공시 증빙자료
○○○
(나) 청구법인이 공시한 결산서류의 예시는 아래 ＜표4＞와 같고, 보통 청구법인의 연간 수입·지출 금액은 OOO원 미만 수준이었으나 2024사업연도에는 쟁점기부금(OOO원)을 기탁받아 이를 재원으로 하여 A기념관 유지비 OOO원 등을 집행한 것으로 나타난다.
＜표4＞ 청구법인의 공익법인 결산서류 등의 공시(2024사업연도)
○○○
(다) 청구법인의 2024사업연도 공익법인 공시자료에 첨부된 ‘출연자 및 이사 등 주요 구성원 현황명세서’ 및 ‘출연받은 재산의 공익목적 사용현황’에 따르면, 청구법인은 2024사업연도에 쟁점기부금을 포함하여 총 7건, 합계 OOO원의 기부금을 출연받은 것으로 나타난다(처분청은 해당 기부금 관련 기부금명세서를 제출하였다).
(라) 청구법인의 2025사업연도 결산서 및 2026사업연도 예산서에 따르면 2024사업연도 기부금(기본재산) 미사용 잔액은 고유목적사업 준비금으로서 차기 이월되어 사용된 것으로 나타난다.
(4) 처분청은 청구법인에게 2024.2.29. ‘공익법인 재지정추천 신청 안내문’을 일반우편으로 발송하였다고 하며 안내문과 발송증빙을 제출하였고, 이에 대하여 청구법인은 안내문을 받은 사실이 없다고 주장하였으며, 처분청이 일반우편 외에 문자메시지, 전화 등을 통해 안내한 사실은 나타나지 아니한다.
(5) 청구법인의 쟁점기부금에 대한 증여세 기한후신고(무납부) 및 처분청의 증여세 결정·고지 내역은 아래 ＜표5＞와 같고, 청구법인은 쟁점기부금 외에 2024사업연도에 출연받은 기부금 OOO원에 대해서는 증여세 기한후신고·납부한 것으로 나타난다.
＜표5＞ 쟁점기부금 증여세 기한후신고(무납부) 및 결정·고지 내역
○○○
(6) 청구법인은 2025.12.3. 처분청에 공익법인등 추천신청서를 제출하였고, 아래 ＜표6＞과 같이 2026.1.1.부터 2028.12.31.까지 공익법인으로 신규 지정·고시된 것으로 나타나며, 청구법인은 처분청에 제출한 서류(신청서, 법인설립허가서, 2022～2024사업연도 결산서, 재무상태 및 운영성과표, 공익활동보고서, 사업계획서, 예산서, 선거운동 부존재 확인서, 의무이행준수 서약서 등)가 기존 홈택스를 통해 공시한 자료와 크게 차이가 없다고 설명하며 제반 신청서류를 제출하였다.
＜표6＞ 2026년 1분기 공익법인 지정결과 안내문
○○○
(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 공익법인 재지정신청을 하지 못하였으나 출연받은 재산으로 성실하게 고유목적사업을 영위하였으므로 실질과세원칙상 공익법인으로 보아야 한다고 주장하나,
상증세법 시행령이 2018.2.13. 대통령령 제28638호로 개정되면서, 2021.1.1.부터는 개정 전에는 별도의 심사를 거치지 아니하고 지정기부금단체로 인정이 되던 「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 따른 공익법인이더라도 「법인세법 시행령」상 지정기부금단체등으로 지정·고시된 경우에만 상증세법상 공익법인등에 해당하게 되었고, 상증세법 제48조 제1항에 따르면 공익법인등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니하는 것이며,
조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평주의 원칙에도 부합한다 할 것(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 등, 같은 뜻임)인바,
청구법인은 2021.1.1. 공익법인 지정·고시되었다가 이로부터 3년이 되는 2023.12.31. 그 지정기간이 만료되었으나 법정기한 내 재지정 신청을 하지 아니한 점, 청구법인은 2024.1.1.자로 공익법인의 지위를 상실한 상태에서 2024사업연도에 쟁점기부금을 포함하여 총 7건, 합계 OOO원의 기부금을 수령하였으므로 이를 상증세법상 공익법인등이 출연받은 재산으로 보기 어려운 점, 청구법인이 실질적으로 출연받은 재산으로 고유목적사업을 수행하였다고 해도 이로써 세법이 정한 절차적 요건의 흠결이 치유된다고 보기는 어려운 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
＜별지＞ 관련 법령 등
(1) 국세기본법
제14조【실질과세】② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
(2) 상속세 및 증여세법(2023.12.31. 법률 제19932호로 개정된 것)
제4조【증여세 과세대상】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 증여재산에 대해서는 이 법에 따라 증여세를 부과한다.
1. 무상으로 이전받은 재산 또는 이익
제16조【공익법인등에 출연한 재산에 대한 상속세 과세가액 불산입】① 상속재산 중 피상속인이나 상속인이 종교·자선·학술 관련 사업 등 공익성을 고려하여 대통령령으로 정하는 사업을 하는 자(이하 “공익법인등”이라 한다)에게 출연한 재산의 가액으로서 제67조에 따른 신고기한(법령상 또는 행정상의 사유로 공익법인등의 설립이 지연되는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그 사유가 없어진 날이 속하는 달의 말일부터 6개월까지를 말한다)까지 출연한 재산의 가액은 상속세 과세가액에 산입하지 아니한다.
제48조【공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등】① 공익법인등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니한다. 다만, 공익법인등이 내국법인의 의결권 있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 “주식등”이라 한다)을 출연받은 경우로서 출연받은 주식등과 다음 각 호의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액(자기주식과 자기출자지분은 제외한다. 이하 이 조에서 “발행주식총수등”이라 한다)의 제16조 제2항 제2호에 따른 비율을 초과하는 경우(제16조 제3항 각 호에 해당하는 경우는 제외한다)에는 그 초과하는 가액을 증여세 과세가액에 산입한다.
1.～3. ＜생 략＞
② 세무서장등은 제1항 및 제16조 제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인등이 다음 제1호부터 제4호까지, 제6호 및 제8호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 날에 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호 및 제7호에 해당하는 경우에는 제78조 제9항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다.
1. 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등(직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)의 용도 외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하거나 3년 이후 직접 공익목적사업 등에 계속하여 사용하지 아니하는 경우. 다만, 직접 공익목적사업 등에 사용하는 데에 장기간이 걸리는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 제5항에 따른 보고서를 제출할 때 납세지 관할세무서장에게 그 사실을 보고하고, 그 사유가 없어진 날부터 1년 이내에 해당 재산을 직접 공익목적사업 등에 사용하는 경우는 제외한다.
3. 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우로서 그 운용소득을 직접 공익목적사업 외에 사용한 경우
5. 제3호에 따른 운용소득을 대통령령으로 정하는 기준금액에 미달하게 사용하거나 제4호에 따른 매각대금을 매각한 날부터 3년 동안 대통령령으로 정하는 기준금액에 미달하게 사용한 경우
⑤ 제1항 및 제16조 제1항에 따라 공익법인등이 재산을 출연받은 경우에는 그 출연받은 재산의 사용계획 및 진도에 관한 보고서를 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
⑫ 제16조 제3항 각 호의 어느 하나 또는 제48조 제2항 제2호 단서에 해당하는 공익법인등이 제49조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 공익법인등에 해당하지 아니하게 되거나 해당 출연자와 특수관계에 있는 내국법인의 주식등을 해당 법인의 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하여 보유하게 된 경우에는 제16조 제2항 또는 제48조 제1항에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입하거나 같은 조 제2항에 따라 즉시 증여세를 부과한다.
(3) 상속세 및 증여세법 시행령
(가) 2018.2.13. 대통령령 제28638호로 개정된 것
제12조【공익법인등의 범위】법 제16조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 사업을 하는 자”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하는 자(이하 “공익법인등”이라 한다)를 말한다. 다만, 제9호를 적용할 때 설립일부터 1년 이내에 「법인세법 시행령」 제36조 제1항 제1호 바목에 따른 지정기부금단체등으로 고시된 경우에는 그 설립일부터 공익법인등에 해당하는 것으로 본다.
1. 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업
2. 「초·중등교육법」 및 「고등교육법」에 의한 학교, 「유아교육법」에 따른 유치원을 설립·경영하는 사업
3. 「사회복지사업법」의 규정에 의한 사회복지법인이 운영하는 사업
4. 「의료법」에 따른 의료법인이 운영하는 사업
5. ～ 7. 삭제 ＜2018.2.13＞
8. 「법인세법」 제24조 제2항에 해당하는 기부금을 받는 자가 해당 기부금으로 운영하는 사업
9. 「법인세법 시행령」 제36조 제1항 제1호 각목의 규정에 의한 지정기부금단체등 및 「소득세법 시행령」 제80조 제1항 제5호에 따른 기부금대상민간단체가 운영하는 고유목적사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업을 제외한다.
10. 「법인세법 시행령」 제36조 제1항 제2호 다목에 해당하는 기부금을 받는 자가 해당 기부금으로 운영하는 사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업은 제외한다.
제41조【출연재산 명세의 보고등】① 법 제48조 제5항에 따라 재산을 출연받은 공익법인등은 결산에 관한 서류[「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」 및 그 밖의 법령에 따라 공익법인등이 주무관청에 제출하는 재무상태표 및 손익계산서(손익계산서에 준하는 수지계산서 등을 포함한다)로 한정한다] 및 기획재정부령으로 정하는 다음 각 호에 규정하는 사항에 관한 서류를 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 납세지 관할세무서장에게 제출해야 한다.
1. 출연받은 재산의 명세
2. 출연재산(출연재산의 운용소득을 포함한다)의 사용계획 및 진도현황
3. 법 제48조 제2항 제4호 및 같은 항 제5호(제38조 제7항에 해당하는 경우에 한정한다)에 해당하는 경우에는 매각재산 및 그 사용명세
4. 운용소득의 직접 공익목적사업 사용명세
5. 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 필요한 서류
부칙 제12조【공익법인등의 범위에 관한 경과조치】2018년 12월 31일에 종전의 제12조 제5호부터 제8호까지 및 제11호에 따라 공익법인등에 해당하는 자는 제12조의 개정규정에도 불구하고 2020년 12월 31일까지 공익법인등에 해당하는 것으로 본다.
(나) 2018.2.13. 대통령령 제28638호로 개정되기 전의 것
제12조【공익법인등의 범위】법 제16조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 사업을 하는 자”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하는 자(이하 “공익법인등”이라 한다)를 말한다.
1. 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업
2. 「초·중등교육법」 및 「고등교육법」에 의한 학교, 「유아교육법」에 따른 유치원을 설립·경영하는 사업
3. 「사회복지사업법」의 규정에 의한 사회복지법인이 운영하는 사업
4. 「의료법」에 따른 의료법인이 운영하는 사업
5. 「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」의 적용을 받는 공익법인이 운영하는 사업
6. 예술 및 문화에 현저히 기여하는 사업중 영리를 목적으로 하지 아니하는 사업으로서 관계행정기관의 장의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정하는 사업
7. 공중위생 및 환경보호에 현저히 기여하는 사업으로서 영리를 목적으로 하지 아니하는 사업
8. 공원 기타 공중이 무료로 이용하는 시설을 운영하는 사업
9. 「법인세법 시행령」 제36조 제1항 제1호 각목의 규정에 의한 지정기부금단체등 및 「소득세법 시행령」 제80조 제1항 제5호에 따른 기부금대상민간단체가 운영하는 고유목적사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업을 제외한다.
10. 「법인세법 시행령」 제36조 제1항 제2호 다목에 해당하는 기부금을 받는 자가 해당 기부금으로 운영하는 사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업은 제외한다.
11. 제1호 내지 제5호·제7호 또는 제8호와 유사한 사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업
(4) 법인세법
제24조【기부금의 손금불산입】③ 내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금 및 제5항에 따라 이월된 기부금 중 제1호에 따른 일반기부금은 제2호에 따라 산출한 손금산입한도액 내에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하되, 손금산입한도액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다.
1. 일반기부금: 사회복지ㆍ문화ㆍ예술ㆍ교육ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술 등 공익성을 고려하여 대통령령으로 정하는 기부금(제2항 제1호에 따른 기부금은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)
(5) 법인세법 시행령
(가) 2018.2.13. 대통령령 제28640호로 개정된 것
제36조【지정기부금의 범위 등】① 법 제24조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기부금”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 다음 각 목의 비영리법인(단체 및 비영리외국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 “지정기부금단체등”이라 한다)에 대하여 해당 지정기부금단체등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금. 다만, 바목에 따라 지정ㆍ고시된 법인에 지출하는 기부금은 지정일이 속하는 연도의 1월 1일부터 6년간(이하 이 조에서 “지정기간”이라 한다) 지출하는 기부금에 한정한다.
가. 「사회복지사업법」에 따른 사회복지법인
나. 「영유아보육법」에 따른 어린이집
다. 「유아교육법」에 따른 유치원, 「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교, 「근로자직업능력 개발법」에 따른 기능대학, 「평생교육법」 제31조제4항에 따른 전공대학 형태의 평생교육시설 및 같은 법 제33조 제3항에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설
라. 「의료법」에 따른 의료법인
마. 종교의 보급, 그 밖에 교화를 목적으로 「민법」 제32조에 따라 문화체육관광부장관 또는 지방자치단체의 장의 허가를 받아 설립한 비영리법인(그 소속 단체를 포함한다)
바. 「민법」 제32조에 따라 주무관청의 허가를 받아 설립된 비영리법인(이하 이 조에서 “「민법」상 비영리법인”이라 한다), 비영리외국법인, 「협동조합 기본법」 제85조에 따라 설립된 사회적협동조합(이하 이 조에서 “사회적협동조합”이라 한다), 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조에 따른 공공기관(같은 법 제5조제3항제1호에 따른 공기업은 제외한다. 이하 이 조에서 “공공기관”이라 한다) 또는 법률에 따라 직접 설립된 기관 중 다음의 요건을 모두 충족한 것으로서 주무관청의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정하여 고시한 법인
1) 다음의 구분에 따른 요건
가) 「민법」상 비영리법인 또는 비영리외국법인의 경우: 정관의 내용상 수입을 회원의 이익이 아닌 공익을 위하여 사용하고 사업의 직접 수혜자가 불특정 다수일 것(비영리외국법인의 경우 추가적으로 「재외동포의 출입국과 법적 지위에 관한 법률」 제2조에 따른 재외동포의 협력ㆍ지원, 한국의 홍보 또는 국제교류ㆍ협력을 목적으로 하는 것일 것)
나) 사회적협동조합의 경우: 정관의 내용상 「협동조합 기본법」 제93조 제1항 제1호부터 제3호까지의 사업 중 어느 하나의 사업을 수행하는 것일 것
다) 공공기관 또는 법률에 따라 직접 설립된 기관의 경우: 설립목적이 사회복지ㆍ자선ㆍ문화ㆍ예술ㆍ교육ㆍ학술ㆍ장학 등 공익목적 활동을 수행하는 것일 것
2) 해산하는 경우 잔여재산을 국가ㆍ지방자치단체 또는 유사한 목적을 가진 다른 비영리법인에 귀속하도록 한다는 내용이 정관에 포함되어 있을 것
3) 인터넷 홈페이지가 개설되어 있고, 인터넷 홈페이지를 통하여 연간 기부금 모금액 및 활용실적을 공개한다는 내용이 정관에 포함되어 있으며, 재지정의 경우 매년 기부금 모금액 및 활용실적을 사업연도 종료일부터 3개월 이내에 해당 비영리법인 및 국세청의 인터넷 홈페이지에 각각 공개하였을 것
4) 비영리법인으로 지정ㆍ고시된 날이 속하는 연도와 그 직전 연도에 해당 비영리법인의 명의 또는 그 대표자의 명의로 특정 정당 또는 특정인에 대한 「공직선거법」 제58조제1항에 따른 선거운동을 한 것으로 권한 있는 기관이 확인한 사실이 없을 것
5) 제13항에 따라 지정이 취소된 경우에는 그 취소된 날부터 3년, 같은 항에 따라 재지정을 받지 못하게 된 경우에는 그 지정기간의 종료일부터 3년이 지났을 것. 다만, 제5항 제1호에 따른 의무를 위반한 사유만으로 지정을 취소하거나 재지정을 하지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다.
⑧ 국세청장은 제1항 제1호 바목에 따른 법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 지정의 취소를 기획재정부장관에게 요청하여야 한다.
1. 법인이 「상속세 및 증여세법」 제48조 제2항, 제3항 및 제8항부터 제11항까지에 따라 기획재정부령으로 정하는 금액 이상의 상속세(그 가산세를 포함한다) 또는 증여세(그 가산세를 포함한다)를 추징당한 경우
(나) 2018.2.13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것
제36조【지정기부금의 범위 등】① (생 략)
1. (생 략)
다. 정부로부터 허가 또는 인가를 받은 학술연구단체·장학단체·기술진흥단체
라. 정부로부터 허가 또는 인가를 받은 문화·예술단체(「문화예술진흥법」에 의하여 지정을 받은 전문예술법인 및 전문예술단체를 포함한다) 또는 환경보호운동단체
(다) 2019.2.12. 대통령령 제29529호로 개정된 것
제39조【공익성을 고려하여 정하는 기부금의 범위 등】③ 제1항 제1호 본문 및 제2항에서 “고유목적사업비”란 해당 비영리법인 또는 단체에 관한 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 수행하는 사업으로서 제3조 제1항에 해당하는 수익사업(보건업 및 사회복지 서비스업 중 보건업은 제외한다)외의 사업에 사용하기 위한 금액을 말한다.
⑤ 제1항 제1호 각 목(마목은 제외한다)의 지정기부금단체등은 지정기간(제4호의 경우에는 지정일이 속하는 연도의 직전 연도를 포함한다) 동안 다음 각 호의 의무를 이행하여야 한다.
1. 제1항 제1호 바목 1)부터 3)까지의 요건을 모두 충족할 것(제1항 제1호 바목에 따른 법인만 해당한다)
2. 다음 각 목의 구분에 따른 의무를 이행할 것
가. 「민법」상 비영리법인 또는 비영리외국법인의 경우: 수입을 회원의 이익이 아닌 공익을 위하여 사용하고 사업의 직접 수혜자가 불특정 다수일 것(비영리외국법인의 경우 추가적으로 「재외동포의 출입국과 법적 지위에 관한 법률」 제2조에 따른 재외동포의 협력ㆍ지원, 한국의 홍보 또는 국제교류ㆍ협력을 목적으로 하는 사업을 수행할 것)
다. 공공기관 또는 법률에 따라 직접 설립 또는 등록된 기관의 경우 : 사회복지·자선·문화·예술·교육·학술·장학 등 공익목적 활동을 수행할 것
3. 매년 기부금 모금액 및 활용실적을 사업연도 종료일부터 3개월 이내에 해당 지정기부금단체등과 국세청의 인터넷 홈페이지에 각각 공개할 것. 이 경우 국세청의 인터넷 홈페이지에는 기획재정부령으로 정하는 기부금 모금액 및 활용실적 명세서에 따라 공개하여야 한다.
4. 해당 지정기부금단체등의 명의 또는 그 대표자의 명의로 특정 정당 또는 특정인에 대한 「공직선거법」 제58조 제1항에 따른 선거운동을 한 것으로 권한 있는 기관이 확인한 사실이 없을 것
5. 각 사업연도의 수익사업의 지출을 제외한 지출액의 100분의 80 이상을 직접 고유목적사업에 지출할 것
6. 「상속세 및 증여세법」 제50조의2 제1항에 따른 전용계좌를 개설하여 사용할 것
7. 「상속세 및 증여세법」 제50조의3 제1항 제1호부터 제4호까지의 서류 등을 해당 지정기부금단체등과 국세청의 인터넷 홈페이지를 통하여 공시할 것. 다만, 「상속세 및 증여세법 시행령」 제43조의3 제1항 제1호에 따른 공익법인등은 제외한다.
8. 「상속세 및 증여세법」 제50조의4에 따른 공익법인등에 적용되는 회계기준에 따라 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제2조제7호에 따른 감사인에게 회계감사를 받을 것. 다만, 「상속세 및 증여세법 시행령」 제43조제3항 및 같은 조 제4항제2호에 따른 공익법인등은 제외한다.
(라) 2021.2.17. 대통령령 제31443호로 개정된 것
제39조【공익성을 고려하여 정하는 기부금의 범위 등】⑤ (생 략)
1. ～ 2. (생 략)
3. 기부금 모금액 및 활용실적을 매년 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 다음 각 목에 따라 공개할 것. 다만, 「상속세 및 증여세법」 제50조의3 제1항 제2호에 따른 사항을 같은 법 시행령 제43조의5 제4항에 따른 표준서식에 따라 공시하는 경우에는 다음 각 목의 공개를 모두 한 것으로 본다.
가. 해당 공익법인등의 인터넷 홈페이지에 공개할 것
나. 국세청의 인터넷 홈페이지에 공개할 것. 이 경우 재정경제부령으로 정하는 기부금 모금액 및 활용실적 명세서에 따라 공개해야 한다.
4. ～ 8. (생략)
⑧ 국세청장은 제1항 제1호 바목에 따른 법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 지정의 취소를 기획재정부장관에게 요청해야 한다.
1. 법인이 「상속세 및 증여세법」 제48조 제2항, 제3항, 제8항부터 제11항까지, 제78조 제5항 제3호, 같은 조 제10항 및 제11항에 따라 기획재정부부령으로 정하는 금액 이상의 상속세(그 가산세를 포함한다) 또는 증여세(그 가산세를 포함한다)를 추징당한 경우
(6) 법인세법 시행규칙(2023.3.20. 기획재정부령 제965호로 개정된 것)
제18조의3【공익법인등의 범위】① 영 제39조 제1항 제1호 바목에 따른 지정은 매분기별로 한다.
② 영 제39조 제1항 제1호 바목에 따라 추천을 받으려는 법인은 별지 제63호의5 서식의 공익법인등 추천신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 해당 분기 마지막 달의 전전달 10일까지 국세청장(주사무소 및 본점소재지 관할 세무서장을 포함한다. 이하 이 조 및 제19조에서 같다)에게 제출해야 한다.
1. 법인 등의 설립 또는 등록에 관한 다음 각 목의 서류
가. 「민법」 제32조에 따라 주무관청의 허가를 받아 설립된 비영리법인, 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조에 따른 공공기관(같은 법 제5조 제4항 제1호에 따른 공기업은 제외한다) 또는 법률에 따라 직접 설립 또는 등록된 기관의 경우 : 법인설립허가서
2. 정관
3. 최근 3년간의 결산서 및 해당 사업연도 예산서. 다만, 제출일 현재 법인 등의 설립기간이 3년이 경과하지 않은 경우에는 다음 각 목의 서류
가. 제출 가능한 사업연도의 결산서
나. 해당 사업연도 예산서
다. 국세청장에 추천을 신청하는 날이 속하는 달의 직전 월까지의 월별 수입·지출 내역서
4. 지정일이 속하는 사업연도부터 3년(영 제39조 제1항 제1호 각 목 외의 부분 단서에 따른 지정기간이 6년인 경우에는 5년으로 한다)이 경과하는 날이 속하는 사업연도까지의 기부금 모집을 통한 사업계획서
5. 법인 대표자의 별지 제63호의6 서식의 공익법인등 의무이행준수 서약서(영 제39조 제1항 제1호 각 목 외의 부분 단서에 따른 지정기간이 3년인 경우에 한정한다)
6. 기부금모금 및 지출을 통한 공익활동보고서(영 제39조제1항제1호 각 목 외의 부분 단서에 따른 지정기간이 6년인 경우에 한정한다)
(7) 공익법인의 설립·운영에 관한 법률
제2조【적용 범위】이 법은 재단법인이나 사단법인으로서 사회 일반의 이익에 이바지하기 위하여 학자금ㆍ장학금 또는 연구비의 보조나 지급, 학술, 자선(慈善)에 관한 사업을 목적으로 하는 법인(이하 “공익법인”이라 한다)에 대하여 적용한다.
제4조【설립허가 기준】① 주무관청은 「민법」 제32조에 따라 공익법인의 설립허가신청을 받으면 관계 사실을 조사하여 재단법인은 출연재산의 수입, 사단법인은 회비·기부금 등으로 조성되는 재원(財源)의 수입(이하 각 “기본재산”이라 한다)으로 목적사업을 원활히 수행할 수 있다고 인정되는 경우에만 설립허가를 한다.
② 주무관청은 공익법인의 설립허가를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 회비 징수, 수혜(受惠) 대상에 관한 사항, 그 밖에 필요한 조건을 붙일 수 있다.
③ 공익법인은 목적 달성을 위하여 수익사업을 하려면 정관으로 정하는 바에 따라 사업마다 주무관청의 승인을 받아야 한다. 이를 변경하려는 경우에도 또한 같다.
(8) 민법
제32조【비영리법인의 설립과 허가】학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 이를 법인으로 할 수 있다.